本發(fā)明屬于法醫(yī)學(xué)身份鑒定
技術(shù)領(lǐng)域：
，涉及一種用于身份鑒定的復(fù)合分型系統(tǒng)，具體涉及482個SNP位點及其在身份鑒定中的應(yīng)用。
背景技術(shù)：
：法醫(yī)學(xué)DNA分析是應(yīng)用現(xiàn)代DNA分析技術(shù)，分析DNA遺傳標(biāo)記在群體中的分布與傳遞規(guī)律，確定分析樣品的一致性與親緣關(guān)系，從而對樣品來源樣本進(jìn)行身份鑒定，為偵查破案和司法審判等提供技術(shù)支持。其分析對象主要涉及人體各種體液(斑)、組織、毛發(fā)以及表皮脫落細(xì)胞等。目前法醫(yī)學(xué)DNA分析中用于身份鑒定的技術(shù)主要是針對短串聯(lián)重復(fù)序列(Shorttandemrepeats，STR)以及單核苷酸多態(tài)性(Singlenucleotidepolymorphisms，SNP)分型。STR廣泛存在于人類基因組中，具有高度多態(tài)性。對于一個特定的個體，染色體上某個特定位置的重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)是固定的，而對于不同的個體在同一位置處的重復(fù)次數(shù)可能不同，這就構(gòu)成了人群中這些重復(fù)序列的多態(tài)性。由于人類基因組中這種重復(fù)序列非常多，通過對這種多態(tài)性的檢測，就可以明確區(qū)分個體與個體的不同。SNP被稱為“第三代DNA遺傳標(biāo)記”，與被稱為“第二代遺傳標(biāo)記”的STR相比具有截然不同的特點：分布密集、數(shù)量龐大(在人類基因組中被認(rèn)為有300萬個以上的SNP遺傳標(biāo)記，這可能達(dá)到了人類基因組多態(tài)位點數(shù)目的極限)、頻率高、屬二態(tài)性標(biāo)記、存在相對穩(wěn)定，因此被認(rèn)為是應(yīng)用前景最好的遺傳標(biāo)記物。目前，基于SNP和STR發(fā)展出了多種用于身份鑒定或親緣關(guān)系鑒定的分型體系或試劑盒。例如，中國專利申請201310125171公開了20個X-SNP位點多色熒光復(fù)合檢測的分型方法，所述20個X-SNP位點在NCBI中SNP數(shù)據(jù)庫的rs號分別為rs5916197，rs757018，rs2071182，rs5951622，rs4898214，rs5963947，rs5906341，rs4826645，rs3860291，rs5912774，rs1988916，rs5941046，rs4463614，rs5916844，rs6568051，rs2522169，rs5930646，rs5929739，rs5908051，rs6627351。中國專利申請201010265870公開了一種用于個體識別的44個SNPs位點多色熒光復(fù)合檢測試劑盒和檢測方法，44個SNP基因位點在NCBI中SNP數(shù)據(jù)庫的rs號分別為rs1109037，rs3780962，rs987640，rs9951171，rs430046，rs338882，rs2342747，rs10092491，rs1821380，rs321198，rs7041158，rs13218440，rs560681，rs445251，rs8078417，rs10488710，rs7520386，rs214955，rs4530059，rs13182883，rs722290，rs6811238，rs279844，rs9905977，rs6955448，rs4288409，rs315791，rs740598，rs2272998，rs7205345，rs10773760，rs221956，rs576261，rs1498553，rs2399332，rs1058083，rs993934，rs1336071，rs1294331，rs1523537，rs2269355，rs12997453，rs1736442和rs10776839。再例如，J.M.Butler和B.Budowle等人公開了使用了傳統(tǒng)的19個STR基因座進(jìn)行分型和身份鑒定(J.M.Butler,R.Schoske,P.M.Vallone,J.W.Redman,M.C.Kline,Allelefrequenciesfor15autosomalSTRlocionU.S.CaucasianAfricanAmerican,andHispanicpopulations,J.ForensicSci.48(2003)908–911；J.Ge,B.Budowle,R.Chakraborty,ChoosingrelativesforDNAidentificationofmissingpersons,J.ForensicSci.56(2011)；B.Budowle,F.R.Bieber,A.J.Eisenberg,Forensicaspectsofmassdisasters:strategicconsiderationsforDNA-basedhumanidentification,LegalMed.7(2005)230–243)，這19個STR基因座為CSF1PO、D12S391、D13S317、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11、D2S1338、D3S1358、D5S818、D6S1043、D7S820、D8S1179、FGA、PentaD、PentaE、THO1、TPOX以及vWA。