專利名稱：靶向抗微生物部分的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及新型靶向肽、新型抗微生物肽、包含新型靶向和/或新型抗微生物肽的嵌合部分及其用途。
背景技術(shù)：
工業(yè)水平的抗生素研究最初將注意力集中在鑒定已有藥物的精細(xì)變體上。這樣開(kāi)發(fā)的抗生素例子是例如新型青霉素、頭孢菌素、大環(huán)內(nèi)酯類和氟喹諾酮類。然而，細(xì)菌病原體對(duì)老的和較新的抗生素快速發(fā)展出耐藥性，例如擴(kuò)展的β-內(nèi)酰胺酶(ESBL)和喹諾酮抗性革蘭氏陰性菌、多重耐藥淋球菌(gonococci)、甲氧西林耐藥金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus) (MRSA)、萬(wàn)古霉素耐藥性腸球菌(enterococci) (VRE)、青霉素非敏感性肺炎球菌(pneumococci) (PNSP)和大環(huán)內(nèi)酯耐藥性肺炎球菌和鏈球菌(str印tococci)(參見(jiàn)，例如 Panlilo 等.(1992nnfect Control Hosp Epidemio.， 13 :582-586 ；Morris 等· (1995) Ann Intern Me.，d 123 :250-259 等)。據(jù)信，抗生素的過(guò)度使用或不恰當(dāng)使用對(duì)于耐藥細(xì)菌的激發(fā)和擴(kuò)散至關(guān)重要。在許多情況中，微生物因持續(xù)接觸和不適當(dāng)使用藥物而發(fā)生改變并耐受抗生素。耐藥病原體是保健系統(tǒng)的主要經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。例如，術(shù)后和其它醫(yī)院感染不斷需要醫(yī)院護(hù)理并增加抗生素藥物花費(fèi)。據(jù)估計(jì)，在美國(guó)每年治療耐藥性感染的費(fèi)用約為50億美兀。發(fā)明概述在某些實(shí)施方式中，提供了特異性和/或優(yōu)先結(jié)合微生物(例如，某些細(xì)菌、酵母菌、真菌、霉菌、病毒、藻類、原生動(dòng)物等)的新型靶向部分(例如，肽)。所述靶向部分可連接于效應(yīng)物(例如，可檢測(cè)標(biāo)記物、藥物、抗微生物肽等)以形成嵌合構(gòu)建物用于特異性/ 優(yōu)先將該效應(yīng)物遞送至靶生物和/或之中。在某些實(shí)施方式中，提供可用于抑制(例如，殺傷和/或抑制生長(zhǎng)和/或增殖)某些微生物(例如，某些細(xì)菌、酵母菌、真菌、霉菌、病毒、藻類、原生動(dòng)物等)的新型抗微生物肽。因此，在某些實(shí)施方式中，提供的嵌合構(gòu)建物(嵌合部分)包含連接于含表3和 /或表12所示氨基酸序列的肽靶向部分的效應(yīng)物；和/或含表4和/或表5所示氨基酸序列的抗微生物肽，其連接于靶向部分。在某些實(shí)施方式中，靶向部分是包含表3和表12所示一個(gè)或多個(gè)肽的氨基酸序列的肽。在某些實(shí)施方式中，靶向部分是包含表3和表12所示一個(gè)或多個(gè)肽的兩個(gè)或多個(gè)氨基酸序列的肽。在某些實(shí)施方式中，靶向部分是其氨基酸序列由表3所示肽的氨基酸序列組成的肽。在各種實(shí)施方式中，效應(yīng)物包含選自下組的部分抗微生物肽、抗生素、配體、脂質(zhì)或脂質(zhì)體、物理破壞微生物群落內(nèi)胞外基質(zhì)的藥劑和聚合粒子。在某些實(shí)施方式中，效應(yīng)物包含抗微生物肽，該肽含表4、5、14和表15所示一個(gè)或多個(gè)的氨基酸序列。在某些實(shí)施方式中，效應(yīng)物包含抗微生物肽，該肽含表4和5所示一個(gè)或多個(gè)的氨基酸序列。在某些實(shí)施方式中，效應(yīng)物包含抗微生物肽，該肽所含氨基酸序列的特征在于選自下組的基序KIF、 FIK、KIH、HIK和KIV (例如，見(jiàn)表7)。在某些實(shí)施方式中，構(gòu)建物包含連接于抗微生物肽的靶向肽，所述靶向肽包含表3所示氨基酸序列，所述抗微生物肽包含表4和/或表5所示氨基酸序列。在某些實(shí)施方式中，構(gòu)建物包含連接于靶向部分的抗微生物肽，所述抗微生物肽包含表4所示氨基酸序列，所述靶向部分包含表3和/或表10和/或表12所示氨基酸序列。在某些實(shí)施方式中，構(gòu)建物包含連接于抗微生物肽的靶向肽，所述靶向肽包含表3所示氨基酸序列，所述抗微生物肽包含表4所示氨基酸序列。在各種實(shí)施方式中，靶向部分化學(xué)偶聯(lián)于效應(yīng)物(直接或經(jīng)接頭)。在某些實(shí)施方式中，接頭包括聚乙二醇(PEG)，在某些實(shí)施方式中，靶向部分經(jīng)表16所示的非肽接頭化學(xué)偶聯(lián)于效應(yīng)物。在某些實(shí)施方式中，靶向部分經(jīng)肽鍵連接于效應(yīng)物。在某些實(shí)施方式中， 效應(yīng)物包含抗微生物肽，構(gòu)建物是融合蛋白。在某些實(shí)施方式中，靶向部分通過(guò)肽接頭連接于效應(yīng)物，所述肽接頭包含表16所示氨基酸序列或由其組成。在某些實(shí)施方式中，本文所述的任何構(gòu)建物和/或肽攜帶一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)。在某些實(shí)施方式中，所述一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)獨(dú)立選自下組乙?；?、酰胺、3-20個(gè)碳烷基、fm0C、tb0C、9-芴乙酰基、1-芴羧基、 9-芴羧基、9-芴酮-1-羧基、芐氧基羰基、咕噸基(Xan)、三苯甲基(Trt)、4-甲基三苯甲基 (Mtt), 4-甲氧基三苯甲基(Mmt)、4_甲氧基-2，3，6-三甲基-苯磺?；?Mtr)、來(lái)-2-磺?；?Mts)、4，4-二甲氧基二苯甲基(Mbh)、甲苯磺?；?Tos)、2，2，5，7，8-五甲基苯并二氫吡喃-6-磺酰基(Rnc)、4_甲芐基(MeBzl)、4_甲氧芐基(MeOBzl)、芐氧基(BzlO)、芐基 (Bzl)、苯甲?；?Bz)、3_硝基-2-吡啶亞磺?；?Npys)、1-(4，4- 二甲基-2,6- 二氧代亞環(huán)己基)乙基(Dde)、2，6-二氯芐基(2，6-DiCl-Bzl)、2-氯芐氧基羰基(2-C1-Z)、2_溴芐氧基羰基O-Br-幻、芐氧基甲基(Bom)、叔丁氧基羰基(Boc)、環(huán)己氧基(cHxO)、叔丁氧基甲基(Bum)、叔丁氧基(tBuO)、叔丁基(tBu)和三氟乙?；?TFA)。在某些實(shí)施方式中，肽和/ 或構(gòu)建物在羧基和/或氨基末端包含保護(hù)基團(tuán)。在某些實(shí)施方式中，羧基末端酰胺化和/ 或氨基末端乙?；?。在各種實(shí)施方式中，嵌合構(gòu)建物和/或肽用聚合物(例如，包括聚乙二醇、纖維素、修飾纖維素、糊精等)功能化以延長(zhǎng)血清半衰期。在某些實(shí)施方式中，提供了藥物組合物。在各種實(shí)施方式中，藥物組合物包含在藥學(xué)上可接受載體中的本文所述嵌合構(gòu)建物(例如，權(quán)利要求1-16中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物)和/或本文所述抗微生物肽。在某些實(shí)施方式中，組合物配制成單位劑量制劑。在某些實(shí)施方式中，組合物配制成經(jīng)選自下組的途徑給藥腹膜內(nèi)給藥、局部給藥、口服給藥、吸入給藥、經(jīng)皮給藥、皮下長(zhǎng)效給藥、全身性IV施用、眼部給藥和直腸給藥。在某些實(shí)施方式中，提供分離的抗微生物肽。在各種實(shí)施方式中，肽包含選自表4 和/或表5所列氨基酸序列中的一種或多種序列(和/或逆、反向、逆反向(retroinverso) 或β形式)。在各種實(shí)施方式中，抗微生物肽具有一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)，例如本文所述。
在某些實(shí)施方式中，提供的組合物有效殺傷微生物或抑制其生長(zhǎng)和/或生物膜的形成和/或維持。該組合物通常包含一種或多種分離的抗微生物肽，該肽的氨基酸序列包含選自表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列(和/或逆、反向或逆反向形式)。 