本發(fā)明屬于生物技術領域,具體涉及一種乙肝病毒的PRINS檢測方法及其引物和檢測試劑盒。
背景技術:
乙肝病毒(Hepatitis B Virus,HBV)是一種重要的傳染性疾病,可以經過血液等各種體液傳播,引起急性肝炎、慢性肝炎、肝硬化、肝癌等,嚴重威脅世界人類的身體健康和生命安全。其中,我國又是乙肝病毒的高發(fā)地區(qū),據(jù)估計,約有60%的人曾經感染乙肝病毒,攜帶者高達10%,已感染人群中至少15~25% 最終死于HBV相關的肝病,大部分為肝細胞癌口。因此,準確、迅速診斷對乙肝的治療和預防顯得極為重要。
當前,對HBV的檢測手段主要是酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISA)和聚合酶鏈式反應(PCR)。其中ELISA方案的依據(jù)是根據(jù)抗原抗體反應來檢測乙肝病毒的血清標志物(HBV—M) 即HBsAg、HBeAg、HBcAb、HBsAb、HBeAb的濃度,因此該方案反映的主要是人體對HBV感染的免疫狀態(tài),但不能直接反映HBV在患者體內的復制情況,更不能作為判斷患者是否具有傳染性的直接證據(jù)。PCR方案直接擴增并檢測血清中HBV的DNA,因此能夠反應出在體內的真實擴增和是否有傳染性等情況。由此結果判斷體內HBV是否正在復制、復制程度、或者經治療后HBV是否被清除等方面均有重要作用,并為臨床觀察藥物療效、病情轉化等提供依據(jù)。
但是,在血清樣品內本身的游離DNA很少,在抽提HBV DNA時,容易導致DNA的丟失從而導致檢測結果中的HBV DNA含量比實際值降低甚至由于丟失而導致假陰性結果?;赒-PCR方案的檢測體系,進口試劑盒靈敏度僅僅在300拷貝/ml,其靈敏度不滿足臨床檢驗的需要。
技術實現(xiàn)要素:
因此,針對目前HBV檢測方法靈敏度不高的問題,本發(fā)明提供了一種新的乙肝病毒的PRINS檢測方法及其引物和乙肝病毒PRINS檢測試劑盒。 為解決上述技術問題,本發(fā)明采取的技術方案:一種乙肝病毒的PRINS檢測方法,其特征在于,包括以下步驟:
步驟S1、采集血樣,將血樣離心后的血清涂布于載玻片,利用固定液將載玻片中的血清固定5-110分鐘,固定后用PBS溶液浸泡洗滌,洗滌后的載玻片利用質量百分比0.001-0.25%的蛋白酶K孵育,然后用變性緩沖液處理5-15分鐘,處理后的載玻片在90℃-98℃下熱處理,使蛋白酶K滅活,然后用PBS溶液浸泡洗滌該載玻片;
步驟S2、將步驟S1處理后的載玻片上加入第一PRINS反應液,在載玻片上放置蓋玻片,靜置1-90分鐘,然后用洗滌液洗滌;
步驟S3、在步驟S2處理后的載玻片上加入第二PRINS反應液,在載玻片上放置蓋玻片,進行原位擴增標記反應,將反應后的載玻片放入終止反應液中浸泡,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于洗滌液中洗滌;
步驟S4、將步驟S3處理后的載玻片置于0.1-2mg/mL的碘化丙啶溶液中孵育,孵育后用水清洗,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察。
其中,步驟S1中所述的固定液為137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L 的KCl,10mmol/L 的Na2HPO4, 2 mmol/L 的KH2PO4 ,4%的多聚甲醛和0.2 mol/L的戊二醛組成的溶液,pH=7.2~7.4,所述的百分數(shù)為質量百分數(shù)。
其中,步驟S1中所述的PBS溶液為137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L的KCl,10mmol/L的Na2HPO4, 2mmol/L的KH2PO4組成的溶液,pH7.2~7.4 。
其中,步驟S1中所述的變性緩沖液為20mmol/L的甲酰胺,3mmol/L的NaCl和0.3mmol/L的檸檬酸鈉組成的溶液。
其中,步驟S2中所述的第一PRINS反應液為:1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜堿,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L ddATP、0.05-0.5 mmol/L ddCTP、0.05-0.5 mmol/L ddGTP和0.05-0.5 mmol/L ddTTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
其中,步驟S3中所述的第二PRINS反應液為:10nM-100μM的上游檢測引物,10nM-100μM的下游檢測引物,50nM-1mM的封閉引物,1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜堿,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L dATP、0.05-0.5 mmol/L dCTP、0.05-0.5 mmol/L dGTP,0.01-0.5 mmol/L dTTP,0.01-0.5 mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
其中,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:1所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:2,SEQ ID No:3,SEQ ID No:4,SEQ ID No:5,SEQ ID No:6,SEQ ID No:8,SEQ ID No:9,SEQ ID No:10,SEQ ID No:11和SEQ ID No:12中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
優(yōu)選的是,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:13所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:14,SEQ ID No:15,SEQ ID No:16,SEQ ID No:17,SEQ ID No:18,SEQ ID No:20,SEQ ID No:21,SEQ ID No:22,SEQ ID No:23和SEQ ID No:24中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
