[0044] 在另一方面中，本發(fā)明提供包含基本上純的溶酶體酶蛋白質(zhì)的藥物組合物，所述 基本上純的溶酶體酶蛋白質(zhì)如通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳所確定表征為電荷分布包括至少14個(gè) 對應(yīng)于溶酶體酶蛋白質(zhì)電荷變體的峰群。
[0045] 在另一方面中，本發(fā)明提供包含基本上純的乙酰肝素N-硫酸酯酶（HNS)蛋白質(zhì)的 藥物組合物，所述基本上純的乙酰肝素N-硫酸酯酶（HNS)蛋白質(zhì)如通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳所 確定表征為電荷分布包括至少14個(gè)對應(yīng)于HNS蛋白質(zhì)電荷變體的峰群。
[0046] 在一些實(shí)施方案中，峰群對應(yīng)于與唾液酸的不存在、存在或量改變相關(guān)聯(lián)的電荷 變體。在一些實(shí)施方案中，峰群對應(yīng)于與甘露糖6-磷酸（M6P)的不存在、存在或量改變相關(guān) 聯(lián)的電荷變體。在一些實(shí)施方案中，峰群對應(yīng)于與唾液酸和/或甘露糖6-磷酸的不存在、 存在或量改變相關(guān)聯(lián)的電荷變體。
[0047] 在一些實(shí)施方案中，電荷變體選自由單唾液酸化、雙唾液酸化或三唾液酸化聚糖 組成的組。在一些實(shí)施方案中，電荷變體選自由單M6P或雙M6P基團(tuán)組成的組。在一些實(shí) 施方案中，電荷變體選自由單唾液酸化、雙唾液酸化、三唾液酸化、單M6P、雙M6P基團(tuán)及其 組合所組成的組。
[0048] 在一些實(shí)施方案中，對應(yīng)于單M6P的峰群具有總峰面積的約8-12%的相對峰面 積。在一些實(shí)施方案中，對應(yīng)于雙M6P的峰群具有總峰面積的約10-15%的相對峰面積。
[0049] 在一些實(shí)施方案中，重組溶酶體酶是一種或多種在表2中列出的溶酶體酶。在一 些實(shí)施方案中，溶酶體酶可以是天然存在的溶酶體酶。在一些實(shí)施方案中，合適的溶酶體酶 可以是天然存在的溶酶體酶的重組型式。
[0050] 在一些實(shí)施方案中，適用于本發(fā)明的溶酶體酶（例如但不限于在表2中發(fā)現(xiàn)的那 些）可以具有野生型或天然存在的序列。在一些實(shí)施方案中，適用于本發(fā)明的溶酶體酶可 以具有修飾的序列，所述修飾的序列與野生型或天然存在的序列具有顯著的同源性或同一 性（例如，與野生型或天然存在的序列具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、 85%、90%、95%、98%的序列同一性）。
[0051] 在一些實(shí)施方案中，重組HNS蛋白質(zhì)具有由包含SEQIDNO: 1的核酸序列編碼的 核酸。在一些實(shí)施方案中，編碼HNS的核酸序列與SEQIDNO: 1至少70%相同。在一些實(shí) 施方案中，編碼HNS的核酸序列與SEQIDNO: 1包含至少80%同源性。在一些實(shí)施方案中， 重組HNS蛋白質(zhì)具有包含SEQIDN0:2的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，重組HNS蛋白 質(zhì)具有與SEQIDN0:2至少70%相同的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，HNS蛋白質(zhì)具有 與SEQIDNO:2相同的氨基酸序列。
[0052] 在一些實(shí)施方案中，使用細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)來生產(chǎn)重組HNS蛋白質(zhì)。在一些實(shí)施方案 中，細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)使用哺乳動物細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，使用的哺乳動物細(xì)胞是人類細(xì) 胞。在一些實(shí)施方案中，在微小規(guī)模生產(chǎn)速率下生產(chǎn)重組HNS。在一些實(shí)施方案中，在中等 生產(chǎn)規(guī)模下生產(chǎn)HNS。
