專利名稱：用于診斷卒中及其致因的生物標(biāo)志物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明提供了用于診斷卒中和卒中風(fēng)險(xiǎn)以及用于診斷卒中致因的組合物和方法。
背景技術(shù)：
卒中是成年人死亡和殘疾的主要致因[Thom T et al., Circulation, 113:e85-151(2006) ；WH0, The atlas of heart disease and stroke (2005)]。利用臨床評(píng)估聯(lián)合腦成像來作出缺血性卒中(IS)的診斷。然而，診斷并非總是明確的，尤其對(duì)于急性狀況而言，準(zhǔn)確、低價(jià)且快速的診斷對(duì)于最理想地治療患者是至關(guān)重要的。大量的工作致力于鑒定基于血液的IS生物標(biāo)志物。超過58種蛋白和7組蛋白已被描述為 IS 的生物標(biāo)志物[Whiteley W et al.，Stroke, 39:2902-2909 (2008) ；FoerchC et al., Neurology, 73:393-399 (2009) ； Jensen MB et al., Expert Rev CardiovascTher., 7:389-393(2009)] o 還描述了 IS 中血液中的 RNA 表達(dá)譜[Tang Y et al., J CerebBlood Flow Metab.，26:1089-1102(2006) ；Moore DF et al., Circulation, 111:212-2212005]。我們以前報(bào)道了預(yù)測IS的29個(gè)探針組的表達(dá)譜[Tang Y et al.，J Cereb BloodFlowMetab.，26:1089-1102 (2006)]。該譜需要在另一隊(duì)列中進(jìn)行驗(yàn)證，這在本研究中已完成。本文描述了能區(qū)別IS與對(duì)照(例如，健康的個(gè)體、具有血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體或經(jīng)歷過心肌梗塞的個(gè)體)的97個(gè)探針組的表達(dá)譜。這些譜進(jìn)一步表明基因表達(dá)可以作為急性IS患者的診斷工具。最通常利用急性卒中治療標(biāo)準(zhǔn)的0RG10172測試(TOAST)來分類缺血性卒中，其中將患者分為心源性、大血管性、小血管腔隙性、其它以及不明致因性[Adams HP, Jr., etal.，Stroke, 24:35-41 (1993)]。TOAST標(biāo)準(zhǔn)提高了評(píng)價(jià)可靠性，并且當(dāng)能明確鑒定出已知致因時(shí)，能指導(dǎo)治療[Goldstein LB et al., Stroke, 32:1091-1098 (2001) ；Ay H etal., Stroke, 38:2979-2984 (2007)]。然而，在很多患者中，盡管進(jìn)行了大量的研究，卒中致因仍是未知的或不明的。由于致因不明的卒中占所有缺血性卒的大約30%，則需要更好的能夠鑒定卒中致因的工具[1nita CC et al., Prev Cardiol.，8:41-46 (2005)]?；谘旱纳飿?biāo)志物提供了確定卒中致因的有價(jià)值的工具。很多蛋白生物標(biāo)志物與卒中亞型相關(guān)。例如，心源性卒中與腦利鈉肽和D-二聚物相關(guān)；大血管性卒中與C反應(yīng)蛋白相關(guān)；小血管腔隙性卒中與高半胱氨酸、ICAM-1和血栓調(diào)節(jié)蛋白相關(guān)[Laskowitz DT et al., Stroke, 40:77-85(2009) ；Shibazaki K et al., InternMed., 48:259-264(2009) ；Montaner J et al., Stroke, 39:2280-2287(2008) ；Hassan A etal.,Brain, 126:424-432 (2003)]。然而，目前，缺血性卒中亞型的生物標(biāo)志物缺乏在臨床實(shí)踐中使用的足夠的靈敏性和特異性。因此，將生物標(biāo)志物組合到生物標(biāo)志物譜中可能是能夠提高診斷的特異性和靈敏性的方法。本研究確定了，血液中的基因表達(dá)特征能夠用于區(qū)分心源性卒中和大血管性缺血性卒中，以及能夠用于預(yù)測致因不明的卒中患者的心源性致因和大血管性致因。缺血性卒中中發(fā)生血細(xì)胞RNA表達(dá)改變的原因包括與急性腦缺血、有癥狀的動(dòng)脈粥樣硬化和血栓栓塞相關(guān)的炎癥改變[Xu H et al., J Cereb Blood Flow Metab.，28:1320-1328 (2008) 9 ;Tang Y et al., J Cereb Blood Flow Metab.，26: 1089-1102 (2006) ；Du X etal.，Genomics, 87:693-703 (2006)]。利用全基因組微陣列，鑒定出40個(gè)基因的譜以區(qū)別心源性卒中和大血管性卒中，并鑒定了 37個(gè)基因的譜以區(qū)別由于心房纖顫導(dǎo)致的心源性卒中和非心房纖顫致因?qū)е碌男脑葱宰渲?。這些基因在炎癥中起作用并且代表向更好地確定致因不明的卒中的致因邁進(jìn)了一步。發(fā)明概述本發(fā)明提供了通過測 定血液中生物標(biāo)志物的過表達(dá)和低表達(dá)來診斷或預(yù)測卒中的發(fā)生以及卒中的致因的方法。因此，一方面，本發(fā)明提供了診斷缺血性卒中的發(fā)生和致因或發(fā)展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:a)測定來自患者的生物樣本中至少15種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中所述生物標(biāo)志物選自表7A的多種生物標(biāo)志物、表13A的多種生物標(biāo)志物、表14的多種生物標(biāo)志物以及表15的多種生物標(biāo)志物；b)將缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中與多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表7A的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)；其中與多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表13A的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患心源性卒中或有發(fā)展為心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)；其中與多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表14的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患頸動(dòng)脈狹窄或有發(fā)展為頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn)；其中與多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表15的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患心房纖顫或有發(fā)展為心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)，進(jìn)而診斷缺血性卒中的發(fā)生和致因或發(fā)展為缺血性卒中的傾向?？