優(yōu)選的是,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:25所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:26,SEQ ID No:27,SEQ ID No:28,SEQ ID No:29,SEQ ID No:30,SEQ ID No:32,SEQ ID No:33,SEQ ID No:34,SEQ ID No:35和SEQ ID No:36中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
優(yōu)選的是,所述的封閉引物為引物3’端堿基被氨基、磷酸或者雙脫氧封閉,使其喪失進行PCR反應的能力。
其中,步驟S3中所述的原位擴增標記反應包括以下步驟:(1)90-98°C預變性0.5-10分鐘;(2)90-96°C變性1-90秒;(3)45-68°C退火0.5-3分鐘;(4)55-73°C延伸1-5分鐘,(2)-(4)循環(huán)1-38次;(5)60-73℃延伸1-5分鐘。
其中,步驟S3中所述的終止反應液為 0.15-0.75 mol/L NaCl和0.01-0.1 mol/L EDTA 組成的溶液,pH=6.8-8.0。
一種檢測乙肝病毒的特異性引物,其特征在于,所述的特異性引物由上游檢測引物,下游檢測引物和封閉引物組成。
其中,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:1所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:2,SEQ ID No:3,SEQ ID No:4,SEQ ID No:5,SEQ ID No:6,SEQ ID No:8,SEQ ID No:9,SEQ ID No:10,SEQ ID No:11和SEQ ID No:12中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
優(yōu)選的是,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:13所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:14,SEQ ID No:15,SEQ ID No:16,SEQ ID No:17,SEQ ID No:18,SEQ ID No:20,SEQ ID No:21,SEQ ID No:22,SEQ ID No:23和SEQ ID No:24中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
優(yōu)選的是,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:25所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:26,SEQ ID No:27,SEQ ID No:28,SEQ ID No:29,SEQ ID No:30,SEQ ID No:32,SEQ ID No:33,SEQ ID No:34,SEQ ID No:35和SEQ ID No:36中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
一種乙肝病毒的PRINS檢測試劑盒,其特征在于,所述PRINS檢測試劑盒包括載玻片、蓋玻片、固定液、蛋白酶K、第一PRINS反應液、第二PRINS反應液、陰性對照和陽性對照。
其中,所述的固定液為137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L 的KCl,10mmol/L 的Na2HPO4, 2 mmol/L 的KH2PO4 ,4%的多聚甲醛和0.2 mol/L的戊二醛組成的溶液,pH=7.2~7.4,所述的百分數(shù)為質量百分數(shù)。
其中,所述的第一PRINS反應液為:1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜堿,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L ddATP、0.05-0.5 mmol/L ddCTP、0.05-0.5 mmol/L ddGTP和0.05-0.5 mmol/L ddTTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶;所述的第二PRINS反應液為:10nM-100μM的上游檢測引物,10nM-100μM的下游檢測引物,50nM-1mM的封閉引物,1-100m mol/L TrisCl(pH8.8),5-100 m mol/L KCl,1-5 m mol/L MgCl2,0.01-1% 牛血清白蛋白,0.5-2.5 mol/L甘油,0.5-3mol/L 甜菜堿,0.1-3mol/L海藻糖,0.05-0.5 mmol/L dATP、0.05-0.5 mmol/L dCTP、0.05-0.5 mmol/L dGTP,0.01-0.5 mmol/L dTTP,0.01-0.5 mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及0.5-5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
其中,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:1所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:2,SEQ ID No:3,SEQ ID No:4,SEQ ID No:5,SEQ ID No:6,SEQ ID No:8,SEQ ID No:9,SEQ ID No:10,SEQ ID No:11和SEQ ID No:12中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
優(yōu)選的是,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:13所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:14,SEQ ID No:15,SEQ ID No:16,SEQ ID No:17,SEQ ID No:18,SEQ ID No:20,SEQ ID No:21,SEQ ID No:22,SEQ ID No:23和SEQ ID No:24中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