[0053] 在一些實(shí)施方案中，毛細(xì)管區(qū)帶電泳（CZE)在使得較長的迀移時(shí)間對應(yīng)于增加負(fù) 電荷的物質(zhì)的條件下進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，使用包含Tris的緩沖液進(jìn)行CZE。在一些 實(shí)施方案中，緩沖系統(tǒng)包含濃度在約20-30mM范圍內(nèi)的Tris。在一些實(shí)施方案中，緩沖系 統(tǒng)包含濃度為約25mM的Tris。在一些實(shí)施方案中，緩沖系統(tǒng)具有約7. 5-8. 5范圍內(nèi)的pH。 在一些實(shí)施方案中，緩沖系統(tǒng)具有約8. 0的pH。
[0054] 在一些實(shí)施方案中，使用裸露熔融石英毛細(xì)管柱進(jìn)行毛細(xì)管區(qū)帶電泳（CZE)。在一 些實(shí)施方案中，使用聚乙烯醇（PVA)涂布的毛細(xì)管柱進(jìn)行CZE。在一些實(shí)施方案中，使用長 度在50-llOcm之間的范圍內(nèi)的毛細(xì)管進(jìn)行CZE。在一些實(shí)施方案中，使用長度在72-104cm 之間的范圍內(nèi)的毛細(xì)管進(jìn)行CZE。
[0055] 在另一方面中，本發(fā)明提供治療A型圣菲力浦綜合征的方法，所述方法包括向需 要治療的受試者施用包含基本上純的乙酰肝素N-硫酸酯酶（HNS)蛋白質(zhì)的藥物組合物，所 述基本上純的乙酰肝素N-硫酸酯酶（HNS)蛋白質(zhì)如通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳所確定表征為電 荷分布包括至少14個(gè)對應(yīng)于HNS蛋白質(zhì)電荷變體的峰群。
[0056] 在一些實(shí)施方案中，峰群對應(yīng)于與唾液酸的不存在、存在或量改變相關(guān)聯(lián)的電荷 變體。在一些實(shí)施方案中，峰群對應(yīng)于與甘露糖6-磷酸（M6P)的不存在、存在或量改變相關(guān) 聯(lián)的電荷變體。在一些實(shí)施方案中，峰群對應(yīng)于與唾液酸和/或甘露糖6-磷酸的不存在、 存在或量改變相關(guān)聯(lián)的電荷變體。
[0057] 在一些實(shí)施方案中，電荷變體選自由單唾液酸化、雙唾液酸化和/或三唾液酸化 聚糖組成的組。在一些實(shí)施方案中，電荷變體選自由單M6P或雙M6P基團(tuán)組成的組。在一 些實(shí)施方案中，電荷變體選自由單唾液酸化、雙唾液酸化、三唾液酸化、單M6P、雙M6P基團(tuán) 及其組合所組成的組。
[0058] 在一些實(shí)施方案中，對應(yīng)于單M6P的峰群具有總峰面積的約8-12%的相對峰面 積。在一些實(shí)施方案中，對應(yīng)于雙M6P的峰群具有總峰面積的約10-15%的相對峰面積。
[0059] 在一些實(shí)施方案中，重組溶酶體酶蛋白質(zhì)是一種或多種在表2中列出的溶酶體 酶。在一些實(shí)施方案中，溶酶體酶可以是天然存在的溶酶體酶。在一些實(shí)施方案中，合適的 溶酶體酶可以是天然存在的溶酶體酶的重組型式。
[0060] 在一些實(shí)施方案中，適用于本發(fā)明的溶酶體酶（例如但不限于在表2中發(fā)現(xiàn)的那 些）可具有野生型或天然存在的序列。在一些實(shí)施方案中，適用于本發(fā)明的溶酶體酶可以 具有修飾的序列，所述修飾的序列與野生型或天然存在的序列具有顯著的同源性或同一 性（例如，與野生型或天然存在的序列具有至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、 85%、90%、95%、98%的序列同一性）。
[0061] 在一些實(shí)施方案中，溶酶體酶是HNS。在一些實(shí)施方案中，HNS是重組產(chǎn)生的。在 一些實(shí)施方案中，重組HNS蛋白質(zhì)具有由包含SEQIDN0:1的核酸序列編碼的核酸。在一 些實(shí)施方案中，編碼HNS的核酸序列與SEQIDNO: 1至少70%相同。在一些實(shí)施方案中，編 碼HNS的核酸序列包含與SEQIDNO: 1至少80%的同源性。在一些實(shí)施方案中，重組HNS 蛋白質(zhì)具有包含SEQIDN0:2的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，重組HNS蛋白質(zhì)具有與 SEQIDN0:2至少70%相同的氨基酸序列。在一些實(shí)施方案中，HNS蛋白質(zhì)具有與SEQID NO:2相同的氨基酸序列。
