專利名稱：：區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)的鑒定及其用途的制作方法區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)的鑒定及其用途
技術(shù)領(lǐng)域：
：本申請(qǐng)要求2010年7月23日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)No.61/367，254的優(yōu)先權(quán)。美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)No.61/367，254的公開通過(guò)引用以其整體在本文合并。
背景技術(shù)：
：母源循環(huán)中無(wú)細(xì)胞胚胎DNA的分子分析已顯示為在胚胎非整倍性，其他胚胎遺傳異常和懷孕并發(fā)癥的非-侵襲性出生前診斷中許諾的方法。許多既有的診斷方法和技術(shù)一般在臨床病例中良好實(shí)施，其中母源血漿中無(wú)細(xì)胞胚胎DNA的級(jí)分超過(guò)25%。但是，當(dāng)治療性干預(yù)不再是選項(xiàng)時(shí)，該水平的胚胎DNA—般僅在懷孕晚期達(dá)到。已觀察到，母源血漿中的無(wú)細(xì)胞胚胎DNA的級(jí)分在妊娠的9和13周之間懷孕的頭三個(gè)月內(nèi)在0%到510%之間改變。為了在懷孕的頭三個(gè)月內(nèi)達(dá)到臨床有用的精確度，任何目前開發(fā)的測(cè)定通常需要胚胎物質(zhì)的顯著富集。發(fā)明概述本發(fā)明提供用于母源循環(huán)中區(qū)別表達(dá)的(例如，過(guò)表達(dá)的或亞表達(dá)的)胚胎或母源基因組區(qū)的鑒定和表征的新方法。尤其是，本發(fā)明的母源循環(huán)中過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的鑒定可允許不富集或純化地胚胎DNA的精確的分析，導(dǎo)致更簡(jiǎn)單的，更精確的和有效的出生前診斷測(cè)定。本發(fā)明是對(duì)于早期懷孕期間(例如，頭三個(gè)月期間)非侵襲出生前診斷特別有用的。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供鑒定母源樣品中的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)的方法，包括下列步驟定量存在于母源樣品中的胚胎或母源基因組區(qū)；測(cè)定相比參照量的胚胎或母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度，由此測(cè)定是否胚胎或母源基因組區(qū)在母源樣品中區(qū)別表達(dá)；其中胚胎或母源基因組區(qū)不對(duì)應(yīng)于非整倍性區(qū)。在一些實(shí)施方式中，參照量指示母源樣品中胚胎或母源核酸的平均表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，測(cè)定相對(duì)豐度的步驟包括比較定量的量與參照量，而且其中如果定量的量以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信不同于參照量，胚胎或母源基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中區(qū)別表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，參照量指示母源樣品中胚胎或母源核酸的過(guò)表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，測(cè)定相對(duì)豐度的步驟包括比較定量的量與參照量，而且其中如果定量的量以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信基本上相同于或大于參照量，胚胎或母源基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中過(guò)表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，參照量指示母源樣品中胚胎或母源核酸的亞表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，測(cè)定相對(duì)豐度的步驟包括比較定量的量與參照量，而且其中如果定量的量以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信基本上相同于或小于參照量，胚胎或母源基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中亞表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法定量胚胎基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，參照量指示母源樣品中胚胎核酸的平均表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，胚胎核酸的平均表達(dá)是5%。在一些實(shí)施方式中，如果定量的量在參照量以上，胚胎基因組區(qū)被鑒定為以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信在母源樣品中過(guò)表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法定量母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，參照量指示母源樣品中母源核酸的平均表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，母源核酸的平均表達(dá)是95%。在一些實(shí)施方式中，如果定量的量在參照量以下，母源基因組區(qū)被鑒定為以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信在母源樣品中亞表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法的定量步驟包括定量胚胎基因組區(qū)和對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)的相對(duì)豐度通過(guò)比較胚胎基因組區(qū)的定量的量與對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的定量的量來(lái)測(cè)定。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)自對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)特殊地可檢測(cè)。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)含有父源地貢獻(xiàn)的序列。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)含有不同于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的序列。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)含有至少一個(gè)不同于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)多態(tài)核苷酸。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)含有不同于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的甲基化模式。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)相比對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)含有拷貝數(shù)變異(CNV)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法以高通量形式實(shí)施。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法同時(shí)定量多個(gè)胚胎或母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法還包括下列步驟首先自母源樣品制備總DNA。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法還包括下列步驟首先自母源樣品制備無(wú)細(xì)胞DNA。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法還包括下列步驟首先產(chǎn)生含有待定量的胚胎或母源基因組區(qū)的核酸片段。在一些實(shí)施方式中，適合于本發(fā)明的母源樣品選自細(xì)胞，組織，全血，血漿，血清，尿，糞便，唾液，臍帶血，絨毛膜絨毛樣品，絨毛膜絨毛樣品培養(yǎng)物，羊水，羊水培養(yǎng)物，經(jīng)子宮頸灌洗液，及其組合。在特定實(shí)施方式中，適合于本發(fā)明的母源樣品是母源血。在一些實(shí)施方式中，適合于本發(fā)明的母源樣品從一個(gè)個(gè)體得到。在一些實(shí)施方式中，適合于本發(fā)明的母源樣品從多個(gè)個(gè)體得到。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法的定量步驟包括DNA測(cè)序步驟。在一些實(shí)施方式中，DNA測(cè)序步驟包括高-通量單分子測(cè)序步驟。在一些實(shí)施方式中，DNA測(cè)序步驟包括無(wú)偏的DNA測(cè)序步驟。在一些實(shí)施方式中，DNA測(cè)序步驟覆蓋大于1，5，10，20，30，40，50，60,70,80,90或100個(gè)基因組當(dāng)量。在一些實(shí)施方式中，DNA測(cè)序步驟包括下列步驟用光信號(hào)標(biāo)記胚胎或母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，光信號(hào)選自突光和/或發(fā)光信號(hào)。在一些實(shí)施方式中，突光信號(hào)由花青苷-3和/或花青苷-5產(chǎn)生。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法還在測(cè)序步驟之前包括下列步驟將含有待定量的胚胎或母源基因組區(qū)的核酸分子(例如，核酸片段)捕獲到固體表面。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的定量步驟涉及獲得可歸因于胚胎或母源基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的定量步驟還涉及比較可歸因于胚胎基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)與可歸因于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的定量步驟包括下列步驟實(shí)施數(shù)字PCR。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的定量步驟包括下列步驟實(shí)施橋式PCR。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的定量步驟包括下列步驟使用經(jīng)與胚胎或母源基因組區(qū)特異性結(jié)合的納米報(bào)告子標(biāo)記的探針雜交個(gè)體核酸分子。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施方式的納米報(bào)告子描述于美國(guó)專利公開No.20100047924，其內(nèi)容通過(guò)引用并入。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的定量步驟包括下列步驟實(shí)施基于陣列的比較性基因組雜交(aCGH)。在一些實(shí)施方式中，aCGH步驟使用與胚胎或母源基因組區(qū)特異性結(jié)合的探針。在一些實(shí)施方式中，探針用光信號(hào)標(biāo)記。在一些實(shí)施方式中，光信號(hào)選自熒光和/或發(fā)光信號(hào)。在一些實(shí)施方式中，aCGH步驟涉及測(cè)定可歸因于胚胎或母源基因組區(qū)的信號(hào)水平。在一些實(shí)施方式中，在本發(fā)明的方法中使用的統(tǒng)計(jì)學(xué)置信通過(guò)N-因素AN0VA，Student氏t檢驗(yàn)，F(xiàn)isher氏精確測(cè)試,或多測(cè)試修正測(cè)定。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法還包括下列步驟測(cè)定胚胎基因組區(qū)的過(guò)表達(dá)因數(shù)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法還包括在不同個(gè)體間比較鑒定的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明的方法還包括下列步驟確認(rèn)鑒定的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)(例如，由數(shù)字PCR或再測(cè)序)。在特定實(shí)施方式中，本發(fā)明提供鑒定在母源樣品中通常過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的胚胎基因組區(qū)及對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)；測(cè)定相比對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的胚胎基因組區(qū)的相對(duì)豐度；及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以上，將胚胎基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中過(guò)表達(dá)，其中胚胎基因組區(qū)不是非整倍性區(qū)。在特定實(shí)施方式中，本發(fā)明提供鑒定在母源樣品中通常亞表達(dá)的母源基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的母源基因組區(qū)及對(duì)應(yīng)胚胎基因組區(qū)；測(cè)定相比對(duì)應(yīng)胚胎基因組區(qū)的母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度；及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以下，將母源基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中亞表達(dá)，其中對(duì)應(yīng)胚胎基因組區(qū)不是非整倍性區(qū)。在特定實(shí)施方式中，本發(fā)明提供鑒定在母源樣品中通常過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的胚胎基因組區(qū)；測(cè)定相比參照的胚胎基因組區(qū)的相對(duì)豐度；及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以上，將胚胎基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中過(guò)表達(dá)，其中胚胎基因組區(qū)不是非整倍性區(qū)。在特定實(shí)施方式中，適合于本發(fā)明的參照指示母源樣品中胚胎核酸的平均表達(dá)。在特定實(shí)施方式中，本發(fā)明提供鑒定在母源樣品中通常亞表達(dá)的母源基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的母源基因組區(qū)；測(cè)定相比參照的母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度；及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以下，將母源基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中亞表達(dá)，其中母源基因組區(qū)不對(duì)應(yīng)于非整倍性區(qū)。