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用于評價臨床不育的方法和系統(tǒng)的制作方法_3

文檔序號:9471814閱讀:來源:國知局
結(jié) 果數(shù)據(jù)的位置、檢驗中使用的試劑(如,試劑盒等等)的批號、等等。帶有運一信息的報告 區(qū)段一般可利用用戶提供的信息來填充。
[0116] 服務(wù)提供機構(gòu)信息
[0117] 報告可包括關(guān)于服務(wù)提供機構(gòu)的信息,服務(wù)提供機構(gòu)可W位于用戶位于的醫(yī)療機 構(gòu)之外或在醫(yī)療機構(gòu)內(nèi)。運種信息的實例可包括服務(wù)提供機構(gòu)的名稱和位置、評論者名稱、 和當(dāng)需要或期望時,進行樣品收集和/或數(shù)據(jù)生成的個體名稱。帶有運一信息的報告區(qū) 段一般可利用用戶輸入的信息來填充,所述信息可選自預(yù)先寫好的選項(如,使用下拉菜 單)。報告中的其它服務(wù)提供機構(gòu)信息可包括關(guān)于結(jié)果和/或關(guān)于解釋性報告的技術(shù)資料 的聯(lián)絡(luò)信息。
[011引患者數(shù)據(jù)
[0119] 患者數(shù)據(jù)可包括患者醫(yī)療史(可包括,如,關(guān)于之前或當(dāng)前體外受精治療周期的 數(shù)據(jù))、個人史;患者管理數(shù)據(jù)(即,對可能性評價并非必要的數(shù)據(jù)),諸如確認患者的信息 (如,名字、患者生日值0B)、性別、郵寄地址和/或居住地址、病歷號(MRN)、醫(yī)療機構(gòu)中的房 間號和/或床位號)、保險信息等等)、患者的醫(yī)生或提供響應(yīng)可能性評價的其它保健專業(yè) 人員的名字、和在不同于提供評價的醫(yī)生時,負責(zé)護理患者的護理醫(yī)生的名字(如,主要護 理醫(yī)師)。帶有運一信息的報告區(qū)段一般可利用用戶輸入的數(shù)據(jù)來填充。
[0120] 典型的信息項包括但不限于:患者特征,諸如年齡、此前的不育史、臨床診斷;臨 床治療信息,諸如藥物類型、刺激天數(shù)、卵母細胞數(shù)目、等等;常規(guī)胚胎形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù),諸如胚 胎數(shù)目、發(fā)育階段、等級等等。在一些實施方案中,信息包括年齡、胚胎總數(shù)、分裂停滯率、8 細胞胚胎數(shù)、第3天促卵泡激素(FSH)水平、移植的8細胞胚胎數(shù)、年齡、卵巢儲備下降、子 宮內(nèi)膜厚度、胚泡比率、胚胎總數(shù)、卵母細胞總數(shù)、施用促性腺素的總量和活動精子總數(shù)。
[0121] 樣品數(shù)據(jù)
[0122] 樣品數(shù)據(jù)可提供關(guān)于可能性評價中分析的胚胎的信息,諸如受精后導(dǎo)致停滯的天 數(shù)、和收集的日期和時間。帶有運一信息的報告區(qū)段一般可利用用戶輸入的數(shù)據(jù)來填充,其 中一些數(shù)據(jù)可W作為預(yù)先寫好的選項提供(如,使用下拉菜單)。
[0123] 解釋性報告
[0124] 報告的解釋性報告部分包括如本文所述地處理數(shù)據(jù)后生成的信息。解釋性報告可 包括為了體外受精程序?qū)ε允苤委熣叩脑u價。解釋性報告可包括,例如,利用基于所述預(yù) 選的患者變量的算法比較女性受治療者的譜與已知指示對體外受精程序的響應(yīng)度的已知 譜圖的文庫的分析結(jié)果,和任選地,不育指示基因的標(biāo)準(zhǔn)化水平(如不育指示基因的標(biāo)準(zhǔn) 化水平")的結(jié)果;解釋;和任選地,建議。
