說明書
本發(fā)明涉及反義寡核苷酸,它們作為tgf-r信號傳導(dǎo)的抑制劑的用途,含有此類反義寡核苷酸的藥物組合物以及用于預(yù)防和治療神經(jīng)系統(tǒng)、神經(jīng)變性和過度增殖性包括腫瘤疾病的用途。
tgf-β以三種已知亞型(tgf-β1,tgf-β2和tgf-β3)存在于人中。這些在神經(jīng)變性疾病如als和一些人類癌癥中上調(diào),并且已經(jīng)證明了該生長因子在神經(jīng)變性疾病、急性創(chuàng)傷和神經(jīng)炎癥和衰老的病理狀況中的表達(dá)增加。轉(zhuǎn)化生長因子-β(tgf-β1)的同種型也被認(rèn)為參與先兆子癇的發(fā)病機(jī)制。
活化的tgf-β通過三種不同的受體類型對靶細(xì)胞發(fā)揮作用:i型(tgfri),也稱為激活素樣激酶(alk;53kda),ii型(tgfrii;70-100kda)和iii型(tgfriii;200-400kda)。tgf-β受體是單程絲氨酸/蘇氨酸激酶受體。而ii型受體激酶是組成型活性的,i型受體需要被激活。該過程通過將配體結(jié)合到tgfrii來啟動;這觸發(fā)包含配體和i型和ii型受體的復(fù)合物的瞬時形成??紤]到配體的二聚體組成,受體復(fù)合物最有可能由兩對每種受體類型形成的四聚體結(jié)構(gòu)組成。
tgf-β信號傳導(dǎo)通過其受體和下游通過smad蛋白發(fā)生。通過將tgf-β同種型與特異性tgfri/ii受體對結(jié)合引發(fā)的smad依賴性細(xì)胞信號傳導(dǎo)導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)smad的磷酸化,隨后將活化的smad復(fù)合體轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核中以影響特異性靶基因表達(dá)。信號發(fā)散到其它途徑和來自相鄰信號通路的收斂產(chǎn)生高度復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)。取決于環(huán)境和細(xì)胞環(huán)境,tgf-β信號傳導(dǎo)導(dǎo)致多種不同的細(xì)胞應(yīng)答,如腫瘤細(xì)胞中的細(xì)胞增殖、分化、運動和細(xì)胞凋亡。在癌癥中,通過促進(jìn)腫瘤生長、誘導(dǎo)上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(emt)、阻止抗腫瘤免疫反應(yīng)、增加腫瘤相關(guān)纖維化、調(diào)節(jié)細(xì)胞外基質(zhì)(ecn)和細(xì)胞遷移、并最終增強(qiáng)血管發(fā)生,tgf-β可直接(稱為tgf-β信號傳導(dǎo)的內(nèi)在作用)或間接(稱為外在作用)影響腫瘤生長。確定tgf-β信號傳導(dǎo)是否具有腫瘤啟動或抑制功能的因子(例如濃度,時間,局部暴露)是主要研究和討論的問題。目前,推測tgf-β信號傳導(dǎo)的腫瘤抑制功能在早期癌癥階段中喪失,類似于其它腫瘤抑制因子的隱性功能喪失突變。因此,存在幾種用于通過阻斷tgf-β信號傳導(dǎo)途徑治療潛在癌癥的藥理學(xué)方法,如galunisertib和tew-7197的研究,其都是tgfri的小分子抑制劑并正在進(jìn)行臨床研究,以及抗tgfrii抗體的ly3022859。
由轉(zhuǎn)化生長因子(tgf-β)家族的蛋白提供的信號代表在生理條件下控制神經(jīng)干細(xì)胞的系統(tǒng),但類似于其它細(xì)胞類型,神經(jīng)干細(xì)胞在轉(zhuǎn)化至癌癥干細(xì)胞后從該控制釋放。tgf-β是參與腦的各種生理和病理生理過程的多功能細(xì)胞因子。在損傷或缺氧后和在神經(jīng)變性過程中,當(dāng)其調(diào)節(jié)和抑制炎癥反應(yīng)時其在成人腦中被誘導(dǎo)。損傷后,雖然tgf-β通常是神經(jīng)保護(hù)的,但其通過抑制神經(jīng)干細(xì)胞增殖并誘導(dǎo)瘢痕形成的纖維化/神經(jīng)膠質(zhì)增生來限制腦的自我修復(fù)。類似于其對神經(jīng)干細(xì)胞的效應(yīng),tgf-β顯示出對大多數(shù)細(xì)胞類型的抗增殖控制;然而,矛盾的是,許多腫瘤逃避tgf-β控制。此外,這些腫瘤發(fā)展出將tgf-β的抗增殖作用改變?yōu)橹掳┬盘柕臋C(jī)制,主要是通過編排大量tgf-β介導(dǎo)的對基質(zhì)、遷移和侵襲、血管發(fā)生和最重要地免疫逃逸機(jī)制的效應(yīng)。因此,tgf-β參與腫瘤進(jìn)展(參見圖3)。
因此,tgf受體ii(轉(zhuǎn)化生長因子,β受體ii;同義使用的符號:tgf-βii型受體,tgfbr2;aat3;faa3;lds1b;lds2;lds2b;mfs2;riic;taad2;tgfr-2;tgfβ-rii,tgf-rii,tgf-rii)(特別是其抑制)被驗證為治療神經(jīng)變性疾病如als和過度增殖性疾病如癌癥和纖維化疾病的靶標(biāo)。
因此,本申請的目的是提供能夠抑制tgf受體ii(tgf-rii)表達(dá)并因此減少tgf受體ii(tgf-rii)的量并減少tgf-β下游信號傳導(dǎo)的活性的藥學(xué)活性化合物。
本發(fā)明的目的通過獨立權(quán)利要求的教導(dǎo)內(nèi)容來解決。本發(fā)明的進(jìn)一步有利的特征、方面和細(xì)節(jié)根據(jù)本申請的從屬權(quán)利要求、說明書、附圖和實施例是明顯的。
令人驚訝的是,在數(shù)千種候選物質(zhì)中,例如蛋白-核苷酸復(fù)合物,sirna,微小rna(mirna),核酶,適體,cpg寡聚物,dna-酶,核糖開關(guān),脂質(zhì),肽,小分子,筏或細(xì)胞膜穴樣內(nèi)陷的修飾劑,高爾基體的修飾劑,抗體及其衍生物,特別是嵌合體,fab片段和fc片段,含有l(wèi)na(
因此,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或與編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸分別包含能夠與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個核苷酸是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域雜交或與編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸分別包含能夠與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸分別包含與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9)互補的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個核苷酸是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域雜交或與編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸分別包含與序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)互補的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ccctaaacac(seq.idno.5),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ccctaaacac(seq.idno.5)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ccctaaacac(seq.idno.5),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ccctaaacac(seq.idno.5)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ccctaaacac(seq.idno.5),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ccctaaacac(seq.idno.5)互補的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ccctaaacac(seq.idno.5),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ccctaaacac(seq.idno.5)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actaccaaat(seq.idno.6),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列actaccaaat(seq.idno.6)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actaccaaat(seq.idno.6),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列actaccaaat(seq.idno.6)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actaccaaat(seq.idno.6),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列actaccaaat(seq.idno.6)互補的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actaccaaat(seq.idno.6),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列actaccaaat(seq.idno.6)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)互補的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)互補的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ttattaatgc(seq.idno.9)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ttattaatgc(seq.idno.9)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ttattaatgc(seq.idno.9)互補的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的開放閱讀框的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ttattaatgc(seq.idno.9)互補的序列。
本發(fā)明的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選包含4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸含有3至10個lna單元,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶以及其常見的衍生物。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。
因此,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),ctggtccattca(seq.idno.298),tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),tccctaaacact(seq.idno.301),cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),cactaccaaata(seq.idno.304),tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),tggacgcgtatc(seq.idno.307),ggtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),ggtctatgacga(seq.idno.310),tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313),并且反義寡核苷酸分別包含能夠與所述序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),ctggtccattca(seq.idno.298),tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),tccctaaacact(seq.idno.301),cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),cactaccaaata(seq.idno.304),tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),tggacgcgtatc(seq.idno.307),ggtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),ggtctatgacga(seq.idno.310),tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313)雜交的序列。
或者,本發(fā)明涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),ctggtccattca(seq.idno.298),tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),tccctaaacact(seq.idno.301),cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),cactaccaaata(seq.idno.304),tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),tggacgcgtatc(seq.idno.307),ggtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),ggtctatgacga(seq.idno.310),tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313),并且反義寡核苷酸分別包含能夠與所述序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),ctggtccattca(seq.idno.298),tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),tccctaaacact(seq.idno.301),cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),cactaccaaata(seq.idno.304),tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),tggacgcgtatc(seq.idno.307),ggtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),ggtctatgacga(seq.idno.310),tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),或ctggtccattca(seq.idno.298),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),或ctggtccattca(seq.idno.298)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),或ctggtccattca(seq.idno.298),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ctggtccattc(seq.idno.296),tggtccattca(seq.idno.297),或ctggtccattca(seq.idno.298)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),或tccctaaacact(seq.idno.301),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),或tccctaaacact(seq.idno.301)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),或tccctaaacact(seq.idno.301),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tccctaaacac(seq.idno.299),ccctaaacact(seq.idno.300),或tccctaaacact(seq.idno.301)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),或cactaccaaata(seq.idno.304),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),或cactaccaaata(seq.idno.304)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),或cactaccaaata(seq.idno.304),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列cactaccaaat(seq.idno.302),actaccaaata(seq.idno.303),或cactaccaaata(seq.idno.304)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),或tggacgcgtatc(seq.idno.307),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),或tggacgcgtatc(seq.idno.307)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),或tggacgcgtatc(seq.idno.307),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tggacgcgtat(seq.idno.305),ggacgcgtatc(seq.idno.306),或tggacgcgtatc(seq.idno.307)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)gtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),或ggtctatgacga(seq.idno.310),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)gtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),或ggtctatgacga(seq.idno.310)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)gtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),或ggtctatgacga(seq.idno.310),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)gtctatgacg(seq.idno.308),gtctatgacga(seq.idno.309),或ggtctatgacga(seq.idno.310)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且2至24個核苷酸中的至少三個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tttattaatgc(seq.idno.311),ttattaatgcc(seq.idno.312),或tttattaatgcc(seq.idno.313)互補的序列。
本發(fā)明的反義寡核苷酸優(yōu)選包含3至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,還更優(yōu)選包含4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,和最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個或更多個,更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸含有3至10個lna單元,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶以及其常見的衍生物。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。
因此,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318),ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),ctccctaaacacta(seq.idno.323),acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),acactaccaaatag(seq.idno.328),gtggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),gtggacgcgtatcg(seq.idno.333),cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),cggtctatgacgag(seq.idno.338),ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343),并且反義寡核苷酸分別包含能夠與所述序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318),ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),ctccctaaacacta(seq.idno.323),acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),acactaccaaatag(seq.idno.328),gtggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),gtggacgcgtatcg(seq.idno.333),cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),cggtctatgacgag(seq.idno.338),ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343)雜交的序列。
或者,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318),ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),ctccctaaacacta(seq.idno.323),acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),acactaccaaatag(seq.idno.328),gtggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),gtggacgcgtatcg(seq.idno.333),cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),cggtctatgacgag(seq.idno.338),ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343),并且反義寡核苷酸分別包含能夠與所述序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318),ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),ctccctaaacacta(seq.idno.323),acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),acactaccaaatag(seq.idno.328),gtggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),gtggacgcgtatcg(seq.idno.333),cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),cggtctatgacgag(seq.idno.338),ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列actggtccattc(seq.idno.314),tggtccattcat(seq.idno.315),ctggtccattcat(seq.idno.316),actggtccattca(seq.idno.317),actggtccattcat(seq.idno.318)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),或ctccctaaacacta(seq.idno.323),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),或ctccctaaacacta(seq.idno.323)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),或ctccctaaacacta(seq.idno.323),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ctccctaaacac(seq.idno.319),ccctaaacacta(seq.idno.320),tccctaaacacta(seq.idno.321),ctccctaaacact(seq.idno.322),或ctccctaaacacta(seq.idno.323)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),或acactaccaaatag(seq.idno.328),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),或acactaccaaatag(seq.idno.328)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),或acactaccaaatag(seq.idno.328),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列acactaccaaat(seq.idno.324),actaccaaatag(seq.idno.325),cactaccaaatag(seq.idno.326),acactaccaaata(seq.idno.327),或acactaccaaatag(seq.idno.328)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)tggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),或gtggacgcgtatcg(seq.idno.333),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)tggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),或gtggacgcgtatcg(seq.idno.333)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列g(shù)tggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),或gtggacgcgtatcg(seq.idno.333),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列g(shù)tggacgcgtat(seq.idno.329),ggacgcgtatcg(seq.idno.330),tggacgcgtatcg(seq.idno.331),gtggacgcgtatc(seq.idno.332),或gtggacgcgtatcg(seq.idno.333)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),或cggtctatgacgag(seq.idno.338),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),或cggtctatgacgag(seq.idno.338)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),或cggtctatgacgag(seq.idno.338),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列cggtctatgacg(seq.idno.334),gtctatgacgag(seq.idno.335),ggtctatgacgag(seq.idno.336),cggtctatgacga(seq.idno.337),或cggtctatgacgag(seq.idno.338)互補的序列。
優(yōu)選地,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343)雜交的序列。
稍微換一種說法,本發(fā)明還涉及由14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且14至20個更優(yōu)選14至18個核苷酸中的至少4個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343),并且反義寡核苷酸包含能夠與所述序列ctttattaatgc(seq.idno.339),ttattaatgcct(seq.idno.340),tttattaatgcct(seq.idno.341),ctttattaatgcc(seq.idno.342),或ctttattaatgcct(seq.idno.343)互補的序列。
本發(fā)明的反義寡核苷酸優(yōu)選包含4至11個lna單元,更優(yōu)選4至10個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸含有3至10個lna單元,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶以及其常見的衍生物。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。
因此,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列表示:5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)或5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)或5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)或5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)或5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)或5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101),其中
n1表示:catggcagaccccgctgctc-,atggcagaccccgctgctc-,tggcagaccccgctgctc-,ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,-ccgagcccccagcgcag,-ccgagcccccagcgcagc,-ccgagcccccagcgcagcg,或–ccgagcccccagcgcagcgg;
n3表示:ggtgggatcgtgctggcgat-,gtgggatcgtgctggcgat-,tgggatcgtgctggcgat-,gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
n4表示:-acaggacgatgtgcagcggc,-acaggacgatgtgcagcgg,-acaggacgatgtgcagcg,-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a;
n5表示:gcccagcctgccccagaagagcta-,cccagcctgccccagaagagcta-,ccagcctgccccagaagagcta-,cagcctgccccagaagagcta-,agcctgccccagaagagcta-,gcctgccccagaagagcta-,cctgccccagaagagcta-,ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;
n6表示:-tgtttagggagccgtcttcaggaa,-tgtttagggagccgtcttcagga,-tgtttagggagccgtcttcagg,-tgtttagggagccgtcttcag,-tgtttagggagccgtcttca,-tgtttagggagccgtcttc,-tgtttagggagccgtctt,-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t;
n7表示:tgaatcttgaatatctcatg-,gaatcttgaatatctcatg-,aatcttgaatatctcatg-,atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;
n8表示:-agtattctagaaactcacca,-agtattctagaaactcacc,-agtattctagaaactcac,-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a;
n9表示:attcatatttatatacaggc-,
ttcatatttatatacaggc-,tcatatttatatacaggc-,catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;
n10表示:-agtgcaaatgttattggcta,-agtgcaaatgttattggct,-agtgcaaatgttattggc,-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a;
n11表示:tgccccagaagagctatttggtag-,gccccagaagagctatttggtag-,ccccagaagagctatttggtag-,cccagaagagctatttggtag-,ccagaagagctatttggtag-,cagaagagctatttggtag-,agaagagctatttggtag-,gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-,
n12表示:-gagccgtcttcaggaatcttctcc,-gagccgtcttcaggaatcttctc,-gagccgtcttcaggaatcttct,-gagccgtcttcaggaatcttc,-gagccgtcttcaggaatctt,-gagccgtcttcaggaatct,-gagccgtcttcaggaatc,-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
因此,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列表示5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)或5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)或5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)或5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)或5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)或5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101),其中殘基n1至n12具有如本文所公開的特別限定的含義。
此外,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)表示,其中
n1表示:catggcagaccccgctgctc-,atggcagaccccgctgctc-,tggcagaccccgctgctc-,ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,-ccgagcccccagcgcag,-ccgagcccccagcgcagc,-ccgagcccccagcgcagcg,或–ccgagcccccagcgcagcgg。
式s1(seq.idno.12)的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個或更多個更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸被設(shè)計為含有2至10個lna單元的gapmer,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。更優(yōu)選地,反義寡核苷酸在5'末端包含2至4個lna單元,在3'末端包含2至4個lna單元,還更優(yōu)選在5'末端包含3至4個lna單元和在3'末端包含3至4個lna單元,并且優(yōu)選含有至少7個非-lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶,以及它們的常見衍生物,例如5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋,例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。lna單元特別是本文公開的殘基b1至b9是優(yōu)選的。
因此,優(yōu)選的是式(s1)的反義寡核苷酸:
5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)
其中
n1表示:catggcagaccccgctgctc-,atggcagaccccgctgctc-,tggcagaccccgctgctc-,ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
和
n2選自:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,-ccgagcccccagcgcag,-ccgagcccccagcgcagc,-ccgagcccccagcgcagcg,或-ccgagcccccagcgcagcgg。
優(yōu)選地,通式(s1)的反義寡核苷酸具有10至28個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s1)的反義寡核苷酸具有11-24個核苷酸,并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s1)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
還優(yōu)選的是式(s1)的反義寡核苷酸:
5’-n1-gtcataga-n2-3’
其中
n1表示:tggcagaccccgctgctc-,ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
和
n2選自:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,-ccgagcccccagcgcag,或-ccgagcccccagcgcagc。
還優(yōu)選的是式(s1)的反義寡核苷酸:
5’-n1-gtcataga-n2-3’
其中
n1表示:gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
和
n2選自:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,或-ccgagcccccagc。
還優(yōu)選的是式(s1)的反義寡核苷酸:
5’-n1-gtcataga-n2-3’
其中
n1表示:cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
和
n2選自:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,或-ccgagccc。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n1a-cgtcatagac-n2a-3’(seq.idno.69)表示,其中
n1a表示:catggcagaccccgctgct-,atggcagaccccgctgct-,tggcagaccccgctgct-,ggcagaccccgctgct-,gcagaccccgctgct-,cagaccccgctgct-,agaccccgctgct-,gaccccgctgct-,accccgctgct-,ccccgctgct-,cccgctgct-,ccgctgct-,cgctgct-,gctgct-,ctgct-,tgct-,gct-,ct-,或t-;
n2a表示:-c,-cg,-cga,-cgag,-cgagc,-cgagcc,-cgagccc,-cgagcccc,-cgagccccc,-cgagccccca,-cgagcccccag,-cgagcccccagc,-cgagcccccagcg,-cgagcccccagcgc,-cgagcccccagcgca,-cgagcccccagcgcag,-cgagcccccagcgcagc,-cgagcccccagcgcagcg,或–cgagcccccagcgcagcgg。
優(yōu)選n1a表示:tggcagaccccgctgct-,ggcagaccccgctgct-,gcagaccccgctgct-,cagaccccgctgct-,agaccccgctgct-,gaccccgctgct-,accccgctgct-,ccccgctgct-,cccgctgct-,ccgctgct-,cgctgct-,gctgct-,ctgct-,tgct-,gct-,ct-,或t-;
和
n2a表示:-c,-cg,-cga,-cgag,-cgagc,-cgagcc,-cgagccc,-cgagcccc,-cgagccccc,-cgagccccca,-cgagcccccag,-cgagcccccagc,-cgagcccccagcg,-cgagcccccagcgc,-cgagcccccagcgca,-cgagcccccagcgcag,或-cgagcccccagcgcagc.
更優(yōu)選n1a表示:gaccccgctgct-,accccgctgct-,ccccgctgct-,cccgctgct-,ccgctgct-,cgctgct-,gctgct-,ctgct-,tgct-,gct-,ct-,或t-;和
n2a表示:-c,-cg,-cga,-cgag,-cgagc,-cgagcc,-cgagccc,-cgagcccc,-cgagccccc,-cgagccccca,-cgagcccccag,或-cgagcccccagc。
更優(yōu)選n1a表示:cgctgct-,gctgct-,ctgct-,tgct-,gct-,ct-,或t-;和
n2a表示:-c,-cg,-cga,-cgag,-cgagc,-cgagcc,或-cgagccc。
優(yōu)選地,通式(s1a/seq.idno.69)的反義寡核苷酸具有12至24個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s1a)的反義寡核苷酸具有12至22個核苷酸并且在3'末端具有至少2個lna核苷酸和在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s1a)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,以及在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
此外,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seqidno:98)表示,其中
n3表示:ggtgggatcgtgctggcgat-,gtgggatcgtgctggcgat-,tgggatcgtgctggcgat-,gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
n4表示:-acaggacgatgtgcagcggc,-acaggacgatgtgcagcgg,-acaggacgatgtgcagcg,-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a。
式s2(seq.idno.98)的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個,更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸被設(shè)計為含有2至10個lna單元的gapmer,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。更優(yōu)選地,反義寡核苷酸在5'末端包含2至4個lna單元,在3'末端包含2至4個lna單元,還更優(yōu)選在5'末端包含3至4個lna單元和在3'末端包含3至4個lna單元,并且優(yōu)選含有至少7個非-lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶,以及它們的常見衍生物,例如5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋,例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。lna單元特別是本文公開的殘基b1至b9是優(yōu)選的。
因此,優(yōu)選的是式(s2)的反義寡核苷酸:
5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)
其中
n3表示:ggtgggatcgtgctggcgat-,gtgggatcgtgctggcgat-,tgggatcgtgctggcgat-,gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
和
n4表示:-acaggacgatgtgcagcggc,-acaggacgatgtgcagcgg,-acaggacgatgtgcagcg,-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或–a。
優(yōu)選地,通式(s2)的反義寡核苷酸具有10至28個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s2)的反義寡核苷酸具有11-24個核苷酸,并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s2)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
還優(yōu)選的是式(s2)的反義寡核苷酸:
5’-n3-acgcgtcc-n4-3’
其中
n3表示:tgggatcgtgctggcgat-,gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
和
n4表示:-acaggacgatgtgcagcg,-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或–a。
還優(yōu)選的是式(s2)的反義寡核苷酸:
5’-n3-acgcgtcc-n4-3’
其中
n3表示:tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
和
n4表示:-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或–a。
還優(yōu)選的是式(s2)的反義寡核苷酸:
5’-n3-acgcgtcc-n4-3’
其中
n3表示:ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
和
n4表示:-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或–a。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n3a-tacgcgtcca-n4a-3’(seq.idno.70)表示,其中
n3a表示:ggtgggatcgtgctggcga-,gtgggatcgtgctggcga-,tgggatcgtgctggcga-,gggatcgtgctggcga-,ggatcgtgctggcga-,gatcgtgctggcga-,atcgtgctggcga-,tcgtgctggcga-,cgtgctggcga-,gtgctggcga-,tgctggcga-,gctggcga-,ctggcga-,tggcga-,ggcga-,gcga-,cga-,ga-,或a-;
n4a表示:-caggacgatgtgcagcggc,-caggacgatgtgcagcgg,-caggacgatgtgcagcg,-caggacgatgtgcagc,-caggacgatgtgcag,-caggacgatgtgca,-caggacgatgtgc,-caggacgatgtg,-caggacgatgt,-caggacgatg,-caggacgat,-caggacga,-caggacg,-caggac,-cagga,-cagg,-cag,-ca,或-c。
優(yōu)選n3a表示:tgggatcgtgctggcga-,gggatcgtgctggcga-,ggatcgtgctggcga-,gatcgtgctggcga-,atcgtgctggcga-,tcgtgctggcga-,cgtgctggcga-,gtgctggcga-,tgctggcga-,gctggcga-,ctggcga-,tggcga-,ggcga-,gcga-,cga-,ga-,或a-;
和
n4a表示:-caggacgatgtgcagcg,-caggacgatgtgcagc,-caggacgatgtgcag,-caggacgatgtgca,-caggacgatgtgc,-caggacgatgtg,-caggacgatgt,-caggacgatg,-caggacgat,-caggacga,-caggacg,-caggac,-cagga,-cagg,-cag,-ca,或-c。
更優(yōu)選n3a表示:tcgtgctggcga-,cgtgctggcga-,gtgctggcga-,tgctggcga-,gctggcga-,ctggcga-,tggcga-,ggcga-,gcga-,cga-,ga-,或a-;和
n4a表示:-caggacgatgtg,-caggacgatgt,-caggacgatg,-caggacgat,-caggacga,-caggacg,-caggac,-cagga,-cagg,-cag,-ca,或-c。
更優(yōu)選n3a表示:ctggcga-,tggcga-,ggcga-,gcga-,cga-,ga-,或a-;和
n4a表示:-caggacg,-caggac,-cagga,-cagg,-cag,-ca,或-c。
優(yōu)選地,通式(s2a/seq.idno.70)的反義寡核苷酸具有2至4個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s2a)的反義寡核苷酸具有12至22個核苷酸并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s2a)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
此外,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)表示,其中:
n11表示:tgccccagaagagctatttggtag-,gccccagaagagctatttggtag-,ccccagaagagctatttggtag-,cccagaagagctatttggtag-,ccagaagagctatttggtag-,cagaagagctatttggtag-,agaagagctatttggtag-,gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-,
n12表示:-gagccgtcttcaggaatcttctcc,
-gagccgtcttcaggaatcttctc,-gagccgtcttcaggaatcttct,-gagccgtcttcaggaatcttc,-gagccgtcttcaggaatctt,-gagccgtcttcaggaatct,-gagccgtcttcaggaatc,-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
式s3(seq.idno.10)的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個,更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸被設(shè)計為含有2至10個lna單元的gapmer,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。更優(yōu)選地,反義寡核苷酸在5'末端包含2至4個lna單元,在3'末端包含2至4個lna單元,還更優(yōu)選在5'末端包含3至4個lna單元和在3'末端包含3至4個lna單元,并且優(yōu)選含有至少7個非-lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶,以及它們的常見衍生物,例如5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋,例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。lna單元特別是本文公開的殘基b1至b9是優(yōu)選的。
因此,優(yōu)選的是式(s3)的反義寡核苷酸:
5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)
其中
n11表示:tgccccagaagagctatttggtag-,gccccagaagagctatttggtag-,ccccagaagagctatttggtag-,cccagaagagctatttggtag-,ccagaagagctatttggtag-,cagaagagctatttggtag-,agaagagctatttggtag-,gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-,
和
n12表示:-gagccgtcttcaggaatcttctcc,
-gagccgtcttcaggaatcttctc,-gagccgtcttcaggaatcttct,-gagccgtcttcaggaatcttc,-gagccgtcttcaggaatctt,-gagccgtcttcaggaatct,-gagccgtcttcaggaatc,-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
優(yōu)選地,通式(s3)的反義寡核苷酸具有10至28個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s3)的反義寡核苷酸具有11-24個核苷酸,并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s3)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
還優(yōu)選的是式(s3)的反義寡核苷酸:
5’-n11-tgtttagg-n12-3’
其中
n11表示:agaagagctatttggtag-,gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-;
和
n12表示:-gagccgtcttcaggaatc,-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
還優(yōu)選的是式(s3)的反義寡核苷酸:
5’-n11-tgtttagg-n12-3’
其中
n11表示:agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-;
和
n12表示:-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
還優(yōu)選的是式(s3)的反義寡核苷酸:
5’-n11-tgtttagg-n12-3’
其中
n11表示:tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-;和
n12表示:-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n11a-gtgtttaggg-n12a-3’(seq.idno.71)表示,其中:
n11a表示:tgccccagaagagctatttggta-,gccccagaagagctatttggta-,ccccagaagagctatttggta-,cccagaagagctatttggta-,ccagaagagctatttggta-,cagaagagctatttggta-,agaagagctatttggta-,gaagagctatttggta-,aagagctatttggta-,agagctatttggta-,gagctatttggta-,agctatttggta-,gctatttggta-,ctatttggta-,tatttggta-,atttggta-,tttggta-,ttggta-,tggta-,ggta-,gta-,ta-,或a-,
n12a表示:-agccgtcttcaggaatcttctcc,-agccgtcttcaggaatcttctc,-agccgtcttcaggaatcttct,-agccgtcttcaggaatcttc,-agccgtcttcaggaatctt,-agccgtcttcaggaatct,-agccgtcttcaggaatc,-agccgtcttcaggaat,-agccgtcttcaggaa,-agccgtcttcagga,-agccgtcttcagg,-agccgtcttcag,-agccgtcttca,-agccgtcttc,-agccgtctt,-agccgtct,-agccgtc,-agccgt,-agccg,-agcc,-agc,-ag,或-a。
優(yōu)選n11a表示:agaagagctatttggta-,gaagagctatttggta-,aagagctatttggta-,agagctatttggta-,gagctatttggta-,agctatttggta-,gctatttggta-,ctatttggta-,tatttggta-,atttggta-,tttggta-,ttggta-,tggta-,ggta-,gta-,ta-,或a-;和
n12a表示:-agccgtcttcaggaatc,-agccgtcttcaggaat,-agccgtcttcaggaa,-agccgtcttcagga,-agccgtcttcagg,-agccgtcttcag,-agccgtcttca,-agccgtcttc,-agccgtctt,-agccgtct,-agccgtc,-agccgt,-agccg,-agcc,-agc,-ag,或-a。
更優(yōu)選n11a表示:agctatttggta-,gctatttggta-,ctatttggta-,tatttggta-,atttggta-,tttggta-,ttggta-,tggta-,ggta-,gta-,ta-,或a-;和
n12a表示:-agccgtcttcag,-agccgtcttca,-agccgtcttc,-agccgtctt,-agccgtct,-agccgtc,-agccgt,-agccg,-agcc,-agc,-ag,或-a。
更優(yōu)選n11a表示:tttggta-,ttggta-,tggta-,ggta-,gta-,ta-,或a-;和
n12a表示:-agccgtc,-agccgt,-agccg,-agcc,-agc,-ag,或-a。
優(yōu)選地,通式(s3a/seq.idno.71)的反義寡核苷酸具有12至24個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s3a)的反義寡核苷酸具有12至22個核苷酸并且在3'末端具有至少2個lna核苷酸和在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s3a)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,以及在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
此外,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)表示,其中:
n5表示:gcccagcctgccccagaagagcta-,cccagcctgccccagaagagcta-,ccagcctgccccagaagagcta-,cagcctgccccagaagagcta-,agcctgccccagaagagcta-,gcctgccccagaagagcta-,cctgccccagaagagcta-,ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;
n6表示:-tgtttagggagccgtcttcaggaa,-tgtttagggagccgtcttcagga,-tgtttagggagccgtcttcagg,-tgtttagggagccgtcttcag,-tgtttagggagccgtcttca,-tgtttagggagccgtcttc,-tgtttagggagccgtctt,-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t。
式s4(seq.idno.11)的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個,更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸被設(shè)計為含有2至10個lna單元的gapmer,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。更優(yōu)選地,反義寡核苷酸在5'末端包含2至4個lna單元,在3'末端包含2至4個lna單元,還更優(yōu)選在5'末端包含3至4個lna單元和在3'末端包含3至4個lna單元,并且優(yōu)選含有至少7個非-lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶,以及它們的常見衍生物,例如5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋,例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。lna單元特別是本文公開的殘基b1至b9是優(yōu)選的。
因此,優(yōu)選的是式(s4)的反義寡核苷酸:
5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)
其中
n5表示:gcccagcctgccccagaagagcta-,cccagcctgccccagaagagcta-,ccagcctgccccagaagagcta-,cagcctgccccagaagagcta-,agcctgccccagaagagcta-,gcctgccccagaagagcta-,cctgccccagaagagcta-,ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;
和
n6選自:-tgtttagggagccgtcttcaggaa,
-tgtttagggagccgtcttcagga,-tgtttagggagccgtcttcagg,-tgtttagggagccgtcttcag,-tgtttagggagccgtcttca,-tgtttagggagccgtcttc,-tgtttagggagccgtctt,-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或-t。
優(yōu)選地,通式(s4)的反義寡核苷酸具有10至28個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s4)的反義寡核苷酸具有11-24個核苷酸,并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s4)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
還優(yōu)選的是式(s4)的反義寡核苷酸:
5’-n5-tttggtag-n6-3’
其中
n5表示:cctgccccagaagagcta-,ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;和
n6選自:-tgtttagggagccgtctt,-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或-t。
還優(yōu)選的是式(s4)的反義寡核苷酸:
5’-n5-tttggtag-n6-3’
其中
n5表示:cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;和
n6選自:-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或-t。
還優(yōu)選的是式(s4)的反義寡核苷酸:
5’-n5-tttggtag-n6-3’
其中
n5表示:aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;和
n6選自:-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或-t。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n5a-atttggtagt-n6a-3’(seq.idno.72)表示,其中
n5a表示:gcccagcctgccccagaagagct-,cccagcctgccccagaagagct-,ccagcctgccccagaagagct-,cagcctgccccagaagagct-,agcctgccccagaagagct-,gcctgccccagaagagct-,cctgccccagaagagct-,ctgccccagaagagct-,tgccccagaagagct-,gccccagaagagct-,ccccagaagagct-,cccagaagagct-,ccagaagagct-,cagaagagct-,agaagagct-,gaagagct-,aagagct-,agagct-,gagct-,agct-,gct-,ct-,或t-;和
n6a表示:-gtttagggagccgtcttcaggaa,-gtttagggagccgtcttcagga,-gtttagggagccgtcttcagg,-gtttagggagccgtcttcag,-gtttagggagccgtcttca,-gtttagggagccgtcttc,-gtttagggagccgtctt,-gtttagggagccgtct,-gtttagggagccgtc,-gtttagggagccgt,-gtttagggagccg,-gtttagggagcc,-gtttagggagc,-gtttagggag,-gtttaggga,-gtttaggg,-gtttagg,-gtttag,-gttta,-gttt,-gtt,-gt,或-g。
優(yōu)選n5a表示:cctgccccagaagagct-,ctgccccagaagagct-,tgccccagaagagct-,gccccagaagagct-,ccccagaagagct-,cccagaagagct-,ccagaagagct-,cagaagagct-,agaagagct-,gaagagct-,aagagct-,agagct-,gagct-,agct-,gct-,ct-,或t-;和
n6a表示:-gtttagggagccgtctt,-gtttagggagccgtct,-gtttagggagccgtc,-gtttagggagccgt,-gtttagggagccg,-gtttagggagcc,-gtttagggagc,-gtttagggag,-gtttaggga,-gtttaggg,-gtttagg,-gtttag,-gttta,-gttt,-gtt,-gt,或-g。
更優(yōu)選n5a表示:cccagaagagct-,ccagaagagct-,cagaagagct-,agaagagct-,gaagagct-,aagagct-,agagct-,gagct-,agct-,gct-,ct-,或t-;和
n6a表示:-gtttagggagcc,-gtttagggagc,-gtttagggag,-gtttaggga,-gtttaggg,-gtttagg,-gtttag,-gttta,-gttt,-gtt,-gt,或-g。
更優(yōu)選n5a表示:aagagct-,agagct-,gagct-,agct-,gct-,ct-,或t-;和
n6a表示:-gtttagg,-gtttag,-gttta,-gttt,-gtt,-gt,或-g。
優(yōu)選地,通式(s4a/seq.idno.72)的反義寡核苷酸具有2至4個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s4a)的反義寡核苷酸具有12至22個核苷酸并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s4a)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
此外,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)表示,其中
n7表示:tgaatcttgaatatctcatg-,gaatcttgaatatctcatg-,aatcttgaatatctcatg-,atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;
n8表示:-agtattctagaaactcacca,-agtattctagaaactcacc,-agtattctagaaactcac,-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a。