雖然目前已開發(fā)了眾多用于身份鑒定和個體識別的遺傳標(biāo)記分型體系，然而對于血統(tǒng)較遠(yuǎn)的一些親緣關(guān)系，現(xiàn)有的遺傳標(biāo)記復(fù)合分型體系無法做出令人滿意的家系身份鑒定結(jié)論。例如，在實際應(yīng)用，現(xiàn)有分型體系對一些諸如祖孫、叔侄或半同胞等親緣關(guān)系的分型鑒定效果并不理想，而此類親緣關(guān)系的鑒定也是實際應(yīng)用中經(jīng)常面臨的問題。因此，對于此類親緣關(guān)系的鑒定體系或技術(shù)有著相當(dāng)程度的實際需要。綜上所述，開發(fā)一套分型效能和應(yīng)用范圍更加強大的復(fù)合分型系統(tǒng)是法醫(yī)學(xué)身份鑒定、個體識別和親緣關(guān)系判定領(lǐng)域中亟待解決的重要問題。技術(shù)實現(xiàn)要素：本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是提供一套用于身份鑒定的，尤其適用于諸如祖孫、叔侄或半同胞等親緣關(guān)系鑒定的，具備更加強大的分型效能和應(yīng)用范圍的復(fù)合分型系統(tǒng)。一個方面，本發(fā)明提供了一組遺傳標(biāo)記組合，所述的遺傳標(biāo)記組合包括以下482個SNP位點中的至少214個；作為優(yōu)選，所述的遺傳標(biāo)記組合包括以下482個SNP位點中的至少366個；作為進(jìn)一步優(yōu)選，所述的遺傳標(biāo)記組合包括以下482個SNP位點中的至少405個。所述的482個SNP位點在美國國立生物技術(shù)信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI)的SNP數(shù)據(jù)庫中的rs號分別為：rs1490413、rs4654468、rs7520386、rs17351137、rs10927438、rs7517833、rs798066、rs1524180、rs1281611、rs10874326、rs10801788、rs7546709、rs770927、rs187823、rs6684718、rs2036173、rs10748478、rs4847034、rs560681、rs10494685、rs7542498、rs922715、rs10495407、rs891700、rs1413212、rs876724、rs1109037、rs2372009、rs954789、rs863022、rs10203786、rs12617928、rs13395411、rs6547037、rs12622186、rs4849589、rs11888583、rs1881881、rs6541835、rs294643、rs993934、rs1251098、rs6711922、rs13383710、rs1540482、rs10189619、rs12464448、rs2368108、rs12997453、rs1598075、rs13408249、rs850889、rs1440059、rs2392819、rs1443664、rs4074882、rs907100、rs1357617、rs2030874、rs4283565、rs4684919、rs1121305、rs4857969、rs4493387、rs4364205、rs9843337、rs9814482、rs9873254、rs9866013、rs17792804、rs6549661、rs9878912、rs6810199、rs6437890、rs11921425、rs1436345、rs12639347、rs12488989、rs2399332、rs1872575、rs6785912、rs1600137、rs150205、rs10936362、rs1384823、rs1017953、rs1355366、rs779306、rs6444724、rs2046361、rs6846909、rs1356468、rs1452556、rs2324149、rs11940554、rs6826047、rs11096766、rs1822676、rs279844、rs2570070、rs13151209、rs13134862、rs6823094、rs2648037、rs10019345、rs11098234、rs1483597、rs167503、rs619