[0125] 報告的解釋部分可包括建議。其中結(jié)果指示:確定胚胎的成功植入、選擇將移植的 胚胎的最佳數(shù)目、和確定在不成功的治療周期之后隨后體外受精治療周期的成功。
[0126] 容易理解的是,報告可包括W上所有或一些組成部分,條件是報告一般至少包括 足W提供用戶要求的分析(如,可能性評價)的組成部分。
[0127] 其它特征
[012引還容易理解的是,報告可包括其它組成部分或修改的組成部分。例如,當(dāng)是電子形 式時,報告可包含指向內(nèi)部或外部數(shù)據(jù)庫的超鏈接,其提供關(guān)于所選的報告組成部分更詳 細的信息。例如,報告的患者數(shù)據(jù)組成部分可包括患者電子記錄的超鏈接或訪問所述患者 記錄的網(wǎng)址,該患者記錄保留在秘密數(shù)據(jù)庫中。后一實施方案在住院系統(tǒng)或診所環(huán)境可能 是感興趣的。 陽12引基于計算化的系統(tǒng)巧方法
[0130] 本文描述的方法和系統(tǒng)可W多種方式實現(xiàn)。在特別感興趣的一個實施方案中,方 法包括使用通信設(shè)施例如因特網(wǎng)。本發(fā)明的多種實施方案在W下討論。還應(yīng)理解的是,本發(fā) 明可W多種形式的硬件、軟件、固件、處理器或其組合來實現(xiàn)。本文描述的方法和系統(tǒng)可W 作為硬件和軟件的組合實現(xiàn)。軟件可作為應(yīng)用程序有形地在程序存儲裝置上體現(xiàn)而實現(xiàn), 或軟件的不同部分在用戶的計算環(huán)境中實現(xiàn)(如,作為小應(yīng)用程序)和在評論者的計算環(huán) 境實現(xiàn),其中評論者可W位于連接的遠端位置(如,在服務(wù)提供機構(gòu))。
[0131] 計算裝置的不同部件,諸如輸入裝置,可W經(jīng)由有線連接或無線連接與系統(tǒng)的其 它部件關(guān)聯(lián),所述無線連接包括例如,無線LAN連接、藍牙連接協(xié)議、Zi濁ee連接協(xié)議、射頻 連接協(xié)議或手機連接協(xié)議,包括碼分多址(CDMA)或經(jīng)由全球移動通信系統(tǒng)(GSM)。
[0132] 例如,在用戶輸入數(shù)據(jù)期間或之后,數(shù)據(jù)處理部分可在用戶端計算環(huán)境中進行。例 如,可W對用戶端計算環(huán)境編程W提供規(guī)定的測試碼來表示可能性"分數(shù)",其中分數(shù)作為 處理或部分處理的對評論者的計算環(huán)境的響應(yīng)W測試碼形式傳送,隨后執(zhí)行一種或多種算 法W提供結(jié)果和/或在評論者的計算環(huán)境中生成報告。
[0133] 用于執(zhí)行本文所述算法的應(yīng)用程序可W上傳到包含任何合適結(jié)構(gòu)的機器,并被其 執(zhí)行。一般,機器包括帶有硬件諸如一個或多個中央處理器(CPU)、隨機存取存儲器(RAM) 和輸入/輸出(I/O)界面的計算機平臺。計算機平臺還包括操作系統(tǒng)和微指令碼。本文描 述的各種處理和功能可W是由操作系統(tǒng)執(zhí)行的微指令碼的部分或應(yīng)用程序的部分(或其 組合)。此外,各種其它外圍設(shè)備可W連接到計算機平臺,所述外圍設(shè)備諸如另外的數(shù)據(jù)存 儲裝置和打印裝置。