式s6(seq.idno.100)的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個,更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸被設(shè)計為含有2至10個lna單元的gapmer,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。更優(yōu)選地,反義寡核苷酸在5'末端包含2至4個lna單元,在3'末端包含2至4個lna單元,還更優(yōu)選在5'末端包含3至4個lna單元和在3'末端包含3至4個lna單元,并且優(yōu)選含有至少7個非-lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶,以及它們的常見衍生物,例如5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋,例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。lna單元特別是本文公開的殘基b1至b9是優(yōu)選的。
因此,優(yōu)選的是式(s6)的反義寡核苷酸:
5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)
其中
n7表示:tgaatcttgaatatctcatg-,gaatcttgaatatctcatg-,aatcttgaatatctcatg-,atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;
和
n8選自:-agtattctagaaactcacca,-agtattctagaaactcacc,-agtattctagaaactcac,-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a。
優(yōu)選地,通式(s6)的反義寡核苷酸具有10至28個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s6)的反義寡核苷酸具有11-24個核苷酸,并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s6)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
還優(yōu)選的是式(s6)的反義寡核苷酸:
5’-n7-aatggacc-n8-3’
其中
n7表示:aatcttgaatatctcatg-,atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;和
n8選自:-agtattctagaaactcac,-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a。
還優(yōu)選的是式(s6)的反義寡核苷酸:
5’-n7-aatggacc-n8-3’
其中
n7表示:tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;和
n8選自:-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a。
還優(yōu)選的是式(s6)的反義寡核苷酸:
5’-n7-aatggacc-n8-3’
其中
n7表示:atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;和
n8選自:-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n7a-gaatggacca-n8a-3’(seq.idno.73)表示,其中
n7a表示:tgaatcttgaatatctcat-,gaatcttgaatatctcat-,aatcttgaatatctcat-,atcttgaatatctcat-,tcttgaatatctcat-,cttgaatatctcat-,ttgaatatctcat-,tgaatatctcat-,gaatatctcat-,aatatctcat-,atatctcat-,tatctcat-,atctcat-,tctcat-,ctcat-,tcat-,cat-,at-,或t-;
n8a表示:-gtattctagaaactcacca,-gtattctagaaactcacc,-gtattctagaaactcac,-gtattctagaaactca,-gtattctagaaactc,-gtattctagaaact,-gtattctagaaac,-gtattctagaaa,-gtattctagaa,-gtattctaga,-gtattctag,-gtattcta,-gtattct,-gtattc,-gtatt,-gtat,-gta,-gt,或-g。
優(yōu)選n7a表示:aatcttgaatatctcat-,atcttgaatatctcat-,tcttgaatatctcat-,cttgaatatctcat-,ttgaatatctcat-,tgaatatctcat-,gaatatctcat-,aatatctcat-,atatctcat-,tatctcat-,atctcat-,tctcat-,ctcat-,tcat-,cat-,at-,或t-;
和
n8a表示:-gtattctagaaactcac,-gtattctagaaactca,-gtattctagaaactc,-gtattctagaaact,-gtattctagaaac,-gtattctagaaa,-gtattctagaa,-gtattctaga,-gtattctag,-gtattcta,-gtattct,-gtattc,-gtatt,-gtat,-gta,-gt,或-g。
更優(yōu)選n7a表示:tgaatatctcat-,gaatatctcat-,aatatctcat-,atatctcat-,tatctcat-,atctcat-,tctcat-,ctcat-,tcat-,cat-,at-,或t-;和
n8a表示:-gtattctagaaa,-gtattctagaa,-gtattctaga,-gtattctag,-gtattcta,-gtattct,-gtattc,-gtatt,-gtat,-gta,-gt,或-g。
更優(yōu)選n7a表示:atctcat-,tctcat-,ctcat-,tcat-,cat-,at-,或t-;和
n8a表示:-gtattct,-gtattc,-gtatt,-gtat,-gta,-gt,或-g。
優(yōu)選地,通式(s6a/seq.idno.73)的反義寡核苷酸具有12至24個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s6a)的反義寡核苷酸具有12至22個核苷酸并且在3'末端具有至少2個lna核苷酸和在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s6a)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,以及在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
此外,本發(fā)明涉及由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101)表示,其中
n9表示:attcatatttatatacaggc-,ttcatatttatatacaggc-,tcatatttatatacaggc-,catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;
n10表示:-agtgcaaatgttattggcta,-agtgcaaatgttattggct,-agtgcaaatgttattggc,-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a。
式s7(seq.idno.101)的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個,更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸被設(shè)計為含有2至10個lna單元的gapmer,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。更優(yōu)選地,反義寡核苷酸在5'末端包含2至4個lna單元,在3'末端包含2至4個lna單元,還更優(yōu)選在5'末端包含3至4個lna單元和在3'末端包含3至4個lna單元,并且優(yōu)選含有至少7個非-lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶,以及它們的常見衍生物,例如5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋,例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。lna單元特別是本文公開的殘基b1至b9是優(yōu)選的。
因此,優(yōu)選的是式(s7)的反義寡核苷酸:
5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101)
其中
n9表示:attcatatttatatacaggc-,
ttcatatttatatacaggc-,tcatatttatatacaggc-,catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;
和
n10選自:-agtgcaaatgttattggcta,-agtgcaaatgttattggct,-agtgcaaatgttattggc,-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a。
優(yōu)選地,通式(s7)的反義寡核苷酸具有10至28個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s7)的反義寡核苷酸具有11-24個核苷酸,并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選,通式(s7)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
還優(yōu)選的是式(s7)的反義寡核苷酸:
5’-n9-attaataa-n10-3’
其中
n9表示:tcatatttatatacaggc-,catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;和
n10選自:-agtgcaaatgttattggc,-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a。
還優(yōu)選的是式(s7)的反義寡核苷酸:
5’-n9-attaataa-n10-3’
其中
n9表示:tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;和
n10選自:-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a。
還優(yōu)選的是式(s7)的反義寡核苷酸:
5’-n9-attaataa-n10-3’
其中
n9表示:atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;和
n10選自:-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a。
優(yōu)選地,本發(fā)明涉及由12至24個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且12至24個核苷酸中的至少3個是lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中所述反義寡核苷酸由以下序列5’-n9a-cattaataaa-n10a-3’(seq.idno.74)表示,其中
n9a表示:attcatatttatatacagg-,ttcatatttatatacagg-,tcatatttatatacagg-,catatttatatacagg-,atatttatatacagg-,tatttatatacagg-,atttatatacagg-,tttatatacagg-,ttatatacagg-,tatatacagg-,atatacagg-,tatacagg-,atacagg-,tacagg-,acagg-,cagg-,agg-,gg-,或g-;
n10a表示:-gtgcaaatgttattggcta,-gtgcaaatgttattggct,-gtgcaaatgttattggc,-gtgcaaatgttattgg,-gtgcaaatgttattg,-gtgcaaatgttatt,-gtgcaaatgttat,-gtgcaaatgtta,-gtgcaaatgtt,-gtgcaaatgt,-gtgcaaatg,-gtgcaaat,-gtgcaaa,-gtgcaa,-gtgca,-gtgc,-gtg,-gt,或-g。
優(yōu)選n9a表示:tcatatttatatacagg-,catatttatatacagg-,atatttatatacagg-,tatttatatacagg-,atttatatacagg-,tttatatacagg-,ttatatacagg-,tatatacagg-,atatacagg-,tatacagg-,atacagg-,tacagg-,acagg-,cagg-,agg-,gg-,或g-;
和
n10a表示:-gtgcaaatgttattggc,-gtgcaaatgttattgg,-gtgcaaatgttattg,-gtgcaaatgttatt,-gtgcaaatgttat,-gtgcaaatgtta,-gtgcaaatgtt,-gtgcaaatgt,-gtgcaaatg,-gtgcaaat,-gtgcaaa,-gtgcaa,-gtgca,-gtgc,-gtg,-gt,或-g。
更優(yōu)選n9a表示:tttatatacagg-,ttatatacagg-,tatatacagg-,atatacagg-,tatacagg-,atacagg-,tacagg-,acagg-,cagg-,agg-,gg-,或g-;和
n10a表示:-gtgcaaatgtta,-gtgcaaatgtt,-gtgcaaatgt,-gtgcaaatg,-gtgcaaat,-gtgcaaa,-gtgcaa,-gtgca,-gtgc,-gtg,-gt,或-g。
更優(yōu)選n9a表示:atacagg-,tacagg-,acagg-,cagg-,agg-,gg-,或g-;和
n10a表示:-gtgcaaa,-gtgcaa,-gtgca,-gtgc,-gtg,-gt,或-g。
優(yōu)選地,通式(s7a/seq.idno.74)的反義寡核苷酸具有2至4個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s7a)的反義寡核苷酸具有12至22個核苷酸并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s7a)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
此外,本發(fā)明涉及由8至18個,優(yōu)選10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,并且8至28個,優(yōu)選10至28個核苷酸中的至少兩個為lna,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-(n13)m-gtagtgtt-(n14)n-3’(seq.idno.99),其中
n13表示:cccagcctgccccagaagagctatttg-,ccagcctgccccagaagagctatttg-,cagcctgccccagaagagctatttg-,agcctgccccagaagagctatttg-,gcctgccccagaagagctatttg-,cctgccccagaagagctatttg-,ctgccccagaagagctatttg-,tgccccagaagagctatttg-,gccccagaagagctatttg-,ccccagaagagctatttg-,cccagaagagctatttg-,ccagaagagctatttg-,cagaagagctatttg-,agaagagctatttg-,gaagagctatttg-,aagagctatttg-,agagctatttg-,gagctatttg-,agctatttg-,gctatttg-,ctatttg-,tatttg-,atttg-,tttg-,ttg-,tg-,或g-;
和
n14選自:-tagggagccgtcttcaggaatcttctc,
-tagggagccgtcttcaggaatcttct,-tagggagccgtcttcaggaatcttc,-tagggagccgtcttcaggaatctt,-tagggagccgtcttcaggaatct,-tagggagccgtcttcaggaatc,-tagggagccgtcttcaggaat,-tagggagccgtcttcaggaa,-tagggagccgtcttcagga,-tagggagccgtcttcagg,-tagggagccgtcttcag,-tagggagccgtcttca,-tagggagccgtcttc,-tagggagccgtctt,-tagggagccgtct,-tagggagccgtc,-tagggagccgt,-tagggagccg,-tagggagcc,-tagggagc,-tagggag,-taggga,-taggg,-tagg,-tag,-ta,或-t;
m表示0或1;
n表示0或1;
和n+m=1或2。
式s5(seq.idno99)的反義寡核苷酸優(yōu)選包含2至10個lna單元,更優(yōu)選3至9個lna單元,更優(yōu)選4至8個lna單元,并且還優(yōu)選包含至少6個非lna單元,更優(yōu)選至少7個非lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元。非lna單元優(yōu)選為dna單元。lna單元優(yōu)選位于3'末端(也稱為3’末端)和5'末端(也稱為5’末端)。優(yōu)選地,在3'末端和/或5'末端存在至少一個,更優(yōu)選至少兩個lna單元。
因此,優(yōu)選本發(fā)明的反義寡核苷酸被設(shè)計為含有2至10個lna單元的gapmer,并且特別地在反義寡核苷酸的5'末端含有1至5個lna單元,和在反義寡核苷酸的3'末端含有1至5個lna單元,并且在lna單元之間含有至少7個,更優(yōu)選至少8個dna單元。更優(yōu)選地,反義寡核苷酸在5'末端包含2至4個lna單元,在3'末端包含2至4個lna單元,還更優(yōu)選在5'末端包含3至4個lna單元和在3'末端包含3至4個lna單元,并且優(yōu)選含有至少7個非-lna單元,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。
此外,反義寡核苷酸可以含有常見的核堿基,例如腺嘌呤,鳥嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶和尿嘧啶,以及它們的常見衍生物,例如5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤。本發(fā)明的反義寡核苷酸還可以含有修飾的核苷酸間橋,例如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯來代替磷酸酯橋。這樣的修飾可以僅存在于反義寡核苷酸的lna區(qū)段中,或僅存在于反義寡核苷酸的非lna區(qū)段中。lna單元特別是本文公開的殘基b1至b9是優(yōu)選的。
因此,優(yōu)選的是式(s5)的反義寡核苷酸:
5’-(n13)m-gtagtgtt-(n14)n-3’
其中
n13表示:gcctgccccagaagagctatttg-,cctgccccagaagagctatttg-,ctgccccagaagagctatttg-,tgccccagaagagctatttg-,gccccagaagagctatttg-,ccccagaagagctatttg-,cccagaagagctatttg-,ccagaagagctatttg-,cagaagagctatttg-,agaagagctatttg-,gaagagctatttg-,aagagctatttg-,agagctatttg-,gagctatttg-,agctatttg-,gctatttg-,ctatttg-,tatttg-,atttg-,tttg-,ttg-,tg-,或g-;和
n14選自:-tagggagccgtcttc,-tagggagccgtctt,-tagggagccgtct,-tagggagccgtc,-tagggagccgt,-tagggagccg,-tagggagcc,-tagggagc,-tagggag,-taggga,-taggg,-tagg,-tag,-ta,或-t;和
m表示0或1;n表示0或1;和n+m=1或2。
優(yōu)選地,通式(s5)的反義寡核苷酸具有10至28個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s5的反義寡核苷酸具有11-24個核苷酸,并且在3'末端具有至少兩個lna核苷酸,在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s5)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,并且在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna區(qū)段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
還優(yōu)選的是式(s5)的反義寡核苷酸:
5’-(n13)m-gtagtgtt-(n14)n-3’
其中
n13表示:ccccagaagagctatttg-,cccagaagagctatttg-,ccagaagagctatttg-,cagaagagctatttg-,agaagagctatttg-,gaagagctatttg-,aagagctatttg-,agagctatttg-,gagctatttg-,agctatttg-,gctatttg-,ctatttg-,tatttg-,atttg-,tttg-,ttg-,tg-,或g-;和
n14選自:-tagggagccg,-tagggagcc,-tagggagc,-tagggag,-taggga,-taggg,-tagg,-tag,-ta,或-t;和
m表示0或1;n表示0或1;和n+m=1或2。
還優(yōu)選的是式(s5)的反義寡核苷酸:
5’-(n13)m-gtagtgtt-(n14)n-3’
其中
n13表示:gaagagctatttg-,aagagctatttg-,agagctatttg-,gagctatttg-,agctatttg-,gctatttg-,ctatttg-,tatttg-,atttg-,tttg-,ttg-,tg-,或g-;和
n14選自:-taggg,-tagg,-tag,-ta,或-t;和
m表示0或1;n表示0或1;和n+m=1或2。
還優(yōu)選的是式(s5)的反義寡核苷酸:
5’-(n13)m-gtagtgtt-(n14)n-3’
其中
n13表示:cagaagagctatttg-,agaagagctatttg-,gaagagctatttg-,aagagctatttg-,agagctatttg-,gagctatttg-,agctatttg-,gctatttg-,ctatttg-,tatttg-,atttg-,tttg-,ttg-,tg-,或g-;和
n14選自:-tagggagccgtcttcaggaatct,-tagggagccgtcttcaggaatc,-tagggagccgtcttcaggaat,-tagggagccgtcttcaggaa,-tagggagccgtcttcagga,-tagggagccgtcttcagg,-tagggagccgtcttcag,-tagggagccgtcttca,-tagggagccgtcttc,-tagggagccgtctt,-tagggagccgtct,-tagggagccgtc,-tagggagccgt,-tagggagccg,-tagggagcc,-tagggagc,-tagggag,-taggga,-taggg,-tagg,-tag,-ta,或-t;和
m表示0或1;n表示0或1;和n+m=1或2。
還優(yōu)選的是式(s5)的反義寡核苷酸:
5’-(n13)m-gtagtgtt-(n14)n-3’
其中
n13表示:gagctatttg-,agctatttg-,gctatttg-,ctatttg-,tatttg-,atttg-,tttg-,ttg-,tg-,或g-;和
n14選自:-tagggagccgtcttcagg,-tagggagccgtcttcag,-tagggagccgtcttca,-tagggagccgtcttc,-tagggagccgtctt,-tagggagccgtct,-tagggagccgtc,-tagggagccgt,-tagggagccg,-tagggagcc,-tagggagc,-tagggag,-taggga,-taggg,-tagg,-tag,-ta,或-t;和
m表示0或1;n表示0或1;和n+m=1或2。
還優(yōu)選的是式(s5)的反義寡核苷酸:
5’-(n13)m-gtagtgtt-(n14)n-3’
其中
n13表示:atttg-,tttg-,ttg-,tg-,或g-;和
n14選自:-tagggagccgtct,-tagggagccgtc,-tagggagccgt,-tagggagccg,-tagggagcc,-tagggagc,-tagggag,-taggga,-taggg,-tagg,-tag,-ta,或-t;和
m表示0或1;n表示0或1;和n+m=1或2。
優(yōu)選地,通式(s5/seq.idno.99)的反義寡核苷酸具有12至24個核苷酸并且在3'末端具有至少1個lna核苷酸和在5'末端具有至少1個lna核苷酸。lna核苷酸(lna單元),特別是“鎖核酸
更優(yōu)選通式(s5)的反義寡核苷酸具有12至22個核苷酸并且在3'末端具有至少2個lna核苷酸和在5'末端具有至少兩個lna核苷酸。
還更優(yōu)選地,通式(s5)的反義寡核苷酸具有12至20個,更優(yōu)選13至19個,更優(yōu)選14至18個核苷酸,以及在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元和在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3個和5個,更優(yōu)選3至4個lna單元。優(yōu)選地,反義寡核苷酸是lna區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer。優(yōu)選地,反義寡核苷酸含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如在兩個lna段之間的dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。
本發(fā)明的另一方面涉及長度為10至28個核苷酸,優(yōu)選10至24個核苷酸,更優(yōu)選11至22個核苷酸或12至20個核苷酸,更優(yōu)選13至19個核苷酸以及最優(yōu)選14至18個核苷酸的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,其中至少兩個核苷酸,優(yōu)選至少三個核苷酸,更優(yōu)選至少四個核苷酸是lna,10至28個核苷酸,優(yōu)選10至24個核苷酸,更優(yōu)選11至22個核苷酸或12至20個核苷酸,更優(yōu)選13至19個核苷酸以及最優(yōu)選14至18個核苷酸的反義寡核苷酸序列選自包含在選自以下的序列中的10至28個核苷酸,優(yōu)選10至24個核苷酸的序列組,更優(yōu)選11至22個核苷酸或12至20個核苷酸,更優(yōu)選13至19個核苷酸以及最優(yōu)選14至18個核苷酸:
gaatcttgaatatctcatgaatggaccagtattctagaaac(seq.idno.75:383-423ofseq.idno.1),
ttcatatttatatacaggcattaataaagtgcaaatgttat(seq.idno.77:2245-2285ofseq.idno.1),
tgaggaagtgctaacacagcttatcctatgacaatgtcaaag(seq.idno.78:2315-2356ofseq.idno.1),
gcctgccccagaagagctatttggtagtgtttagggagccgtcttcagg(seq.idno.79:2528-2576ofseq.idno.1),
cgcaggtcctcccagctgatgacatgccgcgtcaggtactcctgtaggt(seq.idno.81:3205-3253ofseq.idno.1),
atgtcgttattaaccgacttctgaacgtgcggtgggatcgtgctggcgatacgcgtccacaggacgatgtgcagcggc(seq.idno.83:4141-4218ofseq.idno.1),
ggccacaggcccctgagcagcccccgacccatggcagaccccgctgctcgtcatagaccgagcccccagcgcag(seq.idno.84:4216-4289ofseq.idno.1),
atgtcgttattaaccgacttctgaacgtgcggtgggatcgtgctggcgatacgcgtccacaggacgatgtgcagcggccacaggcccctgagcagcccccgacccatggcagaccccgctgctcgtcatagaccgagcccccagcgcag(seq.idno.86:4141-4289ofseq.idno.1),
ttgaatatctcatgaatggaccagtattcta(seq.idno.87:388-418ofseq.idno.1),
caagtggaatttctaggcgcctctatgctactg(seq.idno.88:483-515ofseq.idno.1),
atttatatacaggcattaataaagtgcaaat(seq.idno.89:2250-2280ofseq.idno.1),
aagtgctaacacagcttatcctatgacaatgt(seq.idno.90:2320-2351ofseq.idno.1),
ccccagaagagctatttggtagtgtttagggagccgtct(seq.idno.91:2533-2571ofseq.idno.1),
ctggtcgccctcgatctctcaacacgttgtccttcatgctttcgacacaggggtgctcccgcaccttggaaccaaatg(seq.idno.92:2753-2830ofseq.idno.1),
gtcctcccagctgatgacatgccgcgtcaggtactcctg
(seq.idno.93:3210-3248ofseq.idno.1),
ctcagcttctgctgccggttaacgcggtagcagtagaaga(seq.idno.94:3655-3694ofseq.idno.1),
gttattaaccgacttctgaacgtgcggtgggatcgtgctggcgatacgcgtccacaggacgatgtgca(seq.idno.95:4146-4213ofseq.idno.1),
caggcccctgagcagcccccgacccatggcagaccccgctgctcgtcatagaccgagcccccag(seq.idno.96:4221-4284ofseq.idno.1),
cacgcgcgggggtgtcgtcgctccgtgcgcgcgagtgactcactcaacttca(seq.idno.97:4495-4546ofseq.idno.1),
其中所述反義寡核苷酸能夠在全人轉(zhuǎn)錄組上僅與編碼tgf-rii的基因或編碼tgf-rii的mrna選擇性雜交。
具有序列號75、77、78、79、81、83、84、86-97中所含序列的所述反義寡核苷酸在3'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元,并且在5'末端具有2至5個,優(yōu)選3至5個,更優(yōu)選3至4個lna單元,并且優(yōu)選具有l(wèi)na區(qū)段a-dna區(qū)段-lna區(qū)段b形式的gapmer的結(jié)構(gòu)。lna核苷酸(lna單元)特別是在“鎖核酸(lna)”章節(jié)中所公開的那些是合適的,并且核苷酸間橋特別是“核苷酸間鍵聯(lián)(il)”章節(jié)中公開的那些是合適的。優(yōu)選地,所述反義寡核苷酸在兩個lna片段之間含有至少6個,更優(yōu)選至少7個,最優(yōu)選至少8個非lna單元,例如dna單元。適用于非lna單元和lna單元的核堿基在“核堿基”章節(jié)中公開。所述反義寡核苷酸的合適實例由式(s1)至(s7),(s1a)至(s4a),(s6a)和(s7a)表示。
seq.idno.1表示智人轉(zhuǎn)化生長因子β受體ii(tgf-rii)轉(zhuǎn)錄變體2的cdna的反義鏈(cdna)(5'-3'反義序列)。
seq.idno.2表示智人轉(zhuǎn)化生長因子β受體ii(70/80kda)(tgf-rii)轉(zhuǎn)錄變體2的cdna的有義鏈(5'-3'有義序列)?;蛘?,也可以認(rèn)為seq.idno.2的序列表示智人轉(zhuǎn)化生長因子β受體ii(tgf-rii)轉(zhuǎn)錄物變體2的mrna的序列(seq.idno.3),但是寫在dna代碼中,即以g、c、a、t代碼而不是rna代碼表示。
seq.idno.3表示智人轉(zhuǎn)化生長因子β受體ii(tgf-rii)轉(zhuǎn)錄變體2的mrna(5'-3'有義序列)。顯然,在seq.idno.3中顯示的mrna以rna代碼書寫,即用g、c、a、u代碼表示。
應(yīng)當(dāng)理解,本文所用的“編碼dna鏈”是指與mrna相同的dna鏈(除了寫在dna代碼中),并且其包含用于蛋白翻譯的密碼子。它不被用作轉(zhuǎn)錄成mrna的模板。因此,術(shù)語“編碼dna鏈”,“有義dna鏈”和“非模板dna鏈”可以互換使用。此外,本文所用的“非編碼dna鏈”是指與“編碼dna鏈”互補的dna鏈,并且用作mrna轉(zhuǎn)錄的模板。因此,術(shù)語“非編碼dna鏈”,“反義dna鏈”和“模板dna鏈”可以互換使用
術(shù)語“反義寡核苷酸”是指核糖核酸(rna)或脫氧核糖核酸(dna)的寡聚物或聚合物或其模擬物或其變體,例如具有修飾的核苷酸間鍵聯(lián)例如硫代磷酸酯鍵和/或一個或多個修飾的核堿基例如5-甲基胞嘧啶和/或一個或多個修飾的核苷酸單元,例如lna,如β-d-氧-lna的反義寡核苷酸。術(shù)語“反義寡核苷酸”包括由天然存在的核堿基、糖和共價核苷酸(主鏈)鍵聯(lián)組成的寡核苷酸,以及具有類似功能的非天然存在部分的寡核苷酸。這種修飾或取代的寡核苷酸由于所需的性質(zhì)例如增強(qiáng)的細(xì)胞攝取、對核酸靶的增強(qiáng)的親和力以及在核酸酶存在下增加的穩(wěn)定性而通常優(yōu)于天然形式。反義寡核苷酸是與靶核酸雜交并抑制其表達(dá)的短的催化rna或催化寡核苷酸。
術(shù)語“核苷”是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的,并且是指戊糖部分諸如核糖,脫氧核糖或修飾或鎖定的核糖,或如下面詳細(xì)公開的修飾或鎖定的脫氧核糖如lna。核堿基連接到糖苷碳原子(戊糖的1'位),并且在核苷的3'氧或硫原子優(yōu)選3'氧原子與相鄰核苷的5'氧或硫原子優(yōu)選5'氧原子之間形成核苷酸間鍵聯(lián),而核苷酸間鍵聯(lián)不屬于核苷(見圖2)。
術(shù)語“核苷酸”是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的,并且是指戊糖部分,諸如核糖,脫氧核糖或修飾或鎖定的核糖或修飾或鎖定的脫氧核糖,如下文詳細(xì)公開的lna。核堿基連接到糖苷碳原子(戊糖的1'位),并且在核苷酸的3'氧或硫原子優(yōu)選3'氧原子與相鄰核苷酸的5'氧或硫原子優(yōu)選5'氧原子之間形成核苷酸間鍵聯(lián),而核苷酸間鍵聯(lián)是核苷酸的一部分(參見圖2)。
核堿基
術(shù)語“核堿基”在本文中縮寫為“b”,并且是指五個標(biāo)準(zhǔn)核苷酸堿基腺嘌呤(a),胸腺嘧啶(t),鳥嘌呤(g),胞嘧啶(c)和尿嘧啶(u)以及其修飾物或類似物或具有在互補鏈中與堿基形成沃森-克里克堿基對的能力的類似物。修飾的核堿基包括其它合成和天然核堿基,例如5-甲基胞嘧啶(c*),5-羥甲基胞嘧啶,n4-甲基胞嘧啶,黃嘌呤,次黃嘌呤,7-脫氮黃嘌呤,2-氨基腺嘌呤,6-甲基腺嘌呤,6-甲基鳥嘌呤,6-乙基腺嘌呤,6-乙基鳥嘌呤,2-丙基腺嘌呤,2-丙基鳥嘌呤,6-羧基尿嘧啶,5-鹵尿嘧啶,5,6-二氫尿嘧啶,5-胞嘧啶,5-丙炔基尿嘧啶,5-丙炔基胞嘧啶,6-氮雜尿嘧啶,6-氮雜胞嘧啶,6-氮雜胸腺嘧啶,5-尿嘧啶(假尿嘧啶),4-硫尿嘧啶,8-氟腺嘌呤,8-氯腺嘌呤,8-溴腺嘌呤,8-碘腺嘌呤,8-氨基腺嘌呤,8-硫代腺嘌呤,8-硫烷基腺嘌呤,8-羥基腺嘌呤,8-氟鳥嘌呤,8-氯鳥嘌呤,8-溴鳥嘌呤,8-碘鳥嘌呤,8-氨基鳥嘌呤,8-硫代鳥嘌呤,8-硫代烷基鳥嘌呤,8-羥基鳥嘌呤,5-氟尿嘧啶,5-溴尿嘧啶,5-氯尿嘧啶,5-碘尿嘧啶,5-三氟甲基尿嘧啶,5-氟胞嘧啶,5-溴胞嘧啶,5-氯胞嘧啶,5-碘胞嘧啶,5-三氟甲基胞嘧啶,7-甲基鳥嘌呤,7-甲基腺嘌呤,8-氮雜鳥嘌呤,8-氮雜腺嘌呤,7-脫氮鳥嘌呤,7-脫氮腺嘌呤,7-脫氮-8-氮雜腺嘌呤,3-脫氮鳥嘌呤,3-脫氮腺嘌呤,2-硫尿嘧啶,2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶等,5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤取代是優(yōu)選的,因為這些修飾具有已顯示增加核酸雙鏈穩(wěn)定性。
本發(fā)明優(yōu)選的反義寡核苷酸可以包含核堿基的類似物。反義寡核苷酸的僅一個核苷酸單元的核堿基可以被核堿基的類似物替代,或者反義寡核苷酸中的兩個,三個,四個,五個或甚至所有核堿基可以被核堿基的類似物(例如5-甲基胞嘧啶,或n6-甲基腺嘌呤或2-氨基腺嘌呤)替代。優(yōu)選地,lna單元可以連接到諸如5-甲基胞嘧啶的核堿基的類似物。
應(yīng)當(dāng)認(rèn)識到,當(dāng)提及核苷酸或單體的序列時,所指的是堿基(例如a,t,g,c或u)的序列。然而,除了表3至8中公開的具體實例以外,反義寡核苷酸通過字母代碼a、t、g、c和u的表示需要被理解為所述反義寡核苷酸可以含有本文公開的任何核堿基,本文公開的任何3'末端基團(tuán),本文公開的任何的5'末端基團(tuán),以及本文公開的任何核苷酸間鍵聯(lián)(也稱為核苷酸間橋)。核苷酸a、t、g、c和u還應(yīng)被理解為是lna核苷酸或非lna核苷酸,例如優(yōu)選dna核苷酸。
只有在表4至9所公開的具體實例中,核堿基、lna單元、非lna單元、核苷酸間鍵聯(lián)和末端基團(tuán)被進(jìn)一步規(guī)定為如表2前的“文字說明”章節(jié)所述的。
已證明本文公開的反義寡核苷酸以及反義寡核苷酸的鹽與靶(編碼tgf-rii的基因或編碼tgf-rii的mrna)互補,即充分良好地雜交并具有足夠的特異性和特別是選擇性以產(chǎn)生所需的抑制作用。
術(shù)語“鹽”是指本發(fā)明的反義寡核苷酸的生理學(xué)和/或藥學(xué)上可接受的鹽。反義寡核苷酸含有核堿基如腺嘌呤,鳥嘌呤,胸腺嘧啶,胞嘧啶或其衍生物,其是堿性的并且形成鹽如氯化物或甲磺酸鹽。核苷酸間鍵聯(lián)優(yōu)選含有形成鹽如鈉、鋰或鉀鹽的帶負(fù)電荷的氧或硫原子。因此,藥學(xué)上可接受的堿加成鹽用無機(jī)堿或有機(jī)堿形成。合適的有機(jī)和無機(jī)堿的實例是衍生自金屬離子的堿,例如鋁、堿金屬離子如鈉或鉀,堿土金屬離子如鈣或鎂,或胺鹽離子或堿金屬或堿土氫氧化物,-碳酸鹽或-碳酸氫鹽。實例包括水性lioh,naoh,koh,nh4oh,碳酸鉀,氨和碳酸氫鈉,銨鹽,伯、仲和叔胺,例如氫氧化四烷基銨,低級烷基胺如甲胺,叔丁胺,普魯卡因,乙醇胺,芳基烷基胺如二芐胺和n,n-二芐基乙二胺,低級烷基哌啶如n-乙基哌啶,環(huán)烷基胺如環(huán)己胺或二環(huán)己基胺,嗎啉,葡糖胺,n-甲基-和n,n-二甲基葡糖胺,1-金剛烷胺,芐星青霉素或衍生自氨基酸如精氨酸、賴氨酸、鳥氨酸或原始中性或酸性氨基酸的酰胺的鹽,氯普魯卡因,膽堿,普魯卡因等。
由于反義寡核苷酸是堿性的,它們與有機(jī)和無機(jī)酸形成藥學(xué)上可接受的鹽。用于這種酸加成鹽形成的合適的酸的實例是鹽酸,氫溴酸,硫酸,磷酸,乙酸,檸檬酸,草酸,丙二酸,水楊酸,對氨基水楊酸,蘋果酸,富馬酸,琥珀酸酸,抗壞血酸,馬來酸,磺酸,膦酸,高氯酸,硝酸,甲酸,丙酸,葡萄糖酸,乳酸,酒石酸,羥基馬來酸,丙酮酸,苯乙酸,苯甲酸,對氨基苯甲酸酸,對羥基苯甲酸,甲磺酸,乙磺酸,亞硝酸,羥基乙磺酸,乙磺酸,對甲苯磺酸,萘磺酸,磺胺酸,樟腦磺酸,瓷酸,扁桃酸,鄰甲基扁桃酸,氫-苯磺酸,苦味酸,己二酸,d-o-甲苯基酒石酸,丙醇二酸,-甲苯酸,(o,m,p)-甲苯酸,萘胺磺酸和本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的其它礦物酸或羧酸。通過使游離堿形式與足量的所需酸接觸以用常規(guī)方式產(chǎn)生鹽來制備鹽。
在本發(fā)明的上下文中,“雜交”是指核酸雜交,其中單鏈核酸(dna或rna)與具有非常相似或甚至互補序列的另一單鏈核酸相互作用。因此,相互作用通過特定核堿基之間的氫鍵(堿基配對)發(fā)生。
如本文所用,術(shù)語“互補性”(dna和rna堿基對互補性)是指兩種核酸之間精確配對的能力。當(dāng)它們的形狀允許它們通過氫鍵鍵合在一起時,堿基對中的核苷酸是互補的。由此一對腺嘌呤和胸苷(或尿嘧啶)形成兩個氫鍵和胞嘧啶-鳥嘌呤對形成三個氫鍵。本文所用的“互補序列”是指dna或rna序列,使得當(dāng)它們彼此反平行對齊時,序列中每個位置處的核苷酸堿基將是互補的,非常像在鏡子中觀看且看到相反的事物。
本文所用的術(shù)語“可特異性雜交”表示反義寡核苷酸與靶序列的互補性或精確的堿基配對的足夠程度,以使得反義寡核苷酸和dna或rna靶標(biāo)之間發(fā)生穩(wěn)定和特異性結(jié)合。盡管優(yōu)選100%的互補性,但根據(jù)本發(fā)明的寡核苷酸的序列不需要與其可特異性雜交的靶核酸的序列具有100%的互補性。因此,“100%互補性”是指反義寡核苷酸與靶標(biāo)在其完全或整個長度上雜交而無錯配。換句話說,在本發(fā)明中,當(dāng)化合物與靶dna或rna分子在生理或病理條件下結(jié)合但反義寡核苷酸與非-靶序列的非特異性結(jié)合是極不可能或甚至不可能的時,定義反義化合物是可特異性雜交的。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及反義寡核苷酸,其中反義寡核苷酸與編碼tgfrii的mrna以100%的互補性結(jié)合,并且不與完整的人轉(zhuǎn)錄組中的任何其它區(qū)域結(jié)合。進(jìn)一步優(yōu)選的是本發(fā)明涉及反義寡核苷酸,其中反義寡核苷酸在其完整長度上與編碼tgfrii的mrna具有100%的互補性,并且不具有脫靶效應(yīng)?;蛘撸景l(fā)明優(yōu)選涉及與編碼tgfrii的mrna具有100%互補性但與人轉(zhuǎn)錄組的另一mrna沒有互補性的反義寡核苷酸。因此,術(shù)語“人轉(zhuǎn)錄組”是指人類生物體中轉(zhuǎn)錄物的總集合,這意味著所有細(xì)胞類型和環(huán)境條件(在任何給定的時間)的轉(zhuǎn)錄物。
特異性
本發(fā)明的反義寡核苷酸共同的是它們對于它們所結(jié)合的編碼tgf-rii的基因或mrna的區(qū)域具有特異性。根據(jù)本發(fā)明,優(yōu)選的是,在人轉(zhuǎn)錄組中,反義寡核苷酸在其全長上僅與編碼tgf-rii的mrna具有100%的互補性。此外,本發(fā)明的一個目的是在除猴之外的哺乳動物的轉(zhuǎn)錄組內(nèi)找到?jīng)]有交叉反應(yīng)性的反義寡核苷酸;特別地,反義寡核苷酸僅與大猿的轉(zhuǎn)錄組具有交叉反應(yīng)性。這應(yīng)該避免失效。因此,本發(fā)明的反義寡核苷酸在與編碼tgf-rii的基因或mrna的雜交上具有高度的特異性。本發(fā)明的反義寡核苷酸優(yōu)選在其完整長度上以100%互補性特異性結(jié)合編碼tgf-rii的基因或編碼tgf-rii的mrna,并且不與完整人轉(zhuǎn)錄組中的任何其它區(qū)域結(jié)合。這意味著,本發(fā)明的反義寡核苷酸與靶標(biāo)(tgf-riimrna)雜交而沒有錯配。
如本文所用,術(shù)語“mrna”可以包含含有內(nèi)含子的mrna(也稱為前體mrna)以及不含任何內(nèi)含子的mrna。
本發(fā)明的反義寡核苷酸能夠與前體mrna和/或mrna結(jié)合或雜交。這意味著反義寡核苷酸可以在前體mrna的內(nèi)含子區(qū)域處或內(nèi)含子區(qū)域內(nèi)結(jié)合或雜交,或者可以在前體mrna的重疊的內(nèi)含子-外顯子區(qū)域處結(jié)合或雜交,或者可以在前體mrna的外顯子區(qū)域處或外顯子區(qū)域內(nèi)和mrna的外顯子區(qū)域處或外顯子區(qū)域內(nèi)結(jié)合或雜交(參見圖1)。優(yōu)選的是能夠與前體mrna和mrna結(jié)合或雜交的反義寡核苷酸。反義寡核苷酸(aso)與前體mrna的結(jié)合或雜交抑制5'帽形成,抑制前體mrna的剪接以獲得mrna并激活切割前體mrna的rna酶h。反義寡核苷酸(aso)與mrna的結(jié)合或雜交激活rna酶h,其切割mrna并抑制核糖體亞基的結(jié)合。
本發(fā)明的反義寡核苷酸由至少10個且不多于28個,優(yōu)選不多于24個,更優(yōu)選不多于20個核苷酸組成,因此由10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,或20個核苷酸組成,優(yōu)選由11至20個,或11至19個,或12至19個,或13至19個,或13至18個核苷酸組成,和更優(yōu)選由14至18個核苷酸組成,其中這些核苷酸中的至少兩個,優(yōu)選三個是鎖核酸(lna)。較短的反義寡核苷酸,即具有少于10個核苷酸的反義寡核苷酸也是可能的,但是反義寡核苷酸越短,雜交不再不夠強(qiáng)的風(fēng)險就越高,并且選擇性將減少或?qū)适?。非選擇性反義寡核苷酸具有結(jié)合人轉(zhuǎn)錄組中不期望的區(qū)域和編碼非tgf-rii的其它蛋白的不期望的mrna的風(fēng)險,從而引起不期望的副作用。具有超過20個核苷酸的更長的反義寡核苷酸也是可能的,但是進(jìn)一步增加長度使得這種反義寡核苷酸的合成更加復(fù)雜和昂貴,而沒有增加雜交的選擇性或強(qiáng)度或關(guān)于降解的更好穩(wěn)定性的任何進(jìn)一步的益處。
因此,本發(fā)明涉及由10至20個核苷酸組成的反義寡核苷酸,其中至少兩個核苷酸和優(yōu)選3'和5'末端核苷酸是lna。因此,優(yōu)選至少末端3'核苷酸是lna,并且至少5'末端核苷酸是lna。在存在多于2個lna的情況下,優(yōu)選的是,另外的lna連接到3'或5'末端lna,就像本文所公開的gapmer一樣。
存在于本發(fā)明的反義寡核苷酸中的一個核苷酸結(jié)構(gòu)單元可以由以下通式(b1)和(b2)表示:
其中
b表示核堿基;
il’表示-x”-p(=x’)(x-)-;
r表示-h,-f,-oh,-nh2,-och3,-och2ch2och3和r#表示-h;
或r和r#一起形成橋-r#-r-,其選自-ch2-o-,-ch2-s-,-ch2-nh-,-ch2-n(ch3)-,-ch2-n(c2h5)-,-ch2-ch2-o-,-ch2-ch2-s-,-ch2-ch2-nh-,-ch2-ch2-n(ch3)-,或-ch2-ch2-n(c2h5)-;
x’表示=o或=s;
x-表示-o-,-oh,-orh,-nhrh,-n(rh)2,-och2ch2orh,-och2ch2srh,-bh3-,-rh,-sh,-srh,或-s-;
x”表示-o-,-nh-,-nrh-,-ch2-,或-s-;
y是-o-,-nh-,-nrh-,-ch2-或-s-;
rh選自氫和c1-4-烷基和優(yōu)選-ch3或-c2h5和最優(yōu)選-ch3。
優(yōu)選x-表示-o-,-oh,-och3,-nh(ch3),-n(ch3)2,-och2ch2och3,-och2ch2sch3,-bh3-,-ch3,-sh,-sch3,或-s-;和更優(yōu)選-o-,-oh,-och3,-n(ch3)2,-och2ch2och3,-bh3-,-sh,-sch3,或-s-。
il’表示優(yōu)選-o-p(o)(o-)-,-o-p(o)(s-)-,-o-p(s)(s-)-,-s-p(o)(o-)-,-s-p(o)(s-)-,-s-p(s)(s-)-,-o-p(o)(o-)-,-o-p(o)(s-)-,-s-p(o)(o-)-,-o-p(o)(rh)-,-o-p(o)(orh)-,-o-p(o)(nhrh)-,-o-p(o)[n(rh)2]-,-o-p(o)(bh3-)-,-o-p(o)(och2ch2orh)-,-o-p(o)(och2ch2srh)-,-o-p(o)(o-)-,-nrh-p(o)(o-)-,其中rh選自氫和c1-4-烷基。
基團(tuán)-o-p(o)(rh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(ch3)-o-或-o-p(o)(c2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(ch3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(orh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(och3)-o-或-o-p(o)(oc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(och3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(nhrh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(nhch3)-o-或-o-p(o)(nhc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(nhch3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)[n(rh)2]-o-優(yōu)選為-o-p(o)[n(ch3)2]-o-或-o-p(o)[n(c2h5)2]-o-和最優(yōu)選-o-p(o)[n(ch3)2]-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(och2ch2orh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(och2ch2och3)-o-或-o-p(o)(och2ch2oc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(och2ch2och3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(och2ch2srh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-或-o-p(o)(och2ch2sc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(o-)-nrh-優(yōu)選為-o-p(o)(o-)-nh-或-o-p(o)(o-)-n(ch3)-和最優(yōu)選-o-p(o)(o-)-nh-。
基團(tuán)-nrh-p(o)(o-)-o-優(yōu)選為-nh-p(o)(o-)-o-或-n(ch3)-p(o)(o-)-o-和最優(yōu)選-nh-p(o)(o-)-o-。
更優(yōu)選il’表示-o-p(o)(o-)-,-o-p(o)(s-)-,-o-p(s)(s-)-,-o-p(o)(nhrh)-,或-o-p(o)[n(rh)2]-,和更優(yōu)選il’表示-o-p(o)(o-)-,-o-p(o)(s-)-,或-o-p(s)(s-)-,和最優(yōu)選il’表示-o-p(o)(s-)-,或-o-p(s)(s-)-。
優(yōu)選y表示-o-。
優(yōu)選b表示選自a,t,g,c,u的鏈核堿基。
優(yōu)選il表示-o-p(=o)(s-)-或-o-p(=s)(s-)-。
b,y和il'的上述定義也適用于式b1至b9。
因此,以下通式(b3)至(b6)是優(yōu)選的:
其中
b表示核堿基和優(yōu)選a,t,g,c,u;
r表示-h,-f,-oh,-nh2,-n(ch3)2,-och3,-och2ch2och3,-och2ch2ch2oh,-och2ch2ch2nh2和優(yōu)選-h;
r*表示如下定義的部分-r#-r-并且例如優(yōu)選選自-c(rarb)-o-,-c(rarb)-nrc-,-c(rarb)-s-,和-c(rarb)-c(rarb)-o-,其中取代基ra、rb和rc具有如本文所定義的含義。更優(yōu)選r*選自-ch2-o-,-ch2-s-,-ch2-nh-,-ch2-n(ch3)-,-ch2-ch2-o-,或-ch2-ch2-s-,和更優(yōu)選-ch2-o-,-ch2-s-,-ch2-ch2-o-,或-ch2-ch2-s-,和更優(yōu)選-ch2-o-,-ch2-s-,或-ch2-ch2-o-,和更優(yōu)選-ch2-o-或-ch2-s-,和最優(yōu)選-ch2-o-。
非lna單元的優(yōu)選核苷酸的實例如下:
核苷酸間鍵聯(lián)(il)
本文所述的反義寡核苷酸的單體通過核苷酸間鍵聯(lián)偶聯(lián)在一起。適當(dāng)?shù)兀總€單體通過核苷酸間鍵聯(lián)連接到3'相鄰的單體上。本領(lǐng)域普通技術(shù)人員將理解,在本發(fā)明的上下文中,寡聚體末端的5'單體不包含5'核苷酸間鍵聯(lián),盡管它可以包含或可以不包含5'末端基團(tuán)。術(shù)語“核苷酸間鍵聯(lián)”旨在表示能夠?qū)蓚€核苷酸、兩個核苷酸類似物如兩個lna以及核苷酸與核苷酸類似物如lna共價偶聯(lián)的基團(tuán)。具體和優(yōu)選的實例包括磷酸基團(tuán)和硫代磷酸酯基團(tuán)。
本發(fā)明的反義寡核苷酸的核苷酸或其連續(xù)核苷酸序列通過核苷酸間鍵聯(lián)偶聯(lián)接在一起。每個核苷酸適當(dāng)?shù)赝ㄟ^核苷酸間鍵聯(lián)通過5'位與3'相鄰的核苷酸連接。
反義寡核苷酸可以通過幾種不同的方式進(jìn)行修飾。主鏈內(nèi)的修飾是可能的,并且是指反義寡核苷酸,其中其核苷酸間主鏈中的磷酸基團(tuán)(也稱為磷酸二酯基團(tuán))被其它基團(tuán)部分或完全替代。優(yōu)選的修飾的反義寡核苷酸主鏈包括具有正常3'-5'鍵聯(lián)的例如硫代磷酸酯,手性硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,磷酸三酯,氨基烷基磷酸酯,甲基、乙基和c3-c10烷基膦酸酯,包括3'-亞烷基膦酸酯和手性膦酸酯,次膦酸酯,氨基磷酸酯,包括3'-氨基氨基磷酸酯和氨基烷基磷酰胺化物,硫代磷酰胺酸酯,硫代烷基磷酸酯,硫代烷基磷酸三酯和硼烷磷酸酯,這些的2'-5'連接的類似物,以及具有相反極性的那些,其中相鄰的核苷酸單元對在3'-5'連接至5'-3'或在2'-5'連接至5'-2'。本文還進(jìn)一步詳細(xì)包括并公開了其各種鹽、混合鹽和游離酸形式。
合適的核苷酸間鍵聯(lián)連接包括在wo2007/031091中列出的那些,例如wo2007/031091的第34頁第一段所列的核苷酸間鍵聯(lián)(通過引用并入本文)。在一些實施方案中,優(yōu)選將核苷酸間鍵聯(lián)從其正常的磷酸二酯修飾為對核酸酶攻擊更具抗性的核苷酸間鍵聯(lián),例如修飾為硫代磷酸酯或硼磷酸酯,這兩個耐受rna酶h介導(dǎo)的切割,并且還允許在減少靶基因的表達(dá)中的反義抑制途徑。
核苷酸間鍵聯(lián)由與核糖部分的3'碳原子結(jié)合的基團(tuán)il'和與連續(xù)核糖部分的5'碳原子結(jié)合的基團(tuán)y組成,如下式(il’y)所示的。
核苷酸間鍵聯(lián)il由-il'-y-表示。il'表示-x”-p(=x’)(x-)-,以使得使得il由-x”-p(=x’)(x-)-y-表示,其中取代基x-,x’,x”和y具有如本文所公開的含義。
核苷酸間鍵聯(lián)il=-x”-p(=x’)(x-)-y-優(yōu)選選自:
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-s-p(s)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(rh)-o-,-o-p(o)(orh)-o-,-o-p(o)(nhrh)-o-,-o-p(o)[n(rh)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2orh)-o-,-o-p(o)(och2ch2srh)-o-,-o-p(o)(o-)-nrh-,-nrh-p(o)(o-)-o-,其中rh選自氫和c1-4-烷基。
基團(tuán)-o-p(o)(rh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(ch3)-o-或-o-p(o)(c2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(ch3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(orh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(och3)-o-或-o-p(o)(oc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(och3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(nhrh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(nhch3)-o-或-o-p(o)(nhc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(nhch3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)[n(rh)2]-o-優(yōu)選為-o-p(o)[n(ch3)2]-o-或-o-p(o)[n(c2h5)2]-o-和最優(yōu)選-o-p(o)[n(ch3)2]-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(och2ch2orh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(och2ch2och3)-o-或-o-p(o)(och2ch2oc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(och2ch2och3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(och2ch2srh)-o-優(yōu)選為-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-或-o-p(o)(och2ch2sc2h5)-o-和最優(yōu)選-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-。
基團(tuán)-o-p(o)(o-)-nrh-優(yōu)選為-o-p(o)(o-)-nh-或-o-p(o)(o-)-n(ch3)-和最優(yōu)選-o-p(o)(o-)-nh-。
基團(tuán)-nrh-p(o)(o-)-o-優(yōu)選為-nh-p(o)(o-)-o-或-n(ch3)-p(o)(o-)-o-和最優(yōu)選-nh-p(o)(o-)-o-。
更優(yōu)選il表示-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-o-p(o)(nhrh)-o-,或-o-p(o)[n(rh)2]-o-,和更優(yōu)選il表示-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,或-o-p(s)(s-)-o-,和最優(yōu)選il表示-o-p(o)(s-)-o-,或-o-p(o)(o-)-o-。
因此,il優(yōu)選為磷酸基團(tuán)(-o-p(o)(o-)-o-)、硫代磷酸酯基團(tuán)(-o-p(o)(s-)-o-)或二硫代磷酸酯基團(tuán)(-o-p(s)(s-)-o-)。
反義寡核苷酸的核苷酸單元或核苷通過核苷酸間鍵聯(lián)彼此連接,使得在一個反義寡核苷酸之內(nèi)可以存在不同的核苷酸間鍵聯(lián)。lna單元優(yōu)選通過非磷酸基團(tuán)的核苷酸間鍵聯(lián)連接。lna單元通過優(yōu)選選自-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-o-p(o)(nhrh)-o-,和-o-p(o)[n(rh)2]-o-和更優(yōu)選選自-o-p(o)(s-)-o-和-o-p(s)(s-)-o-的il基團(tuán)彼此連接。
非lna單元通過優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-o-p(o)(nhrh)-o-,和-o-p(o)[n(rh)2]-o-和更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-和-o-p(s)(s-)-o-的il基團(tuán)彼此連接。
非lna單元通過優(yōu)選選自-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-o-p(o)(nhrh)-o-,和-o-p(o)[n(rh)2]-o-和更優(yōu)選選自-o-p(o)(s-)-o-和-o-p(s)(s-)-o-的il基團(tuán)連接至lna單元。
本文所用的術(shù)語“l(fā)na單元”是指被鎖定的核苷酸,即具有雙環(huán)結(jié)構(gòu),特別是雙環(huán)核糖結(jié)構(gòu),更特別是通式(ii)所示的雙環(huán)核糖結(jié)構(gòu)的核苷酸。橋“鎖定”3'-endo(北)構(gòu)象中的核糖。lna核苷酸的核糖部分用連接2'氧和4'碳的額外橋修飾??蛇x擇地,用于lna的術(shù)語是雙環(huán)核苷酸或橋連的核苷酸,因此,lna單元的替代術(shù)語是雙環(huán)核苷酸單元或橋連的核苷酸單元。
本文所用的術(shù)語“非-lna單元”是指未被鎖定的核苷酸,即不具有雙環(huán)糖部分,特別是沒有雙環(huán)核糖結(jié)構(gòu),更特別地沒有如通式(ii)所示的雙環(huán)核糖結(jié)構(gòu)的核苷酸。非lna單元最優(yōu)選是dna單元。
本文所用的術(shù)語“dna單元”是指含有作為糖的2-脫氧核糖的核苷酸。因此,核苷酸由核堿基和2-脫氧核糖制成。
本文所用的術(shù)語“單元”是指本發(fā)明的反義寡核苷酸的區(qū)段或片段或部分。因此,“單元”不是完整的分子,它是反義寡核苷酸的區(qū)段或片段或部分,其具有用于與反義寡核苷酸的另一區(qū)段或片段或部分共價鍵聯(lián)的至少一個位置。例如,一般結(jié)構(gòu)(b1)至(b6)是單元,因為它們可以分別通過基團(tuán)y和il’或-o-和-o-p(o)(s-)-共價連接。優(yōu)選地,單元是由戊糖結(jié)構(gòu)、與戊糖結(jié)構(gòu)連接的核堿基、5'基團(tuán)和il'基團(tuán)組成的部分。
本文所用的術(shù)語“結(jié)構(gòu)單元”或“單體”是指分子,特別是用于合成本發(fā)明的反義寡核苷酸的核苷。實例是通式(i)的lna分子,其中y表示5'-末端基團(tuán),il'表示3'末端基團(tuán)。
合適的含有本文提供的核苷酸間鍵聯(lián)的硫(s)是優(yōu)選的。
主鏈中優(yōu)選的是硫代磷酸酯部分,其中至少50%的核苷酸間鍵聯(lián)是硫代磷酸酯基團(tuán)。還優(yōu)選的是,lna單元(如果存在)通過硫代磷酸酯作為核苷酸間鍵聯(lián)連接。最優(yōu)選的是完整的硫代磷酸酯主鏈,即最優(yōu)選的是當(dāng)所有核苷酸單元和lna單元(如果存在)通過如下定義的硫代磷酸酯基團(tuán)彼此連接時:-o-p(o)(s-)-o-,其與-o-p(o,s)-o-或-o-p(o-)(s)-o-同義。
在反義寡核苷酸是gapmer的情況下,優(yōu)選lna區(qū)域具有選自-o-p(o)(s-)-o-和-o-p(s)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián),并且非lna區(qū)域(中間部分)具有選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-和-o-p(s)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián),并且lna區(qū)域通過選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-和-o-p(s)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián)連接到非lna區(qū)域。
甚至更優(yōu)選的是,在10聚體中為9且在20聚體中為19的所有核苷酸間鍵聯(lián)選自-o-p(o)(s-)-o-和-o-p(s)(s-)-o-。更優(yōu)選的是所有的核苷酸間鍵聯(lián)是硫代磷酸酯基團(tuán)(-o-p(o)(s-)-o-)或是二硫代磷酸酯基團(tuán)(-o-p(s)(s-)-o-)。
鎖核酸
特別優(yōu)選的是,反義寡核苷酸中通式(b1)或(b2)的一些核苷酸被所謂的lna(鎖核酸)所代替。縮寫lna是注冊商標(biāo),但在本文中,術(shù)語“l(fā)na”僅以描述性方式使用。
優(yōu)選地,末端核苷酸被lna替代,更優(yōu)選在3’末端的最后1至4個核苷酸和/或5’末端的最后1至4個核苷酸被lna替代。還優(yōu)選至少在3'末端和5’末端的末端核苷酸各自被lna替換。
本文所用的術(shù)語“l(fā)na”是指被稱為“鎖核酸”的雙環(huán)核苷酸類似物。它可以指lna單體,或者當(dāng)在“l(fā)na反義寡核苷酸”或“含有l(wèi)na的反義寡核苷酸”的上下文中使用時,lna是指含有一個或多個這樣的雙環(huán)核苷酸類似物的寡核苷酸。lna核苷酸的特征在于核糖糖環(huán)的c2'和c4'之間的連接基團(tuán)(如橋)的存在,例如如下所述的雙基r#-r所示。在本發(fā)明的反義寡核苷酸中使用的lna優(yōu)選具有通式(i)的結(jié)構(gòu),
其中對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán);
其中x選自-o-,-s-,-n(rn)-,-c(r6r7)-,優(yōu)選x為-o-;
b選自氫,任選取代的c1-4-烷氧基,任選取代的c1-4-烷基,任選取代的c1-4-酰氧基,核堿基和核堿基類似物,優(yōu)選b是核堿基或核堿基類似物,最優(yōu)選是標(biāo)準(zhǔn)核堿基。
在通式(i)的部分是本發(fā)明的反義寡核苷酸的lna單元的情況下,y表示與相鄰核苷酸的核苷酸間鍵聯(lián)的一部分,或者在通式(i)的部分是用于合成本發(fā)明的反義寡核苷酸的單體或結(jié)構(gòu)單元的情況下,y表示5’末端基團(tuán)。5'碳原子任選地包括取代基r4和r5;
在通式(i)的部分是本發(fā)明的反義寡核苷酸的lna單元的情況下,il'表示與相鄰核苷酸的核苷酸間鍵聯(lián)的一部分,或者在通式(i)的部分是用于合成本發(fā)明的反義寡核苷酸的單體或結(jié)構(gòu)單元的情況下,il'表示3’末端基團(tuán)。
r#和r一起表示由選自-c(rarb)-,-c(ra)=c(rb)-,-c(ra)=n-,-o-,-si(ra)2-,-s-,-so2-,-n(rc)-,和>c=z的1-4個基團(tuán)或原子組成的雙價連接基團(tuán),其中z選-o-,-s-,和-n(ra)-,ra、rb和rc彼此獨立地選自氫,任選取代的c1-12-烷基,任選取代的c2-6-烯基,任選取代的c2-6-炔基,羥基,任選取代的c1-12-烷氧基,c1-6-烷氧基-c1-6-烷基,c2-6-烯氧基,羧基,c1-12-烷氧基羰基,c1-12-烷基羰基,甲?;?,芳基,芳氧基-羰基,芳氧基,芳基羰基,雜芳基,雜芳氧基-羰基,雜芳基氧基,雜芳基羰基,氨基,單和二(c1-6-烷基)氨基,氨基甲?;?,單和二(c1-6-烷基)-氨基-羰基,氨基-c1-6-亞烷基-氨基羰基,單和二(c1-6-烷基)氨基-c1-6-亞烷基-氨基羰基,c1-6-烷基-羰基氨基,氨基甲?;?,c1-6-烷酰氧基,磺?;琧1-6-烷基磺酰氧基,硝基,疊氮基,硫烷基,c1-6-烷硫基,鹵素,其中芳基和雜芳基可以任選被取代,其中兩個孿位取代基ra和rb可以一起表示任選取代的亞甲基(=ch2),其中對于所有手性中心,可以以r或s取向找到非對稱基團(tuán);
存在的取代基r1,r2,r3,r4,r5,r6和r7各自獨立地選自氫,任選取代的c1-12-烷基,任選取代的c2-6-烯基,任選取代的c2-6-炔基,羥基,c1-12-烷氧基,c1-6-烷氧基-c1-6-烷基,c2-6-烯氧基,羧基,c1-12-烷氧基羰基,c1-12-烷基羰基,甲?;?,芳基,芳氧基-羰基,芳氧基,芳基羰基,雜芳基,雜芳氧基羰基,雜芳氧基,雜芳基羰基,氨基,單和二(c1-6-烷基)氨基,氨基甲?;?,單-和二(c1-6-烷基)-氨基-羰基,氨基-c1-6-烷基-氨基羰基,單-和二(c1-6-烷基)氨基-c1-6-烷基-氨基羰基,c1-6-烷基-羰基氨基,氨基甲?;琧1-6-烷酰氧基,磺酰基,c1-6-烷基磺酰氧基,硝基,疊氮基,硫烷基,c1-6-烷硫基,鹵素,其中芳基和雜芳基可以任選被取代,并且其中兩個孿位取代基一起可以表示氧代,硫氧代,亞氨基或任選取代的亞甲基;
其中rn選自氫和c1-4-烷基,并且其中兩個相鄰(非孿位)取代基可以表示導(dǎo)致雙鍵的另外的鍵;并且當(dāng)存在且不參與雙基時,rn選自氫和c1-4-烷基;以及其堿鹽及其酸加成鹽。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。
在優(yōu)選的實施方案中,r#和r一起表示由選自-c(rarb)-c(rarb)-,-c(rarb)-o-,-c(rarb)-nrc-,-c(rarb)-s-,和-c(rarb)-c(rarb)-o-的基團(tuán)組成的雙基,其中每個ra,rb和rc可以任選地獨立地選擇。
在一些實施方案中,ra和rb可以任選地獨立地選自氫和c1-6-烷基,例如甲基,優(yōu)選的是氫。
在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5獨立地選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基或取代的c2-6-炔基,c1-6烷氧基,取代的c1-6烷氧基,?;〈孽;?,c1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。
在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5是氫。
在一些實施方案中,r1,r2和r3獨立地選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基,或取代的c2-6-烯基,c1-6-烷氧基,取代的c1-6-烷氧基,?;?,取代的酰基,c1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2和r3是氫。