042、rs1948210、rs4473636、rs6813291、rs1554472、rs10024103、rs6838690、rs35034620、rs6811238、rs921691、rs36029731、rs10520447、rs9684753、rs6552515、rs1979255、rs7718226、rs11133954、rs717302、rs7714769、rs417513、rs2928231、rs2257128、rs159606、rs182842、rs10035361、rs10052385、rs641437、rs10072283、rs767715、rs2406113、rs171227、rs12374491、rs412683、rs12153737、rs10478183、rs7717565、rs2408032、rs13182883、rs7704770、rs4543310、rs828720、rs315791、rs154367、rs251934、rs338882、rs1029047、rs1409096、rs13218440、rs9358112、rs7382170、rs2025679、rs10947859、rs4711791、rs663933、rs9349534、rs2811231、rs9345749、rs7772342、rs818269、rs12206819、rs16883568、rs6902855、rs9451593、rs1030428、rs1336071、rs9363138、rs9494677、rs200810、rs12198721、rs7769811、rs12662867、rs4946582、rs1884255、rs1478829、rs1358856、rs2503107、rs1360947、rs1452989、rs2272998、rs214955、rs6911233、rs4585574、rs1584535、rs2820408、rs9347854、rs727811、rs6955448、rs917118、rs1406627、rs10228127、rs1019029、rs991471、rs6965666、rs7797272、rs7805962、rs9969372、rs9642306、rs10263034、rs452247、rs6973042、rs1230531、rs10265025、rs10487320、rs1548395、rs321198、rs737681、rs1861751、rs10092491、rs4237030、rs1377247、rs2368508、rs7831841、rs1515685、rs1589196、rs7015305、rs7819544、rs7015145、rs4487715、rs10095524、rs1383474、rs4288409、rs41376144、rs6577791、rs6577808、rs2056277、rs7820230、rs11781232、rs10092983、rs4606077、rs3858029、rs1015250、rs7042478、rs7049164、rs10756505、rs1410035、rs2270529、rs10738497、rs1970064、rs7871735、rs1318664、rs2383542、rs7041158、rs10813060、rs4879342、rs400426、rs7855727、rs11137900、rs1887719、rs4486277、rs10867685、rs6559615、rs10746789、rs1160209、rs2786797、rs1327804、rs10818193、rs2781116、rs1335220、rs1463729、rs1360288、rs10776839、rs962759、rs826472、rs7909413、rs735155、rs7067974、rs7899028、rs3780962、rs7921673、rs2066058、rs2394137、rs10887346、rs1933957、rs1410059、rs481179、rs1326357、rs10748937、rs10884478、rs1336414、rs740598、rs1541179、rs748309、rs720416、rs964681、rs10765075、rs7898450、rs10768550、rs10500617、rs1498553、rs901398、rs11023546、rs1386734、rs11027682、rs2861329、rs7934283、rs2461678、rs794533、rs7929050、rs6591147、rs10488710、rs1557451、rs4938230、rs590162、rs4054951、rs2032414、rs12576089、rs2076848、rs2107612、rs2942582、rs7957282、rs1038666、rs1909149、rs7980737、rs7299072、rs2171841、rs11836065、rs