在特定實(shí)施方式中，適合于本發(fā)明的參照指示母源樣品中母源核酸的平均表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明也提供各種非侵襲診斷的方法，包括下列步驟表征通過(guò)使用本文所述的方法鑒定的過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)。本發(fā)明的其他特征，目的和優(yōu)勢(shì)將在以下發(fā)明詳述，圖和權(quán)利要求中顯而易見(jiàn)。但是，應(yīng)明白，發(fā)明詳述，圖和權(quán)利要求，盡管指示本發(fā)明的實(shí)施方式，僅以例證，而非限制方式給出。本發(fā)明的范圍之內(nèi)的各種變化和修飾對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯而易見(jiàn)的。定義為了本發(fā)明更容易明白，以下首先定義特定術(shù)語(yǔ)。以下術(shù)語(yǔ)和其他術(shù)語(yǔ)的另外的定義貫穿說(shuō)明書給出。在本申請(qǐng)中，使用“或”是指“和/或”，除非另外陳述。如在本申請(qǐng)中使用，術(shù)語(yǔ)“包含(comprise)”和該術(shù)語(yǔ)的變異，諸如“包含(comprising)”和“包含(comprises)”,不旨在排除其他添加劑，組分，整體或步驟。如在本申請(qǐng)中使用，術(shù)語(yǔ)“約”和“大致”將用作相當(dāng)體。本申請(qǐng)中使用的有或無(wú)約/大致的任何數(shù)字意指涵蓋由關(guān)聯(lián)領(lǐng)域中的普通技術(shù)人員同意的任何正常波動(dòng)。在特定實(shí)施方式中，術(shù)語(yǔ)“大致”或“約”指稱以任意方向(大于或小于)落入陳述的參照值的25%,20%,19%,18%,17%,16%,15%,14%,13%,12%,11%,10%,9%,8%,7%，6%，5%，4%，3%，2%，1%或更小的一系列值，除非另外陳述或自情景另外明白(除非其中該數(shù)會(huì)超過(guò)可能的值的100%)。等位基因如本文所用，短語(yǔ)“等位基因”與“等位基因變體”互換使用，及指稱座位或基因的變體。在一些實(shí)施方式中，不同等位基因或等位基因變體是多態(tài)的。擴(kuò)增如本文所用，術(shù)語(yǔ)“擴(kuò)增”指稱本領(lǐng)域知道的用于拷貝靶核酸，由此增加選擇的核酸序列的拷貝數(shù)的任何方法。擴(kuò)增可為指數(shù)或線性的。靶核酸可為DNA或RNA。一般而言，以此方式擴(kuò)增的序列形成“擴(kuò)增子”。擴(kuò)增可用各種方法實(shí)現(xiàn)，包括但不限于聚合酶鏈反應(yīng)(“PCR”)，基于轉(zhuǎn)錄的擴(kuò)增，等溫?cái)U(kuò)增，滾環(huán)擴(kuò)增，等。擴(kuò)增可用相對(duì)近似量的引物對(duì)的各引物實(shí)施，以產(chǎn)生雙鏈擴(kuò)增子。但是，不對(duì)稱PCR可用于擴(kuò)增主要或完全單鏈產(chǎn)物，如為本領(lǐng)域所熟知(例如，Poddaretal.Molec.AndCell.Probes14:25-32(2000))。此可通過(guò)使用各對(duì)引物通過(guò)相對(duì)于所述對(duì)的另一引物顯著減少一個(gè)引物的濃度(例如，100倍差異)來(lái)達(dá)到。由不對(duì)稱PCR的擴(kuò)增通常是線性的。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)明白，不同擴(kuò)增方法可一起使用。非整倍性如本文所用，術(shù)語(yǔ)“非整倍性”指稱異常數(shù)的全染色體或部分染色體。一般而言，非整倍性導(dǎo)致可為在發(fā)育的早期階段致死，導(dǎo)致隨后懷孕中流產(chǎn)或?qū)е禄畹牡惓言械倪z傳不平衡。最頻繁的和臨床顯著非整倍性涉及單數(shù)染色體(嚴(yán)格地“非整倍體性”)，其中有3組(“三體性”)或僅I組(“單體性”)，代替正常對(duì)的染色體。動(dòng)物如本文所用，術(shù)語(yǔ)“動(dòng)物”指稱動(dòng)物界的任何成員。在一些實(shí)施方式中，“動(dòng)物”指稱在發(fā)育的任何階段的人。在一些實(shí)施方式中，“動(dòng)物”指稱在發(fā)育的任何階段的非-人動(dòng)物。在特定實(shí)施方式中，非-人動(dòng)物是哺乳動(dòng)物(例如，嚙齒動(dòng)物，小鼠，大鼠，兔，猴，狗，貓，綿羊，牛，靈長(zhǎng)類動(dòng)物，和/或豬)。在一些實(shí)施方式中，動(dòng)物包括，但不限于，哺乳動(dòng)物，鳥，爬行動(dòng)物，兩棲動(dòng)物，魚，昆蟲和/或蠕蟲。在一些實(shí)施方式中，動(dòng)物可為轉(zhuǎn)基因動(dòng)物，遺傳-加工的動(dòng)物和/或克隆。大致如本文所用，術(shù)語(yǔ)“大致”或“約”，如應(yīng)用于一個(gè)或更多目標(biāo)值，指稱近似于陳述的參照值的值。在特定實(shí)施方式中，術(shù)語(yǔ)“大致”或“約”指稱以任意方向(大于或小于)落入陳述的參照值的25%,20%,19%,18%,17%,16%,15%,14%,13%,12%,11%，10%,9%,8%,7%,6%，5%，4%，3%，2%，1%或更小的一系列值，除非另外陳述或自情景另外明白(除非其中該數(shù)會(huì)超過(guò)可能的值的100%)。生物學(xué)樣品如本文所用，術(shù)語(yǔ)“生物學(xué)樣品”包括自生物學(xué)源獲得的任何樣品。在特定實(shí)施方式中，生物學(xué)源是受試者。生物學(xué)樣品可，以非限制性例的方式，包括血，羊水，血清，尿，糞便，表皮樣品，皮膚樣品，頰拭子，精子，羊水，培養(yǎng)的細(xì)胞，骨髓樣品和/或絨毛膜絨毛自受試者。方便的生物學(xué)樣品可通過(guò)，例如，自口腔前庭表面刮細(xì)胞來(lái)獲得。任何生物學(xué)樣品的細(xì)胞培養(yǎng)物也可用作生物學(xué)樣品，例如，絨毛膜絨毛樣品的培養(yǎng)物和/或羊水培養(yǎng)物諸如羊水細(xì)胞培養(yǎng)物。生物學(xué)樣品也可為，例如，自任何器官或組織(包括活組織檢查或尸檢樣本)獲得的樣品，可包含細(xì)胞(無(wú)論原代細(xì)胞或培養(yǎng)的細(xì)胞)，為任何細(xì)胞，組織或器官，組織培養(yǎng)物調(diào)節(jié)的培養(yǎng)基。在一些實(shí)施方式中，適合于本發(fā)明的生物學(xué)樣品是已處理而釋放或另外使本文所述的核酸檢測(cè)可利用的樣品。適合的生物學(xué)樣品可從生命的階段諸如胎兒，年輕成年，成年(例如，懷孕的女性)等得到。也可使用固定的或冷凍的組織。術(shù)語(yǔ)“生物學(xué)樣品”和“生物學(xué)樣本”互換使用?？截悢?shù)如本文所用，短語(yǔ)“拷貝數(shù)”當(dāng)參照座位使用時(shí)，指稱每基因組或基因組當(dāng)量存在的該座位的拷貝數(shù)。“正?？截悢?shù)”當(dāng)參照座位使用時(shí)，指稱正常個(gè)體中存在的正?；蛞吧偷任换虻目截悢?shù)。在特定實(shí)施方式中，拷貝數(shù)為02，包括端點(diǎn)。在特定實(shí)施方式中，拷貝數(shù)為03，04，06，07，或0多于7拷貝，包括端點(diǎn)。在座位的拷貝數(shù)在群中個(gè)體之間大大改變的實(shí)施方式中，估計(jì)的中位拷貝數(shù)可被取為用于計(jì)算和/或比較目的的“正?？截悢?shù)”。對(duì)應(yīng)胚胎或母源基因組區(qū)如本文所用，術(shù)語(yǔ)“對(duì)應(yīng)胚胎或母源基因組區(qū)”指稱自胚胎或母源核酸，但定位于相同的染色體位置的基因組區(qū)。補(bǔ)體如本文所用，術(shù)語(yǔ)“補(bǔ)體”，“互補(bǔ)”和“互補(bǔ)性”，指稱核苷酸序列根據(jù)Watson/Crick配對(duì)規(guī)則的配對(duì)。例如，序列5’-GCGGTCCCA-3’具有5’-TGGGACCGC-3’的互補(bǔ)序列。補(bǔ)體序列也可為與DNA序列互補(bǔ)的RNA序列。通常不見(jiàn)于天然的核酸的特定堿基可包括在互補(bǔ)核酸中，包括但不限于肌苷，7-脫氮鳥嘌呤，鎖核酸(LNA)，及肽核酸(PNA)?；パa(bǔ)不需求是完美的；穩(wěn)定的雙聯(lián)體可含有錯(cuò)配的堿基對(duì)，簡(jiǎn)并體或不匹配的堿基。核酸技術(shù)的本領(lǐng)域技術(shù)人員可考慮許多變量包括，例如，寡核苷酸長(zhǎng)度，寡核苷酸的堿基組成和序列，離子強(qiáng)度和錯(cuò)配的堿基對(duì)的發(fā)生率依經(jīng)驗(yàn)確定雙聯(lián)穩(wěn)定性。對(duì)照如本文所用，術(shù)語(yǔ)“對(duì)照”具有是針對(duì)其結(jié)果比較的標(biāo)準(zhǔn)物的本領(lǐng)域-明白的含義。一般而言，對(duì)照用于通過(guò)分離變量以便制造關(guān)于該變量的結(jié)論來(lái)增加實(shí)驗(yàn)中的完整性。在一些實(shí)施方式中，對(duì)照是與測(cè)試反應(yīng)或測(cè)定同時(shí)實(shí)施以提供比較的反應(yīng)或測(cè)定。在一實(shí)驗(yàn)中，應(yīng)用“測(cè)試”(即，被測(cè)試的變量)。在第2實(shí)驗(yàn)中，“對(duì)照”，未應(yīng)用被測(cè)試的變量。在一些實(shí)施方式中，對(duì)照是歷史對(duì)照(即，之前實(shí)施的測(cè)試或測(cè)定，或之前知道的量或結(jié)果)。在一些實(shí)施方式中，對(duì)照是或包含打印的或另外保存的記錄。對(duì)照可為陽(yáng)性對(duì)照或陰性對(duì)照。在一些實(shí)施方式中，對(duì)照也被稱為參照。粗產(chǎn)物如本文所用，術(shù)語(yǔ)“粗產(chǎn)物”，當(dāng)關(guān)聯(lián)生物學(xué)樣品使用時(shí)，指稱處于基本上未精制的狀態(tài)的樣品。例如，粗產(chǎn)物樣品可為細(xì)胞裂解物或活組織檢查組織樣品。粗產(chǎn)物樣品可存在于溶液中或作為干制備物。區(qū)別表達(dá)的如本文所用，術(shù)語(yǔ)“區(qū)別表達(dá)的”指稱自基線偏離的基因組區(qū)(例如，胚胎或母源)的表達(dá)水平。一般而言，基線指示母源循環(huán)(例如，母源血)中胚胎或基因組核酸的平均表達(dá)。區(qū)別表達(dá)的區(qū)可為過(guò)表達(dá)的或亞表達(dá)的區(qū)。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“過(guò)表達(dá)的”或“過(guò)表達(dá)”指稱以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信在基本上基線以上的基因組區(qū)的表達(dá)水平。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“亞表達(dá)的”或“亞表達(dá)”指稱以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信在基本上基線以下的基因組區(qū)的表達(dá)水平。缺失如本文所用，術(shù)語(yǔ)“缺失”包括自天然存在的核酸移出一個(gè)或更多核苷酸的突變?；蛉绫疚乃?，術(shù)語(yǔ)“基因”指稱負(fù)責(zé)離散細(xì)胞(例如，細(xì)胞內(nèi)或細(xì)胞外)產(chǎn)物和/或功能的離散核酸序列。更特別是，術(shù)語(yǔ)“基因”指稱包括編碼蛋白的部分和任選地包括涉及由目標(biāo)基因編碼的蛋白的表達(dá)的調(diào)節(jié)的調(diào)控序列，諸如啟動(dòng)子，增強(qiáng)子，終止子，等的核酸。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“基因”也可包括不編碼蛋白而是提供功能RNA分子諸如tRNA，rRNA，等的轉(zhuǎn)錄用模板的核酸?；蛘?，基因可限定用于特定事件/功能的基因組位置，諸如蛋白和/或核酸結(jié)合位點(diǎn)。基因型如本文所用，術(shù)語(yǔ)“基因型”指稱生物的遺傳體質(zhì)。更特別是，術(shù)語(yǔ)指稱存在于個(gè)體的等位基因的同一性。基因分型是用生物學(xué)測(cè)定闡明個(gè)體的基因型的過(guò)程。個(gè)體或DNA樣品的基因分型一般指稱在知道的多態(tài)位點(diǎn)由個(gè)體具有的2個(gè)等位基因的關(guān)于核苷酸堿基的同一丨I"生性質(zhì)。雜交如本文所用，術(shù)語(yǔ)“雜交”或“雜交”指稱2個(gè)互補(bǔ)核酸鏈在適當(dāng)嚴(yán)格條件下彼此退火的過(guò)程。適合于雜交的寡核苷酸或探針一般含有長(zhǎng)度10100個(gè)核苷酸(例如，長(zhǎng)度1850，1270，1030，1024，1836個(gè)核苷酸)。核酸雜交技術(shù)為本領(lǐng)域所熟知。見(jiàn)，例如，Sambrook，等人，1989，分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)，第2版，冷泉港出版社，Plainview,N.Y。本領(lǐng)域技術(shù)人員明白如何估計(jì)及調(diào)整雜交條件的嚴(yán)格度，使得具有至少期望的水平的互補(bǔ)的序列會(huì)穩(wěn)定地雜交，而那些具有更低互補(bǔ)的則不會(huì)。例如關(guān)于雜交條件和參數(shù)，見(jiàn)，例如，Sambrook,等人，1989，分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)，第2版，冷泉港出版社，Plainview,N.Y.；Ausubel,F.M.etal.1994,CurrentProtocolsinMolecularBiology.JohnWiley&Sons,Secaucus,N.J.。個(gè)別解析的如本文所用，術(shù)語(yǔ)“個(gè)別解析的”在本文所用，指示，當(dāng)可視化時(shí)，可能區(qū)別一個(gè)聚合物或克隆和其相鄰聚合物或克隆。可視化可通過(guò)使用其信號(hào)個(gè)別解析的報(bào)告子標(biāo)記物，例如熒光團(tuán)實(shí)現(xiàn)。個(gè)體解析度的需求確?？稍诟骱铣刹襟E檢測(cè)個(gè)體單體并合。插入或添加如本文所用，術(shù)語(yǔ)“插入”或“添加”指稱導(dǎo)致相比天然存在的分子，一個(gè)或更多氨基酸殘基或核苷酸的添加的氨基酸或核苷酸序列的變化。體外如本文所用，術(shù)語(yǔ)“體外”指稱在人工環(huán)境，例如，在試管或反應(yīng)容器，在細(xì)胞培養(yǎng)物，等中，而非在多-細(xì)胞生物之內(nèi)發(fā)生的事件。體內(nèi)如本文所用，術(shù)語(yǔ)“體內(nèi)”指稱在多-細(xì)胞生物諸如非-人動(dòng)物之內(nèi)發(fā)生的事件。分離的如本文所用，術(shù)語(yǔ)“分離的”指稱已(I)自起初產(chǎn)生時(shí)與其關(guān)聯(lián)的組分的至少一些分離的(無(wú)論在天然和/或在實(shí)驗(yàn)環(huán)境中)，和/或(2)人工產(chǎn)生的，制備的和/或生產(chǎn)的物質(zhì)和/或?qū)嶓w。分離的物質(zhì)和/或?qū)嶓w可從至少約10%，約20%，約30%，約40%，約50%,約60%，約70%，約80%，約90%，約95%，約98%，約99%，基本上100%或100%的與它們起初關(guān)聯(lián)的其他組分分離。在一些實(shí)施方式中，分離的劑是大于約80%，約85%，約90%，約91%，約92%，約93%，約94%，約95%，約96%，約97%，約98%，約99%，基本上100%或100%純。如本文所用，如果其是基本上無(wú)其他組分，則物質(zhì)是“純”的。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“分離的細(xì)胞”指稱不含在多-細(xì)胞生物中的細(xì)胞。標(biāo)記的術(shù)語(yǔ)“標(biāo)記的”和“用可檢測(cè)的劑或部分標(biāo)記的”在本文所用互換，以表明實(shí)體(例如，核酸探針，抗體，等)可，例如通過(guò)與另一實(shí)體(例如，核酸，多肽，等)結(jié)合來(lái)可視化。可檢測(cè)的劑或部分可選擇為使得其產(chǎn)生可測(cè)量的信號(hào)，且其強(qiáng)度涉及(例如，比例于)結(jié)合的實(shí)體的量。用于標(biāo)記和/或檢測(cè)蛋白和肽的廣泛的系統(tǒng)為本領(lǐng)域所知。標(biāo)記的蛋白和肽可制備通過(guò)并合，或綴合于，由光譜，光化學(xué)，生物化學(xué)，免疫化學(xué)，電，光學(xué)，化學(xué)品或其他手段可檢測(cè)的標(biāo)記物。