在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷酵母菌或真菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5 (例如，那些表中)所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷酵母菌或真菌或抑制其生長(zhǎng)和/ 或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷黑曲霉(Aspergillus niger)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷黑曲霉或抑制其生長(zhǎng)和/ 或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷白色念珠菌(C. albicans)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4 和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷白色念珠菌或抑制其生長(zhǎng)和/ 或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷紅色毛癬菌(T.rubrum)或抑制其生長(zhǎng)和/ 或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/ 或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷紅色毛癬菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷細(xì)菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷細(xì)菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷革蘭氏陽(yáng)性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷革蘭氏陽(yáng)性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷內(nèi)氏放線菌(A.naeslimdii)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽， 所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷內(nèi)氏放線菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷枯草芽胞桿菌(B. subtilis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷枯草芽胞桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷艱難梭菌(C. difficile)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一條或多條序列以便有效殺傷艱難梭菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷杰氏棒狀桿菌(C. jeikeium)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷杰氏棒狀桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷糞腸球菌(E. faecalis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷糞腸球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷藤黃微球菌(M. Iuteus)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷藤黃微球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷MRSA或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷MRSA或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷表皮葡萄球菌 (S. epidermidis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷表皮葡萄球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷變形鏈球菌(S.mutans)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷變形鏈球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷肺炎鏈球菌(S. pneumoniae)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷肺炎鏈球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷革蘭氏陰性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷革蘭氏陰性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷鮑氏不動(dòng)桿菌(A. baumannii)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷鮑氏不動(dòng)桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷空腸彎曲菌(C. jejuni)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷空腸彎曲菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷大腸桿菌(E. coli)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷大腸桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷具核梭桿菌 (F. nucleatum)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷具核梭桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷大腸桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷黃色粘球菌 (M. xanthus)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷銅綠假單胞菌(P. aeruginosa)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷銅綠假單胞菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷牙齦卟啉單胞菌(P. gingivalis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷牙齦卟啉單胞菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。在某些實(shí)施方式中，該組合物有效殺傷奇異變形菌(P. mirabilis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，該組合物包含一種或多種肽， 所述肽的氨基酸序列包含選自經(jīng)鑒定有效的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列以便有效殺傷奇異變形菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖。
在各種實(shí)施方式中，構(gòu)成組合物的一種或多種肽包含全部“L”氨基酸或全部“D” 氨基酸，或“L”和“D”氨基酸的混合物。在各種實(shí)施方式中，構(gòu)成組合物的一種或多種肽是 β肽。在各種實(shí)施方式中，構(gòu)成組合物的一種或多種肽包含一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)(例如，保護(hù)的羧基和/或氨基末端)。在各種實(shí)施方式中，構(gòu)成組合物的一種或多種肽包含羧基末端上的酰胺和/或氨基末端上的乙酰基。在各種實(shí)施方式中，構(gòu)成組合物的一種或多種肽處于藥學(xué)上可接受的載體中。在某些實(shí)施方式中，所述載體適合經(jīng)選自下組的途徑給藥局部給藥、氣溶膠給藥、經(jīng)吸入給藥、口服給藥和/或直腸給藥。在各種實(shí)施方式中，提供殺傷微生物和/或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，或破壞和/或抑制生物膜的生長(zhǎng)和/或維持的方法，該方法包括使微生物(或包含微生物的生物膜)接觸本文所述的嵌合構(gòu)建物(例如，參見(jiàn)以上描述和/或權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物)或本文所述的抗微生物肽和/或本文所述組合物(例如，權(quán)利要求30-65中任一項(xiàng)所述組合物)。在某些實(shí)施方式中，所述微生物是酵母菌或真菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷酵母菌或真菌的效應(yīng)物的嵌合構(gòu)建物或是包含本文所述殺傷酵母菌或真菌的抗微生物肽的組合物。在某些實(shí)施方式中，所述微生物是細(xì)菌(例如，革蘭氏陰性和/或革蘭氏陽(yáng)性菌)，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷細(xì)菌(例如，革蘭氏陰性和/或革蘭氏陽(yáng)性菌)的效應(yīng)物的嵌合構(gòu)建物或是包含本文所述殺傷革蘭氏陰性和 /或革蘭氏陽(yáng)性菌的抗微生物肽的組合物。在某些實(shí)施方式中，所述效應(yīng)物是抗微生物肽。 在某些實(shí)施方式中，所述微生物是變形鏈球菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物施用于動(dòng)物或人的口腔，例如，用于降低齲齒和/或牙周病的發(fā)生率或嚴(yán)重程度。在某些實(shí)施方式中，所述嵌合構(gòu)建物或組合物優(yōu)先靶向棒狀桿菌(Corynebacterium spp)，所述嵌合構(gòu)建物或組合物施用于動(dòng)物或人的皮膚表面(例如，用于減少體臭)。還提供了消毒表面的方法。所述方法通常包括使表面接觸本文所述的一種或多種嵌合構(gòu)建物(例如，權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的構(gòu)建物)或本文所述組合物(例如，權(quán)利要求30-65中任一項(xiàng)所述的組合物)。