[0062] 在一些實(shí)施方案中，使用細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)來生產(chǎn)重組HNS蛋白質(zhì)。在一些實(shí)施方案 中，細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)使用哺乳動物細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，使用的哺乳動物細(xì)胞是人類細(xì) 胞。在一些實(shí)施方案中，在微小規(guī)模生產(chǎn)速率下生產(chǎn)重組HNS。在一些實(shí)施方案中，在中等 生產(chǎn)規(guī)模下生產(chǎn)HNS。
[0063] 在一些實(shí)施方案中，毛細(xì)管區(qū)帶電泳（CZE)在使得較長的迀移時(shí)間對應(yīng)于增加負(fù) 電荷的物質(zhì)的條件下進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，使用包含Tris的緩沖液進(jìn)行CZE。在一些 實(shí)施方案中，緩沖系統(tǒng)包含濃度在約20-30mM范圍內(nèi)的Tris。在一些實(shí)施方案中，緩沖系 統(tǒng)包含濃度為約25mM的Tris。在一些實(shí)施方案中，緩沖系統(tǒng)具有約7. 5-8. 5范圍內(nèi)的pH。 在一些實(shí)施方案中，緩沖系統(tǒng)具有約8. 0的pH。
[0064] 在一些實(shí)施方案中，使用裸露熔融石英毛細(xì)管柱進(jìn)行毛細(xì)管區(qū)帶電泳（CZE)。在一 些實(shí)施方案中，使用聚乙烯醇（PVA)涂布的毛細(xì)管柱進(jìn)行CZE。在一些實(shí)施方案中，使用長 度在50-llOcm之間的范圍內(nèi)的毛細(xì)管進(jìn)行CZE。在一些實(shí)施方案中，使用長度在72-104cm 之間的范圍內(nèi)的毛細(xì)管進(jìn)行CZE。
【附圖說明】
[0065] 共同構(gòu)成附圖的以下描述的圖僅用于示例的目的而非限制。
[0066]圖1A和B.展示使用相同的制造過程生產(chǎn)的兩個(gè)不同小批的重組HNS酶（rHNS) 的表征。使用毛細(xì)管區(qū)帶電泳（A)和等電聚焦凝膠測定兩個(gè)制造小批（rHNS小批1和rHNS 小批2)的電荷分布。較長的迀移時(shí)間對應(yīng)于負(fù)電荷增加的同工型。
[0067]圖2A-C.展示在毛細(xì)管區(qū)帶電泳期間緩沖液強(qiáng)度對峰分離的影響。通過使用濃度 為（A)lOOmM、（B) 50mM和（C) 25mM的Tris緩沖液進(jìn)行的毛細(xì)管區(qū)帶電泳來分析重組HNS的 電荷分布。
[0068] 圖3.描繪通過使用一定緩沖液濃度范圍內(nèi)的pH8. 0的Tris緩沖液進(jìn)行的（B) 毛細(xì)管區(qū)帶電泳和（A)相對峰面積所分析的重組HNS的電荷分布。
[0069] 圖4A-D.示出在毛細(xì)管區(qū)帶電泳期間緩沖液pH對峰分離的影響。通過使用（A)pH 8. 5、（B)pH8. 0、（C)pH7. 5和（D)pH7. 0的Tris緩沖液進(jìn)行的毛細(xì)管區(qū)帶電泳來分析重 組HNS的電荷分布。
[0070] 圖5A&B.描繪使用不同pH下的濃度為25mM的Tris緩沖液，通過⑶毛細(xì)管區(qū)帶 電泳和（A)相對峰面積所分析的重組HNS的電荷分布。
[0071] 圖6.示出在毛細(xì)管區(qū)帶電泳期間毛細(xì)管長度對峰分離的影響。通過使用長度為 (A) 72cm或（B) 104nm的裸露恪融石英毛細(xì)管柱進(jìn)行的毛細(xì)管區(qū)帶電泳來分析重組HNS的電 荷分布。