2111980、rs12812747、rs10773760、rs1335873、rs1886510、rs9506765、rs528756、rs1538001、rs9315314、rs7333999、rs2677595、rs9316628、rs6561816、rs2780326、rs1340301、rs359371、rs7321823、rs9564415、rs9541364、rs4883864、rs9542407、rs337964、rs6562645、rs495593、rs1146888、rs7323290、rs2783082、rs4885690、rs1215468、rs2794251、rs1932807、rs7990715、rs9546538、rs9546953、rs2341300、rs12856670、rs9301207、rs7992038、rs1058083、rs7981712、rs1330527、rs1865350、rs701565、rs6491913、rs354439、rs9514807、rs1228539、rs1454361、rs1955877、rs1951055、rs2781333、rs7159343、rs722290、rs2358481、rs4899801、rs2998319、rs10150656、rs9323780、rs879803、rs873196、rs4530059、rs2016276、rs1821380、rs8037429、rs1528460、rs9944198、rs4887279、rs7181498、rs16975446、rs2159620、rs729172、rs2342747、rs7205345、rs4787112、rs12597901、rs16862、rs8056924、rs430046、rs1382387、rs9905977、rs740910、rs4796362、rs1860555、rs2175957、rs8070085、rs1004357、rs1027895、rs1897859、rs4080890、rs11077529、rs8081246、rs4793377、rs8078417、rs2291395、rs4789798、rs689512、rs3744163、rs2292972、rs1493232、rs3906004、rs16943205、rs1624032、rs9951171、rs7229946、rs273696、rs10502503、rs7232841、rs12967345、rs2949539、rs12457638、rs1943539、rs985492、rs7240706、rs1567612、rs1196588、rs9959097、rs7244456、rs4506998、rs17696192、rs521861、rs7243527、rs1626480、rs1736442、rs154889、rs8092618、rs1906774、rs17176581、rs1244834、rs1024116、rs719366、rs576261、rs1031825、rs445251、rs12480506、rs2567608、rs1005533、rs1523537、rs722098、rs2824224、rs2825957、rs2826366、rs2829225、rs2829292、rs464663、rs2830795、rs2831700、rs2833736、rs914165、rs221956、rs9606186、rs5746846、rs2073383、rs733164、rs987640、rs5749850、rs2040411、rs1028528、rs5769866。所述的482個SNP位點的遺傳信息如表1所示：表1應(yīng)當(dāng)指出的是，以上SNP位點是根據(jù)NCBI的SNP數(shù)據(jù)庫的命名方式來表示的，該方式是以rs或者ac加數(shù)位阿拉伯?dāng)?shù)字來表示一個確定的SNP位點。本領(lǐng)域技術(shù)人員知道，一個SNP位點還可以有其它表示方式，如以HGVS命名法標(biāo)注某位點在參考gDNA上的位置來表示。采用其他命名方式來標(biāo)注指代與本發(fā)明一樣的SNP位點或SNP位點組合也屬于本發(fā)明的范圍。上述482個SNP位點的獲得方式是：通過對NCBIdbGaP數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap)的分析，收集了其中11,989份全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wideAssociationStudy，GWAS)研究的SNP位點分型結(jié)果，對其經(jīng)過Hardy-Weinberg平衡檢驗的篩選后，獲得1,842,870個SNP位點作為候選SNP位點。