雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標記及其應用
【技術領域】
[0001] 本發(fā)明涉及分子生物技術領域，尤其是涉及雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標 記及其應用。
【背景技術】
[0002] 隨著生活水平的不斷提高和消費觀念的轉變，人們對于雞肉的質量和口味的要求 越來越高，對優(yōu)質雞的需求日漸擴大。優(yōu)質雞主要強調的是肉質，而肌纖維是構成肌肉組織 的基本單位，大量的研宄表明肌纖維類型是直接影響肌肉品質的重要因素，慢肌纖維含量 較多的肉品質相對較好，因此培育慢肌纖維含量多的優(yōu)質雞品種成為現(xiàn)今家禽育種專家的 目標之一。
[0003] 隨著分子數(shù)量遺傳學、分子生物學技術的飛速發(fā)展，有關分子遺傳標記和標記輔 助選擇的研宄得到廣泛開展，并在畜禽育種中應用，產(chǎn)生了巨大的效益。肌纖維類型具有中 等偏高的遺傳力，理論上以其作為選育指標改善雞肌肉品質是可行的。選育慢肌纖維比例 高的肌纖維類型性狀是優(yōu)質雞育種中的主要目標之一，從分子水平上鑒定影響肌纖維類型 的基因或標記是目前雞功能基因研宄的熱點之一，但前提是要找到與該性狀緊密連鎖的標 記。將DNA分析作為主要的研宄手段應用于優(yōu)質雞的育種中，主要目的是通過在DNA分子 水平上尋找與肉雞肌纖維類型性狀密切相關的遺傳標記，用于早期的選育，從而加快育種 進程。目前尚未見有關雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標記的研宄報道。
[0004] 過氧化物體增殖物激活受體y輔激活因子l_a(peroxisomeproliferators activatedreceptorgammacoactivatoralpha,PGC-1a)對肌肉中的能量代謝產(chǎn)生著非 常重要的作用，其在肌肉肌纖維細胞中表達豐富，慢肌纖維的表達要高于快肌纖維。對小鼠 的研宄表明，PGC-1a可能是調控肌纖維類型的關鍵因子并可以組合肌纖維轉化過程中的 多條彳目號通路。
[0005] 然而關于PGC-la基因在雞肌纖維類型中的研宄鮮有報道。本發(fā)明將雞PGC-la 基因作為肌肉肌纖維類型性狀的候選基因，提供了雞PGC-1a基因外顯子的一個SNP位點 作為雞肌纖維類型性狀的分子標記，并公開了應用方法。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006] 為解決上述技術問題，在一個方面，本發(fā)明公開了一種雞肌纖維類型性狀相關基 因的分子標記，另外，本發(fā)明還公開了該雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標記的應用。
[0007] 本發(fā)明公開了一種雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標記，選擇PGC-1a基因外 顯子第646位核苷酸G-A的突變點作為分子標記，所述分子標記的核苷酸序列為SEQID NO. 1所示，在SEQIDNO. 1的第97bp處發(fā)生G97-A97的堿基突變。
[0008] 本發(fā)明還公開了一種利用以上所述雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標記進行 快速選育方法，檢測PGC-la基因的SNP位點，即SEQIDNO. 1的第97bp是否發(fā)生G97-A97 的堿基突變作為選育條件。
[0009] 優(yōu)選的，檢測PGC-1 a基因的SNP位點即SEQ ID NO. 1的第97bp是否發(fā)生G97-A97 的堿基突變所采用的步驟包括：
[0010] 1) PCR擴增SNP位點所在片段；
[0011] 2)對上步的PCR擴增產(chǎn)物進行LDR檢測反應。
[0012] 優(yōu)選的，該方法所用的PCR擴增引物為：
[0013] 上游引物序列：5' -TTCCATCGCCAAAATAAAAG-3'，
[0014] 下游引物序列：5' -GGAGITGCTGTAGCCAAAAT-3'。
[0015] 優(yōu)選的，PCR擴增體系為：
[0016] 50ng/ y L DNA 模板 1 y L、20mMdNTP2 y L、100mM Mg2+0. 6 y L、10XPCR 反應緩沖液 2 y L、10 y M 上下游弓丨物各 0? 4 y L、5U/ y LTaq 酶 0? 2 y L、5 X Q-solution 4 y L、加 ddH20 至 總體積20 y L。
[0017] 優(yōu)選的，PCR擴增反應程序為：
[0018] 94°0預變性5!^11、941：變性3〇8、561：退火3〇8、721：延伸3〇8,35個循環(huán)、最后 72°C 延伸 8min。
[0019] 優(yōu)選的，LDR檢測反應探針為：
[0020] A 探針 PGC-1 a _modify 序列：
