GTAATTGGGATCTGTTTTGAACAAGATTTGAAAGGGAGAGAGGTGTTTGCAAGTGGGAAATGCCAT[A/G]AGGTTCAAGAAATTTCTMarker25102:
AATTTAGCACA[G/A]TGGGGCATTGAATTGGAAAGTAAGGGATGTCTGTGGCTTGTCAAAGGTTTCAAGGGTAAGTCATTACTCTCTATAGTGMarker33314:
TTTCACGTAAAGTAATTTATTTCAACCCC[C/T]TCAAACTTATATGTATGTGATTTCATTTTTGTTTCAATCTACTGTAGGTATGTGATCTGAMarker28047:
AAAAAAATAACTTCTTCGTTTTGTAGCAAACATTATGAACATCAC[-/G]AAGGCCAACAAGCGGTTGATTCAAGTGGTTTGACACTTGTTCCCCMarker35589:
TTAGACTAGGCACCAAAAATCAAGCAAAACAGAGTCGAGGCC[-/T]TCGGGCTTGTCACGCTTCTAATATTGTTTATCCTATTTTTGTTCCTAAMarker32497:
ACGGTAGAATTAGGCAGAGCAAGTAGCATTAGACCTGGTTTG[GG/AA]AAGCTAATTTTTAGATGTTTTTGCGTTTCAAAAGTACTTTTGGACAMarker27955:
AGGACATTGCTGCTGGTGTTGCTGCCAACCCTTTTTCAGAAATTGAATATGAGGTCGAAAAAGC[A/G]GAGAGGAACCTGGAGAAGATAAAGGMarker26827:
TGATGGGAGAACAATCAAGTGGCCTGTATGGAATTTTT[T/-]GCATCAGTTTTTCCATTATAGAACCTAGCATCCACTACATGGGATTCAACCMarker30248:ATCAATCATCTTTCCTACC[G/A]TAACAACTTATAAAGCTAATGCAATATGGAGGAAATGTCTGAAGGTTCGAATCTACAAATGTAAATTCAAMarker32758:
GCAGGTCTCAGTTTCGAGACCCTGCGTAGCCAGCTGCCCCT[A/G]TTGCCCATGACGTGTCATGACTAGTCATCCCATGTAGCAAAACTCCAC本發(fā)明的具體步驟是:
(I)黃麻重組自交系群體構(gòu)建:利用優(yōu)良栽培品種“黃麻179”與野生品系“愛店野黃麻”為親本構(gòu)建F1，通過連續(xù)自交，得到89份株系的重組自交系群體。
[0010](2)基因組DNA提取:采用CTAB法提取黃麻重組自交系群體89份株系及其親本的基因組DNA。
[0011](3) SNP分子標(biāo)記的開發(fā):SNP標(biāo)記分型按照北京百邁客生物科技有限公司公司SLAF標(biāo)記操作說明進(jìn)行(CN103088120 A)。完成多態(tài)性標(biāo)記開發(fā)后，首先對親本編碼基因型，一個字母代表一種基因型，確定分離類型后，再檢測子代基因型，用相應(yīng)字母表示。假設(shè)雙親均為雜合且沒有公共基因型，分離類型定義為abXcd，父本基因型為ab，母本基因型為Cd，子代檢測到a和c兩個基因型即定位ac。
[0012](4)黃麻SNP遺傳連鎖圖譜構(gòu)建:用Joinmap軟件進(jìn)行兩點(diǎn)連鎖分析，獲得一張包含913個SLAF標(biāo)記的遺傳連鎖圖，包含11個連鎖群，圖譜總長1621 cM，標(biāo)記間平均圖距
1.6cM0
[0013](5)黃麻重組自交系群體炭疽病抗性性狀鑒定:2014年夏于福建農(nóng)林大學(xué)試驗田播種89個重組自交系及親本。采用單因素隨機(jī)區(qū)組設(shè)計，3次重復(fù)，單行區(qū)，行長1.2m,株行距0.1mX0.3m。每個株系30株，重復(fù)3次。待黃麻長到50cm左右時，將準(zhǔn)備好的最強(qiáng)致病力的FJ2菌株菌餅采用傷口接種。接種15d后進(jìn)行病斑測量。
[0014](6)分子標(biāo)記與抗病基因的連鎖分析:采用軟件MapQTL 5.0多QTL模型(MQM)作圖法，進(jìn)行黃麻炭疽病抗性的QTL定位和檢測。
[0015]本發(fā)明的積極效果如下:
(I)分離并鑒定了 26個黃麻的SNP分子標(biāo)記，經(jīng)在國際基因數(shù)據(jù)庫中檢索，證明為新的DNA標(biāo)記。