分別利用千人基因組計劃(the1000GenomesProject)中的853個來自不同群體的無關(guān)個體樣本和英國萬人計劃(theUK10Kproject)中的4,000個個體樣本的上述1,842,870個SNP位點的多態(tài)性數(shù)據(jù)，以等位基因頻率(MinorAlleleFrequency，MAF)大于等于20％和固定指數(shù)(FixationIndex，F(xiàn)RT)小于等于0.03作為篩選標(biāo)準(zhǔn)，對上述1,842,870個SNP位點進(jìn)行篩選，獲得12,942個SNP位點；以連鎖不平衡(LD)的r2大于等于0.01為篩選標(biāo)準(zhǔn)，最終獲得本發(fā)明所述的482個SNP位點。遺傳分型也稱基因型分型，是利用生物學(xué)檢測方法測定個體基因型(Genotype)的技術(shù)。遺傳分型在群體遺傳學(xué)和法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有廣泛的應(yīng)用，是進(jìn)行如身份鑒定、親子鑒定、個體識別、尸源鑒定、犯罪認(rèn)定、失蹤人口認(rèn)定和案件排查等工作的有力工具。隨著PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù)的發(fā)展，進(jìn)行遺傳分型的方法也發(fā)展和完善，目前遺傳分型的方法主要有：直接測序法、高通量測序法、片段長度多態(tài)性法、熒光標(biāo)記的片段長度多態(tài)性法、飛行質(zhì)譜檢測法、TaqMan熒光探針法、多重SNaPShot檢測方法、連接酶檢測反應(yīng)法、改進(jìn)的連接酶檢測法、基因芯片法、SNPscan分型法、高分辨率熔解曲線法和基于qPCR方法的SNP分型法。遺傳分型的檢材可以從任何生物學(xué)材料得來，例如血液、精斑、唾液、牙齒、骨骼、指甲、毛發(fā)、皮膚、口腔拭子、脫落細(xì)胞以及心臟、肝臟、脾臟、肺、胃、腎臟、胰腺、腦、腸和膽等器官。本發(fā)明還提供了上述一組遺傳標(biāo)記組合在身份鑒定中的應(yīng)用。所述的應(yīng)用指：利用遺傳分型確定所述的遺傳標(biāo)記組合中的SNP位點的基因型，從而對個體進(jìn)行身份鑒定。上述應(yīng)用中，所述的個體可以為亞洲人、美洲人或歐洲人，但不限于上述人群。上述應(yīng)用中，所述的遺傳分型的方法包括但不限于：直接測序法、高通量測序法、片段長度多態(tài)性法、熒光標(biāo)記的片段長度多態(tài)性法、飛行質(zhì)譜檢測法、TaqMan熒光探針法、多重SNaPShot檢測方法、連接酶檢測反應(yīng)法、改進(jìn)的連接酶檢測法、基因芯片法、SNPscan分型法、高分辨率熔解曲線法和基于qPCR方法的SNP分型法；優(yōu)選為高通量測序法和基因芯片法。在本發(fā)明一個較佳的實施例中，利用高通量測序法對含有本發(fā)明所述的482個SNP位點的遺傳標(biāo)記組合進(jìn)行遺傳分型，可同時獲得上述482個SNP位點的基因型信息。另一個方面，本發(fā)明提供了一種分型試劑盒，所述的分型試劑盒包含用于對本發(fā)明所述的一組遺傳標(biāo)記組合中的SNP位點進(jìn)行遺傳分型的試劑。所述的分型試劑盒用于對個體的進(jìn)行身份鑒定。所述的分型試劑盒中還可以包含用于擴增一組遺傳標(biāo)記組合中的SNP位點的PCR引物。本發(fā)明還提供了所述的分型試劑盒在個體識別、親緣關(guān)系判定、案件排查、尸源認(rèn)定、親子鑒定、罪犯認(rèn)定和失蹤人口認(rèn)定中的應(yīng)用。本發(fā)明還提供了一套用于身份鑒定的復(fù)合分型系統(tǒng)，所述的復(fù)合分型系統(tǒng)包含本發(fā)明所述的分型試劑盒和利用高通量測序法檢測SNP位點基因型所需的儀器、軟件、和/或模塊。再一個方面，本發(fā)明還提供了一種個體基因型身份證，所述的個體基因型身份證包含芯片，所述的芯片上儲存有該個體的遺傳標(biāo)記位點的基因型信息，所述的遺傳標(biāo)記位點指本發(fā)明所述的遺傳標(biāo)記組合中的SNP位點。所述的個體基因型身份證的結(jié)構(gòu)樣式可以為卡片式、硬盤式或光盤式，但不限于上述3種結(jié)構(gòu)樣式。本發(fā)明還提供了所述的個體基因型身份證在身份鑒定中的應(yīng)用。與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明的有益效果為：(1)、本發(fā)明提供的一組遺傳標(biāo)記組合和復(fù)合分型系統(tǒng)中，由于其包含的SNP位點數(shù)量多，因此具有現(xiàn)有遺傳標(biāo)記組合所不能比擬的分型效能；覆蓋包含全球各大主要人群，對不同人群的適用范圍較現(xiàn)有技術(shù)更加廣泛；通過對超過4000個無關(guān)個體的基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行分析獲得的482個SNP位點，對個體身份鑒定的結(jié)果較現(xiàn)有技術(shù)更加可靠。