專利名稱：確定生物通路活性的方法
確定生物通路活性的方法本發(fā)明涉及一種確定生物通路活性的方法，所述生物通路與疾病相關(guān)聯(lián)的。更精確地說，該方法包括基于基因表達圖譜，評估所述通路在患者中的活性水平，所述患者患有所述疾病。本發(fā)明還涉及該方法在定向性治療中的應(yīng)用。已逐步形成了廣泛的微陣列數(shù)據(jù)分析方法，范圍包括從簡單的倍數(shù)變化方法，到許多復(fù)雜的有計算要求的技術(shù)。通過微陣列技術(shù)的基因表達圖譜已成為在研究許多復(fù)雜疾病的分子機制時被廣泛使用的策略。然而，通過對大多數(shù)疾病遇到的生物異質(zhì)性所進行的分析更加復(fù)雜?；虮磉_分析中一個常見的現(xiàn)象是，許多基因表現(xiàn)出類似的表達模式(I )，其可以分享共同調(diào)節(jié)控制下的生物學(xué)功能。此外，在實驗條件(2)的子集中，這些共表達的基因根據(jù)它們的表達模式經(jīng)常組成簇。因此，基因共表達，而不是差異表達，也可能提供信息。

然而,在文獻通常使用的方法中不考慮生物識別標(biāo)志(biological signature)的激活狀態(tài)，這可以產(chǎn)生一些錯誤分類(3-7)。因此，本發(fā)明人已經(jīng)開發(fā)了一種用于確定患有一種疾病的患者的生物通路的活性水平的方法，提供了一個所述生物通路的活性或非活性的響應(yīng)指示，其避免了錯誤分類。本發(fā)明的方法允許確定真正的活性生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)，所述網(wǎng)絡(luò)只與高水平的生物識別標(biāo)志成分的相關(guān)性相關(guān)聯(lián)。事實上，考慮到生物網(wǎng)絡(luò)解釋的這種新的相關(guān)方面，應(yīng)允許在細胞水平上捕獲實際的激活機制。生物識別標(biāo)志是指共享一個或多個生物過程的一組基因或它們的產(chǎn)物。當(dāng)基因在各種生物條件下被共調(diào)控或共激活時，相應(yīng)的表達圖譜可能會顯示出相對的相似性，或者共表達。以下關(guān)于本發(fā)明方法的發(fā)展，關(guān)注，和說明顯示出與類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)有關(guān)。當(dāng)然，本發(fā)明并不限于RA，其延伸至與其中至少一個生物通路相關(guān)聯(lián)的任何病狀之中。作為進一步的例子，所述病狀可能是系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)，多發(fā)性硬化癥(MS)，干燥綜合征，I型糖尿病，皮肌炎等……。本發(fā)明的用于確定生物樣品生物通路的活性水平的方法包括以下步驟，所述生物樣品來源于正遭受病狀的患者:為建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且為建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且
將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，并且如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性。根據(jù)本發(fā)明，短語“對照個體”包括任何個體，其中所述病狀并未進行診斷，特別是包括健康個體，患有所述病狀之外的任何其它病狀的患者，患有所述病狀的無癥狀患者。本發(fā)明還涉及一種通過確定生物通路的活性水平體外建立預(yù)測健康個體發(fā)生病狀的方法，所述方法包括以下步驟:提供健康個體的樣品，為建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且為建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且測量所述健康個體的樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且將所述健康個體的樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述對照個體中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且將所述健康個體的樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較 ，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述對照個體中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，健康個體不可能發(fā)生病狀，并且如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，健康個體可能發(fā)生病狀。在另一實施例中，本發(fā)明還涉及一種通過確定生物通路的活性水平體外建立患者病狀診斷的方法，所述方法包括以下步驟:提供患者的樣品，為建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且為建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，患者不遭受與生物通路活性相關(guān)的病狀，并且如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，患者正遭受與生物通路活性相關(guān)的病狀。正如上文所述，本發(fā)明還涉及使用上述方法進行定向性/個性化治療。