專利名稱：在人中具有降低的免疫原性的抗體的制作方法
技術領域：
本發(fā)明的領域是醫(yī)學、免疫學、分子生物學和蛋白質化學。背景
將嚙齒動物抗體(例如，小鼠、大鼠或兔)施用于人通常導致人中抗嚙齒動物免疫球蛋白抗體的產生?？箛X動物抗體可以中和治療性抗體的任何可能的治療作用。對于施用于人的其它類型的非人抗體(例如，猿類抗體)，發(fā)生同樣的過程。為了克服這個問題，可以將非人抗體再工程化(re-engineered)為，例如，嵌合人抗體或⑶R-嫁接(grafted)的人抗體。在人嵌合抗體中，可變區(qū)是非人來源的(例如，小鼠來源)，恒定區(qū)是人來源的。通常被稱為人源化抗體的CDR-嫁接的抗體的產生是更復雜的過程，其中，用非人供體抗體的⑶R替換完全人受體抗體的⑶R。然而，對于這些再工程化抗體變體中的每一種，仍然報道了人抗人抗體(HAHA)反應。例如，Welt 等.[(2003) Clin Cancer Res9:1338-1346]描述了人源化的抗-A33抗體，當施用于人結腸癌患者時，在73%的患者中引起了 HAHA反應。在另一個例子中，已經 顯示，嵌合的抗-TNF抗體Remicade (Johnson & Johnson)在單一治療的最高達53%的類風濕關節(jié)炎患者中和當與甲氨喋呤聯合治療的高達15%的患者中引起了 HAHA 反應。(見,例如,Aarden 等.(2008) Curr Opin Iwmuno 12。: 431-435。)發(fā)現高達26%的強直性脊柱炎患者在重復施用藥物后產生針對Remicade 的抗體。Anderson [ (2005) Semin Arthritis Rheum A: 19-221 報道,在接受完全人源化抗體阿汰木單抗(adalimumab , HUMIRA )的患者中，人抗阿達木單抗抗體的發(fā)生率約為6%。如同Remicade ,當阿達木單抗與甲氨喋呤聯合施用時，觀察到了針對阿達木單抗的較低發(fā)生率的HAHA反應(見Aarden等(2008),同上)。然而,Aarden等發(fā)現,近20%的針對阿達木單抗的HAHA反應是中和的。因此，對于人源化治療性抗體以降低人類患者中的免疫原性、尤其對于要長期施用的治療性抗體的改進的方法顯然仍然有需要。概沭
本公開至少部分基于發(fā)明人的發(fā)現，即人源化抗-C5抗體依庫麗單抗(eculizumab)在人中表現出非常低水平的免疫原性。正如隨附的工作實施例中所詳述的，在數年期間，超過130個治療劑量的依庫麗單抗施用于患有陣發(fā)性睡眠性血紅蛋白尿(PNH)的個體患者。患者沒有同時施用免疫抑制劑如甲氨喋呤。從患者獲得血液樣品，并分析以確定樣品是否包含結合于依庫麗單抗的抗體。這種抗體的存在表明針對依庫麗單抗的人抗-人抗體反應。結果發(fā)現，僅有1.2%的患者(2/161)具有低、但可檢測水平的結合于依庫麗單抗的抗體。然而，進一步的分析驗證了兩份血液樣品都不包含能夠中和依庫麗單抗的治療作用的抗體。因此，發(fā)明人推測，可以將依庫麗單抗用作產生額外的治療性抗體的支架，該額外的治療性抗體在人中也表現出低水平的免疫原性。因此，本公開的特征在于工程化的抗體，其包含嫁接于免疫原性降低的受體抗體支架上的供體抗體的CDR，與供體抗體在人中的免疫原性相比，其在人中的免疫原性更低。工程化的抗體可以源自已知、預測或預期在人中，尤其當它們長期施用時，引起中和性抗-抗體反應的供體抗體。如此處所述，供體抗體可以是，例如，非人抗體(例如，嚙齒動物抗體或非人類靈長類抗體)或者被發(fā)現產生人抗-人抗體(HAHA)反應(例如，在人中中和供體抗體的治療作用的HAHA反應)的人源化的或完全的人抗體。供體抗體和/或獲得的工程化抗體可以是用于治療或診斷人受試者中任何各種疾病的抗體，所述疾病包括但不限于，癌癥、感染、代謝紊亂、炎癥狀況、自身免疫性疾病、神經病癥、血液病癥和心血管病癥。正如工作實施例中所討論的，依庫麗單抗是人源化的抗體，其具有一組源自1.23 Ig輕鏈分子的輕鏈框架區(qū)域和一組源自H20C3 Ig重鏈分子的重鏈框架區(qū)域。Weng等.(1992) J IimunolUQ ( 、:2518-2529提供了 H20C3重鏈多肽的氨基酸序列，該序列也可根據NCBI登錄號AAA529 85獲得。編碼H20C3的核酸序列與對應的人種系重鏈免疫球蛋白基因約 98%相似。Klein 等.(1993) Eur J Immunol 23(12):3248-3262 部分描述了1.23輕鏈多肽的氨基酸序列，其完整序列也可根據NCBI登錄號CAA51145.1而公開獲得。1.23編碼序列源自人種系V K和Jk基因，但是在第38位包含來自種系序列的單一氨基酸改變。因此，來自依庫麗單抗的框架區(qū)(依庫麗單抗的輕鏈或重鏈可變區(qū))，1.23和/或H20C3可用于產生在人中表現出低水平免疫原性的工程化抗體。工作實施例描述了額外的功能性的人源化抗體的構建，該抗體包括來自依庫麗單抗的輕鏈框架區(qū)1-3和重鏈框架區(qū)
1-3。在一些實施方案中，一個或多個但不是所有的依庫麗單抗的⑶R，1.23和/或!120〇3也可用于產生工程化抗體。

在一個方面，本公開的特征在于多肽(例如，輕鏈多肽)，其包含下列順序的氨基酸序列區(qū)段:LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4。從具有 SEQ ID NO:2 或 SEQ IDN0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得一個或多個輕鏈框架區(qū)LFR1、LFR2和LFR3，從供體抗體獲得一個或多個輕鏈互補決定區(qū)IXDRl、IXDR2和IXDR3，條件是該多肽不包含SEQID N0:2或SEQ ID NO:8所述的完整氨基酸序列。在一些實施方案中，可以從具有SEQ IDN0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得LFR4。在一些實施方案中，可以從具有SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得一個⑶R。在一些實施方案中，可以從具有SEQ ID N0:2或SEQ ID NO:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得兩個CDR。在一些實施方案中，至少兩個CDR可以來自同樣的供體抗體。在一些實施方案中，所有的CDR可以來自同樣的供體抗體。在一些實施方案中，根據Kabat定義框架區(qū)和⑶R。在一些實施方案中，根據Chothia定義框架區(qū)和⑶R 。在一些實施方案中，根據組合的Kabat-Chothia定義來定義框架區(qū)和⑶R。在一些實施方案中，LFRl包含或組成為SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFR2包含或組成為SEQ ID NO: 10或SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFR3包含或組成為SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFR4包含或組成為SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含或組成為SEQ ID N0:9所述的氨基酸序列；LFR2包含或組成為SEQ ID NO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含或組成為SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含或組成為SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含或組成為SEQ ID N0:9所述的氨基酸序列；LFR2包含或組成為SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含或組成為SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含或組成為SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含或組成為SEQ ID NO:20或SEQ ID N0:24所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFR2包含或組成為SEQ ID N0:21或SEQ ID N0:25所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFR3包含或組成為SEQ ID N0:22或SEQ ID N0:26所述的氨基酸序列。在一 些實施方案中，LFR4包含或組成為SEQ ID NO:23所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含或組成為SEQ ID NO: 20所述的氨基酸序列；LFR2包含或組成為SEQ ID N0:21所述的氨基酸序列；LFR3包含或組成為SEQ ID N0:22所述的氨基酸序列；以及LFR4包含或組成為SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含或組成為SEQ ID NO: 24所述的氨基酸序列；LFR2包含或組成為SEQ ID NO: 25所述的氨基酸序列；LFR3包含或組成為SEQ ID NO: 26所述的氨基酸序列；以及LFR4包含或組成為SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，多肽(例如，輕鏈多肽)包含全部或部分的免疫球蛋白輕鏈多肽恒定區(qū)，例如多肽可以包含SEQ ID N0:3所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，輕鏈多肽恒定區(qū)包含人氨基酸序列。在一些實施方案中，輕鏈恒定區(qū)是λ輕鏈恒定區(qū)或K輕鏈恒定區(qū)。在另一個方面，本公開的特征在于多肽(例如，重鏈多肽)，其包含或組成為下列順序的氨基酸序列區(qū)段:HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4?？