在某些實(shí)施方式中，所述表面包括假肢或醫(yī)學(xué)植入物的表面。在某些實(shí)施方式中，所述表面包括醫(yī)學(xué)裝置的表面。在某些實(shí)施方式中，所述表面包括植物或食物的表面。在某些實(shí)施方式中，所述嵌合構(gòu)建物和/或抗微生物肽與選自其它抗微生物劑的第二消毒劑聯(lián)用，所述其它抗微生物劑是選自下組的消毒劑乙酸、磷酸、檸檬酸、乳酸、甲酸、丙酸、鹽酸、硫酸、硝酸、氫氧化鈉、氫氧化鉀、碳酸鈉、氫氧化銨、乙醇、異丙醇、苯酚、甲醛、戊二醛、次氯酸鹽、二氧化氯、二氯異氰脲酸鈉、氯胺-τ、碘、聚維酮碘、氯己定、過(guò)氧化氫、過(guò)乙酸和苯扎氯銨。在各種實(shí)施方式中，提供了本文所述嵌合構(gòu)建物和/或抗微生物組合物(例如，權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物或權(quán)利要求30-65中任一項(xiàng)所述的組合物)在制備殺傷微生物和/或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖和/或抑制包含微生物的生物膜生長(zhǎng)和/或維持的藥物中的應(yīng)用。在某些實(shí)施方式中，所述微生物是酵母菌或真菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷酵母菌或真菌的效應(yīng)物的嵌合構(gòu)建物。在某些實(shí)施方式中，所述微生物是細(xì)菌(例如，革蘭氏陰性和/或革蘭氏陽(yáng)性菌)，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷細(xì)菌(例如，革蘭氏陰性和/或革蘭氏陽(yáng)性菌)的效應(yīng)物的嵌合構(gòu)建物或包含本文所述殺傷革蘭氏陰性和/或革蘭氏陽(yáng)性菌的抗微生物肽的組合物。在某些實(shí)施方式中，所述效應(yīng)物是抗微生物肽。
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在各種實(shí)施方式中，還提供檢測(cè)細(xì)菌和/或細(xì)菌膜(例如，包含細(xì)菌的生物膜)的方法。所述方法通常包括使細(xì)菌或細(xì)菌膜與包含連接于靶向肽的的組合物接觸，所述靶向肽包含表3和/或表12所示一種或多種氨基酸序列；和檢測(cè)可檢測(cè)標(biāo)記物，其中所述可檢測(cè)標(biāo)記物的量和/或位置指示細(xì)菌和/或細(xì)菌膜的存在。在某些實(shí)施方式中，靶向肽包含表3所示肽的氨基酸序列(和/或該序列的逆、反向、逆反向形式)，或由其組成。在某些實(shí)施方式中，所述可檢測(cè)標(biāo)記物是選自下組的標(biāo)記物放射性標(biāo)記物、不透射線的標(biāo)記物、熒光染料、熒光蛋白質(zhì)、酶標(biāo)記物、比色標(biāo)記物和量子點(diǎn)。還提供了包含連接于靶向肽(例如，包含表3和/或表12所示肽的氨基酸序列的肽)的光敏或光可活化劑的某些組合物。在某些實(shí)施方式中，所述靶向肽包含表3所示肽的氨基酸序列，或由其組成。在某些實(shí)施方式中，所述光敏劑是選自下組的試劑嚇啉大環(huán)、口卜啉、氯、冠醚、吖唆、吖嗪、酞菁、花青、補(bǔ)骨脂素、小茴香和茈醌類。在某些實(shí)施方式中，光敏劑包含

圖1-12中任一所示的一種或多種試劑。在某些實(shí)施方式中，光敏劑經(jīng)非肽接頭(例如，聚乙二醇(PEG))連接于靶向肽。在某些實(shí)施方式中，光敏劑經(jīng)表16所示的非肽接頭連接于靶向肽。在各種實(shí)施方式中，提供殺傷微生物和/或抑制微生物或包含微生物的生物膜的生長(zhǎng)和/或增殖的方法，其中所述方法包括使所述微生物或生物膜接觸包含連接于靶向肽 (例如，包含表3和/或表12所示肽的氨基酸序列的肽)的光敏劑或光可活化試劑的組合物。在某些實(shí)施方式中，所述靶向肽包含表3所示肽的氨基酸序列，或由其組成。在某些實(shí)施方式中，所述光敏劑是選自下組的試劑卟啉大環(huán)、P卜啉、氯、冠醚、吖啶、吖嗪、酞菁、花青、補(bǔ)骨脂素、小茴香和茈醌類。在某些實(shí)施方式中，光敏劑包含圖1-12中任一所示的一種或多種試劑。在某些實(shí)施方式中，所述光敏劑經(jīng)非肽接頭(例如，聚乙二醇(PEG))連接于靶向肽。在某些實(shí)施方式中，光敏劑經(jīng)表16所示的非肽接頭連接于靶向肽。在某些實(shí)施方式中，所述方法還包括使微生物或生物膜暴露于光源。在某些實(shí)施方式中，所述微生物是選自下組的微生物細(xì)菌(例如，革蘭氏陽(yáng)性和/或革蘭氏陰性菌)、酵母菌、真菌、原生動(dòng)物和病毒。在某些實(shí)施方式中，所述生物膜包含細(xì)菌膜。在某些實(shí)施方式中，所述生物膜是在植入的或可植入的醫(yī)學(xué)裝置上的生物膜。在某些實(shí)施方式中，所述微生物或生物膜是口腔中的生物或生物膜。在各種實(shí)施方式中，提供了某些制劑。典型的制劑包括但不限于靶向肽、抗微生物肽和/或STAMP ；濃度與磷酸緩沖鹽水(PBS)(約0. 5X PBS到約2. 5X PBS)相當(dāng)?shù)柠}。在某些實(shí)施方式中，所述制劑包含表3或10所示靶向肽。在某些實(shí)施方式中，所述制劑包含抗變形鏈球菌肽靶向肽(例如，表3或12中所鑒定)。在某些實(shí)施方式中，所述抗變形鏈球菌靶向肽具有氨基酸序列TFFRLFNRSFTQALGK(SEQ ID NO :1)。在某些實(shí)施方式中，抗變形鏈球菌靶向肽連接于抗微生物肽。在某些實(shí)施方式中，所述抗微生物肽是表4、5或14所示的肽。在某些實(shí)施方式中，所述抗微生物肽具有氨基酸序列KNLRIIRKGIHIIKKY(SEQ ID NO :3082)。在某些實(shí)施方式中，所述制劑包含氨基酸序列C16G2 STAMP (TFFRLFNRSFTQALGK GGGKNLRIIRKGIHIIKKY (SEQ ID NO :2)。在各種實(shí)施方式中，所述靶向肽、抗微生物肽和/或 STAMP具有一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)。在某些實(shí)施方式中，所述保護(hù)基團(tuán)獨(dú)立選自下列基團(tuán)乙?；Ⅴ０?、3-20個(gè)碳烷基、Fmoc, Tboc、9-芴乙酰基、1-芴羧基、9-芴羧基、9-芴酮-1-羧基、芐氧基羰基、咕噸基(Xan)、三苯甲基(Trt)、4_甲基三苯甲基(Mtt)、4_甲氧基三苯甲基(Mmt)、4_甲氧基-2，3，6-三甲基-苯磺酰基(Mtr)、來(lái)-2-磺?；?Mts)、4，4-二甲氧基二苯甲基(Mbh)、甲苯磺酰基(Tos)、2，2，5，7，8-五甲基苯并二氫吡喃_6_磺?；?Pmc) ,4-^ 基芐基(MeBzl)、4-甲氧芐基(MeOBzl)、芐氧基(BdO)、芐基(Bzl)、苯甲?；?Bz)、3-硝基-2-吡啶亞磺?；?Npys)U-G，4-二甲基-2，6-二氧代亞環(huán)己基)乙基(Dde)、2，6-二氯芐基Q，6-DiCl-Bzl)、2-氯芐氧基羰基(2-Cl-Z)、2-溴芐氧基羰基Q-Br-Z)、芐氧基甲基(Bom)、叔丁氧基羰基(Boc)、環(huán)己氧基(cHxO)、叔丁氧基甲基(Bum)、叔丁氧基(tBuO)、叔丁基(tBu)和三氟乙酰基(TFA)。在某些實(shí)施方式中，所述靶向肽、抗微生物肽和/或STAMP 在羧基末端酰胺化和/或在氨基末端具有乙?；Ｔ谀承?shí)施方式中，所述制劑的PH為約 PH 5.0到約？!1 8.5。在某些實(shí)施方式中，所述pH為約pH 7.4。在各種實(shí)施方式中，所述鹽的濃度與IX PBS的相當(dāng)。在某些實(shí)施方式中，所述制劑包含PBS。在某些實(shí)施方式中，所述制劑還包含乙醇和/或甘油和/或聚乙二醇和/或氟化物。
本文所用的術(shù)語(yǔ)“肽”指通常約2到約50或約60個(gè)殘基長(zhǎng)度的氨基酸殘基聚合物。在某些實(shí)施方式中，所述肽長(zhǎng)約2、3、4、5、7、9、10、或11個(gè)殘基到約60、50、45、40、45、 30、25、20或15個(gè)殘基。在某些實(shí)施方式中，所述肽長(zhǎng)約8、9、10、11或12個(gè)殘基到約15、20 或25個(gè)殘基。在某些實(shí)施方式中，構(gòu)成肽的氨基酸殘基是“L-型”氨基酸殘基，然而，應(yīng)該知道在各種實(shí)施方式中，可將“D”氨基酸摻入肽。肽還包括其中一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基是相應(yīng)天然產(chǎn)生氨基酸的人工化學(xué)類似物的氨基酸聚合物以及天然產(chǎn)生的氨基酸聚合物。此外，該術(shù)語(yǔ)適用于經(jīng)肽鍵或其它“修飾的鍵”連接的氨基酸(例如，肽鍵被α-酯、β-酯、硫代酰胺、磷酰胺、carbomate、羥基化物等取代(參見(jiàn)，例如Spatola，(1983) Chem. Biochem. Amino Acids and Proteins 7 :267-357)，酰胺被飽和的胺取代(參見(jiàn)，例如Skiles等.， 美國(guó)專利號(hào)4，496，542，其通過(guò)引用納入本文，和Kaltenbronn等·，(1990)第969-970頁(yè)， 刊于第11屆美國(guó)肽研討會(huì)論文集(Proc. Ilth American Peptide Symposium)，ESCOM科學(xué)出版社(ESC0M Science Publishers)，荷蘭，等等))。本文所用的術(shù)語(yǔ)“殘基”指天然、合成或修飾的氨基酸。