標(biāo)記物或標(biāo)記部分可為直接可檢測(cè)的(即，其不需要可檢測(cè)的任何進(jìn)一步反應(yīng)或操作，例如，熒光團(tuán)是直接可檢測(cè)的)或其可為間接可檢測(cè)的(即，其使得通過(guò)與與可檢測(cè)的另一實(shí)體，例如，在與包含報(bào)告子諸如熒光團(tuán)的適當(dāng)?shù)目贵w反應(yīng)之后通過(guò)免疫染色可檢測(cè)的半抗原反應(yīng)或結(jié)合來(lái)可檢測(cè)的)。適合的可檢測(cè)的劑包括，但不限于，放射性核素，熒光團(tuán)，化學(xué)發(fā)光劑，微粒，酶，比色標(biāo)記物，磁標(biāo)記物，半抗原，分子Ih標(biāo)，適體標(biāo)等。座位如本文所用，術(shù)語(yǔ)“座位”指稱染色體上特定DNA序列的特定位置。如本文所用，特定DNA序列可具有任何長(zhǎng)度(例如，1，2，3，10，50或更多核苷酸)。在一些實(shí)施方式中，座位是或包含基因或部分基因。在一些實(shí)施方式中，座位是或包含基因的外顯子或部分外顯子。在一些實(shí)施方式中，座位是或包含基因的內(nèi)含子或部分內(nèi)含子。在一些實(shí)施方式中，座位是或包含基因的調(diào)控元件或部分調(diào)控元件。在一些實(shí)施方式中，座位相關(guān)于疾病，病癥和/或病情。例如，在座位的突變(包括缺失，插入，剪接突變，點(diǎn)突變，等)可與疾病,病癥和/或病情相關(guān)。核型分析如本文所用，術(shù)語(yǔ)“核型分析”包括真核生物細(xì)胞中染色體數(shù)的確定。母源樣品如本文所用，術(shù)語(yǔ)“母源樣品”指稱自懷孕的女性獲得的生物學(xué)樣品。見(jiàn)生物學(xué)樣品的定義。正常如本文所用，術(shù)語(yǔ)“正常”，當(dāng)用來(lái)修飾術(shù)語(yǔ)“拷貝數(shù)”或“座位”或“基因”或“等位基因”時(shí)，指稱以最高百分率存在于群中的拷貝數(shù)或座位，基因或等位基因，例如，野生型數(shù)或等位基因。當(dāng)用來(lái)修飾術(shù)語(yǔ)“個(gè)體”或“受試者”時(shí)，它們指稱攜帶以最高百分率存在于群中的拷貝數(shù)或座位，基因或等位基因的個(gè)體或個(gè)體組，例如，野生型個(gè)體或受試者。一般而言，正?！皞€(gè)體”或“受試者”不具有特定疾病或病情，且也不是疾病或病情的攜帶者。術(shù)語(yǔ)“正?！币苍诒疚挠脕?lái)定性自正?；蛞吧蛡€(gè)體或受試者分離的生物學(xué)樣本或樣品，例如，“正常生物學(xué)樣品”。多重PCR:如本文所用，術(shù)語(yǔ)“多重PCR”指稱各通過(guò)使用不同引物對(duì)引發(fā)的2個(gè)或更多區(qū)的擴(kuò)增。弓丨物如本文所用，術(shù)語(yǔ)“引物”指稱能與核酸樣品中的互補(bǔ)序列雜交的短單鏈寡核苷酸。一般而言，引物作為模板依賴性DNA合成的起始點(diǎn)。脫氧核糖核苷酸可由DNA聚合酶加入引物。在一些實(shí)施方式中，該脫氧核糖核苷酸添加到引物也被稱為引物延伸。術(shù)語(yǔ)引物，如本文所用，包括可為合成的全部形式的引物，包括肽核酸引物，鎖核酸引物，硫代磷酸酯修飾的引物，標(biāo)記的引物等。用于PCR反應(yīng)的“引物對(duì)”或“引物組”一般指稱一組引物，其一般包括“正向引物”和“反向引物”。如本文所用，“正向引物”指稱退火到dsDNA的反義鏈的引物?！胺聪蛞铩蓖嘶鸬絛sDNA的正義鏈。多態(tài)性如本文所用，術(shù)語(yǔ)“多態(tài)性”指稱多于一種形式的基因或其部分的共存。探針如本文所用，術(shù)語(yǔ)“探針”，當(dāng)參照核酸用探針使用時(shí)，指稱具有可與目標(biāo)核酸結(jié)合或雜交的特定核苷酸序列(例如，RNA或DNA)的核酸分子。一般而言，探針通過(guò)一種或更多類型的化學(xué)鍵，通常通過(guò)氫鍵合形成與互補(bǔ)或基本上互補(bǔ)序列的核酸特異性結(jié)合(或特異性雜交)。在一些實(shí)施方式中，在實(shí)時(shí)PCR反應(yīng)中探針可與DNA擴(kuò)增子的核酸結(jié)合。相對(duì)豐度如本文所用，術(shù)語(yǔ)“相對(duì)豐度”指稱相比參照量的目標(biāo)基因組區(qū)的量。任何適當(dāng)?shù)膮⒄樟靠捎糜跍y(cè)定目標(biāo)基因組區(qū)的相對(duì)豐度。見(jiàn)，參照量的定義。一般而言，相對(duì)豐度包括尤其是2個(gè)基因組區(qū)(例如，胚胎DNA對(duì)比對(duì)應(yīng)母源基因組DNA)的量之間的比，百分率(例如，DNA總量中胚胎DNA的百分率)，倍數(shù)變化，標(biāo)準(zhǔn)化的量。術(shù)語(yǔ)“相對(duì)豐度”與“相對(duì)量”互換使用。參照量如本文所用，術(shù)語(yǔ)“參照量”指稱可用作比較標(biāo)準(zhǔn)物或?qū)φ找杂?jì)算目標(biāo)基因組區(qū)的相對(duì)豐度的任何量。一般而言，參照量可為指示總量，平均量，過(guò)表達(dá)的或亞表達(dá)的量的量。例如，參照量可為量指示關(guān)聯(lián)母源樣品(例如，母源血)中的核酸總量，胚胎核酸總量，母源核酸總量，知道的不過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)的對(duì)照區(qū)的量或多個(gè)對(duì)照區(qū)的平均量，知道的過(guò)表達(dá)的區(qū)的量或多個(gè)過(guò)表達(dá)的區(qū)的平均量，知道的亞表達(dá)的區(qū)的量或多個(gè)過(guò)表達(dá)的區(qū)的平均量，或?qū)?yīng)于目標(biāo)區(qū)的基因組區(qū)(例如，胚胎或母源)的量。參照量可為自與目標(biāo)區(qū)同時(shí)實(shí)施以提供比較的定量反應(yīng)或測(cè)定獲得的量；歷史參照(即，自之前實(shí)施的測(cè)定的量或結(jié)果，或之前知道的量或結(jié)果)；打印的或另外保存的記錄；或預(yù)定的閾值。在一些實(shí)施方式中，參照量指示母源血中胚胎核酸的平均表達(dá)(例如，3%，5%,10%,15%或20%)。在一些實(shí)施方式中，參照量指示母源血中母源核酸的平均表達(dá)(例如，97%,95%,90%,85%或80%)。正義鏈對(duì)比反義鏈如本文所用，術(shù)語(yǔ)“正義鏈”指稱包括功能蛋白的至少部分編碼序列的雙鏈DNA(dsDNA)的鏈。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“反義鏈”指稱是正義鏈的反向互補(bǔ)體的dsDNA的鏈。信號(hào)如本文所用，術(shù)語(yǔ)“信號(hào)”指稱可檢測(cè)的和/或可測(cè)量的實(shí)體。在特定實(shí)施方式中，信號(hào)是由人眼可檢測(cè)的，例如，可見(jiàn)。例如，信號(hào)可為或可涉及可見(jiàn)光譜中色彩的強(qiáng)度和/或波長(zhǎng)。該信號(hào)的非限制性例包括自化學(xué)反應(yīng)諸如酶促反應(yīng)得到的著色的沉淀物及著色的可溶性產(chǎn)物。在特定實(shí)施方式中，信號(hào)是使用設(shè)備可檢測(cè)的。在一些實(shí)施方式中，信號(hào)從當(dāng)激發(fā)時(shí)發(fā)射熒光的熒光團(tuán)產(chǎn)生，其中光是用熒光檢測(cè)器可檢測(cè)的。在一些實(shí)施方式中，信號(hào)是或涉及由分光光度計(jì)可檢測(cè)的光(例如，可見(jiàn)光和/或紫外線光)。例如，可將由化學(xué)發(fā)光反應(yīng)產(chǎn)生的光用作信號(hào)。在一些實(shí)施方式中，信號(hào)是或涉及輻射，例如，由放射性同位素發(fā)射的輻射，紅外線輻射，等。在特定實(shí)施方式中，信號(hào)是物理實(shí)體的性質(zhì)的直接或間接指示物。例如，信號(hào)可用作生物學(xué)樣品中和/或反應(yīng)容器中核酸的量和/或濃度的指示物。特定如本文所用，術(shù)語(yǔ)“特定”，當(dāng)關(guān)聯(lián)寡核苷酸引物使用時(shí)，指稱，在適當(dāng)?shù)碾s交或洗滌條件下，能與目標(biāo)靶雜交及基本上不與不是目標(biāo)的核酸雜交的寡核苷酸或引物。優(yōu)選更高水平的序列同一性及包括至少60%，65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,98%,99%或100%序列同一性。在一些實(shí)施方式中，當(dāng)將寡核苷酸和核酸比對(duì)時(shí)，特定寡核苷酸或引物含有與待雜交或擴(kuò)增的部分核酸至少4，6，8，10，12，14，16，18，20，22，24，26，28，30，35，40，45,50,55,60,65,70或更多序列同一性喊基。受試者如本文所用，術(shù)語(yǔ)“受試者”指稱人或任何非-人動(dòng)物(例如，小鼠，大鼠，兔，狗，貓，牛，豬，綿羊，馬或靈長(zhǎng)類動(dòng)物)。人包括出生前和出生后形式。在許多實(shí)施方式中，受試者是人。受試者可為患者，其指稱提供給用于疾病的診斷或治療的醫(yī)療提供者的人。術(shù)語(yǔ)“受試者”在本文與“個(gè)體”或“患者”互換使用。受試者可患或易受疾病或病癥，但可或可不顯示疾病或病癥的癥狀?；旧先绫疚乃茫g(shù)語(yǔ)“基本上”指稱呈現(xiàn)總和或接近-總程度或目標(biāo)特征或性質(zhì)的程度的定性條件。生物學(xué)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員會(huì)明白，生物學(xué)和化學(xué)現(xiàn)象罕見(jiàn)，即便有，接近完成和/或進(jìn)行到完全或達(dá)到或避免絕對(duì)結(jié)果。本文所用的術(shù)語(yǔ)“基本上”因此旨在捕獲許多生物學(xué)和化學(xué)現(xiàn)象中固有的完全性的潛在缺乏?；旧匣パa(bǔ)如本文所用，術(shù)語(yǔ)“基本上互補(bǔ)”指稱可在嚴(yán)格雜交條件下雜交的2個(gè)序列。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)明白，基本上互補(bǔ)序列不需求沿著它們的全長(zhǎng)雜交。在一些實(shí)施方式中，“嚴(yán)格雜交條件”指稱至少如以下嚴(yán)格的雜交條件在50%甲酰胺，5XSSC，50mMNaH2P04,pH6.8,0.5%SDS,0.lmg/mL超聲處理鮭魚精子DNA，及5XDenhart氏溶液中于42°C雜交過(guò)夜；用2XSSC，0.1%SDS于45°C洗滌；及用0.2XSSC，0.1%SDS于45V洗滌。在一些實(shí)施方式中，嚴(yán)格雜交條件應(yīng)不允許在20個(gè)連續(xù)的核苷酸的延伸物上多于2個(gè)堿基不同的2個(gè)核酸雜交。取代如本文所用，術(shù)語(yǔ)“取代”指稱，相比天然存在的分子，一個(gè)或更多氨基酸或核苷酸分別被不同氨基酸或核苷·酸取代。野生型如本文所用，術(shù)語(yǔ)“野生型”指稱自然界存在的典型或最常見(jiàn)的形式。發(fā)明詳述本發(fā)明提供，尤其是，鑒定及表征母源循環(huán)中區(qū)別表達(dá)的(例如，過(guò)表達(dá)的或亞表達(dá)的)胚胎或母源基因組區(qū)的方法。本發(fā)明包括識(shí)別自胎兒DNA的特定基因組區(qū)可通常在母源循環(huán)中過(guò)表達(dá)，且該過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的鑒定可允許基于該過(guò)表達(dá)的區(qū)，無(wú)需胚胎DNA的顯著富集或純化而精確的出生前診斷。需知，胚胎基因組區(qū)的過(guò)表達(dá)可由多因素諸如DNA結(jié)構(gòu)，細(xì)胞細(xì)節(jié)，在凋亡期間的DNA斷裂過(guò)程，及血中DNA酶可接近性導(dǎo)致?！愣?，本發(fā)明的方法涉及定量存在于母源循環(huán)中的一種或更多目標(biāo)胚胎或母源基因組區(qū)，及測(cè)定相比適當(dāng)?shù)膮⒄樟?，個(gè)體胚胎或母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度。各種參照量可用于測(cè)定相對(duì)豐度。在一些實(shí)施方式中，指示母源循環(huán)中胚胎或母源核酸的平均表達(dá)的參照量用于測(cè)定相對(duì)豐度，且如果基因組區(qū)的相對(duì)豐度以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信不同于參照量，基因組區(qū)被鑒定為區(qū)別表達(dá)。指示過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)的參照量也可用于測(cè)定相對(duì)豐度。一般而言，根據(jù)本發(fā)明鑒定的區(qū)別(例如，過(guò)或亞)表達(dá)的區(qū)不對(duì)應(yīng)于非整倍性區(qū)。區(qū)別表達(dá)的區(qū)，尤其是，相對(duì)過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)，可用于無(wú)需顯著胚胎DNA富集或純化而開發(fā)出生前診斷測(cè)定。在特定實(shí)施方式中，相對(duì)過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)對(duì)于基于至少以下2特性鑒定出生前診斷有用(I)相比其他胚胎區(qū)，母源循環(huán)中的胚胎基因組區(qū)的標(biāo)準(zhǔn)化的量的過(guò)表達(dá)；和/或(2)胚胎基因組區(qū)和對(duì)應(yīng)母源區(qū)之間的分裂(S卩，比)。關(guān)于后者特性，需知，母源循環(huán)中特定胚胎基因組區(qū)的相對(duì)過(guò)表達(dá)可為對(duì)應(yīng)母源區(qū)的相對(duì)亞表達(dá)的結(jié)果。這2個(gè)特性的分析可展示，例如，特定胚胎基因組區(qū)是相比對(duì)應(yīng)母源區(qū)相對(duì)過(guò)表達(dá)的，但可相比其他胚胎基因組區(qū)相對(duì)亞表達(dá)。理想情況下，出生前診斷測(cè)定中使用的胚胎基因組區(qū)是相比對(duì)應(yīng)母源區(qū)相對(duì)過(guò)表達(dá)的，且是相比其他胚胎基因組區(qū)相對(duì)過(guò)表達(dá)的。本發(fā)明的各種方面在以下部分描述詳細(xì)。這些部分未意指限制本發(fā)明。各部分可應(yīng)用于本發(fā)明的任何方面。在本申請(qǐng)中，“或”是指“和/或”，除非另外陳述。多態(tài)區(qū)的鑒定為了輔助區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)的精確的確定，本發(fā)明的方法一般利用可區(qū)別胚胎基因組區(qū)和對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的表征測(cè)定。因此，在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明涉及首先鑒定自它們的對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)特殊地可檢測(cè)的那些胚胎基因組區(qū)的步驟。此步驟也被稱為鑒定多態(tài)區(qū)的步驟。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“多態(tài)區(qū)”包括含有序列變異(諸如SNP)的那些區(qū)和具有同一序列、但由于表觀遺傳修飾(諸如甲基化)另外特殊地可檢測(cè)的區(qū)二者。一般而言，自它們的對(duì)應(yīng)母源區(qū)特殊地可檢測(cè)的胚胎基因組區(qū)含有父源地貢獻(xiàn)的序列。在一些實(shí)施方式中，父源地貢獻(xiàn)的序列(或信息來(lái)源的由其)作為胚胎核酸(或由其來(lái)源的信息)的標(biāo)記物。例如，包括比較胚胎核酸與母源核酸的方法的描述旨在包括將父源地貢獻(xiàn)的核酸與母源核酸比較的實(shí)施方式。在分析或使用父源地貢獻(xiàn)的核酸的實(shí)施方式中，父源地貢獻(xiàn)的核酸旨在包括胚胎核酸。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)是特殊地可檢測(cè)的，因?yàn)槠浜胁煌趯?duì)應(yīng)母源基因組區(qū)(例如，一個(gè)或更多多態(tài)核苷酸)的序列。