梢詮木哂蠸EQ IDNO:5或SEQ ID N0:7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得重鏈框架區(qū)HFR1、HFR2和HFR3中的一個或多個，從供體抗體獲得重鏈互補決定區(qū)HCDRl、HCDR2和HCDR3中的一個或多個，條件是該多肽不包含SEQ ID N0:5或SEQ ID NO:7所述的完整氨基酸序列。在一些實施方案中，可以從具有SEQ ID N0:5或SEQ ID N0:7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得LFR4。在一些實施方案中，可以從具有SEQ ID N0:5或SEQ ID N0:7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得一個⑶R。在一些實施方案中，可以從具有SEQ ID N0:5或SEQ ID NO:7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得兩個⑶R。在一些實施方案中，至少兩個⑶R可以來自同樣的供體抗體。在一些實施方案中，所有的CDR可以來自同樣的供體抗體。在一些實施方案中，根據Kabat定義框架區(qū)和⑶R。在一些實施方案中，根據Chothia定義框架區(qū)和⑶R。在一些實施方案中，根據組合的Kabat-Chothia定義來定義框架區(qū)和⑶R。在一些實施方案中，HFRl包含或組成為SEQ ID NO: 13、17或19中任一個所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFR2包含或組成為SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFR3包含或組成為SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFR4包含或組成為SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFRl包含或組成為SEQ ID NO: 13所述的氨基酸序列；HFR2包含或組成為SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含或組成為SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含或組成為SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFRl包含或組成為SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含或組成為SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含或組成為SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含或組成為SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施 方案中，HFRl包含或組成為SEQ ID NO: 19所述的氨基酸序列；HFR2包含或組成為SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含或組成為SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含或組成為SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFRl包含或組成為SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFR2包含或組成為SEQ ID N0:27或SEQ ID NO:30所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFR3包含或組成為SEQ ID N0:28或SEQ ID NO:31所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFR4包含或組成為SEQ ID N0:29或SEQ ID NO:32所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFRl包含或組成為SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含或組成為SEQ ID NO: 27所述的氨基酸序列；HFR3包含或組成為SEQ ID NO: 28所述的氨基酸序列；以及HFR4包含或組成為SEQ ID NO: 29所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，HFRl包含或組成為SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含或組成為SEQ ID NO: 30所述的氨基酸序列；HFR3包含或組成為SEQ ID NO: 31所述的氨基酸序列；以及HFR4包含或組成為SEQ ID NO: 32所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，多肽(例如，重鏈多肽)包含全部或部分的免疫球蛋白重鏈多肽恒定區(qū)，例如多肽可以包含SEQ ID N0:6所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，多肽(例如，重鏈多肽)可以包含免疫球蛋白分子的Fe部分。在一些實施方案中，免疫球蛋白重鏈多肽恒定區(qū)是IgG、IgA、IgE、IgD或IgM重鏈多肽恒定區(qū)。在另一個方面，本公開的特征在于工程化抗體，其包含:(i)輕鏈多肽和(ii)重鏈多肽，其中所述輕鏈多肽包含下列順序的氨基酸序列區(qū)段:LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4，其中從具有SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得輕鏈框架區(qū)LFR1、LFR2和LFR3，其中從供體抗體獲得輕鏈互補決定區(qū)IXDR1、IXDR2和IXDR3中的一個或多個，條件是該輕鏈多肽不包含SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的完整氨基酸序列。重鏈多肽包含下列順序的氨基酸序列區(qū)段:HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4，其中可以從具有SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得重鏈框架區(qū)HFR1、HFR2和HFR3，其中從供體抗體獲得重鏈互補決定區(qū)HCDRl、HCDR2和HCDR3中的一個或多個，條件是該重鏈多肽不包含SEQ ID N0:5或SEQ ID N0:7所述的完整氨基酸序列。在一些實施方案中，根據Kabat定義來定義輕鏈框架區(qū)、重鏈框架區(qū)、輕鏈⑶R和重鏈⑶R。在一些實施方案中，根據Chothia定義來定義輕鏈框架區(qū)、重鏈框架區(qū)、輕鏈⑶R和重鏈⑶R。在一些實施方案中，根據組合的Kabat-Chothia定義來定義輕鏈框架區(qū)、重鏈框架區(qū)、輕鏈⑶R和重鏈⑶R。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO: 12所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 13所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO: 12所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 19所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO: 12所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 13所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO: 12所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 19所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO: 16所述的 氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO: 12所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO: 12所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO: 16所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:20所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 21所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 22所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO:23所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 27所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 28所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO:29所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:20所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 21所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 22所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO:23所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 