各種氨基酸類似物包括但不限于2-氨基己二酸、3-氨基己二酸、β -丙氨酸(β -氨基丙酸)、2_氨基丁酸、4-氨基丁酸、哌啶酸、6-氨基己酸、2-氨基庚酸、2-氨基異丁酸、3-氨基異丁酸、2-氨基庚二酸、2， 4 二氨基丁酸、鎖鏈素、2，2 ‘- 二氨基庚二酸、2，3- 二氨基丙酸、η-乙基甘氨酸、η-乙基天冬酰胺、羥賴氨酸、別(alio)-羥賴氨酸、3-羥脯氨酸、4-羥脯氨酸、異鎖鏈素、別-異亮氨酸、η-甲基甘氨酸、肌氨酸、η-甲基異亮氨酸、6-η-甲基賴氨酸、η_甲基纈氨酸、正纈氨酸、 正亮氨酸、鳥(niǎo)氨酸等。這些修飾的氨基酸是說(shuō)明性而非限制性的?！?β-肽〃包含〃 β氨基酸〃，它們的氨基與β碳結(jié)合，而非像20種標(biāo)準(zhǔn)生物學(xué)氨基酸那樣與α-碳結(jié)合。唯一的天然產(chǎn)生β氨基酸是β-丙氨酸。類肽或N-取代的甘氨酸是肽模擬物的特定亞類。它們與對(duì)應(yīng)的天然肽密切相關(guān)， 但在化學(xué)上的區(qū)別是其側(cè)鏈附加到沿分子主鏈的氮原子而非α-碳(在天然氨基酸中如此)。應(yīng)用于本文的肽的術(shù)語(yǔ)“常規(guī)”和“天然”所指肽僅構(gòu)建自天然產(chǎn)生的氨基酸:Ala、 Cysλ Asp、Glu、Glu、Phe、Gly、His、lie、LysΛ Leu、Met、Asn、Pro、Gin、Arg、Ser、Thr、VaK Trp和Tyr。如果本發(fā)明化合物引發(fā)的生物學(xué)活性(例如，抗微生物活性)與天然產(chǎn)生肽的生物學(xué)活性和/或特異性相關(guān)，則其“對(duì)應(yīng)于”天然肽。引發(fā)的活性可以相同于、大于或小于天然肽。如果N-取代的甘氨酸衍生物與原氨基酸在親水性、疏水性、極性等上類似，這種類肽通常具有實(shí)質(zhì)性對(duì)應(yīng)的單體序列，其中天然氨基酸由該N-取代的甘氨酸衍生物替換。 以下是說(shuō)明性而非限制性的N-取代甘氨酸替換N-(1-甲基丙-1-基)甘氨酸取代異亮氨酸(lie)、N-(丙-2-基)甘氨酸取代纈氨酸(Val)、N-芐基甘氨酸取代苯丙氨酸(Phe)、 N-(2_羥乙基)甘氨酸取代絲氨酸(kr)等。在某些實(shí)施方式中，取代無(wú)需是"精確的"。 因此，例如，在某些實(shí)施方式中，N-(2-羥乙基)甘氨酸可取代kr、Thr、Cys和/或Met ； N42-甲基丙-1-基)甘氨酸可取代Val、Leu和/或lie。在某些實(shí)施方式中，盡管有結(jié)構(gòu)差異，但可用N-(2-羥乙基)甘氨酸取代Thr和kr :N_(2_羥乙基)甘氨酸中的側(cè)鏈?zhǔn)情L(zhǎng)于kr的亞甲基基團(tuán)，與Thr的區(qū)別在于羥基-取代的位點(diǎn)。通常可利用N-羥基烷基-取代的甘氨酸置換任何極性氨基酸，N-芐基-或N-芳烷基-取代的甘氨酸替換任何芳族氨基酸(例如，Phe, Trp等)、N-烷基-取代的甘氨酸如N- 丁基甘氨酸替換任何非極性氨基酸 (例如，Leu、Val, Ile等)和N-(氨基烷基)甘氨酸衍生物替換任何堿性極性氨基酸(例如，Lys 和 Arg)。在本文提供的氨基酸序列中，還考慮了 L-、D-或β氨基酸形式的序列以及逆、反向和逆反向同種型。此外，考慮了保守性取代(例如，在結(jié)合肽和/或抗微生物肽和/或接頭肽中)。還考慮了非蛋白質(zhì)主鏈，例如PEG、烷烴、亞乙基(乙基ene)橋、酯主鏈和其它主鏈。還考慮了長(zhǎng)約 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24 或 25 個(gè)氨基酸到至多肽的全長(zhǎng)減1個(gè)氨基酸的片段，其中所述片段保留了全長(zhǎng)肽的至少50%，優(yōu)選至少60 %、70 %或80 %，更優(yōu)選至少90 %、95 %、98 %、99 %或至少100 %的活性(例如， 結(jié)合特異性和/或親合力、抗微生物活性，等等)?！皬?fù)合抗微生物肽”或“復(fù)合AMP”指包含兩個(gè)或更多個(gè)彼此連接的AMP的構(gòu)建物。 AMP可直接或經(jīng)接頭相連。它們可化學(xué)偶聯(lián)，或者如果直接或經(jīng)肽接頭連接在一起，其可包含融合蛋白。在某些實(shí)施方式中，考慮了構(gòu)成本文所述任何序列的氨基酸保守取代。在各種實(shí)施方式中，1、2、3、4或5個(gè)不同殘基被取代。術(shù)語(yǔ)“保守性取代”用于反映基本不改變分子活性(例如，抗微生物活性和/或特異性)的氨基酸取代。保守性氨基酸取代通常包括用某一氨基酸取代具有相似化學(xué)特性(例如，電荷或疏水性)的另一氨基酸。某些保守性取代包括“類似物取代”，其中標(biāo)準(zhǔn)氨基酸被與母體殘基差異極小的非標(biāo)準(zhǔn)(例如，稀有、合成等)氨基酸替換。氨基酸類似物可考慮從標(biāo)準(zhǔn)氨基酸合成衍生而不顯著改變母體的結(jié)構(gòu)， 它們是異構(gòu)體或是代謝物前體。這種“類似物取代”的例子包括但不限于l)LyS-0rn、2) Leu-正亮氨酸、3) Lys-Lys [TFA]、4) Wie-Phe Wly]和5) δ -氨基丁基甘氨酸-ξ -氨基己基甘氨酸，其中Wie[gly]指苯基甘氨酸(R基團(tuán)中是H而非CH3 WPhe衍生物)和Lys[TFA] 指負(fù)電荷離子(例如，TFA)連接于胺R基團(tuán)的Lys。其它保守性取代包括“功能取代”，其中兩個(gè)殘基的一般化學(xué)特性相似且足以模擬或部分恢復(fù)天然肽的功能。強(qiáng)功能取代包括但不限于1) Gly/Ala、2) Arg/Lys、3) Ser/Tyr/Thr、4) Leu/Ile/Val、5) Asp/Glu、6) Gln/Asn 和 7) Wie/Trp/Tyr，而其它功能性取代包括但不限于8)Gly/Ala/Pro、9)Tyr/His、10)Arg/Lys/ HisUl) Ser/Thr/CysU2) Leu/Ile/Val/Met 和 i:3)Met/Lys (疏水性條件下的特例)。各種 “廣義保守性取代”包括氨基酸替換同一生物化學(xué)或生物物理學(xué)分組中的其它氨基酸的取
17代。這是基礎(chǔ)水平的相似性，源自對(duì)原始20種天然氨基酸的分類。此類取代包括1)非極性側(cè)鏈Gly/Ala/Val/Leu/Ile/Met/Pro/Phe/Trp，和 / 或 2)不帶電的極性側(cè)鏈 kr/Thr/ Asn/Gln/Tyr/Cys。在某些實(shí)施方式中，廣義水平取代還可以是成對(duì)取代。例如，任何親水性中性配對(duì) Ber，Thr, Gin, Asn, Tyr, Cys] + [Ser, Thr, Gin, Asn, Tyr, Cys]可被電-中性帶電配對(duì)[Arg，LyS，HiS] + [ASp，GlU]替換。在某些實(shí)施方式中，以下6組各含有彼此可典型保守性取代的氨基酸1)丙氨酸(A)、絲氨酸(S)、蘇氨酸⑴；2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)； 3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q) ；4)精氨酸(R)、賴氨酸(K)、組氨酸(H) ；5)異亮氨酸(I)、 亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、纈氨酸(V)；和6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸⑴、色氨酸(W)。在本文公開(kāi)氨基酸序列中，還考慮了包含一種或多種以上鑒定的保守性取代的氨基酸序列。在某些實(shí)施方式中，還考慮了與本文所述任何序列有至少80%，優(yōu)選至少85%或 90%，更優(yōu)選至少95%或98%序列相同性的靶向肽、抗微生物肽和/或STAMP。術(shù)語(yǔ)“相同，，或“相同性”百分比指采用以下序列比較算法之一或通過(guò)目測(cè)觀察檢測(cè)，在比較和匹配最大對(duì)應(yīng)性時(shí)，相同或具有特定百分比相同氨基酸殘基的兩種或更多序列。對(duì)于本發(fā)明的肽，測(cè)定該肽全長(zhǎng)的序列相同性。對(duì)于序列比較，通常一個(gè)序列用作與測(cè)試序列比較的參比序列。使用序列比較算法時(shí)，將測(cè)試和參比序列輸入計(jì)算機(jī)，指定子序列座標(biāo)，如需要，指定序列算法程序參數(shù)。然后，序列比較算法根據(jù)指定的程序參數(shù)計(jì)算測(cè)試序列相對(duì)于參比序列的序列相同性百分比。為作比較，可進(jìn)行最佳序列比對(duì)，例如通過(guò)Smith和Waterman的局部同源性算法((1981)Adv. Appl. Math. 2 :482)，Needleman和Wunsch的同源性比對(duì)算法 ((1970) J. Mol. Biol. 48 :443)，Pearson & Lipman 的相似性檢索方法((1988) Proc. Natl. Acad. Sci.，USA, 85 J444)，這些算法的計(jì)算機(jī)化實(shí)施(威斯康星遺傳軟件包(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group,575Science Dr. , Madison, WI) 中的 GAP、BESTFIT、FASTA 和 TFASTA,)或目測(cè)觀察。用于肽的抗微生物活性時(shí)，術(shù)語(yǔ)“特異性”表明與其它相關(guān)和/或無(wú)關(guān)的微生物相比，該肽優(yōu)先抑制生長(zhǎng)和/或增殖和/或殺傷特定微生物種類。在某些實(shí)施方式中，對(duì)靶種類的優(yōu)先抑制或殺傷增加至少10% (例如，LD5tl減少10% )，優(yōu)選至少20%、30%、40%或 50%，更優(yōu)選至少2倍、至少5倍或至少10倍。