優(yōu)選的是,所述的上游檢測引物為SEQ ID No:25所示的核苷酸序列,所述的下游檢測引物為SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:26,SEQ ID No:27,SEQ ID No:28,SEQ ID No:29,SEQ ID No:30,SEQ ID No:32,SEQ ID No:33,SEQ ID No:34,SEQ ID No:35和SEQ ID No:36中所示的一種或多種核苷酸序列的組合。
其中,所述的陰性對照為沒有HBV污染的健康人血清。
其中,所述的陽性對照為陽性對照血清,該陽性對照血清中HBV DNA濃度為30拷貝/ml、40拷貝/ml和50拷貝/ml。
與現(xiàn)有技術相比,本發(fā)明實現(xiàn)的有益效果:
(1)靈敏度高,按照本發(fā)明的方法抽提HBV DNA,并進行PRINS反應,在待檢血清中的HBV DNA達到30-50拷貝/ml時,即可以檢測出來,靈敏度比現(xiàn)有進口的試劑盒的相應指標有明顯提高。
(2)操作簡單,常規(guī)的檢驗實驗室即可完成該操作,操作人員不需要特殊培訓,因而保證了可操作性。
(3)在PRINS階段,如果沒有進口的原位PCR儀,采用國產的同類型PCR儀即可。另外,除了熒光顯微鏡外,不需要其它的貴重設備,便于普及。
(4)本方案基于載玻片的PRINS方案,直接將待檢血清涂布于經處理的載玻片上,保證了樣品的完整性,提高了檢測靈敏度。由于檢測靈敏度的提高,可以在HBV的潛伏期內就可以被檢測到,從而可以提前預警,本技術已經穩(wěn)定在30-50拷貝/ml的靈敏度。
具體實施方式
如下涉及到的載玻片、蓋玻片為本領域常規(guī)的載玻片、蓋玻片,其處理方法也是本領域的公知常識。
實施例1
特異性引物:所述的上游檢測引物、下游檢測引物、封閉引物分別為SEQ ID No:1、SEQ ID No:7和 SEQ ID No:2所示的核苷酸序列。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:1,SEQ ID No:7和SEQ ID No:2所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物10nmol/L,下游檢測引物10nmol/L和封閉引物50nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液:137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L 的KCl,10mmol/L 的Na2HPO4, 2 mmol/L 的KH2PO4 ,4%的多聚甲醛和0.2 mol/L的戊二醛組成的溶液,pH=7.2~7.4,所述的百分數(shù)為質量百分數(shù)。
2)變性緩沖液:20mmol/L的甲酰胺,3mmol/L的NaCl和0.3mmol/L的檸檬酸鈉組成的溶液。
3)PBS 溶液:137mmol/L 的NaCl,2.7mmol/L的KCl,10mmol/L的Na2HPO4, 2mmol/L的KH2PO4組成的溶液,pH7.2~7.4 。
4)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.025%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
5)第一PRINS反應液(50μl):10mmol/L TrisCl(pH8.8),50mmol/L KCl,1.5mmol/L MgCl2,0.1% 牛血清白蛋白,2mol/L甘油,2mol/L 甜菜堿,0.5mol/L海藻糖,0.2mmol/L ddATP、0.2mmol/L ddCTP、0.2mmol/L ddGTP和0.2mmol/L ddTTP,以及2.5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
6) 第二PRINS反應液(50μl):10nmol/L的上游檢測引物,10nmol/L的下游檢測引物,50nmol/L的封閉引物,2.5mmol/L TrisCl(pH8.8),5m mol/L KCl,1.2mmol/L MgCl2,0.5% 牛血清白蛋白,0.5mol/L甘油,0.5mol/L 甜菜堿,0.1mol/L海藻糖,0.05mmol/L dATP、0.05mmol/L dCTP、0.05mmol/L dGTP,0.01mmol/L dTTP,0.04mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及0.5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
7)洗滌液:0.3mol/L的NaCl,0.03mol/L的檸檬酸鈉,0.05%的Tween-20組成的溶液,pH=7.2,其中所述百分比為質量百分比。
8)終止反應液:0.5mol/L NaCl 和0.05mol/L EDTA (pH8.1)組成的溶液;
9)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度1 mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉下離心5分鐘,取50μ離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液室溫固定5分鐘,固定后用25℃的 PBS溶液洗滌3次,每次5分鐘,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K在4°C下孵育15分鐘,然后用變性緩沖液于75℃下處理5分鐘,處理后的載玻片在96°C條件下干熱20分鐘,使蛋白酶K滅活,然后在4℃下用PBS溶液洗滌3次,5分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在60℃下做PRINS反應1小時,反應后于25℃下用洗滌液洗滌3次,5分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到95°C預變性5分鐘, 95°C下變性1分鐘,58°C下退火3分鐘,64°C下延伸3分鐘,做28個循環(huán),最后64°C下延伸5分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml,65°C的終止反應液,浸泡1分鐘,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于25℃的洗滌液中洗滌3次,10分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,10℃下于暗盒中孵育15分鐘,孵育后用水沖洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