30所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 31所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO:32所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:24所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 25所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 26所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO:23所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 27所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 28所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO:29所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO:24所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ IDNO: 25所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 26所述的氨基酸序列；LFR4包含SEQ IDNO:23所述的氨基酸序列，HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ IDNO: 30所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 31所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQID NO:32所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，工程化抗體包含表5中所述的配對的一組重鏈框架區(qū)和輕鏈框架區(qū)。在一些實施方案中，工程化抗體可以是，例如，抗體片段，例如，選自Fd片段、Fab片段、Fab’片段和F(ab’)2片段的抗體片段。在此處所述的任一工程化抗體的一些實施方案中，重鏈多肽和輕鏈多肽可以彼此共價結合。

在一些實施方案中，工程化抗體結合于補體組分蛋白。補體組分蛋白可以是選自Clq, Clr, Cls, C4、C4a、C4b、C3、C3a、C3b、C2、C2a、C2b、C5、C5a、C5b、C6、C7、C8、C9、備解素、補體因子D、補體因子B、MBL、MASP1、MASP2和MASP3的一種。在一些實施方案中，工程化抗體結合細胞表面受體，例如，G蛋白偶聯受體、趨化因子受體、細胞因子受體或受體酪氨酸激酶。在一些實施方案中，工程化抗體結合于:(i)死亡受體或(ii)死亡受體的配體。在一些實施方案中，工程化抗體結合生長因子、趨化因子或細胞因子。在一些實施方案中，工程化抗體結合免疫球蛋白分子，例如，IgE分子。在又一個方面中，本公開的特征在于核酸，其編碼:(i)任意一種此處所述的多肽(例如，輕鏈多肽或重鏈多肽)，或(ii)任意此處所述的工程化抗體。其特征還在于包含該核酸的載體。載體可以是表達載體。此外，本公開的特征在于，包含所述核酸或載體的細胞。在另一個方面中，本公開的特征在于用于產生多肽或工程化抗體的方法。該方法包括在適合允許上述包含載體的細胞表達由載體中包含的核酸編碼的多肽或工程化抗體的條件下培養(yǎng)所述細胞。該方法還包括從培養(yǎng)的細胞或其中培養(yǎng)細胞的培養(yǎng)基中分離多肽或工程化抗體。其特征還在于通過上述方法產生的分離的多肽或分離的工程化抗體。在另一個方面，本公開的特征在于用于產生工程化的輕鏈抗體可變區(qū)的方法，與供體輕鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該抗體輕鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低。該方法包括:提供信息，該信息包括:(i)包含SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；提供信息，該信息包括至少一種供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；以來自供體抗體輕鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體輕鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的輕鏈抗體可變區(qū)，與供體抗體輕鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的輕鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的輕鏈可變區(qū)不包含含有SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 8所述的完整氨基酸序列的輕鏈多肽。該方法可以包括獲得重鏈抗體可變區(qū)，或編碼重鏈抗體可變區(qū)的核酸，該重鏈抗體可變區(qū)與工程化的輕鏈抗體可變區(qū)互補，從而產生工程化抗體。在上述方法的一些實施方案中，使用定向選擇獲得重鏈抗體可變區(qū)。在上述方法的一些實施方案中，重鏈抗體可變區(qū)是工程化的重鏈抗體可變區(qū)。在上述方法的一些實施方案中，工程化的重鏈抗體可變區(qū)的產生包括:提供信息，該信息包括:(i)包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7所述的氨基酸序列的受體重鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體重鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；提供信息，該信息包括至少一種供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；以來自供體抗體重鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體重鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的重鏈抗體可變區(qū)，與供體抗體重鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的重鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的抗體可變區(qū)不包含含有SEQ ID N0:5或SEQ ID NO:7所述的完整氨基酸序列的重鏈多肽可變區(qū)。在另一個方面，本公開的特征在于用于產生工程化的重鏈抗體可變區(qū)的方法，與供體重鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該抗體重鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低。該方法包括:提供信息，該信息包括:(i)包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7所述的氨基酸序列的受體重鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；提供信息，該信息包括至少一種供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；以來自供體抗體重鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體重鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的重鏈抗體可變區(qū)，與供體抗體重鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的重鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的重鏈可變區(qū)不包含含有SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的完整氨基酸序列的重鏈多肽可變區(qū)。該方法可以包括獲得與工程化的重鏈抗體可變區(qū)互補的輕鏈抗體可變區(qū)，從而產生工程化抗體。`在上述方法的一些實施方案中，使用定向選擇獲得工程化的輕鏈抗體可變區(qū)。在上述方法的一些實施方案中，輕鏈抗體可變區(qū)是工程化的輕鏈抗體可變區(qū)。在上述方法的一些實施方案中，工程化的輕鏈抗體可變區(qū)的產生包括:提供信息，該信息包括:(i)包含SEQ ID N0:2或SEQ ID NO:8所述的氨基酸序列的受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；提供信息，該信息包括至少一種供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列；以來自供體抗體輕鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體輕鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的輕鏈可變區(qū)，與供體抗體輕鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的輕鏈可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的輕鏈可變區(qū)不包含含有SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的完整氨基酸序列的輕鏈多肽。在一些實施方案中，該方法包括產生工程化的抗體輕鏈可變區(qū)和/或工程化的抗體重鏈可變區(qū)(在一些實施方案中，輕鏈和重鏈可變區(qū)可以包含此處所述的恒定區(qū))。在一些實施方案中，在細胞中或使用無細胞系統(tǒng)產生工程化的抗體輕鏈可變區(qū)。