用于預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的標記物及其用途
【專利摘要】本發(fā)明涉及一種用于預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的標記物，該述標記物為人類基因組編號為rs3733570的SNP位點的基因型，該SNP位點的基因型的存在標志著患有2型糖尿病腎病的發(fā)生風險,其可提高2型糖尿病腎病預測的準確性，對2型糖尿病腎病的早期預測發(fā)病風險，便于高危人群通過及早治療及改變生活方式來減少2型糖尿病腎病的發(fā)生。
【專利說明】用于預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的標記物及其用途
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及分子生物學和醫(yī)學領(lǐng)域，特別涉及一種用于預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的標記物及其用途。
【背景技術(shù)】
[0002]糖尿病是一種糖、蛋白質(zhì)、脂肪代謝障礙的慢性綜合征，繼發(fā)于胰島素分泌不足，或靶組織產(chǎn)生抗胰島素性；有兩種主要型:胰島素依賴性糖尿病(I型)和非胰島素依賴性糖尿病(2型)。
[0003]2型糖尿病(type2diabetesmellitus，T2DM)的發(fā)病受到環(huán)境和基因雙重因素的影響。遺傳因素能增加機體發(fā)生2型糖尿病的危險性。目前T2DM的發(fā)病率在所有種族和年齡段均逐漸上升。雖然進行了大量的基因組關(guān)聯(lián)分析，但是大部分T2DM相關(guān)基因仍然未知。
[0004]2型糖尿病腎病(diabetic nephropathy,DN)是T2DM的一個常見并發(fā)癥,其發(fā)展也受到環(huán)境和基因雙重因素的影響；DN能導致T2DM患者終末期腎病；是成人慢性腎功能衰竭病首要原因；也是糖尿病患者發(fā)病和致死的主要原因。所以當務(wù)之急是研究DN的易感基因，以此來預測2型糖尿 病腎病 的發(fā)生風險及開展針對此基因的藥物治療；目前一些基因組掃描(genome-wide scans, GffS)和相關(guān)性研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)一些基因與DN密切相關(guān),但是DN發(fā)生的所有易感基因并未完全明確。因此為了研究2型糖尿病腎病及其發(fā)病機制，預測患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險，需要生物學家及醫(yī)學家更多的發(fā)現(xiàn)2型糖尿病腎病的相關(guān)基因。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]為了解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明提供一個新的能預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的標記物。
[0006]本發(fā)明具體技術(shù)方案如下:
[0007]本發(fā)明提供一種用于預測人患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的標記物，該述標記物為人類基因組編號為rs3733570的SNP (single nucleotidepolymorphism)位點的基因型，該SNP位點的基因型的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險。
[0008]rs3733570 的相關(guān)信息可從 http://www.ncb1.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi ?rs = 3733570中找到依據(jù)。
[0009]進一步的改進，所述SNP位點的基因型為rs3733570的基因型。
[0010]進一步的改進，所述rs3733570的T等位基因的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險增聞。
[0011]進一步的改進，所述rs3733570的T/T基因型的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險增聞。
[0012]進一步的改進，所述rs3733570的共顯性中C/T和T/T基因型的存在，或顯性中C/T和T/T基因型的存在，或隱性中T/T基因型的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險增聞。
[0013]進一步的改進，所述共顯性中T/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C基因型的7-8倍；C/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C基因型的3-4倍；顯性中C/T和T/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C基因型的4-5倍；隱性中T/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C和C/T基因型的3-4倍。