實施例2
特異性引物:上游檢測引物、下游檢測引物、封閉引物分別為SEQ ID No:13、SEQ ID No:19和SEQ ID No:14所示的核苷酸序列。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:13,SEQ ID No:19和SEQ ID No:14所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物50nmol/L,下游檢測引物50nmol/L和封閉引物250nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液、變性緩沖液、PBS 溶液、洗滌液和終止反應液包括的組分和含量與實施例1中的組分和含量一致。
2)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.1%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
3)第一PRINS反應液(50μl):1.5mmol/L TrisCl(pH8.8),5mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.05% 牛血清白蛋白,0.5mol/L甘油,0.5mol/L 甜菜堿,3mol/L海藻糖,0.15mmol/L ddATP、0. 15mmol/L ddCTP、0. 15mmol/L ddGTP和0.15mmol/L ddTTP,以及5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
4) 第二PRINS反應液(50μl):50nmol/L的上游檢測引物,50nmol/L的下游檢測引物,250nmol/L的封閉引物,3mmol/L TrisCl(pH8.8),20mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.05% 牛血清白蛋白,2.5mol/L甘油,1.5mol/L 甜菜堿,1mol/L海藻糖,0.08mmol/L dATP、0.08mmol/L dCTP、0.08mmol/L dGTP,0.05mmol/L dTTP,0.03mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度0.15mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉離心5分鐘,取50μl離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液室溫固定10分鐘,固定后用35℃的PBS溶液洗滌5次,30分鐘/次,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K在65°C下孵育0.5分鐘,然后用變性緩沖液于65℃處理10分鐘,處理后的載玻片在90°C條件下干熱30分鐘,使蛋白酶K滅活,然后在10℃下用PBS溶液洗滌3次,0.5分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在35℃下做PRINS反應1分鐘,反應后于5℃下用洗滌液下洗滌4次,3分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到90°C預變性0.5分鐘,90°C下變性1.5分鐘,45°C下退火0.5分鐘,55°C 下延伸5分鐘,做38個循環(huán),最后60°C下延伸1分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml,0°C的終止反應液中,浸泡30分鐘,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于35℃的洗滌液中洗滌3次,1分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,55℃下于暗盒中孵育1分鐘,孵育后用水沖洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
實施例3
特異性引物:上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物分別為SEQ ID No:25、SEQ ID No:31和SEQ ID No:26所示的核苷酸序列。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:25,SEQ ID No:31和SEQ ID No:26所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物1000nmol/L,下游檢測引物1000nmol/L和封閉引物5000nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液、變性緩沖液、PBS 溶液、洗滌液和終止反應液包括的組分和含量與實施例1中的組分和含量一致。
2)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.002%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
3)第一PRINS反應液(50μl):20mmol/L TrisCl(pH8.8),5mmol/L KCl,3mmol/L MgCl2,0.01% 牛血清白蛋白,1mol/L甘油,1.5mol/L 甜菜堿,0.15mol/L海藻糖,0.1mmol/L ddATP、0.1mmol/L ddCTP、0. 1mmol/L ddGTP和0.1mmol/L ddTTP,以及3U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