在一些實施方案中，該方法包括從細胞或其中培養(yǎng)細胞的培養(yǎng)基中分離工程化的抗體輕鏈可變區(qū)和/或工程化的重鏈可變區(qū)。在一些實施方案中，該方法包括產生工程化抗體?？梢栽诩毎谢蚴褂脽o細胞系統(tǒng)產生工程化的抗體。在一些實施方案中，該方法包括從細胞或其中培養(yǎng)細胞的培養(yǎng)基中分離工程化抗體。在一些實施方案中，該方法包括確定工程化抗體是否結合與供體抗體相同的抗原。在一些實施方案中，工程化抗體對于目標抗原可以具有與供體抗體對于相同抗原的親和力相比更大的親和力。在一些實施方案中，該方法包括在工程化抗體施用于人后確定是否產生結合工程化抗體的抗體。在一些實施方案中，該方法包括改造(reshaping)工程化抗體。在一些實施方案中，改造包括取代框架區(qū)域的至少一個氨基酸。在一些實施方案中，改造包括取代框架區(qū)域的至少兩個氨基酸。在一些實施方案中，改造包括取代至少兩個不同的框架區(qū)域中的至少一個氨基酸。在一些實施方案中，改造不包括取代框架區(qū)域中的一個或多個氨基酸。在一些實施方案中，改造包括取代至少一個⑶R中的至少一個氨基酸。在一些實施方案中，改造包括取代至少一個CDR中的至少兩個氨基酸。在一些實施方案中，改造包括取代⑶R的至少一個氨基酸位置，其中根據Kabat或組合的Kabat-Chothia定義來定義CDR。在一些實 施方案中，改造包括取代重鏈可變區(qū)的第28和30位(根據Kabat編號)的一個或兩個位置處的氨基酸。在一些實施方案中，改造包括取代至少兩個不同的CDS中的至少一個氨基酸。在一些實施方案中，改造包括取代重鏈可變區(qū)的第27、28、30、71或78位(根據Kabat編號)處的至少一個氨基酸。在一些實施方案中，改造包括將至少一個間隔子氨基酸序列引入工程化抗體的輕鏈可變區(qū)和重鏈可變區(qū)的一個或全部兩個。在上述方法的一些實施方案中，框架或CDR的一個或多個氨基酸在替換之前被取代。在一些實施方案中，框架或CDR的一個或多個氨基酸在替換之后被取代。在一些實施方案中，受體抗體輕鏈可變區(qū)包含此處所述的輕鏈多肽的任一個的氨基酸序列。在一些實施方案中，受體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列包含此處所述的重鏈多肽的任一個的氨基酸序列。在上述方法的一些實施方案中，受體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列包含此處所述的輕鏈多肽的任一個的氨基酸序列，受體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列包含此處所述的重鏈多肽的任一個的氨基酸序列。在另一個方面，本公開的特征在于工程化抗體，其包含(i)輕鏈多肽和(ii)重鏈多肽，其中輕鏈多肽包含下列順序的氨基酸序列區(qū)段:LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4。在一些實施方案中，LFRl包含SEQ ID NO: 9所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；LFR2包含SEQ ID NO: 10或SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；IXDRl包含供體抗體的輕鏈CDRl的氨基酸序列，LCDR2包含供體抗體的輕鏈CDR2的氨基酸序列，以及IXDR3包含供體抗體的輕鏈⑶R3的氨基酸序列。輕鏈多肽不包含SEQ ID NO:2或SEQ IDN0:8所述的氨基酸序列。在一些實施方案中，重鏈多肽包含下列順序的氨基酸序列區(qū)段:HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4，其中 HFRl 包含 SEQ ID NO: 13、17 或 19 所述的氨基酸序列，但是具有0-3個氨基酸取代；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列，但是具有0-3個氨基酸取代；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；其中HCDRl包含來自供體抗體的重鏈⑶Rl的氨基酸序列，HCDR2包含來自供體抗體的重鏈CDR2的氨基酸序列，HCDR3包含來自供體抗體的重鏈CDR3的氨基酸序列。重鏈多肽不包含SEQ ID N0:5或SEQ ID NO:7所述的氨基酸序列。與一種或多種供體抗體相比，工程化抗體在人中的免疫原性更低，工程化抗體結合與一種或多種供體抗體相同的抗原。在一些實施方案中，符合以下中的一個或兩個:(a)IXDR1、IXDR2和IXDR3來自單一的供體抗體，(b)HCDRl、HCDR2和HCDR3來自單一的供體抗體。在一些實施方案中，所有輕鏈⑶R和重鏈⑶R來自相同的供體抗體。除非另有定義，此處所用的所有技術和科學術語和本公開所屬領域普通技術人員通常理解的含義具有相同含義。在沖突的情況下，以本文件、包括定義為準。下面描述了優(yōu)選的方法和材料，盡管與此處所述的那些相同或相等的方法或材料也可以用于本發(fā)明的方法和組合物的操作或測試中。此處提到的所有出版物、專利申請、專利和其它參考文獻被完整地引入作為參考。本公開的其它 特征和優(yōu)勢，例如，用于產生在人中具有降低的免疫原性的治療性抗體的方法從下列描述、實施例以及權利要求來看將是顯而易見的。附圖簡要說明


圖1表示依庫麗單抗(“Ecu”)的輕鏈可變區(qū)的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)和1.23免疫球蛋白輕鏈可變區(qū)(“1.23”)的氨基酸序列(SEQ ID NO:8)的比對。三個互補決定區(qū)(⑶R) -1XDR1、IXDR2和IXDR3(根據Kabat和Chothia)定義用括號表示。還標明輕鏈可變區(qū)框架區(qū)域。在比對的序列的上面標明關于依庫麗單抗序列的氨基酸位置(通過Kabat編號定義)。圖2表示依庫麗單抗(“Ecu”)的重鏈可變區(qū)的氨基酸序列(SEQ ID NO:5)和H20C3免疫球蛋白重鏈可變區(qū)(“H20C3”)的氨基酸序列(SEQ ID NO:7)的比對。三個互補決定區(qū)(CDR) - HCDRUHCDR2和HCDR3 (根據Kabat和Chothia定義)用括號表示。還標明重鏈可變區(qū)框架區(qū)域。在比對的序列的上面標明關于依庫麗單抗序列的氨基酸位置(通過 Kabat 編號定義)。還具體標明 7位置 52a、82a、82b、82c、100a、100b、100c、IOOd 和IOOe0詳細描沭
本公開提供了工程化抗體，與該工程化抗體來源的各自的供體抗體的免疫原性相比，該工程化抗體在人中表現出更低的免疫原性。雖然絕不旨在限制，下面詳細說明示例性的組合物以及用于它們的制備方法和用途。工稈化杭體
此處所用的“工程化抗體”是包含嫁接于受體抗體支架的可變區(qū)上的供體抗體的一個或更多個(例如，兩個、三個、四個、五個或六個)CDR，其中與人中供體抗體的免疫原性相t匕，該工程化抗體在人中免疫原性更低。工程化抗體的結構如下。工程化抗體包含輕鏈多肽，該輕鏈多肽具有包含或組成為下列順序的氨基酸區(qū)段:LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4 的序列。LFRl 對應輕鏈可變區(qū)的框架I (FRl)的氨基酸序列；LFR2對應輕鏈可變區(qū)的框架2(FR2)的氨基酸序列；LFR3對應輕鏈可變區(qū)的框架3(FR3)的氨基酸序列；以及LFR4對應輕鏈可變區(qū)的框架4(FR4)的氨基酸序列。LCDRl對應輕鏈可變區(qū)的互補決定區(qū)I(CDRl)的氨基酸序列；LCDR2對應輕鏈可變區(qū)的互補決定區(qū)2(CDR2)的氨基酸序列；LCDR3對應輕鏈可變區(qū)的互補決定區(qū)3 (CDR3)的氨基酸序列。工程化抗體的LFR1、LFR2、LFR3和LFR4氨基酸序列中的一個或多個(例如，一個、兩個、三個或所有四個)由受體抗體所提供。在一些實施方案中，僅僅LFR1、LFR2或LFR3由受體抗體提供。在一些實施方案中，LFRl和LFR2由受體抗體提供。在一些實施方案中，LFR2和LFR3由受體抗體提供。在一些實施方案中，LFRl和LFR3由受體抗體提供。在一些實施方案中，LFR4不是由受體抗體提供。IXDR1、IXDR2和IXDR3氨基酸序列中的一個或更多個由至少一種(例如，一種、兩種或三種)供體抗體提供。例如，可以從單一的供體抗體獲得輕鏈CDR，或者，在一些實施方案中，可以從兩種或更多種不同的供體抗體(例如，結合相同的抗原但具有不同的輕鏈CDR序列的兩種抗體)獲得輕鏈CDR。在一些實施方案中，從受體抗體獲得至少一個(例如，一個、兩個或者甚至所有三個)LCDR。例如，工程化抗體可以具有來自供體抗體的LCDR3和來自受體抗體的LCDRl和LCDR2。在一些實施方案中，工程化抗體可以具有來自供體抗體的LCDR2和來自受體抗體的LCDRl和LCDR3。此處詳細描述了合適的受體抗體和供體抗體。已經根據不同的方法不同地定義了⑶R和框架區(qū)的準確邊界。在一些實施方案中，可以如 Kabat 等.[(1991) “Sequences of Proteins of ImmunologicalInterest.，，NIH Publication N0.91-3242，U.S.Department of Health and HumanServices, Bethesda, MD]定義輕或重鏈可變結構域內的⑶R或框架區(qū)的位置。在這種情況下，CDR可以被稱為“Kabat CDR”(例如，“Kabat LCDR2”或“Kabat HCDR1”)，框架區(qū)可以被稱為“Kabat框架區(qū)”(例如，“Kabat LFR1”或“Kabat HFR3”)。在一些實施方案中，可以如Chothia等.(1989)艙877-883定義輕或重鏈可變區(qū)的⑶R或框架區(qū)的位置。因此，這些區(qū)域可以分別被稱為“Chothia⑶R”(例如“Chothia IXDR2”或“ChothiaHCDR3”)或“Chothia 框架區(qū)域”(例如，“Chothia LFR1” 或“Chothia LFR3”)。在一些實施方案中，可以由Kabat-Chothia組合的定義來定義輕和重鏈可變區(qū)的⑶R或框架區(qū)的位置。