在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)是特殊地可檢測(cè)的，因?yàn)槠湎啾葘?duì)應(yīng)母源區(qū)含有拷貝數(shù)變異(CNV)0在一些實(shí)施方式中，胚胎基因組區(qū)是特殊地可檢測(cè)的，因?yàn)槠浜屑谆Ｊ交虿煌趯?duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的其他表觀遺傳修飾。檢測(cè)甲基化的方法為本領(lǐng)域所知，且可適于根據(jù)本發(fā)明使用。一般而言，為檢測(cè)不同甲基化模式，可處理核酸以將甲基化的及未甲基化的核苷酸轉(zhuǎn)變?yōu)椴煌塑账?。例如，在一些DNA甲基化檢測(cè)測(cè)定中，核酸用轉(zhuǎn)變未甲基化的鳥嘌呤堿基但不轉(zhuǎn)變甲基化的鳥嘌呤堿基，或反之亦然的劑處理。例如，亞硫酸氫鈉將未甲基化的鳥嘌呤轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏ぃ晦D(zhuǎn)變甲基化的鳥嘌呤。由此，甲基化可通過(guò)用該劑處理核酸(例如，DNA)，然后實(shí)施一種或更多測(cè)定處理的核酸的序列的技術(shù)來(lái)檢測(cè)，由此測(cè)定是否核酸中的一個(gè)或更多鳥苷被甲基化。例如，可將硫酸氫鈉處理與測(cè)序方法(例如，單分子測(cè)序)，或引物延伸方法組合，以便測(cè)定在一個(gè)或更多位點(diǎn)的DNA甲基化。替代性地或另外地，DNA甲基化可通過(guò)使用區(qū)別甲基化的及未甲基化的位點(diǎn)的抗體，例如，甲基化-特異性抗CpG抗體來(lái)檢測(cè)。各種方法可用于鑒定多態(tài)區(qū)。在一些實(shí)施方式中，多態(tài)區(qū)可通過(guò)基因分型母源核酸來(lái)鑒定。需知，基因型可在任何個(gè)體座位測(cè)定。各種基因分型測(cè)定或技術(shù)是在本領(lǐng)域中可利用的，且可適應(yīng)于實(shí)踐本發(fā)明。例示基因分型測(cè)定包括，但不限于PCR，DNA片段分析，等位基因特定寡核苷酸(ASO)探針，DNA測(cè)序及與DNA微陣列或珠核酸雜交。在一些實(shí)施方式中，適合的基因分型技術(shù)包括限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)，末端限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(t-RFLP)，擴(kuò)增的片段長(zhǎng)度多態(tài)性(AFLP)，及多重連接-依賴性探針擴(kuò)增(MLPA)。一般而言，適合于本發(fā)明的基因分型測(cè)定是足夠敏感的，以鑒定母親和胎兒之間的多態(tài)區(qū)的實(shí)質(zhì)性數(shù)。在一些實(shí)施方式中，根據(jù)本發(fā)明鑒定多于100，500，I,000,2,000，4，000，6，000，8，000或10,0000多態(tài)區(qū)/染色體。在一些實(shí)施方式中，對(duì)鑒定的多態(tài)區(qū)測(cè)序，及測(cè)定多態(tài)性(例如，SNP)的特定性質(zhì)。多態(tài)區(qū)然后根據(jù)本發(fā)明表征和/或定量，以鑒定各種母源樣品中區(qū)別表達(dá)的基因組區(qū)。母源樣品和其制備任何各種母源樣品可適宜于隨本文公開的方法使用。一般而言，可使用含有胚胎和母源核酸的任何母源樣品。母源樣品的類型包括，但不限于，細(xì)胞，組織，全血，血漿，血清，尿，糞便，唾液，臍帶血，絨毛膜絨毛樣品羊水，及經(jīng)子宮頸灌洗液。也可根據(jù)發(fā)明的方法使用任何前述母源樣品的細(xì)胞培養(yǎng)物，例如，絨毛膜絨毛培養(yǎng)物，羊水和/或羊水細(xì)胞培養(yǎng)物，血細(xì)胞培養(yǎng)物(例如，淋巴細(xì)胞培養(yǎng)物)，等。在一些實(shí)施方式中，從懷孕的女性由非-侵襲性方法得到適合的母源樣品。例如，適合的母源樣品可為自懷孕的女性獲得的母源血，血清，血漿或羊水。在特定實(shí)施方式中，適合的母源樣品是母源血(例如，外周靜脈血)。適合的母源樣品可從在懷孕的各階段(例如，在第I個(gè)月，第2個(gè)月或頭三個(gè)月期間)的個(gè)體得到。在一些實(shí)施方式中，適合的母源樣品在頭三個(gè)月期間獲得，例如，在妊娠的413周之間(例如，在613周之間，在813周之間，在913周之間)。一般而言，適合的母源樣品從正常懷孕的個(gè)體得到。在一些實(shí)施方式中，適合的母源樣品從一個(gè)個(gè)體得到。在一些實(shí)施方式中，適合的母源樣品是自多個(gè)個(gè)體合并的樣品。在一些實(shí)施方式中，從母源樣品制備總DNA。在一些實(shí)施方式中，從母源樣品制備無(wú)細(xì)胞的DNA。制備總DNA或無(wú)細(xì)胞的DNA的各種方法和試劑盒是在本領(lǐng)域中可利用的和可用于實(shí)踐本發(fā)明。例如，核酸可從母源樣品由各種技術(shù)諸如由Maniatis，等人，分子克隆實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)，冷泉港，N.Y，pp.280-281(1982)描述的那些提取?？捎糜谧阅冈礃悠分苽錈o(wú)細(xì)胞的DNA的例示商業(yè)試劑盒包括,但不限于，QIAampDNABloodMidiKit(Qiagen),HighPurePCR模板制備試劑盒(RocheDiagnostics),及MagNAPureLCCRocheDiagnostics)?？墒褂酶鞣N量的母源樣品。在一些實(shí)施方式中，適合的母源樣品含有具有多于I(例如，多于2，5，10，15，20，25，50，100，200，500，I,000，5，000或10，000)個(gè)基因組當(dāng)量的總或無(wú)細(xì)胞的DNA。需知，在頭三個(gè)月期間1020ml的母源血含有總DNA的約10，000個(gè)基因組當(dāng)量。由此，在一些實(shí)施方式中，適合的母源樣品可含有約20ml,15ml,10ml,5ml,4ml,3ml,2ml,lml,0.5ml,0.lml,0.Olml或0.OOlml的母源血。在一些實(shí)施方式中，將DNA制備物隨機(jī)片段化，以產(chǎn)生適合的長(zhǎng)度的片段用于分析。待表征的核酸可具有可變的長(zhǎng)度。例如，它們可為至少50bp長(zhǎng)度。在一些實(shí)施方式中，它們可為1504000bp長(zhǎng)度。各種方法可用于產(chǎn)生核酸片段諸如超聲處理，限制酶消化，鳥槍法，及其他。例示方法描述于2003年10月9日公開的美國(guó)專利申請(qǐng)2002/0190663A1，其教導(dǎo)以它們的整體并入本文。在一些實(shí)施方式中，片段可進(jìn)一步處理，使得不同片段的端全部含有相同的DNA序列。具有通用端的片段可然后用單對(duì)的擴(kuò)增引物在單反應(yīng)中擴(kuò)增。具有通用端的片段也可由通用捕獲探針捕獲到固體支持物。在一些實(shí)施方式中，為獲得無(wú)偏的定量，在它們通過(guò)，例如，測(cè)序或雜交表征之前，不對(duì)母源樣品中的核酸實(shí)施克隆或擴(kuò)增。需知，雖然本說(shuō)明書通篇說(shuō)到DNA，也可分析見(jiàn)于母源血的胚胎RNA。如描述于Ng等人，“mRNAofplacentaloriginisreadilydetectableinmaternalplasma,’Troc.Nat.Acad.Sc1.，100(8):4748_4753，(2003)，可在母源血漿中檢測(cè)hPL(人胎盤催乳激素)和hCG(人絨毛膜促性腺激素)mRNA轉(zhuǎn)錄物。例如，可使用編碼在胎盤中表達(dá)的及在目標(biāo)染色體上存在的基因的mRNA。在此情況中，RNA酶Hminus(RNA酶H—)反轉(zhuǎn)錄酶(RT)可用于制備檢測(cè)用cDNA。表征及定量基因組區(qū)各種測(cè)定可用于表征和/或定量目標(biāo)胚胎或母源基因組區(qū)。例如，適合的方法可涉及計(jì)數(shù)含有目標(biāo)胚胎或母源基因組區(qū)的個(gè)體核酸分子/片段，或測(cè)量在微陣列上多態(tài)探針(例如，SNP特異性探針)的信號(hào)強(qiáng)度變化(例如，使用基于陣列的比較性基因組雜交(aCGH)技術(shù))。各種方法可用于計(jì)數(shù)個(gè)體核酸分子，包括但不限于尤其是DNA測(cè)序(例如，高通量單分子測(cè)序)，數(shù)字PCR，橋式PCR，乳劑PCR，納米串技術(shù)。例示方法在以下描述更多細(xì)節(jié)。單分子測(cè)序在本發(fā)明的特定實(shí)施方式中，方法包括母源樣品中核酸的單分子測(cè)序，例如，為了表征和/或定量具有特定序列組成的胚胎和/或母源基因組區(qū)。尤其是，單分子測(cè)序技術(shù)允許具有多態(tài)核苷酸的個(gè)體核酸分子的評(píng)估，及獲得可歸因于不同多態(tài)區(qū)的序列讀取計(jì)數(shù)。各種單分子測(cè)序方法已描述于本領(lǐng)域和可用于實(shí)踐本發(fā)明。見(jiàn),例如,Braslayskyetal.,(2003),Proc.Natl.Acad.Sc1.,100:3960-64;Greenleafetal.,(2006),Science,313:801;Harrisetal.,(2008)Science,320:106-109;Eidetal.,(2009),Science,323:133-138;Pushkarevetal.,(2009),NatureBiotechnology,27:847-850;Fanetal.,(August2008),Proc.Natl.Acad.Sc1.,EarlyEdition;各文獻(xiàn)的整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用在本文合并。一般在單分子測(cè)序技術(shù)中，將核酸片段，其在測(cè)序反應(yīng)期間作為模板，固定到固體支持物，使得至少部分核酸片段是個(gè)別光學(xué)-可解析的。適合于本發(fā)明的固體支持物可為核酸可共價(jià)附接的任何固體表面，諸如，例如膠乳珠，葡聚糖珠，聚苯乙烯，聚丙烯表面，聚丙烯酰胺凝膠，金表面，玻璃表面和硅晶片。在一些實(shí)施方式中，固體支持物是玻璃表面。在一些實(shí)施方式中，固體支持物是載玻片，例如，玻璃載玻片。將核酸附接到本文所用的固體支持物的手段指稱任何化學(xué)或非-化學(xué)附接方法，包括可化學(xué)修飾的官能團(tuán)?！案浇印鄙婕昂怂嵊晒矁r(jià)連接或經(jīng)不可逆被動(dòng)吸附或經(jīng)分子之間的親和性固定到固體支持物(例如，由生物素化的分子固定到親和素-包被的表面)。一般而言，附接具有無(wú)法通過(guò)用水或水性緩沖劑在DNA-變性條件下洗滌來(lái)移出的足夠的強(qiáng)度。“本文所用的可化學(xué)修飾的官能團(tuán)”指稱基團(tuán)諸如，例如，磷酸基團(tuán)，羧酸或醛部分，氫硫基或氨基。在一些實(shí)施方式中,適合于本發(fā)明的固體支持物具有衍生的表面。在一些實(shí)施方式中，固體支持物的衍生的表面隨后用雙功能交聯(lián)基團(tuán)修飾，以提供官能化的表面，優(yōu)選用反應(yīng)性交聯(lián)基團(tuán)修飾。本文所用的“衍生的表面”指稱已用化學(xué)反應(yīng)性基團(tuán)，例如氨基，氫硫基或丙烯酸基團(tuán)修飾的表面。本文所用的“官能化的表面”指稱已用特定官能團(tuán)，例如馬來(lái)酸或琥珀酸官能部分修飾的衍生的表面。在一些實(shí)施方式中，將核酸片段(其可包含全部或部分胚胎或母源基因組區(qū))的各分子在不同位置附接于固體支持物。在一些實(shí)施方式中，固定到固體支持物的核酸片段可檢測(cè)標(biāo)記(例如，用可產(chǎn)生光信號(hào)的可檢測(cè)的部分標(biāo)記)。例如，核酸片段可退火到可檢測(cè)標(biāo)記的寡核苷酸引物。固體支持物上各單分子的位置可由檢測(cè)標(biāo)記物(例如，可檢測(cè)的部分)和記錄的各分子的位置的儀器讀。在一些實(shí)施方式中，核酸片段的可檢測(cè)的標(biāo)記物在記錄位置之后移出。例如，在可檢測(cè)的標(biāo)記物包含熒光部分的實(shí)施方式中，可檢測(cè)的標(biāo)記物可通過(guò)光漂白熒光部分移出。替代性地或另外地，可檢測(cè)的標(biāo)記物可自核酸片段切割。在一些實(shí)施方式中，捕獲寡核苷酸固定到固體或半固體支持物，以輔助核酸片段(例如，多核苷酸)的捕獲及固定，如在本文進(jìn)一步描述。通過(guò)使用固定的核酸片段作為模板來(lái)實(shí)施測(cè)序反應(yīng)。將引物與核酸片段雜交，以形成引物/模板雙聯(lián)體。在一些實(shí)施方式中，將核酸片段修飾為包括互補(bǔ)于使用的引物的適配體。在一些實(shí)施方式中，將引物固定到固體表面，且將核酸片段經(jīng)它們與引物的雜交附接于固體表面。在一些實(shí)施方式中，實(shí)施焦磷酸測(cè)序(S卩，由合成測(cè)序)。特別是，在一種或更多核苷酸或核苷酸類似物(例如，dNTP)及一種或更多核酸聚合酶的存在下，在對(duì)于允許引物延伸至少一個(gè)堿基適合的條件下實(shí)施模板-依賴性引物延伸。一般而言，在測(cè)序反應(yīng)期間合并的核苷酸被可檢測(cè)標(biāo)記(例如，用可產(chǎn)生光信號(hào)的可檢測(cè)的部分標(biāo)記)。檢測(cè)及記載自標(biāo)記物發(fā)出的信號(hào)；特定信號(hào)可相關(guān)于特定核苷酸或核苷酸類似物的特性，由此揭示模板核酸片段上對(duì)應(yīng)互補(bǔ)核苷酸的特性。在一些實(shí)施方式中，可檢測(cè)的信號(hào)在一輪并合之后移出和/或毀壞(例如，如在本文描述)，由此輔助標(biāo)記的核苷酸或核苷酸類似物的進(jìn)一步延伸和檢測(cè)?？蓛?yōu)化測(cè)序，以達(dá)到將正確的核苷酸快速和完全添加到引物/模板復(fù)合物中的引物，同時(shí)限制不正確的核苷酸的錯(cuò)合并。例如，可降低dNTP濃度以減少不正確的核苷酸錯(cuò)合并到引物。不正確的dNTP的Km值可高至相比正確的核苷酸的Km值1000倍更高，指示dNTP濃度的減小可減少核苷酸錯(cuò)合并的速度。由此，在一些實(shí)施方式中，測(cè)序反應(yīng)中dNTP的濃度是大致520iiM。此外，相對(duì)短反應(yīng)時(shí)間可用于減少錯(cuò)合并的概率。例如，對(duì)于接近約400個(gè)核苷酸/s的最大速度的并合速度而言，大致25ms的反應(yīng)時(shí)間會(huì)足以確保99.99%的弓I物鏈的延伸?？蓹z測(cè)的部分可根據(jù)需要直接或間接合并到核苷酸，核苷酸類似物，多核苷酸或其他分子。適合的可檢測(cè)的部分包括，尤其是，熒光部分和發(fā)光部分。在一些實(shí)施方式中，熒光部分包含花青苷染料，例如，花青苷-3和/或花青苷5。適合的可檢測(cè)的部分的例在本文進(jìn)一步描述。在一些實(shí)施方式中，單分子測(cè)序以高-通量樣式，例如，用平行實(shí)施的許多測(cè)序反應(yīng)實(shí)施。例如，適合于本發(fā)明的高通量單分子測(cè)序測(cè)定可同時(shí)表征達(dá)數(shù)千，數(shù)百萬(wàn)或數(shù)十億的分子。并行測(cè)序反應(yīng)不需要同步實(shí)施；可實(shí)施異步反應(yīng)，且與本發(fā)明的方法相容。根據(jù)本發(fā)明的方法，在一些實(shí)施方式中，獲得個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)，其歸因于胚胎或母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，基于胚胎和母源核酸之間的多態(tài)性的知識(shí)，和與多態(tài)核苷酸關(guān)聯(lián)的不同標(biāo)記物的檢測(cè)實(shí)現(xiàn)將序列讀取計(jì)數(shù)歸因于胚胎或母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，對(duì)大部分(例如，多于10%,15%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,55%,60%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,99%或大于99%)的基因組測(cè)序。在一些實(shí)施方式中，以平均至少10倍(IOX基因組當(dāng)量)覆蓋測(cè)序的至少一個(gè)基因組區(qū)，S卩，有平均10個(gè)讀數(shù)或更多給定基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，覆蓋是至少20X，至少30x，至少40x，至少50x,至少60x,至少70x,至少80x,至少90x,至少IOOx,至少IlOx,至少120x,或更多時(shí)間。