[0021] 5? -P-TCGGGCATCGGGGAAGGGCTGGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-FAM-3?,
[0022] B探針 PGC-1 a _G 序列：
[0023] 5' -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCG-3'，
[0024] C 探針 PGC-1 a _A 序列：
[0025]5> -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCA-3,〇
[0026] 優(yōu)選的，LDR檢測反應的體系為：
[0027] PCR產(chǎn)物 1 yL、10XPCR反應緩沖液 1 yL、0. 5yM探針混合物 1 yL、40U/yLDNA連 接酶0. 05 y L、加ddH20至總體積10 y L。
[0028] 優(yōu)選的，LDR檢測反應的程序為：
[0029] 94°C預變性 2min、94°C變性 30s、60°C退火 2min，30 個循環(huán)。
[0030] 本發(fā)明又公開了一種利用以上所述雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標記進行 快速選育試劑盒，該試劑盒包括PGC-1 a基因的PCR擴增引物和LDR檢測反應探針，PCR擴 增引物為：
[0031] 上游引物序列為：5' -TTCCATCGCCAAAATAAAAG-3'，
[0032] 下游引物序列為：5' -GGAGITGCTGTAGCCAAAAT-3' ；
[0033] LDR檢測反應探針為：
[0034] A 探針 PGC-1 a _modify 序列：
[0035] 5' -P-TCGGGCATCGGGGAAGGGCTGGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-FAM-3'，
[0036] B探針 PGC-1 a _G 序列：
[0037] 5' -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCG-3'，
[0038] C 探針 PGC-1 a _A 序列：
[0039]5> -TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTCCTGGGGCGGAGGGGTGCCA-3,〇
[0040] 根據(jù)本發(fā)明的雞肌纖維類型性狀相關基因的分子標記及其應用，可以取得以下所 述的至少一種積極技術效果：
[0041] 1、本發(fā)明可以通過檢測PGC-1 a基因的SNP位點即SEQ ID NO. 1的第97bp是否 發(fā)生G97-A97的堿基突變對雞肌纖維類型性狀進行選育。
[0042] 2、本發(fā)明能夠為雞肌纖維類型性狀相關基因的檢測提供一種快速、簡便、價格低 廉的基因分析方法，有利于篩選出慢肌纖維含量較多、肉品質相對較好的肉雞個體，指導雞 肌纖維類型性狀的分子標記輔助選育。
[0043] 3、本發(fā)明將雞PGC-1 a基因作為肌肉肌纖維類型性狀的候選基因，其外顯子的一 個SNP位點即SEQ ID NO. 1的第97bp G - A突變作為篩選位點，不僅建立了基于連接酶檢 測（Ligase Reaction Detection, LDR)反應的SNP快速檢測方法，而且提供了該SNP位點 的遺傳變異及其對肌纖維類型的遺傳效應，并公開了應用方法。
【附圖說明】
[0044] 本發(fā)明的上述和/或附加的方面和優(yōu)點從結合下面附圖對實施例的描述中將變 得明顯和容易理解，其中：
[0045] 圖1是根據(jù)本發(fā)明實施例中的利用瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR產(chǎn)物的檢測結果圖；
[0046] 圖2是根據(jù)本發(fā)明實施例中的LDR分型圖，在圖中，雙峰 106bp±0. 5bp/108bp±0. 5bp 為 GA 基因型，單峰 106bp±0. 5bp 為 GG 基因型，單峰 108bp±0. 5bp 為 AA 基因型。
【具體實施方式】
[0047] 下面通過具體的實施例，并結合附圖對本發(fā)明做進一步的詳細描述。需要說明的 是，在不沖突的情況下，本申請中的實施例及實施例中的特征可以相互組合。實施例是示例 性的，僅用于解釋本發(fā)明，而不能理解為對本發(fā)明的限制。另外，如果沒有明確說明，在下面 的實施例中所采用的所有材料均為市場上可以購得的，實施例中未提及的具體實驗方法， 按照本技術領域常規(guī)實驗方法進行或者為本領域技術人員容易獲得的。
[0048] 在本發(fā)明中，如無特殊說明，所用專業(yè)術語按照以下所述理解：
[0049] 1) LDR :連接酶檢測（Ligase Reaction Detection, LDR)〇
[0050] 2) SNP:單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphism, SN