[0016](2)利用上述開發(fā)的SNP分子標(biāo)記用于144份黃麻品系的抗性種質(zhì)篩選，發(fā)現(xiàn)18份抗病株系。進(jìn)一步利用大田接種鑒定其抗性，發(fā)現(xiàn)鑒定結(jié)果與田間抗病吻合率達(dá)97.3%。
【附圖說明】
[0017]圖1黃麻重組自交系群體炭疽病抗性病斑長度頻率分布圖。
[0018]圖2黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標(biāo)記局部連鎖圖。
[0019]圖3黃麻炭疽病抗性QTL W.AlO檢測。左邊縱軸為LOD值，右邊縱軸為解釋的表型變異，橫軸為標(biāo)記名稱。
【具體實施方式】
[0020]下面通過實施例對本發(fā)明作進(jìn)一步的說明，其目的僅在于更好理解本發(fā)明的內(nèi)容而非限制本發(fā)明的保護(hù)范圍。
[0021]實施例1:開發(fā)了 26個與炭疽病抗性基因連鎖的SNP分子標(biāo)記，如圖2所示。
[0022]實施例2:利用上述開發(fā)的SNP分子標(biāo)記用于黃麻抗性種質(zhì)篩選。供試材料為144份黃麻品系。篩選出編號為98、45、76、122、124、20、101、27等18份抗病株系，占總數(shù)的12.5%。說明不同的黃麻株系間對炭疽病的抗性有明顯差異。為了進(jìn)一步確認(rèn)大田接種的準(zhǔn)確性，選取不同抗性的7個株系，在溫室內(nèi)進(jìn)行接種鑒定。調(diào)查其發(fā)病情況，發(fā)現(xiàn)與大田接種差異不大。
[0023]以上所述僅為本發(fā)明的較佳實施例，凡依本發(fā)明申請專利范圍所做的均等變化與修飾，皆應(yīng)屬本發(fā)明的涵蓋范圍。
【主權(quán)項】
1.一種黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標(biāo)記，其特征在于:所述黃麻的SNP分子標(biāo)記編號為 Markerl0514，Marker 15132? Marker 15713? Marker23360，Markerl9857，Markerl3539? Markerl9482? Markerl6051? Marker27006? Markerl7579? Marker35896?Markerl9650? Marker35678? Marker27385? Marker28811? Marker32863? Marker23852?Marker25102? Marker33314? Marker28047? Marker35589? Marker32497? Marker27955?Marker26827，Marker30248，Marker32758，各編號所對應(yīng)的黃麻微衛(wèi)星DNA分子標(biāo)記序列為 SEQ ID N0.1-26 所示。2.權(quán)利要求1所述的黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標(biāo)記在黃麻不同材料的炭疽病抗性鑒定中的應(yīng)用。
【專利摘要】本發(fā)明屬于黃麻的育種技術(shù)領(lǐng)域，涉及一種黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標(biāo)記。其步驟為：通過黃麻重組自交系群體基因組DNA的提取，酶切，產(chǎn)物純化測序、SNP篩查分析確定其基因型；采用單因素隨機(jī)區(qū)組設(shè)計鑒定黃麻重組自交系群體炭疽病抗性性狀；對該重組自交系群體進(jìn)行遺傳連鎖圖譜構(gòu)建和QTL定位；根據(jù)QTL定位結(jié)果，發(fā)現(xiàn)QTL？<i>qAR</i>.N10解釋的表型變異為20.13%，表現(xiàn)為主效QTL。其區(qū)段包含26個SNP分子標(biāo)記，其核苷酸序列及變異位點(diǎn)如序列表SEQ？ID？NO.1-26所示。本發(fā)明為黃麻炭疽病抗性育種提供了新的分子標(biāo)記，可用于黃麻抗炭疽病分子標(biāo)記輔助選擇育種。
【IPC分類】C12N15/11, C12Q1/68
【公開號】CN105063233
【申請?zhí)枴緾N201510607272
【發(fā)明人】張立武, 祁建民, 高紅, 陶愛芬, 徐建堂, 林荔輝, 方平平, 林培清
【申請人】福建農(nóng)林大學(xué)
【公開日】2015年11月18日
【申請日】2015年9月23日