[0072] 圖7A和B.示出允許具有不同電荷分布的14HNS同工型的㈧分離和⑶整合的 示例性毛細(xì)管區(qū)帶電泳條件。
[0073] 圖8.描繪同一制造小批的過毛細(xì)管區(qū)帶電泳進(jìn)行分析、使用三重復(fù)注射進(jìn)行測 定的重組HNS酶的電荷分布的試驗(yàn)間重復(fù)性。
[0074] 圖9.描繪重組HNS酶的電荷分布的日間重復(fù)性。通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳分析重組 人類HNS酶的在四個(gè)月的過程中7個(gè)獨(dú)立的實(shí)驗(yàn)操作。數(shù)據(jù)表示為相對迀移時(shí)間（RMT)和 相對峰面積（％ )以確定任何再現(xiàn)性的變化。
[0075] 圖10A和B.描繪兩個(gè)不同小批的重組HNS酶的電荷分布，所述重組HNS酶是使用 相同制造過程生產(chǎn)，通過（A)毛細(xì)管區(qū)帶電泳進(jìn)行分析以確定（B) 14個(gè)不同HNS電荷同工 型的相對峰面積（％ )。
[0076] 圖11.描繪四個(gè)不同小批的重組HNS酶的電荷分布，所述重組HNS酶是使用相同 制造過程生產(chǎn)，并且通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳進(jìn)行分析以確定14個(gè)不同HNS電荷同工型的相對 峰面積（％ )。
[0077] 圖12A&B.描繪兩個(gè)不同小批的重組HNS酶的電荷分布，所述重組HNS酶是使用相 同制造過程生產(chǎn)，并且在制造過程的（A)早期和（B)結(jié)束時(shí)通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳進(jìn)行分析。
[0078] 圖13A和B.描繪重組HNS酶的電荷分布，所述重組HNS酶是使用兩種不同的制造 過程生產(chǎn)，通過（A)毛細(xì)管區(qū)帶電泳進(jìn)行分析以確定（B)不同HNS電荷同工型的相對峰面 積（％ )。標(biāo)記X和Y指示在先前識別的14種同工型之外存在另外的峰。
[0079] 圖14A和B.描繪重組HNS電荷異質(zhì)性的糖表征。（A)重組HNS使用磷酸酶、神經(jīng) 氨酸酶或兩者預(yù)處理，或不處理作為對照，然后通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳進(jìn)行分析。（B)通過高 效陰離子交換色譜利用脈沖電流檢測分析釋放的聚糖，產(chǎn)生總N-聚糖分析的聚糖圖。
[0080] 圖15A-D.描繪通過毛細(xì)管區(qū)帶電泳進(jìn)行分析時(shí)，（A)重組HNS酶的天然電荷分布 以及使用⑶磷酸酶和神經(jīng)氨酸酶、（C)磷酸酶、和⑶神經(jīng)氨酸酶預(yù)處理的重組HNS的電 荷分布。
[0081] 定義
[0082] 為了更加容易地理解本發(fā)明，首先對某些術(shù)語進(jìn)行定義。以下術(shù)語和其它術(shù)語的 另外的定義將在說明書中闡述。
[0083] 氨基酸：如本文所用，術(shù)語"氨基酸"在其廣義上來說，是指任何可以合并至多肽鏈 中的化合物和/或物質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，氨基酸具有一般結(jié)構(gòu)H2N-C(H) (R) -C00H。在 一些實(shí)施方案中，氨基酸是天然存在的氨基酸。在一些實(shí)施方案中，氨基酸是合成氨基酸； 在一些實(shí)施方案中，氨基酸是D-氨基酸；在一些實(shí)施方案中，氨基酸是L-氨基酸。"標(biāo)準(zhǔn)氨 基酸"是指通常在天然存在的肽中發(fā)現(xiàn)的20種標(biāo)準(zhǔn)L-氨基酸中任一者。"非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸" 是指除標(biāo)準(zhǔn)氨基酸以外的任何氨基酸，不管它是合成制備或是從天然來源獲得。如本文所 用，"合成氨基酸"涵蓋化學(xué)修飾的氨基酸，包括但不限于鹽、氨基酸衍生物（如酰胺）、和/ 或取代。包括肽中的羧基端和/或氨基端氨基酸在內(nèi)的氨基酸可以通過甲基化、酰胺化、乙 ?；?