專利名稱:一種預(yù)測(cè)信號(hào)通路組分特異結(jié)合的小rna的方法
技術(shù)領(lǐng)域:
本發(fā)明屬于生物信息技術(shù)領(lǐng)域,涉及藥物設(shè)計(jì)方面,是一種預(yù)測(cè)信號(hào)通路特異的小RNA的方法,為制備反義藥物提供重要的指導(dǎo)作用。
背景技術(shù):
研究發(fā)現(xiàn),癌基因、抑癌基因及生長(zhǎng)因子家族及其受體的異常表達(dá)或突變?cè)诎┌Y的發(fā)生、發(fā)展中有重要作用。比如說(shuō),表皮生長(zhǎng)因子(EGF)及其受體(EGFR)組成的信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)通過(guò)旁分泌和自分泌的機(jī)制影響肺癌發(fā)生和發(fā)展。而VEGF對(duì)血管生成的多個(gè)環(huán)節(jié),如血管內(nèi)皮細(xì)胞增殖、分化、遷移和管腔狀結(jié)構(gòu)的形成,血管內(nèi)皮基底膜的降解等均有明顯的促進(jìn)作用。VEGF提高血管通透性,有利于纖維蛋白原和其他血漿蛋白外滲,沉淀于細(xì)胞基質(zhì),形成纖維凝膠,成為形成腫瘤基質(zhì)和新生毛細(xì)血管網(wǎng)絡(luò)的基礎(chǔ)。EGF及VEGF信號(hào)通路的阻斷可以顯著地抑制依賴這兩個(gè)信號(hào)通路的腫瘤細(xì)胞的增殖、侵襲及轉(zhuǎn)移,這是非常重要的抗腫瘤策略之一。目前,針對(duì)癌癥的分子生物學(xué)事件的治療藥物已成為研究的熱點(diǎn),并獲得重要進(jìn)展。常用的技術(shù)有反義寡核苷酸、單克隆抗體技術(shù)、小分子激酶抑制劑及疫苗制備等方法。其中,反義寡核苷酸技術(shù)指通過(guò)合成與靶基因特異結(jié)合的寡核苷酸,抑制其轉(zhuǎn)錄,從而阻止相應(yīng)蛋白的合成。這項(xiàng)技術(shù)的關(guān)鍵在于設(shè)計(jì)與信號(hào)通路中靶基因結(jié)合的反義寡核苷酸等。目前,有多種反義藥物的設(shè)計(jì)方法包括,以分子生物學(xué)為基礎(chǔ)的、以反義藥物與靶RNA雜交特性及其引起的發(fā)生變化為基礎(chǔ)及以計(jì)算機(jī)軟件模擬mRNA 二級(jí)結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)等。然而如何針對(duì)某種疾病設(shè)計(jì)有效的,特異的反義藥物依然是個(gè)問(wèn)題。
發(fā)明內(nèi)容
EGF通路與VEGF通路類似,都是通過(guò)受體激活下游通路。而且?guī)缀醵际且粯拥耐ㄟ^(guò)PI3K、PKC等通路起作用。這些通路也可以被其他通路所利用,不夠特異。因此我們認(rèn)為只有EGF、EGFR才是EGF通路特異的組分,而VEGFA和VEGFR才是VEGF通路特異的組分。針對(duì)這兩對(duì)分子,設(shè)計(jì)生物信息學(xué)方法,旨在找到一組microRNA及siRNA,能與VEGF及EGF信號(hào)通路中的靶基因特異結(jié)合,提高反義藥物設(shè)計(jì)的命中率,從而抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)或誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡。本發(fā)明的第一方面,查找內(nèi)源性microRNA能夠分別調(diào)控VEGF、EGF和同時(shí)調(diào)控這兩條信號(hào)通路上多個(gè)靶基因的分子,結(jié)果見(jiàn)表I。
權(quán)利要求
1.設(shè)計(jì)生物信息學(xué)方法,旨在找到一組microRNA及siRNA,能與VEGF及EGF信號(hào)通路中的靶基因特異結(jié)合,提高反義藥物設(shè)計(jì)的命中率,從而抑制腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)或誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡,第一方面,查找內(nèi)源性microRNA能夠分別調(diào)控VEGF、EGF和同時(shí)調(diào)控這兩條信號(hào)通路上多個(gè)靶基因的分子;另一方面,人工設(shè)計(jì)siRNA能夠分別調(diào)控VEGF、EGF和同時(shí)調(diào)控這兩條信號(hào)通路上多個(gè)靶基因的分子。
全文摘要
本發(fā)明涉及反義藥物設(shè)計(jì)方面,是一種預(yù)測(cè)信號(hào)通路特異的小RNA的方法,為制備反義藥物提供重要的指導(dǎo)作用。本發(fā)明針對(duì)EGF及VEGF通路特異的分子,采用多種microRNA靶基因預(yù)測(cè)方法,尋找通路相關(guān)特異的microRNA;同時(shí),編寫計(jì)算機(jī)程序來(lái)模擬設(shè)計(jì)EGF及VEGF通路特異的長(zhǎng)度在9-22nt的siRNA。結(jié)果找到兩條通路共同特異的microRNA 12個(gè),siRNA 1個(gè)。
文檔編號(hào)G06F19/16GK103164632SQ20111040730
公開(kāi)日2013年6月19日 申請(qǐng)日期2011年12月9日 優(yōu)先權(quán)日2011年12月9日
發(fā)明者曾華宗 申請(qǐng)人:上海聚類生物科技有限公司