在優(yōu)選的實施方案中,r4和r5各自獨立地選自-h,-ch3,-ch2-ch3,-ch2-o-ch3和-ch=ch2。適當(dāng)?shù)?,在一些實施方案中,r4或r5為氫,而另一基團(tuán)(分別為r4或r5)選自c1-6-烷基,c2-6-烯基,c2-6-炔基,取代的c2-6-炔基,取代的c2-6-炔基或取代的酰基(-c(=o)-)。其中每個取代基團(tuán)是單取代或多取代的取代基獨立地選自鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基,取代的c2-6-炔基,-oj1,-sj1,-nj1j2,-n3,-cooj1,-cn,-o-c(=o)nj1j2,-n(h)c(=nh)nj1j2或-n(h)c(=x)n(h)j2,其中x是o或s;并且每個j1和j2獨立地為-h,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基,取代的c2-6-炔基,c1-6-氨基烷基,取代的c1-6-氨基烷基或保護(hù)基。在一些實施方案中,r4或r5為取代的c1-6-烷基。在一些實施方案中,r4或r5為取代的亞甲基,其中優(yōu)選的取代基包括一個或多個獨立地選自-f,-nj1j2,-n3,-cn,-oj1,-sj1,-o-c(=o)nj1j2,-n(h)c(=nh)nj1j2或-n(h)c(=o)n(h)j2的基團(tuán)。在一些實施方案中,每個j1和j2獨立地為-h或c1-6-烷基。在一些實施方案中,r4或r5為甲基,乙基或甲氧基甲基。在一些實施方案中,r4或r5為甲基。在另一個實施方案中,r4或r5是亞乙基。在一些實施方案中,r4或r5為取代的?;?。在一些實施方案中,r4或r5為-o-c(=o)nj1j2。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。這種5'修飾的雙環(huán)核苷酸公開在wo2007/134181a中,其全部內(nèi)容通過引用并入本文。
在一些實施方案中,b是核堿基,包括核堿基類似物和天然存在的核堿基,例如嘌呤或嘧啶,或取代的嘌呤或取代的嘧啶,例如本文所述的核堿基,例如選自腺嘌呤,胞嘧啶,胸腺嘧啶,腺嘌呤,尿嘧啶的核堿基和/或修飾或取代的核堿基,例如5-噻唑烷-尿嘧啶,2-硫代-尿嘧啶,5-丙炔基-尿嘧啶,2'-硫代胸腺嘧啶,5-甲基胞嘧啶,5-噻唑并-胞嘧啶,5-丙炔基-胞嘧啶和2,6-二氨基嘌呤。
在優(yōu)選的實施方案中,r#和r一起表示選自-c(rarb)-o-,-c(rarb)-c(rcrd)-o-,-c(rarb)-c(rcrd)-c(rerf)-o-,-c(rarb)-o-c(rdre)-,-c(rarb)-o-c(rdre)-o-,-c(rarb)-c(rdre)-,-c(rarb)-c(rcrd)-c(rerf)-,-c(ra)=c(rb)-c(rdre)-,-c(rarb)-n(rc)-,-c(rarb)-c(rdre)-n(rc)-,-c(rarb)-n(rc)-o-,-c(rarb)-s-,和-c(rarb)-c(rdre)-s-的雙基,ra,rb,rc,rd,re,和rf各自獨立地選自氫,任選取代的c1-12-烷基,任選取代的c2-6-烯基,任選取代的c2-6-炔基,羥基,c1-12-烷氧基,c1-6-烷氧基-c1-6-烷基,c2-6-烯氧基,羧基,c1-12-烷氧羰基,c1-12-烷基羰基,甲酰基,芳基,芳氧基-羰基,芳氧基,芳基羰基,雜芳基,雜芳氧羰基,雜芳氧基,雜芳基羰基,氨基,單和二(c1-6-烷基)氨基,氨基甲酰基,單-和二(c1-6-烷基)-氨基-羰基,氨基-c1-6-烷基-氨基羰基,單-和二(c1-6-烷基)氨基-c1-6-烷基-氨基羰基,c1-6-烷基-羰基氨基,氨基甲?;琧1-6-烷酰氧基,磺酰基,c1-6-烷基磺酰氧基,硝基,疊氮基,硫烷基,c1-6-烷硫基,鹵素,其中芳基和雜芳基可以任選被取代,其中兩個孿位取代基ra和rb一起可以表示任選取代的亞甲基(=ch2)。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。
在另一個實施方案中,r#和r一起表示選自-ch2-o-,-ch2-s-,-ch2-nh-,-ch2-n(ch3)-,-ch2-ch2-o-,-ch2-ch(ch3)-,-ch2-ch2-s-,-ch2-ch2-nh-,-ch2-ch2-ch2-,-ch2-ch2-ch2-o-,-ch2-ch2-ch(ch3)-,-ch=ch-ch2-,-ch2-o-ch2-o-,-ch2-nh-o-,-ch2-n(ch3)-o-,-ch2-o-ch2-,-ch(ch3)-o-,-ch(ch2-o-ch3)-o-,-ch2-ch2-,和-ch=ch-的雙基(二價基團(tuán))。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。
在一些實施方案中,r#和r一起表示雙基-c(rarb)-n(rc)-o-,其中ra和rb獨立地選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基或取代的c2-6-炔基,c1-6-烷氧基,取代的c1-6-烷氧基,?;?,取代的酰基,c1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基,例如氫,以及其中rc選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基或取代的c2-6-炔基,c1-6-烷氧基,取代的c1-6-烷氧基,酰基,取代的酰基,c1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基,優(yōu)選為氫。
在優(yōu)選的實施方案中,r#和r一起代表雙基-c(rarb)-o-c(rdre)-o-,其中ra,rb,rd,和re獨立地選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基或取代的c2-6-炔基,c1-6-烷氧基,取代的c1-6-烷氧基,?;?,取代的?;琧1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基,和優(yōu)選氫。
在優(yōu)選的實施方案中,r#和r形成雙基-ch(z)-o-,其中z選自c1-6-烷基,c2-6-烯基,c2-6-炔基,取代的c1-6-烷基,取代的c2-6-烯基,取代的c2-6-炔基,酰基,取代的酰基,取代的酰胺,硫醇或取代的硫醇;并且其中每個取代基獨立地被任選受保護(hù)的取代基單或多取代,其中取代基獨立地選自鹵素,氧代,羥基,-oj1,-nj1j2,-sj1,-n3,-oc(=x)j1,-oc(=x)nj1j2,-nj3c(=x)nj1j2和-cn,其中每個j1,j2和j3獨立地為-h或c1-6-烷基,x為o,s或nj1。在優(yōu)選的實施方案中,z是c1-6-烷基或取代的c1-6-烷基。在進(jìn)一步優(yōu)選的實施方案中,z是甲基。在優(yōu)選的實施方案中,z是取代的c1-6-烷基。在優(yōu)選的實施方案中,所述取代基是c1-6-烷氧基。在一些實施方案中,z是ch3och2-。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。這種雙環(huán)核苷酸公開在us7,399,845中,其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5是氫。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2和r3是氫,r4、r5中的一個或兩個可以不是如上所述的和wo2007/134181中所述的氫。
在優(yōu)選的實施方案中,r#和r一起表示在橋中包含取代的氨基的雙基,例如雙基-ch2-n(rc)-,其中rc是c1-12-烷氧基。在優(yōu)選的實施方案中,r#和r一起表示雙基-cq3q4-nor-,其中q3和q4獨立地選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基或取代的c2-6-炔基,c1-6-烷氧基,取代的c1-6-烷氧基,?;?,取代的?;?,c1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基;其中每個取代基獨立地由獨立地選自以下的取代基單取代或多取代:鹵素,-oj1,-sj1,-nj1j2,-cooj1,-cn,-oc(=o)nj1j2,-nh-c(=nh)nj1j2或-nh-c(=x)nhj2,其中x是o或s;j1和j2各自獨立地為-h,c1-6-烷基,c2-6-烯基,c2-6-炔基,c1-6-氨基烷基或保護(hù)基。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。這樣的雙環(huán)核苷酸公開在wo2008/150729中,其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5獨立地選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基或取代的c2-6-炔基,c1-6-烷氧基,取代的c1-6-烷氧基,?;〈孽;?,c1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5是氫。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2和r3是氫,r4、r5中的一個或兩個可以不是上述和wo2007/134181中所述的氫。
在優(yōu)選的實施方案中,r#和r一起表示雙基(二價基)-c(rarb)-o-,其中ra和rb各自獨立地為鹵素,c1-12-烷基,取代的c1-12-烷基,c2-6-鏈烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基,取代的c2-6-炔基,c1-12-烷氧基,取代的c1-12-烷氧基,-oj1,-sj1,-s(o)j1,-so2-j1,-nj1j2,-n3,-cn,-c(=o)oj1,-c(=o)nj1j2,-c(=o)j1,-oc(=o)nj1j2,-nh-c(=nh)nj1j2,-nh-c(=o)nj1j2,或,-nh-c(=s)nj1j2;或ra和rb一起為=c(q3)(q4);q3和q4·各自獨立地為-h,鹵素,c1-12-烷基或取代的c1-12-烷基;每個取代基獨立地由獨立地選自鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基,取代的c2-6-炔基,-oj1,-sj1,-nj1j2,-n3,-cn,-c(=o)oj1,-c(=o)nj1j2,-c(=o)j1,-oc(=o)nj1j2,-nh-c(=o)nj1j2,或-nh-c(=s)nj1j2;每個j1和j2獨立地是-h,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基,取代的c2-6-炔基,c1-6-氨基烷基,取代的c1-6-氨基烷基或保護(hù)基。這樣的化合物公開在wo2009006478a中,其全部內(nèi)容通過引用并入本文。
在優(yōu)選的實施方案中,r#和r形成雙基-q-,其中q是-c(q1)(q2)c(q3)(q4)-,-c(q1)=c(q3)-,-c[=c(q1)(q2)]-c(q3)(q4)-或-c(q1)(q2)-c[=c(q3)(q4)]-;
q1,q2,q3,q4各自獨立地為-h,鹵素,c1-12-烷基,取代的c1-12-烷基,c2-6-烯基,取代的c1-12-烷氧基,-oj1,-sj1,-s(o)j1,-so2-j1,-nj1j2,-n3,-cn,-c(=o)oj1,-c(=o)nj1j2,-c(=o)j1,-oc(=o)nj1j2,-nh-c(=nh)nj1j2,-nh-c(=o)nj1j2,或-nh-c(=s)nj1j2;每個j1和j2彼此獨立地為-h,c1-6-烷基,c2-6-烯基,c2-6-炔基,c1-6-氨基烷基或保護(hù)基;并且任選地當(dāng)q是-c(q1)(q2)c(q3)(q4)-且q3或q4中的一個是-ch3時,則q3或q4中的至少一個或q1和q2中的一個不是-h。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5是氫。對于所有手性中心,可以以r或s取向找到不對稱基團(tuán)。這樣的雙環(huán)核苷酸公開在wo2008/154401中,其全部內(nèi)容通過引用并入本文。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5彼此獨立地選自氫,鹵素,c1-6-烷基,取代的c1-6-烷基,c2-6-烯基,取代的c2-6-烯基,c2-6-炔基或取代的c2-6-炔基,c1-6-烷氧基,取代的c1-6-烷氧基,?;?,取代的?;?,c1-6-氨基烷基或取代的c1-6-氨基烷基。在優(yōu)選的實施方案中,r1,r2,r3,r4和r5是氫。在優(yōu)選實施方案中,r1,r2和r3是氫,r4,r5中的一個或兩個可以不是上述和wo2007/134181或wo2009/067647(αl雙環(huán)核酸類似物)中所述的氫。
本文所用的術(shù)語“c1-c6-烷基”是指-ch3,-c2h5,-c3h7,-ch(ch3)2,-c4h9,-ch2-ch(ch3)2,-ch(ch3)-c2h5,-c(ch3)3,-c5h11,-ch(ch3)-c3h7,-ch2-ch(ch3)-c2h5,-ch(ch3)-ch(ch3)2,-c(ch3)2-c2h5,-ch2-c(ch3)3,-ch(c2h5)2,-c2h4-ch(ch3)2,-c6h13,-c3h6-ch(ch3)2,-c2h4-ch(ch3)-c2h5,-ch(ch3)-c4h9,-ch2-ch(ch3)-c3h7,-ch(ch3)-ch2-ch(ch3)2,-ch(ch3)-ch(ch3)-c2h5,-ch2-ch(ch3)-ch(ch3)2,-ch2-c(ch3)2-c2h5,-c(ch3)2-c3h7,-c(ch3)2-ch(ch3)2,-c2h4-c(ch3)3,-ch2-ch(c2h5)2,和-ch(ch3)-c(ch3)3。術(shù)語“c1-c6-烷基”還應(yīng)包括“c1-c6-環(huán)烷基”,如環(huán)-c3h5,環(huán)-c4h7,環(huán)-c5h9,和環(huán)-c6h11。
優(yōu)選的是-ch3,-c2h5,-c3h7,-ch(ch3)2,-c4h9,-ch2-ch(ch3)2,-ch(ch3)-c2h5,-c(ch3)3,和-c5h11。特別優(yōu)選的是-ch3,-c2h5,-c3h7,和-ch(ch3)2。
術(shù)語“c1-c6-烷基”還應(yīng)包括“c1-c6-環(huán)烷基”,如環(huán)-c3h5,環(huán)-c4h7,環(huán)-c5h9,和環(huán)-c6h11。
本文所用的術(shù)語“c1-12-烷基”是指c1-c6-烷基,-c7h15,-c8h17,-c9h19,-c10h21,-c11h23,-c12h25。
如本文所用,術(shù)語“c1-c6-亞烷基”是指-ch2-,-c2h4-,-ch(ch3)-,-c3h6-,-ch2-ch(ch3)-,-ch(ch3)-ch2-,-c(ch3)2-,-c4h8-,-ch2-c(ch3)2-,-c(ch3)2-ch2-,-c2h4-ch(ch3)-,-ch(ch3)-c2h4-,-ch2-ch(ch3)-ch2-,-ch(ch3)-ch(ch3)-,-c5h10-,-ch(ch3)-c3h6-,-ch2-ch(ch3)-c2h4-,-c2h4-ch(ch3)-ch2-,-c3h6-ch(ch3)-,-c2h4-c(ch3)2-,-c(ch3)2-c2h4-,-ch2-c(ch3)2-ch2-,-ch2-ch(ch3)-ch(ch3)-,-ch(ch3)-ch2-ch(ch3)-,-ch(ch3)-ch(ch3)-ch2-,-ch(ch3)-ch(ch3)-ch(ch3)-,-c(ch3)2-c3h6-,-ch2-c(ch3)2-c2h4-,-c2h4-c(ch3)2-ch2-,-c3h6-c(ch3)2-,-ch(ch3)-c4h8-,-c6h12-,-ch2-ch(ch3)-c3h6-,-c2h4-ch(ch3)-c2h4-,-c3h6-ch(ch3)-ch2-,-c4h8-ch(ch3)-,-c2h4-ch(ch3)-ch(ch3)-,-ch2-ch(ch3)-ch(ch3)-ch2-,-ch2-ch(ch3)-ch2-ch(ch3)-,-ch(ch3)-c2h4-ch(ch3)-,-ch(ch3)-ch2-ch(ch3)-ch2-,和-ch(ch3)-ch(ch3)-c2h4-。
如本文所用,術(shù)語“c2-c6-烯基”是指-ch=ch2,-ch2-ch=ch2,-c(ch3)=ch2,-ch=ch-ch3,-c2h4-ch=ch2,-ch2-ch=ch-ch3,-ch=ch-c2h5,-ch2-c(ch3)=ch2,-ch(ch3)-ch=ch,-ch=c(ch3)2,-c(ch3)=ch-ch3,-ch=ch-ch=ch2,-c3h6-ch=ch2,-c2h4-ch=ch-ch3,-ch2-ch=ch-c2h5,-ch=ch-c3h7,-ch2-ch=ch-ch=ch2,-ch=ch-ch=ch-ch3,-ch=ch-ch2-ch=ch2,-c(ch3)=ch-ch=ch2,-ch=c(ch3)-ch=ch2,-ch=ch-c(ch3)=ch2,-c2h4-c(ch3)=ch2,-ch2-ch(ch3)-ch=ch2,-ch(ch3)-ch2-ch=ch2,-ch2-ch=c(ch3)2,-ch2-c(ch3)=ch-ch3,-ch(ch3)-ch=ch-ch3,-ch=ch-ch(ch3)2,-ch=c(ch3)-c2h5,-c(ch3)=ch-c2h5,-c(ch3)=c(ch3)2,-c(ch3)2-ch=ch2,-ch(ch3)-c(ch3)=ch2,-c(ch3)=ch-ch=ch2,-ch=c(ch3)-ch=ch2,-ch=ch-c(ch3)=ch2,-c4h8-ch=ch2,-c3h6-ch=ch-ch3,-c2h4-ch=ch-c2h5,-ch2-ch=ch-c3h7,-ch=ch-c4h9,-c3h6-c(ch3)=ch2,-c2h4-ch(ch3)-ch=ch2,-ch2-ch(ch3)-ch2-ch=ch2,-ch(ch3)-c2h4-ch=ch2,-c2h4-ch=c(ch3)2,-c2h4-c(ch3)=ch-ch3,-ch2-ch(ch3)-ch=ch-ch3,-ch(ch3)-ch2-ch=ch-ch3,-ch2-ch=ch-ch(ch3)2,-ch2-ch=c(ch3)-c2h5,-ch2-c(ch3)=ch-c2h5,-ch(ch3)-ch=ch-c2h5,-ch=ch-ch2-ch(ch3)2,-ch=ch-ch(ch3)-c2h5,-ch=c(ch3)-c3h7,-c(ch3)=ch-c3h7,-ch2-ch(ch3)-c(ch3)=ch2,-ch(ch3)-ch2-c(ch3)=ch2,-ch(ch3)-ch(ch3)-ch=ch2,-ch2-c(ch3)2-ch=ch2,-c(ch3)2-ch2-ch=ch2,-ch2-c(ch3)=c(ch3)2,-ch(ch3)-ch=c(ch3)2,-c(ch3)2-ch=ch-ch3,-ch(ch3)-c(ch3)=ch-ch3,-ch=c(ch3)-ch(ch3)2,-c(ch3)=ch-ch(ch3)2,-c(ch3)=c(ch3)-c2h5,-ch=ch-c(ch3)3,-c(ch3)2-c(ch3)=ch2,-ch(c2h5)-c(ch3)=ch2,-c(ch3)(c2h5)-ch=ch2,-ch(ch3)-c(c2h5)=ch2,-ch2-c(c3h7)=ch2,-ch2-c(c2h5)=ch-ch3,-ch(c2h5)-ch=ch-ch3,-c(c4h9)=ch2,-c(c3h7)=ch-ch3,-c(c2h5)=ch-c2h5,-c(c2h5)=c(ch3)2,-c[c(ch3)3]=ch2,-c[ch(ch3)(c2h5)]=ch2,-c[ch2-ch(ch3)2]=ch2,-c2h4-ch=ch-ch=ch2,-ch2-ch=ch-ch2-ch=ch2,-ch=ch-c2h4-ch=ch2,-ch2-ch=ch-ch=ch-ch3,-ch=ch-ch2-ch=ch-ch3,-ch=ch-ch=ch-c2h5,-ch2-ch=ch-c(ch3)=ch2,-ch2-ch=c(ch3)-ch=ch2,-ch2-c(ch3)=ch-ch=ch2,-ch(ch3)-ch=ch-ch=ch2,-ch=ch-ch2-c(ch3)=ch2,-ch=ch-ch(ch3)-ch=ch2,-ch=c(ch3)-ch2-ch=ch2,-c(ch3)=ch-ch2-ch=ch2,-ch=ch-ch=c(ch3)2,-ch=ch-c(ch3)=ch-ch3,-ch=c(ch3)-ch=ch-ch3,-c(ch3)=ch-ch=ch-ch3,-ch=c(ch3)-c(ch3)=ch2,-c(ch3)=ch-c(ch3)=ch2,-c(ch3)=c(ch3)-ch=ch2,和-ch=ch-ch=ch-ch=ch2。
優(yōu)選的是-ch=ch2,-ch2-ch=ch2,-c(ch3)=ch2,-ch=ch-ch3,-c2h4-ch=ch2,-ch2-ch=ch-ch3。特別優(yōu)選的是-ch=ch2,-ch2-ch=ch2,和-ch=ch-ch3。
如本文所用,術(shù)語“c2-c6-炔基”是指-c≡ch,-c≡c-ch3,-ch2-c≡ch,-c2h4-c≡ch,-ch2-c≡c-ch3,-c≡c-c2h5,-c3h6-c≡ch,-c2h4-c≡c-ch3,-ch2-c≡c-c2h5,-c≡c-c3h7,-ch(ch3)-c≡ch,-ch2-ch(ch3)-c≡ch,-ch(ch3)-ch2-c≡ch,-ch(ch3)-c≡c-ch3,-c4h8-c≡ch,-c3h6-c≡c-ch3,-c2h4-c≡c-c2h5,-ch2-c≡c-c3h7,-c≡c-c4h9,-c2h4-ch(ch3)-c≡ch,-ch2-ch(ch3)-ch2-c≡ch,-ch(ch3)-c2h4-c≡ch,-ch2-ch(ch3)-c≡c-ch3,-ch(ch3)-ch2-c≡c-ch3,-ch(ch3)-c≡c-c2h5,-ch2-c≡c-ch(ch3)2,-c≡c-ch(ch3)-c2h5,-c≡c-ch2-ch(ch3)2,-c≡c-c(ch3)3,-ch(c2h5)-c≡c-ch3,-c(ch3)2-c≡c-ch3,-ch(c2h5)-ch2-c≡ch,-ch2-ch(c2h5)-c≡ch,-c(ch3)2-ch2-c≡ch,-ch2-c(ch3)2-c≡ch,-ch(ch3)-ch(ch3)-c≡ch,-ch(c3h7)-c≡ch,-c(ch3)(c2h5)-c≡ch,-c≡c-c≡ch,-ch2-c≡c-c≡ch,-c≡c-c≡c-ch3,-ch(c≡ch)2,-c2h4-c≡c-c≡ch,-ch2-c≡c-ch2-c≡ch,-c≡c-c2h4-c≡ch,-ch2-c≡c-c≡c-ch3,-c≡c-ch2-c≡c-ch3,-c≡c-c≡c-c2h5,-c≡c-ch(ch3)-c≡ch,-ch(ch3)-c≡c-c≡ch,-ch(c≡ch)-ch2-c≡ch,-c(c≡ch)2-ch3,-ch2-ch(c≡ch)2,-ch(c≡ch)-c≡c-ch3。優(yōu)選的是-c≡ch和-c≡c-ch3。
術(shù)語“c1-6-烷氧基”是指“c1-c6-烷基-o-”。
術(shù)語“c1-12-烷氧基”是指“c1-12-烷基-o-”。
術(shù)語“c1-6-氨基烷基”是指“h2n-c1-c6-烷基-”。
術(shù)語“c2-c6-烯氧基”是指“c2-c6-烯基-o-”。
術(shù)語“c1-6-烷基羰基”是指“c1-c6-烷基-co-”。也稱為“?;薄?/p>
術(shù)語“c1-12-烷基羰基”是指“c1-12-烷基-co-”。也稱為“?;?。
術(shù)語“c1-6-烷氧基羰基”是指“c1-c6-烷基-o-co-”。
術(shù)語“c1-12-烷氧基羰基”是指“c1-12-烷基-o-co-”。
術(shù)語“c1-c6-烷酰氧基”是指“c1-c6-烷基-co-o-”。
術(shù)語“c1-6-烷硫基”是指“c1-c6-烷基-s”。
術(shù)語“c1-6-烷基磺酰氧基”是指“c1-c6-烷基-so2-o-”。
術(shù)語“c1-6-烷基羰基氨基”是指“c1-c6-烷基-co-nh-”。
術(shù)語“c1-6-烷基氨基”是指“c1-c6-烷基-nh-”。
術(shù)語“(c1-6-)2烷基氨基”是指如“[c1-c6-烷基][c1-c6-烷基]n-”的二烷基氨基。
術(shù)語“c1-6-烷基氨基羰基”是指“c1-c6-烷基-nh-co-”
術(shù)語“(c1-6-)2烷基氨基羰基”是指如“[c1-c6-烷基][c1-c6-烷基]n-co-”的二烷基氨基羰基。
術(shù)語“氨基-c1-6-烷基氨基羰基”是指“h2n-[c1-c6-亞烷基]-nh-co-”。
術(shù)語“c1-6-烷基-氨基-c1-6-烷基氨基羰基”是指“c1-6-烷基-nh-(c1-c6-亞烷基)-nh-co-”。
術(shù)語“(c1-6-)2烷基-氨基-c1-6-烷基氨基羰基”是指“[c1-c6-烷基][c1-c6-烷基]n-[c1-c6-亞烷基]-nh-co-”。
術(shù)語“芳基”是指苯基,甲苯?;?,取代的苯基和取代的甲苯?;?。
術(shù)語“芳氧基”是指“芳基-o-”。
術(shù)語“芳基羰基”是指“芳基-co-”。
術(shù)語“芳氧基羰基”是指“芳基-o-co-”。
術(shù)語“雜芳基”是指具有4至9個環(huán)原子的取代或未取代的雜芳基,其中1至4個源自選自o,n和/或s。優(yōu)選的“雜芳基”基團(tuán)在5或6元芳香環(huán)中具有1或2個雜原子。包括了單環(huán)和雙環(huán)系統(tǒng)。典型的“雜芳基”基團(tuán)是吡啶基,呋喃基,噻吩基,吡咯基,惡唑基,噻唑基,咪唑基,異惡唑基,異噻唑基,惡二唑基,噠嗪基,嘧啶基,吡嗪基,1,3,5-三嗪基,1,2,3-三唑基,1,3,4-噻二唑基,吲嗪基,吲哚基,異吲哚基,苯并呋喃基,苯并噻吩基,吲唑基,苯并咪唑基,苯并噻唑基,嘌呤基,喹嗪基,喹啉基,異喹啉基,喹唑啉基,喹喔啉基,1,8-二氮雜萘基,四氫喹啉基,苯并惡唑基,2-色原基(chrom-2-onyl),吲唑基等。
術(shù)語“雜芳基氧基”是指“雜芳基-o-”。
術(shù)語“雜芳基羰基”是指“雜芳基-co-”。
術(shù)語“雜芳氧基羰基”是指“雜芳基-o-co-”。
術(shù)語“取代的”是指其中一個或多個氫原子被一個或多個以下取代基取代的基團(tuán):-oh,-och3,-oc2h5,-oc3h7,-o-環(huán)-c3h5,-och(ch3)2,-och2ph,-f,-cl,-coch3,-coc2h5,-coc3h7,-co-環(huán)-c3h5,-coch(ch3)2,-cooh,-conh2,-nh2,-nhch3,-nhc2h5,-nhc3h7,-nh-環(huán)-c3h5,-nhch(ch3)2,-n(ch3)2,-n(c2h5)2,-n(c3h7)2,-n(環(huán)-c3h5)2,-n[ch(ch3)2]2,-so3h,-ocf3,-oc2f5,環(huán)-c3h5,-ch3,-c2h5,-c3h7,-ch(ch3)2,-ch=ch2,-ch2-ch=ch2,-c≡ch和/或-c≡c-ch3。
在通式(i)表示用于合成本發(fā)明的反義寡核苷酸的單體或結(jié)構(gòu)單元的情況下,端基y和il'彼此獨立地選自氫,疊氮基,鹵素,氰基,硝基,羥基,pg-o-,ag-o-,巰基,pg-s-,ag-s-,c1-6-烷硫基,氨基,pg-n(rh)-,ag-n(rh)-,單或二(c1-6-烷基)氨基,任選取代的c1-6-烷氧基,任選取代的c1-6-烷基,任選取代的c2-6-烯基,任選取代的c2-6-烯氧基,任選取代的c2-6-炔基,任選取代的c2-6-炔氧基,單磷酸酯,一硫代磷酸酯,二磷酸酯,二硫代磷酸酯,三磷酸酯,三硫代磷酸酯,羧基,磺?;?,羥甲基,pg-o-ch2-,ag-o-ch2-,氨基甲基,pg-n(rh)-ch2-,ag-n(rh)-ch2-,羧甲基,磺酰基甲基,其中pg分別是-oh、-sh和-nh(rh)的保護(hù)基,ag是-oh、-sh和-nh(rh)的活化基團(tuán)以及rh選自氫和c1-6-烷基。
羥基取代基的保護(hù)基pg包括取代的三苯甲基,例如4,4'-二甲氧基三苯甲基(dmt),4-單甲氧基三苯甲基(mmt),任選取代的9-(9-苯基)呫噸基(pixyl),任選取代的甲氧基四氫吡喃基(mthp),甲硅烷基例如三甲基甲硅烷基(tms),三異丙基甲硅烷基(tips),叔丁基二甲基甲硅烷基(tbdms),三乙基甲硅烷基和苯基二甲基甲硅烷基,叔丁基醚,縮醛(包括兩個羥基),酰基如乙?;螓u素取代的乙?;缏纫阴;蚍阴;?,異丁酰基,新戊?;?,苯甲酰基和取代的苯甲?;籽趸谆?mom),芐基醚或取代的芐基醚,如2,6-二氯芐基(2,6-cl2bzi)?;蛘?,當(dāng)y或il'是羥基時,它們可以通過任選地通過接頭連接到固相支持物來保護(hù)。
當(dāng)y或il'為氨基時,氨基保護(hù)基的示例性實例是芴基甲氧基羰基(fmoc),叔丁氧基羰基(boc),三氟乙?;┍趸驶?alloc或aoc),芐氧羰基(z或cbz),取代的芐氧羰基例如2-氯芐氧羰基(2-clz),單甲氧基三苯甲基(mmt),二甲氧基三苯甲基(dmt),鄰苯二甲?;?-(9-苯基)呫噸基(pixyl)。
act分別表示-oh,-sh,和-nh(rh)的活化基團(tuán)。這樣的活化基團(tuán)例如選自任選取代的o-亞磷酰胺,任選取代的o-磷酸三酯,任選取代的o-磷酸二酯,任選取代的h-膦酸酯和任選取代的o-膦酸酯。
在本文中,術(shù)語“亞磷酰胺”是指式-p(orx)-n(ry)2的基團(tuán),其中rx表示任選取代的烷基,例如,甲基,2-氰基乙基或芐基,并且每個ry表示任選取代的烷基,例如乙基或異丙基,或基團(tuán)-n(ry)2形成嗎啉基(-n(ch2ch2)2o)。rx優(yōu)選表示2-氰基乙基,并且兩個ry優(yōu)選是相同的并且表示異丙基。因此,特別相關(guān)的亞磷酰胺是n,n二異丙基-o-(2-氰基乙基)-亞磷酰胺。
lna單體或lna結(jié)構(gòu)單元
在本發(fā)明的反義寡核苷酸的合成中用作原料的lna單體或lna結(jié)構(gòu)單元優(yōu)選為以下通式的lna核苷:
通常,lna結(jié)構(gòu)單元作為具有四種不同核堿基(腺嘌呤(a),鳥嘌呤(g),5-甲基-胞嘧啶(c*)和胸腺嘧啶(t))的lna亞磷酰胺提供。含有l(wèi)na單元的本發(fā)明的反義寡核苷酸由標(biāo)準(zhǔn)亞磷酰胺化學(xué)合成。在lna結(jié)構(gòu)單元中,核堿基是受保護(hù)的。嘌呤堿基的氨基的優(yōu)選保護(hù)基是苯甲酰基(bz),表示為abz。5-甲基嘧啶酮堿基的氨基的優(yōu)選保護(hù)基是苯甲酰基(bz),表示為c*bz。嘌呤酮堿基的氨基的優(yōu)選保護(hù)基是二甲基甲脒(dmf)基團(tuán),二乙基甲脒(def),二丙基甲脒(dpf),二丁基甲脒(dbf)或異丁?;?-co-ch(ch3)2)基團(tuán),表示為gdmf,gdef,gdpf,gdbf,或gibu。因此,-ndmf基團(tuán)是指-n=ch-n(ch3)2。dmt是指4,4'-二甲氧基三苯甲基。
因此,lna-t是指5'-o-(4,4'二甲氧基三苯甲基)-3'-o-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)-亞磷酰胺-胸苷lna。lna-c*bz是指5'-o-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-3'-o-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺-4–n-苯甲?;?5-甲基-2'-胞苷lna。lna-abz是指5’-o-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-3’-o-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)-亞磷酰胺-6–n-苯甲酰基-2'-腺苷lna。lna-gdmf是指5’-o-(4,4’-二甲氧基三苯甲基)-3’-o-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)-亞磷酰胺-2-n-二甲基甲脒-2'-鳥苷lna。lna-gibu是指5'-o-(4,4'-二甲氧基-三苯甲基)-3'-o-(2-氰基乙基-n,n二異丙基)-亞磷酰胺-2–n-丁酰-2'-鳥苷lna。
末端基團(tuán)
在y表示本發(fā)明的反義寡核苷酸的5’末端基團(tuán)的情況下,殘基y也稱為y5’,并且表示:
-oh,-o-c1-6-烷基,-s-c1-6-烷基,-o-c6-9-苯基,-o-c7-10-芐基,-nh-c1-6-烷基,-n(c1-6-烷基)2,-o-c2-6-烯基,-s-c2-6-烯基,-nh-c2-6-烯基,-n(c2-6-烯基)2,-o-c2-6-炔基,-s-c2-6-炔基,-nh-c2-6-炔基,-n(c2-6-炔基)2,-o-c1-6-亞烷基-o-c1-6-烷基,-o-[c1-6-亞烷基-o]m-c1-6-烷基,-o-co-c1-6-烷基,-o-co-c2-6-烯基,-o-co-c2-6-炔基,-o-s(o)-c1-6-烷基,-o-so2-c1-6-烷基,-o-so2-o-c1-6-烷基,-o-p(o)(o-)2,-o-p(o)(o-)(o-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(s-)2,-o-p(o)(s-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(s-)(o-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-)(nh-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-烷基)(nh-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-)[n(c1-6-烷基)2],-o-p(o)(o-c1-6-烷基)[n(c1-6-烷基)2],-o-p(o)(o-)(bh3-),-o-p(o)(o-c1-6-烷基)(bh3-),-o-p(o)(o-)(o-c1-6-亞烷基-o-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-亞烷基-o-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)(o-c1-6-亞烷基-s-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-亞烷基-s-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)(och2ch2o-c1-6-烷基),-o-p(o)(och2ch2o-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)(och2ch2s-c1-6-烷基),-o-p(o)(och2ch2s-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)oc3h6oh,-o-p(o)(s-)oc3h6oh,-o-p(s)(s-)oc3h6oh,
其中c1-6-烷基,c2-6-烯基,c2-6-炔基,-o-c6-9-苯基或-o-c7-10-芐基可以進(jìn)一步被-f,-oh,c1-4-烷基,c2-4-烯基和/或c2-4-炔基取代,其中m選自1,2,3,4,5,6,7,8,9或10。
更優(yōu)選的是:-och3,-oc2h5,-oc3h7,-o-環(huán)-c3h5,-och(ch3)2,-oc(ch3)3,-oc4h9,-oph,-och2-ph,-o-coch3,-o-coc2h5,-o-coc3h7,-o-co-環(huán)-c3h5,-o-coch(ch3)2,-ocf3,-o-s(o)ch3,-o-s(o)c2h5,-o-s(o)c3h7,-o-s(o)-環(huán)-c3h5,-o-so2ch3,-o-so2c2h5,-o-so2c3h7,-o-so2-環(huán)-c3h5,-o-so2-och3,-o-so2-oc2h5,-o-so2-oc3h7,-o-so2-o-環(huán)-c3h5,-o(ch2)nn[(ch2)noh],-o(ch2)nn[(ch2)n-h],-o-p(o)(o-)oc3h6oh,-o-p(o)(s-)oc3h6oh,
甚至更優(yōu)選的是:
-och3,-oc2h5,-och2ch2och3(也稱為moe),-och2ch2-n(ch3)2(也稱為dmaoe),-o[(ch2)no]mch3,-o(ch2)noch3,-o(ch2)nnh2,-o(ch2)nn(ch3)2,,-o-p(o)(o-)oc3h6oh,-o-p(o)(s-)oc3h6oh,
其中n選自1,2,3,4,5或6;和
其中m選自1,2,3,4,5,6,7,8,9或10。
在il'表示本發(fā)明的反義寡核苷酸的3’末端基團(tuán)的情況下,殘基il'也稱為il’3’,表示:
-oh,-o-c1-6-烷基,-s-c1-6-烷基,-o-c6-9-苯基,-o-c7-10-芐基,-nh-c1-6-烷基,-n(c1-6-烷基)2,-o-c2-6-烯基,-s-c2-6-烯基,-nh-c2-6-烯基,-n(c2-6-烯基)2,-o-c2-6-炔基,-s-c2-6-炔基,-nh-c2-6-炔基,-n(c2-6-炔基)2,-o-c1-6-亞烷基-o-c1-6-烷基,-o-[c1-6-亞烷基-o]m-c1-6-烷基,-o-co-c1-6-烷基,-o-co-c2-6-烯基,-o-co-c2-6-炔基,-o-s(o)-c1-6-烷基,-o-so2-c1-6-烷基,-o-so2-o-c1-6-烷基,-o-p(o)(o-)2,-o-p(o)(o-)(o-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(s-)2,-o-p(o)(s-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(s-)(o-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-)(nh-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-烷基)(nh-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-)[n(c1-6-烷基)2],-o-p(o)(o-c1-6-烷基)[n(c1-6-烷基)2],-o-p(o)(o-)(bh3-),-o-p(o)(o-c1-6-烷基)(bh3-),-o-p(o)(o-)(o-c1-6-亞烷基-o-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-亞烷基-o-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)(o-c1-6-亞烷基-s-c1-6-烷基),-o-p(o)(o-c1-6-亞烷基-s-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)(och2ch2o-c1-6-烷基),-o-p(o)(och2ch2o-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)(och2ch2s-c1-6-烷基),-o-p(o)(och2ch2s-c1-6-烷基)2,-o-p(o)(o-)oc3h6oh,-o-p(o)(s-)oc3h6oh,
其中c1-6-烷基,c2-6-烯基,c2-6-炔基,-o-c6-9-苯基或-o-c7-10-芐基可以進(jìn)一步被-f,-oh,c1-4-烷基,c2-4-烯基和/或c2-4-炔基取代,其中m選自1,2,3,4,5,6,7,8,9或10。
更優(yōu)選的是:-och3,-oc2h5,-oc3h7,-o-環(huán)-c3h5,-och(ch3)2,-oc(ch3)3,-oc4h9,-oph,-och2-ph,-o-coch3,-o-coc2h5,-o-coc3h7,-o-co-環(huán)-c3h5,-o-coch(ch3)2,-ocf3,-o-s(o)ch3,-o-s(o)c2h5,-o-s(o)c3h7,-o-s(o)-環(huán)-c3h5,-o-so2ch3,-o-so2c2h5,-o-so2c3h7,-o-so2-環(huán)-c3h5,-o-so2-och3,-o-so2-oc2h5,-o-so2-oc3h7,-o-so2-o-環(huán)-c3h5,-o(ch2)nn[(ch2)noh],-o(ch2)nn[(ch2)n-h],,-o-p(o)(o-)oc3h6oh,-o-p(o)(s-)oc3h6oh,
甚至更優(yōu)選的是:
-och3,-oc2h5,-och2ch2och3(也稱為moe),-och2ch2-n(ch3)2(也稱為dmaoe),-o[(ch2)no]mch3,-o(ch2)noch3,-o(ch2)nnh2,-o(ch2)nn(ch3)2,-o-p(o)(o-)oc3h6oh,-o-p(o)(s-)oc3h6oh,
其中n選自1,2,3,4,5或6;和
其中m選自1,2,3,4,5,6,7,8,9或10。
優(yōu)選的lna
在優(yōu)選實施方案中,用于本發(fā)明的反義寡核苷酸的lna單元優(yōu)選具有通式(ii)的結(jié)構(gòu):
-c(rarb)-x-部分優(yōu)選表示-c(rarb)-o-,-c(rarb)-nrc-,-c(rarb)-s-,和-c(rarb)-c(rarb)-o-,其中取代基ra、rb和rc具有如本文所定義的含義,優(yōu)選為c1-6-烷基,更優(yōu)選為c1-4-烷基。更優(yōu)選-c(rarb)-x-選自-ch2-o-,-ch2-s-,-ch2-nh-,-ch2-n(ch3)-,-ch2-ch2-o-,或-ch2-ch2-s-,和更優(yōu)選-ch2-o-,-ch2-s-,-ch2-ch2-o-,或-ch2-ch2-s-,和更優(yōu)選-ch2-o-,-ch2-s-,或-ch2-ch2-o-,和更優(yōu)選-ch2-o-或-ch2-s-,和最優(yōu)選-ch2-o-。
所有手性中心和不對稱取代基(如果有的話)可以是r或s取向。例如,兩個示例性的立體化學(xué)異構(gòu)體是如下所示的β-d和α-l同工型:
優(yōu)選的lna單元選自通式(b1)至(b9):
β-d-氧基-lna(b1)β-d-硫基-lna(b2)β-d-氨基-lna(b3)
術(shù)語“硫基-lna”包含鎖定的核苷酸,其中通式(ii)中的x選自-s-或-ch2-s-。硫基-lna可以在β-d和α-l-構(gòu)型中。
術(shù)語“氨基-lna”包含鎖定的核苷酸,其中通式(ii)中的x選自-nh-,-n(r)-,-ch2-nh-和-ch2-n(r)-,其中r選自氫和c1-4-烷基。氨基-lna可以在β-d和α-l-構(gòu)型中。
術(shù)語“氧基-lna”包含其中通式(ii)中的x為-o-的鎖定的核苷酸。氧基-lna可以在β-d和α-l-構(gòu)型中。
術(shù)語“ena”包括鎖定的核苷酸,其中通式(ii)中的x為-ch2-o-(其中-ch2-o-的氧原子相對于堿基b附著至2'位置)。ra和rb彼此獨立地為氫或甲基。
在優(yōu)選的示例性實施方案中,lna選自β-d-氧基-lna,α-l-氧基-lna,β-d-氨基-lna和β-d-硫基-lna,特別是β-d-氧基-lna。
更優(yōu)選的是以下反義寡核苷酸(表1):
sp:seq.idno.2上的起始位置或起始核苷酸。
l:序列長度
本文公開的反義寡核苷酸例如表1-3的反義寡核苷酸,特別是表4至9的反義寡核苷酸由不是lna單元的核苷酸(也稱為非lna核苷酸)以及是lna單元的核苷酸(也稱為lna核苷酸),優(yōu)選dna核苷酸組成。
雖然沒有明確指出,但表1的序列seq.idno.102a-218a的反義寡核苷酸在3'末端包含2至4個lna核苷酸(lna單元)和在5'末端包含2至4個lna核苷酸(lna單元)。雖然沒有明確指出,但表2中的“c”表示lna單元優(yōu)選含有5-甲基胞嘧啶(c*)作為核堿基。
這意味著,只要沒有明確指出,本發(fā)明的或本文以字母代碼a、c、g、t和u公開的反義寡核苷酸可以含有本文所公開的任何核苷酸間鍵聯(lián)、任何末端基團(tuán)和任何核堿基。此外,本發(fā)明或本文公開的反義寡核苷酸是本文公開的在3'末端具有至少一個lna單元和在5'末端具有至少一個lna單元的任何gapmer結(jié)構(gòu)的gapmer。此外,本文公開的任何lna單元可以在本發(fā)明或本文公開的反義寡核苷酸內(nèi)中使用。因此,例如,反義寡核苷酸gctcgtcatagaccga(seq.idno.13)或cgatacgcgtccacag(seq.idno.14)或gtagtgtttagggagc(seq.idno.15)或gctatttggtagtgtt(seq.idno.16)或catgaatggaccagta(seq.idno.17)或aggcattaataaagtg(seq.idno.18)在5'末端含有至少一個lna單元和在3'末端含有至少一個lna單元,任何核堿基,任何3’末端基,任何5'末端基團(tuán),任何gapmer結(jié)構(gòu)和本文公開的任何核苷酸間鍵聯(lián),并且還涵蓋該反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體。
lna單元特別是在3'末端和5'末端的lna單元的使用是優(yōu)選的。因此,優(yōu)選的是,如果在特別地本文公開的序列,特別是表1的seq.idno.102a–218a的3'末端的最后1-5個核苷酸以及在5'末端的最后1-5個核苷酸是lna單元(也稱為lna核苷酸),則在3'和5’末端的1至5個lna單元之間存在2-14,優(yōu)選3-12,更優(yōu)選4-10,更優(yōu)選5-9,還更優(yōu)選6-8個非lna單元(也稱為非lna核苷酸)。這種反義寡核苷酸被稱為gapmer,并在下面更詳細(xì)地公開。更優(yōu)選的是3'末端的2-5個lna核苷酸和5’末端的2-5個lna核苷酸,或3'末端的1-4個lna核苷酸和5'末端的1-4個lna核苷酸,更優(yōu)選的是在反義寡核苷酸的3'末端的2-4個lna核苷酸,和在5'末端的2-4個lna核苷酸,優(yōu)選4-10個,更優(yōu)選5-9個,更優(yōu)選6-8個非lna單元存在于3'和5’末端的lna單元之間。
此外,作為lna單元之間和lna單元與非lna單元之間的核苷酸間鍵聯(lián),優(yōu)選使用硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯和優(yōu)選硫代磷酸酯。
因此,進(jìn)一步優(yōu)選的是反義寡核苷酸,其中核苷酸間鍵聯(lián)的多于50%,優(yōu)選多于60%,更優(yōu)選多于70%,還更優(yōu)選多于80%,最優(yōu)選多于90%是硫代磷酸酯或磷酸酯,更優(yōu)選硫代磷酸酯鍵聯(lián),其中3'末端的最后1-4個或2-5個核苷酸是lna單元,5'末端的最后1-4個或2-5個核苷酸是lna單元,并且在末端的lna單元之間存在6-14個核苷酸,優(yōu)選7-12個,優(yōu)選8-11個,更優(yōu)選8-10個核苷酸的序列,其是非lna單元,優(yōu)選dna單元。此外,優(yōu)選gapmer形式的這些反義寡核苷酸由總共12至20個,優(yōu)選12至18個核苷酸組成。
gapmer
本發(fā)明的反義寡核苷酸可以由包含非lna單元的dna核苷酸以及l(fā)na核苷酸的核苷酸序列組成,并且可以以間隔子的形式排列。
因此,本發(fā)明的反義寡核苷酸優(yōu)選為gapmer。gapmer由不被鎖定的dna核苷酸單元(因此其是非lna單元)的中間部分組成。該中間部分的dna核苷酸可以通過如本文公開的核苷酸間鍵聯(lián)(il)彼此連接,其優(yōu)選可以是磷酸基團(tuán)、硫代磷酸酯基團(tuán)或二硫代磷酸酯基團(tuán),并且其可以含有核堿基類似物,例如5-丙炔基胞嘧啶,7-甲基鳥嘌呤,7-甲基腺嘌呤,2-氨基腺嘌呤,2-硫代胸腺嘧啶,2-硫代胞嘧啶或5-甲基胞嘧啶。dna單元或dna核苷酸不是雙環(huán)戊糖結(jié)構(gòu)。非lna單元的中間部分在3'末端和5'末端通過由lna單元組成的序列側(cè)接。因此,gapmer具有以下通式:
lna序列1-非lna序列-lna序列2
或
區(qū)域a-區(qū)域b-區(qū)域c
由非lna單元的dna核苷酸單元組成的反義寡核苷酸的中間部分,當(dāng)在與互補靶rna的雙鏈體中形成時,能夠招募rna酶。3'和5'末端核苷酸單元是優(yōu)選為α-l構(gòu)型的lna單元,特別優(yōu)選的是β-d-氧基-lna和α-l-氧基lna。
因此,gapmer是一種反義寡核苷酸,其包含能夠招募rna酶(例如rna酶h)的連續(xù)的dna核苷酸片段,例如至少6或7個dna核苷酸的區(qū)域,其是非lna單元,在本文中被稱為中間部分或區(qū)域b,其中區(qū)域b由親和增強(qiáng)的核苷酸類似物的區(qū)域在5'和3'側(cè)接,所述親和增強(qiáng)的核苷酸類似物是lna單元,例如在能夠招募rna酶的dna核苷酸的連續(xù)片段的5'和3'的1-6個lna單元,這些側(cè)翼區(qū)域分別被稱為區(qū)域a和c。
優(yōu)選地,gapmer包含式(5'至3')a-b-c或任選地a-b-c-d或d-a-b-c的(多)核苷酸序列,其中;區(qū)域a(5'區(qū)域)由至少一個核苷酸類似物,例如至少一個lna單元,例如1-6個lna單元組成,并且區(qū)域b由至少五個連續(xù)的dna核苷酸組成,它們是非lna單元,并且能夠招募rna酶(當(dāng)與互補rna分子例如mrna靶形成雙鏈體時),并且區(qū)域c(3'區(qū)域)由至少一個核苷酸類似物(例如至少一個lna單元,例如1至6個lna單元)組成,以及區(qū)域d(當(dāng)存在時)由1、2或3個非lna單元的dna核苷酸單元組成。
在一些實施方案中,區(qū)域a由1,2,3,4,5或6個lna單元組成,例如2-5個lna單元,例如3或4個lna單元;和/或區(qū)域c由1,2,3,4,5或6個lna單元組成,例如2-5個lna單元,例如3或4個lna單元。
在一些實施方案中,區(qū)域b由能夠招募rna酶的5,6,7,8,9,10,11或12個連續(xù)的dna核苷酸或能夠招募rna酶的6-10個或7-9個例如8個連續(xù)核苷酸組成。在一些實施方案中,區(qū)域b由至少一個dna核苷酸單元,例如1-12個dna核苷酸單元,優(yōu)選4-12個dna核苷酸單元,更優(yōu)選6-10個dna核苷酸單元,更優(yōu)選例如7-10個dna核苷酸單元,和最優(yōu)選8、9或10個dna核苷酸單元組成,它們是非lna單元。
在一些實施方案中,區(qū)域a由3或4個lna組成,區(qū)域b由7,8,9或10個dna核苷酸單元組成,區(qū)域c由3或4個lna單元組成。這些設(shè)計包括(a-b-c):1-7-2,2-7-1,2-7-2,3-7-1,3-7-2,1-7-3,2-7-3,3-7-3,2-7-4,3-7-4,4-7-2,4-7-3,4-7-4,1-8-1,1-8-2,2-8-1,2-8-2,1-8-3,3-8-1,3-8-3,2-8-3,3-8-2,4-8-1,4-8-2,1-8-4,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,1-9-1,1-9-2,2-9-1,2-9-2,2-9-3,3-9-2,3-9-3,1-9-3,3-9-1,4-9-1,1-9-4,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,1-10-1,1-10-2,2-10-1,2-10-2,1-10-3,3-10-1,2-10-2,2-10-3,3-10-2,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,1-11-1,1-11-2,2-11-1,2-11-2,1-11-3,3-11-1,2-11-2,2-11-3,3-11-2,3-11-3,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,4-11-4,并且可以進(jìn)一步包括可以具有一個或兩個非lna單元的dna核苷酸單元的區(qū)域d。
wo2004/046160a中公開了其它gapmer設(shè)計,并通過引用并入本文。美國臨時申請60/977409(通過引用并入本文)涉及也適用于本發(fā)明的“shortmer”gapmer反義寡核苷酸。
在一些實施方案中,反義寡核苷酸由總共10,11,12,13或14個核苷酸單元(lna單元和非lna單元一起)的連續(xù)核苷酸序列組成,其中連續(xù)核苷酸序列具有式(5'-3')a-b-c或任選地a-b-c-d或d-a-b-c,其中a由1、2或3個lna單元組成,b由7、8或9個連續(xù)的非lna單元且當(dāng)在與互補rna分子(例如mrna靶)的雙鏈體中形成時能夠招募rna酶的dna核苷酸單元組成,c由1、2或3個lna單元組成。當(dāng)存在時,d由單個非lna單元的dna核苷酸單元組成。
在一些實施方案中,a由1個lna單元組成。在一些實施方案中,a由2個lna單元組成。在一些實施方案中,a由3個lna單元組成。在一些實施方案中,c由1個lna單元組成。在一些實施方案中,c由2個lna單元組成。在一些實施方案中,c由3個lna單元組成。在一些實施方案中,b由7個非lna單元的dna核苷酸單元組成。在一些實施方案中,b由8個dna核苷酸單元組成。在一些實施方案中,b由9個dna核苷酸單元組成。在一些實施方案中,b由1-9個dna核苷酸單元組成,例如2,3,4,5,6,7或8個dna核苷酸單元。dna核苷酸單元始終是非lna單元。在一些實施方案中,b包含1、2或3個lna單元,其優(yōu)選為α-l構(gòu)型,更優(yōu)選為α-l-氧基lna單元。在一些實施方案中,存在于a-b-c中的核苷酸數(shù)目選自(lna單元-區(qū)域b-lna單元,更優(yōu)選α-l-氧基lna單元(區(qū)域a)-區(qū)域b-(區(qū)域c)α-l-氧基lna單元):1-8-1,1-8-2,2-8-1,2-8-2,1-8-3,3-8-1,3-8-3,2-8-3,3-8-2,4-8-1,4-8-2,1-8-4,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,1-9-1,1-9-2,2-9-1,2-9-2,2-9-3,3-9-2,3-9-3,1-9-3,3-9-1,4-9-1,1-9-4,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,1-10-1,1-10-2,2-10-1,2-10-2,1-10-3,3-10-1,2-10-2,2-10-3,3-10-2,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,1-11-1,1-11-2,2-11-1,2-11-2,1-11-3,3-11-1,2-11-2,2-11-3,3-11-2,3-11-3,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,4-11-4。在進(jìn)一步優(yōu)選的實施方案中,a-b-c中的核苷酸數(shù)目選自:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,更優(yōu)選為:3-8-3,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,3-10-4,4-10-3,4-10-4,3-11-4,和4-11-3。
硫代磷酸酯、磷酸酯或二硫代磷酸酯,特別是硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)也是優(yōu)選的,特別是對于gapmer區(qū)域b。硫代磷酸酯、磷酸酯或二硫代磷酸酯鍵,特別是硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)也可用于側(cè)翼區(qū)(a和c,以及用于連接a或c到d,并且在區(qū)域d(如果存在)內(nèi))。
然而,區(qū)域a、b和c可以包括除硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯之外的核苷酸間鍵聯(lián),例如磷酸二酯鍵聯(lián),特別是例如當(dāng)核苷酸類似物的使用保護(hù)區(qū)域a和c內(nèi)的核苷酸間鍵聯(lián)不受內(nèi)切核酸酶降解時,例如當(dāng)區(qū)域a和c由lna單元組成時。
反義寡核苷酸中的核苷酸間鍵聯(lián)可以是磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯或硼磷酸酯,以便允許靶向的rna的rna酶h切割。優(yōu)選的是硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯,用于改善核酸酶抗性和其它原因,例如容易制造。在本發(fā)明的寡聚物的一個方面,lna單元和/或非lna單元通過硫代磷酸酯基團(tuán)連接在一起。
應(yīng)當(dāng)認(rèn)識到,將磷酸二酯鍵聯(lián)(例如一個或兩個鍵聯(lián))包含在原本為硫代磷酸酯的反義寡核苷酸中,特別是在lna單元之間或與其相鄰(通常在區(qū)域a和/或c中),可以改變反義寡核苷酸的生物利用度和/或生物分布(參見wo2008/053314a,其通過引用并入本文)。
在一些實施方案中,例如在本文公開的反義寡核苷酸的序列中,并且在適當(dāng)且未具體指出的情況下,所有剩余的核苷酸間鍵聯(lián)基團(tuán)是磷酸二酯基團(tuán)或硫代磷酸酯基團(tuán)或其混合物。
在一些實施方案中,所有核苷酸間鍵聯(lián)基團(tuán)是硫代磷酸酯基團(tuán)。當(dāng)提及具體的gapmer反義寡核苷酸序列(例如本文提供的那些)時,應(yīng)當(dāng)理解,在各種實施方案中,當(dāng)鍵聯(lián)是硫代磷酸酯鍵聯(lián)時,可以使用替代鍵聯(lián),例如本文公開的那些,例如磷酸酯(也稱為磷酸二酯)鍵聯(lián),特別是用于核苷酸類似物(例如lna單元)之間的鍵聯(lián)。同樣,當(dāng)提及特定的gapmer反義寡核苷酸序列(例如本文提供的那些)時,當(dāng)c殘基被注釋為5'-甲基修飾的胞嘧啶時,在各種實施方案中,寡聚物中存在的一個或多個c可以是未修飾的c殘基。
文字說明
如本文所用,縮寫b,d,s,ss具有以下含義:
blna單元或lna核苷酸(選自b1-b7的任一個)
b1β-d-氧基-lna
b2β-d-硫基-lna
b3β-d-氨基-lna
b4α-l-氧基-lna
b5β-d-ena
b6β-d-(nh)-lna
b7β-d-(nch3)-lna
d2-脫氧,這意指2-脫氧核糖單元(例如具有r=-h的式b3或b5)
c*甲基-c(5-甲基胞嘧啶);[因此dc*是5-甲基-2'-脫氧胞苷]
a*2-氨基腺嘌呤[因此da*是2-氨基-2'-脫氧腺苷]
s核苷酸間鍵聯(lián)是硫代磷酸酯基團(tuán)(-o-p(o)(s-)-o-)
ss核苷酸間鍵聯(lián)是二硫代磷酸酯基團(tuán)(-o-p(s)(s-)-o-)
/5spc3/在反義寡核苷酸5'末端基團(tuán)的-o-p(o)(o-)oc3h6oh
/3spc3/在反義寡核苷酸3'末端基團(tuán)的-o-p(o)(o-)oc3h6oh
/5spc3s/在反義寡核苷酸5'末端基團(tuán)的-o-p(o)(s-)oc3h6oh
/3spc3s/在反義寡核苷酸3'末端基團(tuán)的-o-p(o)(s-)oc3h6oh
粗體核苷酸是lna核苷酸
非粗體核苷酸是非lna核苷酸
gapmer序列
表2至表9中更優(yōu)選表4至9中列出的以下的gapmer形式的反義寡核苷酸形式是特別優(yōu)選的。
表2
表3
優(yōu)選的反義寡核苷酸
下面公開了本發(fā)明的優(yōu)選反義寡核苷酸。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)或5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)或5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)或5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)或5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)或5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101)表示,其中
n1表示:catggcagaccccgctgctc-,atggcagaccccgctgctc-,tggcagaccccgctgctc-,ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,-ccgagcccccagcgcag,-ccgagcccccagcgcagc,-ccgagcccccagcgcagcg,或–ccgagcccccagcgcagcgg;
n3表示:ggtgggatcgtgctggcgat-,gtgggatcgtgctggcgat-,tgggatcgtgctggcgat-,gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
n4表示:-acaggacgatgtgcagcggc,-acaggacgatgtgcagcgg,-acaggacgatgtgcagcg,-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a;
n5表示:gcccagcctgccccagaagagcta-,cccagcctgccccagaagagcta-,ccagcctgccccagaagagcta-,cagcctgccccagaagagcta-,agcctgccccagaagagcta-,gcctgccccagaagagcta-,cctgccccagaagagcta-,ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;
n6表示:-tgtttagggagccgtcttcaggaa,-tgtttagggagccgtcttcagga,-tgtttagggagccgtcttcagg,-tgtttagggagccgtcttcag,-tgtttagggagccgtcttca,-tgtttagggagccgtcttc,-tgtttagggagccgtctt,-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t;
n7表示:tgaatcttgaatatctcatg-,gaatcttgaatatctcatg-,aatcttgaatatctcatg-,atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;
n8表示:-agtattctagaaactcacca,-agtattctagaaactcacc,-agtattctagaaactcac,-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a;
n9表示:attcatatttatatacaggc-,
ttcatatttatatacaggc-,tcatatttatatacaggc-,catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,
tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,
acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;
n10表示:-agtgcaaatgttattggcta,-agtgcaaatgttattggct,-agtgcaaatgttattggc,-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a;
n11表示:tgccccagaagagctatttggtag-,gccccagaagagctatttggtag-,ccccagaagagctatttggtag-,cccagaagagctatttggtag-,ccagaagagctatttggtag-,cagaagagctatttggtag-,agaagagctatttggtag-,gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-,
n12表示:-gagccgtcttcaggaatcttctcc,
-gagccgtcttcaggaatcttctc,-gagccgtcttcaggaatcttct,-gagccgtcttcaggaatcttc,-gagccgtcttcaggaatctt,-gagccgtcttcaggaatct,-gagccgtcttcaggaatc,-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g;
或其中n1至n12表示本文公開的任何限制性殘基列表。
此外,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)表示,其中
n1表示:ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,或-ccgagcccccagcgcag。
n1和/或n2也可以表示本文公開的3'和5'殘基的其它限制性列表中的任何一個。
落入通式s1的gapmer反義寡核苷酸是特別優(yōu)選的:
5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)s1
這樣的gapmer反義寡核苷酸是:
ccgctgctcgtcatagac(seq.idno.19)
cgctgctcgtcatagacc(seq.idno.20)
gctgctcgtcatagaccg(seq.idno.21)
ctgctcgtcatagaccga(seq.idno.22)
tgctcgtcatagaccgag(seq.idno.23)
gctcgtcatagaccgagc(seq.idno.24)
ctcgtcatagaccgagcc(seq.idno.25)
tcgtcatagaccgagccc(seq.idno.26)
cgtcatagaccgagcccc(seq.idno.27)
cgctgctcgtcatagac(seq.idno.28)
gctgctcgtcatagacc(seq.idno.29)
ctgctcgtcatagaccg(seq.idno.30)
tgctcgtcatagaccga(seq.idno.31)
gctcgtcatagaccgag(seq.idno.32)
ctcgtcatagaccgagc(seq.idno.33)
tcgtcatagaccgagcc(seq.idno.34)
cgtcatagaccgagccc(seq.idno.35)
gctgctcgtcatagac(seq.idno.36)
ctgctcgtcatagacc(seq.idno.37)
tgctcgtcatagaccg(seq.idno.38)
gctcgtcatagaccga(seq.idno.39)
ctcgtcatagaccgag(seq.idno.40)
tcgtcatagaccgagc(seq.idno.41)
cgtcatagaccgagcc(seq.idno.42)
ctgctcgtcatagac(seq.idno.43)
tgctcgtcatagacc(seq.idno.44)
gctcgtcatagaccg(seq.idno.45)
ctcgtcatagaccga(seq.idno.46)
tcgtcatagaccgag(seq.idno.47)
cgtcatagaccgagc(seq.idno.48)
tgctcgtcatagac(seq.idno.49)
gctcgtcatagacc(seq.idno.50)
ctcgtcatagaccg(seq.idno.51)
tcgtcatagaccga(seq.idno.52)
cgtcatagaccgag(seq.idno.53)
以gapmer形式(lna區(qū)段1-dna區(qū)段-lna區(qū)段2)的式s1的反義寡核苷酸包含5'末端的lna區(qū)段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且包含在3'末端的lna片段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且在兩個lna區(qū)段之間包含一個dna區(qū)段,其由6至14個,優(yōu)選7至12個,更優(yōu)選8至11個dna單元組成。
式s1的反義寡核苷酸含有本文公開的lna核苷酸(lna單元),特別是在“鎖核酸
實驗已經(jīng)顯示,在測試的神經(jīng)和腫瘤學(xué)適應(yīng)癥方面,修飾的核堿基不顯著增加或改變本發(fā)明的反義寡核苷酸的活性。已經(jīng)證明修飾的核堿基5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤進(jìn)一步增加式s1的反義寡核苷酸的活性,特別是如果僅在lna核苷酸中或在lna核苷酸和dna核苷酸中使用5-甲基胞嘧啶時和/或者如果在dna核苷酸中而不是在lna核苷酸中使用2-氨基腺嘌呤時。
式s1的反義寡核苷酸的優(yōu)選的gapmer結(jié)構(gòu)如下:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,更優(yōu)選的3-8-3,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,3-10-4,4-10-3,4-10-4,3-11-4,和4-11-3。
式s1的反義寡核苷酸的lna單元,特別是β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9)是優(yōu)選的。實驗已經(jīng)顯示,所有這些lna單元b1,b2,b4,b5,b6,b7,b8和b9可以以所需的努力合成并導(dǎo)致具有可比較的穩(wěn)定性和活性的反義寡核苷酸。然而,基于實驗,更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b5,b6和b7。更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b6和b7,甚至更優(yōu)選的是lna單元b1和b4,關(guān)于化學(xué)合成的復(fù)雜性最優(yōu)選的是β-d-氧基-lna(b1)。
到目前為止,沒有發(fā)現(xiàn)特別的3'末端基團(tuán)或5'末端基團(tuán)顯著地改變或增加了關(guān)于腫瘤學(xué)或神經(jīng)病學(xué)適應(yīng)癥的穩(wěn)定性或活性,以使得3'和5’末端基團(tuán)是可能的,但不是明確優(yōu)選的。
各種核苷酸間橋或核苷酸間鍵聯(lián)是可能的。在本文公開的式中,核苷酸間鍵聯(lián)il由-il'-y-表示。因此,il=-il’-y-=-x”-p(=x’)(x-)-y-,其中il優(yōu)選選自:
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-。優(yōu)選的是選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,最優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-和-o-p(o)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián)il。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)表示,其中
n1表示:ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,或-ccgagcccccagcgcag;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9);和優(yōu)選選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7)和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-;
并且優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
更優(yōu)選n1表示:cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;和
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,或-ccgagcccccagcgc。
進(jìn)一步優(yōu)選的是,本發(fā)明涉及由11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的2至5個核苷酸和反義寡核苷酸的3'末端的2至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12),其中
n1表示:accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;優(yōu)選n1表示:cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;和