在這種實施方案中，這些區(qū)域可以分別被稱為“組合的Kabat-Chothia⑶R”或“組合的 Kabat-Chothia 框架區(qū)”。Thomas 等.[(1996) Mol ImmunoI > > (17/18): 1389-14011 例舉了根據Kabat和Chothia定義的⑶R和框架區(qū)邊界的鑒定。圖1和2中也顯示了用上述三種定義中的每一種鑒定⑶R和框架。`在一些實施方案中，可以如Honnegger 和 Pliickthun [ (2001) J Mol^iW309:657-670]定義具有輕或重鏈可變結構域的⑶R和/或框架區(qū)的位置。如此處所述以及工作實施例中所例舉的，通過將鼠抗-C5抗體的IXDR嫁接到1.23Ig K輕鏈分子的框架區(qū)支架上而產生依庫麗單抗的輕鏈可變區(qū)。依庫麗單抗的輕鏈可變區(qū)的氨基酸序列如下:DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCGASENIYGALNWYQQKPGKAPKLLIYGATNLADGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQNVLNTPLTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO:2)。1.23 的輕鏈可變區(qū)的氨基酸序列如下:DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISNYLNWYQRKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYNTPWTFGQGTKVEIK (SEQ ID NO:8)。依庫麗單抗的LFR2氨基酸序列與對應的1.23 LFR2的氨基酸序列不同在于一個氨基酸:第38位的谷氨酰胺代替了精氨酸。不被任何具體理論或作用機制所束縛，據信來自依庫麗單抗或1.23的輕鏈框架區(qū)序列(即，LFRU LFR2、LFR3和/或LFR4)可用于制備工程化抗體，與供體抗體的免疫原性相比，該工程化抗體在人中表 現出降低水平的免疫原性。因此，在一些實施方案中，LFRl、LFR2、LFR3和/或LFR4可以是源自依庫麗單抗和/或1.23的對應的輕鏈框架區(qū)。由Kabat、Chothia或Kabat-Chothia定義的用于依庫麗單抗和1.23輕鏈框架區(qū)的氨基酸序列如表I中所述。
權利要求
1.多肽，包含下列順序的下列氨基酸序列區(qū)段:LFR1-LCDR1-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4，其中從具有SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得輕鏈框架區(qū)LFR1、LFR2和LFR3中的一個或多個，并且其中從供體抗體獲得輕鏈互補決定區(qū)IXDR1、IXDR2和IXDR3中的一個或多個，條件是所述多肽不包含SEQ ID NO: 2或SEQ IDNO:8所述的完整氨基酸序列。
2.權利要求1的多肽，其中從具有SEQID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得LFR4。
3.權利要求1或2的多肽，其中從具有SEQID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得一個CDR。
4.權利要求1或2的多肽，其中從具有SEQID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得兩個CDR。
5.權利要求1-3中任一項的多肽，其中至少兩個CDR來自同樣的供體抗體。
6.權利要求1或2的多肽，其中所有CDR來自同樣的供體抗體。
7.權利要求1-6中任一項的多肽，其中根據Kabat定義所述框架區(qū)和⑶R。
8.權利要求1-6中任一項的多肽，其中根據Chothia定義所述框架區(qū)和⑶R。
9.權利要求1-6中任一項的多肽,其中根據組合的Kabat-Chothia定義來定義所述框架區(qū)和⑶R。
10.權利要求1-7或9中任一項的多肽，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列。`
11.權利要求1-7、9或10中任一項的多肽，其中LFR2包含SEQID N0:10或SEQ IDNO: 18所述的氨基酸序列。
12.權利要求1-7或9-11中任一項的多肽，其中LFR3包含SEQID NO: 11所述的氨基酸序列。
13.權利要求1-7或9-12中任一項的多肽，其中所述LFR4包含SEQID NO: 12所述的氨基酸序列。
14.權利要求1-7或9-13中任一項的多肽，其中LFRl包含SEQID NO: 9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列。
15.權利要求1-7或9-13中任一項的多肽，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列。
16.權利要求1-6或8中任一項的多肽，其中LFRl包含SEQID NO: 20或SEQ ID NO: 24所述的氨基酸序列。
17.權利要求1_6、8或16中任一項的多肽，其中LFR2包含SEQID N0:21或SEQ IDNO:25所述的氨基酸序列。
18.權利要求1_6、8、16或17中任一項的多肽，其中LFR3包含SEQID NO: 22或SEQ IDNO:26所述的氨基酸序列。
19.權利要求1_6、8或16-18中任一項的多肽，其中LFR4包含SEQID NO: 23所述的氨基酸序列。
20.權利要求1-6、8或16-19中任一項的多肽，其中LFRl包含SEQID NO: 20所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO:21所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO:22所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列。
21.權利要求1_6、8或16-19中任一項的多肽，其中LFRl包含SEQID NO: 24所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO:25所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO:26所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列。
22.權利要求1-21中任一項的多肽，其中所述多肽包含全部或部分的免疫球蛋白輕鏈多肽恒定區(qū)。
23.權利要求22的多肽，其中所述多肽包含SEQID NO:3所述的氨基酸序列。
24.多肽，包含下列順序的下列氨基酸序列區(qū)段:HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4, 其中從具有SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得重鏈框架區(qū)HFRl、HFR2和HFR3中的一個或多個，并且其中從供體抗體獲得重鏈互補決定區(qū)HCDRl、HCDR2和HCDR3中的一個或多個，條件是所述多肽不包含SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的完整氨基酸序列。
25.權利要求24的多肽，其中從具有SEQID NO:5或SEQ ID NO:7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得LFR4。
26.權利要求24或25的多肽，其中從具有SEQID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得一個⑶R。
27.權利要求24或25的多肽，其中從具有SEQID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得兩個⑶R。
28.權利要求24-26中任一項的多肽，其中至少兩個CDR來自同樣的供體抗體。
29.權利要求24或25的多肽，其中所有CDR來自同樣的供體抗體。
30.權利要求24-29中任一項的多肽，其中根據Kabat定義所述框架區(qū)和⑶R。
31.權利要求24-29中任一項的多肽，其中根據Chothia定義所述框架區(qū)和⑶R。
32.權利要求24-29中任一項的多肽，其中根據組合的Kabat-Chothia定義來定義所述框架區(qū)和⑶R。
33.權利要求24-30或32中任一項的多肽，其中HFRl包含SEQID NO: 13、17或19中任一個所述的氨基酸序列。
34.權利要求24-30、32或33中任一項的多肽，其中HFR2包含SEQID NO: 14所述的氨基酸序列。
35.權利要求24-30或32-34中任一項的多肽，其中HFR3包含SEQID NO: 15所述的氨基酸序列。
36.權利要求24-30或32-35中任一項的多肽，其中HFR4包含SEQID NO: 16所述的氨基酸序列。
37.權利要求24-30或32-36中任一項的多肽，其中HFRl包含SEQID NO: 13所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
38.權利要求24-30或32-36中任一項的多肽，其中HFRl包含SEQID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
39.權利要求24-30或32-36中任一項的多肽，其中HFRl包含SEQID NO: 19所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
40.權利要求24-29或31中任一項的多肽，其中HFRl包含SEQID NO: 17所述的氨基酸序列。
41.權利要求24-29、31或40中任一項的多肽，其中HFR2包含SEQID NO: 27或SEQ IDNO:30所述的氨基酸序列。
42.權利要求24-29、31、40或41中任一項的多肽，其中HFR3包含SEQID NO:28或SEQID NO:31所述的氨基酸序列。
43.權利要求24-29、31或40-42中任一項的多肽，其中HFR4包含SEQID NO: 29或SEQID NO:32所述的氨基酸序列。