赏瑫r(shí)或相繼測定多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在相關(guān)的方面中，本發(fā)明提供了診斷缺血性卒中的發(fā)生和致因或發(fā)展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:a)測定來自患者的生物樣本中多種(例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多種或全部)缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平,其中所述生物標(biāo)志物選自表7A的多種生物標(biāo)志物、表13A的多種生物標(biāo)志物、表14的多種生物標(biāo)志物以及表15的多種生物標(biāo)志物；b)將缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平與對(duì)照表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中與對(duì)照表達(dá)水平相比，選自表7A的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)；其中與對(duì)照表達(dá)水平相比，選自表13A的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患心源性卒中或有發(fā)展為心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)；其中與對(duì)照表達(dá)水平相比，選自表14的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患頸動(dòng)脈狹窄或有發(fā)展為頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn)；其中與對(duì)照表達(dá)水平相比，選自表15的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患心房纖顫或有發(fā)展為心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)，進(jìn)而診斷缺血性卒中的發(fā)生和致因或發(fā)展為缺血性卒中的傾向。能夠同時(shí)或相繼測定多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。對(duì)照表達(dá)水平可以例如涉及多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物、涉及在另外的健康個(gè)體中相同的缺血相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平(任選地，相對(duì)于多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化)，或涉及代表另外的健康個(gè)體中相同的缺血相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的閾值水平(任選地，相對(duì)于多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化)。在多個(gè)實(shí)施方案中，測定的多種生物標(biāo)志物來自表7A。在多個(gè)實(shí)施方案中，測定的多種生物標(biāo)志物來自表13A。在多個(gè)實(shí)施方案中，測定的多種生物標(biāo)志物來自表14。在多個(gè)實(shí)施方案中，測定的多種生物標(biāo)志物來自表15。在多個(gè)實(shí)施方案中，測定的多種生物標(biāo)志物來自表7A、表13A、表14和表15中的兩個(gè)或更多個(gè)。在一些實(shí)施方案中，多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物選自表16中所示的生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物(例如表16中所示的那些生物標(biāo)志物)的表達(dá)水平相比,缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物為過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4倍或3.5倍或更多倍。在一些實(shí)施方案中，選自以下的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30,35種或全部內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平被確定為對(duì)照:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、P14KB、CRTC1、HADHA、MAPILC3B、KAT5、CDC2LI///CDC2L2、GTSE1、CDC2LI///CDC2L2、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PU DAXX, UBE2NL、EIFUKCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf104,ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACC1、LOC100133445///L0C115110、PEX16。在一些實(shí)施方案中，測定了約15-85、20-70、30-60或40-50種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了約 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、
90、95或100種生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，測定了來自表7A的至少約3、5、10、15、20、25、30或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了來自表13A的至少約
3、5、10、15、20、25、 30或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了來自表14的至少約3、5、10、15、20、25、30或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了來自表15的至少約3、5、10、15、20、25、30或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了表7A中所示的所有生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了表13A中所示的所有生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了表14中所示的所有生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定了表15中所示的所有生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。可以測定例如與對(duì)照表達(dá)水平相比，表達(dá)水平升高和/或降低的卒中相關(guān)生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞，無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):FAT3、GADLl、CXADR、RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、ANKRD28、TIMM8A、PTPRD、CCRL1、FCRL4、DLX6、GABRB2、GYPA、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB,MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, MCTPl和SH3GL3。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CXDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、SNRPN、GLYATLKDKRZP434L187、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、CCDC144A、ALD0AP2、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、HNRNPUL2、ELAVL2、PRTG、F0XA2、SCD5、L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488 和 RPL22。