[0134] 作為計算機系統(tǒng),系統(tǒng)一般包括處理器單元。處理器單元運轉(zhuǎn)W接收信息,運一 般包括所述信息數(shù)據(jù),諸如年齡、胚胎總數(shù)、分裂停滯率、8細胞胚胎數(shù)、第3天促卵泡激素 (FSH)水平、移植的8細胞胚胎數(shù)、年齡、卵巢儲備下降、子宮內(nèi)膜厚度、胚泡比率、胚胎總 數(shù)、卵母細胞總數(shù)、施用促性腺素的總量和活動精子總數(shù)。接收的運一信息可W至少臨時存 儲在數(shù)據(jù)庫中,分析數(shù)據(jù)W生成如上所述的報告。
[0135] 輸入和輸出數(shù)據(jù)的部分或所有也可電子傳送;某些輸出數(shù)據(jù)(如,報告)可電子傳 送或電話傳送(如,通過傳真,如,利用裝置諸如傳真回復(fù))。示例性輸出接收裝置可包括 展示部件、打印機、傳真裝置等等。電子形式的傳送和/或展示可包括電子郵件、交互電視 等等。在特別感興趣的實施方案中,輸入數(shù)據(jù)的所有或一部分和/或輸出數(shù)據(jù)(如,通常至 少最終報告)的所有或一部分保持在網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器上用于用典型瀏覽器獲取,優(yōu)選地機密存 取。數(shù)據(jù)可W由保健專業(yè)人員如所需地獲取或發(fā)送。輸入和輸出數(shù)據(jù),包括最終報告的所 有或一部分,可用于填充患者的病歷,病歷可在醫(yī)療機構(gòu)的機密數(shù)據(jù)庫中存在。
[0136]用在本文所述方法中的系統(tǒng)通常包括至少一個計算機處理器(如,其中方法在單 個位置完整進行)或至少兩個聯(lián)網(wǎng)的計算機處理器(如,其中數(shù)據(jù)將被用戶(在本文還稱 為"客戶")輸入并傳送到遠處位置的第二計算機處理器來分析,其中第一和第二計算機處 理器由網(wǎng)絡(luò)連接,如,經(jīng)由內(nèi)部網(wǎng)或因特網(wǎng))。系統(tǒng)還可包括用于輸入的用戶組件;和用于 評論數(shù)據(jù)、生成報告和人工干預(yù)的評論者組件。系統(tǒng)的其它組件可包括服務(wù)器組件;和用于 存儲數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(如,如在報告組成部分的數(shù)據(jù)庫中,如,解釋性報告組成部分或可包括 由用戶的數(shù)據(jù)輸入和數(shù)據(jù)輸出的相關(guān)數(shù)據(jù)庫(RDB)。計算機處理器可W是通常見于W下中 的處理器:個人臺式計算機(如,IBM、Dell、Macintosh)、便攜計算機、主機、微型計算機或 其它計算裝置,諸如Smartphone裝置,包括例如,Apple液iPllone飯巧置。
[0137] 聯(lián)網(wǎng)的客戶/服務(wù)器體系結(jié)構(gòu)可如所需地選擇,可W是例如經(jīng)典的兩層或=層客 戶服務(wù)器模型。相關(guān)數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)(畑M巧作為應(yīng)用服務(wù)器組件的部分或作為獨立的組 件(RDB器)為數(shù)據(jù)庫提供界面。
[013引在一個實施方案中,體系結(jié)構(gòu)作為數(shù)據(jù)庫-中屯、客戶/服務(wù)器體系結(jié)構(gòu)提供,其中 客戶應(yīng)用通常請求來自應(yīng)用服務(wù)器的服務(wù),應(yīng)用服務(wù)器對數(shù)據(jù)庫(或數(shù)據(jù)庫服務(wù)器)產(chǎn)生 請求來W如所需的報告組成部分填充報告,特別是解釋性報告組成部分,尤其是解釋文本 和警告。服務(wù)器(如,作為應(yīng)用服務(wù)器的部分或獨立的RDB/相關(guān)數(shù)據(jù)庫器)響應(yīng)于客戶的 請求。