、保護(hù)基和/或被可以改變肽的循環(huán)半衰期而不會不利地影響其活性的其它化學(xué)基團(tuán) 取代來修飾。氨基酸可以參與二硫鍵。氨基酸可以包含一個(gè)或翻譯后修飾，如與一個(gè)或多 個(gè)化學(xué)實(shí)體（例如甲基、乙酸酯基、乙?；?、磷酸酯基、甲?；糠帧㈩惍愇於┗鶊F(tuán)、硫酸 根基團(tuán)、聚乙二醇部分、脂質(zhì)部分、碳水化合物部分、生物素部分等）結(jié)合。在一些實(shí)施方案 中，本發(fā)明的氨基酸可以提供于或用于補(bǔ)充用于細(xì)胞培養(yǎng)的培養(yǎng)基。在一些實(shí)施方案中，提 供于或用于補(bǔ)充細(xì)胞培養(yǎng)基的氨基酸可以以鹽的形式或以水合物形式提供。
[0084] 大約：如本文所使用，在應(yīng)用于一個(gè)或多個(gè)目標(biāo)值時(shí)，術(shù)語"大約"或"約"是指類 似于所說明的參考值的值。在某些實(shí)施方案中，術(shù)語"大約"或"約"是指在所說明的參考值 的任一方向上的（大于或小于）25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、 11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更小范圍內(nèi)的值范圍，除非另外說 明或以另外的方式從上下文顯而易見（除了這樣的數(shù)值將超過可能值的100% )。
[0085] 批次：如本文所用，術(shù)語"批次"是指完成的制造輪次，在所述輪次中生產(chǎn)產(chǎn)品、成 品或組分。在一些實(shí)施方案中，批次包含多個(gè)"小批"。如本文所用，術(shù)語"小批"是指在商 業(yè)批次制造期間產(chǎn)生的總完成產(chǎn)品的部分或份。在一些實(shí)施方案中，批次由單個(gè)小批組成。 在一些實(shí)施方案中，批次由多個(gè)小批組成。在一些實(shí)施方案中，批次基于樣品規(guī)模、FDA要 求和/或運(yùn)送條件而分割為個(gè)別小批。在一些實(shí)施方案中，批次基于在批次制造期間產(chǎn)生 的特定份而分割為小批。
[0086] 生物活性：如本文所使用，短語"生物活性"是指在生物系統(tǒng)（例如細(xì)胞培養(yǎng)物、生 物體等）中具有活性的任何物質(zhì)的特征。例如，在向生物體施用時(shí)對所述生物體具有生物 效應(yīng)的物質(zhì)被認(rèn)為具有生物活性。還可以通過體外測定（例如，體外酶測定，如硫酸酯釋放 測定）來確定生物活性。在蛋白質(zhì)或多肽具有生物活性的具體實(shí)施方案中，所述蛋白質(zhì)或 多肽中共享蛋白質(zhì)或多肽的至少一種生物活性的部分通常稱為"生物活性"部分。在一些 實(shí)施方案中，蛋白質(zhì)由當(dāng)施用至受試者時(shí)顯示生物活性的細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)產(chǎn)生或純化。在一 些實(shí)施方案中，為了變得具有生物活性，蛋白質(zhì)需要進(jìn)一步加工。在一些實(shí)施方案中，為了 變得具有生物活性，蛋白質(zhì)需要翻譯后修飾，例如但不限于，糖基化（例如，唾液酸化）、法 尼基化、裂解、折疊、甲酰甘氨酸轉(zhuǎn)化及其組合。在一些實(shí)施方案中，產(chǎn)生為原型（即未成熟 形式）的蛋白質(zhì)可能需要另外的修飾以變得具有生物活性。
[0087]對照：如本文所用，術(shù)語"對照"在本領(lǐng)域理解的含義是與結(jié)果進(jìn)行比較的標(biāo)準(zhǔn)。通 常，使用對照以便通過分離變量來增強(qiáng)實(shí)驗(yàn)的完整性，從而得到關(guān)于這些變量的結(jié)論。在一 些實(shí)施方案中，對照是與測試反應(yīng)或測定同時(shí)進(jìn)行的反應(yīng)或測定以提供比較物。在一個(gè)實(shí) 施方案中，應(yīng)用"測試"（即，測試的變量）。在第二個(gè)實(shí)施方案中，未應(yīng)用"對照"，即所測試 的變量。在一些實(shí)施方案中，對照是歷史對照（即，之前進(jìn)行的測試或測定，或之前已知的 量或結(jié)果）。在一些實(shí)施方案中，對照是或包括印刷的或以其它方式保存的記錄。對照可以 是陽性對照或陰性對照。在一些實(shí)施方案中，對照可以是"參考對照"，即用于與測試樣品進(jìn) 行比較的樣品，以尋找差異或用于表征的目的。