在一些實(shí)施方式中，覆蓋是100倍(100X基因組當(dāng)量)或更高。在一些實(shí)施方式中，采用無(wú)偏的核酸測(cè)序方法。即，在全部測(cè)序讀數(shù)之中的特定序列的表達(dá)反映母源樣品中對(duì)應(yīng)核酸的表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，通過(guò)不在測(cè)序反應(yīng)之間擴(kuò)增模板核酸來(lái)至少部分達(dá)到無(wú)偏的核酸測(cè)序。在一些實(shí)施方式中，模板核酸在測(cè)序反應(yīng)期間也不擴(kuò)增。在一些實(shí)施方式中，無(wú)偏的DNA序列使用亮熒光團(tuán)和激光激發(fā)，以自固定到表面的個(gè)體DNA分子檢測(cè)焦磷酸測(cè)序事件，消除對(duì)擴(kuò)增的需求。在一些實(shí)施方式中，以確保群中的全部物種核酸等同擴(kuò)增的方式，通過(guò)擴(kuò)增(在測(cè)序反應(yīng)期間和/或在測(cè)序反應(yīng)之前)模板核酸至少部分達(dá)到無(wú)偏的核酸測(cè)序。例如，乳劑PCR可用于以無(wú)偏的方式擴(kuò)增核酸。見(jiàn)討論乳劑PCR部分。本領(lǐng)域知道及已描述適合的序列分析的試劑(例如，核苷酸和/或核苷酸類似物，核酸聚合酶，等)，固體支持物，設(shè)備和方法。見(jiàn)，例如，美國(guó)專利No.7，169,560;7，220，549；7，276，720;7，279，563;7，282，337;7，397，546;7，424，371;7，476，734;7，482，120；7，491，498;7，501，245;7，593，109;7，635，562;7，666，593;7，678，894；及7，753，095，各整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用在本文合并。各種可商購(gòu)的試劑盒諸如真單分子測(cè)序(tSMS)(HeliC0S)可用于實(shí)踐本發(fā)明。數(shù)字PCR在一些實(shí)施方式中，數(shù)字PCR用于表征及定量多態(tài)胚胎或母源基因組區(qū)。一般而言，數(shù)字PCR涉及自最低限度稀釋的樣品擴(kuò)增單DNA模板，因此產(chǎn)生完全來(lái)源自一種模板的擴(kuò)增子，且可用不同熒光團(tuán)檢測(cè)，以區(qū)別及計(jì)數(shù)不同多態(tài)區(qū)(例如，胚胎對(duì)比母源區(qū))。由此，數(shù)字PCR將自常規(guī)PCR獲得的指數(shù)，模擬信號(hào)轉(zhuǎn)化為線性，數(shù)字信號(hào)，允許PCR產(chǎn)物的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。數(shù)字PCR技術(shù)在本領(lǐng)域良好描述。見(jiàn)，VogelsteinB.andKinzlerK.W.,(1999),Proc.Natl.Acad.Sc1.USA,Vol.96,pp9236-9241;PohlG.andShihL.M.,(2004),Expert.Rev.Mol.Diagn.,4(1),41-47,其教導(dǎo)通過(guò)引用在此合并。在一些實(shí)施方式中，將自母源樣品制備的DNA首先稀釋到多-孔(例如，96-孔，384-孔)板，平均每2孔一種模板(即，平均0.5個(gè)模板分子(基因組當(dāng)量)/孔)。為了測(cè)定最佳稀釋，可首先定量DNA，以測(cè)定原母源樣品中基因組當(dāng)量的量。自單模板分子的擴(kuò)增的PCR產(chǎn)物基本上在序列上均質(zhì)，各種技術(shù)可用于表征各孔中的序列含量。一般而言，基于熒光探針的檢測(cè)方法是特別有用的。例如，為定量胚胎或母源多態(tài)區(qū)，設(shè)計(jì)一對(duì)PCR引物和一對(duì)分子信標(biāo)用于各SNP。一般而言，分子信標(biāo)是分別在它們的5’和3’端含有熒光染料和猝滅劑的單鏈寡核苷酸。除了對(duì)應(yīng)于SNP和熒光標(biāo)記物(綠色或紅色)的核苷酸之外，兩種信標(biāo)是同一的。一般而言，分子信標(biāo)包括發(fā)卡結(jié)構(gòu)，其導(dǎo)致熒光團(tuán)更接近猝滅劑，及當(dāng)不與PCR產(chǎn)物雜交時(shí)不發(fā)射熒光。與它們的互補(bǔ)核苷酸序列雜交之后，猝滅劑自熒光團(tuán)遠(yuǎn)離，導(dǎo)致增加的熒光。一般而言，計(jì)算具有綠色或紅色熒光的2種等位基因-特異性信標(biāo)的熒光強(qiáng)度的比，以測(cè)定各個(gè)體孔中的等位基因類型。用計(jì)數(shù)的數(shù)百或數(shù)千孔，可測(cè)定母源和胚胎(或父源)等位基因的相對(duì)豐度。各種數(shù)字PCR方法，試劑和設(shè)備為本領(lǐng)域所知，情況可適應(yīng)于實(shí)踐本發(fā)明。見(jiàn)，例如，美國(guó)專利No.6，143，496,6,440，706,6,753，147和7，704，687，各整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用在本文合并。橋式PCR在一些實(shí)施方式中，橋式PCR用于表征和/或定量胚胎或母源基因組區(qū)。橋式PCR也被稱為固相PCR或2-維PCR。一般而言，橋式PCR在固體表面或凝膠之內(nèi)發(fā)生，由此產(chǎn)生可同時(shí)測(cè)序或與多態(tài)探針雜交的大數(shù)的“PCR集落”(聚合酶產(chǎn)生的集落)。在一些實(shí)施方式中，橋式PCR涉及一般擴(kuò)增反應(yīng)，其中DNA樣品被隨機(jī)片段化，然后處理，使得不同片段的端全部含有相同的DNA序列。例如，DNA片段可連接到通用適配體序列。具有通用端的片段可然后在單反應(yīng)中用單對(duì)的擴(kuò)增引物擴(kuò)增。一般而言，DNA片段首先在擴(kuò)增之前在各反應(yīng)位點(diǎn)，在表面上，或凝膠之內(nèi)個(gè)別解析到單分子水平，其確保，擴(kuò)增的分子形成可然后進(jìn)一步分析的離散集落。在一些實(shí)施方式中，這些并行擴(kuò)增反應(yīng)在為好幾千并行化學(xué)反應(yīng)提供大表面積的“流動(dòng)池”(基本上水-密性的顯微鏡載玻片)表面發(fā)生。流動(dòng)池表面用對(duì)應(yīng)于在樣品制備階段期間連接的適配體的序列的單鏈寡核苷酸包被。單鏈，適配體-連接的片段結(jié)合到暴露于用于基于聚合酶的延伸的試劑的流動(dòng)池表面。引發(fā)由連接到表面上的互補(bǔ)寡聚體的片段“橋”的游離/遠(yuǎn)端發(fā)生?？墒褂酶鞣N其他固體表面代替流動(dòng)池表面。例如，適合于本發(fā)明的固體表面可包括，但不限于，膠乳珠，葡聚糖珠，聚苯乙烯，聚丙烯表面，聚丙烯酰胺凝膠，金表面，玻璃表面和硅晶片。橋式擴(kuò)增的各種方法為本領(lǐng)域所熟知。見(jiàn)，例如，2010年6月7日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)系列No.61/352，062，美國(guó)專利No.7，115，400，美國(guó)公開No.20090226975，及BingD.H.等人,“BridgeAmplification:ASolidPhasePCRSystemfortheAmplificationandDetectionofAllelicDifferencesinSingleCopyGenes,，，SeventhInternationalSymposiumonHumanIdentification(在Promega網(wǎng)站可利用)，全部通過(guò)引用在此合并。各種方法可用于表征由橋式PCR產(chǎn)生的擴(kuò)增的核酸的序列內(nèi)容。在一些實(shí)施方式中,可由合成測(cè)序含有擴(kuò)增的核酸的百萬(wàn)PCR集落。例如，Illumina氏Solexa測(cè)序技術(shù)可適應(yīng)于根據(jù)本發(fā)明表征及定量胚胎或母源區(qū)。例如，可使含有百萬(wàn)簇的固體表面經(jīng)歷用延伸及成像的自動(dòng)化的循環(huán)測(cè)序。測(cè)序的第I循環(huán)涉及首先并合單熒光核苷酸，之后是整個(gè)表面的高解析度成像。這些像表示對(duì)于第I堿基收集的數(shù)據(jù)。任何背景以上的信號(hào)鑒定簇(或PCR集落)的物理位置，及熒光發(fā)射鑒定4種堿基中的哪個(gè)合并在該位置。重復(fù)此循環(huán)，一次一個(gè)堿，產(chǎn)生一系列像，各表達(dá)在特定簇的單堿基延伸。堿基判定用經(jīng)時(shí)鑒定發(fā)射色彩的算法來(lái)衍化。由此，可歸因于特定胚胎或母源基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)可獲得。在一些實(shí)施方式中，含有擴(kuò)增的核酸的簇可通過(guò)使用熒光探針雜交來(lái)表征。例如，為區(qū)別及定量胚胎或母源多態(tài)區(qū)，可對(duì)于各SNP設(shè)計(jì)一對(duì)分子信標(biāo)。一般而言，分子信標(biāo)是分別在它們的5’和3’端含有熒光染料和猝滅劑的單鏈寡核苷酸。除了對(duì)應(yīng)于SNP和熒光標(biāo)記物(綠色或紅色)的核苷酸之外，兩種信標(biāo)相同。一般而言，分子信標(biāo)包括發(fā)卡結(jié)構(gòu)，其導(dǎo)致熒光團(tuán)更接近猝滅劑，及當(dāng)不與PCR產(chǎn)物雜交時(shí)不發(fā)出熒光。在與它們的互補(bǔ)核苷酸序列雜交之后，猝滅劑自熒光團(tuán)遠(yuǎn)離，導(dǎo)致增加的熒光。一般而言，計(jì)算具有綠色或紅色熒光的2種等位基因-特異性信標(biāo)的熒光強(qiáng)度的比，以測(cè)定各簇中的等位基因類型。用計(jì)數(shù)的數(shù)百或數(shù)千簇，可測(cè)定母源和胚胎/父源等位基因的相對(duì)豐度。乳劑PCR在一些實(shí)施方式中，乳劑PCR用于表征及定量胚胎或母源基因組區(qū)。一般而言，乳劑PCR可用于產(chǎn)生具有克隆擴(kuò)增的DNA的小珠，即，各珠含有自單分子模板由PCR產(chǎn)生的一種類型的擴(kuò)增子。例示乳劑PCR描述于2005年I月3日公開的Dressmanetal,Proc.Natl.Acad.Sc1.USA.,100,8817(Jul.22,2003)andDressmanetal.PCTpublicationW02005010145,“METHODANDCOMPOSITIONSFORDETECTIONANDENUMERATIONOFGENETICVARIATIONS,”，且就其基于珠的過(guò)程的描述通過(guò)引用在此合并。例如，將用捕獲寡核苷酸(或集落引物)包被的珠與具有互補(bǔ)銜接子或標(biāo)記序列的核苷酸混合。將含有對(duì)于PCR的全部必需組分的水性混合物加結(jié)合引物的珠和模板DNA與油/去污劑混合物一起攪拌，以產(chǎn)生微乳劑。水性隔室(其可被例證為在油層中的小滴)含有平均〈I個(gè)模板分子和〈I個(gè)珠?？稍谝换蚋俚沃忻枥L不同模板(母源和胚胎)，以表示其序列一個(gè)或許多核苷酸不同的2個(gè)模板分子。使微乳劑如在常規(guī)PCR中一樣溫度循環(huán)。如果DNA模板和珠在單水性隔室中在一起存在，珠結(jié)合的寡核苷酸作為擴(kuò)增用引物。由各種材料及以各種尺寸制造的珠可用于本發(fā)明。例如，適合的珠可為磁珠，塑料珠，金粒子，纖維素粒子，聚苯乙烯粒子，等。適合的珠可為小，例如。I2，到幾百，例如，200IOOOiim直徑的尺寸范圍的微粒。在一些實(shí)施方式中，可商購(gòu)的控制的-孔隙玻璃(CPG)或聚苯乙烯支持物在本發(fā)明中用作固相支持物。該支持物用堿不穩(wěn)定接頭和附接的初始核苷可利用，例如，AppliedBiosystems(FosterCity,Calif.)在一些實(shí)施方式中，含有克隆擴(kuò)增的核酸的珠可通過(guò)焦磷酸測(cè)序(即，由合成測(cè)序)表征。例如，可使含有擴(kuò)增的DNA的珠與測(cè)序需要的酶一起經(jīng)歷含有大量的Pl-體積孔(其對(duì)于單珠足夠大)的測(cè)序機(jī)。在一些實(shí)施方式中，焦磷酸測(cè)序使用螢光素酶以產(chǎn)生光作為讀取，·及測(cè)序機(jī)對(duì)每個(gè)添加的核苷酸取孔的圖像，及記錄。可獲得可歸因于胚胎或母源基因組區(qū)的序列讀取計(jì)數(shù)。適合的測(cè)序機(jī)是可商購(gòu)的，包括454LifeSciences’sGenomeSequencerFLX0與標(biāo)條碼的探針的單分子雜交在一些實(shí)施方式中，使用與標(biāo)條碼的探針的單分子雜交的技術(shù)可用于表征及定量胚胎或母源基因組區(qū)。一般而言，該技術(shù)使用分子“條碼”和單分子成像，以不擴(kuò)增地在單反應(yīng)中檢測(cè)及計(jì)數(shù)特定核酸靶。一般而言，將各色彩-編碼的條碼附接于對(duì)應(yīng)于目標(biāo)基因組區(qū)的單靶-特異性探針。與對(duì)照混合在一起，它們形成多重化的CodeSet。在一些實(shí)施方式中，2種探針用于雜交各個(gè)體靶核酸。報(bào)告子探針攜帶信號(hào)；捕獲探針允許復(fù)合物固定用于數(shù)據(jù)收集。在雜交之后，過(guò)量探針移出，及可由數(shù)據(jù)收集用數(shù)字分析儀分析固定的探針/靶復(fù)合物。對(duì)色碼計(jì)數(shù)及對(duì)各靶分子(例如，目標(biāo)胚胎或母源基因組區(qū))列表。適合的數(shù)字分析儀包括由NanostringTechnologies提供的nCoilIlter分析系統(tǒng)。方法，包括分子“條碼”的試劑，適合于納米串技術(shù)的設(shè)備還描述于美國(guó)申請(qǐng)公開No.20100112710，20100047924，20100015607，各整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用在本文合并。半導(dǎo)體測(cè)序在一些實(shí)施方式中，半導(dǎo)體測(cè)序方法用于表征及定量胚胎或母源基因組區(qū)。本文所用的術(shù)語(yǔ)“半導(dǎo)體測(cè)序，""半導(dǎo)體PH敏感測(cè)序，""復(fù)制檢測(cè)測(cè)序，""直接復(fù)制檢測(cè)測(cè)序〃和〃半導(dǎo)體復(fù)制檢測(cè)測(cè)序〃是同義的，且通常指稱Pourmand及同事們的方法。見(jiàn)例如，Pourmandetal.，2006，Proc.Natl.Acad.Sc1.USA103:6466-6470。例不半導(dǎo)體測(cè)序的系統(tǒng)在此情景中包括，例如，IonTorrent技術(shù)(LifeTechnologies,Guilford,CT)。如同由本領(lǐng)域知道的及在本文描述的合成測(cè)序的其他方法，半導(dǎo)體測(cè)序方法對(duì)于測(cè)序固定到固體支持物，即，合并電荷傳感器的大規(guī)模并行陣列上的核酸片段是有用的，以檢測(cè)在DNA復(fù)制期間質(zhì)子的實(shí)時(shí)釋放。一般而言，將樣品DNA片段化，例如，1050，50150，50100，100200，200400，4004000bp序列，優(yōu)選約100個(gè)核苷酸。序列制備為含由具有適配體序列的設(shè)計(jì)的PCR引物連接或合并的側(cè)接適配體的庫(kù)。庫(kù)片段然后通過(guò)使用乳劑PCR克隆擴(kuò)增，以形成用模板DNA包被的粒子。將粒子沉積在大規(guī)模并行陣列上，其在對(duì)于DNA復(fù)制適合的條件下，在DNA聚合酶的存在下依次接觸脫氧核苷酸三磷酸酯(dNTP)。dNTP各并合到生長(zhǎng)的雙聯(lián)DNA導(dǎo)致質(zhì)子釋放，導(dǎo)致由電荷傳感器可檢測(cè)的電荷變化。由此，大規(guī)模并行陣列的特定孔中的電荷變化(即，PH變化)指示特定dNTP的并合。電荷無(wú)變化指示特定dNTP未合并。多質(zhì)子釋放(例如，2，3，4或更多)質(zhì)子釋放指示合并特定dNTP的對(duì)應(yīng)序列。大規(guī)模并行陣列中各孔的電荷變化與特定dNTP的存在的關(guān)聯(lián)由此提供DNA樣品的序列。單向測(cè)序需要僅一個(gè)融合引物對(duì)，且會(huì)自擴(kuò)增子的僅一端產(chǎn)生讀數(shù)?？蛇M(jìn)行雙向的測(cè)序用于最佳結(jié)果，自擴(kuò)增子的兩端及全長(zhǎng)產(chǎn)生高質(zhì)量讀數(shù)。靶區(qū)的長(zhǎng)度可優(yōu)化。