[0139] 輸入客戶組件可W是完整、獨立的個人計算機,提供全范圍的功率和特征來運行 應(yīng)用。客戶組件通常在任何期望的操作系統(tǒng)下操作,包括通信部件(如,調(diào)制解調(diào)器或用于 連接到網(wǎng)絡(luò)的其它硬件)、一種或多種輸入裝置(如,鍵盤、鼠標(biāo)、小鍵盤或用于傳送信息或 命令的其它裝置)、存儲部件(如,硬盤或其它計算機可讀的、計算機可寫的存儲介質(zhì))、和 展示部件(如,顯示器、電視機、LCD、L邸或向用戶傳達信息的其它展示裝置)。用戶經(jīng)由輸 入裝置向計算機處理器輸入命令。通常,用戶界面是為網(wǎng)絡(luò)瀏覽器應(yīng)用編寫的圖形用戶界 面(GUI)。
[0140] 服務(wù)器組件可W是個人計算機、微型計算機或主機,并提供數(shù)據(jù)管理、客戶之間的 信息共享、網(wǎng)絡(luò)管理和安全。應(yīng)用和使用的任何數(shù)據(jù)庫可W在同一或不同服務(wù)器上。
[0141] 涵蓋了用于客戶和服務(wù)器的其它計算配置,包括在單個機器諸如主機、機器組合 或其它合適的構(gòu)造上處理。一般,客戶機器和服務(wù)器一起工作來實現(xiàn)本發(fā)明的處理。
[0142] 使用時,數(shù)據(jù)庫通常連接于數(shù)據(jù)庫服務(wù)器組件,可W是容納數(shù)據(jù)的任何裝置。例 如,數(shù)據(jù)庫可W是用于計算機的任何磁性或光存儲裝置(如,CDR0M、內(nèi)部硬盤、磁帶機)。數(shù) 據(jù)庫可位于服務(wù)器組件遠處(經(jīng)由網(wǎng)絡(luò)、調(diào)制解調(diào)器等等可存?。┗蛭挥诜?wù)器組件當(dāng)?shù)亍?br>[0143] 當(dāng)在系統(tǒng)和方法中使用時,數(shù)據(jù)庫可W是根據(jù)數(shù)據(jù)項之間的關(guān)系組織和存取的相 關(guān)數(shù)據(jù)庫。相關(guān)數(shù)據(jù)庫通常包括多個表格(實體)。表格的行代表記錄(關(guān)于不同條目的 信息的集合),列代表區(qū)段(記錄的具體特征)。W最簡單的概念,相關(guān)數(shù)據(jù)庫是由至少一 個共同區(qū)段彼此"相關(guān)"的數(shù)據(jù)條目的集合。
[0144]裝備有計算機和打印機的其它工作站可W在服務(wù)的地方使用W輸入數(shù)據(jù),且在一 些實施方案中,如果需要,生成適當(dāng)?shù)膱蟾?。計算機可具有快捷方式(如,在桌面上)w啟 動應(yīng)用來便于如所需地開始數(shù)據(jù)錄入、傳送、分析、報告收到等等。 。"引計算化可讀存儲介質(zhì)
[0146] 本發(fā)明還涵蓋計算機可讀存儲介質(zhì)(如CD-ROM、記憶鑰匙、閃存卡、軟盤等等),其 中存儲有程序,當(dāng)在計算環(huán)境中執(zhí)行該程序時,提供進行如本文所述的為了體外受精程序 評價受治療者的分析方法的所有或一部分的算法的實現(xiàn)。當(dāng)計算機可讀介質(zhì)包含用于進行 本文所述方法的完整程序時,程序包括用于收集、分析和生成輸出的程序指令,且通常包括 與本文所述的用戶交互、聯(lián)合分析信息處理數(shù)據(jù)、并為用戶生成獨特的印刷或電子介質(zhì)的 計算機可讀碼裝置。