[0088]酶替代療法（ERT):如本文所用，術(shù)語"酶替代療法（ERT) "是指通過提供缺少的酶 來校正酶缺乏的任何治療策略。在一些實(shí)施方案中，通過鞘內(nèi)施用來提供缺少的酶。在一 些實(shí)施方案中，通過輸注到血流中來提供缺少的酶。一旦施用，酶就被細(xì)胞吸收并且轉(zhuǎn)運(yùn)至 溶酶體，在溶酶體中酶起作用以消除由于酶缺乏而積累在溶酶體中的物質(zhì)。通常，為了使溶 酶體酶替代療法有效，將治療酶遞送至表現(xiàn)出貯積缺陷的目標(biāo)組織中的合適細(xì)胞中的溶酶 體。
[0089] 基因：如本文所用的術(shù)語"基因"是指任何核苷酸序列DNA或RNA，其至少一些部 分編碼在細(xì)胞過程的一些方面中起作用的獨(dú)立最終產(chǎn)物，通常但不限于為多肽。但并不打 算所述術(shù)語僅指編碼多肽或其它獨(dú)立最終產(chǎn)物的編碼序列，而是也可以涵蓋調(diào)芐基礎(chǔ)表達(dá) 水平的在編碼序列之前和之后的區(qū)域，以及在個(gè)別編碼區(qū)段（"外顯子"）之間的間插序列 ("內(nèi)含子"）。在一些實(shí)施方案中，基因可以包含調(diào)控序列（例如，啟動子、增強(qiáng)子、聚腺苷 酸化序列、終止序列、Kozak序列、TATA盒等）和/或修飾序列。在一些實(shí)施方案中，基因 可以包含不編碼蛋白質(zhì)而是編碼功能性RNA分子（如tRNA、RNAi誘導(dǎo)劑等）的核酸的參照 物。
[0090] 基因產(chǎn)物或表達(dá)產(chǎn)物：如本文所用，術(shù)語"基因產(chǎn)物"或"表達(dá)產(chǎn)物"通常是指自基 因轉(zhuǎn)錄的RNA(加工前和/或加工后）或由自基因轉(zhuǎn)錄的RNA編碼的多肽（修飾前和/或 修飾后）。
[0091] 同源性：如本文所使用，術(shù)語"同源性"是指聚合物分子之間例如核酸分子（例如， DNA分子和/或RNA分子）之間和/或多肽分子之間的總體相關(guān)性。在一些實(shí)施方案中， 如果聚合物分子的序列為至少 25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、 75 %、80 %、85 %、90 %、95 %或99 %相同，則認(rèn)為它們是彼此"同源的"。在一些實(shí)施方案中， 如果聚合物分子的序列為至少 25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、 75 %、80 %、85 %、90 %、95 %或99 %相似，則認(rèn)為它們是彼此"同源的"。
[0092] 同一性：如本文所使用，術(shù)語"同一性"是指聚合物分子之間例如核酸分子（例如， DNA分子和/或RNA分子）之間和/或多肽分子之間的總體相關(guān)性。兩個(gè)核酸序列的同一 性百分比的計(jì)算例如可通過出于最佳比對目的對準(zhǔn)兩個(gè)序列來進(jìn)行（例如，為了最佳對準(zhǔn) 可在第一核酸序列和第二核酸序列之一或兩者中引入間隙并且出于比對目的可忽視不相 同的序列）。在某些實(shí)施方案中，出于比對目的對準(zhǔn)的序列的長度為參照序列長度的至少 30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或基本上 100%。然后比較對應(yīng)核苷酸位置上的核苷酸。當(dāng)?shù)谝恍蛄兄械奈恢帽慌c第二序列中的對 應(yīng)位置相同的核苷酸占據(jù)時(shí)，則分子在所述位置上相同。兩個(gè)序列之間的同一性百分比為 將出于兩個(gè)序列最佳對準(zhǔn)而需要引入的間隙的數(shù)目和每個(gè)間隙的長度考慮在內(nèi)，序列共有 的相同位置數(shù)的函數(shù)?？墒褂脭?shù)學(xué)算法來完成序列比對和兩個(gè)序列之間同一性百分比的確 定。例如，可使用Meyers和Miller的算法（CABI0S，1989,4:11-17)確定兩個(gè)核苷酸序列 之間的同一性百分比，所述算法已使用PAM120權(quán)重殘基表、間隙長度罰分12和間隙罰分4 而結(jié)合到ALIGN程序（2. 0版）中。或者可使用GCG軟件包中的GAP程序、使用NWSgapdna. CMP矩陣確定兩個(gè)核苷酸序列之間的同一性百分比。各種其它序列對準(zhǔn)程序可以獲得并且 可以用于確定序列同一性，例如像Clustal。