例如，用具有100個(gè)核苷酸的典型讀長(zhǎng)，序列的頭2025個(gè)核苷酸對(duì)應(yīng)于PCR引物的靶特定序列，且不會(huì)產(chǎn)生信息性的數(shù)據(jù)。因此，在一些情況中，采用約75bp的祀?yún)^(qū)。覆蓋需求的深度依賴于樣品突變的預(yù)期的頻度，及決定每大規(guī)模并行陣列給出的固定的量的序列通量包括的擴(kuò)增子數(shù)。例如，對(duì)于根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)孟德?tīng)栠z傳模式的生殖系突變，100%或50%的讀數(shù)預(yù)期含有給定序列變體。認(rèn)為，在這些情況中，100200X的覆蓋的平均深度提供足夠數(shù)量的讀數(shù)，以用統(tǒng)計(jì)學(xué)置信檢測(cè)變體。對(duì)于異源樣品，例如，異源癌樣品中以可變的和一般低頻度存在的體細(xì)胞突變的高置信檢測(cè)，達(dá)1000-2000X的更深覆蓋被認(rèn)為需要。方法，試劑和設(shè)備還描述于Pourmand及同事的精細(xì)工作，例如，US7，785，785，通過(guò)引用以其整體及為全部目的在本文合并?？蓹z測(cè)的實(shí)體任何廣泛的可檢測(cè)的劑可在本發(fā)明的實(shí)踐中使用。適合的可檢測(cè)的劑包括，但不限于各種配體，放射性核素；熒光染料；化學(xué)發(fā)光劑(諸如，例如，吖啶鎗酯，穩(wěn)定化的二氧雜環(huán)丁烷等)；生物發(fā)光劑；光譜可分辯的無(wú)機(jī)熒光半導(dǎo)體納米晶體(即，量子點(diǎn))；微粒；金屬納米粒子(例如，金，銀，銅，鉬，等);納米簇；順磁金屬離子；酶；比色標(biāo)記物(諸如，例如，染料，膠體金，等);生物素；地高辛配基；半抗原；及抗血清或單克隆抗體可對(duì)其利用的蛋白。在一些實(shí)施方式中，可檢測(cè)的部分是生物素。生物素可結(jié)合到親和素(諸如鏈霉親和素)，其一般綴合(直接或間接)到本身可檢測(cè)的其他部分(例如，熒光部分)。除了關(guān)聯(lián)本文所述的各種方法描述的例示可檢測(cè)的實(shí)體之外，以下描述了一些其他可檢測(cè)的部分的非限制性例。熒光染料在特定實(shí)施方式中，可檢測(cè)的部分是熒光染料。具有廣泛的化學(xué)結(jié)構(gòu)和物理特征的多種知道的熒光染料適宜于在本發(fā)明的實(shí)踐中使用。熒光可檢測(cè)的部分可由激光器用由檢測(cè)器捕獲的發(fā)射的光刺激。檢測(cè)器可為電荷耦合裝置(CCD)或共聚焦顯微鏡，其記錄其強(qiáng)度。適合的熒光染料包括,但不限于,熒光素和熒光素染料(例如，熒光素異硫代花青苷或FITC，萘并熒光素，4’，5’-二氯-2’，7’-二甲氧基熒光素，6-羧基熒光素或FAM，等)，羰基花青苷，部花青苷，苯乙烯基染料，氧鎗醇染料，藻紅蛋白，赤蘚紅，伊紅，若丹明染料(例如，羧基四甲基若丹明或TAMRA，羧基若丹明6G，羧基-X-若丹明(ROX)，麗絲胺若丹明B，若丹明6G，若丹明綠，若丹明紅，四甲基若丹明(TMR)，等)，香豆素和香豆素染料(例如，甲氧基香豆素，二烷基氨基香豆素，羥基香豆素，氨基甲基香豆素(AMCA)，等)，俄勒網(wǎng)綠染料(例如，俄勒網(wǎng)綠488，俄勒網(wǎng)綠500，俄勒網(wǎng)綠514，等)，德克薩斯紅，德克薩斯紅-X，譜RED,譜GREEN,花青苷染料(例如，CY-3,CY-5,CY-3.5,CY-5.5,等)，ALEXAFLUOR染料(例如，ALEXAFLU0R350,ALEXAFLU0R488,ALEXAFLUOR532,ALEXAFLUOR546,ALEXAFLUOR568,ALEXAFLUOR594,ALEXAFLUOR633,ALEXAFLU0R660,ALEXAFLU0R680,等)，BODIPY染料(例如，BODIPYtmFL,B0DIPYR6G,BODIPYtmTMR,BODIPYtmTR,B0DIPY530/550,B0DIPY558/568,B0DIPY564/570,B0DIPY576/589,BODIPYtm581/591，B0DIPYtm630/650，B0DIPY650/665，等)，IRDyes(例如，IRD40,IRD700,IRD800,等)，等。對(duì)于適合的熒光染料和將熒光染料偶聯(lián)到其他化學(xué)實(shí)體諸如蛋白和肽的方法的更多例，見(jiàn)，例如，“TheHandbookofFluorescentProbesandResearchProducts，，，9thEd.,MolecularProbes,Inc.,Eugene,OR。突光標(biāo)記劑的有利的性質(zhì)包括高摩爾吸收系數(shù)，高突光量子產(chǎn)率，及光穩(wěn)定性。在一些實(shí)施方式中，標(biāo)記突光團(tuán)在可見(jiàn)光譜(即，在400和750nm之間)而非在光譜的紫外線范圍(即，少于400nm)內(nèi)呈現(xiàn)吸收和發(fā)射波長(zhǎng)?？蓹z測(cè)的部分可包括多于一個(gè)化學(xué)實(shí)體，諸如在熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)中。共振轉(zhuǎn)移導(dǎo)致發(fā)射強(qiáng)度的總體增強(qiáng)。例如，見(jiàn)Juet.al.,(1995),Proc.NafIAcad.Sc1.(USA)，92:4347，整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用在本文合并。為了達(dá)到共振能量轉(zhuǎn)移，第I熒光分子(“供體”氟)吸收光，及通過(guò)激發(fā)的電子的共振將其轉(zhuǎn)移到第2熒光分子(“受體”氟)。在一方法中，供體和受體染料可連接在一起及附接到寡引物。將供體和受體染料連接到核酸的方法已之前描述于，例如，Lee等人的美國(guó)專利No.5，945，526，整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用在本文合并?？墒褂玫娜玖系墓w/受體對(duì)包括，例如，熒光素/四甲基若丹明，IAEDANS/熒光素，EDANS/DABCYL，熒光素/熒光素，BODIPYFL/B0DIPYFL，及熒光素/QSY7染料。見(jiàn)，例如，Leeetal的美國(guó)專利No.5，945，526。許多這些染料也是可商購(gòu)的，例如，自MolecularProbesInc.(Eugene,OR)。適合的供體突光團(tuán)包括6-羧基突光素(FAM),四氯-6-羧基突光素(TET),2’-氣_7’-苯基_1，4_二氣-6-竣基突光素(VIC),等。酶在特定實(shí)施方式中，可檢測(cè)的部分是酶。適合的酶的例包括，但不限于，在ELISA中使用的那些，例如，辣根過(guò)氧化物酶，3-半乳糖苷酶，螢光素酶，堿性磷酸酶，等。其他例包括3-葡萄糖醛酸糖苷酶，3-D-葡萄糖苷酶，脲酶，葡萄糖氧化酶，等?？蓪⒚甘褂媒宇^基團(tuán)諸如碳二亞胺，二異氰酸酯，戊二醛，等綴合于分子。放射性同位素在特定實(shí)施方式中，可檢測(cè)的部分是放射性同位素。例如，分子可為同位素-標(biāo)記的(即，可含有已由具有不同于通常見(jiàn)于自然界的原子質(zhì)量或質(zhì)量數(shù)的原子質(zhì)量或質(zhì)量數(shù)的原子取代的一個(gè)或更多原子)或可將同位素附接于分子。可合入分子的同位素的非限制性例包括氫，碳，氟，磷，銅，鎵，乾，锝，銦，碘，錸，銘，秘，破，衫和镥的同位素(即，3H,13C,14C，18F,19F,32P,35S,64Cu,67Cu,67Ga,90Y,99mTc,111In,1251,1231,1291,1311,1351,186Re,187Re,201Tl,212Bi,213Bi，211At，153Sm,177LuX在一些實(shí)施方式中，信號(hào)擴(kuò)增通過(guò)使用標(biāo)記的樹狀聚體作為可檢測(cè)的部分來(lái)達(dá)到(見(jiàn)，例如，PhysiolGenomics,3:93-99，2000)，整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用以它們的整體在本文合并。突光標(biāo)記的樹狀聚體可獲自Genisphere(Montvale,N.J.)。這些可由本領(lǐng)域知道的方法化學(xué)綴合于寡核苷酸弓I物。測(cè)定相對(duì)豐度各種方法可用于測(cè)定胚胎或母源區(qū)的相對(duì)豐度。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“相對(duì)豐度”指稱相比參照量的目標(biāo)基因組區(qū)的量。相對(duì)豐度可測(cè)定為尤其是比，百分率，倍數(shù)變化，標(biāo)準(zhǔn)化的量。一般而言，為測(cè)定相對(duì)豐度，目標(biāo)胚胎或母源基因組區(qū)的量首先由包括本文所述的那些的各種方法(例如，單分子測(cè)序，數(shù)字PCR，橋式PCR，乳劑PCR，納米串技術(shù)或aCGH)測(cè)量或定量。然后將此量與參照量比較。參照量可為量指示核酸總量，關(guān)聯(lián)母源樣品(例如，母源血)中胚胎或母源核酸的總量。在此情況中，胚胎或母源區(qū)的相對(duì)豐度一般測(cè)定為關(guān)聯(lián)DNA總量的百分率。在一些實(shí)施方式中，將胚胎基因組區(qū)和對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的量定量。胚胎基因組區(qū)的相對(duì)豐度可通過(guò)比較胚胎基因組區(qū)的量與對(duì)應(yīng)母源區(qū)的量來(lái)測(cè)定?？蓪⑾鄬?duì)豐度與預(yù)定的閾值比較，以便測(cè)定是否胚胎基因組區(qū)區(qū)別表達(dá)。一般而言，在此情況中，預(yù)定的閾值指示關(guān)聯(lián)母源樣品中胚胎核酸和母源核酸之間的平均比。如果相對(duì)豐度以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信在預(yù)定的閾值以上，胚胎基因組區(qū)被鑒定為過(guò)表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度可通過(guò)比較母源基因組區(qū)的量與對(duì)應(yīng)胚胎基因組區(qū)的量來(lái)測(cè)定。相對(duì)豐度可將比較與預(yù)定的閾值以便測(cè)定是否母源基因組區(qū)區(qū)別表達(dá)。一般而言，在此情況中，預(yù)定的閾值指示關(guān)聯(lián)母源樣品中母源核酸和胚胎核酸之間的平均比。如果相對(duì)豐度以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信在預(yù)定的閾值以下，母源基因組區(qū)被鑒定為亞表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，相對(duì)豐度可通過(guò)比較關(guān)聯(lián)母源樣品中胚胎或母源基因組區(qū)的定量的量與分別指示胚胎或母源基因組區(qū)的平均表達(dá)的參照量來(lái)測(cè)定。該平均表達(dá)可通過(guò)使用與目標(biāo)區(qū)同時(shí)實(shí)施的相同的測(cè)定來(lái)定量知道不在母源樣品中過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)的對(duì)照區(qū)的量來(lái)測(cè)定。在一些實(shí)施方式中，多對(duì)照區(qū)可定量及平均，以獲得指示平均表達(dá)的參照量。適合的參照量也可為歷史參照(即，自之前實(shí)施的測(cè)定的量或結(jié)果，或之前知道的量或結(jié)果)。在此情況中，如果定量的量相比參照量統(tǒng)計(jì)學(xué)地不同(例如，更大或更小)，目標(biāo)胚胎或母源區(qū)被鑒定為區(qū)別表達(dá)(例如，過(guò)表達(dá)或亞表達(dá))。在一些實(shí)施方式中，相對(duì)豐度可通過(guò)比較關(guān)聯(lián)母源樣品中胚胎或母源基因組區(qū)的定量的量與指示胚胎或母源基因組區(qū)的過(guò)表達(dá)的參照量來(lái)測(cè)定。該參照可通過(guò)使用與目標(biāo)區(qū)同時(shí)實(shí)施的相同的測(cè)定來(lái)定量已知在母源樣品中過(guò)表達(dá)的對(duì)照區(qū)的量來(lái)測(cè)定。在一些實(shí)施方式中，多個(gè)過(guò)表達(dá)的對(duì)照區(qū)可定量及平均，以獲得指示過(guò)表達(dá)的參照量。適合的參照量也可為歷史參照(即，自之前實(shí)施的測(cè)定的量或結(jié)果，或之前知道的量或結(jié)果)。在此情況中，如果定量的量是以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信基本上相同或大于參照量，目標(biāo)胚胎或母源區(qū)被鑒定為過(guò)表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，相對(duì)豐度可通過(guò)比較關(guān)聯(lián)母源樣品中胚胎或母源基因組區(qū)的定量的量與指示胚胎或母源基因組區(qū)的亞表達(dá)的參照量來(lái)測(cè)定。該參照可通過(guò)使用與目標(biāo)區(qū)同時(shí)實(shí)施的相同的測(cè)定來(lái)定量已知在母源樣品中亞表達(dá)的對(duì)照區(qū)的量來(lái)測(cè)定。在一些實(shí)施方式中，多個(gè)亞表達(dá)的對(duì)照區(qū)可定量及平均，以獲得指示亞表達(dá)的參照量。適合的參照量也可為歷史參照(即，自之前實(shí)施的測(cè)定的量或結(jié)果，或之前知道的量或結(jié)果)。在此情況中，如果定量的量是以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信基本上相同或小于參照量，目標(biāo)胚胎或母源區(qū)被鑒定為亞表達(dá)。在一些實(shí)施方式中，測(cè)定每個(gè)體多態(tài)基因組區(qū)或座位的相對(duì)豐度，且可表示連續(xù)體模型(例如，線或曲線)?？蓪⑦B續(xù)譜與分別指示胚胎或母源核酸的平均表達(dá)的基線比較，且任何以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信自基線偏離的基因組區(qū)或座位可被鑒定為區(qū)別表達(dá)的(例如，過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)的)。在一些實(shí)施方式中，指示在母源循環(huán)(例如，母源血)中胚胎核酸的平均表達(dá)的參照量可為約3%，5%，10%,15%，20%或25%。在一些實(shí)施方式中，指示母源循環(huán)(例如，母源血)中母源核酸的平均表達(dá)的參照量可為約97%，95%，90%,85%，80%或75%。在基因組區(qū)被鑒定為相比參照量過(guò)表達(dá)的或亞表達(dá)的一些實(shí)施方式中，測(cè)定基因組區(qū)的“過(guò)表達(dá)因數(shù)”或“亞表達(dá)因數(shù)”。例如，如果胚胎基因組區(qū)被測(cè)定為相比指示母源樣品中胚胎核酸的平均表達(dá)(例如，5%)的參照量過(guò)表達(dá)(例如，10%)，胚胎基因組區(qū)超過(guò)參照量的觀察的量的因數(shù)計(jì)算為“過(guò)表達(dá)因數(shù)”。在此情況中，過(guò)表達(dá)因數(shù)是2。一般而言，如以下描述或根據(jù)其他本領(lǐng)域知道的方法應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試，以測(cè)定是否量的差異或相似性是統(tǒng)計(jì)學(xué)地顯著。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析一般而言，統(tǒng)計(jì)學(xué)地分析數(shù)據(jù)，以測(cè)定是否2值是相同或不同(例如，是否基因組區(qū)的量與參照量相同的或不同)。本領(lǐng)域建立各種統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試和統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的量度，且可根據(jù)本發(fā)明使用。分析均勻地分布和/或推定為均勻地分布的數(shù)據(jù)的通常使用的統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試的非限制性例(例如，參數(shù)測(cè)試)包括Student氏t檢驗(yàn)(包括1-樣品t檢驗(yàn)，2_樣品t檢驗(yàn)及匹配的配對(duì)t檢驗(yàn))和方差分析(AN0VA;單因素和2-因素或重復(fù)量度(例如，N-因素ANOVA))。