因此，本發(fā)明還涉及一種評估表現(xiàn)病狀的患者是否確實需要給藥的方法，所述藥物直接或間接地與生物通路相互作用，所述方法確定生物通路的生物活性，并且所述生物活性與所述病狀相關(guān)聯(lián)，所述方法包括以下步驟: 提供患者的樣品，為建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且為建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且測量所述患者 樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與負參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，患者需要給藥，并且如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，患者不需要給藥。本發(fā)明的再一主題涉及一種監(jiān)測給藥患者的治療反應(yīng)的方法，所述藥物直接或間接地與生物通路相互作用，所述方法確定生物通路的生物活性，并且所述生物活性與所述病狀相關(guān)聯(lián)，所述方法包括以下步驟:提供患者的樣品，為建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且為建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、個體或患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且
測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，患者對藥物具有不良的反應(yīng)，并且如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，患者對藥物具有良好的反應(yīng)。下面公開根據(jù)本發(fā)明方法的優(yōu)選實施例，所述實施例單獨或組合使用。因此，根據(jù)優(yōu)選的實施例，通過分析所述樣品中核酸或蛋白質(zhì)的表達水平確定所述至少三個基因的活性水平。所述核酸包括RNAs或由所述RNAs獲得的cDNAs，RNAs包括長和短 RNAs，如 mRNA，miRNA。來自患者的生物樣品可以是組織樣品或流體樣品，例如血液，血漿，血清，尿，滑液和腦脊液樣品。在他們的研究中，本發(fā)明人選擇干擾素(IFN)誘導(dǎo)基因識別標(biāo)志作為例子來研究構(gòu)成該識別標(biāo)志的基因之間的相關(guān)性水平。因此，如上所述優(yōu)選的方法涉及I型干擾素(type I IFN)的生物通路。事實上，已經(jīng)報道在不同的疾病中干擾素調(diào)節(jié)基因均增加，如類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)，系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE) (4)，全身性硬化癥(8)，多發(fā)性硬化(9)和來自干燥綜合征患者的組織中(10)，I型糖尿病(11-13)和皮肌炎(12)。但是，為表征IFN識別標(biāo)志，采用普通的方法來計算IFN“得分”，即基于組成該識別標(biāo)志的基因的平均表達，為每一個患者和對照計算IFN “得分”。然而，正如上面所解釋的，這種方法不考慮這些干擾素誘導(dǎo)基因的共調(diào)節(jié)。事實上，具有類似功能的基因通常是僅在特定的實驗條件下才共表達。根據(jù)本發(fā)明提供了一種替代的方法，依據(jù)該方法可以通過整體相關(guān)性水平，而不僅僅是表達水平，對IFN的識別標(biāo)志進行表征。事實上，我們基于IFN相關(guān)基因平均表達的分析結(jié)果，表明HC和RA患者在分類上的不一致性(9%，圖6)?？梢圆捎貌煌囊蛩貙FN識別標(biāo)志中基因表達與相關(guān)性水平之間的這些差異進行解釋。研究表明，可以通過IFN信號傳輸上幾個獨立的途徑對IFN相關(guān)基因進行調(diào)節(jié)[14，15]。也可以通過主要組成這些基因啟動子區(qū)域的多態(tài)性序列進行控制[16，17]。這些不同的因素可以解釋這些基因表達中個別異質(zhì)性的存在，以及由此帶來的兩種方法之間所觀察到的差異。下面的實驗部分，通過示例的方式，而不是通過限制的方式，闡示了本發(fā)明方法的開發(fā)，其中所述生物通路涉及人I型干擾素 (IFN)的表達以及類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)的病狀，所述方法涉及與所述通路相關(guān)聯(lián)的35個基因。附1:1FN識別標(biāo)志的基因表達圖譜。
35個干擾素誘導(dǎo)基因的非監(jiān)督層次聚類(unsupervised hierarchicalclustering)，所述基因用于從RA患者IFNffi(樹圖②)中區(qū)別類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)患者IFN高(樹圖①)。每一行代表一個基因；每一列顯不每一患者表達的35個IFN誘導(dǎo)基因的表達。深灰色表示以較高水平表達的基因，淺灰色表示以較低水平表達的基因。圖2:來自類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)患者亞組的相關(guān)性圖譜。相關(guān)性指數(shù)被定義為每個IFN識別標(biāo)志基因作為其與其余基因的相關(guān)性的中位數(shù)。因此，使用35個計算出的相關(guān)性索引來代表不同組的相關(guān)性圖譜，RA IFNffi(虛線)和RA IFN*(連續(xù)線)。從不同組獲得的相關(guān)性索引的中位數(shù)值分別為0.33和0.63。圖3:根據(jù) IFN 識別標(biāo)志的個體分層(Stratification of individuals)。每一個點代表了一個具有決定變量的單個個體，所述決定變量基于生物識別標(biāo)志(CABS)，從分類算法計算而來。