在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):FGD4、F5、ABCA1、LOC100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、CLEC4E、PHTF1、ENTPD1、OSBPLIA、RRAGD、CPEB2、CKLF、BSTl 和 CKLF。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):CLEC4E、 ΜΡ2、FGD4、CPEB2、LTB4R和VNN3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、SPIB、BXDC5、UNC5B, ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CKLF、L0C100290882, UBXN2B、ENTPD1、BSTl、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22、MCTPl和 SH3GL3。
在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、
25、26、27、28、29、30或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、 ΜΜ8Α、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5、SCD5、FCRL4、SHOX、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、RBMS3、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、SPTLC3、F0XA2、DLX6、ALD0AP2 和 FLJ35934。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙)的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA和MCTPl。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙)的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的1、2、3或4種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、ELL2、TIMP2和CLEC4E。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、
7、8、9、10、11、12、13、14、15種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLl、SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5 和 CXADR。 在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、 ΜΜ8Α、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRA⑶、CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488和MCTPI。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中,表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件之后至少24小時(shí)測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19 或 20 種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):ZNF608、FCH02、S T3GAL6、ABCAl、THBD、AMN1、QK1、KIAA0319、MCTPl、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMP1B、LAMP2、VAPA、IFRD1、HNRNPH2、REM2 和 GAB1。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):ZNF608、FCH02、ST3GAL6、ABCAl、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTPl 和VNN3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、HNRNPUL2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、UBXN2B、BST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、ZNF608、FAR2、GAB1、VAPA 和 MCTPI。在多個(gè)實(shí)施方案中,在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD,L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C100290882、ENTPDl、CHMPIB, FCH02、L0C283027、REM2、QK1、RBM25、ST3GAL6、HNRNPH2、UBR5、L0C344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件之后至少24小時(shí)，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RPL22、L0C100129488、L0C283027、L0C344595、THSD4、FAT3、P704P。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA 和 MCTPI。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后至少24小時(shí)，表7A中選自 ΜΡ2和MCTPl的一種或兩種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。在多個(gè)實(shí)施方案中,在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后至少24小時(shí)，表7A中選自以下的1、2、3、4、5、6或7種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RPL22、SNIP、SH3GL3、FAT3、SPTLC3、RBMS3和 SNRPN。關(guān)于對(duì)卒中致因的確定,在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP、BANKU HLA-DOA, EBF1、TMEM19、LHFP、FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):L0C284751、⑶46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCU ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和GSTKl。在一些實(shí)施方案中，表13A 中選自以下的 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19或20種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):EBF1、GRM5、AP3S2、LRRC37A3、IRF6、LHFP、BANKUARHGEF5、ZNF254、C0L13A1、P2RX5、LHFP、PIK3C2B、EXT2、HLA-DOA, OOEP, ZNF185、TMEM19、FCRLl和PTPN20A///PTPN20B。在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、