[0147] 當(dāng)存儲介質(zhì)提供程序,該程序提供本文所述的方法的一部分的實現(xiàn)時(如,方法 的用戶端方面(如,數(shù)據(jù)輸入、報告收到能力等等)),程序提供用戶輸入數(shù)據(jù)向在遠處計算 環(huán)境的傳送(如,經(jīng)由因特網(wǎng)、經(jīng)由內(nèi)部網(wǎng)等等)。處理或處理數(shù)據(jù)的完成在遠處進行來生 成報告。評論報告,且完成為了提供完整的報告任何所需的人工干預(yù)后,然后將完整報告作 為電子文件或印刷文件(如,傳真或郵寄的紙質(zhì)報告)傳送回用戶。包含根據(jù)本發(fā)明的程 序的存儲介質(zhì)可與說明書(如,對于程序安裝、使用等等)一起包裝,所述說明書記錄在合 適的基質(zhì)或可W獲取所述說明書的網(wǎng)址上。計算機可讀存儲介質(zhì)還可與用于進行確定所述 信息數(shù)據(jù)的一種或多種試劑一起提供,如,用于確定分裂停滯率、8細胞胚胎數(shù)、第3天促卵 泡激素(FSH)水平和移植的8細胞胚胎數(shù)等等的材料。
[014引試劑盒
[0149] 用于本發(fā)明方法中的材料適于制備根據(jù)公知方案產(chǎn)生的試劑盒。因此本發(fā)明提供 包含試劑的試劑盒,所述試劑可包括可用于測定本文公開的基因表達和用于評價對體外治 療周期響應(yīng)可能性的基因-特異性或基因-選擇性探針和/或引物。
[0150] 例如,所述試劑盒可包括特異性雜交于核酸不育指示基因產(chǎn)物的一種或多種核酸 探針。所述試劑盒可包括,如,一種或多種核酸探針,其中一種或多種探針的每種特異性雜 交于不同響應(yīng)指示基因產(chǎn)物。例如,所述試劑盒可包括特異性雜交于不育指示基因的核酸 產(chǎn)物的探針,所述不育指示基因包括但不限于,0ct4、Eif3c、Papola、Piwil2、Eif3b、Eif4b、 化m3和Cpsf4。另一例子是,所述試劑盒可包括一組兩個或更多核酸探針,其中所述組的每 個探針雜交于不同不育指示基因的核酸產(chǎn)物。例如,所述試劑盒可包括一組兩個、=個、四 個、五個、六個、屯個或更多核酸探針,其中所述組的每個探針雜交于一組不育指示基因的 不同成員的核酸產(chǎn)物。
[0151] 在一些情況,除了特異性雜交于不育指示基因的核酸產(chǎn)物的探針W外,所述試劑 盒包括特異性雜交于參考基因產(chǎn)物的一種或多種探針。所述探針可用于確定不育指示基因 的標(biāo)準(zhǔn)化表達水平。
[0152] 所述試劑盒可包括一種或多種核酸引物對,其中引物對當(dāng)在聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)中作 為引物時,擴增祀核酸響應(yīng)指示基因產(chǎn)物或核酸響應(yīng)指示基因產(chǎn)物的祀?yún)^(qū)域。所述試劑盒 可包括多個不育指示基因的引物對。
[0153] 核酸引物和探針的示例性序列在本文所述的實施例中提供。本領(lǐng)域技術(shù)人員將容 易理解,其它探針和引物序列也是可能的,且基于不育指示基因的已知核巧酸序列和/或 基于參考基因的已知核巧酸序列容易獲得。
[0154] 除了上述探針和引物W外,所述試劑盒可包括用于從單細胞胚胎,特別是固定的 石蠟包埋的組織樣品提取和/或分離RNA的試劑、和/或用于制備mRNA的cDNA拷貝的試 劑、和/或用于核酸擴增的試劑。示例性的試劑包括使用FLUID1GM⑥B10MARK飯 48. 48動態(tài)陣列系統(tǒng)、相當(dāng)?shù)膯渭毎虮磉_分析平臺(RT-PCR)或新興技術(shù)諸如下一代、 在單細胞水平的全轉(zhuǎn)錄組測序所需的試劑。