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,或-ccgagccccc,-ccgagccccca,或-ccgagcccccag;優(yōu)選n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,或-ccgagccccc;
并且lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-;優(yōu)選選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
特別優(yōu)選的是seq.idno.19至seq.idno.53的gapmer反義寡核苷酸,其包含在3'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在5'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在lna單元的兩個區(qū)段之間的至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna單元的區(qū)段,其中l(wèi)na單元選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7),核苷酸間鍵聯(lián)選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以在lna單元優(yōu)選所有l(wèi)na單元中含有5-甲基胞嘧啶作為修飾的核堿基,和/或在一些或所有dna單元中含有2-氨基腺嘌呤和/或在一些或所有dna單元中含有5-甲基胞嘧啶。
特別優(yōu)選的是表4的gapmer反義寡核苷酸(seq.idno.232a至244b)。
此外,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)表示,其中
n3表示:gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
n4表示:-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a。
n3和/或n4也可以表示本文公開的3'和5'殘基的另外限制性列表中的任何一個。
落入通式s2的gapmer反義寡核苷酸是特別優(yōu)選的:
5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)s2
這樣的gapmer反義寡核苷酸是:
gctggcgatacgcgtcca(seq.idno.54)
ctggcgatacgcgtccac(seq.idno.55)
tggcgatacgcgtccaca(seq.idno.56)
ggcgatacgcgtccacag(seq.idno.57)
gcgatacgcgtccacagg(seq.idno.58)
cgatacgcgtccacagga(seq.idno.59)
gatacgcgtccacaggac(seq.idno.60)
atacgcgtccacaggacg(seq.idno.61)
tacgcgtccacaggacga(seq.idno.62)
ctggcgatacgcgtcca(seq.idno.63)
tggcgatacgcgtccac(seq.idno.64)
ggcgatacgcgtccaca(seq.idno.65)
gcgatacgcgtccacag(seq.idno.66)
cgatacgcgtccacagg(seq.idno.67)
gatacgcgtccacagga(seq.idno.68)
atacgcgtccacaggac(seq.idno.349)
tacgcgtccacaggacg(seq.idno.350)
tggcgatacgcgtcca(seq.idno.351)
ggcgatacgcgtccac(seq.idno.352)
gcgatacgcgtccaca(seq.idno.353)
cgatacgcgtccacag(seq.idno.354)
gatacgcgtccacagg(seq.idno.355)
atacgcgtccacagga(seq.idno.356)
tacgcgtccacaggac(seq.idno.357)
ggcgatacgcgtcca(seq.idno.358)
gcgatacgcgtccac(seq.idno.359)
cgatacgcgtccaca(seq.idno.360)
gatacgcgtccacag(seq.idno.361)
atacgcgtccacagg(seq.idno.362)
tacgcgtccacagga(seq.idno.363)
gcgatacgcgtcca(seq.idno.364)
cgatacgcgtccac(seq.idno.365)
gatacgcgtccaca(seq.idno.366)
atacgcgtccacag(seq.idno.367)
tacgcgtccacagg(seq.idno.368)
以gapmer形式(lna區(qū)段1-dna區(qū)段-lna區(qū)段2)的式s2的反義寡核苷酸包含5'末端的lna區(qū)段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且包含在3'末端的lna片段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且在兩個lna區(qū)段之間包含一個dna區(qū)段,其由6至14個,優(yōu)選7至12個,更優(yōu)選8至11個dna單元組成。
式s2的反義寡核苷酸含有本文公開的lna核苷酸(lna單元),特別是在“鎖核酸
實驗已經(jīng)顯示,在測試的神經(jīng)和腫瘤學(xué)適應(yīng)癥方面,修飾的核堿基不顯著增加或改變本發(fā)明的反義寡核苷酸的活性。已經(jīng)證明修飾的核堿基5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤進(jìn)一步增加式s2的反義寡核苷酸的活性,特別是如果僅在lna核苷酸中或在lna核苷酸和dna核苷酸中使用5-甲基胞嘧啶時和/或者如果在dna核苷酸中而不是在lna核苷酸中使用2-氨基腺嘌呤時。
式s2的反義寡核苷酸的優(yōu)選的gapmer結(jié)構(gòu)如下:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,更優(yōu)選的:3-8-3,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,3-10-4,4-10-3,4-10-4,3-11-4,和4-11-3。
式s2的反義寡核苷酸的lna單元,特別是β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9)是優(yōu)選的。實驗已經(jīng)顯示,所有這些lna單元b1,b2,b4,b5,b6,b7,b8和b9可以以所需的努力合成并導(dǎo)致具有可比較的穩(wěn)定性和活性的反義寡核苷酸。然而,基于實驗,更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b5,b6和b7。更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b6和b7,甚至更優(yōu)選的是lna單元b1和b4,關(guān)于化學(xué)合成的復(fù)雜性最優(yōu)選的是β-d-氧基-lna(b1)。
到目前為止,沒有發(fā)現(xiàn)特別的3'末端基團(tuán)或5'末端基團(tuán)顯著地改變或增加了關(guān)于腫瘤學(xué)或神經(jīng)病學(xué)適應(yīng)癥的穩(wěn)定性或活性,以使得3'和5’末端基團(tuán)是可能的,但不是明確優(yōu)選的。
各種核苷酸間橋或核苷酸間鍵聯(lián)是可能的。在本文公開的式中,核苷酸間鍵聯(lián)il由-il'-y-表示。因此,il=-il’-y-=-x”-p(=x’)(x-)-y-,其中il優(yōu)選選自:
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-。優(yōu)選的是選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,最優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-和-o-p(o)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián)il。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)表示,其中
n3表示:gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;和
n4表示:-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a,和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9);和優(yōu)選選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7)和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-;
并且優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
更優(yōu)選n3表示:gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;和
n4表示:-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或–a。
進(jìn)一步優(yōu)選的是,本發(fā)明涉及由11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的2至5個核苷酸和反義寡核苷酸的3'末端的2至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98),其中
n3表示:cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;優(yōu)選n3表示:tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
和
n4表示:-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a;優(yōu)選n4表示:-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7)和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-;優(yōu)選選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
特別優(yōu)選的是seq.idno.54至seq.idno.68和seq.idno.349至seq.idno.368的gapmer反義寡核苷酸,其包含在3'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在5'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在lna單元的兩個區(qū)段之間的至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna單元的區(qū)段,其中l(wèi)na單元選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7),核苷酸間鍵聯(lián)選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以在lna單元優(yōu)選所有l(wèi)na單元中含有5-甲基胞嘧啶作為修飾的核堿基,和/或在一些或所有dna單元中含有2-氨基腺嘌呤和/或在一些或所有dna單元中含有5-甲基胞嘧啶。
還特別優(yōu)選的是表5的gapmer反義寡核苷酸(seq.idno.245a至257b)。
此外,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)表示,其中
n11表示:gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-,
n12表示:-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
n11和/或n12也可以表示本文公開的3'和5'殘基的另外限制性列表中的任何一個。
落入通式s3的gapmer反義寡核苷酸是特別優(yōu)選的:
5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)s3
這樣的gapmer反義寡核苷酸是:
atttggtagtgtttaggg(seq.idno.369)
tttggtagtgtttaggga(seq.idno.370)
ttggtagtgtttagggag(seq.idno.371)
tggtagtgtttagggagc(seq.idno.372)
ggtagtgtttagggagcc(seq.idno.373)
gtagtgtttagggagccg(seq.idno.374)
tagtgtttagggagccgt(seq.idno.375)
agtgtttagggagccgtc(seq.idno.376)
gtgtttagggagccgtct(seq.idno.377)
tttggtagtgtttaggg(seq.idno.378)
ttggtagtgtttaggga(seq.idno.379)
tggtagtgtttagggag(seq.idno.380)
ggtagtgtttagggagc(seq.idno.381)
gtagtgtttagggagcc(seq.idno.382)
tagtgtttagggagccg(seq.idno.383)
agtgtttagggagccgt(seq.idno.384)
gtgtttagggagccgtc(seq.idno.385)
ttggtagtgtttaggg(seq.idno.386)
tggtagtgtttaggga(seq.idno.387)
ggtagtgtttagggag(seq.idno.388)
gtagtgtttagggagc(seq.idno.389)
tagtgtttagggagcc(seq.idno.390)
agtgtttagggagccg(seq.idno.391)
gtgtttagggagccgt(seq.idno.392)
tggtagtgtttaggg(seq.idno.393)
ggtagtgtttaggga(seq.idno.394)
gtagtgtttagggag(seq.idno.395)
tagtgtttagggagc(seq.idno.396)
agtgtttagggagcc(seq.idno.397)
gtgtttagggagccg(seq.idno.398)
ggtagtgtttaggg(seq.idno.399)
gtagtgtttaggga(seq.idno.400)
tagtgtttagggag(seq.idno.401)
agtgtttagggagc(seq.idno.402)
gtgtttagggagcc(seq.idno.403)
以gapmer形式(lna區(qū)段1-dna區(qū)段-lna區(qū)段2)的式s3的反義寡核苷酸包含5'末端的lna區(qū)段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且包含在3'末端的lna片段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且在兩個lna區(qū)段之間包含一個dna區(qū)段,其由6至14個,優(yōu)選7至12個,更優(yōu)選8至11個dna單元組成。
式s3的反義寡核苷酸含有本文公開的lna核苷酸(lna單元),特別是在“鎖核酸
實驗已經(jīng)顯示,在測試的神經(jīng)和腫瘤學(xué)適應(yīng)癥方面,修飾的核堿基不顯著增加或改變本發(fā)明的反義寡核苷酸的活性。已經(jīng)證明修飾的核堿基5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤進(jìn)一步增加式s3的反義寡核苷酸的活性,特別是如果僅在lna核苷酸中或在lna核苷酸和dna核苷酸中使用5-甲基胞嘧啶時和/或者如果在dna核苷酸中而不是在lna核苷酸中使用2-氨基腺嘌呤時。
式s3的反義寡核苷酸的優(yōu)選的gapmer結(jié)構(gòu)如下:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,更優(yōu)選的:3-8-3,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,3-10-4,4-10-3,4-10-4,3-11-4,和4-11-3。
式s3的反義寡核苷酸的lna單元,特別是β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9)是優(yōu)選的。實驗已經(jīng)顯示,所有這些lna單元b1,b2,b4,b5,b6,b7,b8和b9可以以所需的努力合成并導(dǎo)致具有可比較的穩(wěn)定性和活性的反義寡核苷酸。然而,基于實驗,更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b5,b6和b7。更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b6和b7,甚至更優(yōu)選的是lna單元b1和b4,關(guān)于化學(xué)合成的復(fù)雜性最優(yōu)選的是β-d-氧基-lna(b1)。
到目前為止,沒有發(fā)現(xiàn)特別的3'末端基團(tuán)或5'末端基團(tuán)顯著地改變或增加了關(guān)于腫瘤學(xué)或神經(jīng)病學(xué)適應(yīng)癥的穩(wěn)定性或活性,以使得3'和5’末端基團(tuán)是可能的,但不是明確優(yōu)選的。
各種核苷酸間橋或核苷酸間鍵聯(lián)是可能的。在本文公開的式中,核苷酸間鍵聯(lián)il由-il'-y-表示。因此,il=-il’-y-=-x”-p(=x’)(x-)-y-,其中il優(yōu)選選自:
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-。優(yōu)選的是選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,最優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-和-o-p(o)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián)il。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)表示,其中
n11表示:gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-,
n12表示:-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g;
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9);和優(yōu)選選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-;
和優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
更優(yōu)選n11表示:agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-;和
n12表示:-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
進(jìn)一步優(yōu)選的是,本發(fā)明涉及由11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的2至5個核苷酸和反義寡核苷酸的3'末端的2至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)表示,其中
n11表示:gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-;優(yōu)選n11表示:tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-;和
n12表示:-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g;優(yōu)選n12表示:-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-;和優(yōu)選選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
特別優(yōu)選的是seq.idno.369至seq.idno.403的gapmer反義寡核苷酸,其包含在3'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在5'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在lna單元的兩個區(qū)段之間的至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna單元的區(qū)段,其中l(wèi)na單元選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7),核苷酸間鍵聯(lián)選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以在lna單元優(yōu)選所有l(wèi)na單元中含有5-甲基胞嘧啶作為修飾的核堿基,和/或在一些或所有dna單元中含有2-氨基腺嘌呤和/或在一些或所有dna單元中含有5-甲基胞嘧啶。
還特別優(yōu)選的是表6的gapmer反義寡核苷酸(seq.idno.258a至270b)。
此外,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)表示,其中
n5表示:ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;
n6表示:-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t。
n5和/或n6也可以表示本文公開的3'和5'殘基的另外限制性列表中的任何一個。
落入通式s4的gapmer反義寡核苷酸是特別優(yōu)選的:
5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)s4
這樣的gapmer反義寡核苷酸是:
gaagagctatttggtagt(seq.idno.404)
aagagctatttggtagtg(seq.idno.405)
agagctatttggtagtgt(seq.idno.406)
gagctatttggtagtgtt(seq.idno.407)
agctatttggtagtgttt(seq.idno.408)
gctatttggtagtgttta(seq.idno.409)
ctatttggtagtgtttag(seq.idno.410)
tatttggtagtgtttagg(seq.idno.411)
atttggtagtgtttaggg(seq.idno.412)
aagagctatttggtagt(seq.idno.413)
agagctatttggtagtg(seq.idno.414)
gagctatttggtagtgt(seq.idno.415)
agctatttggtagtgtt(seq.idno.416)
gctatttggtagtgttt(seq.idno.417)
ctatttggtagtgttta(seq.idno.418)
tatttggtagtgtttag(seq.idno.419)
atttggtagtgtttagg(seq.idno.420)
agagctatttggtagt(seq.idno.421)
gagctatttggtagtg(seq.idno.422)
agctatttggtagtgt(seq.idno.423)
gctatttggtagtgtt(seq.idno.424)
ctatttggtagtgttt(seq.idno.425)
tatttggtagtgttta(seq.idno.426)
atttggtagtgtttag(seq.idno.427)
gagctatttggtagt(seq.idno.428)
agctatttggtagtg(seq.idno.429)
gctatttggtagtgt(seq.idno.430)
ctatttggtagtgtt(seq.idno.431)
tatttggtagtgttt(seq.idno.432)
atttggtagtgttta(seq.idno.433)
agctatttggtagt(seq.idno.434)
gctatttggtagtg(seq.idno.435)
ctatttggtagtgt(seq.idno.436)
tatttggtagtgtt(seq.idno.437)
atttggtagtgttt(seq.idno.438)
以gapmer形式(lna區(qū)段1-dna區(qū)段-lna區(qū)段2)的式s4的反義寡核苷酸包含5'末端的lna區(qū)段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且包含在3'末端的lna片段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且在兩個lna區(qū)段之間包含一個dna區(qū)段,其由6至14個,優(yōu)選7至12個,更優(yōu)選8至11個dna單元組成。
式s4的反義寡核苷酸含有本文公開的lna核苷酸(lna單元),特別是在“鎖核酸
實驗已經(jīng)顯示,在測試的神經(jīng)和腫瘤學(xué)適應(yīng)癥方面,修飾的核堿基不顯著增加或改變本發(fā)明的反義寡核苷酸的活性。已經(jīng)證明修飾的核堿基5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤進(jìn)一步增加式s4的反義寡核苷酸的活性,特別是如果僅在lna核苷酸中或在lna核苷酸和dna核苷酸中使用5-甲基胞嘧啶時和/或者如果在dna核苷酸中而不是在lna核苷酸中使用2-氨基腺嘌呤時。
式s4的反義寡核苷酸的優(yōu)選的gapmer結(jié)構(gòu)如下:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,更優(yōu)選的:3-8-3,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,3-10-4,4-10-3,4-10-4,3-11-4,和4-11-3。
式s4的反義寡核苷酸的lna單元,特別是β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9)是優(yōu)選的。實驗已經(jīng)顯示,所有這些lna單元b1,b2,b4,b5,b6,b7,b8和b9可以以所需的努力合成并導(dǎo)致具有可比較的穩(wěn)定性和活性的反義寡核苷酸。然而,基于實驗,更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b5,b6和b7。更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b6和b7,甚至更優(yōu)選的是lna單元b1和b4,關(guān)于化學(xué)合成的復(fù)雜性最優(yōu)選的是β-d-氧基-lna(b1)。
到目前為止,沒有發(fā)現(xiàn)特別的3'末端基團(tuán)或5'末端基團(tuán)顯著地改變或增加了關(guān)于腫瘤學(xué)或神經(jīng)病學(xué)適應(yīng)癥的穩(wěn)定性或活性,以使得3'和5’末端基團(tuán)是可能的,但不是明確優(yōu)選的。
各種核苷酸間橋或核苷酸間鍵聯(lián)是可能的。在本文公開的式中,核苷酸間鍵聯(lián)il由-il'-y-表示。因此,il=-il’-y-=-x”-p(=x’)(x-)-y-,其中il優(yōu)選選自:
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-。優(yōu)選的是選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,最優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-和-o-p(o)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián)il。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)表示,其中
n5表示:ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;和
n6表示:-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9);和優(yōu)選選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-;
和優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
更優(yōu)選n5表示:gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;和
n6表示:-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t。
進(jìn)一步優(yōu)選的是,本發(fā)明涉及由11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的2至5個核苷酸和反義寡核苷酸的3'末端的2至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)表示,其中
n5表示:ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;優(yōu)選n5表示:agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;和
n6表示:-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t;優(yōu)選n6表示:-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-;和優(yōu)選選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
特別優(yōu)選的是seq.idno.404至seq.idno.438的gapmer反義寡核苷酸,其包含在3'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在5'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在lna單元的兩個區(qū)段之間的至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna單元的區(qū)段,其中l(wèi)na單元選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7),核苷酸間鍵聯(lián)選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以在lna單元優(yōu)選所有l(wèi)na單元中含有5-甲基胞嘧啶作為修飾的核堿基,和/或在一些或所有dna單元中含有2-氨基腺嘌呤和/或在一些或所有dna單元中含有5-甲基胞嘧啶。
還特別優(yōu)選的是表7的gapmer反義寡核苷酸(seq.idno.271a至283b)。
此外,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100),表示,其中
n7表示:atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;
n8表示:-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a。
n7和/或n8也可以表示本文公開的3'和5'殘基的其它限制性列表中的任何一個。
落入通式s6的gapmer反義寡核苷酸是特別優(yōu)選的:
5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)s6
這樣的gapmer反義寡核苷酸是:
tatctcatgaatggacca(seq.idno.439)
atctcatgaatggaccag(seq.idno.440)
tctcatgaatggaccagt(seq.idno.441)
ctcatgaatggaccagta(seq.idno.442)
tcatgaatggaccagtat(seq.idno.443)
catgaatggaccagtatt(seq.idno.444)
atgaatggaccagtattc(seq.idno.445)
tgaatggaccagtattct(seq.idno.446)
gaatggaccagtattcta(seq.idno.447)
atctcatgaatggacca(seq.idno.448)
tctcatgaatggaccag(seq.idno.449)
ctcatgaatggaccagt(seq.idno.450)
tcatgaatggaccagta(seq.idno.451)
catgaatggaccagtat(seq.idno.452)
atgaatggaccagtatt(seq.idno.453)
tgaatggaccagtattc(seq.idno.454)
gaatggaccagtattct(seq.idno.455)
tctcatgaatggacca(seq.idno.456)
ctcatgaatggaccag(seq.idno.457)
tcatgaatggaccagt(seq.idno.458)
catgaatggaccagta(seq.idno.459)
atgaatggaccagtat(seq.idno.460)
tgaatggaccagtatt(seq.idno.461)
gaatggaccagtattc(seq.idno.462)
ctcatgaatggacca(seq.idno.463)
tcatgaatggaccag(seq.idno.464)
catgaatggaccagt(seq.idno.465)
atgaatggaccagta(seq.idno.466)
tgaatggaccagtat(seq.idno.467)
gaatggaccagtatt(seq.idno.468)
tcatgaatggacca(seq.idno.469)
catgaatggaccag(seq.idno.470)
atgaatggaccagt(seq.idno.471)
tgaatggaccagta(seq.idno.472)
gaatggaccagtat(seq.idno.473)
以gapmer形式(lna區(qū)段1-dna區(qū)段-lna區(qū)段2)的式s6的反義寡核苷酸包含5'末端的lna區(qū)段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且包含在3'末端的lna片段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且在兩個lna區(qū)段之間包含一個dna區(qū)段,其由6至14個,優(yōu)選7至12個,更優(yōu)選8至11個dna單元組成。
式s6的反義寡核苷酸含有本文公開的lna核苷酸(lna單元),特別是在“鎖核酸
實驗已經(jīng)顯示,在測試的神經(jīng)和腫瘤學(xué)適應(yīng)癥方面,修飾的核堿基不顯著增加或改變本發(fā)明的反義寡核苷酸的活性。已經(jīng)證明修飾的核堿基5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤進(jìn)一步增加式s6的反義寡核苷酸的活性,特別是如果僅在lna核苷酸中或在lna核苷酸和dna核苷酸中使用5-甲基胞嘧啶時和/或者如果在dna核苷酸中而不是在lna核苷酸中使用2-氨基腺嘌呤時。
式s6的反義寡核苷酸的優(yōu)選的gapmer結(jié)構(gòu)如下:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,更優(yōu)選的:3-8-3,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,3-10-4,4-10-3,4-10-4,3-11-4,和4-11-3。
式s6的反義寡核苷酸的lna單元,特別是β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9)是優(yōu)選的。實驗已經(jīng)顯示,所有這些lna單元b1,b2,b4,b5,b6,b7,b8和b9可以以所需的努力合成并導(dǎo)致具有可比較的穩(wěn)定性和活性的反義寡核苷酸。然而,基于實驗,更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b5,b6和b7。更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b6和b7,甚至更優(yōu)選的是lna單元b1和b4,關(guān)于化學(xué)合成的復(fù)雜性最優(yōu)選的是β-d-氧基-lna(b1)。
到目前為止,沒有發(fā)現(xiàn)特別的3'末端基團(tuán)或5'末端基團(tuán)顯著地改變或增加了關(guān)于腫瘤學(xué)或神經(jīng)病學(xué)適應(yīng)癥的穩(wěn)定性或活性,以使得3'和5’末端基團(tuán)是可能的,但不是明確優(yōu)選的。
各種核苷酸間橋或核苷酸間鍵聯(lián)是可能的。在本文公開的式中,核苷酸間鍵聯(lián)il由-il'-y-表示。因此,il=-il’-y-=-x”-p(=x’)(x-)-y-,其中il優(yōu)選選自:
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-。優(yōu)選的是選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,最優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-和-o-p(o)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián)il。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)表示,其中
n7表示:atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;和
n8表示:-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9);和優(yōu)選選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-;
和優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
更優(yōu)選n7表示:cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;和
n8表示:-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a。
進(jìn)一步優(yōu)選的是,本發(fā)明涉及由11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的2至5個核苷酸和反義寡核苷酸的3'末端的2至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100),其中
n7表示:gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;優(yōu)選n7表示:atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;和
n8表示:-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a;優(yōu)選n8表示:-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-;和優(yōu)選選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
特別優(yōu)選的是seq.idno.439至seq.idno.473的gapmer反義寡核苷酸,其包含在3'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在5'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在lna單元的兩個區(qū)段之間的至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna單元的區(qū)段,其中l(wèi)na單元選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7),核苷酸間鍵聯(lián)選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以在lna單元優(yōu)選所有l(wèi)na單元中含有5-甲基胞嘧啶作為修飾的核堿基,和/或在一些或所有dna單元中含有2-氨基腺嘌呤和/或在一些或所有dna單元中含有5-甲基胞嘧啶。
還特別優(yōu)選的是表8的gapmer反義寡核苷酸(seq.idno.219a至231b)。
此外,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101)表示,其中
n9表示:catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;
n10表示:-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a。
n9和/或n10也可以表示本文公開的3'和5'殘基的其它限制性列表中的任何一個。
落入通式s7的gapmer反義寡核苷酸是特別優(yōu)選的:
5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101)s7
這樣的gapmer反義寡核苷酸是:
tatacaggcattaataaa(seq.idno.474)
atacaggcattaataaag(seq.idno.475)
tacaggcattaataaagt(seq.idno.476)
acaggcattaataaagtg(seq.idno.477)
caggcattaataaagtgc(seq.idno.478)
aggcattaataaagtgca(seq.idno.479)
ggcattaataaagtgcaa(seq.idno.480)
gcattaataaagtgcaaa(seq.idno.481)
cattaataaagtgcaaat(seq.idno.482)
atacaggcattaataaa(seq.idno.483)
tacaggcattaataaag(seq.idno.484)
acaggcattaataaagt(seq.idno.485)
caggcattaataaagtg(seq.idno.486)
aggcattaataaagtgc(seq.idno.487)
ggcattaataaagtgca(seq.idno.488)
gcattaataaagtgcaa(seq.idno.489)
cattaataaagtgcaaa(seq.idno.490)
tacaggcattaataaa(seq.idno.491)
acaggcattaataaag(seq.idno.492)
caggcattaataaagt(seq.idno.493)
aggcattaataaagtg(seq.idno.494)
ggcattaataaagtgc(seq.idno.495)
gcattaataaagtgca(seq.idno.496)
cattaataaagtgcaa(seq.idno.497)
acaggcattaataaa(seq.idno.498)
caggcattaataaag(seq.idno.499)
aggcattaataaagt(seq.idno.500)
ggcattaataaagtg(seq.idno.501)
gcattaataaagtgc(seq.idno.502)
cattaataaagtgca(seq.idno.503)
caggcattaataaa(seq.idno.504)
aggcattaataaag(seq.idno.505)
ggcattaataaagt(seq.idno.506)
gcattaataaagtg(seq.idno.507)
cattaataaagtgc(seq.idno.508)
以gapmer形式(lna區(qū)段1-dna區(qū)段-lna區(qū)段2)的式s7的反義寡核苷酸包含5'末端的lna區(qū)段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且包含在3'末端的lna片段,其由2至5個,優(yōu)選2至4個lna單元組成,并且在兩個lna區(qū)段之間包含一個dna區(qū)段,其由6至14個,優(yōu)選7至12個,更優(yōu)選8至11個dna單元組成。
式s7的反義寡核苷酸含有本文公開的lna核苷酸(lna單元),特別是在“鎖核酸
實驗已經(jīng)顯示,在測試的神經(jīng)和腫瘤學(xué)適應(yīng)癥方面,修飾的核堿基不顯著增加或改變本發(fā)明的反義寡核苷酸的活性。已經(jīng)證明修飾的核堿基5-甲基胞嘧啶或2-氨基腺嘌呤進(jìn)一步增加式s7的反義寡核苷酸的活性,特別是如果僅在lna核苷酸中或在lna核苷酸和dna核苷酸中使用5-甲基胞嘧啶時和/或者如果在dna核苷酸中而不是在lna核苷酸中使用2-氨基腺嘌呤時。
式s7的反義寡核苷酸的優(yōu)選的gapmer結(jié)構(gòu)如下:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3,更優(yōu)選的:3-8-3,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,3-10-4,4-10-3,4-10-4,3-11-4,和4-11-3。
式s7的反義寡核苷酸的lna單元,特別是β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9)是優(yōu)選的。實驗已經(jīng)顯示,所有這些lna單元b1,b2,b4,b5,b6,b7,b8和b9可以以所需的努力合成并導(dǎo)致具有可比較的穩(wěn)定性和活性的反義寡核苷酸。然而,基于實驗,更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b5,b6和b7。更優(yōu)選的是lna單元b1,b2,b4,b6和b7,甚至更優(yōu)選的是lna單元b1和b4,關(guān)于化學(xué)合成的復(fù)雜性最優(yōu)選的是β-d-氧基-lna(b1)。
到目前為止,沒有發(fā)現(xiàn)特別的3'末端基團(tuán)或5'末端基團(tuán)顯著地改變或增加了關(guān)于腫瘤學(xué)或神經(jīng)病學(xué)適應(yīng)癥的穩(wěn)定性或活性,以使得3'和5’末端基團(tuán)是可能的,但不是明確優(yōu)選的。
各種核苷酸間橋或核苷酸間鍵聯(lián)是可能的。在本文公開的式中,核苷酸間鍵聯(lián)il由-il'-y-表示。因此,il=-il’-y-=-x”-p(=x’)(x-)-y-,其中il優(yōu)選選自:
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-。優(yōu)選的是選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,更優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,最優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-和-o-p(o)(s-)-o-的核苷酸間鍵聯(lián)il。
因此,本發(fā)明優(yōu)選涉及由10至28個核苷酸,優(yōu)選11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的1至5個和反義寡核苷酸的3'末端的1至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101),表示,其中
n9表示:catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;
n10表示:-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-ena(b5),β-d-(nh)-lna(b6),β-d-(nch3)-lna(b7),β-d-(onh)-lna(b8)和β-d-(onch3)-lna(b9);和優(yōu)選選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(ch3)-o-,-o-p(o)(och3)-o-,-o-p(o)(nh(ch3))-o-,-o-p(o)[n(ch3)2]-o-,-o-p(o)(bh3-)-o-,-o-p(o)(och2ch2och3)-o-,-o-p(o)(och2ch2sch3)-o-,-o-p(o)(o-)-n(ch3)-,-n(ch3)-p(o)(o-)-o-;
和優(yōu)選選自-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
更優(yōu)選n9表示:tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;和
n10表示:-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a。
進(jìn)一步優(yōu)選的是,本發(fā)明涉及由11至24個核苷酸,更優(yōu)選12至20個,更優(yōu)選13至19個或14至18個核苷酸組成的gapmer形式的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,以及在5'末端的這些核苷酸中的2至5個核苷酸和反義寡核苷酸的3'末端的2至5個核苷酸是lna核苷酸,并且在5'末端和3'末端的lna核苷酸之間存在優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna核苷酸的序列,并且反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中反義寡核苷酸由以下序列5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101)表示,其中
n9表示:ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;優(yōu)選n9表示:atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;和
n10表示:-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a;優(yōu)選n10表示:-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a;和
lna核苷酸選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7);和
核苷酸間鍵聯(lián)選自
-o-p(o)(o-)-o-,-o-p(o)(s-)-o-,-o-p(s)(s-)-o-,-s-p(o)(o-)-o-,-s-p(o)(s-)-o-,-o-p(o)(o-)-s-,-o-p(o)(s-)-s-,-s-p(o)(o-)-s-;和優(yōu)選選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以含有5-甲基胞嘧啶和/或2-氨基腺嘌呤作為修飾的核堿基。
特別優(yōu)選的是seq.idno.474至seq.idno.508的gapmer反義寡核苷酸,其包含在3'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在5'末端的2至5個,優(yōu)選2至4個,更優(yōu)選3至4個lna單元的區(qū)段,以及在lna單元的兩個區(qū)段之間的至少6個,優(yōu)選7個,更優(yōu)選8個dna單元的區(qū)段,其中l(wèi)na單元選自β-d-氧基-lna(b1),β-d-硫基-lna(b2),α-l-氧基-lna(b4),β-d-(nh)-lna(b6),和β-d-(nch3)-lna(b7),核苷酸間鍵聯(lián)選自磷酸酯,硫代磷酸酯和二硫代磷酸酯。這種優(yōu)選的反義寡核苷酸可以不含任何修飾的3'和5'末端,或不含任何3'和5'末端基團(tuán),并且可以在lna單元優(yōu)選所有l(wèi)na單元中含有5-甲基胞嘧啶作為修飾的核堿基,和/或在一些或所有dna單元中含有2-氨基腺嘌呤和/或在一些或所有dna單元中含有5-甲基胞嘧啶。
還特別優(yōu)選的是表9的gapmer反義寡核苷酸(seq.idno.284a至236b)。
表4
表5
表6
表7
表8
表9
藥物組合物
本發(fā)明的反義寡核苷酸優(yōu)選以其藥學(xué)活性鹽的形式施用,任選使用基本上無毒的藥學(xué)上可接受的載體、賦形劑、佐劑、溶劑或稀釋劑。本發(fā)明的藥物在常規(guī)的固體或液體載體或稀釋劑和常規(guī)藥學(xué)上制備的佐劑中以合適的劑量水平以已知方式制備。優(yōu)選的制備物和制劑在合適于以下的可施用的形式中:輸注或注射(鞘內(nèi),腦室內(nèi),顱內(nèi),靜脈內(nèi),實質(zhì)內(nèi),腫瘤內(nèi),眼內(nèi)或眼外,腹膜內(nèi),肌內(nèi),皮下)、局部施用于大腦,吸入,局部施用至實體瘤中或口服應(yīng)用。然而,其它應(yīng)用形式也是可能的,例如通過上皮或粘膜皮膚襯里(口腔粘膜,直腸和陰道上皮襯里,鼻咽粘膜,腸粘膜),直腸,經(jīng)皮,局部,皮內(nèi),胃內(nèi),皮內(nèi),陰道內(nèi),脈管內(nèi),鼻內(nèi),口腔內(nèi),經(jīng)皮,舌下施用或制藥領(lǐng)域中可獲得的任何其它手段。
可施用的制劑例如包括可注射液體制劑,延遲制劑,粉劑,特別是用于吸入的粉劑,丸劑,片劑,膜片劑,包衣片劑,可分散顆粒劑,糖衣丸,凝膠劑,糖漿劑,漿液,懸浮液,乳劑,膠囊和沉淀劑。其它可施用的蓋侖制劑也是可能的,例如通過可植入泵或?qū)Ч苓M(jìn)入腦的連續(xù)注射。
如本文所用,術(shù)語“藥學(xué)上可接受的”是指不影響反義寡核苷酸作為制劑中的活性成分的生物活性的有效性并且對其所施用的宿主無毒性的任何載體。合適的藥物載體的實例是本領(lǐng)域公知的,并且包括磷酸緩沖鹽溶液,水,乳液,例如油/水乳液,各種類型的潤濕劑,無菌溶液等。這樣的載體可以通過常規(guī)方法配制,活性化合物可以以有效劑量施用于受試者。
“有效劑量”是指反義寡核苷酸作為活性成分的量,其足以影響疾病的進(jìn)程和嚴(yán)重程度,從而導(dǎo)致這種病理學(xué)的減輕或緩解。用于治療和/或預(yù)防這些疾病或病癥的“有效劑量”可以使用本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法來確定。此外,本發(fā)明的反義寡核苷酸可以與脂質(zhì)體、復(fù)合物形成劑、受體靶向分子、溶劑、防腐劑和/或稀釋劑一起混合并施用。
優(yōu)選的是輸注溶液或固體基質(zhì)形式的藥物制劑,其用于連續(xù)釋放活性成分,特別是用于本發(fā)明的至少一種反義寡核苷酸的鞘內(nèi)施用,腦室內(nèi)施用或顱內(nèi)施用的連續(xù)輸注。還優(yōu)選的是適用于局部施用至腦的溶液或固體基質(zhì)形式的藥物制劑。對于肺的纖維化疾病,吸入制劑是特別優(yōu)選的。
即用無菌溶液包含例如至少一種濃度范圍為1至10mg/ml,優(yōu)選5-10mg/ml的反義寡核苷酸和選自例如糖諸如蔗糖、乳糖、甘露醇或山梨醇的等滲劑。也可以包括將溶液ph控制在6至8(優(yōu)選7-8)的合適的緩沖劑。制劑的另一種任選成分可以是非離子表面活性劑,例如吐溫20或吐溫80。
待重構(gòu)的無菌凍干粉末包含至少一種反義寡核苷酸,以及任選地填充劑(例如甘露醇,海藻糖,山梨醇,甘氨酸)和/或冷凍保護(hù)劑(例如海藻糖,甘露醇)。用于重構(gòu)的溶劑可以是用于可注射化合物的水,具有或不具有緩沖鹽以將ph控制在6至8。
適用于吸入的氣溶膠制劑可包括粉末形式的溶液和固體,其可與藥學(xué)上可接受的載體例如惰性壓縮氣體例如氮組合。
特別優(yōu)選的藥物組合物是適合用于通過吸入施用或用于靜脈內(nèi)施用的凍干(冷凍干燥)制劑(凍干物)。為了制備優(yōu)選的凍干制劑,將本發(fā)明的至少一種反義寡核苷酸溶解在4至5%(w/v)甘露醇溶液中,然后將溶液凍干。甘露醇溶液也可以如上所述在合適的緩沖溶液中制備。
合適的冷凍/凍干保護(hù)劑(另外稱為填充劑或穩(wěn)定劑)的其它實例包括無硫醇白蛋白,免疫球蛋白,聚亞烷基氧化物(例如peg,聚丙二醇),海藻糖,葡萄糖,蔗糖,山梨醇,葡聚糖,麥芽糖,棉子糖,水蘇糖和其它糖(參見例如wo97/29782),而優(yōu)選使用甘露醇。這些可以以常規(guī)量用于常規(guī)的凍干技術(shù)。冷凍干燥的方法在制備藥物制劑的領(lǐng)域中是熟知的。
對于通過吸入施用,凍干制劑的粒徑優(yōu)選為2至5μm,更優(yōu)選為3至4μm。凍干制劑特別適用于使用吸入器(例如
在用于在無菌蒸餾水或另一種合適的液體中的施用的再水化后,凍干制劑應(yīng)具有用于再水合肽制劑的靶組織(即用于靜脈內(nèi)施用的血液或用于吸入施用的肺組織)的近似生理摩爾滲透壓濃度。因此,優(yōu)選的是,再水合的制劑基本上是等滲的。
靜脈注射、口服施用或吸入施用的優(yōu)選劑量濃度為10至2000μmol/ml,更優(yōu)選為200至800μmol/ml。
對于片劑或膠囊形式的口服施用,至少一種反義寡核苷酸可與任何口服無毒的藥學(xué)上可接受的惰性載體如乳糖、淀粉、蔗糖、纖維素、硬脂酸鎂、磷酸氫鈣、硫酸鈣、滑石、甘露醇、乙醇(液體形式)等組合。此外,當(dāng)期望或需要時,也可以在混合物中摻入合適的粘合劑,潤滑劑,崩解劑和著色劑。粉末和片劑可以包含約5至約95%的本發(fā)明的組合物。
合適的粘合劑包括淀粉,明膠,天然糖,玉米甜味劑,天然和合成樹膠如阿拉伯膠,藻酸鈉,羧甲基纖維素,聚乙二醇和蠟。提及的可用于這些劑型的潤滑劑包括硼酸,苯甲酸鈉,乙酸鈉,氯化鈉等。崩解劑包括淀粉,甲基纖維素,瓜爾膠等。
另外,本發(fā)明的組合物可以配制成持續(xù)釋放形式以提供至少一種反義寡核苷酸的速率控制釋放以優(yōu)化治療效果。用于持續(xù)釋放的合適劑型包括含有至少一種反義寡核苷酸的用于持續(xù)釋放的可植入的生物可降解基質(zhì),含有不同崩解速率層的層壓片劑或用至少一種反義寡核苷酸浸漬的控釋聚合物基質(zhì)。
液體形式的制劑包括溶液,懸浮液和乳液。作為一個例子,可以提及用于腸胃外注射的水或丙二醇水溶液或添加用于口服溶液、懸浮液和乳液的甜味劑和遮光劑。
合適的稀釋劑是通常構(gòu)成組合物或劑型的主要部分的物質(zhì)。合適的稀釋劑包括糖如乳糖、蔗糖、甘露醇和山梨醇,衍生自小麥、玉米、稻和馬鈴薯的淀粉,以及纖維素如微晶纖維素。組合物中稀釋劑的量可以為總組合物的約5重量%至約95重量%,優(yōu)選約25重量%至約75重量%。
術(shù)語“崩解劑”是指添加到組合物中以幫助其分解(瓦解)并釋放藥物的材料。合適的崩解劑包括淀粉,“冷水可溶的”改性淀粉例如羧甲基淀粉鈉,天然和合成樹膠如刺槐豆,刺梧桐,瓜爾膠,黃蓍膠和瓊脂,纖維素衍生物如甲基纖維素和羧甲基纖維素鈉,微晶纖維素和交聯(lián)的微晶纖維素如交聯(lián)羧甲纖維素鈉,藻酸鹽如藻酸和海藻酸鈉,粘土如膨潤土和泡騰混合物。組合物中崩解劑的量可以為組合物的約1至約40重量%,優(yōu)選組合物的2至約30重量%,更優(yōu)選為組合物的約3至20重量%,并且最優(yōu)選約5至約10重量%。
粘合劑表征將粉末粘合或“膠合”在一起并通過形成顆粒使其凝聚的物質(zhì),從而用作制劑中的“粘著劑”。粘合劑增加稀釋劑或填充劑中已經(jīng)可用的凝聚強(qiáng)度。合適的粘合劑包括糖如蔗糖,衍生自小麥、玉米和馬鈴薯的淀粉;天然樹膠如阿拉伯膠,明膠和黃蓍膠;海藻衍生物如海藻酸,海藻酸鈉和藻酸銨鈣;纖維素材料如甲基纖維素和羧甲基纖維素鈉和羥丙基甲基纖維素;聚乙烯吡咯烷酮和無機(jī)物如硅酸鎂鋁。組合物中的粘合劑的量可以為組合物的約1-30重量%,優(yōu)選為組合物的約2-約20重量%,更優(yōu)選約3-約10重量%,甚至更優(yōu)選約3至約6重量%。
潤滑劑是指加入到劑型中以使片劑、顆粒等在壓片后能夠通過減少摩擦或磨損而從模具或沖模中釋放的物質(zhì)。合適的潤滑劑包括金屬硬脂酸鹽,例如硬脂酸鎂,硬脂酸鈣或硬脂酸鉀,硬脂酸;高熔點蠟;和水溶性潤滑劑,如氯化鈉,苯甲酸鈉,乙酸鈉,油酸鈉,聚乙二醇和d,l-亮氨酸。潤滑劑通常在壓制前的最后一個步驟中加入,因為它們必須存在于顆粒表面以及它們與壓片機(jī)的部件之間。組合物中潤滑劑的量可以為組合物的約0.05至約15重量%,優(yōu)選為組合物的0.2至約5重量%,更優(yōu)選約0.3至約3重量%,最優(yōu)選約0.3至約1.5重量%。
助流劑是防止結(jié)塊并改善顆粒的流動特性以使流動平滑均勻的材料。合適的助流劑包括二氧化硅和滑石。組合物中助流劑的量可以為組合物的約0.01至10重量%,優(yōu)選為總組合物的0.1重量%至約7重量%,更優(yōu)選為約0.2至5重量%,最優(yōu)選為約0.5至約2重量%。
在本文公開的藥物組合物中,反義寡核苷酸優(yōu)選以其鹽的形式并入并任選與其它增加反義寡核苷酸穩(wěn)定性、增加rna酶h的招募、增加靶發(fā)現(xiàn)性質(zhì)、增強(qiáng)細(xì)胞攝取等的組分一起并入。為了實現(xiàn)這些目的,反義寡核苷酸可以被化學(xué)修飾,從而替代或附加于可用于實現(xiàn)這些目的的其它組分的使用。因此,本發(fā)明的反義寡核苷酸可以化學(xué)連接到增強(qiáng)反義寡核苷酸的活性、細(xì)胞分布或細(xì)胞攝取等的部分或組分。這樣的部分包括脂質(zhì)部分,例如膽固醇部分,膽酸,硫醚,己基-s-三苯甲硫醇,硫代膽固醇,脂族鏈,例如十二烷二醇或十一烷基殘基,磷脂如二十六烷基外消旋甘油或三乙基銨-1,2-二-o-十六烷基-外消旋-甘油基-3h-膦酸酯,多胺或聚乙二醇鏈,或金剛烷乙酸,棕櫚基部分或十八胺或己基氨基羰基氧膽固醇部分。本發(fā)明還包括作為嵌合化合物的反義寡核苷酸。本發(fā)明上下文中的“嵌合”反義寡核苷酸是含有兩個或更多個化學(xué)不同區(qū)域的反義寡核苷酸,一個是本文所公開的寡核苷酸序列,其連接到用于增加細(xì)胞攝取、增加對核酸酶降解的抗性、增加對靶核酸的結(jié)合親和力、增加rna酶h的招募等的部分或組分。例如,反義寡核苷酸的附加區(qū)域或部分或組分可以用作能夠切割rna:dna雜交體或rna:rna分子的酶的底物。作為實例,rna酶h是切rna:dna雙鏈體的rna鏈的細(xì)胞內(nèi)核糖核酸酶。因此,rna酶h的激活導(dǎo)致作為編碼tgf-rii的mrna的rna靶的切割,從而大大提高了反義寡核苷酸抑制基因表達(dá)的效率。因此,當(dāng)使用嵌合寡核苷酸時,通??梢杂幂^短的寡核苷酸獲得可比較的結(jié)果。
適應(yīng)癥
本發(fā)明涉及本文所公開的反義寡核苷酸用于預(yù)防和治療神經(jīng)變性疾病、神經(jīng)創(chuàng)傷、神經(jīng)血管和神經(jīng)炎性疾病(包括中樞神經(jīng)系統(tǒng)(cns)的感染后和炎性疾病)的用途。
本發(fā)明的反義寡核苷酸可特別用于促進(jìn)損傷的神經(jīng)通路的再生和功能重新連接和/或用于治療和補償年齡誘導(dǎo)的神經(jīng)元干細(xì)胞更新的減少。
因此,本發(fā)明的另一方面涉及本文公開的反義寡核苷酸用于通過再激活神經(jīng)發(fā)生、允許神經(jīng)元分化和遷移以及誘導(dǎo)將新神經(jīng)元整合到解剖和功能性神經(jīng)元回路來促進(jìn)再生神經(jīng)元組織的用途。
本發(fā)明的另一方面涉及本文公開的反義寡核苷酸用于促進(jìn)具有神經(jīng)系統(tǒng)損傷或由纖維化引起的其它器官系統(tǒng)的損傷或干細(xì)胞周轉(zhuǎn)損失的患者中的再生和臨床(結(jié)構(gòu))修復(fù)的用途。
此外,反義寡核苷酸可用于補償和治療由年齡、炎癥或基因缺陷誘導(dǎo)的神經(jīng)元干細(xì)胞更新的減少。
本發(fā)明的反義寡核苷酸抑制tgf-rii表達(dá),因此用于治療與上調(diào)或增強(qiáng)的tgf-rii和/或tgf-rii水平相關(guān)的疾病。
因此,本發(fā)明的另一方面涉及反義寡核苷酸在預(yù)防和治療神經(jīng)變性疾病,神經(jīng)炎性疾病,創(chuàng)傷性或創(chuàng)傷后病癥,血管或更精確的地神經(jīng)血管病癥,缺氧性疾病,感染后中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病,纖維化疾病,過度增生性疾病,癌癥,腫瘤,老年性耳聾和老花眼中的用途。
術(shù)語“神經(jīng)變性疾病”或“神經(jīng)系統(tǒng)疾病”或“神經(jīng)炎性疾病”是指影響中樞或外周神經(jīng)系統(tǒng)的任何疾病、病癥或病況,包括adhd,aids-神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥,透明膈的不存在,獲得性癲癇樣失語癥,急性播散性腦脊髓炎,腎上腺腦白質(zhì)營養(yǎng)不良,胼胝體發(fā)育不全,失認(rèn)癥,艾卡迪綜合征,亞歷山大病,阿爾卑斯病,交替性偏癱,阿爾茨海默病,肌萎縮性側(cè)索硬化(als),無腦畸形動脈瘤,安格曼綜合征,血管瘤病,缺氧癥,失語癥,失用癥,蛛網(wǎng)膜囊腫,蛛網(wǎng)膜炎,arnold-chiari畸形,動靜脈畸形,阿司帕坦,阿斯伯格綜合征,共濟(jì)失調(diào)毛細(xì)血管擴(kuò)張,共濟(jì)失調(diào),注意力缺陷多動障礙,自閉癥,自律性功能障礙,背痛,barth綜合征,batten病,貝科氏病,貝爾麻痹,良性特發(fā)性眼瞼痙攣,良性局限性肌萎縮,良性顱內(nèi)高血壓,bernhardt-roth綜合征,賓斯旺格病,眼瞼痙攣,bloch-sulzberger綜合征,臂叢產(chǎn)傷,臂叢損傷,bradbury-eggleston綜合征,腦動脈瘤,腦損傷,腦和脊髓腫瘤,brown-sequard綜合征,球莖肌萎縮,canavan疾病,腕管綜合征,疝氣,海綿體瘤,海綿狀血管瘤,海綿體畸形,中樞性頸椎綜合征,中心核綜合征,中樞性疼痛綜合征,頭部疾病,小腦變性,小腦發(fā)育不全,腦動脈瘤,腦動脈硬化,腦萎縮,腦氣道炎,腦組織障礙,腦缺氧,腦性麻痹,腦脊液眼骨骼綜合征,charcot-marie牙齒障礙,chiari畸形,舞蹈病,舞蹈細(xì)胞增多癥,慢性炎性脫髓鞘性多發(fā)性神經(jīng)病(cidp),慢性直腸不耐癥,慢性疼痛,cockayne綜合征ii型,coffinlowry綜合征,昏迷,包括持續(xù)植物狀態(tài),復(fù)雜區(qū)域性疼痛綜合征,先天性面癱,先天性肌無力,先天性肌病,先天性血管性海綿體畸形,皮質(zhì)基底膜變性,顱動脈炎,顱內(nèi)動脈炎,creutzfeldt-jakob綜合癥,累積性創(chuàng)傷障礙,庫興氏綜合癥,巨細(xì)胞病毒包涵體疾病(cibd),巨細(xì)胞病毒感染,跳舞眼舞蹈綜合癥,dandy-walker綜合征,道森病,德莫西氏癥綜合征,德杰克蘭克氏麻痹,癡呆多發(fā)梗死,癡呆皮質(zhì)下,路易體癡呆,皮肌炎,發(fā)育性運動障礙,devic綜合征,糖尿病性神經(jīng)病,彌漫性硬化癥,dravet綜合征,家族性自主神經(jīng)異常,書寫困難,閱讀困難,吞咽困難,運動障礙,張力障礙,早期嬰兒癲癇性腦病,空腸綜合征,昏睡性腦炎,腦炎和腦膜炎,腦疝,腦病,腦源性血管瘤病,癲癇,erb's麻痹,erb-duchenne和dejerine-klumpke麻痹,法布里病,fahr綜合征,昏厥,家族性異體,家族性血管瘤,家族性特發(fā)性基底神經(jīng)節(jié)鈣化,家族性痙攣性麻痹,發(fā)熱性癲癇發(fā)作(例如,gefs和gefsplus),fisher綜合征,floppyinfant綜合征,弗里德里希共濟(jì)失調(diào),戈謝病,格斯特曼氏綜合征,gerstmann-straussler-scheinker病,巨細(xì)胞性動脈炎,巨細(xì)胞包涵體病,球樣細(xì)胞白質(zhì)營養(yǎng)不良,舌咽神經(jīng)痛,格林巴氏綜合征,htlv-1相關(guān)性脊髓病,霍爾伏登斯特斯病,頭部損傷,頭痛,連續(xù)偏頭痛,半面痙攣,偏癱,遺傳性神經(jīng)病,遺傳性痙攣性截癱,多神經(jīng)炎型遺傳性運動失調(diào),耳部帶狀皰疹,帶狀皰疹,平山綜合征,前腦無裂畸形,亨廷頓舞蹈病,積水性無腦畸形,正常顱壓腦積水,腦積水(特別是tgfβ誘導(dǎo)的腦積水),脊髓積水,皮質(zhì)醇增多癥,睡眠過度,高血壓,低血壓,缺氧,免疫介導(dǎo)性腦脊髓炎,包涵體肌炎,失禁性色素沉著癥,嬰兒期低壓癥,嬰兒植烷酸蓄積病,嬰兒雷弗蘇姆病,嬰兒痙攣,炎癥性肌病,腸原性脂質(zhì)營養(yǎng)不良,顱內(nèi)囊腫,顱內(nèi)高血壓,isaac綜合征,joubert綜合征,kearns-sayre綜合征,肯尼迪氏病,舞蹈眼綜合征,kippine-levin綜合征,klippel-feil綜合征,klippel-trenaunay綜合征(kts),klüver-bucy綜合征,korsakoff遺忘綜合征,krabbe病,kugelberg-welander病,庫魯病,朗-愛二氏肌無力綜合征,landau-kleffner綜合征,股外側(cè)皮神經(jīng)卡壓,延髓外側(cè)綜合征,學(xué)習(xí)失能,leigh病,lennox-gastaut綜合征,lesch-nyhan綜合征,腦白質(zhì)營養(yǎng)不良癥,levine-critchley綜合征,lewy體癡呆,無腦回畸形,閉鎖綜合征,lougehrig氏病,狼瘡神經(jīng)系統(tǒng)后遺癥,萊姆病-神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥,machado-joseph病,腦肥大,巨腦病,melkersson-rosenthal綜合征,腦膜炎,梅克斯病,感覺異常性股痛,異染色性腦白質(zhì)營養(yǎng)不良,小頭畸形,偏頭痛,millerfisher綜合征,迷你中風(fēng),線粒體肌病,莫比烏綜合征,單肢肌萎縮,運動神經(jīng)元疾病,腦底異常血管網(wǎng)病,粘脂質(zhì)累積病,粘多糖累積病,多發(fā)性梗死性癡呆,多病灶運動神經(jīng)病,多發(fā)性硬化癥(ms),多系統(tǒng)萎縮(msa-c和msa-p),伴隨直立性低血壓的多系統(tǒng)萎縮,肌營養(yǎng)不良癥,先天性肌無力,重癥肌無力,髓鞘性彌漫性硬化癥,嬰幼兒肌陣攣性腦病,肌陣攣,先天性肌病,甲狀腺毒性肌病,肌病,先天性肌強(qiáng)直,肌強(qiáng)直,發(fā)作性睡病,神經(jīng)棘紅細(xì)胞增多癥,腦鐵積聚神經(jīng)變性,神經(jīng)纖維瘤病,精神安定藥惡性綜合征,艾滋病神經(jīng)系統(tǒng)并發(fā)癥,龐貝病神經(jīng)病學(xué)表現(xiàn),神經(jīng)性脊髓炎,神經(jīng)肌肉瘤,神經(jīng)元蠟樣脂褐質(zhì)沉積,神經(jīng)元遷移障礙,遺傳性神經(jīng)病,神經(jīng)類肉瘤病,神經(jīng)毒性,海綿體痣,尼曼皮克病,o'sullivan-mcleod綜合征,枕骨神經(jīng)痛,隱性脊柱神經(jīng)管閉合不全序列征,大田原綜合癥,橄欖體腦橋小腦萎縮,斜視性眼陣攣,直立性低血壓,過度使用綜合征,慢性疼痛,類腫瘤綜合征,感覺異常,帕金森氏病,parmyotoniacongenita,發(fā)作性舞蹈手足徐動癥,發(fā)作性偏頭痛,parry-romberg,pelizaeus-merzbacher疾病,penashokeirii綜合征,神經(jīng)束囊腫,周期性麻痹,周圍神經(jīng)病變,腦室周圍白質(zhì)軟化癥,持續(xù)植物狀態(tài),廣泛性發(fā)育障礙,植烷酸貯積病,pick病,梨狀肌綜合征,垂體瘤,多發(fā)性肌炎,龐培病,腦穿通畸形,小兒麻痹癥后期綜合征,帶狀皰疹后神經(jīng)痛,感染后腦脊髓炎,姿勢性低血壓,姿勢性直立性心動過速綜合征,姿勢性心動過速綜合征,原發(fā)性側(cè)索硬化,朊病毒疾病,進(jìn)行性半面萎縮,進(jìn)行性運動共濟(jì)失調(diào),進(jìn)行性多灶性腦白質(zhì)病,進(jìn)行性硬化性灰質(zhì)萎縮,進(jìn)行性核上性麻痹,假性腦瘤,吡哆辛依賴性和吡哆辛應(yīng)答性疾病,ramsayhunt綜合征i型,ramsayhunt綜合征ii型,rasmussen腦炎和其它自身免疫性癲癇,反射交感神經(jīng)營養(yǎng)不良綜合征,嬰兒雷弗蘇姆病,雷弗蘇姆病,重復(fù)性運動障礙,重復(fù)性壓力損傷,不寧腿綜合癥,逆轉(zhuǎn)錄病毒相關(guān)性脊髓病,rett綜合征,reye綜合征,riley-day綜合征,sunct頭痛,薦神經(jīng)根囊腫,圣維特舞蹈病,唾液腺疾病,sandhoff病,schilder氏病,腦裂畸形,癲癇發(fā)作,視隔發(fā)育不良,嬰幼兒嚴(yán)重肌陣攣性癲癇(smei),驚嚇?gòu)雰壕C合征,帶狀皰疹,shy-drager綜合征,干燥綜合征,睡眠呼吸暫停,睡眠病,索托綜合征,痙攣狀態(tài),脊柱裂,脊髓梗死,脊髓損傷,脊髓腫瘤,脊髓性肌萎縮癥,脊髓性小腦萎縮癥,steele-richardson-olszewski綜合征,僵人綜合征,紋狀體黑質(zhì)變性,中風(fēng),sturge-weber綜合征,亞急性硬化性全腦炎,皮質(zhì)下動脈硬化性腦病,吞咽障礙,西德納姆舞蹈病,暈厥,梅毒性脊髓硬化,脊髓積水瘺,脊髓空洞癥,系統(tǒng)性紅斑狼瘡,脊髓癆,遲發(fā)性運動障礙,tarlov囊腫,tay-sachs病,顳動脈炎,拴系脊髓綜合征,thomsen病,胸廓出口綜合征,甲狀腺毒性肌病,三叉神經(jīng)痛癥,todd麻痹,tourette綜合征,短暫性腦缺血發(fā)作,傳播性海綿狀腦病,橫紋性脊髓炎,創(chuàng)傷性腦損傷,震顫,三叉神經(jīng)痛,熱帶痙攣性癱瘓,結(jié)節(jié)性硬化癥,血管性勃起性腫瘤,包括顳動脈炎的血管炎,voneconomo氏病,vonhippel-lindau病(vhl),vonrecklinghausen氏病,wallenberg氏綜合征,werdnig-hoffinan病,wernicke-korsakoff綜合征,west綜合征,whipple病,威廉綜合征,威爾遜氏病,伴x染色體脊髓延髓肌肉萎縮癥以及zellweger綜合征。