8、9、10、11、12或13種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):TSKS、ENPP2、C16orf68、L0C284751、TFDPU GSTKUADAMTSL4、CHURCl、FLJ40125、ARHGEF12、CLEC18A、CD46 和 C19orf28。
在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):EBF1、GRM5、AP3S2、LRRC37A3、IRF6、LHFP、BANK1、ARHGEF5、ZNF254 和 C0L13A1。在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):TSKS、ENPP2、C16orf68、L0C284751、TFDPl、GSTKl、ADAMTSL4、CHURCl、FLJ40125 和ARHGEF12 ο關(guān)于對(duì)卒中致因的確定，在一些實(shí)施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、COL13AK LHFP, RNF7、CYTH3、EBFl、RANBP10、PRSS35、C12orf42和L0C100127980。在一些實(shí)施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、L0C146880、SLC20Al、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。關(guān)于對(duì)卒中致因的確定，在一些實(shí)施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):EBF1、C0L13A1、LHFP、GRM5、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、RANBP10,L0C100127980、CYTH3、PROCR、C12orf42、PRSS35、NT5E 和 AKR1C3。在一些實(shí)施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、L0C284751、L0C100144603、MTBP、SH0X2、GIPC2、CMBL、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、ARHGEFI2 和 L0C10027183。關(guān)于對(duì)卒中致因的確定,在一些實(shí)施方案中,表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):SMC1A、SN0RA68、GRLFl、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。在一些實(shí)施方案中，表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16、L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。關(guān)于對(duì)卒中致因的確定，在一些實(shí)施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7或8種缺血性卒中相關(guān)生物 標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):CMTM1、SDC4、SN0RA68、HIPK2、TTC7A、GRLFl、L0C100129034、SMC1A。在一些實(shí)施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):C0L13A1、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、MIF///SLC2A11、DUSP16、PPIE、MAP3K7IP1、PER3、LRRC43。在相關(guān)的方面中，本發(fā)明提供了確定是否已發(fā)生卒中或預(yù)測是否將發(fā)生卒中的方法。因此，本發(fā)明提供了診斷缺血性卒中或發(fā)展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表7A中所示的生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，確定卒中發(fā)生的方法進(jìn)一步包括測定表7B中所示的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，缺血性卒中是選自以下的一種:栓塞性卒中、血栓性卒中、短暫性缺血發(fā)作、心源性卒中和動(dòng)脈粥樣硬化性血栓性卒中。在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):FAT3、GADLU CXADR、RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、ANKRD28、TIMM8A、PTPRD、CCRLl、FCRL4、DLX6、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD,CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPU VNN3、AMNU LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, MCTPl 和 SH3GL3。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、SNRPN、GLYATL1、DKRZP434L187、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、CCDC144A、ALD0AP2、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、HNRNPUL2、ELAVL2、PRTG、F0XA2、SCD5、L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488 和 RPL22。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):CLEC4E、 ΜΡ2、FGD4、CPEB2、LTB4R和 VNN3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CKLF、L0C100290882, UBXN2B、ENTPD1、BSTl、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22、MCTPl和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙)的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA和MCTPl。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934, ANKRD28、CCDC144A、 ΜΜ8Α、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488和MCTPI。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中,表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、HNRNPUL2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、UBXN2B、BST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、ZNF608、FAR2、GAB1、VAPA 和 MCTPI。在多個(gè)實(shí)施方案中,在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD,L0C729222///PPFIBP1、CCRLU FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C100290882、ENTPDl、CHMPIB, FCH02、L0C283027、REM2、QK1、RBM25、ST3GAL6、HNRNPH2、UBR5、L0C344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA 和 MCTPI。