44.權利要求24-29、31或40-43中任一項的多肽，其中HFRl包含SEQID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO:27所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO:28所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 29所述的氨基酸序列。
45.權利要求24-29、31或40-43中任一項的多肽，其中HFRl包含SEQID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 30所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 31所述的氨基酸序列 ；以及HFR4包含SEQ ID NO: 32所述的氨基酸序列。
46.權利要求24-25中任一項的多肽，其中所述多肽包含全部或部分的免疫球蛋白重鏈多肽恒定區(qū)。
47.權利要求46的多肽，其中所述多肽包含SEQID NO:6所述的氨基酸序列。
48.權利要求46的多肽，其中所述免疫球蛋白重鏈多肽恒定區(qū)是IgG、IgA、IgE、IgD或IgM重鏈多肽恒定區(qū)。
49.工程化抗體，包含(i)輕鏈多肽和(ii)重鏈多肽，其中所述輕鏈多肽包含下列順序的下列氨基酸序列區(qū)段:LFRl-LCDRl-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4， 其中從具有SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:8所述的氨基酸序列的輕鏈可變區(qū)獲得輕鏈框架區(qū)LFR1、LFR2和LFR3，并且其中從供體抗體獲得輕鏈互補決定區(qū)LCDRl、LCDR2和LCDR3中的一個或多個，條件是所述輕鏈多肽不包含SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:8所述的完整氨基酸序列；以及 其中所述重鏈多肽包含下列順序的下列氨基酸序列區(qū)段:HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4，其中從具有SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7所述的氨基酸序列的重鏈可變區(qū)獲得重鏈框架區(qū)HFR1、HFR2和HFR3，并且其中從供體抗體獲得重鏈互補決定區(qū)HCDR1、HCDR2和HCDR3中的一個或多個，條件是所述重鏈多肽不包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7所述的完整氨基酸序列。
50.權利要求49的工程化抗體，其中根據Kabat定義來定義輕鏈框架區(qū)、重鏈框架區(qū)、輕鏈⑶R和重鏈⑶R。
51.權利要求49的工程化抗體，其中根據Chothia定義來定義輕鏈框架區(qū)、重鏈框架區(qū)、輕鏈⑶R和重鏈⑶R。
52.權利要求49的工程化抗體，其中根據組合的Kabat-Chothia定義來定義輕鏈框架區(qū)、重鏈框架區(qū)、輕鏈⑶R和重鏈⑶R。
53.權利要求49、50或52中任一項的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID N0:9所述的氨基酸序列。
54.權利要求49、50、52或53中任一項的工程化抗體，其中LFR2包含SEQID NO: 10或SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列。
55.權利要求49、50或52-54中任一項的工程化抗體，其中LFR3包含SEQID NO: 11所述的氨基酸序列。
56.權利 要求49、50或52-54中任一項的工程化抗體，其中LFR4包含SEQID NO: 12所述的氨基酸序列。
57.權利要求49、50或52-56中任一項的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列。
58.權利要求49、50或52-56中任一項的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列。
59.權利要求49或51中任一項的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO: 20或SEQ IDNO: 24所述的氨基酸序列。
60.權利要求49、51或59中任一項的工程化抗體，其中LFR2包含SEQID NO: 21或SEQID NO:25所述的氨基酸序列。
61.權利要求49、51、59或60中任一項的工程化抗體，其中LFR3包含SEQID NO: 22或SEQ ID NO:26所述的氨基酸序列。
62.權利要求49、51或59-61中任一項的工程化抗體，其中LFR4包含SEQID N0:23所述的氨基酸序列。
63.權利要求49、51或59-62中任一項的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO: 20所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO:21所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO:22所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列。
64.權利要求49、51或59-63中任一項的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID N0:24所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO:25所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO:26所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列。
65.權利要求49-64中任一項的工程化抗體，其中所述輕鏈多肽包含全部或部分的免疫球蛋白輕鏈多肽恒定區(qū)。
66.權利要求65的工程化抗體，其中所述輕鏈多肽恒定區(qū)包含人氨基酸序列。
67.權利要求65或66的工程化抗體，其中所述輕鏈恒定區(qū)是λ輕鏈恒定區(qū)或K輕鏈恒定區(qū)。
68.權利要求65-67中任一項的工程化抗體，其中所述抗體包含SEQID Ν0:3所述的氨基酸序列。
69.權利要求49、50或52-68中任一項的工程化抗體，其中HFRl包含SEQID NO: 13、17或19中任一個所述的氨基酸序列。
70.權利要求49、50或52-69中任一項的工程化抗體，其中HFR2包含SEQID NO: 14所述的氨基酸序列。
71.權利要求49、50或52-70中任一項的工程化抗體，其中HFR3包含SEQID NO: 15所述的氨基酸序列。
72.權利要求49、50或52-71中任一項的工程化抗體，其中HFR4包含SEQID NO:16所述的氨基酸序列。
73.權利要求49、50或52-72中任一項的工程化抗體，其中HFRl包含SEQID NO: 13所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
74.權利要求49、50或52-72中任一項的工程化抗體，其中HFRl包含SEQID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
75.權利要求49、50或52-72中任一項的工程化抗體，其中HFRl包含SEQID NO: 19所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
76.權利要求4 9、51或53-68中任一項的工程化抗體，其中HFRl包含SEQID NO: 17所述的氨基酸序列。
77.權利要求49、51、53-68或76中任一項的工程化抗體，其中HFR2包含SEQID NO:27或SEQ ID NO:30所述的氨基酸序列。
78.權利要求49、51、53-68、76或77中任一項的工程化抗體，其中HFR3包含SEQIDNO:28或SEQ ID NO:31所述的氨基酸序列。
79.權利要求49、51、53-68或76-78中任一項的工程化抗體，其中HFR4包含SEQIDNO:29或SEQ ID NO:32所述的氨基酸序列。
80.權利要求49、51、53-68或76-79中任一項的工程化抗體，其中HFRl包含SEQIDNO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO:27所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ IDNO: 28所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 29所述的氨基酸序列。
81.權利要求49、51、53-68或76-79中任一項的工程化抗體，其中HFRl包含SEQIDNO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO:30所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ IDNO: 31所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 32所述的氨基酸序列。
82.權利要求49-81中任一項的工程化抗體，其中所述重鏈多肽包含全部或部分的免疫球蛋白重鏈多肽恒定區(qū)。
83.權利要求82的工程化抗體，其中所述重鏈多肽恒定區(qū)包含人氨基酸序列。
84.權利要求82或83的工程化抗體，其中所述重鏈多肽包含免疫球蛋白分子的Fe部分。
85.權利要求84的工程化抗體，其中所述Fe部分是IgGl、IgG2、IgG3、IgG4、IgA、IgM、IgE或IgD免疫球蛋白Fe部分。
86.權利要求49-85中任一項的工程化抗體，其中所述重鏈多肽包含SEQID NO:6所述的氨基酸序列。
87.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 13所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