4) 第二PRINS反應液(50μl):1000nmol/L的上游檢測引物,1000nmol/L的下游檢測引物,5000nmol/L的封閉引物,50mmol/L TrisCl(pH8.8),50mmol/L KCl,3mmol/L MgCl2,0.8% 牛血清白蛋白,1mol/L甘油,2mol/L 甜菜堿,2mol/L海藻糖,0.2mmol/L dATP、0.2mmol/LdCTP、0.2mmol/L dGTP,0.5mmol/L dTTP,0.1mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及2U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度1.5mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉下離心5分鐘,取50μl離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液0℃下固定15分鐘,固定后用4℃的PBS溶液洗滌4次, 0.5分鐘/次,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K在45°C下孵育35分鐘,然后用變性緩沖液于75℃下處理15分鐘,處理后的載玻片在98°C條件下干熱1分鐘,使蛋白酶K滅活,然后在35℃下用PBS溶液洗滌3次,30分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在73℃下做PRINS反應90分鐘,反應后于35℃下用洗滌液下洗滌5次,6分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到98°C預變性10分鐘,93°C下變性1秒,68°C下退火1分鐘,73°C 下延伸1分鐘,做1個循環(huán),最后73°C下延伸3分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml,73°C的終止反應液,浸泡10秒,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于30℃的洗滌液中洗滌5次,30分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,0℃下于暗盒中孵育45分鐘,孵育后用水沖洗洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于在熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
實施例4
特異性引物:上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物分別為SEQ ID No:1、SEQ ID No:7和SEQ ID No:11所示的核苷酸序列。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:1,SEQ ID No:7和SEQ ID No:11所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物100nmol/L,下游檢測引物100nmol/L和封閉引物800nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液、變性緩沖液、PBS 溶液、洗滌液和終止反應液包括的組分和含量與實施例1中的組分和含量一致。
2)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.08%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
3)第一PRINS反應液(50μl):57mmol/L TrisCl(pH8.8),55mmol/L KCl,5mmol/L MgCl2,0.35% 牛血清白蛋白,1.2mol/L甘油,3mol/L 甜菜堿,2.2mol/L海藻糖,0.3mmol/L ddATP、0.3mmol/L ddCTP、0.3mmol/L ddGTP和0.3mmol/L ddTTP,以及3.5U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
4) 第二PRINS反應液(50μl):100nmol/L的上游檢測引物,100nmol/L的下游檢測引物,800nmol/L的封閉引物,100mmol/L TrisCl(pH8.8),100mmol/L KCl,5mmol/L MgCl2,0.65% 牛血清白蛋白,1.3mol/L甘油,2.9mol/L 甜菜堿,3mol/L海藻糖,0.4mmol/L dATP、0.4mmol/LdCTP、0.4mmol/L dGTP,0.3mmol/L dTTP,0.1mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及1.2U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度0.5mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉下離心5分鐘,取50μl離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液于55℃下固定40分鐘,固定后用10℃的PBS溶液洗滌3次,10分鐘/次,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K在15°C下孵育10分鐘,然后用變性緩沖液于75℃下處理5分鐘,處理后的載玻片在96°C條件下干熱10分鐘,使蛋白酶K滅活,然后在4℃下用PBS溶液洗滌4次,5分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在55℃下做PRINS反應15分鐘,反應后于25℃下用洗滌液洗滌3次,5分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到92°C預變性5分鐘,95°C下變性1分鐘,50°C下退火3分鐘,60°C下延伸3分鐘,做2個循環(huán),最后68°C下延伸3分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml,15°C終止反應液,浸泡5分鐘,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于25℃的洗滌液中洗滌4次,5分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分鐘,孵育后用水沖洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