[0014]進一步的改進，所述標記物在用作預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的試劑中的應用。
[0015]本發(fā)明所述2型糖尿病腎病患者為亞洲人。
[0016]本發(fā)明另一方面提供了識別標記物的方法，該標記物的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險，該方法包括如下步驟:
[0017]a.收取EDTA-K2抗凝靜脈全血；
[0018]b.通過全血PCR擴增體系擴增rs3733570所在外顯子片段；
[0019]c.將b步驟獲 得的PCR產(chǎn)物純化；
[0020]d.將步驟c得到的純化產(chǎn)物,經(jīng)測序儀(3730x1，ABI)測序；
[0021]e.分析結(jié)果。
[0022]進一步的改進，所述擴增步驟包括:94°C 3分鐘，550C 3分鐘循環(huán)4次；94°C變性5分鐘后進入循環(huán)，94°C變性30秒，52 °C退火30秒，72 °C延伸90秒，40個周期后，72 °C延伸5分鐘，4 °C保持。
[0023]本發(fā)明進一步還提供了利用上述標記物預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的方法，該方法包括如下步驟:
[0024]a)收取EDTA-K2抗凝靜脈全血；
[0025]b)檢測全血中rs3733570SNP位點的基因型；
[0026]c)所述rs3733570共顯性中，T/T基因型會使患者發(fā)展為2型糖尿病腎病的風險與正常患者相比增加7-8倍。
[0027]本發(fā)明的有益效果，本發(fā)明提供一種用于預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的標記物，該標記物為人類基因組編號為rs3733570的SNP位點的基因型，其可提高2型糖尿病腎病預測的準確性，對2型糖尿病腎病的早期預測發(fā)病風險，便于高危人群通過及早治療及改變生活方式來減少2型糖尿病腎病的發(fā)生。
【具體實施方式】
[0028]實施例1
[0029]一種標記物，該標記物為人類基因組編號為rs3733570的SNP位點的基因型，所述SNP位點的基因型為rs3733570的基因型，其中，rs3733570共顯性中T/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C基因型的7.69倍；
[0030]所述標記物的識別方法為:
[0031]a.收取EDTA-K2抗凝靜脈全血；
[0032]b.通過全血PCR擴增體系擴增rs3733570所在外顯子片段；擴增步驟為:94°C 3分鐘，550C 3分鐘循環(huán)4次；94°C變性5分鐘后進入循環(huán)，94°C變性30秒，52°C退火30秒，72°C延伸90秒，40個周期后，72 °C延伸5分鐘，4°C保持；
[0033]c.將b步驟獲得的PCR產(chǎn)物純化；
[0034]d.將步驟c得到的純化產(chǎn)物，經(jīng)測序儀(3730x1，ABI)測序；
[0035]e.分析結(jié)果。
[0036]利用所述標記物預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的方法，該方法包括如下步驟:
[0037]a)收取EDTA-K2抗凝靜脈全血；
[0038]b)檢測全血中rs3733570SNP位點的基因型；
[0039]c)所述rs3733570共顯性中，T/T基因型會使患者發(fā)展為2型糖尿病腎病的風險與正常患者相比增加7.69倍。
[0040]試驗例I
[0041]1.研究對象
[0042]所選取的研究對象為河北省唐山市開灤醫(yī)院入院病人；研究對象分為高齡未患糖尿病對照組(NC)，2型糖尿病組(T2DM)，2型糖尿病腎病組(DN)三組，NC入組標準為:年齡≥60歲，血糖水平正常(空腹血糖< 6.lmmol/L而且餐后2小時血糖< 7.8mmol/L),無既往糖尿病史J2DM標準為符合1999年WHO糖尿病診斷標準并排除具有TlDM及年輕的成人起病糖尿病(MODY)等特殊類型糖尿?。涣硗庑锜o糖尿病腎病的病史，尿常規(guī)蛋白陰性，血肌酐水平正常；DN入組標準為除前述糖尿病的診斷標準外應同時具備，眼科診斷的糖尿病性視網(wǎng)膜病變，尿蛋白陽性(至少2次尿常規(guī)蛋白陽性(+~3+)或24小時尿蛋白定量^ 0.5g);無血尿:尿常規(guī)紅細胞< 3個/高倍視野；各組入組患者必須同時排除:①臨床診斷的除糖尿病性腎病以往的其他原發(fā)性或繼發(fā)性腎臟疾病血液系統(tǒng)疾病惡性腫瘤；本研究的注冊號=ChiCTR-TNRC-11001489 ;倫理委員會批件文號為2006醫(yī)倫字5號。
[0043]2.檢測方法:
[0044]rs3733570位點所在DNA的擴增
[0045]所用試劑2XES Taq MasterMix (康為世紀，CW0690)
[0046]所用引物