88.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 19所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
89.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 13所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
90.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 19所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
91.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 10所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
92.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO:9所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 12所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO: 15所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 16所述的氨基酸序列。
93.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO: 20所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 21所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 22所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO:27所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO:28所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 29所述的氨基酸序列。
94.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO: 20所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 21所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 22所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO:30所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO:31所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 32所述的氨基酸序列。
95.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO: 24所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 25所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 26所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO:27所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO:28所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 29所述的氨基酸序列。
96.權利要求49的工程化抗體，其中LFRl包含SEQID NO: 24所述的氨基酸序列；LFR2包含SEQ ID NO: 25所述的氨基酸序列；LFR3包含SEQ ID NO: 26所述的氨基酸序列；以及LFR4包含SEQ ID NO: 23所述的氨基酸序列，并且其中HFRl包含SEQ ID NO: 17所述的氨基酸序列；HFR2包含SEQ ID NO:30所述的氨基酸序列；HFR3包含SEQ ID NO:31所述的氨基酸序列；以及HFR4包含SEQ ID NO: 32所述的氨基酸序列。
97.權利要求49的工程化抗體，其中所述工程化抗體包含表5中所述的配對的一組重鏈框架區(qū)和輕鏈框架區(qū)。
98.權利要求49-64、69-82或87-97中任一項的工程化抗體，其中所述工程化抗體是選自Fd片段、Fab片段、Fab’片段和F(ab’)2片段的抗體片段。
99.權利要求49-97中任一項的工程化抗體，其中所述輕鏈多肽和所述重鏈多肽彼此共價結合。
100.權利要求49-99中任一項的工程化抗體，其中所述工程化抗體結合于補體組分蛋白。
101.權利要求100的工程化抗體，其中所述補體組分蛋白選自Clq、Clr、Cls、C4、C4a、C4b、C3、C3a、C3b、C2、C2a、C2b、C5、C5a、C5b、C6、C7、C8、C9、備解素、補體因子 D、補體因子B、MBL、MASP1、MASP2 和 MASP3。
102.權利要求49-9 9中任一項的工程化抗體，其中所述工程化抗體結合于細胞表面受體。
103.權利要求102的工程化抗體，其中所述細胞表面受體是G蛋白偶聯的受體。
104.權利要求102或103的工程化抗體，其中所述細胞表面受體是趨化因子受體或細胞因子受體。
105.權利要求102的工程化抗體，其中所述細胞表面受體是受體酪氨酸激酶。
106.權利要求49-99中任一項的工程化抗體，其中所述工程化抗體結合于:(i)死亡受體或(ii)死亡受體的配體。
107.權利要求49-99中任一項的工程化抗體，其中所述工程化抗體結合于生長因子、趨化因子或細胞因子。
108.權利要求49-99中任一項的工程化抗體，其中所述工程化抗體結合于免疫球蛋白分子。
109.權利要求108的工程化抗體，其中所述免疫球蛋白分子是IgE分子。
110.核酸，其編碼: 權利要求1-48中任一項的多肽；或 權利要求49-109中任一項的工程化抗體。
111.載體，包含權利要求110的核酸。
112.權利要求111的載體，其中所述核酸與表達控制序列可操作地連接。
113.細胞，包含權利要求111或112的載體。
114.用于產生多肽或工程化抗體的方法，所述方法包括在適合允許所述多肽或所述工程化抗體表達的條件下培養(yǎng)權利要求113的細胞。
115.權利要求114的方法，進一步包括從培養(yǎng)的細胞或其中培養(yǎng)細胞的培養(yǎng)基中分離所述多肽或所述工程化抗體。
116.通過權利要求114或115的方法產生的分離的多肽或分離的工程化抗體。
117.用于產生工程化的輕鏈抗體可變區(qū)的方法，與供體輕鏈的可變區(qū)的免疫原性相t匕，所述抗體輕鏈抗體可變區(qū)在人中的免疫原性更低，所述方法包括: 提供信息，所述信息包括:(i)包含SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 提供信息，該信息包括至少一種供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 以來自供體抗體輕鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體輕鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的輕鏈抗體可變區(qū)，與供體抗體輕鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的輕鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的輕鏈可變區(qū)不包含含有SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的完整氨基酸序列的輕鏈多肽。
118.權利要求117的方法，進一步包括獲得重鏈抗體可變區(qū)，或編碼重鏈抗體可變區(qū)的核酸，所述重鏈抗體可變區(qū)與工程化的輕鏈抗體可變區(qū)互補，從而產生工程化抗體。
119.權利要求118的方法，其中使用定向選擇獲得重鏈抗體可變區(qū)。`
120.權利要求118的方法，其中所述重鏈抗體可變區(qū)是工程化的重鏈抗體可變區(qū)。
121.權利要求120的方法，其中所述工程化的重鏈抗體可變區(qū)的產生包括: 提供信息，所述信息包括:(i)包含SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的氨基酸序列的受體重鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體重鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 提供信息，所述信息包括至少一種供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 以來自供體抗體重鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體重鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的重鏈抗體可變區(qū)，與供體抗體重鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的重鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的重鏈可變區(qū)不包含含有SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7所述的完整氨基酸序列的重鏈多肽可變區(qū)。