本文所用的“治療”或“處理”疾病可指預(yù)防該疾病、減緩該疾病的發(fā)作或發(fā)展速度、降低產(chǎn)生該疾病的風(fēng)險(xiǎn)、阻止或延緩該疾病相關(guān)癥狀的產(chǎn)生、減輕或終止該疾病的相關(guān)癥狀、使得該疾病完全或部分復(fù)原，或它們的一些組合。用于本文所述抗微生物肽(AMP)或AMP基序時(shí)，術(shù)語(yǔ)“基本上由…組成”表示文庫(kù)所包含的一種或多種肽或其變體、類似物或衍生物具有與參比肽基本上相同或更高的抗微生物活性和/或特異性。在某些實(shí)施方式中，基本上相同或更高的抗微生物活性表示參比肽對(duì)于特定細(xì)菌種類(例如，變形鏈球菌)的抗微生物活性為至少80%、優(yōu)選至少90%、更優(yōu)選至少95%。術(shù)語(yǔ)“嚇啉大環(huán)”指卟啉或卟啉衍生物。此類衍生物包括具有外環(huán)鄰位稠合或鄰位周邊稠合至卟啉核的的卟啉、用另一元素的原子替換卟啉環(huán)的一個(gè)或多個(gè)碳原子(骨架取代)的卟啉、用另一元素的原子替換卟啉環(huán)的氮原子(氮的骨架取代)的衍生物、在卟啉的外周(內(nèi)消旋_、β -)或核心原子處具有除氫以外的取代基的衍生物、嚇啉的一個(gè)或多個(gè)鍵飽和的衍生物(氫卟啉，例如二氫卟酚、菌綠素、異細(xì)菌二氫卟酚、十氫卟啉、corphins、咕啉(pyrrocorphin)等)、一種或多種金屬與一個(gè)或多個(gè)卟啉原子配位得到的衍生物(金屬卟啉)、包括吡咯和吡咯次甲基單位在內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)原子插入卟啉環(huán)的衍生物(擴(kuò)展卟啉)、從卟啉環(huán)中除去一個(gè)或多個(gè)基團(tuán)的衍生物(收縮卟啉，例如咕啉、咔咯)和前述衍生物的組合(例如，酞菁、紫菜嗪、萘酞菁、亞酞菁和卟啉異構(gòu)體)。某些卟啉大環(huán)包含至少一個(gè)5元環(huán)。本文所用的“抗體”指由免疫球蛋白基因或免疫球蛋白基因片段基本編碼的一種或多種多肽組成的蛋白質(zhì)。公認(rèn)的免疫球蛋白基因包括κ、λ、α、Υ、δ、ε和μ恒定區(qū)基因以及大量免疫球蛋白可變區(qū)基因。輕鏈分類為κ或λ。重鏈分類為Y、μ、α、δ或 ε，進(jìn)而分別確定免疫球蛋白類型IgG, IgM, IgA、IgD和IgE0已知典型的免疫球蛋白(抗體)結(jié)構(gòu)單位包含四聚體。各四聚體由兩對(duì)相同的多肽鏈組成，各對(duì)具有一條“輕”鏈(約25kD)和一條"重"鏈(約50-70kD)。各鏈的N末端有約100到110或更多氨基酸的可變區(qū)，該可變區(qū)主要負(fù)責(zé)抗原識(shí)別。術(shù)語(yǔ)可變輕鏈和可變重鏈(Vh)分別指這些輕鏈和重鏈?？贵w存在完整的免疫球蛋白或用各種肽酶消化產(chǎn)生的大量良好表征的片段。因此，例如胃蛋白酶在絞鏈區(qū)的二硫鍵下消化抗體以產(chǎn)生Fab的二聚體F(ab) ‘ 2，其本身是通過(guò)二硫鍵連接于Vh-ChI的輕鏈?？稍跍睾蜅l件下還原F(ab)' 2以打開(kāi)絞鏈區(qū)中的二硫鍵，從而將(Fab' )2 二聚體轉(zhuǎn)化成Fab'單體。Fab'單體本質(zhì)上是具有部分絞鏈區(qū)的Fab (其它抗體片段的更詳細(xì)描述參見(jiàn)，《基礎(chǔ)免疫學(xué)》(Fundamental Immunology)， W. Ε. Paul編·，雷文出版公司(Raven Press)，紐約· (1993))。雖然根據(jù)完整抗體的消化定義了各種抗體片段，但技術(shù)人員應(yīng)知道可通過(guò)化學(xué)方法或采用重組DNA方法從頭合成此類 Fab'片段。因此，本文所用的術(shù)語(yǔ)抗體還包括通過(guò)修飾完整抗體或采用重組DNA方法從頭合成而產(chǎn)生的抗體片段，包括但不限于Fab’ 2、IgG, IgM, IgA, scFv、dAb、納米抗體、單鏈抗體和雙鏈抗體。在某些實(shí)施方式中，本發(fā)明的抗體和片段可以是雙特異性的。雙特異性抗體或片段可以具有幾種構(gòu)型。例如，雙特異性抗體可類似于單一的抗體(或抗體片段)，但具有兩個(gè)不同的抗原結(jié)合位點(diǎn)(可變區(qū))。在各種實(shí)施方式中，可通過(guò)化學(xué)技術(shù)(Kranz等.(1981) Proc. Natl. Acad. Sci.，USA，78 :5807)、“多瘤”技術(shù)(參見(jiàn)，例如美國(guó)專利號(hào) 4，474，893)或通過(guò)重組DNA技術(shù)產(chǎn)生雙特異性抗體。在某些實(shí)施方式中，本發(fā)明的雙特異性抗體可對(duì)至少兩種不同抗原表位具有結(jié)合特異性，其中至少一個(gè)是微生物的抗原表位。微生物結(jié)合抗體和片段也可以是異源抗體。異源抗體是連接在一起的兩個(gè)或更多抗體或抗體結(jié)合片段 (例如，F(xiàn)ab)，各抗體或片段具有不同特異性。術(shù)語(yǔ)“STAMP”指特異性靶向抗微生物肽。在各種實(shí)施方式中，STAMP包含與一個(gè)或多個(gè)抗微生物部分(例如，抗微生物肽(AMP))結(jié)合的一個(gè)或多個(gè)肽靶向部分。MH-STAMP 是具有兩個(gè)或更多靶向結(jié)構(gòu)域的STAMP( S卩，多頭STAMP)。術(shù)語(yǔ)“分離的”、“純化的”或“生物學(xué)純的”指某種物質(zhì)基本上或?qū)嵸|(zhì)性不含天然狀態(tài)下通常與其相伴的組分。以肽為例，分離的(天然產(chǎn)生的)肽通?；静缓湓诩?xì)胞、 組織或機(jī)體中相關(guān)的組分。術(shù)語(yǔ)分離的還表示該肽不存在于噬菌體展示、酵母菌展示或其它肽文庫(kù)。在各種實(shí)施方式中，本文采用表1所示的氨基酸縮寫。
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表1.氨基酸縮寫
權(quán)利要求
1.一種嵌合構(gòu)建物，所述構(gòu)建物包含連接于包含表3和/或表12所示氨基酸序列的肽靶向部分的效應(yīng)物；和包含表4和/或表5所示氨基酸序列的抗微生物肽，其連接于靶向部分。
2.如權(quán)利要求1所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分是包含表3和/或表 12所示肽的氨基酸序列的肽。
3.如權(quán)利要求1所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分是包含表3所示肽的氨基酸序列的肽。
4.如權(quán)利要求1所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分是包含表3所示肽的兩種或更多種氨基酸序列的肽。
5.如權(quán)利要求1所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分是其氨基酸序列由表3 所示肽的氨基酸序列組成的肽。
6.如權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述效應(yīng)物包含選自下組的部分抗微生物肽、抗生素、配體、脂質(zhì)或脂質(zhì)體、物理破壞微生物群落內(nèi)胞外基質(zhì)的試劑和聚合粒子。
7.如權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述效應(yīng)物包含抗微生物肽，該肽包含表4和/或表5和/或表14和/或表15所示氨基酸序列。
8.如權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述效應(yīng)物包含抗微生物肽，該肽包含表4和/或表5所示氨基酸序列。
9.如權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述效應(yīng)物包含抗微生物肽，該肽包含的氨基酸序列的特征是選自下組的基序KIF、FIK、KIH、HIK和KIV。
10.如權(quán)利要求1所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述構(gòu)建物包含連接于抗微生物肽的靶向肽，所述靶向肽包含表3所示氨基酸序列，所述抗微生物肽包含表4和/或表5所示氨基酸序列。
11.如權(quán)利要求1所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述構(gòu)建物包含連接于靶向部分的抗微生物肽，所述抗微生物肽包含表4所示氨基酸序列，所述靶向部分包含表3和/或表10 和/或表12所示氨基酸序列。
12.如權(quán)利要求1所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述構(gòu)建物包含連接于抗微生物肽的靶向肽，所述靶向肽包含表3所示氨基酸序列，所述抗微生物肽包含表4所示氨基酸序列。
13.如權(quán)利要求1-12中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分化學(xué)偶聯(lián)于所述效應(yīng)物。
14.如權(quán)利要求13所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分經(jīng)接頭化學(xué)偶聯(lián)于所述效應(yīng)物。
15.如權(quán)利要求13所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分經(jīng)包含聚乙二醇 (PEG)的接頭化學(xué)偶聯(lián)于所述效應(yīng)物。