(2)、本發(fā)明提供的一組遺傳標(biāo)記組合和一種分型試劑盒對于血統(tǒng)較遠(yuǎn)的一些親緣關(guān)系進(jìn)行家系身份鑒定的效果明顯優(yōu)于現(xiàn)有技術(shù)，對于一些諸如親緣關(guān)系類中的祖孫、叔侄、半同胞關(guān)系進(jìn)行身份鑒定的區(qū)分度和準(zhǔn)確性明顯優(yōu)于現(xiàn)有技術(shù)。(3)、本發(fā)明提供的一種分型試劑盒和復(fù)合分型系統(tǒng)能夠?qū)崿F(xiàn)對上述482個SNP位點的同時擴增，通過一管反應(yīng)即可獲得包含482個SNP位點的擴增產(chǎn)物，方便高效。(4)、本發(fā)明利用高通量測序技術(shù)實現(xiàn)對上述482個SNP位點的分型，能夠同時獲得482個SNP位點的基因型，能夠?qū)崿F(xiàn)一管反應(yīng)即可獲得單一個體的測序文庫，使得對個體的身份鑒定更加簡潔高效可靠。(5)、本發(fā)明提供的一種個體基因型身份證中儲存有個體的基因型信息，即本發(fā)明所述的482個SNP位點的基因型信息，能夠有效方便的作為個體身份認(rèn)證的工具。(6)、本發(fā)明提供的一組遺傳標(biāo)記組合和復(fù)合分型系統(tǒng)在用于身份鑒定時，真實樣本與無關(guān)對照樣本的區(qū)分度優(yōu)異，明顯優(yōu)于現(xiàn)有技術(shù)中常用的STR基因座組合或SNP位點組合。由此可知，基于本發(fā)明提供的一組遺傳標(biāo)記組合的一種分型試劑盒和一套復(fù)合分型系統(tǒng)在用于身份鑒定時，同樣也具有比現(xiàn)有技術(shù)更高的區(qū)分度；因而，在用于親子鑒定、個體識別、尸源鑒定、犯罪認(rèn)定、失蹤人口認(rèn)定和案件排查等方面具有比現(xiàn)有技術(shù)更高的準(zhǔn)確性。附圖說明圖1為實驗例1中的組合2得出的似然率LR比較結(jié)果。圖2為實驗例1中的組合2得出的似然率LR比較結(jié)果。具體實施方式以下實施例的說明只是用于幫助理解本發(fā)明的方法及其核心思想。應(yīng)當(dāng)指出，對于本
技術(shù)領(lǐng)域：
的普通技術(shù)人員來說，在不脫離本發(fā)明原理的前提下，還可以對本發(fā)明進(jìn)行若干改進(jìn)和修飾，這些改進(jìn)和修飾也落入本發(fā)明權(quán)利要求的保護(hù)范圍內(nèi)。對所公開的實施例的下述說明，使本領(lǐng)域?qū)I(yè)技術(shù)人員能夠?qū)崿F(xiàn)或使用本發(fā)明。對這些實施例的多種修改對本領(lǐng)域的專業(yè)技術(shù)人員來說將是顯而易見的，本文中所定義的一般原理可以在不脫離本發(fā)明的精神或范圍的情況下，在其它實施例中實現(xiàn)。因此，本發(fā)明將不會被限制于本文所示的這些實施例中，而是可以應(yīng)用于符合與本文所公開的原理和新穎特點相一致的更寬的范圍。雖然在本發(fā)明的實施或測試中可以使用與本發(fā)明中所述相似或等價的任何方法和材料，本文在此處例舉優(yōu)選的方法和材料。除非另外定義，本文中使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語具有與本發(fā)明所屬
技術(shù)領(lǐng)域：
的普通技術(shù)人員通常理解的相同意義。實施例中未注明具體技術(shù)或條件者，按照本領(lǐng)域內(nèi)的文獻(xiàn)所描述的技術(shù)或條件(例如參考J.薩姆布魯克等著，黃培堂等譯的《分子克隆實驗指南》，第三版，科學(xué)出版社)或者按照產(chǎn)品說明書進(jìn)行。本發(fā)明實施方式中核酸的定量采用NanoDrop2000超微量分光光度計，產(chǎn)品編號ND2000c，購自賽默飛世爾公司(ThermoFisherScientific)；GenEluteTM血液基因組DNA試劑盒貨號為NA2010-1KT，購自SIGMA-ALDRICH公司；實施例1一組遺傳標(biāo)記組合該遺傳標(biāo)記組合包含本發(fā)明所述的482個SNP位點，所述的482個SNP位點的rs號和遺傳信息如表1所示。實施例2一種分型試劑盒該分型試劑盒包含：(1)、測序文庫制備試劑；(2)、高通量測序試劑。實施例1對存在16個親屬關(guān)系的家庭成員進(jìn)行隨機樣本試驗和結(jié)果分析。個體樣本：包括父母小孩、兄弟、姐妹、堂兄弟姐妹、祖孫和叔侄等在內(nèi)的16個親屬關(guān)系的共計47個家庭成員；檢材為血液樣本。實驗過程：對以上47個個體進(jìn)行靜脈采血，獲得47份血液樣本，對其進(jìn)行隨機編號，進(jìn)行雙盲實驗：(1)、DNA提?。