[0047]sense TTGCCAGTGTATAGGTAAGG
[0048]antisense ATTCATTCCAGTGTAGA
[0049]所有入組病人留取2ml EDTA-K2抗凝靜脈全血分裝后保存于_80°C。以全血為DNA模板，PCR擴增rs3733570所在的外顯子。按如下程序進行:在94°C 3分鐘，55°C 3分鐘循環(huán)4次以破壞細胞膜及核膜釋放基因組DNA ;94°C變性5分鐘后進入循環(huán)，94°C變性30秒，52°C退火30秒，72°C延伸90秒，40個周期后72°C延伸5分鐘，4°C保持；PCR產(chǎn)物經(jīng)純化后經(jīng)測序儀(3730x1，ABI)分析后獲得序列；獲得的序列觀察rs3733570為何種核苷酸；
[0050]3.統(tǒng)計學分析方法
[0051]描述性統(tǒng)計資料年齡用方差分析，性別用卡方檢驗；基因型分布溫-哈平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE)用HW計算器；運用非條件logistic回歸計算相對危險度(odds ratio, OR)和 95% 可信區(qū)間(95% confidence interval, 95% CI),p〈0.05 被認為有統(tǒng)計學差異。
[0052]4.結(jié)果
[0053]研究對象的臨床特征見表1 ;[0054]rs3733570在人群中的分布見表2 ；
[0055]rs3733570與2型糖尿病腎病的相關(guān)性見表3 ；
[0056]表一研究對象的臨床特征
[0057]
【權(quán)利要求】
1.一種標記物，其特征在于，所述標記物為人類基因組編號為rs3733570的SNP位點的基因型，所述SNP位點的基因型的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險。
2.如權(quán)利要求1所述的標記物，其特征在于，所述SNP位點的基因型為rs3733570的基因型。
3.如權(quán)利要求2所述的標記物，其特征在于，所述rs3733570的T等位基因的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險增高。
4.如權(quán)利要求2所述的標記物，其特征在于，所述rs3733570的T/T基因型的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險增高。
5.如權(quán)利要求2所述的標記物，其特征在于，所述rs3733570的共顯性中C/T和T/T基因型的存在，或顯性中C/T和T/T基因型的存在，或隱性中T/T基因型的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險增高。
6.如權(quán)利要求5所述的標記物，其特征在于，所述共顯性中T/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C基因型的7-8倍；C/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C基因型的3-4倍；顯性中C/T和T/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C基因型的4-5倍；隱性中T/T基因型患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險是C/C和C/T基因型的3-4倍。
7.如權(quán)利要求1-6任一所述的標記物，其特征在于，所述標記物在用作預測2型糖尿病腎病發(fā)生風險的試劑中的應用。
8.如權(quán)利要求1-6任一所述的標記物，其特征在于，所述2型糖尿病腎病患者為亞洲人。
9.一種識別權(quán)利要求1-6任一所述標記物的方法，其特征在于，所述標記物的存在標志著患2型糖尿病腎病的發(fā)生風險，所述方法包括如下步驟: a.收取EDTA-K2抗凝靜脈全血； b.通過全血PCR擴增體系擴增rs3733570所在外顯子片段； c.將b步驟獲得的PCR產(chǎn)物純化； d.將步驟c得到的純化產(chǎn)物，經(jīng)測序儀(3730x1,ABI)測序； e.分析結(jié)果。
10.如權(quán)利要求9所述的標記物的方法，其特征在于，所述擴增步驟包括:94°C3分鐘，550C 3分鐘循環(huán)4次；94°C變性5分鐘后進入循環(huán)，94°C變性30秒，52°C退火30秒，72°C延伸90秒，40個周期后，72 °C延伸5分鐘，4°C保持。
11.利用權(quán)利要求6所述的標記物預測患2型糖尿病腎病發(fā)生風險的方法，其特征在于，所述方法包括如下步驟: a)收取EDTA-K2抗 凝靜脈全血； b)檢測全血中rs3733570SNP位點的基因型； c)所述rs3733570共顯性中，T/T基因型會使患者發(fā)展為2型糖尿病腎病的風險與正?；颊呦啾仍黾?-8倍。
【文檔編號】C12Q1/68GK103981280SQ201410254863
【公開日】2014年8月13日 申請日期:2014年6月10日 優(yōu)先權(quán)日:2014年3月13日
【發(fā)明者】李志國, 沈宏, 劉業(yè)強, 馬麗梅, 蒲志杰, 楊向軍 申請人:河北聯(lián)合大學