[0155]引物和探針可基于不育指示基因的已知序列設(shè)計,并易于由標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)合成,如,經(jīng) 由亞憐酷胺化學(xué)反應(yīng)的固相合成,公開在美國專利第4, 458, 066和4, 415, 732號,通過引 用并入本文;Beaucage等人(l992)Te1:;r址e化on48:2223-2311 ;和AppliedBiosystems UserBulletinNo. 13(1Apr. 1987)。其它化學(xué)合成方法包括,例如,Narang等人,Meth. Enzymol. (1979)68 :90 描述的憐酸S醋方法和化own等人,Meth.Enzymol. (1979)68 :109 公開的憐酸二醋方法?;痩y(A)或poly(C)或其它非互補核巧酸延伸可W利用運些相同方 法滲入探針。六環(huán)氧乙燒延伸可W由本領(lǐng)域已知方法偶合于探針。Cload等人(1991)J.Am. Qiem.Soc. 113 :6324-6326;Levenson等人的美國專利第 4, 914, 210 號;Durand等人(1990) NucleicAcidsRes. 18 :6353-6359 ;和Horn等人(1986)Tet.Lett. 27 :4705-4708。
[0156] 探針或引物可包括可檢測標(biāo)記。示例性的標(biāo)記包括巧光染料,如異硫氯酸巧光素 (FITC)、羅丹明、德克薩斯紅、藻紅蛋白、別藻藍蛋白、6-簇基巧光素化-FAM)、2',7'-二甲 氧基-4',5'-二氯-6-簇基巧光素(JOE)、6-簇基-X-羅丹明(R0訝、6-簇基-2',4',7',4, 7-六氯巧光素化E訝、5-簇基巧光素巧-FAM)、N,N,N',N'-四甲基-6-簇基羅丹明燈AMRA)、 切5、切3等等;和放射性柄記(如,3中等等)。
[0157] 用于包含在所述試劑盒中的探針和引物包括可用于各種擴增和/或檢測系統(tǒng)的 探針和引物。示例性的擴增和/或檢測系統(tǒng)包括基于Sunrise?引物的系統(tǒng)、Molecular Beacons、化qman?系統(tǒng)、基于Amplifluor?發(fā)夾引物的系統(tǒng)、Sco巧ions技術(shù)(如,包含共 價連接于探針元件的PCR引物元件的雙功能分子)、Li曲t化onExtension或基于LUX?的 系統(tǒng)、化及化U1D1GM飯B10MARK液48. 48動態(tài)陣列系統(tǒng)。其他示例性的檢測系統(tǒng)包 括基于烙解曲線分析的那些、和利用嵌入染料諸如巧光素染料SYBR綠的那些。
[0158] 試劑盒可任選地包括帶有關(guān)于其在本發(fā)明方法中的使用的識別描述或標(biāo)簽或說 明書的試劑。試劑盒可包括容器(包括適于用在方法自動實現(xiàn)中的微量滴定板),其各帶 有用在本發(fā)明方法中的一種或多種不同試劑(通常W濃縮形式),包括例如,預(yù)裝配的微陣 列、緩沖液、適當(dāng)?shù)腟憐酸核巧酸(如,dATP、dCTP、dGTP和dTTP;或rATP、rCTP、rGTP和 UTP)、反轉(zhuǎn)錄酶、DM聚合酶、RNA聚合酶、化及本發(fā)明的一種或多種探針和引物(如,連接于 與RNA聚合酶反應(yīng)的啟動子的適當(dāng)長度的poly燈)或隨機引物)。