菏褂肎enEluteTM血液基因組DNA試劑盒分別從47份血液樣本提取基因組DNA，獲得47份血液基因組DNA樣本，具體提取過程參照試劑盒使用說明；(2)、文庫制備：A、PCR擴增：分別以本實施例步驟(1)獲得的47份血液基因組DNA樣本作為PCR模板，設(shè)計引物，采用IonAmpliSeqTMLibraryKit2.0試劑盒(購自LifeTechnologies公司，貨號為Cat.no4475345)擴增樣本中的482個SNP位點，獲得47個擴增產(chǎn)物；PCR擴增體系：成分加入量5×IonAmpliSeqTMHiFiMix(redcap)4μL血液基因組DNA1ng擴增引物10μLNuclease-freeWater補齊至20μLPCR擴增程序：B、使用IonXpressTMBarcodeAdapters1–96Kit試劑盒(購自ThermoFisher公司，貨號為Cat.no.4474517)分別對本實施例步驟(2)-A獲得的47個擴增產(chǎn)物連接特異性接頭，獲得47個不同的接頭-擴增產(chǎn)物，具體連接過程參照試劑盒使用說明；C、使用XPKit試劑盒(購自BeckmanCoulter公司，貨號為A63880或A63881)對本實施例步驟(2)-B獲得的的47個不同的接頭-擴增產(chǎn)物進(jìn)行純化，使用實時熒光定量核酸擴增檢測方法對純化后的接頭-擴增產(chǎn)物進(jìn)行定量后，混合47個接頭-擴增產(chǎn)物，構(gòu)成測序文庫；(3)、使用IONPGM測序儀對本實施例步驟(2)-C獲得的測序文庫進(jìn)行測序，具體操作流程參見IONPGM測序儀操作說明；(4)、結(jié)果分析：根據(jù)47份血液基因組DNA樣本的分型結(jié)果，隨機進(jìn)行樣本聚類得到的個體家系關(guān)系結(jié)果，符合之前采樣的預(yù)期。目前現(xiàn)有分型試劑盒或用于分型的遺傳標(biāo)記組合對本實施例中關(guān)于祖孫和叔侄關(guān)系的個體樣本獲得的個體家系關(guān)系結(jié)果，不符合采樣預(yù)期。例如使用傳統(tǒng)的19個STR基因座作為一組遺傳標(biāo)記組合對本實施例相關(guān)樣本進(jìn)行樣本聚類得到的個體家系關(guān)系結(jié)果中，祖孫和叔侄關(guān)系的樣本結(jié)果不符合之前采樣的預(yù)期。說明本發(fā)明在用于對于一些諸如親緣關(guān)系中的祖孫、叔侄、半同胞關(guān)系等進(jìn)行身份鑒定的效果優(yōu)于現(xiàn)有技術(shù)。實驗例1區(qū)分度對比分別利用傳統(tǒng)的19個STR基因座作為遺傳標(biāo)記組合(以下簡稱組合1)和利用本發(fā)明提供的482個SNP位點作為遺傳標(biāo)記組合(以下簡稱組合2)對個體進(jìn)行身份鑒定，并對鑒定結(jié)果進(jìn)行比較。采用高通量測序技術(shù)分別對組合1和組合2進(jìn)行遺傳分型，并利用Elston-Stewart算法模型計算真實親緣關(guān)系的似然率LR，將其與無關(guān)群體的似然率LR分布進(jìn)行比較。若真實親緣關(guān)系的LR值能夠顯著大于無關(guān)群體的似然率LR分布，則能夠進(jìn)行相關(guān)的認(rèn)定。組合1得出的似然率LR比較結(jié)果如圖1所示，圖中橫軸為似然率LR標(biāo)度，兩條平行豎線代表真實親緣關(guān)系的似然率LR，灰色區(qū)域為無關(guān)群體的分布。其結(jié)果無法分開，說明19個STR在該親緣關(guān)系下的鑒定效力不足。組合2得出的似然率LR比較結(jié)果如圖2所示，可以看出，其結(jié)果的真實親緣關(guān)系似然率LR顯著(p值<0.01)大于無關(guān)群體分布，從而能夠做出相關(guān)認(rèn)定。由本實驗例可以明顯看出本發(fā)明提供的482個SNP位點組成的遺傳標(biāo)記組合對于身份鑒定的效果明顯優(yōu)于現(xiàn)有技術(shù)。以上實施例的說明只是用于幫助理解本發(fā)明的方法及其核心思想。應(yīng)當(dāng)指出，對于本
技術(shù)領(lǐng)域：
的普通技術(shù)人員來說，在不脫離本發(fā)明原理的前提下，還可以對本發(fā)明進(jìn)行若干改進(jìn)和修飾，這些改進(jìn)和修飾也落入本發(fā)明權(quán)利要求的保護(hù)范圍內(nèi)。對所公開的實施例的上述說明，使本領(lǐng)域?qū)I(yè)技術(shù)人員能夠?qū)崿F(xiàn)或使用本發(fā)明。對這些實施例的多種修改對本領(lǐng)域的專業(yè)技術(shù)人員來說將是顯而易見的，本文中所定義的一般原理可以在不脫離本發(fā)明的精神或范圍的情況下，在其它實施例中實現(xiàn)。因此，本發(fā)明將不會被限制于本文所示的這些實施例中，而是可以應(yīng)用于符合與本文所公開的原理和新穎特點相一致的更寬的范圍。當(dāng)前第1頁1 2 3