神經(jīng)變性疾病和神經(jīng)炎性疾病的優(yōu)選實例選自包含以下或由以下組成的組:
阿爾茨海默氏病,帕金森病,克雅氏病(cjd),克雅氏病(nvcjd),霍氏病,亨廷頓舞蹈病,多系統(tǒng)萎縮,癡呆,額顳癡呆,多發(fā)性或遺傳背景的運動神經(jīng)元疾病,肌萎縮側(cè)硬化癥(als),脊髓性肌萎縮癥,脊髓小腦萎縮癥(sca),精神分裂癥,情感障礙,主要抑郁癥,腦膜腦炎,細(xì)菌性腦膜腦炎,病毒性腦膜腦炎,cns自身免疫性疾病,多發(fā)性硬化(ms),急性缺血/缺氧性損害,中風(fēng)脊髓創(chuàng)傷,頭部和脊髓創(chuàng)傷,腦創(chuàng)傷性損傷,動脈硬化,動脈粥樣硬化,微血管病變性癡呆,binswanger病(白細(xì)胞變性),視網(wǎng)膜變性,耳蝸變性,黃斑變性,耳蝸性耳聾,艾滋病相關(guān)性癡呆,色素性視網(wǎng)膜炎,脆弱x相關(guān)震顫/共濟(jì)失調(diào)綜合癥(fxtas),進(jìn)行性sup腦脊髓性退化癥(snd),橄欖體腦血腫變性(opcd),shydrager綜合征(sds),年齡依賴記憶缺陷,與癡呆相關(guān)的神經(jīng)發(fā)育障礙,唐氏綜合征,突觸核蛋白病,超氧化物歧化酶突變,三核苷酸重復(fù)病癥如亨廷頓病,創(chuàng)傷,缺氧,血管疾病,血管炎,cns老化。還可以解決干細(xì)胞更新的年齡依賴性減少。
神經(jīng)變性疾病和神經(jīng)炎性疾病的特別引用的實例選自包括或由以下組成的組:
阿爾茨海默病,帕金森病,亨廷頓病,肌萎縮性側(cè)索硬化(als),腦積水(特別是tgfβ誘導(dǎo)的腦積水),cns和脊髓創(chuàng)傷如脊髓損傷,頭部和脊柱創(chuàng)傷,腦創(chuàng)傷性損傷,視網(wǎng)膜變性,黃斑變性,耳蝸性耳聾,艾滋病相關(guān)性癡呆,如亨廷頓病的三核苷酸重復(fù)病癥和cns老化。
反義寡核苷酸也可用于預(yù)防和治療纖維化疾病。纖維化或纖維變性疾病是在修復(fù)或反應(yīng)過程中在器官或組織中形成過量纖維結(jié)締組織。這可能是反應(yīng)性、良性或病理狀態(tài)。對于損傷,這被稱為瘢痕形成,并且如果纖維化來自單細(xì)胞細(xì)胞系,則稱為纖維瘤。從生理上講,這作用于沉積細(xì)胞外基質(zhì),可以消除涉及的器官或組織的結(jié)構(gòu)和功能。纖維化可用于描述纖維組織過度沉積的病理狀態(tài),以及在愈合中結(jié)締組織沉積的過程。纖維化是涉及刺激細(xì)胞形成結(jié)締組織的過程,包括膠原和糖胺聚糖。隨后間質(zhì)之間的巨噬細(xì)胞和損傷組織釋放tgf-β。tgf-β刺激沉積結(jié)締組織的成纖維細(xì)胞的增殖和活化。減少tgf-β水平可防止和減少結(jié)締組織的形成,從而預(yù)防和治療纖維化。
纖維化疾病的例子是
肺:·肺纖維化
·特發(fā)性肺纖維化(特發(fā)性意味著原因未知)
·囊性纖維化
肝臟:·多源性肝硬化
心臟:·心內(nèi)膜纖維化
·老年心肌梗死
·心房纖維化
其它:縱隔纖維化(縱隔軟組織)
·青光眼(眼睛,視覺)
·骨髓纖維化(骨髓)
·腹膜后纖維化(腹膜后軟組織)
·進(jìn)行性大量纖維化(肺);煤礦工人肺塵埃沉著病的并發(fā)癥
·腎源性全身性纖維化(皮膚)
·克羅恩病(腸)
·瘢痕疙瘩(皮膚)
·硬皮病/系統(tǒng)性硬化癥(皮膚,肺部)
·關(guān)節(jié)纖維化(膝蓋,肩部,其它關(guān)節(jié))
·佩羅尼病(陰莖)
·dupuytren攣縮(手,手指)
·某些形式的粘膜囊炎(肩)
·紅斑狼瘡后的殘留物
因此,本發(fā)明的另一方面涉及反義寡核苷酸用于預(yù)防和/或治療以下疾病的用途或反義寡核苷酸用于制備用于預(yù)防和/或治療以下疾病的藥物組合物的用途:肺纖維化,囊性纖維化,肝硬化,心內(nèi)膜纖維化,老年心肌梗塞,心房纖維化,縱隔纖維化,骨髓纖維化,腹膜后纖維化,進(jìn)行性大量纖維化,腎源性全身性纖維化,青光眼,如原發(fā)性開角型青光眼,克羅恩病,瘢痕疙瘩,系統(tǒng)性硬化癥,關(guān)節(jié)纖維化,佩羅氏病,dupuytren攣縮,以及紅斑狼瘡后的殘留物。
本發(fā)明的另一個方面涉及反義寡核苷酸用于預(yù)防和/或治療過度增殖性疾病、癌癥、腫瘤及其轉(zhuǎn)移的用途,或反義寡核苷酸用于制備用于預(yù)防和/或治療過度增殖性疾病、癌癥、腫瘤及其轉(zhuǎn)移的藥物的用途。
過度增殖性疾病、癌癥、腫瘤的實例選自:腺癌,黑素瘤,急性白血病,聽神經(jīng)瘤,壺腹癌,肛門癌,星形細(xì)胞瘤,基底細(xì)胞癌,胰腺癌,硬纖維瘤,膀胱癌,支氣管癌,非小細(xì)胞肺癌(nsclc),乳腺癌,布基特氏淋巴瘤,子宮體癌,cup綜合征(未知原發(fā)灶的癌),結(jié)腸直腸癌,小腸癌,小腸腫瘤,卵巢癌,子宮內(nèi)膜癌,室管膜瘤,上皮癌類型,尤因腫瘤,胃腸腫瘤,胃癌,膽囊腫瘤,膽囊癌,子宮癌,子宮頸癌,宮頸癌,成膠質(zhì)細(xì)胞瘤,婦科腫瘤,耳鼻喉腫瘤,血液腫瘤,多毛細(xì)胞白血病,尿道癌,皮膚癌,皮膚睪丸癌,腦腫瘤(膠質(zhì)瘤,例如星形細(xì)胞瘤,少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤,成神經(jīng)管細(xì)胞瘤,pnet's,混合神經(jīng)膠質(zhì)瘤),腦轉(zhuǎn)移瘤,睪丸癌,垂體腫瘤,類癌,卡波西氏肉瘤,喉癌,生殖細(xì)胞腫瘤,骨癌,結(jié)直腸癌,頭頸部腫瘤(耳、鼻和喉部腫瘤),結(jié)腸癌,顱咽管瘤,口腔癌(口腔區(qū)域和嘴唇上的癌癥),中樞神經(jīng)系統(tǒng)癌癥,肝癌,肝轉(zhuǎn)移,白血病,眼瞼腫瘤,肺癌,淋巴結(jié)癌(hodgkin/非hodgkin),淋巴瘤,胃癌,惡性黑素瘤,惡性腫瘤,惡性胃腸道腫瘤,乳腺癌,直腸癌,髓母細(xì)胞瘤,黑素瘤,腦膜瘤,霍奇金病,蕈樣真菌病,鼻癌,神經(jīng)鞘瘤,成神經(jīng)細(xì)胞瘤,腎癌,腎細(xì)胞癌,非霍奇金淋巴瘤,少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤,食管癌,溶骨性癌和成骨癌,骨肉瘤,卵巢癌,胰腺癌,陰莖癌,漿細(xì)胞瘤,頭部和頸部鱗狀細(xì)胞癌(scchn),前列腺癌,咽癌,直腸癌,視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤,陰道癌,甲狀腺癌,schneeberger病,食道癌,脊髓瘤,t細(xì)胞淋巴瘤(蕈樣真菌病),胸腺瘤,管癌,眼/視覺腫瘤,尿道癌,泌尿系腫瘤,尿路上皮癌,外陰癌,疣外觀,軟組織腫瘤,軟組織肉瘤,wilm腫瘤,子宮頸癌和舌癌。
術(shù)語“癌癥”優(yōu)選地指選自包含以下或由以下組成的組的癌:肺腫瘤(例如肺癌),肝癌如肝細(xì)胞癌,黑素瘤或惡性黑素瘤,胰腺癌如胰腺上皮樣癌或胰腺腺癌,結(jié)腸癌,如結(jié)腸直腸腺癌,胃腫瘤或胃癌,乳腺癌,惡性星形細(xì)胞瘤,前列腺癌如胃癌,白血病如急性骨髓性白血病,慢性骨髓性白血病,單核細(xì)胞白血病,前髓細(xì)胞白血病,淋巴細(xì)胞白血病,急性淋巴細(xì)胞白血病,淋巴細(xì)胞性白血病和急性淋巴細(xì)胞性白血病,以及淋巴瘤,如組織細(xì)胞淋巴瘤。
為了治療過度增殖性疾病、癌癥、腫瘤及其轉(zhuǎn)移,反義寡核苷酸可以以3天至2周之間的定期間隔(劑量間隔,di)施用,例如4,5,6,7,8,9,10,11,12或13天,如約1周,如6、7或8天。適當(dāng)?shù)?,至少兩個劑量以兩個劑量之間的di期提供,例如3,4,5,6,7,8,9或10個劑量,每個劑量具有在每劑量的反義寡核苷酸之間的劑量間隔(di)。每次劑量之間的di期可以相同,例如3天至2周,例如4,5,6,7,8,9,10,11,12,13天,如約1周,如6、7或8天。
優(yōu)選地,每個劑量的反義寡核苷酸可以為約0.25mg/kg-約10mg/kg,例如約0.5mg/kg,約1mg/kg,約2mg/kg,約3mg/kg,約4mg/kg,約5mg/kg,約6mg/kg,約7mg/kg,約8mg/kg,約9mg/kg。在一些實施方案中,每個劑量的反義寡核苷酸可以為約2mg/kg至約8mg/kg,或約4至約6mg/kg或約4mg/kg至約5mg/kg。在一些實施方案中,每個劑量的反義寡核苷酸為至少2mg/kg,例如2,3,4,5,6,7或8mg/kg,如6mg/kg。在一些實施方案中,反義寡核苷酸的劑量方案可以在初始劑量方案之后重復(fù),例如在其中未施用反義寡核苷酸的休息期后。例如休息期可以持續(xù)超過2周,例如約3周或約4周,或約5周或約6周。在一些實施方案中,反義寡核苷酸的劑量方案是一周劑量,重復(fù)三次、四次或五次。然后可以在例如約3至5周,例如約4周的休息期之后重復(fù)該劑量方案。在一些實施方案中,反義寡核苷酸在第一次劑量方案期間的2-10次施用之間以規(guī)定的4至13天的劑量間隔(di)施用。
反義寡核苷酸的施用通常通過腸胃外施用如皮下、肌肉內(nèi)、靜脈內(nèi)或腹膜內(nèi)施用進(jìn)行。
附圖說明
圖1顯示了反義寡核苷酸(aso)的抑制作用。dna被轉(zhuǎn)錄至pre-mrna,在細(xì)胞核中,反義寡核苷酸(aso)可以與外顯子內(nèi)(如來自右側(cè)的第一aso所示和來自左側(cè)的第一aso所示)或者內(nèi)含子內(nèi)(如來自右側(cè)的第二aso所示)或在由外顯子的區(qū)域和相鄰內(nèi)含子的區(qū)域組成的所有位置(如來自左側(cè)的第二aso所示)的互補序列結(jié)合或雜交。通過轉(zhuǎn)錄后修飾,即剪接,形成mrna,aso可以在細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中與其結(jié)合或雜交,以便抑制mrna向蛋白序列的翻譯。因此,aso選擇性地敲低靶基因和蛋白表達(dá)。
圖2顯示了在本發(fā)明的反義寡核苷酸的情況下,其為非lna單元并且可包含在本發(fā)明的反義寡核苷酸中的核苷單元(不具有核苷酸間鍵聯(lián))或核苷酸單元(具有核苷酸間鍵聯(lián)),特別是b區(qū)中的。
圖3顯示tgf-β及其對神經(jīng)干細(xì)胞,癌癥干細(xì)胞和腫瘤的影響。tgfβ抑制神經(jīng)干細(xì)胞增殖。它可能影響轉(zhuǎn)變至可能逃避tgf-β生長控制的癌癥干細(xì)胞。腫瘤進(jìn)展后期,tgf-β作為癌基因;它通過促進(jìn)血管發(fā)生和抑制免疫系統(tǒng)進(jìn)一步促進(jìn)腫瘤生長。此外,它促進(jìn)細(xì)胞遷移,從而驅(qū)動細(xì)胞轉(zhuǎn)移。
圖4顯示了seqidno218b的反義寡核苷酸,其形式為由在5'末端具有3個lna單元(c*b1和ab1和tb1)和在3'末端具有4個lna單元(ab1和gb1和tb1和ab1)和在lna區(qū)段之間具有9個dna核苷酸(dg,da,da,dt,dg,dg,da,dc和dc)的16個核苷酸組成的gapmer,其中存在硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)并且在從5'末端的第一個lna單元中存在核堿基5-甲基胞嘧啶(c*)。splseq序列,5'-3'idno421c*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdcsdcsab1s716218bgb1stb1sab1
圖5:aso(seq.idno.218b)處理導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)psmad2蛋白的減少。分別在用asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后72小時或96小時用針對psmad2的抗體(左欄,紅色)對a549(圖5a)和rencell
圖6:aso(seq.idno.218c)處理導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)psmad2蛋白的減少。分別在用asoseq.idno.218c無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后72小時或96小時用針對psmad2的抗體(左欄,紅色)對a549(圖5a)和rencell
圖7:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218b)處理導(dǎo)致tgf-riimrna的下調(diào)。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549(圖7a)和rencell
圖8:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218c)處理導(dǎo)致tgf-riimrna的下調(diào)。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549(圖8a)和rencell
圖9顯示了seqidno209y的反義寡核苷酸,其形式為由在5'末端具有2個lna單元(gb1和tb1)和在3'末端具有3個lna單元(ab1和gb1和c*b1)和在lna區(qū)段之間具有11個dna核苷酸(da,dg,dt,dg,dt,dt,dt,da,dg,dg,和dg)的16個核苷酸組成的gapmer,其中存在硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)并且在從5'末端的最后一個lna單元中存在核堿基5-甲基胞嘧啶(c*)。
seqidsplno序列,5'-3'206209gb1stb1sdasdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsab416y1sgb1sc*b1
圖10顯示了seqidno210q的反義寡核苷酸,其形式為由在5'末端具有4個lna單元(gb1和c*b1和tb1和ab1)和在3'末端具有3個lna單元(gb1和tb1和tb1)和在lna區(qū)段之間具有9個dna核苷酸(dt,dt,dt,dg,dg,dt,da,dg,和dt)的16個核苷酸組成的gapmer,其中存在硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)并且在從5'末端的第二個lna單元中存在核堿基5-甲基胞嘧啶(c*)。
seqidsplno序列,5'-3'207gb1sc*b1stb1sab1sdtsdtsdtsdgsdgsdtsdasdgsdts216210qgb1stb1stb1
圖11:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218b)處理導(dǎo)致ctgfmrna的下調(diào)。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549(圖11a)和rencell
圖12:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218b)處理導(dǎo)致ctgf細(xì)胞蛋白的減少。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549(圖12a)和rencell
圖13:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218b)處理導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)psmad2蛋白的減少。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549(圖13a)和rencell
圖14:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218c)處理導(dǎo)致ctgfmrna的下調(diào)。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549(圖14a)和rencell
圖15:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218c)處理導(dǎo)致ctgf細(xì)胞蛋白的減少。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549細(xì)胞中無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后ctgf蛋白表達(dá)減少。在tgf-β1存在下分別將aso孵育72小時。用ctgf抗體(左欄,紅色)標(biāo)記細(xì)胞。核dna用dapi(中心欄,藍(lán)色)染色。通過熒光顯微鏡(zeiss
圖16:在tgf-β1存在下,aso(seq.idno.218c)處理導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)psmad2蛋白的減少。tgf-rii特異性aso在tgf-β1預(yù)孵育(48h)的a549(圖16a)和rencell
圖17:aso(seq.idno.218b)預(yù)處理和隨后的tgf-β1共暴露導(dǎo)致tgf-rii膜蛋白的減少。在無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移tgf-rii特異性aso隨后共暴露tgf-β1(48h)a549(圖17a)和rencell
圖18:aso(seq.idno.218b)預(yù)處理和隨后的tgf-β1共暴露導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)psmad3蛋白的減少。在無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移tgf-rii特異性aso隨后共暴露tgf-β1(48h)a549(圖17a)和rencell
圖19:aso(seq.idno.218b)增強(qiáng)人神經(jīng)前體rencell
圖20:aso(seq.idno.218b)增強(qiáng)人神經(jīng)前體rencell
圖21:無論增殖條件如何,aso(seq.idno.218b)增強(qiáng)人神經(jīng)前體
圖22:aso介導(dǎo)的(seq.idno.218b)從tgf-β誘導(dǎo)的神經(jīng)干細(xì)胞增殖抑制的拯救。在有或沒有7天的tgf-β1暴露下和隨后的8天aso處理后,觀察到人神經(jīng)前體rencell
圖23:aso減少人肺癌細(xì)胞(a549)的增殖。在無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移(72小時)本發(fā)明的aso后,a549細(xì)胞中增殖標(biāo)志物ki67蛋白表達(dá)減少。觀察到減少的ki67蛋白表達(dá)(左欄,綠色)。核dna用dapi(中心欄,藍(lán)色)染色。通過熒光顯微鏡(zeiss
圖24:aso減少幾種人類腫瘤細(xì)胞系的增殖。將hpafii,k562,mcf-7,panc-1和htz-19細(xì)胞暴露于本發(fā)明的aso4×72小時,并通過光學(xué)顯微鏡(nikon,ts-
圖25:aso處理介導(dǎo)神經(jīng)抗纖維化作用并改善細(xì)胞應(yīng)激。在tgf-β1預(yù)孵育(48小時)和隨后無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移本發(fā)明的aso并與tgf-β1處理共暴露96小時后觀察rencell
圖26:aso處理介導(dǎo)腫瘤抗纖維化作用并改善細(xì)胞應(yīng)激。用tgf-β1或本發(fā)明的aso無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移(72小時)處理后觀察a549細(xì)胞。用fn抗體(圖30a,左欄,綠色),鬼筆環(huán)肽抗體(肌動蛋白-細(xì)胞骨架,圖30b,左柱,紅色)標(biāo)記細(xì)胞。核dna用dapi(中心欄,藍(lán)色)染色。通過熒光顯微鏡(zeiss
圖27:aso處理介導(dǎo)腫瘤抗纖維化作用。在tgf-β1預(yù)孵育(48小時)和隨后無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移本發(fā)明的aso并與tgf-β1處理共暴露72小時后觀察a549人肺癌細(xì)胞。用ctgf抗體(圖31a,左欄,紅色)和fn抗體標(biāo)記細(xì)胞(圖31b,左欄,綠色)。核dna用dapi(中心欄,藍(lán)色)染色。通過熒光顯微鏡(zeiss
圖28:aso治療介導(dǎo)腫瘤的抗纖維化作用。在tgf-β1預(yù)孵育(48小時)后觀察a549人肺癌細(xì)胞,然后體外轉(zhuǎn)移本發(fā)明的aso并與tgf-β1共同暴露處理72小時。用ctgf抗體(圖32a,左欄,紅色)和fn標(biāo)記細(xì)胞(圖32b,左欄,綠色)。核dna用dapi(中心欄,藍(lán)色)染色。通過熒光顯微鏡(zeiss
圖29顯示seqidno209x的反義寡核苷酸,其形式為由在5'末端具有2個lna單元(gb1和tb1)和在3'末端具有3個lna單元(ab1和gb1和c*b1)和在lna區(qū)段之間具有11個dna核苷酸(da,dg,dt,dg,dt,dt,dt,da,dg,dg,和dg)的16個核苷酸組成的gapmer,其中存在硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)并且在從5'末端的最后一個lna單元中存在核堿基5-甲基胞嘧啶(c*),以及在5'末端和3'末端具有-o-p(o)(s-)oc3h6oh作為末端基團(tuán)。
seqidsplno序列5'-3'206416209x/5spc3s/gb1stb1sdasdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsab1sgb1sc*b1/3spc3s/
圖30顯示了seqidno152h的反義寡核苷酸,其形式為由在5'末端具有4個lna單元(c*b1和gb1和ab1和tb1)和在3'末端具有3個lna單元(ab1和c*b1和ab1)和在lna區(qū)段之間具有8個dna核苷酸(da,dc,dg,dc,dg,dt,dc,和dc)的15個核苷酸組成的gapmer,其中存在硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)并且在從5'末端的第一個和倒數(shù)第二個lna單元中存在核堿基5-甲基胞嘧啶(c*)。
seqid
splno序列5'-3'42915152hc*b1sgb1sab1stb1sdasdcsdgsdcsdgsdtsdcsdcsab1sc*b1sab1
圖31顯示seqidno143h的反義寡核苷酸,其形式為由在5'末端具有2個lna單元(c*b1和tb1s)和在3'末端具有3個lna單元(c*b1和c*b1和gb1)和在lna區(qū)段之間具有9個dna核苷酸(dc,dg,dt,dc,da,dt,da,dg,和da)的14個核苷酸組成的gapmer,其中存在硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)并且在從5'末端的第一個、倒數(shù)第三個和第二個lna單元中存在核堿基5-甲基胞嘧啶(c*)。
splseqid序列5'-3'no35514143hc*b1stb1sdcsdgsdtsdcsdasdtsdasdgsdasc*b1sc*b1sgb1
圖32顯示了seqidno213k的反義寡核苷酸,其形式為由在5'末端具有3個lna單元(c*b1和ab1和gb1)和在3'末端具有3個lna單元(gb1和tb1和gb1)和在lna區(qū)段之間具有11個dna核苷酸(dg,dc,da,dt,dt,da,da,dt,da,da,和da)的17個核苷酸組成的gapmer,其中存在硫代磷酸酯核苷酸間鍵聯(lián)并且在從5'末端的第一個lna單元中存在核堿基5-甲基胞嘧啶(c*)。
seqidsplno序列5'-3'235517213kc*b1sab1sgb1sdgsdcsdasdtsdtsdasdasdtsdasdasdasgb1stb1sgb1
實施例
材料與方法
根據(jù)發(fā)明人/申請人的需要,本文使用的大多數(shù)反義寡核苷酸以及對照或參考寡核苷酸由exiqon合成為定制的寡核苷酸。使用具有以下序列的寡核苷酸作為參考:
ref.0=dcsdasdgsdcsdcsdcsdcsdcsdgsdasdcsdcsdcsdasdtsdg(seq.idno.147c);
ref.1=ab1sab1sc*b1sdasdcsdgsdtsdcsdtsdasdtsdasc*b1sgb1sc*b1(seq.idno.76);
ref.2=c*b1sab1sgb1sdcsdcsdcsdcsdcsdgsdasdcsdcsdcsab1stb1sgb1(seq.idno.147m);
ref.3=ttgaatatctcatgaatgga;具有2'-moe-翼(5’和3’的5個單元)和硫代磷酸酯鍵聯(lián)(seq.idno.80);
ref.4=;cagaagagctatttggtagt,具有2'-moe-翼(5’和3’的5個單元)和硫代磷酸酯鍵聯(lián)(seq.idno.82);
ref.5=tggtagtgtttagggagccg(seq.idno.85),
ref.6=gtgcaggggaaagatgaaaa(seq.idno.344),
ref.7=gagctcttgaggtccctgtg(seq.idno.345),
ref.8=agcctctttcctcatgcaaa(seq.idno.346),
ref.9=ccttctctgcttggttctgg(seq.idno.347),和
ref.10=gccatggagtagacatcggt(seq.idno.348)
標(biāo)準(zhǔn)程序方案
細(xì)胞培養(yǎng):
表10:以下人類細(xì)胞系用于反義寡核苷酸實驗值:
材料:
fcs(atcc#30-2020)
丙酮酸鈉(sigma#s8636)
碳酸氫鈉(sigma#s8761-100ml)
轉(zhuǎn)鐵蛋白(sigma#t8158-100mg)
亞硒酸鈉(sigma#s5261-10g)
青霉素/鏈霉素(p/s)(sigma-aldrich#p4458)
非必需氨基酸(as)100x(sigma#m7145)
抗生素/抗真菌藥(sigma#a5955)
mem維生素溶液(sigma#m6895)
pbs(sigma#d8537)
基本人fgf(millipore#gf003)
人egf(millipore#gf144)
n-2補充物(lifetechnologies#17502048)
rencell神經(jīng)干細(xì)胞維持培養(yǎng)基(millipore#scm005)
培養(yǎng)和分配細(xì)胞:
除去培養(yǎng)基后,用pbs洗滌細(xì)胞,并用細(xì)胞消化液(sigma-aldrich#p4458)孵育(5分鐘,rt)。孵育后,用錐尖敲打細(xì)胞,并加入完全培養(yǎng)基(3ml,公司:參見表10中的各自的細(xì)胞系)。然后將細(xì)胞轉(zhuǎn)移到5ml的eppendorf杯中并離心(5分鐘,1000rpm,rt)。將來自1個t75瓶(sarstedt#833.910.302)的沉淀重新懸浮于2.5ml新鮮培養(yǎng)基中。通過用吖啶橙/碘化丙啶測定活性試劑盒(biozym#872045)染色,用luna-fltm自動細(xì)胞計數(shù)器(biozym#872040)測定細(xì)胞懸液的細(xì)胞數(shù)。培養(yǎng)皿的層粘連蛋白涂布(millipore#cc095)對于rencell
rna分析
根據(jù)制造商的說明書,使用
所有引物對均是即用標(biāo)準(zhǔn)化的,并根據(jù)制造商的說明書(bioradprimepcrquickguide)與相應(yīng)的即用型mastermix溶液(ssoadvancedtmuniversial
表11:用于mrna分析的引物對
作為模板,使用1μl的各自cdna。未逆轉(zhuǎn)錄的rna用作實時rt-pcr的陰性對照。對于相對定量,使用管家基因鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白亞基β-2樣1(gnb2l1)。使用以下方案進(jìn)行實時rt-pcr:
表12:實時rt-pcr的方案。
之后,將bioradcfxmanager3.1用于相對于gnb2l1mrna的各自mrna水平的定量,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。
western印跡:
對于蛋白分析,分別使用m-
用于印跡方法的pvdf膜在甲醇(merck#1.06009.2511)中活化并在1x轉(zhuǎn)移緩沖液中平衡。在印跡(25v,1a,30分鐘)后,用含有0.5ml吐溫-20(roth#9127.1)的1xtbs(roth#10.60.1)洗滌膜(3x,10分鐘,rt)。然后在rt用以tbs-t稀釋的5%bsa(albumin-igg-free,roth#3737.3)封閉膜1小時,將一抗(tbs-t中的0.5%bsa稀釋的,表13)加入并在4℃下孵育2天。相應(yīng)地就物種特異性選擇用于體內(nèi)實驗的抗體。
表13:用于western印跡分析的抗體。
在下一步中,在tbs-t中洗滌膜(3×10分鐘,rt)并用二抗孵育(1小時,rt,表13)。孵育后,用tbs-t洗滌印跡,使用luminatatmfortewesternhrp底物(millipore#wbluf0500)顯現(xiàn)印跡,并用發(fā)光圖像分析儀(imagequanttmlas4000,gehealthcare)檢測條帶。然后將印跡在tbs-t中洗滌(3×10分鐘,rt),并用在tbs-t中稀釋的5%bsa封閉(1小時,室溫)。對于管家基因比較,將膜用hrp綴合的抗α-微管蛋白孵育(0.5%bsa中的1:2000,4℃,過夜)。第二天使用luminatatmfortewesternhrp底物(millipore#wbluf0500)顯現(xiàn)印跡,并用發(fā)光圖像分析儀檢測條帶。最后,用tbs-t(3x,5分鐘)洗滌印跡,并使用1x
免疫細(xì)胞化學(xué)
如前所述處理和收獲細(xì)胞。在于8孔上用
然后,用二抗孵育(1小時,室溫)后,用pbs洗滌細(xì)胞培養(yǎng)載玻片三次。所有抗體稀釋液均用抗體稀釋劑(zytomed#zuc025-100)制備。
表14:用于免疫細(xì)胞化學(xué)的抗體
用二抗孵育后,用pbs洗滌細(xì)胞三次,從細(xì)胞培養(yǎng)皿中分離蓋玻片,并用dapi(biozol#vec-h-1500)用
體內(nèi)實驗
外周血單核細(xì)胞(pbmc)測定
從對應(yīng)于500ml全血輸血單位的血沉棕黃層中分離pbmc。每個單位是從健康志愿者獲得的,并且使用葡萄糖-檸檬酸鹽作為抗凝集劑。血沉棕黃色血液由bloodbanksuhloftheinstitutefortransfusionmedicine,germany制備和交付。監(jiān)測每個獻(xiàn)血的hiv抗體,hcv抗體,hbs抗原,tpha,hivrna和spgt(alat)。僅將就感染原檢測為陰性并具有正常的spgt值的血液樣品用于通過低速離心分離白細(xì)胞和紅細(xì)胞。通過使用ficoll-
bdna測定
根據(jù)制造商的說明書(
免疫熒光
將石蠟包埋的脊髓和腦組織切成5μm切片(每個對象板3-4個載玻片)。將石蠟切片通過在微波爐中在檸檬酸鹽緩沖液(10mm,40分鐘)中加熱來脫蠟和去掩膜。然后,將脫蠟切片與0.3%h2o2一起孵育(30分鐘,rt),用pbs洗滌(10分鐘,rt)并用封閉溶液(zytomed#zuc007-100)封閉30分鐘。用封閉溶液(zytomed)在室溫封閉1小時后,將載玻片與150μl的各自一抗孵育,并在4℃下孵育過夜。用pbs洗滌(3次,5分鐘rt)后,將切片與二抗在室溫下孵育1小時。用抗體稀釋劑(zytomed#zuc025-100)制備所有抗體稀釋液。然后用pbs再次洗滌切片(3次,5分鐘,rt),并使用帶有dapi的
電化學(xué)發(fā)光
對于免疫學(xué)和血液學(xué)改變,使用電化學(xué)發(fā)光技術(shù)(
brdu測定
通過腹膜內(nèi)注射50mg/kg體重的胸腺嘧啶類似物brdu(sigma,steinheim,germany)進(jìn)行分離細(xì)胞的標(biāo)記,使用溶解在0.9%(w/v)nacl溶液中的10mg/mlbrdu的無菌溶液。在最后一個實驗周內(nèi)每天進(jìn)行brdu注射。
手術(shù)
對于慢性中樞輸注,動物接受用于連接到
結(jié)果參數(shù)和功能分析
癥狀性疾病的發(fā)作、第一次麻痹和存活的發(fā)作被用作體內(nèi)終點。癥狀性疾病的發(fā)作被定義為在尾巴懸浮反應(yīng)方面缺乏腿部伸展。首先檢測到步態(tài)障礙(例如,跛行或蹣跚)的時間點被歸類為第一次麻痹的發(fā)作。從40天年齡每天開始測定這些參數(shù)。
為了監(jiān)測疾病進(jìn)展,進(jìn)行了跑步輪測試(lmtb,berlin,germany)。動物分開籠養(yǎng),從33天年齡開始進(jìn)入跑步輪。運動活動與跑步輪中每只動物產(chǎn)生的每分鐘轉(zhuǎn)數(shù)直接相關(guān)。車輪的每一回合都會觸發(fā)兩個電磁信號,直接送入計算機(jī),其最多連接到120個輪子。跑步輪數(shù)據(jù)用“mausvital”軟件(laser-undmedizin-technologie,berlin,germany)進(jìn)行記錄和分析。評估時間從下午6:00至上午6:00持續(xù)12小時。
空間學(xué)習(xí)測試(morris-water-maze)
行為測試在8:00至13:00之間進(jìn)行。
大鼠在一個黑色的圓形泳池(直徑1.4米,高50厘米,充滿20攝氏度的溫水,高度為30厘米)中訓(xùn)練,以找到可見的白色靶標(biāo)(直徑10厘米,高于水面上方大約1厘米),其在整個研究中位于同一虛象象限的中心(近端提示)。在3個連續(xù)時期中訓(xùn)練每只動物經(jīng)過平臺,每時期12次試驗,每天1個時期,試驗間隔10-20秒。
微生物分析
反義寡核苷酸樣品根據(jù)關(guān)于總有機(jī)微生物計數(shù)(tamc)和總合并酵母和霉菌技術(shù)(tymc)的ph.eur.2.6.12,usp30<61>進(jìn)行微生物分析。
陰離子交換高效液相色譜(aex-hplc)
通過使用
實施例1:本發(fā)明的反義寡核苷酸對mrna水平的抑制活性的測定
1.1反義寡核苷酸的轉(zhuǎn)染
在人上皮性肺癌細(xì)胞(a549)中測試了幾種針對tgf-rii的反義寡核苷酸的抑制活性。通過分支dna測定來定量從用tgf-rii特異性寡核苷酸孵育的細(xì)胞分離的總mrna中的tgf-riimrna。
方法說明:
獲得細(xì)胞并如上所述進(jìn)行培養(yǎng)。在96孔板上接種10,000個a549細(xì)胞/孔后,直接進(jìn)行反義寡核苷酸的轉(zhuǎn)染,并按照制造商的描述用
結(jié)果
結(jié)果顯示轉(zhuǎn)染a549細(xì)胞后,幾種aso對tgf-rii的有效下調(diào)。參考寡核苷酸ref.6–ref.10轉(zhuǎn)染后的下調(diào)效率不高,導(dǎo)致>60%的下調(diào)。
表15:tgf-riimrna的下調(diào)。在人上皮性肺癌細(xì)胞(a549)中用tgf-rii特異性反義寡核苷酸(aso)轉(zhuǎn)染。使用
結(jié)論
tgf-riimrna被本發(fā)明的aso有效地靶向。命名的aso在轉(zhuǎn)染a549細(xì)胞后實現(xiàn)了有效的靶mrna下調(diào)。
1.2反義寡核苷酸的無轉(zhuǎn)染試劑攝取(gymnoticuptake)
1.2.1a通過a549和panc-1細(xì)胞中的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移,本發(fā)明的aso和先前技術(shù)序列之間的靶敲低的比較
通過直接攝取而無轉(zhuǎn)染試劑(“無轉(zhuǎn)染試劑攝取”),在人上皮肺腫瘤細(xì)胞(a549)中測試了幾種針對tgf-rii的反義寡核苷酸的下調(diào)活性。通過分支dna測定來定量從用tgf-rii特異性寡核苷酸孵育的細(xì)胞分離的總mrna中的tgf-riimrna。
方法說明:
獲得細(xì)胞并如上所述進(jìn)行培養(yǎng)。通過用相應(yīng)的反義寡核苷酸制備96孔板并隨后接種10,000個細(xì)胞(panc-1)或8,000個細(xì)胞(a549)/孔,進(jìn)行反義寡核苷酸的吸收轉(zhuǎn)移。實驗一式四份進(jìn)行,寡核苷酸的終濃度為5μm(panc-1)和7.5μm(a549)。將細(xì)胞在37℃和5%co2的濕度培養(yǎng)箱(heraeusgmbh,hanau,germany)中孵育72小時。對于tgf-riimrna的測量,收獲細(xì)胞,并按照
所選結(jié)果如表16a所示。seq.idno.209ay,seq.idno.209ax和seq.idno.209y的進(jìn)一步修飾物,即說明書表6中列出的aso,顯示與這三種反義寡核苷酸的可比值。另外,seq.idno.152h的修飾物,即說明書的表5中列出的aso,顯示與該反義寡核苷酸的可比值。seq.idno.218b的修飾物,即本說明書的表8中列出的aso,顯示與反義寡核苷酸seq.idno.218b的可比值。seq.idno.213k的修飾物,即說明書表9中列出的aso,顯示與反義-寡核苷酸seq.idno.213k相當(dāng)?shù)闹?。seq.idno.210q的修飾物,即本說明書表7中列出的aso,顯示與反義-寡核苷酸seq.idno.210q的可比值。最后,seq.idno.143h的修飾,即說明書表4中列出的aso,顯示與反義-寡核苷酸seq.idno.143h的可比值。與測試的參考序列(a549:下調(diào)<0.5;panc1細(xì)胞:下調(diào)<0.4)相比,表4-9中列出的反義寡核苷酸的轉(zhuǎn)移導(dǎo)致靶tgf-riimrna更有效的下調(diào)。
表16a通過無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的靶mrna下調(diào)的功效。在a549和panc-1細(xì)胞中,選擇的tgf-rii特異性aso的吸收攝取后,剩余的tgf-riimrna。使用
結(jié)論
本發(fā)明aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移導(dǎo)致目標(biāo)tgf-riimrna比測試的參考序列的轉(zhuǎn)移持續(xù)更強(qiáng)的下調(diào)。所要求保護(hù)的反義寡核苷酸優(yōu)于現(xiàn)有技術(shù)中已知的所有測試序列,獨立于選擇的人細(xì)胞系。然而,通常,具有12-20個核苷酸長度的反義寡核苷酸導(dǎo)致比更短或更長的反義寡核苷酸更有效地減少靶tgf-riimrna的下調(diào)。對于長度為14-18個核苷酸的反義寡核苷酸,這種效果更為顯著,這通常表現(xiàn)出最強(qiáng)的作用。
1.2.1b通過分支dna測定分析a549細(xì)胞無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移
來自轉(zhuǎn)染篩選的針對tgf-rii的最有效的反義寡核苷酸進(jìn)一步通過在a549細(xì)胞中的無轉(zhuǎn)染試劑攝取來表征。通過分支dna測定來定量從用tgf-rii特異性寡核苷酸孵育的細(xì)胞分離的總mrna中的tgf-riimrna。
方法說明:
如前所述,在標(biāo)準(zhǔn)條件下培養(yǎng)a549細(xì)胞。對于單劑量和劑量反應(yīng)實驗,將80,000個a549細(xì)胞/孔接種在6孔培養(yǎng)皿中,并用7.5μm濃度的寡核苷酸直接孵育。為了測量tgf-riimrna,收集細(xì)胞,在53℃下裂解,并通過
結(jié)果
表16b中列出的aso在a549細(xì)胞中顯示相對于管家基因gapdh的tgf-rii的靶mrna水平減少。還測試了十種最有效的aso的抑制濃度50(ic50)??偟膩碚fseq.idno.209t,seq.idno.218b,seq.idno.218c和seq.idno.209y導(dǎo)致低濃度水平下最合適的tgf-rii敲低。
表16b:a549細(xì)胞中tgf-rii特異性aso的無轉(zhuǎn)染試劑攝取后tgf-riimrna的下調(diào)。使用
結(jié)論
最有效的本發(fā)明aso的靶下調(diào)在沒有轉(zhuǎn)染試劑的情況下再次是優(yōu)異的。因此,無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移是可行的,是進(jìn)一步藥物開發(fā)的優(yōu)選方法。
1.2.2a549和rencell
在來自皮質(zhì)腦區(qū)域的人神經(jīng)元祖細(xì)胞(rencell
方法說明:
如上所述培養(yǎng)a549和rencell
結(jié)果:
結(jié)果表明,使用seq.idno.218b和218c的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移以劑量和時間依賴的方式導(dǎo)致a549和rencell
表17:在a549和rencell
結(jié)論:
即使在長期施用中也可以通過無轉(zhuǎn)染試劑吸收aso來實現(xiàn)有效和穩(wěn)定的靶mrna的下調(diào)。因此,可以使用rencell
總之,tgf-rii的有效下調(diào)獨立于轉(zhuǎn)移方法和細(xì)胞類型而是合適的。aso的無轉(zhuǎn)染試劑攝取是優(yōu)選的轉(zhuǎn)移方法,因為在臨床應(yīng)用中,不存在另外的轉(zhuǎn)染劑對患者具有高度的安全性。
實施例2:針對tgf-rii的反義寡核苷酸對蛋白水平的抑制活性的測定
進(jìn)行western印跡分析和免疫細(xì)胞化學(xué)以確定人肺癌細(xì)胞(a549)和人神經(jīng)元前體細(xì)胞(rencell
方法說明:
如上所述培養(yǎng)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300,80,000個細(xì)胞/孔)和8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片(sarstedt#94.6140.802,10,000個細(xì)胞/孔)中,并在37℃和5%co2孵育過夜。對于a549和rencell
如標(biāo)準(zhǔn)方案所述進(jìn)行免疫細(xì)胞化學(xué)的程序。為了驗證靶下調(diào),抗tgf-rii被稀釋,并在4℃孵育過夜。cy3山羊抗兔用作二抗。所有抗體稀釋液均用抗體稀釋劑(
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后的結(jié)果:
western印跡分析和免疫細(xì)胞化學(xué)用于驗證tgf-rii蛋白水平的減少。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后72小時,與a549細(xì)胞中未處理的對照相比,使用本發(fā)明的高濃度的不同aso后tgf-rii蛋白顯著減少(表18)。在rencell
表18:tgf-riiwestern印跡后的密度計量分析。分別在72小時或96小時后,可以觀察到在a549細(xì)胞和rencell
結(jié)論:
除了靶mrna下調(diào)外,seq.idno.218b,seq.idno.218c,seq.idno.210q,seq.idno.213k,seq.idno.143h,seq.idno.152h,seq.idno.209az,和seq.idno.209y的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移導(dǎo)致a549和rencell
用其它aso無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后的結(jié)果:
蛋白分析顯示a549細(xì)胞和rencell
表19:tgf-riiwestern印跡后的密度計量分析。在a549和rencell
結(jié)論:
總之,在a549和rencell
實施例3:反義寡核苷酸對tgf-rii的下游信號通路的影響的分析。
在人肺癌細(xì)胞(a549)和人神經(jīng)元前體細(xì)胞(rencell
方法說明:
如前所述培養(yǎng)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(80,000個細(xì)胞/孔)和8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片(sarstedt#94.6140.802)(10,000個細(xì)胞/孔)中,并孵育在37℃和5%co2下過夜。對于無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移,移除a549和rencell
3.1.seq.idno.218b的結(jié)果
3.1.1對ctgfmrna和蛋白水平的影響
在用asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后a549(72h)和rencell
表20:使用seq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后a549和rencell
使用定量實時rt-pcr定量相對于管家基因gnb2l1的mrna表達(dá)水平,并針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。±=sem,參考a*p<0.05,**p<0.01。使用普通單因子anova隨后“dunnett”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表21:ctgfwestern印跡的密度計量分析。用asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后72小時在a549中觀察到ctgf蛋白下調(diào)。使用studiotmlite軟件測定相對于管家基因α-微管蛋白的蛋白水平,并將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。
結(jié)論:
通過seq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移實現(xiàn)tgf-β信號傳導(dǎo)的功能抑制,如a549和rencell
3.1.2對psmad2蛋白水平的影響
分析psmad2蛋白水平以證明作為aso介導(dǎo)的tgf-β信號傳導(dǎo)抑制的具體結(jié)果的ctgf下調(diào)。
在asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后,在a549中72小時和在rencell
表22:psmad2蛋白印跡的密度計量分析。在asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后72小時后在a549中觀察到psmad2蛋白下調(diào)。使用studiotmlite軟件測定相對于管家基因gapdh的蛋白水平,并針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。
結(jié)論:
a549和rencell
3.2seq.idno.218c的結(jié)果
3.2.1對ctgfmrna和psmad2蛋白水平的影響
asoseq.idno.218c的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移下調(diào)a549和rencellcx細(xì)胞中的ctgfmrna(表23)。針對psmad2的免疫細(xì)胞化學(xué)證實了tgf-β信號傳導(dǎo)的抑制(圖6)。因此,ctgfmrna的下調(diào)是減少的tgf-β信號傳導(dǎo)的直接作用。
表23:在a549和rencell
結(jié)論:
asoseq.idno.218c在靶tgf-riimrna下調(diào)后有效抑制tgf-β信號傳導(dǎo)。這通過測定下調(diào)的ctgfmrna和減少的psmad2蛋白水平作為tgf-β信號傳導(dǎo)的標(biāo)志物來檢查。
總之,本發(fā)明的aso有效用于通過tgf-rii的下調(diào)來介導(dǎo)tgf-β信號傳導(dǎo)的功能性抑制。因此,本發(fā)明的aso將有益于涉及升高的tgf-β水平的醫(yī)學(xué)適應(yīng)癥,例如神經(jīng)系統(tǒng)疾病、纖維化和腫瘤進(jìn)展。
實施例4:本發(fā)明的aso對tgf-β1處理的細(xì)胞中靶mrna水平的抑制活性。
4.1在tgf-β1預(yù)處理后,a549和rencell
為了分析反義寡核苷酸(aso)在病理條件下來自皮質(zhì)腦區(qū)域的人神經(jīng)元祖細(xì)胞(rencell
方法說明:
如上所述培養(yǎng)a549和rencell
4.1.1seq.idno.218b的結(jié)果
a549和rencell
表24:在tgf-β1存在下,asoseq.idno.218b導(dǎo)致在a549和rencell
結(jié)論:
在兩種測試的細(xì)胞系中預(yù)孵育后,在存在tgf-β1的情況下,靶mrna有效地下調(diào)至通過無轉(zhuǎn)染試劑吸收本發(fā)明的aso的約20%。
4.1.2seq.idno.218c的結(jié)果
asoseq.idno.218c對tgf-riimrna的下調(diào)在a549和rencell
表25:在tgf-β1存在下,asoseq.idno.218c導(dǎo)致在a549和rencell
結(jié)論:
總之,本發(fā)明的aso在tgf-β1的存在下有效下調(diào)tgf-riimrna,表明aso在病理條件下起作用。
實施例5:本發(fā)明的aso對tgf-β1處理的細(xì)胞中靶蛋白水平的抑制活性。
為了分析反義寡核苷酸(aso)在病理條件下來自皮質(zhì)腦區(qū)域的人神經(jīng)元祖細(xì)胞(rencell
方法說明:
如前所述,在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(80,000個細(xì)胞/孔)和8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片(sarstedt#94.6140.802)(10,000個細(xì)胞/孔)中,并在37℃和5%co2下孵育過夜。為了研究無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移效應(yīng)(a549和rencellcx),在與tgf-β1(promocell#c-63499)預(yù)孵育后,移除培養(yǎng)基并用新鮮的完全培養(yǎng)基(1ml用于6孔培養(yǎng)皿和8-孔細(xì)胞培養(yǎng)皿)。在暴露于tgf-β1(10ng/ml,48h)后,改變培養(yǎng)基,將tgf-β1(10ng/ml)、ref.1(打亂對照,10μm)和本發(fā)明的aso(10μm)組合地和在單次處理中加入細(xì)胞。將a549細(xì)胞孵育另外72小時,而在96小時后收獲rencell
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的結(jié)果
a549細(xì)胞的western印跡和免疫細(xì)胞化學(xué)分析顯示,具有seq.idno.218b,seq.idno.218c,seq.idno.210q,seq.idno.213k,seq.idno.143h,seq.idno.152h,seq.idno.209az,seq.idno.209y的aso在tgf-β1存在下產(chǎn)生有效的靶向下調(diào)(表26)。在固定的rencell
表26:tgf-riiwestern印跡的密度計量分析。觀察到tgf-β1預(yù)孵育隨后a549中不同aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后tgf-rii蛋白的減少。使用studiotmlite軟件測定相對于管家基因gapdh的蛋白水平,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,c=seq.idno.218b,d=seq.idno.218c,f=seq.idno.210q,g=seq.idno.213k,h=seq.idno.143h,i=seq.idno.152h,j=seq.idno.209az,k=seq.idno.209y,e=tgf-β1。
結(jié)論:
tgf-β1預(yù)孵育然后無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b,seq.idno.218c,seq.idno.210q,seq.idno.213k,seq.idno.143h,seq.idno.152h,seq.idno.209az,和seq.idno.209y除了導(dǎo)致靶mrna下調(diào)之外,還導(dǎo)致a549和rencell
用其它aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后的結(jié)果:
western印跡分析顯示,與未處理的細(xì)胞和用打亂對照處理的細(xì)胞相比,無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移72小時后a549細(xì)胞中tgf-rii蛋白的量減少(表27)。tgf-β1的預(yù)孵育和隨后測試的aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移誘導(dǎo)與用tgf-β1預(yù)處理隨后用打亂對照進(jìn)行無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的細(xì)胞相比的減少。在針對tgf-rii染色后對a549和rencell
表27tgf-riiwestern印跡的密度計量分析??梢詸z測tgf-β1預(yù)孵育然后其它tgf-rii特異性反義寡核苷酸(aso)在a549中的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后tgf-rii蛋白的減少。使用studiotmlite軟件測定相對于管家基因gapdh的蛋白水平,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。對于aso1-25的蛋白水平的減少用以下關(guān)鍵字表示:a=比seqidno.143h低小于10%;b=比seqidno.143h低多于10%但小于20%;c=比seqidno.143h低多于20%但小于30%。對于aso26-48的蛋白水平的減少用以下關(guān)鍵字表示:a=比seqidno.152h低小于10%;b=比seqidno.152h低多于10%但小于20%;c=比seqidno.152h低多于20%但小于30%。對于aso49-74的蛋白水平的減少用以下關(guān)鍵字表示:a=比從seq.idno.209az和seq.idno.209y得到的平均值低小于10%;b=比從seq.idno.209az和seq.idno.209y得到的平均值低多于10%但小于20%;c=比從seq.idno.209az和seq.idno.209y得到的平均值低多于20%但小于30%。對于aso75-100的蛋白水平的減少用以下關(guān)鍵字表示:a=比seqidno.210q低小于10%;b=比seqidno.210q低多于10%但小于20%;c=比seqidno.210q低多于20%但小于30%。對于aso101-124的蛋白水平的減少用以下關(guān)鍵字表示:a=比從seq.idno.218b和seq.idno.218c得到的平均值低小于10%;b=比從seq.idno.218b和seq.idno.218c得到的平均值低多于10%但小于20%;c=比從seq.idno.218b和seq.idno.218c得到的平均值低多于20%但小于30%。對于aso125-152的蛋白水平的減少用以下關(guān)鍵字表示:a=比seqidno.213k低小于10%;b=比seqidno.213k低多于10%但小于20%;c=比seqidno.213k低多于20%但小于30%。
結(jié)論:
即使在tgf-β1預(yù)孵育后,本發(fā)明的aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移導(dǎo)致a549和rencell
實施例6:tgf-β1預(yù)孵育后本發(fā)明的aso對tgf-rii的下游信號通路的影響的分析
在人肺癌細(xì)胞(a549)和人神經(jīng)元前體細(xì)胞(rencell
方法說明:
如前所述,在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(50,000個細(xì)胞/孔),6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(80,000個細(xì)胞/孔)和8孔細(xì)胞培養(yǎng)物載玻片(sarstedt#94.6140.802)(10,000個細(xì)胞/孔),并在37℃和5%co2下孵育過夜。為了研究無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移效應(yīng)(a549和rencell
6.1.seq.idno.218b的結(jié)果
6.1.1對ctgfmrna和蛋白水平的影響
用asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后在a549(72小時,0.52±0.05)和rencell
表28:a549和rencell
結(jié)論:
在tgf-β1的存在下和隨后asoseq.idno.218b的處理,在a549和rencell
6.1.2對psmad2蛋白水平的影響
為了驗證ctgf下調(diào)是否是在tgf-β1的存在下由asoseq.idno.218b介導(dǎo)的特異性tgf-β信號傳導(dǎo)抑制的結(jié)果,分析了psmad2蛋白水平。
在tgf-β1預(yù)孵育隨后asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移同時平行的tgf-β1暴露后染色psmad2,導(dǎo)致兩個測試的細(xì)胞系中smad2磷酸化的抑制(圖13)。此外,通過a549和rencell
表29:psmad2western印跡的密度計量分析。用asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后觀察到psmad2蛋白下調(diào)。當(dāng)比較組合處理時,發(fā)現(xiàn)由本發(fā)明的aso引起的tgf-β1介導(dǎo)的作用的逆轉(zhuǎn)。使用studiotmlite軟件測定相對于管家基因gapdh的蛋白水平,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,e=tgf-β1。使用普通單因子anova隨后“dunnett”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論:
asoseq.idno.218b導(dǎo)致在tgf-β1存在下a549和rencell
6.2seq.idno.218c
6.2.1對ctgfmrna和蛋白水平的影響
數(shù)據(jù)顯示與使用打亂對照和tgf-β1(a549:5.89,rencell
表30:a549和rencell
結(jié)論:
數(shù)據(jù)證實asoseq.idno.218c有效防止tgf-β1誘導(dǎo)的對ctgfmrna和蛋白水平的影響。
6.2.2對psmad2蛋白水平的影響
為了驗證ctgf下調(diào)(6.2.1)是否是由asoseq.idno.218c介導(dǎo)的tgf-β1信號傳導(dǎo)抑制的結(jié)果(即使存在tgf-β1預(yù)孵育),分析了psmad2蛋白水平。
smad2的磷酸化由tgf-β1孵育(1.52±0.19)誘導(dǎo),而aso無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移介導(dǎo)a549細(xì)胞中psmad2的減少(0.89±0.05)。tgf-β1預(yù)孵育與隨后的組合處理一起導(dǎo)致抑制tgf-β1對smad2磷酸化的影響(western印跡分析,表31)。免疫細(xì)胞化學(xué)支持western印跡分析觀察到的數(shù)據(jù)(圖16)。
表31:psmad2western印跡的密度計量分析。用asoseq.idno.218c無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后測量psmad2蛋白下調(diào)。當(dāng)比較組合處理時,顯示本發(fā)明的aso抑制tgf-β1介導(dǎo)的作用。使用studiotmlite軟件測定相對于管家基因gapdh的蛋白水平,并針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,d=seq.idno.218c,e=tgf-β1。使用普通單因子anova隨后“dunnett”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論:
asoseq.idno.218c在tgf-β1預(yù)孵育隨后aso無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后有效抑制tgf-β信號傳導(dǎo)。這通過檢測下游psmad2蛋白水平顯示。
總之,本發(fā)明的aso特別地能夠通過有效地下調(diào)tgf-riimrna,在病理學(xué)的高tgf-β1水平的存在下介導(dǎo)tgf-β信號傳導(dǎo)的功能性抑制。因此,本發(fā)明的aso將有益于涉及升高的tgf-β水平的醫(yī)學(xué)適應(yīng)癥,例如神經(jīng)系統(tǒng)疾病,纖維化,腫瘤進(jìn)展等。
實施例7:反義寡核苷酸對mrna水平(tgf-β1后處理)的預(yù)防活性的測定
為了分析來自皮質(zhì)腦區(qū)域的人類神經(jīng)元祖細(xì)胞(rencell
方法說明:
如上所述培養(yǎng)a549和rencell
7.1seq.idno.218b的結(jié)果
a549和rencell
表32:a549和rencell
結(jié)論:
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b和隨后的tgf-β1孵育后在靶tgf-riimrna下調(diào)中有效,表明asoseq.idno.218b可用于醫(yī)療適應(yīng)癥的預(yù)防性治療。
實施例8:測定tgf-β1處理后本發(fā)明的aso對蛋白水平的抑制活性
為了分析來自皮質(zhì)腦區(qū)域的人神經(jīng)元祖細(xì)胞(rencell
方法說明:
如前所述,在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。將處理細(xì)胞接種在8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片(sarstedt#94.6140.802)(10,000個細(xì)胞/孔)中,并在37℃和5%co2下孵育過夜。然后將ref.1(打亂對照,10μm)或aso序列識別號218b(seq.idno.218b,10μm)加入到培養(yǎng)基中72小時(a549)或96小時(rencell
8.1在tgf-β1處理后使用seq.idno.218b進(jìn)行無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后tgf-rii蛋白減少的結(jié)果。
針對a549和rencell
結(jié)論:
在tgf-β1處理后asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移導(dǎo)致a549和rencell
總之,asoseq.idno.218b與tgf-β1的后處理組合介導(dǎo)下調(diào)tgf-rii蛋白的功效,表明本發(fā)明的aso對于預(yù)防性應(yīng)用是有效的。
實施例9:在tgf-β1處理后,aso處理對tgf-rii的下游信號通路的作用。
對人肺癌細(xì)胞(a549)和人類神經(jīng)元前體細(xì)胞(rencell
方法說明:
如前所述,在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(50,000個細(xì)胞/孔)和8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片(sarstedt#94.6140.802)(10,000個細(xì)胞/孔)中并孵育過夜在37℃和5%co2。之后,將ref.1(打亂對照,10μm)或asoseq.idno.218b(10μm)加入培養(yǎng)基中72小時(a549)或96小時(rencell
9.1.seq.idno.218b的結(jié)果
9.1.1對ctgfmrna和psmad3蛋白水平的影響
用asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后a549(5天:0.67±0.02)和rencellcx(6天:0.70±0.02)細(xì)胞中ctgfmrna減少。通過在72h或96h后分別添加tgf-β1,細(xì)胞與ctgfmrna的增加反應(yīng),但與tgf-β1處理后打亂對照的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移相比,ctgfmrna的誘導(dǎo)被強(qiáng)烈減少(表33)。為了驗證ctgfmrna下調(diào)是否是由asoseq.idno.218b介導(dǎo)的tgf-β信號傳導(dǎo)抑制的結(jié)果,同樣在隨后的tgf-β1處理后,檢查psmad3蛋白水平。圖18表明,a549(圖18a)和rencellcx細(xì)胞(圖18b)中的tgf-β信號傳導(dǎo)事實上被asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移阻斷。tgf-β1處理后測試的aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后也出現(xiàn)這種作用。
表33:a549和rencell
結(jié)論:
獨立于tgf-β1處理,asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移導(dǎo)致a549和rencell
這表明asoseq.idno.218b足以在預(yù)防條件下也能起作用以恢復(fù)或減少正在進(jìn)行的tgf-β1介導(dǎo)的作用。
實施例10:反義寡核苷酸的潛在促炎和毒理作用的分析
10.1外周血單核細(xì)胞(pbmc)檢測
為了分析反義寡核苷酸(aso)的免疫刺激性質(zhì),將外周血單核細(xì)胞(pbmc)與對照aso和測試化合物一起孵育,隨后進(jìn)行用于ifnα和tgfα的elisa。
方法說明:
從對應(yīng)于500ml全血輸血單位的血沉棕黃層中分離pbmc。每個單位是從健康志愿者獲得的,并且使用葡萄糖-檸檬酸鹽作為抗凝集劑。血沉棕黃色血液由bloodbanksuhloftheinstitutefortransfusionmedicine,germany制備和交付。監(jiān)測每個獻(xiàn)血的hiv抗體,hcv抗體,hbs抗原,tpha,hivrna和spgt(alat)。僅將就感染原檢測為陰性并具有正常的spgt值的血液樣品用于通過低速離心分離白細(xì)胞和紅細(xì)胞。通過使用ficoll-
結(jié)果:
aso處理對pbmc無免疫刺激作用,由在aso孵育后無可檢測的ifnα(表34)和tnfα(表35)分泌指示。通過免疫刺激性的膽固醇綴合的sirna(xd-01024;ifnα)和聚肌苷酸:聚胞苷酸(polyi:c;tnfα;invivogen#tlrl-pic)(其是雙鏈rna的合成類似物,與tlr3結(jié)合并刺激免疫系統(tǒng))的免疫刺激效應(yīng)證實測定功能性。
表34針對本發(fā)明的aso暴露的ifnα應(yīng)答:顯示在aso孵育時pbmc的ifnα應(yīng)答。使用elisa測定法測定針對陽性對照(odn2216[a類cpg寡核苷酸;被tlr9識別并導(dǎo)致強(qiáng)免疫刺激作用;invivogentlrl-2216],polyi:c,xd-01024)的表達(dá)水平的定量。
表35針對本發(fā)明的aso暴露的tnfα應(yīng)答:使用elisa測定法針對對照候選物(odn2216,polyi:c,xd-01024)的表達(dá)水平的定量。
10.2.本發(fā)明的反義寡核苷酸的體內(nèi)毒理學(xué)
為了分析反義寡核苷酸(aso)的毒理學(xué)特性,c57/bl6n小鼠接受三次靜脈aso注射,處死后,檢查血清、肝臟和腎臟內(nèi)的轉(zhuǎn)氨酶水平。
方法說明:
用測試化合物(seq.idno.218b,seq.idno.218c)處理6周齡的雌性c57/bl6n小鼠7天。在治療期的第一天,第二天和第三天靜脈內(nèi)注射aso(200μl,15mg/kg/bw)。每隔一天監(jiān)測體重發(fā)育(seq.idno.218c),第四天從腔靜脈收集血清。在第八天,處死動物(co2)并收集來自腔靜脈的血清、肝臟(~50mg的塊)、腎臟和肺,用于mrna和轉(zhuǎn)氨酶定量。通過bdna測定(
表36:在重復(fù)的aso靜脈內(nèi)注射后c57/bl6n小鼠的丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶和天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶的血清表達(dá)水平。通過與鹽水處理的動物的表達(dá)水平進(jìn)行比較來實現(xiàn)表達(dá)水平的定量?!溃絪em。
表37:在重復(fù)的aso靜脈內(nèi)注射后c57/bl6n小鼠肝臟、腎臟和肺組織中tgf-rii的表達(dá)水平。通過與鹽水處理的動物的表達(dá)水平進(jìn)行比較來實現(xiàn)表達(dá)水平的定量?!溃絪em。
表38:在重復(fù)的aso靜脈內(nèi)注射后c57/bl6n小鼠的丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶和天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶的血清表達(dá)水平。通過與鹽水處理的動物的表達(dá)水平進(jìn)行比較來實現(xiàn)表達(dá)水平的定量?!溃絪em。
表39:在重復(fù)的aso靜脈內(nèi)注射后c57/bl6n小鼠肝和腎組織中tgf-rii的表達(dá)水平。通過與鹽水處理的動物的表達(dá)水平進(jìn)行比較來實現(xiàn)表達(dá)水平的定量?!溃絪em。
表40:7天aso治療范例期間的體重發(fā)展。體重增加量相對于第0天的體重(其設(shè)定為100%)進(jìn)行定量。
結(jié)論:相關(guān)的本發(fā)明的aso對pbmc或c57/bl6n小鼠沒有炎性或毒性作用。因此,靶向tgf-rii的aso治療反映了治療各種tgf-β相關(guān)疾病的安全方法。
實施例11:測定本發(fā)明的aso對tgf-β誘導(dǎo)的神經(jīng)干細(xì)胞抑制和體內(nèi)神經(jīng)祖細(xì)胞增殖的腦室內(nèi)輸注
本研究的目的是評估本發(fā)明aso對tgf-rii的潛力,i)預(yù)防和ii)治療tgf-β1誘導(dǎo)的對神經(jīng)干細(xì)胞和體內(nèi)祖細(xì)胞增殖的影響。
方法說明:
11.1預(yù)防tgf-β1相關(guān)的神經(jīng)發(fā)生的下調(diào)
將兩個月大的雌性fischer-344大鼠(n=32)通過連接到不銹鋼插管的滲透微型泵(型號2002,alzet)接受腦室內(nèi)輸注。使用肌內(nèi)注射在深度麻醉下進(jìn)行微型泵的手術(shù)植入。用根據(jù)本發(fā)明的本發(fā)明的aso(存在于泵中的1.64mm濃度)、打亂的aso(存在于泵中的1.64mm濃度)或acsf(人造腦脊髓液)輸注動物7天。在第8天,更換泵,并用i)acsf,ii)tgf-β1(存在于泵中的500ng/ml),iii)tgf-β1(存在于泵中的500ng/ml))加打亂的aso(存在于泵中的1,64mm濃度),或iv)tgf-β1(存在于泵中的500ng/ml)加本發(fā)明的aso(存在于泵中的1.64mm濃度)輸注動物14天。在輸液期結(jié)束時,所有動物用4%多聚甲醛經(jīng)心臟灌注。對腦進(jìn)行套管道定位分析,并從分析中排除具有不正確插管位置的動物。在泵期的最后24小時期間,動物接受腹膜內(nèi)注射200mg/kg溴-脫氧尿苷(brdu)。
處理組織用于在40μm的弓形切片中的brdu陽性細(xì)胞的顯色免疫檢測。brdu陽性細(xì)胞在每個位于室下區(qū)的最低、中部和上部的切片的三個50μm×50μm的計數(shù)框內(nèi)進(jìn)行計數(shù)。不計算與計數(shù)框的最上面的焦平面(排除平面)或橫向排除邊界相交的正剖面。對于海馬分析,確定海馬體積,并計數(shù)邊界內(nèi)和鄰近邊界的所有陽性細(xì)胞。將陽性曲線的總計數(shù)乘以參考體積與采樣體積的比率,以獲得每個結(jié)構(gòu)的brdu陽性細(xì)胞的估計數(shù)量。所有外推均針對一個腦半球計算,并且應(yīng)加倍以代表總的腦數(shù)值。數(shù)據(jù)以平均值±標(biāo)準(zhǔn)偏差(sd)表示。使用tgf-β1處理組和對照組之間的不成對的雙側(cè)t檢驗比較-學(xué)生氏t檢驗進(jìn)行統(tǒng)計學(xué)分析(graphpadprism4軟件,usa)。假設(shè)顯著性水平為p<0.05。
11.2tgf-β1相關(guān)的神經(jīng)發(fā)生下調(diào)的治療
動物接受acsf或重組人tgf-β1(泵中存在的500ng/ml),流速為0.5μl/小時,持續(xù)14天。14天后,更換泵,并將動物輸注i)acsf,ii)重組人tgf-β1(泵中存在的500ng/ml)或共輸注iii)本發(fā)明的aso(存在于泵中的1.64mm濃度)加重組人tgf-β1(泵中存在的500ng/ml)或iv)打亂的aso(存在于泵中的1.64mm濃度)加重組人tgf-β1(泵中存在的500ng/ml)。在輸液期結(jié)束時,所有動物用4%多聚甲醛經(jīng)心臟灌注。對腦進(jìn)行套管道定位分析,并從分析中排除具有不正確插管位置的動物。在泵期的最后24小時期間,動物接受腹膜內(nèi)注射200mg/kg溴-脫氧尿苷(brdu)。
組織學(xué)分析如上所述進(jìn)行(11.1)。
結(jié)果:
用seq.idno.143aj,seq.idno.143h和seq.idno.210q的aso的處理特異性地和部分地減少了tgf-β1對海馬區(qū)和心室壁中的細(xì)胞增殖的影響。用本發(fā)明的aso進(jìn)行的處理特異性地和部分地拯救tgf-β1對神經(jīng)發(fā)生的抑制作用。
結(jié)論:在該體內(nèi)實驗中,顯示與嚙齒動物的交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的aso誘導(dǎo)神經(jīng)發(fā)生。本發(fā)明的不顯示交叉反應(yīng)性的aso在體外實驗中發(fā)揮更多的潛在作用。因此,假設(shè)這些本發(fā)明的aso在非人類靈長類和人類的體內(nèi)環(huán)境中也更加有效,因此用作預(yù)防或治療tgf-β1誘導(dǎo)的神經(jīng)干細(xì)胞和祖細(xì)胞增殖抑制的高效藥物。
實施例12:分析本發(fā)明的反義寡核苷酸對人神經(jīng)祖細(xì)胞的增殖和特異性標(biāo)志物的作用
肌萎縮性側(cè)索硬化(als)是迄今為止沒有有效治療的神經(jīng)變性致死性疾病。目前的分子遺傳運動越來越多地闡明了這種致命疾病的分子發(fā)病機(jī)制,從以前的研究中已知tgf-β在als患者的腦脊髓液(csf)中以高濃度存在。已知這些高水平的循環(huán)tgf-β促進(jìn)干細(xì)胞靜默,因此引起腦室下區(qū)(svz)內(nèi)成體神經(jīng)發(fā)生的抑制。因此,退化神經(jīng)元的再生似乎被增強(qiáng)的tgf-β信號傳導(dǎo)阻止。
為了確定本發(fā)明的反義寡核苷酸介導(dǎo)的tgf-β信號的選擇性抑制是否可能允許成體神經(jīng)發(fā)生的再活化,必須證明tgf-β介導(dǎo)的細(xì)胞周期停滯的證據(jù)。
方法說明:
細(xì)胞周期停滯研究:如前所述,在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。對于實驗,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(30,000個細(xì)胞/孔)中,并在37℃和5%co2下孵育過夜。為了測定在增殖(+egf/fgf)(millipore:egf#gf144,bfgf#gf003)或分化(-egf/fgf)條件下tgf-β1介導(dǎo)的對細(xì)胞周期的影響,將細(xì)胞用tgf-β1(promocell#c-63499,10或50ng/ml)處理4天,取出和更換各自的培養(yǎng)基。在第4天,將培養(yǎng)基更新,并重復(fù)tgf-β1處理直到第7天。在第7天,通過用pbs洗滌兩次收獲細(xì)胞,隨后如上所述用于分離rna(24孔培養(yǎng)皿)。為了通過實時rt-pcr評估tgf-β1介導(dǎo)的對細(xì)胞周期的影響,分析了增殖標(biāo)志物ki67,腫瘤抑制基因p53,細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑1(p21)和神經(jīng)發(fā)生標(biāo)志物雙皮質(zhì)素(dcx)的mrna。各自的引物對列于表11。
mrna分析用于asoseq.idno.218b對人神經(jīng)祖細(xì)胞的影響:如前所述在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。對于實驗,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(30,000個細(xì)胞/孔)中,并在37℃和5%co2下孵育過夜。對于本實驗,改變細(xì)胞培養(yǎng)基,并將ref.1(打亂對照,2.5和10μm)、具有seq.idno.218b的aso(2.5和10μm)或tgf-β1(10ng/ml,promocell#c-63499)加入細(xì)胞96小時。孵育后,再次改變培養(yǎng)基,進(jìn)一步處理96小時。處理8天后,收獲細(xì)胞。細(xì)胞用pbs洗滌兩次,隨后用于分離rna(24孔培養(yǎng)皿)。為了評估對祖細(xì)胞的影響,如前所述,通過實時rt-pcr測定巢蛋白(早期神經(jīng)元標(biāo)記),sox2(早期神經(jīng)元標(biāo)記),dcx(神經(jīng)發(fā)生指標(biāo))和ki67(增殖標(biāo)志物)的mrna水平。各自的引物對列于表11。
tgfrii特異性aso通過無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移對rencell
在tgf-β1預(yù)孵育后的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后增殖和神經(jīng)發(fā)生的標(biāo)志物的mrna分析:如前所述在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。對于實驗,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(30,000個細(xì)胞/孔)中,并在37℃和5%co2下孵育過夜。為了誘導(dǎo)細(xì)胞周期停滯,用tgf-β1處理rencell
12.1.1人神經(jīng)祖細(xì)胞中tgf-β1的細(xì)胞周期阻滯調(diào)節(jié)
干細(xì)胞靜息標(biāo)志物的檢測顯示tgf-β1介導(dǎo)細(xì)胞暴露7天后的細(xì)胞周期停滯。增殖標(biāo)志物ki67mrna表達(dá)呈劑量依賴性減少。腫瘤抑制基因p53的mrna表達(dá)下調(diào)與tgf-β1濃度相關(guān)。相比之下,細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶抑制劑1(p21)被tgf-β1顯著上調(diào)??傊?,這些結(jié)果表明tgf-β1誘導(dǎo)的干細(xì)胞靜息。有趣的是,dcx(一種神經(jīng)發(fā)生的標(biāo)志物)被tgf-β1強(qiáng)烈減少(表41)。
表41:rencell
結(jié)論
rencell
12.1.2反義寡核苷酸對人類神經(jīng)元干細(xì)胞標(biāo)志物的影響
為了了解asoseq.idno.218b對干細(xì)胞標(biāo)志物的影響,在rencell
表42:seq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后8天rencell
結(jié)論:
mrna分析結(jié)果表明,asoseq.idno.218b將rencell
12.1.3反義寡核苷酸對人神經(jīng)元干細(xì)胞增殖的影響
通過在重復(fù)的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移(3×72小時)后9天后計數(shù)細(xì)胞并且在無轉(zhuǎn)染試劑攝取(2×96小時)后8天測定ki67蛋白水平,來進(jìn)一步分析了asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移是否對增殖率具有真正的影響。
結(jié)果
無轉(zhuǎn)染試劑攝取asoseq.idno.218b后細(xì)胞數(shù)量增加,根據(jù)在細(xì)胞的免疫化學(xué)染色中觀察到的增殖標(biāo)志物ki67的蛋白表達(dá)增加(表43,圖20)。免疫細(xì)胞化學(xué)染色的熒光分析也顯示由tgf-β1介導(dǎo)的增殖停止。
表43:rencell
結(jié)論
rencell
12.1.3反義寡核苷酸對人類神經(jīng)元干細(xì)胞分化能力的影響
為了排除asoseq.idno.218b對細(xì)胞分化能力的影響,通過在增殖條件(+egf/fgf)下的無轉(zhuǎn)染試劑攝取96小時將asoseq.idno.218b轉(zhuǎn)移至細(xì)胞。在孵育時間后,改變培養(yǎng)基,向一部分細(xì)胞加入增殖培養(yǎng)基,而向另一部分細(xì)胞添加分化培養(yǎng)基(-egf/fgf)。之后,再進(jìn)行96小時的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移。通過神經(jīng)元標(biāo)志物神經(jīng)絲n(neun)和βiii-微管蛋白的表達(dá)水平分析細(xì)胞。
結(jié)果
針對neun(圖23a)和βiii-微管蛋白(圖23b)的免疫化學(xué)染色顯示,在增殖條件下的無轉(zhuǎn)染試劑aso轉(zhuǎn)移隨后分化條件下的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后,分化能力不受影響。βiii微管蛋白(人類神經(jīng)元特異性蛋白)的信號不受增殖條件下asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑的影響,并且與未處理對照相當(dāng)。在分化條件下,無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后,neun表達(dá)也不受影響。因此,細(xì)胞仍然能夠分化成神經(jīng)細(xì)胞。令人矚目的是,在增殖條件下無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移aso(2x96h)兩個時期之后,rencell
結(jié)論
分化能力不受本發(fā)明的asoseq.idno.218b的影響。有趣的是,rencell
12.1.4本發(fā)明的反義寡核苷酸對tgf-β1預(yù)孵育后人神經(jīng)元干細(xì)胞增殖的結(jié)果
為了分析是否asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移在逆轉(zhuǎn)tgf-β1介導(dǎo)的對rencell
結(jié)果
作為早期神經(jīng)元標(biāo)志物的gfap(表44,圖22a)、作為增殖標(biāo)志物的ki67(表44,圖22b)和作為神經(jīng)發(fā)生標(biāo)志物的dcx(表44,圖22c)的基因表達(dá)在單次aso處理后升高,而tgf-β1導(dǎo)致相反的結(jié)果。此外,tgf-β1預(yù)孵育后7天,本發(fā)明的aso治療逆轉(zhuǎn)了tgf-β1誘導(dǎo)的作用。因此分析表明asoseq.idno.218b對于恢復(fù)tgf-β1介導(dǎo)的對干細(xì)胞和增殖標(biāo)記的作用是有效的
表44:rencell
結(jié)論
結(jié)果表明,成體神經(jīng)發(fā)生可以通過本發(fā)明的tgf-rii特異性aso介導(dǎo)的tgf-β信號傳導(dǎo)阻斷來再活化。
總之,tgf-rii特異性asoseq.idno.218b從tgf-β介導(dǎo)的干細(xì)胞靜息中拯救細(xì)胞并促進(jìn)成體神經(jīng)發(fā)生而不影響分化。這使它成為腦修復(fù)的理想治療藥物。
實施例13:測定sod1小鼠中als的本發(fā)明的反義寡核苷酸疾病進(jìn)展的治療活性
為了分析aso作為用于肌萎縮性側(cè)索硬化(als)的藥物的治療潛力,經(jīng)由滲透性
方法說明:
對于持久的中樞輸注,在異氟醚麻醉(baxter,gmbh,germany)和半無菌條件下立體定位地植入連接到
本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮潛在的作用。相當(dāng)一致地,嚙齒動物交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的具有seq.idno.143aj,seq.idno.143h和seq.idno.210q的aso在上述證明了對als模型動物的治療效果的實驗中也有效。證明不具有交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮更多的潛在作用。因此,假設(shè)這些本發(fā)明的aso在非人類靈長類和人類的體內(nèi)環(huán)境中也更有效,因此用作預(yù)防或治療tgf-β1誘導(dǎo)的神經(jīng)干細(xì)胞和祖細(xì)胞增殖抑制的高效藥物,從而治療als等神經(jīng)變性疾病。
實施例14:針對tgf-rii的本發(fā)明的反義aso在r6/2小鼠的亨廷頓氏病的疾病發(fā)展和進(jìn)展中的治療活性的測定
為了分析作為亨廷頓氏病(hd)藥物的aso的治療潛力,經(jīng)由滲透性微型泵將不同劑量的本發(fā)明的tgf-rii特異性aso通過icv施用到側(cè)腦室中來治療雄性和雌性轉(zhuǎn)基因r6/2小鼠。
方法說明:對于慢性中樞輸注,小鼠在5周齡時接受用于連接于
本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮潛在的作用。相當(dāng)一致地,嚙齒動物交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的具有seq.idno.143aj,seq.idno.143h和seq.idno.210q的aso在上述證明了對亨廷頓模型動物的治療效果的實驗中也有效。證明不具有交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮更多的潛在作用。因此,假設(shè)這些本發(fā)明的aso在非人類靈長類和人類的體內(nèi)環(huán)境中也更有效,因此用作預(yù)防或治療tgf-β1誘導(dǎo)的神經(jīng)干細(xì)胞和祖細(xì)胞增殖抑制的高效藥物,從而治療hd等神經(jīng)變性疾病。
實施例15:確定本發(fā)明的aso對fischer-344大鼠中tgfβ誘導(dǎo)的腦積水和相關(guān)認(rèn)知缺陷的疾病進(jìn)展的治療活性
本研究的目的是通過以劑量依賴性方式腦室內(nèi)輸注本發(fā)明的aso治療患有tgfβ誘導(dǎo)的對i)神經(jīng)干細(xì)胞增殖和神經(jīng)發(fā)生,ii)腦積水的形成,以及iii)空間學(xué)習(xí)缺陷的效應(yīng)的動物。
方法說明:將用于腦室內(nèi)輸注的滲透性微型泵植入體重180至200g的雌性fischer-344大鼠(n總數(shù)=70,n小組=10)。注入a)人造腦脊液(acsf:148.0mmnacl,3.0mmkcl,1.4mmcacl2,0.8mmmgcl2,1.5mmna2hpo4,0.2mmnah2po4,100μg/ml大鼠血清白蛋白,50μg/ml慶大霉素,ph7.4)作為對照,或b)acsf中tgf-β11μg/ml,使用
表46:腦積水實驗的處理方案和組分類。
本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮潛在的作用。相當(dāng)一致地,嚙齒動物交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的具有seq.idno.143aj,seq.idno.143h和seq.idno.210q的aso在上述證明了對腦積水模型動物的治療效果的實驗中也有效。證明不具有交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮更多的潛在作用。因此,假設(shè)這些本發(fā)明的aso在非人類靈長類和人類的體內(nèi)環(huán)境中也更有效,因此用作預(yù)防或治療tgf-β1誘導(dǎo)的神經(jīng)干細(xì)胞和祖細(xì)胞增殖抑制的高效藥物,從而治療腦積水和其它神經(jīng)變性疾病。
實施例16:針對tgf-rii的反義寡核苷酸對fischer344大鼠脊髓損傷康復(fù)的治療活性的測定
為了分析aso作為脊髓損傷(sci)藥物的治療潛力,經(jīng)由滲透性微型泵將不同劑量的本發(fā)明的aso通過icv施用到側(cè)腦室中來治療雄性和雌性fischer-344大鼠。
方法說明:以c3水平通過宮頸鎢絲刀背側(cè)柱橫切模擬sci。在下一步中,對于慢性中樞輸注,大鼠(180-200g體重)接受用于連接于
本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮潛在的作用。相當(dāng)一致地,嚙齒動物交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的具有seq.idno.143aj,seq.idno.143h和seq.idno.210q的aso在上述證明了對fischer-344-大鼠脊髓截癱模型的治療效果的實驗中也有效。在mri圖像和神經(jīng)病理學(xué)分析中,本發(fā)明的aso顯示出高的治療效果。證明不具有交叉反應(yīng)性的本發(fā)明的aso在體外實驗中發(fā)揮更多的潛在作用。因此,假設(shè)這些本發(fā)明的aso在非人類靈長類和人類的體內(nèi)環(huán)境中也更有效,因此作為預(yù)防或治療tgf-β1誘導(dǎo)的神經(jīng)干細(xì)胞和祖細(xì)胞增殖抑制的高效藥物,從而治療脊髓損傷和其它神經(jīng)變性疾病。
實施例17:aso介導(dǎo)的對人肺癌細(xì)胞系a549增殖的作用。
將ki67,p53,caspase8(casp8)和dna結(jié)合蛋白抑制劑2(id2)的mrna分析為幾種腫瘤細(xì)胞增殖的代表性標(biāo)志物。從以前的研究中已知,腫瘤組織中腫瘤抑制基因p53和id2的表達(dá)通常顯著升高。ki67是增殖標(biāo)志物,casp8是細(xì)胞凋亡的指標(biāo)。此外,無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后測定細(xì)胞數(shù)。
方法說明:
如上所述培養(yǎng)a549。為了處理細(xì)胞,移除并替換24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(30,000細(xì)胞/孔),6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(50,000細(xì)胞/孔)中的新鮮全培養(yǎng)基)或8-x孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片(sarstedt#94.6140.802)(20,000細(xì)胞/孔)中的培養(yǎng)基(用于24孔和8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片為0.5ml,6孔培養(yǎng)皿為1ml),并分別在37℃和5%co2下孵育過夜。為了分析mrna表達(dá)和對增殖的影響,用ref.1(打亂對照)和asoseq.idno.218b(濃度為2.5μm和10μm)處理細(xì)胞,并在37℃和5%co2下孵育72小時。每72小時重復(fù)處理包括替換培養(yǎng)基3次,共12天。對于增殖的免疫細(xì)胞化學(xué)分析(ki67),asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移限于72小時。然后用pbs洗滌細(xì)胞兩次,隨后用于蛋白分離(6孔培養(yǎng)皿),免疫細(xì)胞化學(xué)(8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片),增殖曲線和rna分離(24孔培養(yǎng)皿)。如上所述進(jìn)行rna,蛋白和免疫細(xì)胞化學(xué)方案。對于增殖曲線,從24孔培養(yǎng)皿中收集剩余的細(xì)胞以確定細(xì)胞數(shù)量。為此,用pbs(2x)洗滌剩余的細(xì)胞,用細(xì)胞消化液(500μl/孔)處理,并在37℃下孵育7分鐘。然后加入500μl培養(yǎng)基,根據(jù)制造商的說明書,使用lunafltm自動細(xì)胞計數(shù)熒光和明視野(biozym,#872040)測定細(xì)胞數(shù)。簡言之,將18μl細(xì)胞懸浮液加入到2μl吖啶橙/碘化丙啶測定活力試劑盒(biozym#872045)中。沉降1分鐘后,將10μl加入細(xì)胞計數(shù)載玻片(biozym#872011)。對活細(xì)胞和死細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞計數(shù)和計算。
17.1asoseq.idno.218b的結(jié)果
mrna分析顯示無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后12天ki67,p53和id2表達(dá)減少。相比之下,casp8在低水平的asoseq.idno.218b下升高(表46)。這些觀察結(jié)果表明,減少的腫瘤生長與凋亡細(xì)胞的輕微增加相關(guān)。此外,western印跡分析顯示,在無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移本發(fā)明的aso后12天,ki67和pakt的蛋白水平減少(表47)。對于使用的兩個濃度,無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后a549細(xì)胞的免疫化學(xué)檢查與打亂對照相比,顯示出減少的ki67信號水平(圖23)。最后,無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后12天a549細(xì)胞的細(xì)胞數(shù)減少約近50%(表48)。
表46:a549細(xì)胞中無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后12天,ki67,p53,casp8和id2的mrna表達(dá)。檢查的基因的調(diào)控表明,無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移本發(fā)明的aso后,增殖率減少。減少的id2mrna水平有利于抑制腫瘤細(xì)胞的擴(kuò)張。使用定量實時rt-pcr,相對于管家基因gnb2l1測定mrna表達(dá)水平,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表47:ki67和paktwestern印跡的密度計量分析。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移tgf-rii特異性asoseq.idno.218b后12天在a549細(xì)胞中觀察到ki67和pakt蛋白的下調(diào)。使用imagestudiotmlite軟件相對于管家基因gapdh測定蛋白水平,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem。
表48:重復(fù)無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后12天的細(xì)胞數(shù)。根據(jù)制造商的說明書,使用lunafltm自動細(xì)胞計數(shù)熒光和明視野(biozym,#872040)測定a549細(xì)胞中重復(fù)無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移(4×72小時)12天后的細(xì)胞數(shù)。a=未處理對照,c=seq.idno.218b,±=sem。
結(jié)論
這些觀察結(jié)果表明,減少的腫瘤生長與凋亡細(xì)胞的增加有關(guān)。值得注意的是,在無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移tgf-rii特異性asoseq.idno.218b后,id2是腫瘤中可能的治療靶基因。
總之,asoseq.idno.218b在使增殖率最小化并減少腫瘤促進(jìn)基因表達(dá)方面是有效的。
實施例18:aso無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移對幾種腫瘤細(xì)胞系的增殖的影響
tgf-β信號傳導(dǎo)是癌癥發(fā)展的關(guān)鍵途徑。一方面,tgf-β促進(jìn)作用于腫瘤抑制的因子,但另一方面,這種生長因子導(dǎo)致細(xì)胞遷移,細(xì)胞侵襲,細(xì)胞增殖,免疫調(diào)節(jié)的刺激,并促進(jìn)對腫瘤細(xì)胞的進(jìn)展和轉(zhuǎn)移有利的環(huán)境重組。因此,tgf-β是癌癥治療的關(guān)鍵靶標(biāo)。在無轉(zhuǎn)染試劑吸收本發(fā)明的aso后,測定增殖標(biāo)志物(ki67)的mrna和蛋白水平以及細(xì)胞數(shù)量作為腫瘤細(xì)胞增殖率的標(biāo)志物。此外,檢測了腫瘤抑制基因p53和dna結(jié)合蛋白抑制劑2(id2)的mrna水平。
方法說明
如上所述培養(yǎng)若干腫瘤細(xì)胞系(表10)。為了處理細(xì)胞,移除培養(yǎng)基并在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(30,000細(xì)胞/孔),6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(50,000細(xì)胞/孔)中替換新鮮全培養(yǎng)基(對于24孔為0.5ml,對于6孔培養(yǎng)皿為1ml),并在37℃和5%co2下孵育過夜。為了分析mrna表達(dá)和對增殖的影響,用ref.1(打亂對照)和asoseq.idno.218b(濃度為2.5μm和10μm)處理細(xì)胞,并在37℃和5%co2下孵育72小時。每72小時重復(fù)處理包括替換培養(yǎng)基3次,共12天。為了收獲,將細(xì)胞用pbs洗滌兩次,隨后用于rna分離(24孔培養(yǎng)皿),蛋白分離(6孔培養(yǎng)皿)或增殖曲線。如上所述進(jìn)行rna和蛋白分離的方案。在計數(shù)細(xì)胞用于增殖曲線之前,使用光學(xué)顯微鏡(nikon,ts-100fled#mfa33500)分析細(xì)胞。然后從24孔培養(yǎng)皿中收獲剩余的細(xì)胞以確定細(xì)胞數(shù)。為了這個目的,用pbs(2x)洗滌剩余的細(xì)胞,用細(xì)胞消化液(500μl/孔)處理,并在37℃下孵育5-7分鐘。然后加入500μl培養(yǎng)基,根據(jù)制造商的說明書,使用lunafltm自動細(xì)胞計數(shù)熒光和明視野(biozym,#872040)測定細(xì)胞數(shù)。簡言之,將18μl細(xì)胞懸浮液加入到2μl吖啶橙/碘化丙啶測定活力試劑盒(biozym#872045)中。沉降1分鐘后,將10μl加入細(xì)胞計數(shù)載玻片(biozym#872011)。對活細(xì)胞和死細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞計數(shù)和計算。
18.1seq.idno.218b的結(jié)果
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后12天,獨立于(a549,l3.6pl,panc-1)或依賴于(ht-29,panc-1,caco2)使用的aso濃度,ki67mrna水平有效減少(表40)。a549,ht-29,k562,kg-1,caco2和tmk-1的p53基因表達(dá)水平也受到測試的aso的影響(表50)。a549,l3.6pl,tmk-1,ht-29和k562的ki67蛋白表達(dá)減少的檢測結(jié)果見表51。值得注意的是,id2mrna表達(dá)顯示出由asoseq.idno.218b介導(dǎo)的a549,ht-29,k562和tmk-1細(xì)胞的一致有效和劑量依賴性的下調(diào)(表51)。另外,asoseq.idno.218b導(dǎo)致幾種腫瘤細(xì)胞系的增殖率減少(表53)。對于hpafii,mcf-7,kg1,k562,u937和htz-19細(xì)胞,確認(rèn)了細(xì)胞數(shù)量的劑量依賴性減少。肺癌細(xì)胞(a549)顯示由asoseq.idno.218b引發(fā)的約50%的細(xì)胞數(shù)減少。在無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后12天,通過光學(xué)顯微鏡檢查hpafii,k562,mcf-7,panc-1和htz-1的細(xì)胞數(shù)量的減少(圖24)。
對于seq.idno.s141d,141g,141i,143r,143w,143af,143ag,143ah,143j,143p,143q,233d,234d,235b,235d,237b,237c,237i,237m,238c,238f,239e,240c,241b,242a,246e,247d,248b,248e,248g,152k,152s,152t,152u,152ab,152ag,152ah,152ai,249c,249e,250b,250g,251c,251f,252e,253c,254b,255a,259e,260d,261b,261e,261g,262d,262e,209s,209v,209w,209x,209ai,209an,209at,209au,209av,210o,210v,210w,210x,210ab,210ac,210ad,210af,210am,263b,263c,263i,263m,264e,264h,265e,266c,267b,268a,272e,273d,274a,274d,274f,275g,275i,276b,276c,276j,276k,277d,277e,278f,279c,280b,281a,218ad,218n,218t,218u,218v,218ah,218an,218ao,218ap,220d,221d,222b,222c,222f,223c,223f,224i,224m,225c,225f,226e,227c,213o,213p,213q,213s,213y,213z,213aa,213af,228b,229a,285d,286d,287d,287e,287f,288e,288i,289d,289h,289o,289p,289q,290c,290f,290i,291c,292c,293b,和294a的反義寡核苷酸可獲得相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果。大多數(shù)上述反義寡核苷酸不能優(yōu)于seq.idno.218b和218c,但仍比現(xiàn)有技術(shù)的反義寡核苷酸更有利。因此,本發(fā)明的反義寡核苷酸對于治療過度增殖性疾病如癌癥和腫瘤是非常有用的。
表49:增殖標(biāo)志物ki67的mrna表達(dá)。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后12天a549,ht-29,l3.6pl,kg1,panc-1和caco2細(xì)胞中的ki67mrna在所有細(xì)胞系中分別減少。使用定量實時rt-pcr,相對于管家基因gnb2l1測定mrna表達(dá)水平,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表50:腫瘤抑制基因p53的mrna表達(dá)。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后12天a549,ht-29,k562,kg1,caco2和tmk-1細(xì)胞中的p53mrna在所有細(xì)胞系中分別減少。使用定量實時rt-pcr,相對于管家基因gnb2l1測定mrna表達(dá)水平,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,參考a*p<0.05,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表51:id2的mrna表達(dá)。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后12天a549,ht-29,k562和tmk-1細(xì)胞中的id2mrna分別在所有細(xì)胞系中劑量依賴性下調(diào)。使用定量實時rt-pcr,相對于管家基因gnb2l1測定mrna表達(dá)水平,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,參考a*p<0.05,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”事后多重比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表52:ki67western印跡的密度計量分析。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后ki67蛋白下調(diào)。使用imagestudiotmlite軟件相對于管家基因α-微管蛋白定量蛋白水平,并針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表53:重復(fù)的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后12天的幾種癌細(xì)胞系中的細(xì)胞數(shù)(4×72小時)。將asoseq.idno.218b轉(zhuǎn)移到幾種癌細(xì)胞系。根據(jù)制造商的說明書,使用lunafltm自動細(xì)胞計數(shù)熒光和明視野(biozym,#872040)測定細(xì)胞數(shù)。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,a=活細(xì)胞,d=死細(xì)胞。±=sem。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論
通過asoseq.idno.218b調(diào)節(jié)ki67,p53和id2mrna指示抑制幾個器官和不同來源的腫瘤擴(kuò)張的有益效果。已知ki67,id2和p53被上調(diào)并促進(jìn)不同癌癥類型的細(xì)胞增殖。增殖標(biāo)志物ki67,p53和id2有效下調(diào)。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后12天,多個腫瘤細(xì)胞的細(xì)胞計數(shù)和光學(xué)顯微鏡顯示asoseq.idno.218b作為減少細(xì)胞增殖的有效劑。
總之,tgf-rii特異性asoseq.idno.218b有效地減少增殖率,與識別的ki67,p53和id2的mrna調(diào)節(jié)平行。這些數(shù)據(jù)表明,本發(fā)明的aso是有希望的用于抑制腫瘤細(xì)胞進(jìn)展和腫瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)移的候選藥物。
實施例19:在幾種腫瘤細(xì)胞系中分析反義寡核苷酸對血管發(fā)生的作用
血管發(fā)生的調(diào)節(jié)對于器官生長和修復(fù)至關(guān)重要。血管生長失衡有助于不同的疾病,如:腫瘤生長,缺血,炎癥和免疫疾病。已知tgf-β是促血管生成因子。當(dāng)超量血管發(fā)生負(fù)責(zé)疾病進(jìn)展時,這可能與炎癥和腫瘤過程最相關(guān)。這些作用可能與tgf-β1誘導(dǎo)的纖維化有關(guān)。因此,tgfrii特異性aso對tgf-β信號傳導(dǎo)的抑制可能代表了足夠的治療方法。
為了測試這一假設(shè),這些aso通過無轉(zhuǎn)染試劑攝取轉(zhuǎn)移到幾個腫瘤細(xì)胞系。重復(fù)無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后12天,通過多重分析分析細(xì)胞上清液中促血管生成因子的蛋白水平。該技術(shù)允許通過電化學(xué)發(fā)光研究多種前血管生成蛋白(vegf,tie-2,flt-1,pigf和bfgf)。血管內(nèi)皮生長因子(vegf)是促進(jìn)血管發(fā)生和從而腫瘤增殖的有效的腫瘤分泌細(xì)胞因子。tie-2是由活躍生長的血管表達(dá)的蛋白。fms樣酪氨酸激酶1(flt-1)(也稱為血管內(nèi)皮生長因子受體1(vegfr1))是跨膜酪氨酸受體激酶,其在血管內(nèi)皮細(xì)胞中高度表達(dá),胎盤生長因子(plgf)與vegf一起作用并在病理條件(例如腫瘤形成)下上調(diào)。此外,堿性成纖維細(xì)胞生長因子(bfgf)也是誘導(dǎo)血管發(fā)生的生長因子。pai-1是tgf-β的靶基因,介導(dǎo)tgf-β的瘢痕形成和血管生成作用。因此,pai-1也是腫瘤侵襲和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵因子。顯示高pai-1濃度水平的患者被認(rèn)為是例如在乳腺癌,肺癌,結(jié)腸直腸癌和胃癌中的不良預(yù)后因子。高pai-1濃度也是血栓形成起作用的疾病(例如心肌梗塞,中風(fēng))的危險因子。因此,還測試了tgf-β特異性反義寡核苷酸的pai-1mrna調(diào)節(jié)。
方法說明:
如上所述培養(yǎng)腫瘤細(xì)胞系(表10)。為了處理細(xì)胞,除去培養(yǎng)基并在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(30,000個細(xì)胞/孔)中替換新鮮全培養(yǎng)基,在37℃和5%co2下孵育過夜。第二天,ref.1(打亂對照)和asoseq.idno.218b(以2.5和10μm的濃度)加入到更新的培養(yǎng)基中,并在37℃和5%co2下孵育72小時,每72小時重復(fù)處理包括替換培養(yǎng)基3次,共12天,然后收集細(xì)胞上清液并通過mesoscale
然后用pbs洗滌細(xì)胞兩次,隨后用于rna分離(24孔培養(yǎng)皿)以通過實時rt-pcr分析,aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移是否可以調(diào)節(jié)纖溶酶原激活物抑制劑-1(pai-1)的mrna水平。如前所述使用和列出方案和引物。
19.1seq.id218b的結(jié)果
表54表明,在asoseq.idno.218b的反復(fù)無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后,pai-1mrna的表達(dá)在幾個測試癌細(xì)胞(a549:肺癌,hpafii:胰腺腺癌,ht-29:結(jié)腸直腸腺癌,htz-19:黑色素瘤,tmk-1:胃癌,thp-1:單核細(xì)胞白血病)中以劑量依賴性方式下調(diào)。此外,刺激的細(xì)胞上清液中的vegf蛋白水平也顯示a549,htz-19,hpafii和pc3m(前列腺腺癌)的劑量依賴性減少。對于hpafii和pc3m細(xì)胞下調(diào)是顯著的(表55)。asoseq.idno.218b對bfgf的影響證實了對于vegf的觀察,這意味著asoseq.idno.218b有效抑制血管生成(表56)。在a549和pc3m中,結(jié)果顯示bfgf也顯著減少。在細(xì)胞上清液pigf的蛋白量在a549和htz-19細(xì)胞中只稍微但劑量依賴性地抑制。在pc3m細(xì)胞中內(nèi)源性基本pigf水平比所有其它測試的細(xì)胞更高并且aso效果也更強(qiáng)(表57)。最后,ht-29細(xì)胞中的flt-1蛋白的下調(diào)(表58)和htz-19(asoseq.id218b2.5μm)和mcf-7(乳腺癌,10μm)中的tie-2抑制可能被檢測到(表59)。
對于seq.idno.141d,141g,141i,143r,143w,143af,143ag,143ah,143j,143p,143q,152k,152s,152t,152u,152ab,152ag,152ah,152ai,209s,209v,209w,209x,209ai,209an,209at,209au,209av,210o,210v,210w,210x,210ab,210ac,210ad,210af,210am,213o,213p,213q,213s,213y,213z,213aa,213af,218ad,218n,218t,218u,218v,218ah,218an,218ao,218ap,220d,221d,222b,222c,222f,223c,223f,224i,224m,225c,225f,226e,227c,228b,229a,233d,234d,235b,235d,237b,237c,237i,237m,238c,238f,239e,240c,241b,242a,246e,247d,248b,248e,248g,249c,249e,250b,250g,251c,251f,252e,253c,254b,255a,259e,260d,261b,261e,261g,262d,262e,263b,263c,263i,263m,264e,264h,265e,266c,267b,268a,272e,273d,274a,274d,274f,275g,275i,276b,276c,276j,276k,277d,277e,278f,279c,280b,281a,285d,286d,287d,287e,287f,288e,288i,289d,289h,289o,289p,289q,290c,290f,290i,291c,292c,293b,和294a的反義寡核苷酸可獲得相當(dāng)?shù)慕Y(jié)果。大多數(shù)上述反義寡核苷酸不能優(yōu)于seq.idno.218b和218c,但仍比現(xiàn)有技術(shù)的反義寡核苷酸更有利。因此,本發(fā)明的反義寡核苷酸對于治療過度增殖性疾病如癌癥和腫瘤是非常有用的。
表54:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549,hpafii,ht-29,htz-19,tmk-1和thp-1細(xì)胞中pai-1的mrna表達(dá)。pai-1基因表達(dá)的調(diào)節(jié)以改善疾病預(yù)后的方式受asoseq.idno.218b的劑量依賴性影響。使用定量實時rt-pcr,相對于管家基因gnb2l1測定mrna表達(dá)水平,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表55:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549,hpafii,htz-19,pc3m細(xì)胞中細(xì)胞上清液中的通過mesoscale
表56:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549和pc3m細(xì)胞中細(xì)胞上清液中的通過mesoscale
表57:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549,htz-19和pc3m細(xì)胞中細(xì)胞上清液中的通過mesoscale
表58:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天htz-19細(xì)胞中細(xì)胞上清液中的通過mesoscale
表59:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天htz-19和mcf-7細(xì)胞中細(xì)胞上清液中的通過mesoscale
結(jié)論
所有分析的促血管生成因子(vegf,bfgf,pigf,flt-1和tie-2)可以由asoseq.idno.218b以具有對抑制腫瘤進(jìn)展和依賴于增強(qiáng)的血管發(fā)生的其它病理機(jī)制有利的影響的方式進(jìn)行調(diào)節(jié)。此外,pai-1mrna由asoseq.idno.218b劑量依賴性地減少。該因子、tgf-β靶基因和例如在乳腺癌中的一個認(rèn)可的預(yù)后標(biāo)志物也是劑量依賴性下調(diào)的。
總之,所有測試的本發(fā)明的aso在減少有利于腫瘤進(jìn)展、轉(zhuǎn)移、炎癥和血栓形成的血管發(fā)生過程中是有效的。因此,針對tgf-rii的本發(fā)明的aso是不同類型的癌癥和血栓形成相關(guān)疾病中的有效治療候選者。
實施例20:分析本發(fā)明的aso對纖維化的作用
tgf-β參與許多過程,例如細(xì)胞增殖,遷移,傷口愈合,血管發(fā)生和細(xì)胞-細(xì)胞相互作用。從幾項研究中可以看出,在幾種疾病(包括原發(fā)性開角型青光眼,阿爾茨海默氏病,肺性纖維化和糖尿病性腎病)的發(fā)病機(jī)制中,這個因子通常升高。這些疾病與細(xì)胞外基質(zhì)(ecm)和肌動蛋白-細(xì)胞骨架的病理修飾有關(guān)。通常,這些觀察到的改變與嚴(yán)重性疾病進(jìn)展和治療抗性(腫瘤中的上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化-emt)相關(guān)。結(jié)締組織生長因子(ctgf)是tgf-β的下游介質(zhì),介導(dǎo)tgf-β的纖維化作用。因此,顯示ctgf介導(dǎo)ecm的沉積并調(diào)節(jié)肌動蛋白-細(xì)胞骨架的重組。為了研究本發(fā)明的aso是否有助于通過抑制tgf-β信號傳導(dǎo)來解決纖維化過程,除了在幾種不同的癌細(xì)胞中代表ecm的兩個主要成分的纖連蛋白(fn)和膠原iv(coliv)之外還評估了ctgf水平。此外,在神經(jīng)前體(rencellcx)和人肺癌(a549)細(xì)胞中檢查了aso對ctgf、fn和對肌動蛋白-細(xì)胞骨架的影響。
20.1神經(jīng)變性中的纖維化
方法說明
如前所述,在標(biāo)準(zhǔn)方案中培養(yǎng)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(50,000個細(xì)胞/孔),6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(80,000個細(xì)胞/孔)和8孔細(xì)胞培養(yǎng)載玻片(sarstedt#94.6140.802)(10,000個細(xì)胞/孔),并在37℃和5%co2下孵育過夜。為了研究rencell
20.1.1tgf-β1對神經(jīng)前體細(xì)胞(rencellcx)的影響
關(guān)于rencell
表60:用tgf-β1刺激48小時后ctgf和tgf-β1的mrna表達(dá)。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,e=tgf-β1?!溃絪em,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論
rencell
20.1.2seq.idno.218b的結(jié)果
20.1.2.1無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的影響
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b導(dǎo)致ctgf和fn的劑量依賴性和顯著減少(表61)。asoseq.idno.218b的這個影響對于fn蛋白水平進(jìn)行驗證。fn蛋白水平在測試的aso的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后96小時下降約70%,而rencell
表61:用seq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后rencell
表62:western印跡后纖連蛋白的密度計量分析。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b后96小時可以觀察到rencell
結(jié)論
asoseq.idno.218b在人神經(jīng)元前體細(xì)胞中下調(diào)ctgf和fn的mrna水平是有效的。無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后96小時,asoseq.idno.218b處理減少fn蛋白。因此,tgf-rii特異性aso介導(dǎo)rencell
20.1.2.2tgf-β預(yù)孵育后無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的影響
為了分析asoseq.idno.218b是否也有效抑制病理條件下由tgf-β介導(dǎo)的纖維化作用,rencell
表63:tgf-β1預(yù)孵育隨后用seq.idno.218b進(jìn)行無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后rencell
結(jié)論
asoseq.idno.218b在模擬病理條件(tgf-β1預(yù)孵育)下顯示出強(qiáng)的抗纖維化作用。除了作為ecm的主要成分的fn的下調(diào)之外,肌動蛋白細(xì)胞骨架也以可能有益于纖維化疾病的更好的結(jié)果的方式受到本發(fā)明的aso的影響。
20.1.3seq.idno.218c的結(jié)果
20.1.3.1無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的影響
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218c導(dǎo)致無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移10μmasoseq.idno.218c后ctgfmrna的強(qiáng)烈和顯著減少(表64)。
表64:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218c后rencell
結(jié)論
asoseq.idno.218c對于ctgfmrna的劑量依賴性減少是有效的。
20.1.3.2tgf-β預(yù)孵育后無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的影響
asoseq.idno.218c的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移隨后進(jìn)行tgf-β1預(yù)孵育的結(jié)果驗證了tgf-β1誘導(dǎo)的對ctgfmrna水平的作用的有效阻斷(表65)。aso在阻斷tgf-β1對ctgf的作用方面具有很強(qiáng)的作用,以至于組合處理與asoseq.idno.218c的單一處理相當(dāng)。
表65:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218c后進(jìn)行tgf-β1預(yù)孵育后以及平行的tgf-β1處理rencell
結(jié)論
asoseq.idno.218c即使在人工病理條件下(tgf-β1預(yù)孵育)也顯示出ctgfmrna和蛋白的強(qiáng)烈下調(diào)。
總之,除強(qiáng)烈的抗纖維化作用外,tgf-rii特異性aso還顯示肌動蛋白-細(xì)胞骨架的調(diào)節(jié)。應(yīng)力纖維的誘導(dǎo)可導(dǎo)致細(xì)胞剛度和硬度的升高,這可能例如在阿爾茨海默病和其它神經(jīng)變性疾病中起作用。ecm沉積也可以介導(dǎo)快速致病性修飾,例如在原發(fā)性開角型青光眼中。因此,減少ecm沉積和抑制應(yīng)激纖維形成可能有利于在纖維化相關(guān)的神經(jīng)障礙中更好的預(yù)后。因此,tgf-rii特異性aso是用于治療例如阿爾茨海默病和原發(fā)性開角型青光眼的有效治療劑。
20.2。肺纖維化
方法說明
為了研究aso對肺組織ecm和肌動蛋白-細(xì)胞骨架的影響,如前所述檢測和培養(yǎng)人肺癌(a549)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(50,000個細(xì)胞/孔),6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(80,000個細(xì)胞/孔)和8孔細(xì)胞培養(yǎng)物載玻片(sarstedt#94.6140.802)(10,000個細(xì)胞/孔),并在37℃和5%co2下孵育過夜。為了研究a549細(xì)胞對tgf-β1的反應(yīng),在更換培養(yǎng)基后用tgf-β1(2和10ng/ml,promocell#c63499)處理細(xì)胞48小時,隨后對ctgf進(jìn)行mrna分析。為了研究aso對ctgf和fna549細(xì)胞的作用,移除培養(yǎng)基并用新鮮的完全培養(yǎng)基(1ml用于6孔,0.5ml用于8-x-孔)替換。隨后將ref.1(打亂對照),asoseq.idno.218b和seq.idno.218b(以2.5和10μm的濃度)加入培養(yǎng)基中,并在rencell
20.2.1tgf-β1對肺癌細(xì)胞(a549)的影響
為了研究a549細(xì)胞對tgf-β1暴露反應(yīng)的能力,細(xì)胞用兩種不同濃度的tgf-β1處理48小時(表66)。實時rt-pcr的評估顯示ctgf和tgf-β1本身是基因表達(dá)的劑量依賴性誘導(dǎo)。
表66:用tgf-β1刺激48小時后a549細(xì)胞中誘導(dǎo)的ctgf和tgf-β1的mrna表達(dá)。使用定量實時rt-pcr,相對于管家基因gnb2l1測定mrna表達(dá)水平,然后中的未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,e=tgf-β1?!溃絪em,參考a*p<0.05和**p<0.01,參照e2ng/ml++p<0.05。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論
a549細(xì)胞在tgf-β1暴露后顯示ctgf的劑量依賴性和顯著的mrna上調(diào)。此外,觀察到tgf-β1的自身誘導(dǎo)。綜合來看,a549細(xì)胞是檢查解決肺癌和肺癌中tgf-β作用的問題的良好模型。
20.2.2seq.idno.218b的結(jié)果
20.2.2.1無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移效果的結(jié)果
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218b導(dǎo)致ctgf基因表達(dá)的劑量依賴性和高度顯著減少(表67)。fnmrna水平也受到測試的aso的影響,但不是劑量依賴性的。相反,針對fn的染色顯示與打亂對照相比,fn的劑量依賴性減少(圖260a)。此外,檢查aso和tgf-β對肌動蛋白-細(xì)胞骨架的影響。圖26b顯示了在tgf-β1處理后在a549細(xì)胞中以依賴性方式誘導(dǎo)肌動蛋白纖維包括應(yīng)激纖維形成,而a549細(xì)胞中asoseq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后的信號顯著下調(diào),平行于識別的tgf-β1介導(dǎo)的效應(yīng)的逆轉(zhuǎn)。對于蛋白分析,可以顯示與ctgf通過其介導(dǎo)纖維化作用的perk1/2的抑制平行的ctgf的適當(dāng)下調(diào)(表68)。此外,asoseq.idno.218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后72小時,兩個ecm主要組分fn和coliv的減少是顯著的(表68)。
表67:使用seq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后a549細(xì)胞中ctgfmrna的劑量依賴性和顯著下調(diào)。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后中的未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b?!溃絪em,參考a**p<0.01。使用普通單因子anova隨后“dunnett’s”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表68:ctgf,fn,coliv和perk11/2western印跡后的密度計量分析:a549中用asoseq.idno218b無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后72小時。使用imagestudiotmlite軟件相對于管家基因α-微管蛋白測定蛋白水平,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。
結(jié)論
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b在調(diào)節(jié)參與人肺細(xì)胞中ecm沉積和肌動蛋白-細(xì)胞骨架重組的因子中是有效的。
20.2.2.2tgf-β1預(yù)孵育后無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的效應(yīng)的結(jié)果
tgf-β1預(yù)孵育后asoseq.id218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移結(jié)果的驗證了有效阻斷tgf-β1誘導(dǎo)的對ctgf和fnmrna水平的強(qiáng)作用(表69)。中的ctgf(圖27a)和fn(圖27b)的免疫細(xì)胞化學(xué)染色證實了蛋白水平的mrna檢測。
表69:a549細(xì)胞中無轉(zhuǎn)染試劑seq.idno.218b后tgf-β1預(yù)孵育后的和平行的tgf-β1處理后的ctgf和fnmrna水平。數(shù)據(jù)證實了asoseq.idno.218b有效阻斷tgf-β1對ctgf和fnmrna水平的作用。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后中的未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,e=tgf-β1?!溃絪em,*p<0.05,參考a**p<0.01。使用普通單因子anova隨后“dunnett’s”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論
asoseq.idno.218b在模擬過量濃度的tgf-β1的人造病理條件下在a549細(xì)胞中有效介導(dǎo)抗纖維化作用。
20.2.3seq.idno.218c的結(jié)果
20.2.3.1無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的效應(yīng)的結(jié)果
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218c在無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移72小時后在a549細(xì)胞中介導(dǎo)ctgfmrna的強(qiáng)劑量依賴性和顯著減少(表70)。
表70:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218c后72小時a549細(xì)胞中ctgfmrna的下調(diào)。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后中的未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,d=seq.idno.218c。±=sem,參考a**p<0.01。使用普通單因子anova隨后“dunnett’s”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論
無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移asoseq.idno.218c有效減少tgf-β下游介質(zhì)ctgf的mrna
20.2.2.2tgf-β預(yù)孵育后無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的效應(yīng)的結(jié)果
tgf-β1預(yù)孵育后asoseq.idno.218c的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移的結(jié)果驗證了有效阻斷tgf-β1誘導(dǎo)的對ctgfmrna水平的強(qiáng)作用(表71)。針對ctgf的免疫細(xì)胞化學(xué)染色證實了蛋白水平的這些發(fā)現(xiàn)(圖28)。
表71:tgf-β1預(yù)孵育后seq.idno.218c的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移以及平行的tgf-β1處理的a549中的ctgfmrna水平。數(shù)據(jù)證實了與組合處理相比,asoseq.idno.218c有效阻斷tgf-β1誘導(dǎo)的對ctgfmrna水平的作用。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,d=seq.idno.218c,e=tgf-β1?!溃絪em,參考a**p<0.01,參考e+b++p<0.01。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論
asoseqid218c在由過多的tgf-β1濃度模擬的人造病理狀態(tài)下在a549細(xì)胞中有效介導(dǎo)抗纖維化作用。
總之,asoseqid218c是有效的治療劑,因為通過減少ctgf、fn和coliv可以減緩肺纖維化的病理學(xué)。此外,通過tgf-rii特異性aso可有效減少應(yīng)激纖維形成,從而使本發(fā)明的aso成為理想的治療劑。
20.3對幾種癌細(xì)胞的影響
方法說明
為了調(diào)查針對ecm(ctgf,fn,coliv)的aso效應(yīng),如標(biāo)準(zhǔn)方案(表10)所述使用和培養(yǎng)細(xì)胞。對于處理,將細(xì)胞接種在24孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.1836.300)(30,000細(xì)胞/孔),6孔培養(yǎng)皿(sarstedt#83.3920.300)(50,000個細(xì)胞/孔)中,并在37℃和5%二氧化碳下孵育過夜。為了分析mrna表達(dá)和對ctgf、fn和colivmrna和蛋白水平的影響,用ref.1(打亂對照)或asoseq.idno.218b(以2.5和10μm的濃度)處理細(xì)胞,并在37℃和5%co2下孵育72小時。每72小時重復(fù)處理3次(共12天),包括更換培養(yǎng)基。為了收獲,將細(xì)胞用pbs洗滌兩次,隨后用于rna分離(24孔培養(yǎng)皿)或蛋白分離(6孔培養(yǎng)皿)。如上所述進(jìn)行rna和蛋白分離的方案以及使用的抗體和稀釋液。
20.3.1seq.idno.218b的結(jié)果
通過ctgf,fn,colivmrna和蛋白水平的分析檢測抗纖維化作用。在ht-29,htz-19,mcf-7和thp-1細(xì)胞中ctgfmrna(表72)被seq.idno.218b劑量依賴性地減少。對于kg-1細(xì)胞,對于2.5μmasoseq.idno.218b觀察到tgf-β下游介質(zhì)的下調(diào)。對于a549、panc-1和caco2細(xì)胞,根據(jù)thp-1、htz-19和l3.6pl細(xì)胞(表65)中colivmrna的劑量依賴性下降(表74),證明fn的減少(表73)。western印跡分析顯示ht-29,mcf-7,tmk-1和l3.6pl細(xì)胞中ctgf蛋白的強(qiáng)烈減少。mcf-7的結(jié)果是顯著的(表75)。此外,a549和tmk-1細(xì)胞中erk1/2的磷酸化被asoseq.idno.218b抑制。perk1/2通常被ctgf激活以誘導(dǎo)tgf-β調(diào)節(jié)的纖維化作用(表76)。對于fn(a549,mcf-7,ht-29,htz-19,hpafii)和coliv(a549,htz-19,hpafii,pc3m)(表77和78)(ecm的兩個主要成分),蛋白水平最小化約50%。
表72:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天ht-29,htz-19,kg1,mcf-7和thp-1細(xì)胞中ctgf的mrna表達(dá)。對于所有測試細(xì)胞系在seq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后ctgfmrna減少。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后中的未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表73:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549,panc-1和caco2細(xì)胞中的fnmrna表達(dá)。對于所有測試細(xì)胞系在seq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后fnmrna減少。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后中的未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,參考a**p<0.01。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表74:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549,htz-19,thp-1,l3.6pl,panc-1和caco2細(xì)胞中coliv12的mrna表達(dá)。對于所有測試細(xì)胞系在seq.idno.218b的無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移后colivmrna減少。使用定量實時rt-pcr相對于管家基因gnb2l1測定mrna水平,然后針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b,±=sem,使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表75:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天ht-29,mcf-7,l3.6pl和tmk-1細(xì)胞中western印跡后的密度計量分析??梢杂^察到asoseq.idno.218b對ctgf蛋白的下調(diào)。使用imagestudiotmlite軟件相對于管家基因α-微管蛋白測定蛋白水平,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表76:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549和tmk-1細(xì)胞中western印跡后的密度計量分析??梢杂^察到asoseq.idno.218b對perk1/2蛋白的下調(diào)。確使用imagestudiotmlite軟件相對于管家基因α-微管蛋白進(jìn)行蛋白水平的定量,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表77:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549,mcf-7,ht-29,htz-19和hpafii細(xì)胞中western印跡后的密度計量分析。可以觀察到asoseq.idno.218b對fn蛋白的下調(diào)。使用imagestudiotmlite軟件相對于管家基因α-微管蛋白進(jìn)行蛋白水平的定量,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