分析不是均勻地分布的數(shù)據(jù)的通常使用的統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試的非限制性例包括WilcoxonRank-Sum測(cè)試和MannWhitneyU測(cè)試。嚴(yán)格度(例如，通過(guò)P-值和/或q_值的截止值，如下解釋)可根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)設(shè)置，和/或可就給定數(shù)據(jù)組依經(jīng)驗(yàn)設(shè)置。要使用的統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試的選擇可依賴于一種或更多因素，包括但不限于數(shù)據(jù)分布，實(shí)施的比較的類型(例如，實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與參照值對(duì)比2組實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)彼此)和樣品之間的關(guān)系(例如，匹配的對(duì)(諸如用匹配的對(duì)照的實(shí)驗(yàn)樣品)對(duì)比無(wú)關(guān)系)。在一些實(shí)施方式中，使用多于一個(gè)統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試，例如，為確認(rèn)目的。在一些實(shí)施方式中，使用適合于小樣品尺寸的統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試。在一些實(shí)施方式中，使用多(例如，多于2)組之間的關(guān)系的分析。例如，N-因素ANOVA測(cè)試(也被稱為重復(fù)的測(cè)量ANOVA測(cè)試)一般化Student氏t檢驗(yàn)至多于2組。N-因素ANOVA測(cè)試可根據(jù)本發(fā)明的方法使用，用于更有效在多組之間比較。在一些實(shí)施方式中，將多測(cè)試修正應(yīng)用于調(diào)整源于多統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試的P-值，以校正可自多測(cè)試出現(xiàn)的誤差(例如，增加的數(shù)的假陽(yáng)性或顯著結(jié)果)。多測(cè)試修正一般涉及自重復(fù)多次的統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試再計(jì)算概率。在一些實(shí)施方式中，使用Bonferroni修正。多測(cè)試修正方法為本領(lǐng)域所知。對(duì)于該方法的回顧，見(jiàn)，例如，Noble,(2009)，NatureBiotechnology,27:1135-1137，整個(gè)其內(nèi)容通過(guò)引用并入。在一些實(shí)施方式中，使用涉及2類別變量之間的關(guān)系的分析的統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試。例如，F(xiàn)isher氏精確測(cè)試可用于精確地計(jì)算自無(wú)效假說(shuō)的偏差的顯著性；Fisher氏精確測(cè)試可用于情況，其中樣品尺寸小。見(jiàn),例如,Weisstein,EricW.,“Fisher’sExactTest,^romMathWorld—AffolframWebResource,在Wolfram,com網(wǎng)站可利用，整個(gè)內(nèi)容通過(guò)引用在本文合并。一般使用統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的2個(gè)指標(biāo)來(lái)評(píng)價(jià)數(shù)據(jù)。P-值指示如果無(wú)效假說(shuō)不是真，獲得觀察的值的概率。例如，無(wú)效假說(shuō)可為給定胚胎基因組區(qū)具有平均表達(dá)。更低P-值指示統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；即，無(wú)效假說(shuō)不是真的且應(yīng)拒絕的增加的似然性。Q-值指示當(dāng)特定測(cè)試被認(rèn)為顯著時(shí)，假發(fā)現(xiàn)率，即發(fā)生的假陽(yáng)性的比例的量度。如同P-值，更低q_值指示更大顯著性。在一些實(shí)施方式中，使用P-值截止值。在一些實(shí)施方式中，使用q_值截止值。在一些實(shí)施方式中，使用P-值和q_值截止值二者。在一些實(shí)施方式中，使用P〈0.05的P-值截止值。在一些實(shí)施方式中，使用更嚴(yán)格P-值截止值，例如，P〈0.01，p〈0.005，p〈0.001，等。在一些實(shí)施方式中，使用q〈0.2的q_值。在一些實(shí)施方式中，使用更嚴(yán)格q_值截止值例如，q〈0.1，p〈0.05，p〈0.01，等。p-值和q_值截止值的任何組合可用于使用截止值的實(shí)施方式，例如，p〈0.05與q〈0.2組合。在一些實(shí)施方式中，定量的數(shù)據(jù)首先在統(tǒng)計(jì)學(xué)分析之前標(biāo)準(zhǔn)化。一般而言，標(biāo)準(zhǔn)化是分離在重復(fù)的測(cè)量的數(shù)據(jù)中的統(tǒng)計(jì)學(xué)誤差的過(guò)程。標(biāo)準(zhǔn)化有時(shí)基于性質(zhì)。分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化，例如，是基于量度的量值(分位數(shù))的標(biāo)準(zhǔn)化。在一些實(shí)施方式中，標(biāo)準(zhǔn)化指稱由共同變量的多組數(shù)據(jù)的區(qū)分，以便規(guī)避變量對(duì)數(shù)據(jù)的效應(yīng)，由此允許成為待比較的數(shù)據(jù)組的特征的基礎(chǔ)此允許待比較的不同尺度的數(shù)據(jù)，通過(guò)使它們至共同尺度。例如，胚胎或母源樣品中的母源基因組區(qū)的定量的量可相對(duì)樣品中基因組DNA的總量標(biāo)準(zhǔn)化，以規(guī)避原材料中量變異的效應(yīng)。驗(yàn)證和臨床應(yīng)用在一些實(shí)施方式中，可在不同生物學(xué)個(gè)體之間比較區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)。鑒定及確證一貫地過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)的區(qū)。驗(yàn)證可由相同的技術(shù)的重復(fù)，和/或由另外的技術(shù)進(jìn)行。例如，單分子測(cè)序結(jié)果可，例如，由數(shù)字PCR或通過(guò)再測(cè)序核酸確認(rèn)。再測(cè)序可由相同的方法和/或由其他方法，例如，Sanger測(cè)序?qū)崿F(xiàn)?？捎?jì)算各確證的區(qū)別表達(dá)的區(qū)的過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)因數(shù)?？苫谒鼈兊娜旧w位置，及關(guān)聯(lián)的遺傳疾病，病癥或病情為臨床應(yīng)用鑒定確證的過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)。在一些實(shí)施方式中，也提供區(qū)別表達(dá)的區(qū)的過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)因數(shù)和/或DNA序列。在一些實(shí)施方式中，本發(fā)明提供記載與染色體位置，關(guān)聯(lián)的遺傳疾病，病癥或病情相關(guān)的信息，確證的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)的過(guò)表達(dá)或亞表達(dá)因數(shù)和/或DNA序列的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)。確證的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)可用于開發(fā)或改善與任何區(qū)別表達(dá)的區(qū)關(guān)聯(lián)的任何基因組失常及關(guān)聯(lián)的遺傳疾病，病癥和病情的非-侵襲性出生前診斷。如本文所用，遺傳失常可包括，但不限于，核酸堿基取代，擴(kuò)增，缺失，復(fù)制，轉(zhuǎn)位，拷貝數(shù)變異，非整倍性(例如，多倍性，三體性，等)和嵌合體。例如，母源循環(huán)中相對(duì)過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的表征可提供本文所述的各種基因組失常的更穩(wěn)健的分析，因此，提供關(guān)聯(lián)的遺傳疾病，病癥或病情的更精確的出生前診斷。在一些實(shí)施方式中，母源循環(huán)中相對(duì)過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的表征可用于開發(fā)用簡(jiǎn)化的，最小或無(wú)富集或純化的胚胎DNA的非-侵襲性診斷測(cè)定。在一些實(shí)施方式中，母源循環(huán)中相對(duì)過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的表征可用于檢測(cè)早期懷孕期間(例如，在妊娠的413周，49周或46周之間)的胚胎異常。在一些實(shí)施方式中，母源循環(huán)中在第13，14，15，16，18，21，22，X染色體或其任何組合上相對(duì)過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的表征可用于檢測(cè)染色體異常包括但不限于結(jié)構(gòu)異常，非整倍性(例如，多倍性，三體性，等)，嵌合體，突變及關(guān)聯(lián)的遺傳疾病，病癥和病情包括但不限于Turner氏綜合征，Down綜合征(三體性21),Edward氏綜合征(三體性18),Patau綜合征(三體性13),三體性14，三體性15，三體性16，三體性22，三倍性，四倍性和性染色體異常包括但不限于XO,XXY，XYY和XXX。實(shí)施例實(shí)施例1:用于鑒定母源血中胚胎DNA的過(guò)表達(dá)的區(qū)的單分子測(cè)序以平均100x或更大基因組覆蓋對(duì)從自多個(gè)個(gè)體的母源血漿的無(wú)細(xì)胞的DNA實(shí)施高-通量單分子測(cè)序。將自母源樣品的核酸片段化及變性為單鏈。將多聚A尾加入各分子。然后將單核酸分子捕獲到流動(dòng)池之內(nèi)表面，各單分子捕獲到不同位置。通過(guò)使用各分子作為模板無(wú)擴(kuò)增地進(jìn)行測(cè)序反應(yīng)。每次添加一個(gè)熒光-標(biāo)記的核苷酸(dCTP，dGTP,dATP或dTTP)，及由DNA聚合酶合并到生長(zhǎng)的互補(bǔ)鏈。洗滌出未合并的核苷酸。激光用于在合并的標(biāo)記的核苷酸上的激發(fā)的熒光團(tuán)。在一或更多像中檢測(cè)及記錄得到的發(fā)射的信號(hào)，及信號(hào)位置。然后將合并的核苷酸的熒光標(biāo)記物由將合并的核苷酸落在后的高度有效切割過(guò)程移出，然后將另一核苷酸加入持續(xù)循環(huán)。由此對(duì)各單分子跟蹤核苷酸并合，以測(cè)定各個(gè)體DNA分子的確切的序列。用5%的胚胎DNA級(jí)分，平均起來(lái)，95%的序列讀數(shù)預(yù)期來(lái)自母源核酸和5%的序列讀數(shù)預(yù)期來(lái)自胚胎核酸。實(shí)施來(lái)自胚胎或母源核酸的序列讀取計(jì)數(shù)的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，以鑒定在無(wú)細(xì)胞的胚胎DNA中過(guò)表達(dá)的區(qū)。例如,過(guò)表達(dá)的座位可在標(biāo)位到該座位的基因組位置的100個(gè)總讀數(shù)中具有20個(gè)胚胎序列讀數(shù)和80個(gè)母源序列讀取。Fisher氏精確測(cè)試用于基于觀察的計(jì)數(shù)的相比預(yù)期的計(jì)數(shù)的P-值鑒定該區(qū)，用于給定平均胚胎級(jí)分。將多測(cè)試修正應(yīng)用于增加此方法的特異性。然后將胚胎DNA過(guò)表達(dá)的區(qū)在不同生物學(xué)個(gè)體之間比較，且選擇最一貫地過(guò)表達(dá)的座位用于在數(shù)字PCR測(cè)定中或由其他手段驗(yàn)證。實(shí)施例2:用于表征和/或定量多態(tài)胚胎或母源基因組區(qū)的數(shù)字PCR采用數(shù)字PCR來(lái)表征及定量多態(tài)胚胎或母源基因組區(qū)。將自最低限度稀釋的母源樣品的核酸片段化及變性為單鏈，然后將其擴(kuò)增，以產(chǎn)生完全來(lái)源自一種模板的擴(kuò)增子，且可用不同熒光團(tuán)檢測(cè)，以區(qū)別及計(jì)數(shù)不同多態(tài)區(qū)(例如，胚胎對(duì)比母源區(qū))。在此過(guò)程中，首先將自母源樣品制備的DNA以調(diào)整到獲得約平均每2孔一個(gè)模板的濃度在384-孔多-孔板上稀釋。對(duì)各SNP設(shè)計(jì)一對(duì)PCR引物和一對(duì)分子信標(biāo)，分子信標(biāo)分別在它們的5’和3’端具有熒光染料和猝滅劑。除了對(duì)應(yīng)于SNP和熒光標(biāo)記物(例如，綠色或紅色)的核苷酸之夕卜，兩個(gè)信標(biāo)是相同的。與它們的互補(bǔ)核苷酸序列雜交之后，猝滅劑自熒光團(tuán)遠(yuǎn)離，導(dǎo)致增加的熒光。計(jì)算具有綠色或紅色熒光的2種等位基因-特異性信標(biāo)的熒光強(qiáng)度的比，以測(cè)定各個(gè)體孔中的等位基因類型。用計(jì)數(shù)的數(shù)百或數(shù)千孔，可測(cè)定母源和胚胎(或父源)等位基因的相對(duì)豐度。如在實(shí)施例1中描述進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。實(shí)施例3:用于表征和/或定量胚胎或母源基因組區(qū)的橋式PCR在流動(dòng)池中進(jìn)行橋式PCR，以表征和/或定量胚胎或母源基因組區(qū)。將DNA樣品隨機(jī)片段化，然后連接到通用適配體序列。流動(dòng)池表面用對(duì)應(yīng)于通用適配體序列的單鏈寡核苷酸包被。然后，當(dāng)單鏈，適配體-連接的片段結(jié)合到暴露于用于基于聚合酶的延伸的試劑的流動(dòng)池表面時(shí)，將具有通用端的片段在單反應(yīng)中用單對(duì)的擴(kuò)增引物擴(kuò)增。引發(fā)隨連接到在表面的互補(bǔ)寡聚體的片段“橋”的游離的/遠(yuǎn)端發(fā)生，導(dǎo)致許多拷貝的DNA樣品。采用由合成的測(cè)序，以對(duì)DNA樣品測(cè)序。特別是，使含有百萬(wàn)的簇的流動(dòng)池表面經(jīng)歷用延伸及成像的自動(dòng)化的循環(huán)，使用例如，Illumina’sSolexaSequencingTechnology測(cè)序。測(cè)序的各循環(huán)涉及合并單熒光核苷酸的步驟，之后是整個(gè)表面的高解析度成像。任何在背景以上的信號(hào)鑒定簇(或PCR集落)的物理位置，及熒光發(fā)射鑒定4種堿基中的哪種在該位置合并。重復(fù)此循環(huán)，一次一個(gè)堿基，產(chǎn)生各表示在特定簇的單堿基延伸的一系列像。堿基判定源于鑒定經(jīng)時(shí)發(fā)射色彩的算法。由此，獲得可歸因于特定胚胎或母源基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析如在實(shí)施例1中描述進(jìn)行。實(shí)施例4:用于表征和/或定量胚胎或母源基因組區(qū)的乳劑PCR乳劑PCR用于表征及定量胚胎或母源基因組區(qū)。用克隆擴(kuò)增的DNA產(chǎn)生小珠，其中各珠含有自單分子模板由PCR產(chǎn)生的一種類型的擴(kuò)增子。將用捕獲寡核苷酸包被的珠與具有互補(bǔ)銜接子或標(biāo)記序列的核苷酸混合。將含有PCR的全部必需組分的水性混合物加結(jié)合引物的珠和模板DNA與油/去污劑混合物一起攪拌，以產(chǎn)生微乳劑。水性隔室含有平均〈I模板分子和〈I珠。微乳劑如在常規(guī)PCR中一樣溫度循環(huán)。如果DNA模板和珠在單水性隔室中一起存在，珠結(jié)合的寡核苷酸作為擴(kuò)增用引物。由各種材料制造的珠，例如，磁珠，塑料珠，金粒子，纖維素粒子，聚苯乙烯粒子等，及各種尺寸的珠用于乳劑PCR。