陰影框表示根據(jù)CABS規(guī)則的正常范圍:如果Ds 1“高識別標(biāo)志”，并且如果Ds低〈1 “低識別標(biāo)志”，已知D高低=COR高/COR低。圖4:來自于不同組的相關(guān)性圖譜。相關(guān)性指數(shù)被定義為每個IFN識別標(biāo)志基因作為其與其余基因的相關(guān)性的中位數(shù)。因此，使用來自 IFN識別標(biāo)志基因的35丨個計算出的相關(guān)性索引來代表不同組的相關(guān)性圖譜:健康對照組(HC) IFNffi (③)，HC IFN高(④)，類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者(RA) IFNffi (①)和RAIFNS(②)，以及系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者(SLE) IFNs((S))0從不同組獲得的相關(guān)性索引的中位數(shù)值分別為 0.27,0.44,0.33,0.63 和 0.68。圖5:采用抗-TNF治療的類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(RA)患者中后續(xù)的IFN識別標(biāo)志。每一個點代表了一個具有決定變量的單個個體，所述決定變量基于生物識別標(biāo)志(CABS)，從分類算法計算而來。陰影框表示根據(jù)CABS規(guī)則的正常范圍:如果Ds 1“高識別標(biāo)志”，并且如果Ds 低識別標(biāo)志”，已知Ds ffi=C0Rs/C0Rffi。威爾科克森符號秩次檢驗(Wilcoxon signed rank test)用來評估抗-TNF治療前和治療后A) (*P=0.0186)B)(**P=0.002)。結(jié)果表明，經(jīng)抗-TNF治療后，高IFN識別標(biāo)志被保留(圖5A)，而治療后的6個月，RA IFNffi中觀察到顯著的增加(圖5B)。圖6:1FN識別標(biāo)志的表征方法的比較分析。每一個點代表一個單個個體。y軸代表由CABS計算出的IFN識別標(biāo)志的決定變量?；疑奶摼€表示根據(jù)CABS規(guī)則的閾值:如果Ds 1，識別標(biāo)志被定義為“高識別標(biāo)志”，并且如果D高低〈1，識別標(biāo)志被定義為“低識別標(biāo)志”，已知D高低=COR高/COR低。X軸代表識別標(biāo)志的基因表達的平均值。固體灰色線表示IFN反應(yīng)的閾值，通過計算HC(正常值，定義為35個IFN-相關(guān)基因的平均(SD)表達，±1.96SD)的95%限制而來。如果平均基因表達彡9.68，識別標(biāo)志被定義為“高識別標(biāo)志”，并且如果平均基因表達比率〈9.68，識別標(biāo)志被定義為“低識別標(biāo)志”。陰影框顯示這兩種方法之間觀察到分歧。黑色三角形代表了具有基因表達高平均值和低決定變量的個體。黑色的正方形代表了具有基因表達低平均值和高決定變量的個體。舉例說明本發(fā)明。方法患者和對照102例符合經(jīng)修訂的美國風(fēng)濕性學(xué)會1987年風(fēng)濕病標(biāo)準(zhǔn)的患者進行了登記。其臨床特征示于表I。作為IFN陽性對照組(IFNs)，對10例符合美國風(fēng)濕性學(xué)會系統(tǒng)性紅斑狼瘡標(biāo)準(zhǔn)的系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者(SLE)進行了研究。此外，還招募了 100名年齡和性別匹配的無任何RA、自身免疫性疾病和合并用藥家族史的健康對照組(HC)。所有受試者簽署了知情同意書，并且這項研究得到了當(dāng)?shù)嘏R床研究倫理委員會的批準(zhǔn)。表I描述了患者和健康對照組的人口統(tǒng)計學(xué)和臨床特征。表1:患者和健康對照組的人口統(tǒng)計學(xué)和臨床特征

權(quán)利要求
1.一種用于確定正遭受病狀的患者的生物樣品中生物通路的活性水平的方法，所述方法包括以下步驟: 建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且 建立陽性參考，測量所述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少 三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，并且如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性。
2.一種通過確定生物通路的活性水平體外建立預(yù)測健康個體發(fā)生病狀的方法，所述方法包括以下步驟: 提供健康個體的樣品， 建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且 建立陽性參考，測量所述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且測量所述健康個體的樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且將所述健康個體的樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述對照個體中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且 將所述健康個體的樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述對照個體中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中 如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，健康個體不可能發(fā)生病狀，并且 如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，健康個體可能發(fā)生病狀。