表78:無轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)移seq.idno.218b后12天a549,mcf-7,ht-29,htz-19和hpafii細(xì)胞中western印跡后的密度計量分析。可以觀察到asoseq.idno.218b對fn蛋白的下調(diào)。使用imagestudiotmlite軟件相對于管家基因α-微管蛋白分析蛋白水平,然后將其針對未處理的對照進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。a=未處理對照,b=ref.1,c=seq.idno.218b。使用普通單因子anova隨后“tukey’s”多重事后比較來計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)。
結(jié)論
tgf-β1通過其下游介導(dǎo)物ctgf介導(dǎo)的ecm的增加的沉積可以通過不同腫瘤細(xì)胞系中的本發(fā)明的tgf-rii特異性aso有效地逆轉(zhuǎn)。ecm組分的減少水平可能有助于腫瘤進(jìn)展較低侵襲性??傊瑴y試的aso可能在不同的纖維化相關(guān)疾病中表現(xiàn)出新的治療策略。
實施例21:通過使用食蟹猴中的劑量遞增范例的慢性腦室內(nèi)施用的本發(fā)明aso的毒性閾值。
為了評估glp-毒性研究的理想劑量范圍,在食蟹猴中進(jìn)行使用慢性腦室內(nèi)(icv)反義寡核苷酸(aso)施用的預(yù)實驗,其中劑量不斷增加。在施用期間監(jiān)測范例動物的免疫學(xué)、血液學(xué)和生理學(xué)改變。
方法說明:
對于雄性和雌性食蟹猴的慢性中樞aso輸注,將連接到靶向右側(cè)腦室的有機(jī)硅導(dǎo)管的氣壓泵(0.25ml/24h,tricumed-ip2000v)在氯胺酮/木糖酸麻醉和半無菌條件下皮下植入。每個處理條件(seq.idno.218b,seq.idno.218c,表79中給出的濃度)使用單只雄性和單只雌性猴。每個泵通過在猴頸部的10cm長的皮膚切口皮下植入腹部,并通過硅膠導(dǎo)管與icv插管連接。將動物置于立體定位框架中,將icv插管下降到右側(cè)腦室。使用牙科水泥(kallocryl,speiko-dr。speiergmbh,münster,germany)用兩個不銹鋼螺釘固定插管。頸部的皮膚用縫合線封閉。在手術(shù)過程中,體溫通過加熱墊保持。為了避免手術(shù)后感染,用
表79:7周施用范例期間給出的實驗設(shè)計和aso劑量。
結(jié)論:
所有測試的本發(fā)明的aso在第1-6周至少無毒,因此用于進(jìn)一步的研究和毒理學(xué)檢查。然而,輸注反義寡核苷酸seq.idno.214,seq.idno.138b,seq.idno.172b以及ref.0和ref.5在上述方案的早期導(dǎo)致毒性作用。因此,這些反義寡核苷酸不合適作為治療劑,不用于進(jìn)一步的研究。
實施例22:中樞反義寡核苷酸施用后行為和生理異常的測定
本研究的目的是調(diào)查單次腦室內(nèi)(icv)反義寡核苷酸施用對大鼠神經(jīng)和所產(chǎn)生的行為參數(shù)的影響。
方法說明:
在氯胺酮/木糖酸麻醉和半無菌條件下進(jìn)行立體定向程序。手術(shù)后,大鼠恢復(fù)兩天。
植入icv引導(dǎo)插管
將動物置于立體定位框架中,將引導(dǎo)插管(12mm)植入左側(cè)腦室上方2mm(相對于前囟的坐標(biāo):后距1.0mm,中線側(cè)向-1.6mm,顱骨表面下方1.8mm)。
使用牙科丙烯酸水泥(kallocryl,
icv輸注
使用27號插管使稍微受約束的大鼠接受aso(2μm/5μl,10μm/5μl,50μm/5μl,250μm/5μl)或媒介物(5μl,0.9%nacl,ph7.4,braun)的icv輸注,其延伸超過引導(dǎo)插管2mm并且保持位置30秒以允許擴(kuò)散。在icv施用后15、30、60和120分鐘監(jiān)測大鼠的行為反應(yīng)、運動活動、cns激發(fā)、姿勢、運動協(xié)調(diào)、肌張力、反射和體溫。
插管和微量透析探針放置的驗證
處死后,取出腦,快速冷凍并儲存于-80℃直到分析。在40μm冠狀、甲酚紫染色的腦切片處進(jìn)行icv植入部位的組織學(xué)驗證。
本結(jié)果表明,對于不同劑量的單次aso(對于序列seq.idno.218b和seq.idno.218c)icv施用,由于對神經(jīng)學(xué)參數(shù)的影響而在大鼠中是安全和可靠的技術(shù)。
實施例23:食蟹猴glp-毒性研究(大鼠中的毒性前實驗)的理想劑量范圍的測定
為了調(diào)查每日靜脈內(nèi)(iv)反義-寡核苷酸(aso)施用的任何一般性毒理作用,并且為了取得大鼠中g(shù)lp-前毒性研究的完美劑量范圍,進(jìn)行大鼠的毒性前試驗。
方法說明:
對于重復(fù)靜脈內(nèi)aso注射,將20只雄性和20只雌性大鼠分為四個治療組:媒介物組,aso低,aso中等和aso高組。這個范例是針對seq.idno.218b和seq.idno.218c執(zhí)行的。大鼠連續(xù)15天每天接受靜脈內(nèi)推注aso注射。監(jiān)測大鼠的死亡率(每天兩次),臨床癥狀(每日一次,體重發(fā)育(每周),食物消耗(每周)。在實驗范例的第15天,處死動物,取出器官(肝,腎,腦)并收集軀干血液。然后分析組織和血液的免疫學(xué)和血液學(xué)變化。
本研究的結(jié)果顯示了兩個asoseq.idno.218b和seq.idno.218c是用于各種不同疾病的安全藥物,當(dāng)以低和中等劑量施用時,其無毒性作用。
實施例24:通過重復(fù)靜脈內(nèi)反義寡核苷酸注射測定任何一般性毒理作用
本研究的目的是調(diào)查每日靜脈內(nèi)(iv)反義寡核苷酸(aso)施用在大鼠體內(nèi)引發(fā)的一般性毒理作用。
方法說明:
對于重復(fù)靜脈內(nèi)aso注射,將80只雄性和80只雌性大鼠分為4個治療組:媒介物組,aso低,aso中等和aso高組。大鼠連續(xù)29天每天接受靜脈內(nèi)推注aso注射。監(jiān)測大鼠的死亡率(每天兩次),臨床癥狀(每日一次,體重發(fā)展(每周),食物消耗(每周)。在實驗范例的第29天,處死動物,取出器官(肝,腎,腦)并收集軀干血液。此外,收集骨髓涂片。然后分析組織和血液的免疫學(xué)和血液學(xué)以及組織病理學(xué)改變。
本研究的結(jié)果顯示了兩個asoseq.idno.218b和seq.idno.218c是用于各種不同疾病的安全藥物,當(dāng)以低和中等劑量施用時,其無毒性作用。
實施例25:在食蟹猴中測定慢性中樞反義寡核苷酸施用的毒理學(xué)性質(zhì)
為了確定有效劑量,并確定毒性劑量,雄性和雌性食蟹猴通過慢性腦室內(nèi)施用接受不同劑量的本發(fā)明的反義寡核苷酸(aso)。在施用范例期間,監(jiān)測動物的免疫學(xué)、血液學(xué)和生理學(xué)改變。
方法說明:
對于雄性和雌性食蟹猴的慢性中樞aso輸注,將連接到靶向右側(cè)腦室的有機(jī)硅導(dǎo)管的氣壓泵(0.25ml/24h,tricumed-ip2000v)在氯胺酮/木糖酸麻醉和半無菌條件下皮下植入。每個處理條件(表79中給出的媒介物、aso低、aso高、濃度)使用三只雄性和三只雌性猴。此外,為了研究恢復(fù)的時間表,在aso施用終止后四周,處死兩只雄性和兩只雌性猴(媒介物和aso高)。每個泵通過在猴頸部的10cm長的皮膚切口皮下植入腹部,并通過硅膠導(dǎo)管與icv插管連接。將動物置于立體定位框架中,將icv插管下降到右側(cè)腦室。使用牙科水泥(kallocryl,speiko-dr。speiergmbh,münster,germany)用兩個不銹鋼螺釘固定插管。頸部的皮膚用縫合線封閉。在手術(shù)過程中,體溫通過加熱墊保持。為了避免手術(shù)后感染,用
表80.四周glp-毒性研究和額外的4周恢復(fù)期的處理條件和每組的動物。
本研究的結(jié)果表明慢性腦室內(nèi)aso施用是用于治療各種不同的疾病的無毒和安全的藥物。
實施例26:在不同媒介物溶液中測定反義寡核苷酸的穩(wěn)定性和生物學(xué)活性
為了研究反義寡核苷酸(seq.idno.218b,seq.idno.218c)和輸注溶液是否存在任何相互作用的影響,進(jìn)行了29天的預(yù)實驗。因此,兩種aso在不同的不含內(nèi)毒素的媒介物溶液(pbs,注射用水(wfi),0.9%nacl)中重構(gòu),分別在不同的條件下儲存。每一周收集樣品,并通過aex-hplc分析ph值、aso穩(wěn)定性、含量和完整性。通過分別在每個樣品中證明細(xì)胞培養(yǎng)測定中tgf-riimrna敲低的效力來測試功效條件的任何變化。
方法說明:
在無菌條件(層流,biowizardgoldengl-170
表81:aso-媒介物-穩(wěn)定性研究的標(biāo)記方案。標(biāo)記方案是針對seq.idno.218b和seq.idno.218c(各自10μm和0.24mm)和所有三種媒介物wfi、0.9%nacl和pbs(=>12種不同方案)進(jìn)行的。
表82:aso-媒介物-穩(wěn)定性研究的收集方案。收集方案是針對seq.idno.218b和seq.idno.218c(各自10μm和0.24mm)和所有三種媒介物wfi、0.9%nacl和pbs(=>12種不同方案)進(jìn)行的。
由于任何媒介物溶液對seq.idno.218b和seq.idno.218c的穩(wěn)定性、含量和完整性沒有任何影響,將0.9%nacl用于aso-使用穩(wěn)定性實驗。
實施例27:測定本發(fā)明的反義寡核苷酸(aso)在媒介物溶液中的使用穩(wěn)定性和生物學(xué)活性
為了研究反義寡核苷酸(aso)(seq.idno.218b,seq.idno.218c)和氣體壓力泵或?qū)Ч苁欠翊嬖谌魏蜗嗷プ饔玫挠绊懀M(jìn)行了29天的預(yù)實驗。因此,兩種aso在0.9%nacl中重構(gòu),泵和導(dǎo)管按照制造商說明進(jìn)行填充。每一周收集樣品,并通過aex-hplc分析ph值,微生物學(xué)和寡聚體穩(wěn)定性,含量和完整性。還通過分別在每個樣品的細(xì)胞培養(yǎng)測定中證明敲低tgf-riimrna的效力來測試功效條件的任何變化。
方法說明:
凍干的aso在無菌條件(層流,biowizardgoldengl-170
表83:aso使用穩(wěn)定性研究的標(biāo)記方案。標(biāo)記方案是針對seq.idno.218b和seq.idno.218c(各自0.24mm)進(jìn)行的。ps:(pumpsample:直接從導(dǎo)管取樣),as:(additionalsample:通過推注口直接從泵內(nèi)的儲液器中取樣,mb:(microbiology:來自ps和as的500μm)
表84:aso使用穩(wěn)定性研究的收集方案。收集方案是針對seq.idno.218b和seq.idno.218c(0.24mm)進(jìn)行的。ps:(pumpsample:直接從導(dǎo)管取樣),as:(additionalsample:通過推注口直接從泵內(nèi)的儲液器中取樣,mb:(microbiology:來自ps和as的500μm)
由于泵和導(dǎo)管沒有影響seq.idno.218b和seq.idno.218c的穩(wěn)定性、含量和完整性,也沒有明顯的微生物問題,這種應(yīng)用范例代表了食蟹猴和人中鞘內(nèi)和腦室內(nèi)施用的最佳技術(shù)。
化學(xué)合成
縮寫
pybop:(苯并三唑-1-基-氧)三吡咯烷基鏻六氟磷酸鹽
dcm:二氯甲烷
dmf:二甲基甲酰胺
dmap:4-二甲基氨基吡啶
dmt:4,4'二甲氧基三苯甲基
lcaa:長鏈烷基氨基
tris:三(羥甲基)-氨基甲烷
tris-hcl:三(羥甲基)-氨基甲烷鹽酸鹽
depc:二碳酸二乙酯
gapmer反義寡核苷酸合成和純化
在abi3900或abi394合成儀上,或在expeditetm(appliedbiosystems)上根據(jù)亞磷酰胺寡聚化學(xué)方法組裝gapmer形式的反義寡核苷酸。在abi3900上,固相支持物是負(fù)載unysupport(購自glenresearch,sterling,virginia,usa)的聚苯乙烯,以得到0.2μmol的合成規(guī)模。在abi394上,固相支持物是負(fù)載從chemgenes(wilmington,ma,usa)購買的unylinkertm的500a受控孔玻璃(cpg),以得到3μmol的合成規(guī)模。
輔助合成試劑如“deblock”,“oxidizer”,“capa”和“capb”以及dna亞磷酰胺從safcproligo(hamburg,germany)獲得。
具體地說,將脫氧胸苷(dt)、4-n-苯甲?;?2'-脫氧胞苷(dcbz)、6-n-苯甲?;?2'-脫氧腺苷(dabz)和2-n-異丁?;?2'-脫氧鳥苷(dgibu)的5’-o-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-o,3'-o-(2-氰基乙基n,n-二異丙基)亞磷酰胺單體用作dna構(gòu)建單元。5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒-鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(lna-gdmf),5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(2-氰乙基)-(n,n-二異丙基)]亞磷酰胺(lna-tb),5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(lna-abz),5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(lna-c*bz)用作lna構(gòu)建單元。lna亞磷酰胺購自exiqon(vebaek,denmark)。
如表85中的lna的實例所示,將亞磷酰胺溶解在無水乙腈中,得到0.07m寡核苷酸,除了溶解在thf/乙腈(25/75(v/v))的混合物中的lna-c*bz之外。
表85:
β-d-硫代-lna5'-o-dmt-2'-脫氧-2'-巰基-2'-s,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺,5'-o-dmt-2'脫氧-2'-巰基-2'-s,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺,5'-o-dmt-2'-脫氧-2'-巰基-2'-s,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺,5'-o-dmt-2'-脫氧-2'-巰基-2'-s,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(2-氰乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺,和5'-o-dmt-2'-脫氧-2'-氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺如j.org.chem.1998,63,6078–6079中所述合成。
β-d-氨基-lna5'-o-dmt-2'脫氧-2'-氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲酰基胞苷-3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺,5'-o-dmt-2'-脫氧-2'-氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺,5'-o-dmt-2'-脫氧-2'-氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺,5'o-dmt-2'-脫氧-2'-甲氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺和5'-o-dmt-2'脫氧-2'-甲氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺,5'-o-dmt-2'-脫氧-2'-甲氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺,5'-o-dmt-2'脫氧-2'-甲氨基-2'-n,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺的合成根據(jù)文獻(xiàn)程序(j.orgchem.1998,63,6078–6079)進(jìn)行。
α-l-氧基-lna_α-l-5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺,α-l-5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰基乙基-n,n--二異丙基)亞磷酰胺,α-l-5'-o-dmt-2'-o,4'-c亞甲基-n2-二甲基脒啶鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺和α-l-5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺以類似于文獻(xiàn)(j.am.chem.soc.2002,124,2164-2176;angew.chem.int.ed.200,39,1656–1659)中描述的程序進(jìn)行。
用類似于caruthers(j.org.chem.1996,61,4272-4281)報道的方案制備用于合成具有硫代磷酸酯主鏈的寡核苷酸的(β-苯甲酰巰基)乙基)吡咯烷基硫代亞磷酰胺。
“亞磷酰胺-c3”(3-(4,4'-二甲氧基三苯甲基氧基)丙基-1-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺和“3'-間隔子c3cpg”(1-二甲氧基三苯甲基氧基-丙二醇-3-琥珀?;?-長鏈烷基氨基-cpg購自glenresearch。
一般程序
lna固相支持物的制備:
1)lna琥珀酰半酯的制備(wo2007/112754)
將5'-o-dmt-3'-羥基核苷單體、琥珀酸酐(1.2當(dāng)量)和dmap(1.2當(dāng)量)溶于35ml二氯甲烷(dcm)中。將反應(yīng)在室溫下攪拌過夜。在用0.1mph5.5(2x)nah2po4和鹽水(1x)萃取后,將有機(jī)層進(jìn)一步用無水naso4干燥并過濾并蒸發(fā)。得到半酯衍生物,產(chǎn)率為95%,無需進(jìn)一步純化即可使用。
2)lna-支持物的制備(wo2007/112754)
將上述制備的半酯衍生物(90μmol)溶于最少量的dmf中,加入diea和pybop(90μmol)并混合1分鐘。將該預(yù)活化的混合物在手動合成儀中與lcaacpg(
寡核苷酸的延伸(偶聯(lián))
5-乙硫基-1h-四唑(ett)作為活化劑(乙腈中0.5m)用于亞磷酰胺的偶聯(lián)。代替ett,可以使用其它試劑如wo2007/112754中所述的4,5-二氰基咪唑(dci),5-芐基硫基-1h-四唑或糖精-1-甲基咪唑可用作活化劑。將在乙腈中的0.25mdci用于與lna的偶聯(lián)。
封端
加入10%乙酸酐(ac2o)的thf(hplc級)和10%n-甲基咪唑(nmi)的thf/吡啶(8:1)(hplc級),使其反應(yīng)。
氧化
磷(iii)至磷(v)通常用例如碘/thf/吡啶/h2o,使用購自glenresearch的0.02m碘的thf/吡啶/h2o或購自購自glenresearch的0.5m1s)-(+)-(10-樟腦磺酰基)-惡氮烷(cso)來完成
在制備磷酸核苷間核苷鍵聯(lián)的情況下,使用3-((二甲基氨基亞甲基)氨基)-3h-1,2,4-二噻唑-3-硫酮(ddtt,獲自chemgenes(wilmington,ma,usa))在無水乙腈/吡啶(1:1v/v)中的0.05m溶液。在使用lna的情況下,使用0.2m3,h-1,2-苯并噻吩-3-酮1,1-二氧化物(beaucage試劑)在無水乙腈中進(jìn)行硫醇化。
通常,如wo2007/112754中所述,硫醇化還可以通過使用氯化亞烷(0.01m,在乙腈/吡啶10%中)進(jìn)行。
替代地,可以應(yīng)用硫醇化步驟的其它試劑如氫化黃原素(5-亞氨基-(1,2,4)二噻唑烷-3-硫酮),苯乙?;蚧?pads)。
在合成二硫代磷酸酯的情況下,通過加入在吡啶/異腈(4:1v/v)中的0.05mddtt(3-((二甲基氨基-亞甲基)氨基)-3h-1,2,4-二噻唑-3-硫酮)將所得硫代亞磷酸三酯氧化成硫代磷酸三酯。
從固相支持物的切割和脫保護(hù)
在固相合成結(jié)束時,反義寡核苷酸可以被切割為“dmt-on”或“dmt-off”?!癲mtoff”意指使用“deblock”試劑在合成儀上除去最終的5'-o-(4,4'二甲氧基三苯甲基)基團(tuán)和dmt-on意指當(dāng)寡核苷酸從固相支持物上切割時存在該基團(tuán)。用三氯乙酸除去dmt交替。
“dmt-off”
固相合成完成后,反義寡核苷酸用乙腈(biosolvebv,valkenswaard,thenetherlands)中的20%二乙胺溶液處理20分鐘。以除去磷酸酯主鏈上的氰基乙基保護(hù)基。隨后,將反義寡核苷酸從固相支持物上切下,并使用1至5ml濃氨水(從sigmaaldrich獲得)在55℃下脫保護(hù)16小時。通過過濾或離心從反義寡核苷酸中分離固相支持物。
如果寡核苷酸含有二硫代磷酸三酯,則硫醇基團(tuán)用1:1:2v/v/v的苯硫酚:三乙胺:二惡烷脫保護(hù)24小時,然后使用氨水將寡核苷酸從固相支持物上切掉,在室溫下進(jìn)行1-2小時,并在65℃進(jìn)一步脫保護(hù)4小時。
“dmt-on”
在室溫下,使用氨水將寡核苷酸從固相支持物上切掉,進(jìn)行1-2小時,并在65℃進(jìn)一步脫保護(hù)4小時。寡核苷酸通過反相hplc(rp-hplc)純化,然后用三氯乙酸除去dmt-基團(tuán)。
如果寡核苷酸含有二硫代磷酸三酯,則通過在55℃下在濃乙醇(氨/乙醇3:1v/v)中加入850μl氨進(jìn)行從固相支持物的切割和硫醇基的脫保護(hù),進(jìn)行15-16h。
末端基團(tuán)
在反義寡核苷酸的5'-末端的末端基團(tuán)
固體支持的寡核苷酸用在二氯甲烷(w/v)中的3%三氯乙酸處理,以完全去除5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。此外,化合物用適當(dāng)?shù)木哂星杌一?n,n-二異丙基)亞磷酰胺部分的末端基團(tuán)轉(zhuǎn)化。在將磷(iii)氧化成磷(v)后,如上所述進(jìn)行脫保護(hù)、從固相支持物和脫保護(hù)序列脫離。
純化
接下來,將粗制的反義寡核苷酸通過aktaexplorer系統(tǒng)(gehealthcare,freiburg,germany)上的陰離子交換高效液相色譜(hplc)和填充有sourceq15(gehelthcare)的柱進(jìn)行純化。緩沖液a為10mm高氯酸鈉,20mmtris,1mmedta,ph7.4,并且含有20%乙腈,緩沖液b與緩沖液a相同,但不包括500mm高氯酸鈉。采用32柱體積(cv)內(nèi)15%b至55%b的梯度。記錄280nm處的uv跡線。合并適當(dāng)?shù)募壏植⒂?mnaoac,ph=5.2和70%乙醇沉淀。最后,用70%乙醇洗滌沉淀。(analytics)
通過電噴霧電離質(zhì)譜(esims)證實反義寡核苷酸的鑒定,純度通過分析型oligopro毛細(xì)管電泳(ce)進(jìn)行。
二硫酸鹽的純化在裝有monoq10/100gl柱的amershambiosciencesp920fplc儀器上進(jìn)行。用depc處理的水制備緩沖液,其組成如下:緩沖液a:25mmtris-hcl,1mmedta,ph8.0;緩沖液b:25mmtris-hcl,1mmedta,1mnacl,ph8.0。
實施例28
gb1stb1sdasdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsab1sgb1sc*b1(seq.idno.209y)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c亞甲基-5-甲基-n4-苯并氧基胞苷-3'-o-琥珀酰基連接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。在用總量800μl乙腈的幾次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基))-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁酰基-2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁酰基-2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁酰基-2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲酰基-2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
固相合成完成后,將反義寡核苷酸用乙腈(biosolvebv,valkenswaard,thenetherlands)中的20%二乙胺溶液處理20分鐘。以除去磷酸酯主鏈上的氰基乙基保護(hù)基。
隨后,將反義寡核苷酸從固相支持物上切下,并在55℃下使用5ml濃氨水進(jìn)一步脫保護(hù)16小時。通過過濾或離心從反義寡核苷酸中分離固相支持物。
接下來,將粗制的反義寡核苷酸通過aktaexplorer系統(tǒng)(gehealthcare,freiburg,germany)上的陰離子交換高效液相色譜(hplc)和填充有sourceq15(gehelthcare)的柱進(jìn)行純化。緩沖液a為10mm高氯酸鈉,20mmtris,1mmedta,ph7.4,并且含有20%乙腈,緩沖液b與緩沖液a相同,但不包括500mm高氯酸鈉。采用32柱體積(cv)內(nèi)15%b至55%b的梯度。記錄280nm處的uv跡線。合并適當(dāng)?shù)募壏植⒂?mnaoac,ph=5.2和70%乙醇沉淀。最后,用70%乙醇洗滌沉淀。接受純度為93.7%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5387.3da;計算值:5387.80da。
實施例29
gb1tb1dadgdtdgdtdtdtdadgdgdgab1gb1c*b1(seq.idno.209u)
lna根據(jù)一般程序結(jié)合至cpg。偶聯(lián)反應(yīng)和封端步驟也如實施例28所述進(jìn)行。封端步驟之后,用800μl乙腈沖洗該系統(tǒng),并將400μlthf/吡啶/h2o中的0.02m碘插入柱45秒。在氧化步驟后用24μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。純化后,接受95.3%純度的反義寡核苷酸。esims:實驗值:5146.80da;計算值:5146.4da。
實施例30
/5spc3s/gb1stb1sdasdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsab1sgb1sc*b1(seq.idno.209v)
根據(jù)一般程序,使用如實施例28中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成該化合物。但是除了在最后一個核苷酸偶聯(lián)到寡核苷酸之后,進(jìn)行了后續(xù)的氧化和封端步驟,加入80μl亞磷酰胺-c3(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)。使偶聯(lián)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑。隨后的步驟如實施例28所述進(jìn)行。純化后,接受純度為97.4%的反義寡核苷酸。hrms(esi):實驗值:5540.70da;計算值:5541.4da。
實施例31
gb1stb1sdasdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsab1sgb1sc*b1/3spc3s/(seq.idno.209w)
3'-間隔子c3cpg(0.2μmol)用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60s以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。隨后的反應(yīng)如實施例28所述進(jìn)行。純化后,接受純度為92.7%的反義寡核苷酸。esi-sms:實驗值:5541.70da;計算值:5541.4da。
實施例32
gb1sstb1ssab1ssdgssdtssdgssdtssdtssdtssda*ssdgssdgssdgssab1ssgb1ssc*b1(seq.idno.209an)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c亞甲基-5-甲基-n4-苯并氧基胞苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(β-苯甲酰巰基))乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5’-o-dmt-2’-o,4’-c亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
以相同的方式進(jìn)行寡核苷酸的進(jìn)一步延伸。
在固相合成完成后,將反義寡核苷酸在濃乙醇(氨/乙醇3:1v/v)中用850μl氨在55℃處理15-16h,以從固相支持物切割反義寡核苷酸,和使硫醇基脫保護(hù)。
接下來,使用monoq10/100gl柱,通過陰離子交換色譜法純化粗制的反義寡核苷酸。用depc處理的水制備緩沖液,其組成如下:緩沖液a:25mmtris-hcl,1mmedta,ph8.0;緩沖液b:25mmtris-hcl,1mmedta,1mnacl,ph8.0。
實施例33
gb1stb1sab1sdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsgbsab1sgb1sc*b1(seq.idno.209az)
根據(jù)一般程序,用如實施例28所示例的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為90.5%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5442.9da;計算值:5443.3da。
實施例34
gb1stb1sab1sgb1sdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsgb1sab1sgb1sc*b1(seq.idno.209ba)
根據(jù)一般方法,用如實施例28所示例的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為89.4%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5469.9da;計算值:5471.3da。
實施例35
gb1stb1sab1sdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsdasgb1sc*b1(seq.idno.209bb)
根據(jù)一般程序,用如實施例28所示例的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為88.4%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5386.5da;計算值:5387.3da。
實施例36
gb1tb1dasdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsab1gb1c*b1(seq.idno.209s)
根據(jù)實施例28和實施例29所述的方法,用適當(dāng)?shù)膁na、dna衍生物和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為96.8%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5323.30da;計算值:5323.0da。
實施例37
gb1stb1sda*sdgsdtsdgsdtsdtsdtsda*sdgsdgsdgsab1sgb1sc*b1(seq.idno.209t)
根據(jù)一般程序并如實施例28所述用合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受91.4%純度的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5416.30da;計算值:5417.3da。
實施例38
/5spc3s/gb1stb1sdasdgsdtsdgsdtsdtsdtsdasdgsdgsdgsab1sgb1sc*b1/3spc3s/(seq.idno.209x)
根據(jù)一般程序,用實施例28、實施例30和實施例31中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為95.1%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5696.30da;計算值:5695.5da。
實施例39-132
根據(jù)一般程序并如實施例中所示合成表6的其它寡核苷酸。以與含有β-d-氧基-lna單元的反義寡核苷酸相同的方式進(jìn)行包含β-d-硫基-lna、α-l-氧基-lna、β-d-(nh)-lna或β-d-(nch3)-lna單元的反義寡核苷酸的制備。
實施例133
gb1sc*b1stb1sab1sdtsdtsdtsdgsdgsdtsdasdgsdtsgb1stb1stb1(seq.idno.210q)
1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基胸苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁酰基-2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
固相合成完成后,將反義寡核苷酸用乙腈(biosolvebv,valkenswaard,thenetherlands)中的20%二乙胺溶液處理20分鐘。以除去磷酸酯主鏈上的氰基乙基保護(hù)基。
隨后,將反義寡核苷酸從固相支持物上切下,并在55℃下使用5ml濃氨水進(jìn)一步脫保護(hù)16小時。通過過濾或離心從反義寡核苷酸中分離固相支持物。
接下來,將粗制的反義寡核苷酸通過aktaexplorer系統(tǒng)(gehealthcare,freiburg,germany)上的陰離子交換高效液相色譜(hplc)和填充有sourceq15(gehelthcare)的柱進(jìn)行純化。緩沖液a為10mm高氯酸鈉,20mmtris,1mmedta,ph7.4,并且含有20%乙腈,緩沖液b與緩沖液a相同,但不包括500mm高氯酸鈉。采用32柱體積(cv)內(nèi)15%b至55%b的梯度。記錄280nm處的uv跡線。合并適當(dāng)?shù)募壏植⒂?mnaoac,ph=5.2和70%乙醇沉淀。最后,用70%乙醇洗滌沉淀。
接受純度為87.1%的反義寡核苷酸。
esi-ms:實驗值:5384.30da;計算值:5384.3da。
實施例134
gb1c*b1tb1ab1dtdtdtdgdgdtda*dgdtgb1tb1tb1(seq.idno.210r)
lna根據(jù)一般程序結(jié)合至cpg。偶聯(lián)反應(yīng)和封端步驟也如實施例133所述進(jìn)行。封端步驟之后,用800μl乙腈沖洗該系統(tǒng),并將400μlthf/吡啶/h2o中的0.02m碘插入柱45秒。在氧化步驟后用24μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。純化后,接受95.3%純度的反義寡核苷酸。
實施例135
/5spc3s/gb1sc*b1stb1sab1sdtsdtsdtsdgsdgsdtsdasdgsdtsgb1stb1stb1(seq.idno.210v)
根據(jù)一般程序,使用如實施例133中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成該化合物。但是除了在最后一個核苷酸偶聯(lián)到寡核苷酸之后,進(jìn)行了后續(xù)的氧化和封端步驟,加入80μl亞磷酰胺-c3(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)。使偶聯(lián)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑。隨后的步驟如實施例133所述進(jìn)行。純化后,接受純度為93.9%的反義寡核苷酸。
實施例136
gb1sc*b1stb1sab1sdtsdtsdtsdgsdgsdtsdasdgsdtsgb1stb1stb1/3spc3s/(seq.idno.210w)
3'-間隔子c3cpg(0.2μmol)用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60s以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。隨后的反應(yīng)如實施例133所述進(jìn)行。純化后,接受純度為89.7%的反義寡核苷酸。
實施例137
gb1c*b1tb1ab1dtsdtsdtsdgsdgsdtsdasdgsdtsgb1tb1tb1(seq.idno.210o)
根據(jù)一般程序,用如實施例133和實施例134中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為83.8%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5288.10da;計算值:5287.9da。
實施例138
gb1sc*b1stb1sab1sdtsdtsdtdgsdgsdtsda*sdgsdtsgb1stb1stb1(seq.idno.210p)
根據(jù)一般程序,用如實施例133所示的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為80.7%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5398.40da;計算值:5399.3da。
實施例139
gb1ssc*b1sstb1ssdassdtssdtssdtssdgssdgssdtssda*ssdgssdtssgb1sstb1sstb1(seq.idno.210af)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷--3'-[(β-苯甲酰巰基))乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
以相同的方式進(jìn)行寡核苷酸的進(jìn)一步延伸。
在固相合成完成后,將反義寡核苷酸在濃乙醇(氨/乙醇3:1v/v)中用850μl氨在55℃處理15-16h,以從固相支持物切割反義寡核苷酸,和使硫醇基脫保護(hù)。
接下來,使用monoq10/100gl柱,通過陰離子交換色譜法純化粗制的反義寡核苷酸。用depc處理的水制備緩沖液,其組成如下:緩沖液a:25mmtris-hcl,1mmedta,ph8.0;緩沖液b:25mmtris-hcl,1mmedta,1mnacl,ph8.0。
實施例140至233
根據(jù)一般程序并如實施例中所示合成表7的其它寡核苷酸。以與含有β-d-氧基-lna單元的反義寡核苷酸相同的方式進(jìn)行包含β-d-硫基-lna、α-l-氧基-lna、β-d-(nh)-lna或β-d-(nch3)-lna單元的反義寡核苷酸的制備。
實施例234
c*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdcsdcsab1sgb1stb1sab1(seq.idno.218b)
5’-o-dmt-2’-o,4’-c亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-o-琥珀酸酯
將5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷(500mg,0.73mmol)、95mg琥珀酸酐(0.95mmol,1.2當(dāng)量)和116mgdmap(0.95mmol,1.2當(dāng)量)溶解在35ml二氯甲烷中。將反應(yīng)在室溫下攪拌過夜。將反應(yīng)溶液用10mlnah2po4(0.1m,ph5.5)洗滌2次,并用10ml鹽水洗滌1次。將有機(jī)相在無水naso4下干燥,過濾并真空濃縮干燥。得到95%產(chǎn)率的半酯衍生物,將其不經(jīng)進(jìn)一步純化用于下一步驟。
5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg
將70mg半酯衍生物(90μmol)溶于0.3mldmf中,加入11.6μldiea(90μmol)和pybop(90μmol),并混合1分鐘。將該混合物在手動合成儀中與lcaacpg(
延伸
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯并氧基腺苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲?;?2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲酰基-2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁酰基-2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
固相合成完成后,將反義寡核苷酸用乙腈(biosolvebv,valkenswaard,thenetherlands)中的20%二乙胺溶液處理20分鐘。以除去磷酸酯主鏈上的氰基乙基保護(hù)基。
隨后,將反義寡核苷酸從固相支持物上切下,并在55℃下使用5ml濃氨水進(jìn)一步脫保護(hù)16小時。通過過濾或離心從反義寡核苷酸中分離固相支持物。
接下來,將粗制的反義寡核苷酸通過aktaexplorer系統(tǒng)(gehealthcare,freiburg,germany)上的陰離子交換高效液相色譜(hplc)和填充有sourceq15(gehelthcare)的柱進(jìn)行純化。緩沖液a為10mm高氯酸鈉,20mmtris,1mmedta,ph7.4,并且含有20%乙腈,緩沖液b與緩沖液a相同,但不包括500mm高氯酸鈉。采用32柱體積(cv)內(nèi)15%b至55%b的梯度。記錄280nm處的uv跡線。合并適當(dāng)?shù)募壏植⒂?mnaoac,ph=5.2和70%乙醇沉淀。最后,用70%乙醇洗滌沉淀。接受純度為94.8%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5365.80da;計算值:5365.30da。
實施例235
c*b1ab1tb1dgdadadtdgdgdadcdcab1gb1tb1ab1(seq.idno.218r)
lna根據(jù)一般程序結(jié)合至cpg。偶聯(lián)反應(yīng)和封端步驟也如實施例234所述進(jìn)行。封端步驟之后,用800μl乙腈沖洗該系統(tǒng),并將400μlthf/吡啶/h2o中的0.02m碘插入柱45秒。在氧化步驟后用24μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。純化后,接受純度為97.8%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5125.10da。計算值:5124.4da。
實施例236
/5spc3s/c*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdcsdcsab1sgb1stb1sab1(seq.idno.218t)
根據(jù)一般程序,使用如實施例234中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成該化合物。但是除了在最后一個核苷酸偶聯(lián)到寡核苷酸之后,進(jìn)行了后續(xù)的氧化和封端步驟,加入80μl亞磷酰胺-c3(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)。使偶聯(lián)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑。隨后的步驟如實施例234所述進(jìn)行。純化后,接受純度為94.2%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5519.60da;計算值:5519.4da。
實施例237
c*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdcsdcsab1sgb1stb1sab1s/3spc3/(seq.idno.218u)
3'-間隔子c3cpg(0.2μmol)用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60s以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。隨后的反應(yīng)如實施例234所述進(jìn)行。純化后,接受純度為94.3%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5519.10da;計算值:5519.4da。
實施例238
c*b1ssab1sstb1ssdgssdassdassdtssdgssdgssdassdcssdcssab1ssgb1sstb1ssab1(seq.idno.218aa)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
以相同的方式進(jìn)行寡核苷酸的進(jìn)一步延伸。
在固相合成完成后,將反義寡核苷酸在濃乙醇(氨/乙醇3:1v/v)中用850μl氨在55℃處理15-16h,以從固相支持物切割反義寡核苷酸,和使硫醇基脫保護(hù)。
接下來,使用monoq10/100gl柱,通過陰離子交換色譜法純化粗制的反義寡核苷酸。用depc處理的水制備緩沖液,其組成如下:緩沖液a:25mmtris-hcl,1mmedta,ph8.0;緩沖液b:25mmtris-hcl,1mmedta,1mnacl,ph8.0。
實施例239
c*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdc*sdc*sab1sgb1stb1sab1(seq.idno.218m)
根據(jù)一般程序,用如實施例234所示例的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為93.8%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5394.00da;計算值:5393.3da。
實施例240
c*b1ab1tb1dgsdasdasdtsdgsdgsdasdc*sdc*sab1gb1tb1ab1(seq.idno.218n)
根據(jù)一般程序,使用如實施例234和實施例235所示例的合適的dna結(jié)構(gòu)單元和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為94.7%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5297.30da;計算值:5297.0da。
實施例241
c*b1sab1stb1sdgsda*sda*sdtsdgsdgsda*sdcsdcsab1sgb1stb1sab1(seq.idno.218o)
根據(jù)一般程序,用如實施例234所示例的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為92.8%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5410.40da;計算值:5410.3da。
實施例242
c*b1sab1stb1sdgsda*sda*sdtsdgsdgsda*sdc*sdc*sab1sgb1stb1sab1(seq.id.no.218p)
根據(jù)一般程序,使用如實施例234所示例的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為95.3%的反義寡核苷酸。esi-ms:實驗值:5437.40da;計算值:5438.4da。
實施例243
c*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdc*sdcsabsgb1stb1sab1(seq.idno.218q)
根據(jù)一般程序,使用如實施例234所示例的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為93.9%的反義寡核苷酸。esims:實驗值:5378.80da;計算值:5379.3da。
實施例244
c*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdcsdc*sab1sgb1stb1sab1(seq.idno.218c)
根據(jù)一般程序,用如實施例234中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為92.9%的反義寡核苷酸。esims:實驗值:5379.10da;計算值:5379.3da。
實施例245
c*b1sab1stb1sdgdadadtdgdgdadc*sdc*sab1sgb1stb1sab1(seq.idno.218s)
根據(jù)一般程序,用如實施例234中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為94.5%的反義寡核苷酸。esims:實驗值:5152.70da;計算值:5152.4da。
實施例246
/5spc3/sc*b1sab1stb1sdgsdasdasdtsdgsdgsdasdcsdcsab1sgb1stb1sab1s/3spc3/(seq.idno.218v)
根據(jù)一般程序,使用如實施例234、實施例236和實施例237所示例的合適的dna結(jié)構(gòu)單元和lna結(jié)構(gòu)單元合成化合物。純化后,接受純度為94.4%的反義寡核苷酸。esims:實驗值:5673.50da;計算值:5673.5da
實施例247-335
根據(jù)一般程序和如實施例所示合成表8的其它寡核苷酸。以與含有β-d-氧基-lna單元的反義寡核苷酸相同的方式進(jìn)行包含β-d-硫基-lna、α-l-氧基-lna、β-d-(nh)-lna或β-d-(nch3)-lna單元的反義寡核苷酸的制備。
實施例336
c*b1sgb1sab1stb1sdasdcsdgsdcsdgsdtsdcsdcsab1sc*b1sab1(seq.idno.152h)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲酰基胞苷-3'(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲?;?2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲?;?2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁酰基-2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲?;?2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲?;?2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲酰基胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
固相合成完成后,將反義寡核苷酸用乙腈(biosolvebv,valkenswaard,thenetherlands)中的20%二乙胺溶液處理20分鐘。以除去磷酸酯主鏈上的氰基乙基保護(hù)基。
隨后,將反義寡核苷酸從固相支持物上切下,并在55℃下使用5ml濃氨水進(jìn)一步脫保護(hù)16小時。通過過濾或離心從反義寡核苷酸中分離固相支持物。
接下來,將粗制的反義寡核苷酸通過aktaexplorer系統(tǒng)(gehealthcare,freiburg,germany)上的陰離子交換高效液相色譜(hplc)和填充有sourceq15(gehelthcare)的柱進(jìn)行純化。緩沖液a為10mm高氯酸鈉,20mmtris,1mmedta,ph7.4,并且含有20%乙腈,緩沖液b與緩沖液a相同,但不包括500mm高氯酸鈉。采用32柱體積(cv)內(nèi)15%b至55%b的梯度。記錄280nm處的uv跡線。合并適當(dāng)?shù)募壏植⒂?mnaoac,ph=5.2和70%乙醇沉淀。最后,用70%乙醇洗滌沉淀。
實施例337
c*b1gb1ab1tb1dadcdgdc*dgdtdcdc*ab1c*b1ab1(seq.idno.152q)
lna根據(jù)一般程序結(jié)合至cpg。偶聯(lián)反應(yīng)和封端步驟也如實施例336所述進(jìn)行。封端步驟之后,用800μl乙腈沖洗該系統(tǒng),并將400μlthf/吡啶/h2o中的0.02m碘插入柱45秒。在氧化步驟后用24μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。純化后,接受純度為93.1%的反義寡核苷酸。
實施例338
/5spc3s/c*b1sgb1sab1stb1sdasdc*sdgsdc*sdgsdtsdcsdcsab1sc*b1sab1(seq.id.no.152s)
根據(jù)一般程序,使用如實施例336中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成該化合物。但是除了在最后一個核苷酸偶聯(lián)到寡核苷酸之后,進(jìn)行了后續(xù)的氧化和封端步驟,加入80μl亞磷酰胺-c3(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)。使偶聯(lián)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑。隨后的步驟如實施例336所述進(jìn)行。純化后,接受純度為96.5%的反義寡核苷酸。
實施例339
c*b1sgb1sab1stb1sdasdc*sdgsdcsdgsdtsdcsdc*sab1sc*b1sab1/3spc3s/(seq.idno.152t)
3'-間隔子c3cpg(0.2μmol)用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60s以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-[(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。隨后的反應(yīng)如實施例336所述進(jìn)行。純化后,接受純度為92.1%的反義寡核苷酸。
實施例340
c*b1ssgb1ssab1ssdtssdassdc*ssdgssdcssdgssdtssdcssdc*ssab1ssc*b1ssab1(seq.idno.152aa)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
以相同的方式進(jìn)行寡核苷酸的進(jìn)一步延伸。
在固相合成完成后,將反義寡核苷酸在濃乙醇(氨/乙醇3:1v/v)中用850μl氨在55℃處理15-16h,以從固相支持物切割反義寡核苷酸,和使硫醇基脫保護(hù)。
接下來,使用monoq10/100gl柱,通過陰離子交換色譜法純化粗制的反義寡核苷酸。用depc處理的水制備緩沖液,其組成如下:緩沖液a:25mmtris-hcl,1mmedta,ph8.0;緩沖液b:25mmtris-hcl,1mmedta,1mnacl,ph8.0。
實施例341-433
根據(jù)一般程序并如實施例所示合成表5的其它寡核苷酸。以與含有β-d-氧基-lna單元的反義寡核苷酸相同的方式進(jìn)行包含β-d-硫基-lna、α-l-氧基-lna、β-d-(nh)-lna或β-d-(nch3)-lna單元的反義寡核苷酸的制備。
實施例434
c*b1stb1sdcsdgsdtsdcsdasdtsdasdgsdasc*b1sc*b1sgb1(seq.idno.143h)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全去除5-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'(2-氰基乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲酰基-2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲?;?2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲酰基-2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
固相合成完成后,將反義寡核苷酸用乙腈(biosolvebv,valkenswaard,thenetherlands)中的20%二乙胺溶液處理20分鐘。以除去磷酸酯主鏈上的氰基乙基保護(hù)基。
隨后,將反義寡核苷酸從固相支持物上切下,并在55℃下使用5ml濃氨水進(jìn)一步脫保護(hù)16小時。通過過濾或離心從反義寡核苷酸中分離固相支持物。
接下來,將粗制的反義寡核苷酸通過aktaexplorer系統(tǒng)(gehealthcare,freiburg,germany)上的陰離子交換高效液相色譜(hplc)和填充有sourceq15(gehelthcare)的柱進(jìn)行純化。緩沖液a為10mm高氯酸鈉,20mmtris,1mmedta,ph7.4,并且含有20%乙腈,緩沖液b與緩沖液a相同,但不包括500mm高氯酸鈉。采用32柱體積(cv)內(nèi)15%b至55%b的梯度。記錄280nm處的uv跡線。合并適當(dāng)?shù)募壏植⒂?mnaoac,ph=5.2和70%乙醇沉淀。最后,用70%乙醇洗滌沉淀。
實施例435
c*b1tb1dc*dgdtdcdadtdadgdac*b1c*b1gb1(seq.idno.143ad)
lna根據(jù)一般程序結(jié)合至cpg。偶聯(lián)反應(yīng)和封端步驟也如實施例434所述進(jìn)行。封端步驟之后,用800μl乙腈沖洗該系統(tǒng),并將400μlthf/吡啶/h2o中的0.02m碘插入柱45秒。在氧化步驟后用24μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。純化后,接受純度為88.7%的反義寡核苷酸。
實施例436
/5spc3s/c*b1stb1sdc*dgdtdc*da*dtdadgda*sc*b1sc*b1sgb1(seq.idno.143af)
根據(jù)一般程序,用如實施例434和實施例435中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成該化合物。但是除了在最后一個核苷酸偶聯(lián)到寡核苷酸之后,進(jìn)行了后續(xù)的氧化和封端步驟,加入80μl亞磷酰胺-c3(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)。使偶聯(lián)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑。隨后的步驟如實施例434和實施例435所述進(jìn)行。純化后,接受純度為94.4%的反義寡核苷酸。
實施例437
c*b1stb1sdc*dgdtdc*da*dtdadgda*sc*b1sc*b1sgb1/3spc3s/(seq.idno.143ag)
3'-間隔子c3cpg(0.2μmol)用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60s以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基))-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。隨后的反應(yīng)如實施例434和實施例435所述進(jìn)行。純化后,接受純度為91.6%的反義寡核苷酸。
實施例438
c*b1sstb1ssc*b1ssdgssdtssdc*ssdassdtssdassdgssdassc*b1ssc*b1ssgb1(seq.idno.143t)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
以相同的方式進(jìn)行寡核苷酸的進(jìn)一步延伸。
在固相合成完成后,將反義寡核苷酸在濃乙醇(氨/乙醇3:1v/v)中用850μl氨在55℃處理15-16h,以從固相支持物切割反義寡核苷酸,和使硫醇基脫保護(hù)。
接下來,使用monoq10/100gl柱,通過陰離子交換色譜法純化粗制的反義寡核苷酸。用depc處理的水制備緩沖液,其組成如下:緩沖液a:25mmtris-hcl,1mmedta,ph8.0;緩沖液b:25mmtris-hcl,1mmedta,1mnacl,ph8.0。
實施例439-534
根據(jù)一般程序并如實施例中所示合成表4的其它寡核苷酸。以與含有β-d-氧基-lna單元的反義寡核苷酸相同的方式進(jìn)行包含β-d-硫基-lna、α-l-氧基-lna、β-d-(nh)-lna或β-d-(nch3)-lna單元的反義寡核苷酸的制備。
實施例535
c*b1sab1sgb1sdgsdcsdasdtsdtsdasdasdtsdasdasdasgb1stb1sgb1(seq.idno.213k)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全去除5-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基胸苷3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-脫氧胸苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n6-苯甲?;?2'-脫氧腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n4-苯甲?;?2'-脫氧胞苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-n2-異丁?;?2'-脫氧鳥苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基)-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n6-苯甲酰腺苷-3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
偶聯(lián)用80μl5'-o-dmt-2'-o-,4'-c-亞甲基-5-甲基-n4-苯甲?;?3'-(2-氰乙基-n,n-二異丙基)亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
固相合成完成后,將反義寡核苷酸用乙腈(biosolvebv,valkenswaard,thenetherlands)中的20%二乙胺溶液處理20分鐘。以除去磷酸酯主鏈上的氰基乙基保護(hù)基。
隨后,將反義寡核苷酸從固相支持物上切下,并在55℃下使用5ml濃氨水進(jìn)一步脫保護(hù)16小時。通過過濾或離心從反義寡核苷酸中分離固相支持物。
接下來,將粗制的反義寡核苷酸通過aktaexplorer系統(tǒng)(gehealthcare,freiburg,germany)上的陰離子交換高效液相色譜(hplc)和填充有sourceq15(gehelthcare)的柱進(jìn)行純化。緩沖液a為10mm高氯酸鈉,20mmtris,1mmedta,ph7.4,并且含有20%乙腈,緩沖液b與緩沖液a相同,但不包括500mm高氯酸鈉。采用32柱體積(cv)內(nèi)15%b至55%b的梯度。記錄280nm處的uv跡線。合并適當(dāng)?shù)募壏植⒂?mnaoac,ph=5.2和70%乙醇沉淀。最后,用70%乙醇洗滌沉淀。
實施例536
c*b1ab1gb1dgdc*dadtdtdadadtdadadagb1tb1gb1(seq.idno.213n)
lna根據(jù)一般程序結(jié)合至cpg。偶聯(lián)反應(yīng)和封端步驟也如實施例535所述進(jìn)行。封端步驟之后,用800μl乙腈沖洗該系統(tǒng),并將400μlthf/吡啶/h2o中的0.02m碘插入柱45秒。在氧化步驟后用24μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。純化后,以91.4%的純度接受反義寡核苷酸。
實施例537
/5spc3s/c*b1sab1sgb1sdgsdc*sdasdtsdtsdasdasdtsdasdasdasgb1stb1sgb1(seq.idno.213o)
根據(jù)一般程序,使用如實施例535中舉例說明的合適的dna和lna結(jié)構(gòu)單元合成該化合物。但是除了在最后一個核苷酸偶聯(lián)到寡核苷酸之后,進(jìn)行了后續(xù)的氧化和封端步驟,加入80μl亞磷酰胺-c3(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)。使偶聯(lián)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑。隨后的步驟如實施例535所述進(jìn)行。純化后,接受純度為87.1%的反義寡核苷酸。
實施例538
c*b1sab1sgb1sdgsdc*sdasdtsdtsdasdasdtsdasdasdasgb1stb1sgb1/3spc3s/(seq.idno.213p)
3'-間隔子c3cpg(0.2μmol)用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60s以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用80μl5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(2-氰基乙基))-(n,n-二異丙基)]-亞磷酰胺(0.07m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將640μlbeaucage(0.2m)插入柱中180s。用320μl乙腈沖洗該系統(tǒng)。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。隨后的反應(yīng)如實施例535所述進(jìn)行。純化后,接受純度為95.7%的反義寡核苷酸。
實施例539
c*b1ssab1ssgb1ssdgssdc*ssdassdtssdtssdassdassdtssdassdassab1ssgb1sstb1ssgb1(seq.idno.213ae)
用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理5’-o-dmt-2’-o,4’-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-o-琥珀?;B接的lcaacpg(0.2μmol)60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。用總量800μl乙腈多次洗滌后,用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-胸苷-3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
用38μl的乙腈中10%二氯甲烷(v/v)中的5'-o-dmt-2'-o,4'-c-亞甲基-n2-二甲基甲脒鳥苷-3'-[(β-苯甲酰巰基)乙基]吡咯烷基硫代亞磷酰胺(0.15m)和236μl乙腈中的dci(0.25m)進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使偶聯(lián)反應(yīng)進(jìn)行250秒,用800μl乙腈沖掉過量試劑,將900μlddtt(吡啶/乙腈4:1v/v中的0.05m)插入柱中240s。該系統(tǒng)用320μl乙腈沖洗。對于封端步驟,加入448μlthf中的乙酸酐(1:9v/v)和448μln-甲基咪唑(nmi)/thf/吡啶(1:8:1),使其反應(yīng)45秒。在該循環(huán)結(jié)束時,系統(tǒng)用480μl乙腈洗滌。該化合物用1400μl二氯甲烷中的3%三氯乙酸處理60秒以完全除去5'-dmt保護(hù)基團(tuán)。
以相同的方式進(jìn)行寡核苷酸的進(jìn)一步延伸。
在固相合成完成后,將反義寡核苷酸在濃乙醇(氨/乙醇3:1v/v)中用850μl氨在55℃處理15-16h,以從固相支持物切割反義寡核苷酸,和使硫醇基脫保護(hù)。
接下來,使用monoq10/100gl柱,通過陰離子交換色譜法純化粗制的反義寡核苷酸。用depc處理的水制備緩沖液,其組成如下:緩沖液a:25mmtris-hcl,1mmedta,ph8.0;緩沖液b:25mmtris-hcl,1mmedta,1mnacl,ph8.0。
實施例540-640
根據(jù)一般程序并如實施例所示合成表9的其它寡核苷酸。以與含有β-d-氧基-lna單元的反義寡核苷酸相同的方式進(jìn)行包含β-d-硫基-lna、α-l-氧基-lna、β-d-(nh)-lna或β-d-(nch3)-lna單元的反義寡核苷酸的制備。
序列表
seq.idno.1:智人轉(zhuǎn)化生長因子,β受體ii(tgfbr2),轉(zhuǎn)錄變體2(反義;dna碼)
seq.idno.2:智人轉(zhuǎn)化生長因子,β受體ii(tgfbr2),轉(zhuǎn)錄變體2,mrna(有義;按dna碼書寫)
seq.idno.3:智人轉(zhuǎn)化生長因子,β受體ii(tgfbr2),轉(zhuǎn)錄變體2,mrna(有義;按rna碼書寫)
序列表
<110>neurovisionpharmagmbh
<120>反義寡核苷酸作為tgf-r信號傳導(dǎo)的抑制劑
<130>nvp-p03653wo
<150>ep14193368
<151>2014-11-16
<160>508
<170>patentinversion3.5
<210>1
<211>4629
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2),轉(zhuǎn)錄變體2,反義dna
<400>1
tttagctactaggaatgggaacaggaggcaggatgctcacctgagtattttgctttattc60