實施例5
特異性引物:上游檢測引物和下游檢測引物分別為SEQ ID No:1、SEQ ID No:7所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:8所示的核苷酸序列和SEQ ID No:10所示的核苷酸序列的等量混合。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:1,SEQ ID No:7,SEQ ID No:8和SEQ ID No:10所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物5000nmol/L,下游檢測引物5000nmol/L和封閉引物2.8×104nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液、變性緩沖液、PBS 溶液、洗滌液和終止反應液包括的組分和含量與實施例1中的組分和含量一致。
2)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.12%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
3)第一PRINS反應液(50μl):15mmol/L TrisCl(pH8.8),50mmol/L KCl,1mmol/L MgCl2,0.58% 牛血清白蛋白,0.5mol/L甘油,1.8mol/L 甜菜堿,1.5mol/L海藻糖,0.45mmol/L ddATP、0.45mmol/L ddCTP、0.45mmol/L ddGTP和0.45mmol/L ddTTP,以及2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
4) 第二PRINS反應液(50μl):5000nmol/L的上游檢測引物,5000nmol/L的下游檢測引物,2.8×104nmol/L的封閉引物,88mmol/L TrisCl(pH8.8),55mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.25% 牛血清白蛋白,1.8mol/L甘油,2.5mol/L 甜菜堿,0.3mol/L海藻糖,0.45mmol/L dATP、0.45mmol/LdCTP、0.45mmol/L dGTP,0.35mmol/L dTTP,0.25mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及1.8U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度2mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉下離心5分鐘,取50μl離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液于55℃下固定60分鐘,固定后用10℃的PBS溶液洗滌3次,10分鐘/次,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K液在10°C下孵育15分鐘后,然后用變性緩沖液于75℃處理5分鐘,處理后的載玻片在96°C條件下干熱10分鐘,使蛋白酶K滅活,然后在4℃下用PBS溶液洗滌4次,5分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在45℃下做PRINS反應10分鐘,反應后于25℃下用洗滌液洗滌3次,5分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到98°C預變性10分鐘,90°C下變性1.5分鐘,60°C下退火3分鐘,73°C下延伸3分鐘,做2個循環(huán),最后68°C下延伸3分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml,15°C的終止反應液,浸泡5分鐘,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于25℃的洗滌液中洗滌4次,5分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分鐘,孵育后用水沖洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
實施例6
特異性引物:上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物分別為SEQ ID No:13、SEQ ID No:19和SEQ ID No:23所示的核苷酸序列。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:13,SEQ ID No:19,SEQ ID No:23所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物500nmol/L,下游檢測引物500nmol/L和封閉引物2600nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液、變性緩沖液、PBS 溶液、洗滌液和終止反應液包括的組分和含量與實施例1中的組分和含量一致。
2)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.11%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
3)第一PRINS反應液(50μl):29mmol/L TrisCl(pH8.8),37mmol/L KCl,1.2mmol/L MgCl2,0.08% 牛血清白蛋白,1.4mol/L甘油,3mol/L 甜菜堿,1.3mol/L海藻糖,0.14mmol/L ddATP、0.14mmol/L ddCTP、0.14mmol/L ddGTP和0.14mmol/L ddTTP,以及4.2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