[0093] 改進(jìn)、增加或減少：如本文所用，術(shù)語"改進(jìn)"、"增加"或"減少"或語法等價(jià)物表示 與基線測量值（如在起始本文所述的治療之前的同一個(gè)體中的測量值，或在不存在本文所 述的治療時(shí)的對照個(gè)體（或多個(gè)對照個(gè)體）中的測量值）相關(guān)的值。"對照個(gè)體"是罹患與 所治療的個(gè)體相同形式的溶酶體貯積病的的個(gè)體，其與所治療的個(gè)體年齡大致相同（以確 保治療的個(gè)體的疾病階段與對照個(gè)體相當(dāng)）。
[0094] 分離的：如本文所用，術(shù)語"分離的"是指物質(zhì)和/或?qū)嶓w已（1)與它在最初產(chǎn)生時(shí) (無論在自然界中和/或在實(shí)驗(yàn)環(huán)境中）與之相關(guān)聯(lián)的至少一些組分分離，和/或（2)手動 產(chǎn)生、制備和/或制造。分離的物質(zhì)和/或?qū)嶓w可以與約10%、約20%、約30%、約40%、 約 50%、約 60%、約 70%、約 80%、約 90%、約 91 %、約 92%、約 93%、約 94%、約 95%、約 96 %、約97 %、約98 %、約99 %或多于99 %的與其相關(guān)聯(lián)的其它組分分離。在一些實(shí)施方 案中，分離的藥劑為約80%、約85%、約90%、約91%、約92%、約93%、約94%、約95%、 約96 %、約97 %、約98 %、約99 %或高于約99 %純。如本文所使用，如果物質(zhì)基本上不含其 它組分，則它為"純的"。如本文所用，分離的物質(zhì)和/或?qū)嶓w的純度百分比的計(jì)算不應(yīng)包括 賦形劑（例如，緩沖劑、溶劑、水等）。
[0095]核酸：如本文所用，術(shù)語"核酸"在其廣義上來說，是指作為寡核苷酸鏈或者可以合 并至寡核苷酸鏈中的化合物和/或物質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，核酸是作為寡核苷酸鏈或可 以通過磷酸二酯鍵并入寡核苷酸鏈中的化合物和/或物質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，"核酸"是 指個(gè)別核酸殘基（例如核苷酸和/或核苷）。在一些實(shí)施方案中，"核酸"是指包含個(gè)別核 酸殘基的寡核苷酸鏈。如本文所用，術(shù)語"寡核苷酸"與"多核苷酸"可互換使用。在一些 實(shí)施方案中，"核酸"涵蓋RNA以及單鏈和/或雙鏈DNA和/或cDNA。此外，術(shù)語"核酸"、 "DNA"、"RNA"和/或類似術(shù)語包含核酸類似物，S卩，不具有磷酸二酯主鏈的類似物。例如， 在本領(lǐng)域中已知并且在主鏈中具有肽鍵而不是磷酸二酯鍵的所謂"肽核酸"被認(rèn)為在本發(fā) 明范圍內(nèi)。術(shù)語"編碼氨基酸序列的核苷酸序列"包括彼此為簡并型式和/或編碼相同氨 基酸序列的所有核苷酸序列。編碼蛋白質(zhì)和/或RNA的核苷酸序列可能包含內(nèi)含子。核酸 可以從天然來源純化，使用重組表達(dá)系統(tǒng)產(chǎn)生并且任選地純化、化學(xué)合成等。在適當(dāng)?shù)那?況下，例如在化學(xué)合成分子的情況下，核酸可以包括核苷類似物，如具有化學(xué)修飾的堿基或 糖、主鏈修飾等的類似物。除非另有說明，否則核酸序列以5'到3'方向提供。本文使用術(shù) 語"核酸區(qū)段"來指作為較長的核酸序列的一部分的核酸序列。在許多實(shí)施方案中，核酸區(qū) 段包含至少3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)殘基。在一些實(shí)施方案中，核酸是或包含天然核苷 (例如，腺苷、胸苷、鳥苷、胞苷、尿苷、脫氧腺苷、脫氧胸苷、脫氧鳥苷、和脫氧胞苷），核苷類 似物