一種黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的snp分子標記的制作方法
【技術領域】
[0001]本發(fā)明屬于黃麻的育種技術領域，涉及一種黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子
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【背景技術】
[0002]單核苷酸多態(tài)性(SNP，Single Nucleotide Polymorphisms)是指在基因組上單個核苷酸的變異形成的遺傳標記，包括轉換、顛換、缺失/插入等。其數量多，多態(tài)性豐富。從理論上來看，每一個SNP位點都可以有4種不同的變異形式。SNP在CG序列上出現較為頻繁，多是C轉換為T，這是因為是CG序列中的胞嘧啶(C)常被甲基化，而后自發(fā)地脫氨成為胸腺嘧啶(T)。SNP是第三代遺傳標志，作物許多重要農藝性狀差異都可能與SNP有關。SNP被廣泛應用于遺傳圖譜構建、基因定位、品種鑒定等領域。如在DNA水平上篩查和檢測與奶山羊泌乳性狀密切相關的分子遺傳標記的專利申請“奶山羊SCD基因的單核苷酸多態(tài)性及其檢測方法”(公開號CN101705290A)。
[0003]黃麻(CorcAazm1 5Α?.)是繼棉花之后最重要的天然纖維作物之一。目前，黃麻{Corchorus spp)廣泛在亞熱帶和熱帶地區(qū)種植，主要分布在印度、孟加拉國、中國、烏茲別克斯坦、尼泊爾、越南、緬甸、津巴布韋、泰國與埃及等。由于黃麻韌皮部纖維具有可生物降解，可再生和天然纖維的特點，被稱為黃金纖維。
[0004]眾所周知，病蟲害會大大降低了黃麻的產量與纖維品質。而炭疽病是影響黃麻生產的主要病害之一。炭疽菌在全國均有發(fā)生，尤其在溫暖濕潤的地區(qū)。炭疽菌可以危害到黃麻莖桿等，進而直接影響到黃麻的產量與品質，成為國內外黃麻生產和利用上的一大瓶頸。
[0005]目前，國內外黃麻SNP分子標記的研究仍十分有限，僅少數實驗室開始了有關工作，如Biswas等進行黃麻SNP分子標記開發(fā)及其遺傳連鎖圖譜構建(Biswas等，2015，Molecular Breeding, 35 (5): 1-10) 0鑒于黃麻SNP分子標記數目多，還有大量的未被發(fā)現，且開展黃麻炭疽病SNP標記對于黃麻纖維產量和品質的改良具有重要的應用價值。因此，開展黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標記的研究，對于開發(fā)具有我國知識產權的SNP標記顯得十分迫切和必要。

【發(fā)明內容】

[0006]本發(fā)明的目的在于提供了黃麻炭疽病抗性基因區(qū)段的SNP分子標記及其核苷酸序列，為黃麻炭疽病抗性育種提供了新的分子標記。
[0007]本發(fā)明實現的技術方案:
本發(fā)明通過黃麻重組自交系群體基因組DNA的提取，BfaI與MseI酶切，產物純化測序、SNP篩查分析確定基因型，根據測序檢測到的基因型利用EXCEL軟件進行數據處理，MapQTL 5.0軟件用于基因型與炭疽病抗性表型的顯著性差異分析，得到26個SNP分子標記。所述黃麻 SNP 分子標記編號為 Markerl0514，Markerl5132，Markerl5713，Marker23360，Markerl9857, Markerl3539, Markerl9482, Markerl6051, Marker27006, Markerl7579,Marker35896, Markerl9650, Marker35678, Marker27385, Marker28811, Marker32863,Marker23852, Marker25102, Marker33314, Marker28047, Marker35589, Marker32497,Marker27955, Marker26827，Marker30248，Marker32758，各編號所對應的黃麻 SNP 分子標記及其核苷酸序列為SEQ ID N0.1-26所示。
[0008]黃麻炭疽病抗性QTL qAR.AlO區(qū)段的26個SNP標記序列如下所示。
[0009]Markerl0514:GGTCATATAAACGGTCAATCTCTATGAAATTCTCGCGTTGCATAATCGATTTGGGTCAATTCAGTCCAAAAT
[A/G]TTTTGGATTATTTACATMarker15132:
ACCAATACATTCTTGTATATATACTAAA[T/C]AGTATTTGAAACATCTATTATCCTTTCCTTTCACATAAATGTTGTAATAAATTCTATCCCCMarkerl5713:
ACCCAAATCAACCTTACACCTGAGTTGTTAGCTCAACTGGTAGGTGGGTATATAGAAATTTATTCTGATTGTAATGAGATTTCACAC[A/G]AAMarker23360:
ATTCGAAGTCAAATTGACTAAAACACCAAATAATGAAAACTTTCTCTCGAATAATAAGT[C/T]GAGCTGAATTTGAGTTTCATTATACTCAACMarkerl9857:
CCTGATAATAGGAAAATGAGAAAAAAATGTTTTTCTTAT[A/-]GATGTTATGGAGCTTTCTATAATTCTTTTATCTGCTATTCAAGTGATAGTMarkerl3539:
AAAAAAACTCCAAATTATGCAGGTCTCTGCCAGTGGAATGTGCT[-/T]ACTTACAGGCTTTTTGGTATAAGATGATATATTGTTTTCCACAGAMarkerl9482:
AAAGATTCTAGATGCTTATGTTTGCCTTGTGGTCCTCATTTCTCAAACACAATTTTTTTCA[T/C]ATAGACTTTTGCTTGTTCTCACTCTGTGMarkerl6051:
GGTTGCGT[A/T]TGGTTTCGTGGTATGTAGTGGGAAAGTGTGGTAAGTCCTAGGAAAGTGTTACTTTTTTTTCACTTGTATTTCTCTTGTATTMarker27006:
TTCATTTTCCCCCAAACGCCAGACTTCTCTCCCTTTACTTTC[A/G]AATCGAGTTAGGGTTTCGAAATAATTTGGGGGTTTTGATTTCTGGGTMarkerI7579:
TCAGTATATATTTTTTGTTTTTGGTAAGTATGACTAATGGACATTA[C/G]GTAGAGTTGCCGAAACCCAAAATATCTACCTCCATTTTATTGTMarker35896:
TGTAGATAAATACATAACCCAATTAGTACCAAATTTAGC[C/T]GGTATTTATTGGTATTTTGGGATGCTTATGGTGTGGATTGTTTGTTTATTMarkerl9650:TGCACGTTATCT[G/T]GTACTTCTAGTTATTGGCTCTCTCTTGTTTGTCTATGTTTACAAACACGTGAAATTTTTATTTTTTTTTTATTTCATMarker35678:
AAATTGATATGATATTTTATGTATGTTGAGTAGGGATGGCAATC[C/-]CGGATTTAGAATGGATATCCGCTCCGTATCCGCTAAGAAATTCGTMarker27385:
GAAAATTTTGAAATGAATTGTCAATTTCATTTGGTTCCCATATA[T/C]ACGTTTCTTGATCTAATCTATGGAGAGATTCATTCAGTAAGTACAMarker28811:
TTTGTTTTCATTGAGAAAATAGGTATCGAGAAAGTTTCTCAA[TTG/GAC]TAACTAGAAATTATAATAGGTTGAAAAAAATATTCATCATTTGCGMarker32863:
ATAGTTTGGTCCAGTTATTGCCTTGATCATTATCATTCATCACCCTAAAAAACACCATTTACACATATTGC[T/A]ATCCCATTTAGTAGATCAMarker23852:
TTTGGT