4) 第二PRINS反應液(50μl):500nmol/L的上游檢測引物,500nmol/L的下游檢測引物,2600nmol/L的封閉引物,47mmol/L TrisCl(pH8.8),65mmol/L KCl,2.9mmol/L MgCl2,0.28% 牛血清白蛋白,0.8mol/L甘油,0.9mol/L 甜菜堿,0.8mol/L海藻糖,0.45mmol/L dATP、0.45mmol/LdCTP、0.45mmol/L dGTP,0.1mmol/L dTTP,0.35mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及3.6U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度1.9mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉下離心5分鐘,取50μl離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液于55℃下固定95分鐘,固定后用10℃的PBS溶液洗滌3次,10分鐘/次,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K在10°C下孵育15分鐘,然后用變性緩沖液于75℃處理5分鐘,處理后的載玻片在96°C條件下干熱10分鐘,滅活蛋白酶K,然后在4℃下用PBS溶液洗滌4次,5分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在45℃下做PRINS反應10分鐘,反應后于25℃下用洗滌液洗滌3次,5分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到92°C預變性5分鐘,95°C下變性1分鐘,50°C下退火3分鐘,60°C下延伸3分鐘,做2個循環(huán),最后68°C下延伸3分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml,15°C的終止反應液,浸泡5分鐘,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于25℃的洗滌液中洗滌4次,5分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分鐘,然后用水沖洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
實施例7
特異性引物:上游檢測引物、下游檢測引物分別為SEQ ID No:13、SEQ ID No:19所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:15所示的核苷酸序列和SEQ ID No:17所示的核苷酸序列的等量混合。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:13,SEQ ID No:19,SEQ ID No:15和SEQ ID No:17所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物80nmol/L,下游檢測引物80nmol/L和封閉引物450nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液、變性緩沖液、PBS 溶液、洗滌液和終止反應液包括的組分和含量與實施例1中的組分和含量一致。
2)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.18%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
3)第一PRINS反應液(50μl):56mmol/L TrisCl(pH8.8),100mmol/L KCl,2.8mmol/L MgCl2,1% 牛血清白蛋白,2.5mol/L甘油,1.9mol/L 甜菜堿,1.8mol/L海藻糖,0.05mmol/L ddATP、0.05mmol/L ddCTP、0.05mmol/L ddGTP和0.05mmol/L ddTTP,以及3.2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
4) 第二PRINS反應液(50μl):80nmol/L的上游檢測引物,80nmol/L的下游檢測引物,450nmol/L的封閉引物,36mmol/L TrisCl(pH8.8),49mmol/L KCl,2.8mmol/L MgCl2,0.08% 牛血清白蛋白,1.4mol/L甘油,1.9mol/L 甜菜堿,1.8mol/L海藻糖,0.5mmol/L dATP、0.5mmol/LdCTP、0.5mmol/L dGTP,0.1mmol/L dTTP,0.5mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及2.4U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度1.2mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉下離心5分鐘,取50μl離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液于55℃下固定95分鐘,固定后用30℃的PBS溶液洗滌3次,15分鐘/次,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K液在30°C下孵育25分鐘后,然后用用變性緩沖液于75℃處理5分鐘,處理后的載玻片在96°C條件下干熱10分鐘,滅活蛋白酶K,然后在20℃下用PBS溶液洗滌4次,5分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在45℃下做PRINS反應60分鐘,反應后于20℃下用洗滌液洗滌3次,5分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到92°C預變性5分鐘,95°C下變性1分鐘,50°C下退火3分鐘,60°C下延伸3分鐘,做25個循環(huán),最后68°C下延伸3分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml終止反應液,15°C,浸泡5分鐘,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于25℃的洗滌液中洗滌4次,5分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分鐘,孵育后用水沖洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