[0159] 用于為體外受精治療周期評價女性受治療者,包括確定活產(chǎn)事件概率的數(shù)學(xué)算法 的使用說明書也可包括在所述試劑盒中。在所述實施方案中,試劑盒將進一步包括書面或 電子介質(zhì)或說明書W獲取如上所述的遠程數(shù)據(jù)庫來提供和/或獲取信息,為了進行如上所 述的方法,所述信息包括所述信息數(shù)據(jù),諸如年齡、胚胎總數(shù)、分裂停滯率、8細胞胚胎數(shù)、第 3天促卵泡激素(FSH)水平、移植的8細胞胚胎數(shù)、年齡、卵巢儲備下降、子宮內(nèi)膜厚度、胚泡 比率、胚胎總數(shù)、卵母細胞總數(shù)、施用促性腺素的總量和活動精子總數(shù)。 實施例
[0160] 列出W下實施例W對本領(lǐng)域技術(shù)人員提供如何制備和使用本發(fā)明的完整公開和 描述,不意為限制發(fā)明人認為是本發(fā)明的范圍,也不意為代表W下實驗是進行的所有或僅 有的實驗。已經(jīng)努力確保關(guān)于使用的數(shù)字(如量、溫度等等)的準(zhǔn)確性,但應(yīng)考慮到一些實 驗誤差和偏差。除非另外指明,否則部分是重量部分,分子量是重均分子量,溫度是W攝氏 度,壓力是大氣壓或接近大氣壓。
[0161] 材料巧方法
[0162] W下方法和材料用在W下實施例中。
[0163] 數(shù)據(jù)收集、納入和排除標(biāo)準(zhǔn)
[0164]關(guān)于從 2003 年 1 月 1 日至 2006 年 12 月 31 日在StanfordUniversityMedical Center進行的所有IVF周期的臨床診斷、IVF治療方案和監(jiān)測、胚胎學(xué)數(shù)據(jù)W及治療結(jié)果 的數(shù)據(jù)從廣泛使用的生育力數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)B油ySentryPro度油ySentryLtd,Limassol, 切prus)檢索,或從醫(yī)學(xué)和胚胎學(xué)記錄如所需地獲得。回顧性數(shù)據(jù)收集、去身份識別和分 析按照斯坦福大學(xué)設(shè)施內(nèi)倫理委員會批準(zhǔn)的方案(Stan化rd化iversityInst;Uutional ReviewBoard-approvedprotocol)進行。數(shù)據(jù)分析的納入標(biāo)準(zhǔn)是新的、刺激的、非供體的 卵母細胞IVF周期。
[0165] 在某些實驗中,排除了因為任何原因未能導(dǎo)致胚胎移植的周期、對超過45歲的婦 女進行的周期、和對植入前遺傳篩選進行的周期。
[0166] 其它實驗中,我們沒有排除在IVF治療已開始后因為醫(yī)學(xué)或非醫(yī)學(xué)原因在任何時 間點取消的周期。我們排除了使用在不同IVF診所已經(jīng)受孕的胚胎的冷藏胚胎移植周期。
[0167] 定義周期數(shù)目
[0168] 我們按照W下方法重編號了所有IVF周期。對于每個患者,在運四年的數(shù)據(jù)集中 出現(xiàn)的第一個新的IVF周期稱為"周期1"。利用新的或從周期1受孕的冷藏胚胎的所有胚 胎移植治療的最終結(jié)果定義為周期1的結(jié)果。出現(xiàn)的第二個新的IVF周期定義為"周期2", 等等。我們的數(shù)據(jù)庫未能容納在別處進行的IVF周期的數(shù)據(jù)。
[0169] 評價胚胎發(fā)育