16.如權(quán)利要求13所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分經(jīng)表16所示的非肽接頭化學(xué)偶聯(lián)于所述效應(yīng)物。
17.如權(quán)利要求1-12中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分直接連接于所述效應(yīng)物。
18.如權(quán)利要求1-12中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分經(jīng)肽鍵連接于所述效應(yīng)物。
19.如權(quán)利要求18所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述效應(yīng)物包含抗微生物肽且所述構(gòu)建物是融合蛋白。
20.如權(quán)利要求18和19中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述靶向部分通過(guò)肽接頭連接于所述效應(yīng)物，所述肽接頭包含表16所示氨基酸序列或由其組成。
21.如權(quán)利要求1-20中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述構(gòu)建物攜帶一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)。
22.如權(quán)利要求21所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)獨(dú)立選自下組乙?；?、酰胺、3-20個(gè)碳烷基、fm0C、tb0C、9-芴乙?；?-芴羧基、9-芴羧基、9-芴酮-1-羧基、芐氧基羰基、咕噸基(Xan)、三苯甲基(Trt)、4_甲基三苯甲基(Mtt)、4-甲氧基三苯甲基(Mmt)、4_甲氧基-2，3，6-三甲基-苯磺?；?Mtr)、來(lái)-2-磺?；?Mts)、4， 4-二甲氧基二苯甲基(Mbh)、甲苯磺酰基(Tos)、2，2，5，7，8-五甲基苯并二氫吡喃-6-磺?；?Pmc), 4-甲芐基(MeBz 1),4-甲氧芐基(MeOBzl)、芐氧基(BzlO)、芐基(Bzl)、苯甲?；?Bz)、3_硝基-2-吡啶亞磺?；?Npys)、1-(4，4_ 二甲基-2，6-二氧代亞環(huán)己基)乙基(Dde)、2，6-二氯芐基Q，6-DiCl-Bzl)、2-氯芐氧基羰基O-Cl-Z)、2_溴芐氧基羰基 (2-Br-Z)、芐氧基甲基(Bom)、叔丁氧基羰基(Boc)、環(huán)己氧基(cHxO)、叔丁氧基甲基(Bum)、 叔丁氧基(tBuO)、叔丁基(tBu)和三氟乙?；?TFA)。
23.如權(quán)利要求21所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述構(gòu)建物在羧基和/或氨基末端包含保護(hù)基團(tuán)。
24.如權(quán)利要求23所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，羧基末端酰胺化。
25.如權(quán)利要求I-M中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述構(gòu)建物用聚合物功能化以延長(zhǎng)血清半衰期。
26.如權(quán)利要求25所述的嵌合構(gòu)建物，其特征在于，所述聚合物包括聚乙二醇和/或纖維素或改性纖維素。
27.一種藥物組合物，所述藥物組合物在藥學(xué)上可接受的載體中包含權(quán)利要求116中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物。
28.如權(quán)利要求27所述的組合物，其特征在于，所述組合物配制成單位劑量制劑。
29.如權(quán)利要求27所述的組合物，其特征在于，所述組合物配制成通過(guò)選自下組的方式給藥腹膜內(nèi)給藥、局部給藥、口服給藥、吸入給藥、經(jīng)皮膚給藥、皮下長(zhǎng)效給藥和直腸給藥。
30.一種有效殺傷微生物或抑制其生長(zhǎng)和/或生物膜的形成和/或維持的抗微生物組合物，所述組合物包含一種或多種分離的抗微生物肽，所述肽的氨基酸序列包含選自表4 和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
31.如權(quán)利要求30所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷酵母菌或真菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷酵母菌或真菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
32.如權(quán)利要求31所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷黑曲霉(Aspergillus niger)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷黑曲霉或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
33.如權(quán)利要求31所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷白色念珠菌 (C. albicans)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷白色念珠菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
34.如權(quán)利要求31所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷紅色毛癬菌 (T. rubrum)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷紅色毛癬菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
35.如權(quán)利要求30所述的組合物，其特征在于，該組合物有效殺傷細(xì)菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷細(xì)菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
36.如權(quán)利要求35所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷革蘭氏陽(yáng)性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷革蘭氏陽(yáng)性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
37.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷內(nèi)氏放線菌 (A. naeslundii)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷內(nèi)氏放線菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
38.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷枯草芽胞桿菌 (B. subtilis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷枯草芽胞桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
39.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷艱難梭菌 (C. difficile)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷艱難梭菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一條或多條序列。
40.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷杰氏棒狀桿菌 (C. jeikeium)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷杰氏棒狀桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
41.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷糞腸球菌 (E. faecalis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷糞腸球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
42.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷藤黃微球菌(M. Iuteus)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷藤黃微球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
43.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷MRSA或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷MRSA或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