適合的珠可為小，例如，I2，至幾百，例如，200IOOOiim直徑的尺寸范圍的微粒。在一些實(shí)施方式中，在本發(fā)明中采用可商購(gòu)的控制的-孔隙玻璃(CPG)或聚苯乙烯支持物作為固相支持物。該支持物用堿不穩(wěn)定接頭和附接的初始核苷可利用，例如，AppliedBiosystems(FosterCity,Calif.)通過(guò)本領(lǐng)域知道的焦磷酸測(cè)序表征含有克隆擴(kuò)增的核酸的珠。由此獲得可歸因于胚胎或母源基因組區(qū)的序列讀取計(jì)數(shù)。適合的測(cè)序機(jī)包括454LifeSciences’sGenomeSequencerFLX0統(tǒng)計(jì)學(xué)分析如在實(shí)施例1中描述進(jìn)行。實(shí)施例5:用于表征和/或定量胚胎或母源基因組區(qū)的用標(biāo)條碼的探針的單分子雜交將用標(biāo)條碼的探針的單分子雜交，如在本領(lǐng)域知道，用于表征及定量胚胎或母源基因組區(qū)。因此，分子條碼和單分子成像對(duì)于在單反應(yīng)中無(wú)擴(kuò)增地檢測(cè)及計(jì)數(shù)特定核酸靶是有用的。將各色彩-編碼的條碼附接于對(duì)應(yīng)于目標(biāo)基因組區(qū)的單靶-特異性探針。2種探針(即，所謂的“報(bào)告子”和“捕獲”探針)用于雜交各個(gè)體靶核酸。報(bào)告子探針攜帶信號(hào)，及捕獲探針允許待固定的復(fù)合物，用于數(shù)據(jù)收集。在雜交之后，移出過(guò)量探針，及為數(shù)據(jù)收集由IlCounter分析系統(tǒng)數(shù)字分析儀(NanostringTechnologies,SeattleWA)分析固定的探針/靶復(fù)合物。就各靶分子(例如，目標(biāo)胚胎或母源基因組區(qū))計(jì)數(shù)及列表色碼。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析如在實(shí)施例1中描述進(jìn)行。實(shí)施例6:用于表征和/或定量胚胎或母源基因組區(qū)的半導(dǎo)體測(cè)序半導(dǎo)體測(cè)序用于表征及定量胚胎或母源基因組區(qū)。將自母源樣品的樣品DNA片段化及變性為具有約IOObp的單鏈。庫(kù)通過(guò)合并由具有適配體序列的設(shè)計(jì)的PCR引物合并的雙向的側(cè)接適配體來(lái)構(gòu)建。通過(guò)使用乳劑PCR克隆擴(kuò)增庫(kù)片段，以形成用模板DNA包被的粒子。將粒子沉積在合并電荷傳感器的大規(guī)模并行陣列上，以檢測(cè)在DNA復(fù)制期間質(zhì)子的實(shí)時(shí)釋放。進(jìn)而大規(guī)模并行陣列在DNA聚合酶的存在下，在對(duì)于DNA復(fù)制適合的條件下與各脫氧核苷酸三磷酸酯(dNTP)依次接觸。dNTP各并合到生長(zhǎng)的雙聯(lián)DNA導(dǎo)致質(zhì)子釋放，導(dǎo)致由電荷傳感器可檢測(cè)的電荷變化。在大規(guī)模并行陣列中各孔的電荷變化與特定dNTP的存在的關(guān)聯(lián)提供DNA樣品的序列。統(tǒng)計(jì)學(xué)分析如在實(shí)施例1中描述進(jìn)行。其他實(shí)施方式通過(guò)考慮本文公開的本發(fā)明的說(shuō)明書或?qū)嵺`，本發(fā)明的其他實(shí)施方式會(huì)對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯而易見(jiàn)的。本說(shuō)明書和實(shí)施例僅旨在例示，本發(fā)明的實(shí)際范圍由以下權(quán)利要求指示?！⒖嘉墨I(xiàn)的合并本申請(qǐng)中引用的全部出版物和專利文獻(xiàn)如各個(gè)體出版物或?qū)＠墨I(xiàn)的內(nèi)容并入本文相同的程度通過(guò)弓I用以它們的整體并入本文。權(quán)利要求1.鑒定母源樣品中的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)的方法，包括下列步驟定量存在于母源樣品中的胚胎或母源基因組區(qū)；測(cè)定相比參照量的胚胎或母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度，由此測(cè)定是否胚胎或母源基因組區(qū)在母源樣品中區(qū)別表達(dá)；其中胚胎或母源基因組區(qū)不對(duì)應(yīng)于非整倍性區(qū)。2.權(quán)利要求1的方法，其中參照量指示母源樣品中胚胎或母源核酸的平均表達(dá)。3.權(quán)利要求2的方法，其中測(cè)定相對(duì)豐度的步驟包括比較定量的量與參照量，而且其中如果定量的量以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信不同于參照量，胚胎或母源基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中區(qū)別表達(dá)。4.權(quán)利要求1的方法，其中參照量指示母源樣品中胚胎或母源核酸的過(guò)表達(dá)。5.權(quán)利要求4的方法，其中測(cè)定相對(duì)豐度的步驟包括比較定量的量與參照量，而且其中如果定量的量以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信基本上相同于或大于參照量，胚胎或母源基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中過(guò)表達(dá)。6.權(quán)利要求1的方法，其中參照量指示母源樣品中胚胎或母源核酸的亞表達(dá)。7.權(quán)利要求6的方法，其中測(cè)定相對(duì)豐度的步驟包括比較定量的量與參照量，而且其中如果定量的量以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信基本上相同于或小于參照量，胚胎或母源基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中亞表達(dá)。8.權(quán)利要求1的方法，其中方法定量胚胎基因組區(qū)。9.權(quán)利要求8的方法，其中參照量指示母源樣品中胚胎核酸的平均表達(dá)。10.權(quán)利要求9的方法，其中胚胎核酸的平均表達(dá)是約5%。11.權(quán)利要求8的方法，其中如果定量的量在參照量以上，胚胎基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中過(guò)表達(dá)。12.權(quán)利要求1的方法，其中方法定量母源基因組區(qū)。13.權(quán)利要求12的方法，其中參照量指示母源樣品中母源核酸的平均表達(dá)。14.權(quán)利要求13的方法，其中母源核酸的平均表達(dá)是約95%。15.權(quán)利要求12的方法，其中如果定量的量在參照量以下，母源基因組區(qū)被鑒定為在母源樣品中亞表達(dá)。16.權(quán)利要求1的方法，其中定量步驟包括定量胚胎基因組區(qū)和對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)。17.權(quán)利要求16的方法，其中測(cè)定步驟包括通過(guò)比較胚胎基因組區(qū)的定量的量與對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的定量的量來(lái)測(cè)定胚胎基因組區(qū)的相對(duì)豐度。18.權(quán)利要求1的方法，其中胚胎基因組區(qū)自對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)特殊地可檢測(cè)。19.權(quán)利要求1的方法，其中胚胎基因組區(qū)包含父源地貢獻(xiàn)的序列。20.權(quán)利要求18的方法，其中胚胎基因組區(qū)包含不同于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的序列。21.權(quán)利要求20的方法，其中胚胎基因組區(qū)包含至少一個(gè)不同于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)多態(tài)核苷酸。22.權(quán)利要求18的方法，其中胚胎基因組區(qū)包含不同于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的甲基化模式。23.權(quán)利要求18的方法，其中胚胎基因組區(qū)相比對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)包含拷貝數(shù)變異(CNV)024.權(quán)利要求1的方法，其中方法同時(shí)定量多個(gè)胚胎或母源基因組區(qū)。25.權(quán)利要求1的方法，其中方法還包括首先自母源樣品制備總DNA的步驟。26.權(quán)利要求1的方法，其中方法還包括首先自母源樣品制備無(wú)細(xì)胞DNA的步驟。27.權(quán)利要求1的方法，其中方法還包括首先產(chǎn)生包含待定量的胚胎或母源基因組區(qū)的核酸片段的步驟。28.權(quán)利要求1的方法，其中母源樣品選自細(xì)胞，組織，全血，血漿，血清，尿，糞便，唾液，臍帶血，絨毛膜絨毛樣品，絨毛膜絨毛樣品培養(yǎng)物，羊水，羊水培養(yǎng)物，經(jīng)子宮頸灌洗液，及其組合。29.權(quán)利要求28的方法，其中母源樣品是母源血。30.權(quán)利要求1的方法，其中母源樣品從一個(gè)個(gè)體得到。31.權(quán)利要求1的方法，其中母源樣品從多個(gè)個(gè)體得到。32.權(quán)利要求1的方法，其中定量步驟包括DNA測(cè)序步驟。33.權(quán)利要求32的方法，其中DNA測(cè)序步驟包括高-通量單分子測(cè)序步驟。34.權(quán)利要求32的方法，其中DNA測(cè)序步驟包括無(wú)偏的DNA測(cè)序步驟。35.權(quán)利要求32的方法，其中DNA測(cè)序步驟覆蓋大于100個(gè)基因組當(dāng)量。36.權(quán)利要求32的方法，其中DNA測(cè)序步驟包括用光信號(hào)標(biāo)記胚胎或母源基因組區(qū)的步驟。37.權(quán)利要求36的方法，其中光信號(hào)選自熒光和/或發(fā)光信號(hào)。38.權(quán)利要求37的方法，其中熒光信號(hào)由花青苷-3和/或花青苷-5產(chǎn)生。39.權(quán)利要求32的方法，其中方法還包括在測(cè)序步驟之前將包含胚胎或母源基因組區(qū)的核酸分子捕獲到固體表面的步驟。40.權(quán)利要求32的方法，其中定量步驟包括獲得可歸因于胚胎或母源基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)。41.權(quán)利要求40的方法，其中定量步驟還包括比較可歸因于胚胎基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)與可歸因于對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的個(gè)體序列讀取計(jì)數(shù)。42.權(quán)利要求1的方法，其中定量步驟包括實(shí)施數(shù)字PCR的步驟。43.權(quán)利要求1的方法，其中定量步驟包括實(shí)施橋式PCR的步驟。44.權(quán)利要求1的方法，其中定量步驟包括使用經(jīng)與胚胎或母源基因組區(qū)特異性結(jié)合的納米報(bào)告子標(biāo)記的探針雜交個(gè)體核酸分子的步驟。45.權(quán)利要求1的方法，其中定量步驟包括實(shí)施基于陣列的比較性基因組雜交(aCGH)的步驟。46.權(quán)利要求45的方法，其中aCGH步驟使用與胚胎或母源基因組區(qū)特異性結(jié)合的探針。47.權(quán)利要求46的方法，其中探針用光信號(hào)標(biāo)記。48.權(quán)利要求47的方法，其中光信號(hào)選自熒光和/或發(fā)光信號(hào)。49.權(quán)利要求47的方法，其中aCGH步驟包括測(cè)定可歸因于胚胎或母源基因組區(qū)的信號(hào)水平。50.權(quán)利要求1的方法，其中統(tǒng)計(jì)學(xué)置信通過(guò)N-因素ANOVA，Student氏t檢驗(yàn)或Fisher氏精確測(cè)試測(cè)定。51.權(quán)利要求1的方法，其中多測(cè)試修正在統(tǒng)計(jì)學(xué)置信上實(shí)施。52.權(quán)利要求1的方法，其中方法還包括測(cè)定胚胎基因組區(qū)的過(guò)表達(dá)因數(shù)。53.權(quán)利要求1的方法，其中方法還包括在不同個(gè)體間比較鑒定的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)。54.權(quán)利要求1的方法，其中方法還包括由數(shù)字PCR或再測(cè)序確認(rèn)鑒定的區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)。55.非-侵襲性診斷的方法，其包括表征通過(guò)使用權(quán)利要求1的方法鑒定的過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的步驟。56.鑒定在母源樣品中通常過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的胚胎基因組區(qū)及對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)；測(cè)定相比對(duì)應(yīng)母源基因組區(qū)的胚胎基因組區(qū)的相對(duì)豐度；以及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以上，將胚胎基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中過(guò)表達(dá)，其中胚胎基因組區(qū)不是非整倍性區(qū)。57.鑒定在母源樣品中通常亞表達(dá)的母源基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的母源基因組區(qū)及對(duì)應(yīng)胚胎基因組區(qū)；測(cè)定相比對(duì)應(yīng)胚胎基因組區(qū)的母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度；以及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以下，將母源基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中亞表達(dá)，其中對(duì)應(yīng)胚胎基因組區(qū)不是非整倍性區(qū)。58.鑒定在母源樣品中通常過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的胚胎基因組區(qū)；測(cè)定相比參照的胚胎基因組區(qū)的相對(duì)豐度；以及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以上，將胚胎基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中過(guò)表達(dá)，其中胚胎基因組區(qū)不是非整倍性區(qū)。59.權(quán)利要求58的方法，其中參照指示母源樣品中胚胎核酸的平均表達(dá)。60.鑒定在母源樣品中通常亞表達(dá)的母源基因組區(qū)的方法，包括下列步驟表征母源樣品中的母源基因組區(qū)；測(cè)定相比參照的母源基因組區(qū)的相對(duì)豐度；以及如果以統(tǒng)計(jì)學(xué)置信測(cè)定的相對(duì)豐度在預(yù)定的閾值以下，將母源基因組區(qū)鑒定為在母源樣品中亞表達(dá)，其中母源基因組區(qū)不對(duì)應(yīng)于非整倍性區(qū)。61.權(quán)利要求60的方法，其中參照指示母源樣品中母源核酸的平均表達(dá)。全文摘要本發(fā)明提供鑒定和表征母源循環(huán)中區(qū)別表達(dá)的胚胎或母源基因組區(qū)的新方法。本發(fā)明的母源循環(huán)中過(guò)表達(dá)的胚胎基因組區(qū)的鑒定允許無(wú)需富集或純化而胚胎DNA的精確的分析，其提供更簡(jiǎn)單的，更精確的和有效的早期懷孕中出生前診斷。本發(fā)明對(duì)于早期懷孕期間期間(例如,頭三個(gè)月期間)非侵襲出生前診斷是特別有用的。文檔編號(hào)C12Q1/68GK103069006SQ201180035771公開日2013年4月24日申請(qǐng)日期2011年7月22日優(yōu)先權(quán)日2010年7月23日發(fā)明者T·斯固爾,V·R·?？嗣栏ド暾?qǐng)人:艾索特里克斯遺傳實(shí)驗(yàn)室有限責(zé)任公司