122.用于產生工程化的輕鏈抗體可變區(qū)的方法，與供體抗體重鏈的可變區(qū)的免疫原性相比，所述抗體重鏈抗體可變區(qū)在人中的免疫原性更低，所述方法包括: 提供信息，所述信息包括:(i)包含SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:7所述的氨基酸序列的受體重鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體重鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 提供信息，所述信息包括至少一種供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 以來自供體抗體重鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體重鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的重鏈抗體可變區(qū)，與供體抗體重鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的重鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的重鏈可變區(qū)不包含含有SEQ ID N0:5或SEQ ID NO:7所述的完整氨基酸序列的重鏈多肽可變區(qū)。
123.權利要求122的方法，進一步包括獲得與工程化的重鏈抗體可變區(qū)互補的輕鏈抗體可變區(qū)，從而產生工程化抗體。
124.權利要求123的方法，其中使用定向選擇獲得工程化的輕鏈抗體可變區(qū)。
125.權利要求123的方法，其中所述輕鏈抗體可變區(qū)是工程化的輕鏈抗體可變區(qū)。
126.權利要求125的方法，其中所述工程化的輕鏈抗體可變區(qū)的產生包括: 提供信息，所述信息包括:(i)包含SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的氨基酸序列的受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列或(ii)編碼受體輕鏈抗體可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 提供信息，所述信息包括至少一種供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列或(iv)編碼供體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列的核酸序列； 以來自供體抗體輕鏈可變區(qū)的一個或多個CDR替換受體輕鏈抗體可變區(qū)的一個或多個CDR，從而產生工程化的輕鏈抗體可變區(qū)，與供體抗體輕鏈可變區(qū)的免疫原性相比，該工程化的輕鏈抗體可變區(qū)在人中免疫原性更低，條件是該工程化的輕鏈可變區(qū)不包含含有SEQ ID N0:2或SEQ ID N0:8所述的完整氨基酸序列的輕鏈多肽。
127.權利要求117-126中任一項的方法，其中根據Kabat定義來定義所述框架區(qū)和所述 CDR。
128.權利要求117-126中任一項的方法，其中根據Chothia定義來定義所述框架區(qū)和所述CDR。
129.權利要求117-126中任一項的方法，其中根據組合的Kabat-Chothia定義來定義所述框架區(qū)和⑶R。
130.權利要求117的方法，進一步包括產生所述工程化抗體輕鏈可變區(qū)。
131.權利要求130的方法，其中在細胞中產生所述工程化抗體輕鏈可變區(qū)。
132.權利要求122的方法，進一步包括產生所述工程化抗體重鏈可變區(qū)。
133.權利要求132的方法，其中在細胞中產生所述工程化抗體重鏈可變區(qū)。
134.權利要求130-133中任一項的方法，進一步包括從細胞或其中培養(yǎng)細胞的培養(yǎng)基中分離所述工程化抗體輕鏈可變區(qū)或所述工程化的重鏈可變區(qū)。
135.權利要求118或123的方法，進一步包括產生所述工程化抗體。
136.權利要求135的方法，其中在細胞中產生所述工程化抗體。
137.權利要求135或136的方法，進一步包括從細胞或其中培養(yǎng)細胞的培養(yǎng)基中分離所述工程化抗體。
138.權利要求135-137中任一項的方法，進一步包括確定所述工程化抗體是否結合與所述供體抗體相同的抗原。
139.權利要求135-138中任一項的方法，其中所述工程化抗體對于目標抗原具有與供體抗體對于相同抗原的親和力相比更大的親和力。
140.權利要求135-139中任一項的方法，進一步包括在所述工程化抗體施用于人后確定是否產生結合所述工程化抗體的抗體。
141.權利要求135-140中任一項的方法，進一步包括改造所述工程化抗體。
142.權利要求141的方法，其中所述改造包括取代框架區(qū)域的至少一個氨基酸。
143.權利要求141或142的方法，其中所述改造包括取代框架區(qū)域的至少兩個氨基酸。
144.權利要求141-143中任一項的方法，其中所述改造包括取代至少兩個不同的框架區(qū)域中的至少一個氨基酸。
145.權利要求144的方法，其中所述改造不包括取代框架區(qū)域中的一個或多個氨基酸。
146.權利要求141或145的方法，其中所述改造包括取代至少一個⑶R的至少一個氨基酸。
147.權利要求141、145或146的方法，其中所述改造包括取代至少一個⑶R的至少兩個氨基酸。
148.權利要求146或147的方法，其中所述改造包括取代⑶R的至少一個氨基酸位置，其中根據Kabat或組合的Kabat-Chothia定義來定義Q)R。
149.權利要求141-143中任一項的方法，其中所述改造包括取代重鏈可變區(qū)的第28和30位(根據Kabat編號 )的一個或兩個位置處的氨基酸。
150.權利要求141或145-148中任一項的方法，其中所述改造包括取代至少兩個不同的⑶R中的至少一個氨基酸。
151.權利要求141-144或149中任一項的方法，其中所述改造包括取代重鏈可變區(qū)的第27、28、30、71或78位(根據Kabat編號)的至少一個氨基酸。
152.權利要求141-143中任一項的方法，其中所述改造包括取代工程化抗體的重鏈可變區(qū)的第27、28或30位(根據Kabat編號)的至少一個氨基酸。
153.權利要求141-152中任一項的方法，其中所述改造包括將至少一個間隔子氨基酸序列引入工程化抗體的輕鏈可變區(qū)和重鏈可變區(qū)中的一個或兩個。
154.權利要求141-153中任一項的方法，其中框架或CDR的一個或多個氨基酸在替換之前被取代。
155.權利要求141-153中任一項的方法，其中框架或CDR的一個或多個氨基酸在替換之后被取代。
156.權利要求117-122或126-155中任一項的方法，其中所述受體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列包含權利要求1的多肽的氨基酸序列。
157.權利要求121-155中任一項的方法，其中所述受體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列包含權利要求24的多肽的氨基酸序列。
158.權利要求117-157中任一項的方法,其中所述受體抗體輕鏈可變區(qū)氨基酸序列包含權利要求1的多肽的氨基酸序列，所述受體抗體重鏈可變區(qū)氨基酸序列包含權利要求24的多肽的氨基酸序列。
159.工程化抗體，包含(i)輕鏈多肽和(ii)重鏈多肽，其中所述輕鏈多肽包含下列順序的下列氨基酸序列區(qū)段:LFRl-LCDRl-LFR2-LCDR2-LFR3-LCDR3-LFR4， 其中LFRl包含SEQ ID NO:9所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；LFR2包含SEQ ID N0:10或SEQ ID NO: 18所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；LFR3包含SEQ ID NO: 11所述的氨基酸序列，但是具有0-3個氨基酸取代；以及LFR4包含SEQ IDNO: 12所述的氨基酸序列，但是具有0-3個氨基酸取代； 其中IXDRl包含供體抗體的輕鏈⑶Rl的氨基酸序列，IXDR2包含供體抗體的輕鏈⑶R2的氨基酸序列，以及LCDR3包含供體抗體的輕鏈CDR3的氨基酸序列， 條件是所述輕鏈多肽不包含SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:8所述的氨基酸序列；以及其中所述重鏈多肽包含下列順序的下列氨基酸序列區(qū)段:HFR1-HCDR1-HFR2-HCDR2-HFR3-HCDR3-HFR4, 其中HFRl包含SEQ ID NO: 13、17或19所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；HFR2包含SEQ ID NO: 14所述的氨基酸序列，但是具有0_3個氨基酸取代；HFR3包含SEQID NO: 15所述的氨基酸序列，但是具有0-3個氨基酸取代；以及HFR4包含SEQ ID NO:16所述的氨基酸序列，但是具有0-3個氨基酸取代； 其中HCDRl包含供體抗體的重鏈⑶Rl的氨基酸序列，HCDR2包含供體抗體的重鏈⑶R2的氨基酸序列，以及HCDR3包含供體抗體的重鏈CDR3的氨基酸序列， 條件是所述重鏈多肽不包含SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 7所述的氨基酸序列；以及其中與一種或多種供體抗體相比，工程化抗體在人中的免疫原性更低，并且工程化抗體結合與一種或多種供體抗體相同的抗原。
160.權利要求159的工程化抗體，其中滿足下列之一或同時滿足: (a)IXDRl、IXDR2和IXDR3來自單一的供體抗體；和 (b)HCDRl、HCDR 2和HCDR3來自單一的供體抗體。
161.權利要求159或160的工程化抗體，其中所有輕鏈CDR和重鏈CDR來自相同的供體抗體。
全文摘要
本發(fā)明涉及工程化抗體，當施用于人時，該工程化抗體在人中表現出低水平的免疫原性。本公開還涉及用于產生抗體的方法。工程化抗體可以源自例如非人(例如鼠)供體抗體、或源自嵌合的或人源化的抗體，當長期施用于人時，所述抗體已知、預測或預期在人中引起中和性抗-抗體反應。
文檔編號C07K16/18GK103108885SQ201180031672
公開日2013年5月15日 申請日期2011年4月29日 優(yōu)先權日2010年4月30日
發(fā)明者R.P.羅瑟, P.P.坦伯里尼 申請人:阿雷克森制藥公司