44.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷表皮葡萄球菌 (S. epidermidis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷表皮葡萄球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5 所列氨基酸序列的一種或多種序列。
45.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷變形鏈球菌 (S. mutans)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷變形鏈球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
46.如權(quán)利要求36所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷肺炎鏈球菌 (S. pneumoniae)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷肺炎鏈球菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
47.如權(quán)利要求35所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷革蘭氏陰性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷革蘭氏陰性菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
48.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷鮑氏不動(dòng)桿菌 (A. baumannii)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷鮑氏不動(dòng)桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
49.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷空腸彎曲菌 (C. jejuni)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷空腸彎曲菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
50.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷大腸桿菌 (E. coli)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷大腸桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
51.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷具核梭桿菌 (F. nucleatum)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷具核梭桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
52.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷大腸桿菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷黃色粘球菌(M. xanthus)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
53.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷銅綠假單胞菌 (P. aeruginosa)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷銅綠假單胞菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5 所列氨基酸序列的一種或多種序列。
54.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷牙齦卟啉單胞菌 (P. gingivalis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷牙齦卟啉單胞菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表 5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
55.如權(quán)利要求47所述的組合物，其特征在于，所述組合物有效殺傷奇異變形菌 (P. mirabilis)或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖，所述組合物包含一種或多種肽，所述肽的氨基酸序列包含選自鑒定為有效殺傷奇異變形菌或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的表4和/或表5所列氨基酸序列的一種或多種序列。
56.如權(quán)利要求30-55中任一項(xiàng)所述的組合物，其特征在于，所述肽包含所有“L”氨基酸
57.如權(quán)利要求30-55中任一項(xiàng)所述的組合物，其特征在于，所述肽包含所有“D”氨基酸。
58.如權(quán)利要求30-55中任一項(xiàng)所述的組合物，其特征在于，所述肽包含“L”和“D”氨基酸的混合物。
59.如權(quán)利要求30-55中任一項(xiàng)所述的組合物，其特征在于，所述肽是β肽。
60.如權(quán)利要求30-59中任一項(xiàng)所述的組合物，其特征在于，所述肽包含一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)。
61.如權(quán)利要求60所述的組合物，其特征在于，所述肽在羧基末端包含酰胺。
62.如權(quán)利要求60或61中任一項(xiàng)所述的組合物，其特征在于，所述肽包含與羧基末端相連的保護(hù)基團(tuán)。
63.如權(quán)利要求62所述的組合物，其特征在于，所述與羧基末端相連的保護(hù)基團(tuán)是乙酰基。
64.如權(quán)利要求31-63中任一項(xiàng)所述的組合物，其特征在于，所述肽處于藥學(xué)上可接受的載體中。
65.如權(quán)利要求64所述的組合物，其特征在于，所述載體適合經(jīng)選自下組的途徑給予 局部給藥、氣溶膠給藥、經(jīng)吸入給藥、口服給藥、全身性靜脈內(nèi)給藥、眼部給藥和直腸給藥。
66.一種殺傷微生物和/或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖的方法，所述方法包括使所述微生物接觸權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物或權(quán)利要求30-65中任一項(xiàng)所述的組合物。
67.如權(quán)利要求66所述的方法，其特征在于，所述微生物是酵母菌或真菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷酵母菌或真菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求31-34中任一項(xiàng)所述的組合物。
68.如權(quán)利要求66所述的方法，其特征在于，所述微生物是細(xì)菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷細(xì)菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求35-55中任一項(xiàng)所述的組合物。
69.如權(quán)利要求66所述的方法，其特征在于，所述微生物是革蘭氏陽(yáng)性菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷革蘭氏陽(yáng)性菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求36-46中任一項(xiàng)所述的組合物。
70.如權(quán)利要求66所述的方法，其特征在于，所述微生物是革蘭氏陰性菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷革蘭氏陰性菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求47-55中任一項(xiàng)所述的組合物。
71.如權(quán)利要求66-70中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，所述效應(yīng)物是抗微生物肽。
72.如權(quán)利要求66所述的方法，其特征在于，所述嵌合構(gòu)建物或組合物優(yōu)先靶向形鏈球菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物施用于動(dòng)物或人的口腔。
73.如權(quán)利要求72所述的方法，其特征在于，所述方法降低齲齒的發(fā)生率或嚴(yán)重程度。
74.如權(quán)利要求66所述的方法，其特征在于，所述嵌合構(gòu)建物或組合物優(yōu)先靶向棒狀桿菌(Corynebacterium spp)，所述嵌合構(gòu)建物或組合物施用于動(dòng)物或人的皮膚表面。
75.如權(quán)利要求74所述的方法，其特征在于，所述方法減少體臭。