[0170]IVF治療、受精、胚胎培養(yǎng)、胚胎評價、低溫膽藏標(biāo)準(zhǔn)和臨床結(jié)果的標(biāo)準(zhǔn)臨床方案如 下所述。人類胚胎體外發(fā)育的正常進展特征是:在授精后16-20小時出現(xiàn)2個前核作為第 1天受精的跡象,第0天是卵母細胞采集日。在第1天晚些時候,胚胎發(fā)育達到2-細胞期, 隨后分別在第2天和第3天達到4-細胞和8-細胞期。在第4天和第5天,胚胎發(fā)育特征 是分別建立桑甚胚和胚泡期。所有胚胎在第3天可獲得用于評價。胚胎移植日由在第3天 分裂球的數(shù)目確定。一般,如果存在4個或更多8-細胞胚胎,我們將建議延長胚胎培養(yǎng)到 第5天,此時伴有更高妊娠率,進行胚泡移植。如果存在少于四個8-細胞胚胎,胚胎移植將 在第3天進行。
[0171] 患者、IVF周期和胚胎參數(shù)
[0172] 分析了與IVF治療結(jié)果有關(guān)的30個變量,如表1所列,在四個主要分類下:患者特 征和臨床診斷、IVF周期特征、胚胎組參數(shù)、和移植胚胎的參數(shù)。分裂停滯率定義為在體外 培養(yǎng)第3天一組中具有4或更少細胞的胚胎百分比。所有其它變量是自明的。
[0173] 結(jié)果的定義
[0174] 統(tǒng)計分析基于活產(chǎn)相對于無活產(chǎn)的二分結(jié)果進行。無活產(chǎn)包含所有其它結(jié)果諸如 陰性血清P-hCG或陽性血清P-hCG隨后是生化妊娠、自發(fā)性流產(chǎn)和宮外孕。
[017引統(tǒng)計分析
[0176] 因為一些患者在研究期間經(jīng)歷多于一個IVF周期,分析基于治療周期而不是基于 患者進行。統(tǒng)計分析基于陰性血清P-hCG確定的無活產(chǎn)和陽性血清P-hCG確定的妊娠的 二分結(jié)果進行,并包括生化妊娠、臨床妊娠、自發(fā)性流產(chǎn)和宮外孕。我們進行了每個變量與 結(jié)果的成對邏輯回歸,確定了每對連續(xù)變量之間的化arson相關(guān)系數(shù)。
[0177] 對于主要分析,由MART?構(gòu)建提升的化oosted)分類樹來識別非冗余預(yù)后變 量,進一步由CART分析非冗余預(yù)后變量來識別將其限定為分類變量的闊值。mart?是 用于識別預(yù)測結(jié)果的變量的交互結(jié)構(gòu)的可靠方法。:MART?中交叉驗證、參數(shù)選擇提升和 模型評價的使用還保留了簡潔性并避免過度擬合。在構(gòu)建MART?樹時,將全數(shù)據(jù)集分為 10個亞組來實現(xiàn)對模型評價的10倍交叉驗證。同樣的10倍交叉驗證重復(fù)1000次W進行 可靠預(yù)測率估計和識別在CART中具有最高預(yù)測率的樹模型。盡管mart?,從高度交互變 量大組選擇非冗余預(yù)后變量是強有力的,CART分析導(dǎo)致簡單的算法,和用在醫(yī)學(xué)文獻中的 更容易理解的"決定樹"(Guznick等人,N化glJMed345 :1388-1393. (2001))。因此,用 CART分析由MA民T?識別的賦予預(yù)測的非冗余、預(yù)后變量W進一步限定預(yù)后的闊值。
[0178] 在一些實驗中,如果患者在研究期間經(jīng)歷多個新的IVF周期,僅分析前S個周期。 我們僅基于周期1 (C1)數(shù)據(jù)生成模型。C2和C3的數(shù)據(jù)僅用于檢驗移植前模型的周期間驗 證。
[0179] 在運樣的實驗中,我們進行了每個變量與結(jié)果的成對邏輯回歸,確定了每對連
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