實施例8
特異性引物:上游檢測引物、下游檢測引物分別為SEQ ID No:25、SEQ ID No:31所示的核苷酸序列,所述的封閉引物為SEQ ID No:27所示的核苷酸序列和SEQ ID No:29所示的核苷酸序列的等量混合。
引物的制備:
人工合成上游檢測引物、下游檢測引物和封閉引物,詳細序列見序列表(SEQ ID No:25,SEQ ID No:31,SEQ ID No:27和 SEQ ID No:29所示的核苷酸序列)。合成后的引物進行稀釋處理,分別為上游檢測引物700nmol/L,下游檢測引物700nmol/L和封閉引物5600nmol/L。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下試劑:
1)固定液、變性緩沖液、PBS 溶液、洗滌液和終止反應液包括的組分和含量與實施例1中的組分和含量一致。
2)蛋白酶 K:質量百分數(shù)0.25%的蛋白酶K,以PBS溶液溶解;
3)第一PRINS反應液(50μl):98mmol/L TrisCl(pH8.8),69mmol/L KCl,2.5mmol/L MgCl2,0.25% 牛血清白蛋白,1.9mol/L甘油,2.3mol/L 甜菜堿,1.2mol/L海藻糖,0.5mmol/L ddATP、0.5mmol/L ddCTP、0.5mmol/L ddGTP和0.5mmol/L ddTTP,以及1.2U的Taq DNA 聚合酶,所述百分比為質量百分比。
4) 第二PRINS反應液(50μl):1×105 nmol/L的上游檢測引物,1×105 nmol/L的下游檢測引物,1×106 nmol/L的封閉引物,48mmol/L TrisCl(pH8.8),57mmol/L KCl,4.3mmol/L MgCl2,0.1% 牛血清白蛋白,1.3mol/L甘油,0.8mol/L 甜菜堿,2.2mol/L海藻糖,0.5mmol/L dATP、0.5mmol/LdCTP、0.5mmol/L dGTP,0.114mmol/L dTTP,0.016mmol/L 熒光素標記的dUTP,以及3.5U的Taq DNA 聚合酶,其中所述百分比為質量百分比。
5)碘化丙啶溶液:碘化丙啶溶解于PBS溶液中,濃度0.8mg/mL。
乙肝病毒的PRINS檢測方法中包括如下步驟:
1)以促凝血真空采血管采血1 ml,靜置30分鐘后,在3000轉下離心5分鐘,取50μl離心后的血清均勻涂布于載玻片中,利用固定液于55℃下固定95分鐘,固定后用30℃的PBS溶液洗滌3次,15分鐘/次,洗滌后的載玻片利用蛋白酶K在30°C下孵育25分鐘,然后用變性緩沖液于75℃處理5分鐘,處理后的載玻片在96°C條件下干熱10分鐘,滅活蛋白酶K,然后在20℃下用PBS溶液洗滌4次,5分鐘/次;
2)在載玻片上加入50μl第一PRINS反應液,以ddNTPs為底物在45℃下做PRINS反應60分鐘,反應后于20℃下用洗滌液洗滌3次,5分鐘/次;
3)在載玻片上加入50μl第二PRINS反應液,這里以dNTPs和熒光標記的dUTP為底物,放置蓋玻片,用橡皮泥封閉,將樣品加熱到92°C預變性5分鐘;以95°C變性1分鐘,50°C退火3分鐘,60°C 延伸3分鐘,做25個循環(huán),最后68°C延伸3分鐘;
4)去掉蓋玻片,將樣品載玻片放入50ml,15°C的終止反應液,浸泡5分鐘,使原位擴增標記反應終止,然后將載玻片置于25℃的洗滌液中洗滌4次,5分鐘/次;
5)將載玻片置于碘化丙啶溶液中,30℃下于暗盒中孵育15分鐘,孵育后用水沖洗3次,5分鐘/次,加蓋玻片,于熒光顯微鏡下觀察,以藍色和紅/綠色重疊為陽性信號。
除了dUTP可以標記用于測定之外,dATP,dCTP,dGTP,dTTP也可以用于標記。
應理解,在閱讀了本發(fā)明的上述內容之后,本領域技術人員可以對本發(fā)明作各種改動或修改,這些等價形式同樣落于本申請所附權利要求書所限定的范圍。
<110> 上海復陽生物科技有限公司
<120> 一種乙肝病毒的PRINS檢測方法及其引物和檢測試劑盒
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<220>
<223> 引物序列
<400> 28
tcgcttcacc tctgcacgvb hd 22
<210> 29
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 29
tcgcttcacc tctgcachvb hd 22
<210> 30
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<400> 30
tcgcttcacc tctgcadhvb hd 22
<210> 31
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 31
gcccngtaaa gtttcccacc ttatg 25
<210> 32
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 32
gcccngtaaa gtttcccacc ttavh 25
<210> 33
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 33
gcccngtaaa gtttcccacc ttbvh 25
<210> 34
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 34
gcccngtaaa gtttcccacc tvbvh 25
<210> 35
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 35
gcccngtaaa gtttcccacc vvbvh 25
<210> 36
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引物序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> n is a, c, g, or t
<400> 36
gcccngtaaa gtttcccacd vvbvh