76.一種消毒表面的方法，所述方法包括使所述表面接觸權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的一種或多種嵌合構(gòu)建物或權(quán)利要求30-65中任一項(xiàng)所述的組合物。
77.如權(quán)利要求76所述的方法，其特征在于，所述表面包括假肢或醫(yī)學(xué)植入物的表面。
78.如權(quán)利要求76所述的方法，其特征在于，所述表面包括醫(yī)學(xué)裝置的表面。
79.如權(quán)利要求76所述的方法，其特征在于，所述表面包括植物或食物的表面。
80.如權(quán)利要求76所述的方法，其特征在于，所述嵌合構(gòu)建物和/或構(gòu)成所述組合物的肽與選自其它抗微生物劑的第二消毒劑組合，所述其它抗微生物劑是選自下組的消毒劑 乙酸、磷酸、檸檬酸、乳酸、甲酸、丙酸、鹽酸、硫酸、硝酸、氫氧化鈉、氫氧化鉀、碳酸鈉、氫氧化銨、乙醇、異丙醇、苯酚、甲醛、戊二醛、次氯酸鹽、二氧化氯、二氯異氰脲酸鈉、氯胺-T、碘、 聚維酮碘、氯己定、過(guò)氧化氫、過(guò)乙酸和苯扎氯銨。
81.權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物或權(quán)利要求30-65中任一項(xiàng)所述的組合物在制備殺傷微生物和/或抑制其生長(zhǎng)和/或增殖和/或抑制包含所述微生物的生物膜生長(zhǎng)和/或維持的藥物中的應(yīng)用。
82.如權(quán)利要求81所述的應(yīng)用，其特征在于，所述微生物是酵母菌或真菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷酵母菌或真菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求31-34中任一項(xiàng)所述的組合物。
83.如權(quán)利要求66所述的應(yīng)用，其特征在于，所述微生物是細(xì)菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷細(xì)菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求35-55中任一項(xiàng)所述的組合物。
84.如權(quán)利要求66所述的應(yīng)用，其特征在于，所述微生物是革蘭氏陽(yáng)性菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷革蘭氏陽(yáng)性菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求36-46中任一項(xiàng)所述的組合物。
85.如權(quán)利要求66所述的應(yīng)用，其特征在于，所述微生物是革蘭氏陰性菌，所述嵌合構(gòu)建物或組合物是包含經(jīng)鑒定能殺傷革蘭氏陰細(xì)菌的效應(yīng)物的權(quán)利要求1- 中任一項(xiàng)所述的嵌合構(gòu)建物，或權(quán)利要求47-55中任一項(xiàng)所述的組合物。
86.如權(quán)利要求81-85或權(quán)利要求70中任一項(xiàng)所述的應(yīng)用，其特征在于，所述效應(yīng)物是抗微生物肽。
87.—種檢測(cè)細(xì)菌和/或細(xì)菌膜的方法，所述方法包括使所述細(xì)菌或細(xì)菌膜與包含連接于靶向肽的可檢測(cè)標(biāo)記物的組合物接觸，所述靶向肽包含表3和/或表12所示一種或多種氨基酸序列；和檢測(cè)所述可檢測(cè)標(biāo)記物，其中所述可檢測(cè)標(biāo)記物的量和/或位置表明所述細(xì)菌和/或細(xì)菌膜的存在。
88.如權(quán)利要求87所述的方法，其特征在于，所述靶向肽包含表3所示肽的氨基酸序列，或由其組成。
89.如權(quán)利要求87所述的方法，其特征在于，所述可檢測(cè)標(biāo)記物是選自下組的標(biāo)記物 放射性標(biāo)記物、不透射線的標(biāo)記物、熒光染料、熒光蛋白質(zhì)、酶標(biāo)記物、比色標(biāo)記物和量子點(diǎn)ο
90.一種包含連接于靶向肽的光敏劑的組合物，所述靶向肽包含表3和/或表12所示肽的氨基酸序列。
91.如權(quán)利要求90所述的組合物，其特征在于，所述靶向肽包含表3所示肽的氨基酸序列，或由其組成。
92.如權(quán)利要求90所述的組合物，其特征在于，所述光敏劑是選自下組的試劑卟啉大環(huán)、嚇啉、氯、冠醚、吖啶、吖嗪、酞菁、花青、小茴香、補(bǔ)骨脂素和醌型茈。
93.如權(quán)利要求90所述的組合物，其特征在于，所述光敏劑是圖1-12中任一所示的試劑。
94.如權(quán)利要求90所述的組合物，其特征在于，所述光敏劑經(jīng)非肽接頭連接于所述靶向肽。
95.如權(quán)利要求90所述的組合物，其特征在于，所述光敏劑經(jīng)包含聚乙二醇(PEG)的接頭連接于所述靶向肽。
96.如權(quán)利要求90所述的組合物，其特征在于，所述光敏劑經(jīng)表16所示的非肽接頭連接于所述靶向肽。
97.一種抑制微生物或生物膜生長(zhǎng)和/或增殖的方法，所述方法包括使所述微生物或生物膜接觸權(quán)利要求89-96中任一項(xiàng)所述的組合物。
98.如權(quán)利要求97所述的方法，其特征在于，所述方法還包括使所述微生物或生物膜暴露于光源。
99.如權(quán)利要求97所述的方法，其特征在于，所述微生物是選自下組的微生物細(xì)菌、 酵母菌、真菌、原生動(dòng)物和病毒。
100.如權(quán)利要求97所述的方法，其特征在于，所述生物膜包含細(xì)菌膜。
101.如權(quán)利要求97所述的方法，其特征在于，所述生物膜是植入的或可植入的醫(yī)學(xué)裝置上的生物膜。
102.如權(quán)利要求97所述的方法，其特征在于，所述微生物或生物膜是口腔中的生物或生物膜。
103.一種制劑，其包含靶向肽、抗微生物肽和/或STAMP ；和濃度與約0. 5X PBS到約2. 5X PBS的磷酸緩沖鹽水(PBS)相當(dāng)?shù)柠}。
104.如權(quán)利要求103所述的制劑，其特征在于，所述制劑包含表3或10所示靶向肽。
105.如權(quán)利要求103所述的制劑，其特征在于，所述制劑包含抗變形鏈球菌肽靶向肽。
106.如權(quán)利要求103所述的制劑，其特征在于，所述抗變形鏈球菌靶向肽具有氨基酸序歹Ij TFFRLFNRSFTQALGK (SEQ ID NO :3251)。
107.如權(quán)利要求106所述的制劑，其特征在于，所述靶向肽連接于抗微生物肽。
108.如權(quán)利要求107所述的制劑，其特征在于，所述抗微生物肽是表4、5或14所示的肽。
109.如權(quán)利要求107所述的制劑，其特征在于，所述抗微生物肽具有氨基酸序列 KNLRIIRKGIHIIKKY(SEQ ID NO :3082)。
110.如權(quán)利要求103所述的制劑，其特征在于，所述制劑包含氨基酸序列C16G2STAMP (TFFRLFNRSFTQALGKGGGKNLRIIRKGIHIIKKY(SEQ ID NO :3252)。
111.如權(quán)利要求103-110中任一項(xiàng)所述的制劑，其特征在于，所述靶向肽、抗微生物肽和/或STAMP具有一個(gè)或多個(gè)保護(hù)基團(tuán)。
112.如權(quán)利要求111所述的制劑，其特征在于，所述保護(hù)基團(tuán)選自乙?；Ⅴ０贰?-20 個(gè)碳烷基、Fmoc, Tboc、9-芴乙?；?-芴羧基、9-芴羧基、9-芴酮-1-羧基、芐氧基羰基、 咕噸基(Xan)、三苯甲基(Trt)、4_甲基三苯甲基(Mtt)、4-甲氧基三苯甲基(Mmt)、4-甲氧基-2，3，6-三甲基-苯磺?；?Mtr)、均三甲基苯-2-磺?；?Mts)、4，4-二甲氧基二苯甲基(Mbh)、甲苯磺?；?Tos)、2，2，5，7，8-五甲基苯并二氫吡喃_6_磺?；?Rnc)、4-甲芐基 (MeBz 1),4-甲氧芐基(MeOBzl)、芐氧基φζΙΟ)、芐基(Bzl)、苯甲?；?Bz)、3_硝基-2-吡啶亞磺酰基(Npys)、U4，4-二甲基-2，6-二氧代亞環(huán)己基)乙基(Dde)、2，6-二氯芐基(2， 6-DiCl-Bzl)、2_氯芐氧基羰基Q-C1-Z)、2_溴芐氧基羰基Q-Br-Z)、芐氧基甲基(Bom)、叔丁氧基羰基(Boc)、環(huán)己氧基(cHxO)、叔丁氧基甲基(Bum)、叔丁氧基(tBuO)、叔丁基(tBu) 和三氟乙?；?TFA)。
113.如權(quán)利要求111所述的制劑，其特征在于，所述靶向肽、抗微生物肽和/或STAMP在羧基末端酰胺化。
114.如權(quán)利要求103-110中任一項(xiàng)所述的制劑，其特征在于，所述制劑的pH為約pH 5. 0 到約 pH 8. 5。
115.如權(quán)利要求114所述的制劑，其特征在于，所述pH為約pH7.4。
116.如權(quán)利要求103-115中任一項(xiàng)所述的制劑，其特征在于，所述鹽的濃度與IXPBS 的相當(dāng)。
117.如權(quán)利要求103-116中任一項(xiàng)所述的制劑，其特征在于，所述制劑包含PBS。
118.如權(quán)利要求117所述的制劑，其特征在于，所述制劑還包含乙醇和/或甘油和/或聚乙二醇和/或氟化物。
全文摘要
本發(fā)明提供新型靶向抗微生物組合物。在各種實(shí)施方式中，提供的嵌合部分包含連接于靶向部分的抗微生物肽，所述靶向部分結(jié)合細(xì)菌菌株或種類。
文檔編號(hào)A61K38/00GK102405053SQ201080011405
公開(kāi)日2012年4月4日 申請(qǐng)日期2010年1月6日 優(yōu)先權(quán)日2009年1月6日
發(fā)明者C·卡普蘭, D·K·亞布拉夫, J-H·西姆, M·安德森, R·H·?？颂? 何堅(jiān) 申請(qǐng)人:C3劍股份有限公司