3.—種通過確定生物通路的活性水平體外建立患者病狀診斷的方法，所述方法包括以下步驟:提供患者的樣品， 建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且 建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或正遭受病狀的患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中 如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，患者不遭受與生物通路活性相關(guān)的病狀，并且 如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，患者正遭受與生物通路活性相關(guān)的病狀。
4.一種評估表現(xiàn)病狀的患者是否確實需要給藥的方法，所述藥物直接或間接地與生物通路相互作用，所述方法確定生物通路的生物活性，并且所述生物活性與所述病狀相關(guān)聯(lián)，所述方法包括以下步驟: 提供患者的樣品， 建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且 建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且 測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中 如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，患者需要給藥，并且 如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，患者不需要給藥。
5.一種監(jiān)測給藥患者的治療反應(yīng)的方法，所述藥物直接或間接地與生物通路相互作用，所述方法確定生物通路的生物活性，并且所述生物活性與病狀相關(guān)聯(lián)，所述方法包括以下步驟: 提供患者的樣品， 建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且 建立陽性參考，測量上述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且 測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且 將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且 建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中 如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，這意味著，患者對藥物具有不良的反應(yīng),并且 如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性，這意味著，患者對藥物具有良好的反應(yīng)。
6.如權(quán)利要求1至5中任一項的方法，其中通過分析所述樣品中核酸或蛋白質(zhì)的表達水平確定所述至少三個基因的活性水平。
7.如權(quán)利要求1至5中任一項的方法，其中所述核酸包括RNA或由所述RNA獲得的cDNA, RNA 包括長和短 RNA，如 mRNA，miRNA。
8.如權(quán)利要求1至7中任一項的方法，其中所述生物樣品是流體樣品或組織樣品。
9.如權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，其中生物樣品選自由血液，血漿，血清，尿，滑液和腦脊液組成的組。
10.根據(jù)權(quán)利要求1至9中任一項所述的方法，其中所述生物通路是I型干擾素通路。
11.根據(jù)權(quán)利要求1至10中任一項所述的方法，其中所述病狀選自由類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎和系統(tǒng)性紅斑狼瘡組成的組。
全文摘要
用于確定正遭受病狀的患者的生物樣品中生物通路的活性水平的方法，所述方法包括以下步驟建立陰性參考，測量至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是失活的，所述的至少三個基因與所述的生物通路相關(guān)聯(lián)，并且建立陽性參考，測量所述至少三個基因的表達水平，所述基因來自于由個體、對照個體或患者所組成的組，該組的生物通路是活性的，并且測量所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陰性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C-值，其對應(yīng)于所述陰性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且將所述患者樣品中所述至少三個基因的表達水平與陽性參考中所述至少三個基因的表達水平進行比較，并確定C+值，其對應(yīng)于所述陽性參考中所述至少三個基因的表達水平與所述患者中所述至少三個基因的表達水平之間的相關(guān)聯(lián)水平，并且建立C+/C-的比率，其給出了相關(guān)性得分，其中如果相關(guān)性得分低于1，表明生物通路不具備活性，并且如果相關(guān)性得分高于或等于1，表明生物通路具備活性。
文檔編號C12Q1/68GK103180462SQ201180048561
公開日2013年6月26日 申請日期2011年9月19日 優(yōu)先權(quán)日2010年10月6日
發(fā)明者皮埃爾·邁奧斯克, 布魯諾·摩根, 瑪利克·帕耶, 弗雷德里克·雷尼爾 申請人:拜奧默里克斯公司, 里昂公立收容所