aatctaataaacattttatttatgtaaaagacaaacaatgcatagaataaaaataagtgc120
ttgagacttttgatataaaaagagtatatagcattcacattcctattttaatacatgagt180
acagctgaagtgttccataaaagaataaaactttccctttatgtatagtagtgaaaaaag240
tcagtatttttaggaactacagaatgttattccttggtcttttttcttgaataagaaaaa300
aaaacataaacaaaacaagccacagtatcctctgacactacattccagtttatgctgata360
acccagaagtgagaatactcttgaatcttgaatatctcatgaatggaccagtattctaga420
aactcaccactagaggtcaatgggcaacagctattgggatggtatcagcatgccctacgg480
tgcaagtggaatttctaggcgcctctatgctactgcagccacactgtctttaactctcag540
cccacccacactgaggagggtgcctagaggttctatttccaaacctttgcatgtatctta600
aaaatctcaataaaatgagaccttccaccatccaaacagagctgatattctcactaccag660
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ctcatactttgttcttgtccttgtggacacaaattttctaactgcaaatgggacctttgt840
gtcccacattcaaatcctctctagtaatttctgcaaaggttgagaaggctggcatgatgg900
agagaacggtaaccatgaggaaagcttcttggagtaaagcactcctctctccaatgcaga960
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atcatattatatacccagagaatgactgcttgaatggacatttcttacaagggaccttgg1140
ttaggtgcagatttaattcctagactggggtccaggtaggcagtggaaagagctaatgtt1200
tacagtgagaagtgaggcagctttgtaagtgtctccacaccttcacattttgtgaacgtg1260
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aatctccaaatatttataaagtggcttcactttttgaaacgctgtgctgaccaaacaaaa1380
catatgtttagagtgcctgaggtcatagtcctgacaatgatagtattgtgtagttgaaat1440
cctcttcatcaggccaaactgtgcttgagcaatcaggagcccagaaagatggaacccatt1500
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agcctagagtgagaatttgctcctttttagaaaaggatgaaggctgggagcagagaatag1620
taacataagtgcaggggaaagatgaaaaaaagaacaatttttcattagtagatggtgggg1680
caatcgcatggatggggacatctgttctgatttttctgcaacccatgaaggtaaaaagtg1740
gggttcaaaacattcaaggtattaaagatggggtagagtttctaaactaggttgagggag1800
agtttctaaactagccccccagatttggggcttggagcttaaatgaaaagtccaggagaa1860
ataagggcacacaggaaccccgggaacactggtcctcaaacagtgccactgtacttagtt1920
ccatggccagaagagaagtgctaggcagggaatgattattttgcaaaagcaagtgcaatg1980
tggtcatagctggctgtgagacatggagcctctttcctcatgcaaagttcactgttttac2040
agtcagagaaccactgcatgtgtgattgtcaaatgctaatgctgtcatgggtcccttcct2100
tctctgcttggttctggagttctccaataaaaccaatttcctgggaatatttgatgtttt2160
tccttgtctcttttcaaggtatggctatatatatagagctatagacatatatagatatat2220
atatatatatataaaacatagctattcatatttatatacaggcattaataaagtgcaaat2280
gttattggctattgtaaaaatcaatctcatttcctgaggaagtgctaacacagcttatcc2340
tatgacaatgtcaaaggcatagaatgctctatgtcacccactccctgctgctgttgtttc2400
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ttctcctccgagcagctcctccccgagagcctgtccagatgctccagctcactgaagcgt2640
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gaaccaaatggaggctcataatcttttacttctcccactgcattacagcgagatgtcatt2880
tcccagagcaccagagccatggagtagacatcggtctgcttgaaggactcaacattctcc2940
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tactcctgtaggttgcccttggcgtggaaggcggtgatcagccagtattgtttccccaac3300
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<213>智人
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ctgctcgtcatagaccg17
<210>31
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>31
tgctcgtcatagaccga17
<210>32
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>32
gctcgtcatagaccgag17
<210>33
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>33
ctcgtcatagaccgagc17
<210>34
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>34
tcgtcatagaccgagcc17
<210>35
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>35
cgtcatagaccgagccc17
<210>36
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>36
gctgctcgtcatagac16
<210>37
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>37
ctgctcgtcatagacc16
<210>38
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>38
tgctcgtcatagaccg16
<210>39
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>39
gctcgtcatagaccga16
<210>40
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>40
ctcgtcatagaccgag16
<210>41
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>41
tcgtcatagaccgagc16
<210>42
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>42
cgtcatagaccgagcc16
<210>43
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>43
ctgctcgtcatagac15
<210>44
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>44
tgctcgtcatagacc15
<210>45
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>45
gctcgtcatagaccg15
<210>46
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>46
ctcgtcatagaccga15
<210>47
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>47
tcgtcatagaccgag15
<210>48
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>48
cgtcatagaccgagc15
<210>49
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>49
tgctcgtcatagac14
<210>50
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>50
gctcgtcatagacc14
<210>51
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>51
ctcgtcatagaccg14
<210>52
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>52
tcgtcatagaccga14
<210>53
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>53
cgtcatagaccgag14
<210>54
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>54
gctggcgatacgcgtcca18
<210>55
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>55
ctggcgatacgcgtccac18
<210>56
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>56
tggcgatacgcgtccaca18
<210>57
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>57
ggcgatacgcgtccacag18
<210>58
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>58
gcgatacgcgtccacagg18
<210>59
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>59
cgatacgcgtccacagga18
<210>60
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>60
gatacgcgtccacaggac18
<210>61
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>61
atacgcgtccacaggacg18
<210>62
<211>18
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>62
tacgcgtccacaggacga18
<210>63
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>63
ctggcgatacgcgtcca17
<210>64
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>64
tggcgatacgcgtccac17
<210>65
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>65
ggcgatacgcgtccaca17
<210>66
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>66
gcgatacgcgtccacag17
<210>67
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>67
cgatacgcgtccacagg17
<210>68
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>68
gatacgcgtccacagga17
<210>69
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>一般序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>n可表示5'catggcagaccccgctgct'3或衍生自5'catggcagaccccgctgct'3的序列,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少t
<220>
<221>misc_feature
<222>(10)..(10)
<223>n可表示5'cgagcccccagcgcagcgg'3或衍生自5'cgagcccccagcgcagcgg'3的序列,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中n為至少c
<220>
<221>misc_feature
<222>(12)..(12)
<223>n為a,c,g,或t
<400>69
ncgtcatagacn12
<210>70
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>通式
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>n可表示5'ggtgggatcgtgctggcga'3或衍生自5'ggtgggatcgtgctggcga'3的序列,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少a
<220>
<221>misc_feature
<222>(12)..(12)
<223>n可表示5'caggacgatgtgcagcggc'3或衍生自5'caggacgatgtgcagcggc'3的序列,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中n為至少c
<400>70
ntacgcgtccan12
<210>71
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>一般序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>n可表示5'tgccccagaagagctatttggta'3或衍生自5'tgccccagaagagctatttggta'3的序列,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少a
<220>
<221>misc_feature
<222>(12)..(12)
<223>n可表示5'agccgtcttcaggaatcttctcc'3或衍生自5'agccgtcttcaggaatcttctcc'3的序列,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中n為至少a
<400>71
ngtgtttagggn12
<210>72
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>一般序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>n可表示5'gcccagcctgccccagaagagct'3或衍生自5'gcccagcctgccccagaagagct'3的序列,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少t
<220>
<221>misc_feature
<222>(12)..(12)
<223>n可表示5'gtttagggagccgtcttcaggaa'3或衍生自5'gtttagggagccgtcttcaggaa'3的序列,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中n為至少g
<400>72
natttggtagtn12
<210>73
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>一般序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>n可表示5'tgaatcttgaatatctcat'3或衍生自5'tgaatcttgaatatctcat'3,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少t
<220>
<221>misc_feature
<222>(12)..(12)
<223>n可表示5'gtattctagaaactcacca'3或衍生自5'gtattctagaaactcacca'3,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少g
<400>73
ngaatggaccan12
<210>74
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>一般序列
<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>n可表示5'attcatatttatatacagg'3或衍生自5'attcatatttatatacagg'3,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少g
<220>
<221>misc_feature
<222>(12)..(12)
<223>n可表示5'gtgcaaatgttattggcta'3或衍生自5'gtgcaaatgttattggcta'3,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中n為至少g
<400>74
ncattaataaan12
<210>75
<211>41
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>75
gaatcttgaatatctcatgaatggaccagtattctagaaac41
<210>76
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸(打亂對照)
<400>76
aacacgtctatacgc15
<210>77
<211>41
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>77
ttcatatttatatacaggcattaataaagtgcaaatgttat41
<210>78
<211>42
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>78
tgaggaagtgctaacacagcttatcctatgacaatgtcaaag42
<210>79
<211>49
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>79
gcctgccccagaagagctatttggtagtgtttagggagccgtcttcagg49
<210>80
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>80
ttgaatatctcatgaatgga20
<210>81
<211>49
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>81
cgcaggtcctcccagctgatgacatgccgcgtcaggtactcctgtaggt49
<210>82
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>82
cagaagagctatttggtagt20
<210>83
<211>78
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>83
atgtcgttattaaccgacttctgaacgtgcggtgggatcgtgctggcgatacgcgtccac60
aggacgatgtgcagcggc78
<210>84
<211>74
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>84
ggccacaggcccctgagcagcccccgacccatggcagaccccgctgctcgtcatagaccg60
agcccccagcgcag74
<210>85
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>85
tggtagtgtttagggagccg20
<210>86
<211>149
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>86
atgtcgttattaaccgacttctgaacgtgcggtgggatcgtgctggcgatacgcgtccac60
aggacgatgtgcagcggccacaggcccctgagcagcccccgacccatggcagaccccgct120
gctcgtcatagaccgagcccccagcgcag149
<210>87
<211>31
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>87
ttgaatatctcatgaatggaccagtattcta31
<210>88
<211>33
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>88
caagtggaatttctaggcgcctctatgctactg33
<210>89
<211>31
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>89
atttatatacaggcattaataaagtgcaaat31
<210>90
<211>32
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>90
aagtgctaacacagcttatcctatgacaatgt32
<210>91
<211>39
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>91
ccccagaagagctatttggtagtgtttagggagccgtct39
<210>92
<211>78
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>92
ctggtcgccctcgatctctcaacacgttgtccttcatgctttcgacacaggggtgctccc60
gcaccttggaaccaaatg78
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<211>39
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>93
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<213>人工序列
<220>
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<400>94
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<213>人工序列
<220>
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<400>95
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gatgtgca68
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<213>人工序列
<220>
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<400>96
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ccag64
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<211>52
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>97
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<210>98
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<212>dna
<213>人工序列
<220>
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<220>
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<222>(1)..(1)
<223>w可表示5'ggtgggatcgtgctggcgat'3或衍生自5'ggtgggatcgtgctggcgat'3的序列,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中w為至少t
<220>
<221>misc_feature
<222>(10)..(10)
<223>r可表示5'acaggacgatgtgcagcggc'3或衍生自5'acaggacgatgtgcagcggc'3的序列,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中w為至少a
<400>98
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<213>人工序列
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<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>w可表示5'cccagcctgccccagaagagctatttg'3或衍生自5'cccagcctgccccagaagagctatttg'3的序列,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中w為至少g
<220>
<221>misc_feature
<222>(10)..(10)
<223>r可表示5'tagggagccgtcttcaggaatcttctc'3或衍生自5'tagggagccgtcttcaggaatcttctc'3的序列,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中w為至少g
<400>99
ngtagtgttn10
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<211>10
<212>dna
<213>人工序列
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<222>(1)..(1)
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<220>
<221>misc_feature
<222>(1)..(1)
<223>n可表示5'tgaatcttgaatatctcatg'3或衍生自5'tgaatcttgaatatctcatg'3的序列,其中一個或多個核苷酸從5’末端刪除并且其中n為至少g
<220>
<221>misc_feature
<222>(10)..(10)
<223>r可表示5'agtattctagaaactcacca'3或衍生自5'agtattctagaaactcacca'3,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中w為至少a
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naatggaccn10
<210>101
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<220>
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<220>
<221>misc_feature
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<220>
<221>misc_feature
<222>(10)..(10)
<223>n可表示5'agtgcaaatgttattggcta'3或衍生自5'agtgcaaatgttattggcta'3的序列,其中一個或多個核苷酸從3’末端刪除并且其中n為至少a
<400>101
nattaataan10
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<212>dna
<213>人工序列
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<400>102
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<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>103
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<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
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<400>104
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<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
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<400>105
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<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
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<400>106
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<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
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<400>107
cgcgagtgactcactc16
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<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>108
gcgcgagtgactcactc17
<210>109
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>109
gcgagtgactcact14
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<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>110
gcgcgagtgactcact16
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<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>111
cgcgcgagtgactcact17
<210>112
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>112
cgagtgactcac12
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<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>113
gcgagtgactcac13
<210>114
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>114
cgcgagtgactcac14
<210>115
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>115
cgcgcgagtgactcac16
<210>116
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>116
gcgcgcgagtgactcac17
<210>117
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>117
cgcgagtgactca13
<210>118
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>118
gcgcgagtgactca14
<210>119
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>119
cgcgcgagtgactca15
<210>120
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>120
gcgcgcgagtgactca16
<210>121
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>121
tgcgcgcgagtgactca17
<210>122
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>122
cgcgcgagtgactc14
<210>123
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>123
tgcgcgcgagtgactc16
<210>124
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>124
gtgcgcgcgagtgactc17
<210>125
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>125
cgcgcgagtgact13
<210>126
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>126
tgcgcgcgagtgac14
<210>127
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>127
cgtgcgcgcgagtgac16
<210>128
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>128
tgcgcgcgagtga13
<210>129
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>129
gtcgtcgctccgtgcg16
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<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>130
gtcgtcgctccgtgc15
<210>131
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>131
gtgtcgtcgctccgtgc17
<210>132
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>132
tcgtcgctccgtg13
<210>133
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>133
tgtcgtcgctccgtg15
<210>134
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>134
tcgtcgctccgt12
<210>135
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>135
gtcgtcgctccgt13
<210>136
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>136
tgtcgtcgctccgt14
<210>137
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>137
gtgtcgtcgctccgt15
<210>138
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>138
ggtgtcgtcgctccgt16
<210>139
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>139
cgtcatagaccgagcc16
<210>140
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>140
atagaccgagcc12
<210>141
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>141
gctcgtcatagaccga16
<210>142
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>142
cgtcatagaccga13
<210>143
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>143
ctcgtcatagaccg14
<210>144
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>144
gctcgtcatagaccg15
<210>145
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>145
gctcgtcatagacc14
<210>146
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>146
cagcccccgacccatgg17
<210>147
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>147
cagcccccgacccatg16
<210>148
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>148
agcccccgacccat14
<210>149
<211>28
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>149
cagcccccgacccaagcccccgacccat28
<210>150
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>150
cgcgtccacaggacgat17
<210>151
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>151
cgcgtccacaggac14
<210>152
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>152
cgatacgcgtccaca15
<210>153
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>153
cgatacgcgtcca13
<210>154
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>154
tggcgatacgcgtcca16
<210>155
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<212>dna
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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<213>人工序列
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ctcgatctctcaacacg17
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<210>293
<211>22
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>293
tacaggcattaataaagtgcaa22
<210>294
<211>24
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>294
atacaggcattaataaagtgcaaa24
<210>295
<211>26
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>295
tatacaggcattaataaagtgcaaat26
<210>296
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>296
ctggtccattc11
<210>297
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>297
tggtccattca11
<210>298
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>298
ctggtccattca12
<210>299
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>299
tccctaaacac11
<210>300
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>300
ccctaaacact11
<210>301
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>301
tccctaaacact12
<210>302
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>302
cactaccaaat11
<210>303
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>303
actaccaaata11
<210>304
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>304
cactaccaaata12
<210>305
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>305
tggacgcgtat11
<210>306
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>306
ggacgcgtatc11
<210>307
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>307
tggacgcgtatc12
<210>308
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>308
ggtctatgacg11
<210>309
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>309
gtctatgacga11
<210>310
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>310
ggtctatgacga12
<210>311
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>311
tttattaatgc11
<210>312
<211>11
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>312
ttattaatgcc11
<210>313
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>313
tttattaatgcc12
<210>314
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>314
actggtccattc12
<210>315
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>315
tggtccattcat12
<210>316
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>316
ctggtccattcat13
<210>317
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>317
actggtccattca13
<210>318
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>318
actggtccattcat14
<210>319
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>319
ctccctaaacac12
<210>320
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>320
ccctaaacacta12
<210>321
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>321
tccctaaacacta13
<210>322
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>322
ctccctaaacact13
<210>323
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>323
ctccctaaacacta14
<210>324
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>324
acactaccaaat12
<210>325
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>325
actaccaaatag12
<210>326
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>326
cactaccaaatag13
<210>327
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>327
acactaccaaata13
<210>328
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>328
acactaccaaatag14
<210>329
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>329
gtggacgcgtat12
<210>330
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>330
ggacgcgtatcg12
<210>331
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>331
tggacgcgtatcg13
<210>332
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>332
gtggacgcgtatc13
<210>333
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>333
gtggacgcgtatcg14
<210>334
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>334
cggtctatgacg12
<210>335
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>335
gtctatgacgag12
<210>336
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>336
ggtctatgacgag13
<210>337
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>337
cggtctatgacga13
<210>338
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>338
cggtctatgacgag14
<210>339
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>339
ctttattaatgc12
<210>340
<211>12
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>340
ttattaatgcct12
<210>341
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>341
tttattaatgcct13
<210>342
<211>13
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>342
ctttattaatgcc13
<210>343
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2內(nèi)的靶序列,有義
<400>343
ctttattaatgcct14
<210>344
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>344
gtgcaggggaaagatgaaaa20
<210>345
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>345
gagctcttgaggtccctgtg20
<210>346
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>346
agcctctttcctcatgcaaa20
<210>347
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>347
ccttctctgcttggttctgg20
<210>348
<211>20
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>參考寡核苷酸
<400>348
gccatggagtagacatcggt20
<210>349
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>349
atacgcgtccacaggac17
<210>350
<211>17
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>350
tacgcgtccacaggacg17
<210>351
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>351
tggcgatacgcgtcca16
<210>352
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>352
ggcgatacgcgtccac16
<210>353
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>353
gcgatacgcgtccaca16
<210>354
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>354
cgatacgcgtccacag16
<210>355
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>355
gatacgcgtccacagg16
<210>356
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>356
atacgcgtccacagga16
<210>357
<211>16
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>357
tacgcgtccacaggac16
<210>358
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>358
ggcgatacgcgtcca15
<210>359
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>359
gcgatacgcgtccac15
<210>360
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>360
cgatacgcgtccaca15
<210>361
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>361
gatacgcgtccacag15
<210>362
<211>15
<212>dna
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<210>502
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>502
gcattaataaagtgc15
<210>503
<211>15
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>503
cattaataaagtgca15
<210>504
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>504
caggcattaataaa14
<210>505
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>505
aggcattaataaag14
<210>506
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>506
ggcattaataaagt14
<210>507
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>507
gcattaataaagtg14
<210>508
<211>14
<212>dna
<213>人工序列
<220>
<223>針對智人轉(zhuǎn)化生長因子受體βii(70/80kda)(tgfbr2)轉(zhuǎn)錄變體2的反義寡核苷酸
<400>508
cattaataaagtgc14
權(quán)利要求書(按照條約第19條的修改)
1.由10至28個核苷酸組成的反義寡核苷酸以及所述反義寡核苷酸的鹽和光學(xué)異構(gòu)體,所述10至28個核苷酸中的至少兩個是lna,所述反義寡核苷酸能夠與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或與編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域雜交,其中編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域包含序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9),并且所述反義寡核苷酸包含能夠與所述序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9)雜交的序列。
2.權(quán)利要求1的反義寡核苷酸,其中所述反義寡核苷酸選擇性地僅與編碼tgf-rii的基因的區(qū)域或編碼tgf-rii的mrna的區(qū)域的序列tggtccattc(seq.idno.4)或序列ccctaaacac(seq.idno.5)或序列actaccaaat(seq.idno.6)或序列g(shù)gacgcgtat(seq.idno.7)或序列g(shù)tctatgacg(seq.idno.8)或序列ttattaatgc(seq.idno.9)雜交。
3.權(quán)利要求1的反義寡核苷酸,其中所述反義寡核苷酸具有12至20個核苷酸的長度和/或其中所述反義寡核苷酸具有在3'末端具有1至5個lna單元和在5'末端具有1至5個lna單元的gapmer結(jié)構(gòu),和/或其中所述反義寡核苷酸具有磷酸酯、硫代磷酸酯和/或二硫代磷酸酯作為核苷酸間鍵聯(lián)。
4.權(quán)利要求1的反義寡核苷酸,其中所述反義寡核苷酸由以下序列表示:
5’-n1-gtcataga-n2-3’(seq.idno.12)或
5’-n3-acgcgtcc-n4-3’(seq.idno.98)或
5’-n5-tttggtag-n6-3’(seq.idno.11)或
5’-n7-aatggacc-n8-3’(seq.idno.100)或
5’-n9-attaataa-n10-3’(seq.idno.101)或
5’-n11-tgtttagg-n12-3’(seq.idno.10)
其中
n1表示:catggcagaccccgctgctc-,atggcagaccccgctgctc-,tggcagaccccgctgctc-,ggcagaccccgctgctc-,gcagaccccgctgctc-,cagaccccgctgctc-,agaccccgctgctc-,gaccccgctgctc-,accccgctgctc-,ccccgctgctc-,cccgctgctc-,ccgctgctc-,cgctgctc-,gctgctc-,ctgctc-,tgctc-,gctc-,ctc-,tc-,或c-;
n2表示:-c,-cc,-ccg,-ccga,-ccgag,-ccgagc,-ccgagcc,-ccgagccc,-ccgagcccc,-ccgagccccc,-ccgagccccca,-ccgagcccccag,-ccgagcccccagc,-ccgagcccccagcg,-ccgagcccccagcgc,-ccgagcccccagcgca,-ccgagcccccagcgcag,-ccgagcccccagcgcagc,-ccgagcccccagcgcagcg,或–ccgagcccccagcgcagcgg;
n3表示:ggtgggatcgtgctggcgat-,gtgggatcgtgctggcgat-,tgggatcgtgctggcgat-,gggatcgtgctggcgat-,ggatcgtgctggcgat-,gatcgtgctggcgat-,atcgtgctggcgat-,tcgtgctggcgat-,cgtgctggcgat-,gtgctggcgat-,tgctggcgat-,gctggcgat-,ctggcgat-,tggcgat-,ggcgat-,gcgat-,cgat-,gat-,at-,或t-;
n4表示:-acaggacgatgtgcagcggc,-acaggacgatgtgcagcgg,-acaggacgatgtgcagcg,-acaggacgatgtgcagc,-acaggacgatgtgcag,-acaggacgatgtgca,-acaggacgatgtgc,-acaggacgatgtg,-acaggacgatgt,-acaggacgatg,-acaggacgat,-acaggacga,-acaggacg,-acaggac,-acagga,-acagg,-acag,-aca,-ac,或-a;
n5表示:gcccagcctgccccagaagagcta-,cccagcctgccccagaagagcta-,ccagcctgccccagaagagcta-,cagcctgccccagaagagcta-,agcctgccccagaagagcta-,gcctgccccagaagagcta-,cctgccccagaagagcta-,ctgccccagaagagcta-,tgccccagaagagcta-,gccccagaagagcta-,ccccagaagagcta-,cccagaagagcta-,ccagaagagcta-,cagaagagcta-,agaagagcta-,gaagagcta-,aagagcta-,agagcta-,gagcta-,agcta-,gcta-,cta-,ta-,或a-;
n6表示:-tgtttagggagccgtcttcaggaa,-tgtttagggagccgtcttcagga,-tgtttagggagccgtcttcagg,-tgtttagggagccgtcttcag,-tgtttagggagccgtcttca,-tgtttagggagccgtcttc,-tgtttagggagccgtctt,-tgtttagggagccgtct,-tgtttagggagccgtc,-tgtttagggagccgt,-tgtttagggagccg,-tgtttagggagcc,-tgtttagggagc,-tgtttagggag,-tgtttaggga,-tgtttaggg,-tgtttagg,-tgtttag,-tgttta,-tgttt,-tgtt,-tgt,-tg,或–t;
n7表示:tgaatcttgaatatctcatg-,gaatcttgaatatctcatg-,aatcttgaatatctcatg-,atcttgaatatctcatg-,tcttgaatatctcatg-,cttgaatatctcatg-,ttgaatatctcatg-,tgaatatctcatg-,gaatatctcatg-,aatatctcatg-,atatctcatg-,tatctcatg-,atctcatg-,tctcatg-,ctcatg-,tcatg-,catg-,atg-,tg-,或g-;
以及
n8選自:-agtattctagaaactcacca,-agtattctagaaactcacc,-agtattctagaaactcac,-agtattctagaaactca,-agtattctagaaactc,-agtattctagaaact,-agtattctagaaac,-agtattctagaaa,-agtattctagaa,-agtattctaga,-agtattctag,-agtattcta,-agtattct,-agtattc,-agtatt,-agtat,-agta,-agt,-ag,或-a;
n9表示:attcatatttatatacaggc-,ttcatatttatatacaggc-,tcatatttatatacaggc-,catatttatatacaggc-,atatttatatacaggc-,tatttatatacaggc-,atttatatacaggc-,tttatatacaggc-,ttatatacaggc-,tatatacaggc-,atatacaggc-,tatacaggc-,atacaggc-,tacaggc-,acaggc-,caggc-,aggc-,ggc-,gc-,或c-;
n10表示:-agtgcaaatgttattggcta,-agtgcaaatgttattggct,-agtgcaaatgttattggc,-agtgcaaatgttattgg,-agtgcaaatgttattg,-agtgcaaatgttatt,-agtgcaaatgttat,-agtgcaaatgtta,-agtgcaaatgtt,-agtgcaaatgt,-agtgcaaatg,-agtgcaaat,-agtgcaaa,-agtgcaa,-agtgca,-agtgc,-agtg,-agt,-ag,或-a;
n11表示:tgccccagaagagctatttggtag-,gccccagaagagctatttggtag-,ccccagaagagctatttggtag-,cccagaagagctatttggtag-,ccagaagagctatttggtag-,cagaagagctatttggtag-,agaagagctatttggtag-,gaagagctatttggtag-,aagagctatttggtag-,agagctatttggtag-,gagctatttggtag-,agctatttggtag-,gctatttggtag-,ctatttggtag-,tatttggtag-,atttggtag-,tttggtag-,ttggtag-,tggtag-,ggtag-,gtag-,tag-,ag-或g-,
n12表示:-gagccgtcttcaggaatcttctcc,-gagccgtcttcaggaatcttctc,-gagccgtcttcaggaatcttct,-gagccgtcttcaggaatcttc,-gagccgtcttcaggaatctt,-gagccgtcttcaggaatct,-gagccgtcttcaggaatc,-gagccgtcttcaggaat,-gagccgtcttcaggaa,-gagccgtcttcagga,-gagccgtcttcagg,-gagccgtcttcag,-gagccgtcttca,-gagccgtcttc,-gagccgtctt,-gagccgtct,-gagccgtc,-gagccgt,-gagccg,-gagcc,-gagc,-gag,-ga,或–g。
5.權(quán)利要求1-4中任一項的反義寡核苷酸,其中5'末端的最后2至4個核苷酸為lna核苷酸,并且3'末端的最后2至4個核苷酸為lna核苷酸,在5'末端的lna核苷酸和3'末端的lna核苷酸之間存在至少6個連續(xù)核苷酸,其是非lna核苷酸或是dna核苷酸。
6.權(quán)利要求1-4中任一項的反義寡核苷酸,其中所述lna核苷酸通過硫代磷酸酯基團(tuán)或二硫代磷酸酯基團(tuán)彼此連接,或其中所有核苷酸通過磷酸基團(tuán)或硫代磷酸酯基團(tuán)或二硫代磷酸酯基團(tuán)彼此連接。
7.權(quán)利要求1-4中任一項的反義寡核苷酸,其中所述lna核苷酸選自:
其中
il’表示-x”-p(=x’)(x-)-;
x’表示=o或=s;
x-表示-o-,-oh,-orh,-nhrh,-n(rh)2,-och2ch2orh,-och2ch2srh,-bh3-,-rh,-sh,-srh,或-s-;
x”表示-o-,-nh-,-nrh-,-ch2-,或-s-;
y是-o-,-nh-,-nrh-,-ch2-或-s-;
rc和rh彼此獨立地選自氫和c1-4-烷基;和
b表示選自以下的核堿基:
腺嘌呤,胸腺嘧啶,鳥嘌呤,胞嘧啶,尿嘧啶,5-甲基胞嘧啶,5-羥甲基胞嘧啶,n4-甲基胞嘧啶,黃嘌呤,次黃嘌呤,7-脫氮黃嘌呤,2-氨基腺嘌呤,6-甲基腺嘌呤,6-甲基鳥嘌呤,6-乙基腺嘌呤,6-乙基鳥嘌呤,2-丙基腺嘌呤,2-丙基鳥嘌呤,6-羧基尿嘧啶,5,6-二氫尿嘧啶,5-丙炔基尿嘧啶,5-丙炔基胞嘧啶,6-氮雜尿嘧啶,6-氮雜胞嘧啶,6-氮雜胸腺嘧啶,5-尿嘧啶,4-硫尿嘧啶,8-氟腺嘌呤,8-氯腺嘌呤,8-溴腺嘌呤,8-碘腺嘌呤,8-氨基腺嘌呤,8-硫代腺嘌呤,8-硫代烷基腺嘌呤,8-羥基腺嘌呤,8-氟鳥嘌呤,8-氯鳥嘌呤,8-溴鳥嘌呤,8-碘鳥嘌呤,8-氨基鳥嘌呤,8-硫代鳥嘌呤,8-硫代烷基鳥嘌呤,8-羥基鳥嘌呤,5-氟尿嘧啶,5-溴尿嘧啶,5-氯尿嘧啶,5-碘尿嘧啶,5-三氟甲基尿嘧啶,5-氟胞嘧啶,5-溴胞嘧啶,5-氯胞嘧啶,5-碘胞嘧啶,5-三氟甲基胞嘧啶,7-甲基鳥嘌呤,7-甲基腺嘌呤,8-氮雜鳥嘌呤,8-氮雜腺嘌呤,7-脫氮鳥嘌呤,7-脫氮腺嘌呤,7-脫氮-8-氮雜腺嘌呤,3-脫氮鳥嘌呤,3-脫氮腺嘌呤,2-硫尿嘧啶,2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶。
8.權(quán)利要求1-4中任一項的反義寡核苷酸,其具有以下gapmer結(jié)構(gòu)之一:3-8-3,4-8-2,2-8-4,3-8-4,4-8-3,4-8-4,3-9-3,4-9-2,2-9-4,4-9-3,3-9-4,4-9-4,3-10-3,2-10-4,4-10-2,3-10-4,4-10-3,4-10-4,2-11-4,4-11-2,3-11-4,4-11-3。
9.權(quán)利要求1-4中任一項的反義寡核苷酸,其中所述反義寡核苷酸以100%的互補性與編碼tgf-rii的mrna結(jié)合,并且不結(jié)合人轉(zhuǎn)錄組中的任何其它區(qū)域。
10.選自下列組的反義寡核苷酸:
11.權(quán)利要求1-4或10中任一項的反義寡核苷酸,用于促進(jìn)受損神經(jīng)通路的再生和功能重新連接和/或用于治療和補償年齡誘導(dǎo)的神經(jīng)元干細(xì)胞更新的減少。
12.權(quán)利要求1-4或10中任一項的反義寡核苷酸,用于預(yù)防和治療神經(jīng)變性疾病,神經(jīng)炎性病癥,創(chuàng)傷或創(chuàng)傷后病癥,神經(jīng)血管病癥,缺氧病癥,感染后中樞神經(jīng)系統(tǒng)病癥,纖維化疾病,過度增殖疾病,癌癥,腫瘤,老年性耳聾和老花眼。
13.根據(jù)權(quán)利要求12使用的反義寡核苷酸,其中所述神經(jīng)變性疾病和神經(jīng)炎性病癥選自:阿爾茨海默氏病、帕金森氏病、克-雅病、克-雅病的新變型、哈勒沃登-施帕茨病、亨廷頓氏舞蹈癥、多系統(tǒng)萎縮、癡呆、額顳葉癡呆、運動神經(jīng)元病癥、肌萎縮性側(cè)索硬化癥、脊髓性肌肉萎縮癥、脊髓小腦萎縮、精神分裂癥、情感障礙、重性抑郁癥、腦膜腦炎、細(xì)菌性腦膜腦炎、病毒性腦膜腦炎、中樞神經(jīng)系統(tǒng)自身免疫性病癥、多發(fā)性硬化癥、急性缺血/缺氧損傷、中風(fēng)、中樞神經(jīng)系統(tǒng)和脊髓創(chuàng)傷、頭部和脊柱外傷、腦創(chuàng)傷性損傷、動脈硬化、動脈粥樣硬化、微血管病癡呆、賓斯旺格病、視網(wǎng)膜變性、耳蝸退化、黃斑變性、耳蝸性聾、艾滋病相關(guān)的癡呆、視網(wǎng)膜色素變性、脆性x相關(guān)的震顫/共濟(jì)失調(diào)綜合征、進(jìn)行性核上性麻痹、紋狀體黑質(zhì)變性、橄欖體腦橋小腦變性、shydrager綜合征、年齡依賴記憶缺陷、與癡呆相關(guān)的神經(jīng)發(fā)育障礙、唐氏綜合癥、共核蛋白病、超氧化物歧化酶突變、三核苷酸重復(fù)病癥、創(chuàng)傷、缺氧、血管疾病、血管炎癥和中樞神經(jīng)系統(tǒng)老化,并且其中纖維化疾病選自:肺纖維化、囊性纖維化、肝硬化、心內(nèi)膜心肌纖維化、陳舊性心肌梗死、心房纖維化、縱隔纖維化、骨髓纖維化、腹膜后纖維化、進(jìn)行性大塊纖維化、腎性系統(tǒng)性纖維化、克羅恩病、瘢痕疙瘩、系統(tǒng)性硬化癥、關(guān)節(jié)纖維性粘連、纖維性海綿體炎、dupuytren攣縮和紅斑狼瘡后的殘留物。
14.藥物組合物,其含有至少一種根據(jù)權(quán)利要求1-4或10中任一項的反義寡核苷酸以及至少一種藥學(xué)上可接受的載體、賦形劑、佐劑、溶劑或稀釋劑。