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在另一方面，本發(fā)明提供了確定個(gè)體心源性卒中的發(fā)生或患心源性卒中的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表13A中所示的生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP、BANKU HLA-DOA, EBFl、TMEM19、LHFP、FCRLl、OOEP 和LRRC37A3。在一些實(shí)施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):L0C284751、CD46、ENPP2、CI9orf28、TSKS、CHURC1、ADAMTSL4、FLJ40I25、CLECI8A、ARHGEFI2、CI6orf68、TFDPl和GSTK1。在一些實(shí)施方案中，還測定表13B中所示的多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):EBF1、GRM5、AP3S2、LRRC37A3、IRF6、LHFP、BANK1、ARHGEF5、ZNF254和C0L13A1。在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):TSKS、ENPP2、C16orf68、L0C284751、TFDPU GSTKU ADAMTSL4、CHURCl、FLJ40125 和 ARHGEF12。 在另一方面，本發(fā)明提供了確定個(gè)體頸動(dòng)脈狹窄的發(fā)生或患頸動(dòng)脈狹窄的傾向的方法，所述方法包括:測定 來自缺血性卒中患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表14中所示的生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、COL13AK LHFP, RNF7、CYTH3、EBFU RANBP10, PRSS35、C12orf42 和 L0C100127980。在一些實(shí)施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):FLJ31945、L0C284751、LOC100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、LOC146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2和L0C100144603。在一些實(shí)施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):EBF1、C0L13A1、LHFP、GRM5、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、RANBP10,L0C100127980、CYTH3、PROCR、C12orf42、PRSS35、NT5E 和 AKR1C3。在一些實(shí)施方案中，表14中選自以下的2、5、10、15或更多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、L0C284751、LOClOO144603、MTBP、SH0X2、GIPC2、CMBL、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、ARHGEFI2 和 L0C10027183。
在另一方面，本發(fā)明提供了確定個(gè)體心房纖顫的發(fā)生或患心房纖顫的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表15中所示的生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):SMC1A、SN0RA68、GRLFU SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl和TTC7A。在一些實(shí)施方案中，選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16, L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64和MAP3K7IP1。在一些實(shí)施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7或8種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):CMTM1、SDC4、SN0RA68、HIPK2、TTC7A、GRLFl、L0C100129034、SMC1A。在一些實(shí)施方案中，表15中選自以下的1、2、3、4、5、6、7、8、9或10種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):C0L13Al、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、MIF///SLC2A11、DUSP16、PPIE、MAP3K7IP1、PER3、LRRC43。關(guān)于確定卒中的發(fā)生和/或致因的方法的實(shí)施方案，在一些實(shí)施方案中，總共測定約15-85、20-70、30-60或40-50種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定約
15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95 或 100 種生物標(biāo)志物。能夠同時(shí)或相繼測定多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照水平是多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物選自表16中所不的生物標(biāo)志物。在一些實(shí)施方案中，與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物(例如，表16中所示的那些生物標(biāo)志物)的表達(dá)水平相比,缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或
3.5倍或更多倍。在一些實(shí)施方案中，測定選自以下的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35種或全部內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，將其作為對(duì)照:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、P14KB、CRTC1、HADHA、MAPILC3B、KAT5、CDC2LI///CDC2L2、GTSE1、CDC2LI///CDC2L2、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PI, DAXX, UBE2NL、EIFl、KCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf104,ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCl、L0C100133445///L0C115110、PEX16。
在一些實(shí)施方案中，對(duì)照水平是健康個(gè)體中相同生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，所述健康個(gè)體例如未經(jīng)歷血管事件和/或沒有經(jīng)歷血管事件(例如，TIA、缺血性卒中、心肌梗塞、周圍血管性疾病或靜脈血栓栓塞)風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照是代表健康的個(gè)體群體的(例如相同缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的)閾值表達(dá)水平,所述閾值表達(dá)水平任選地相對(duì)于穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。確定缺血事件的發(fā)生或傾向的方法還可以包括確定患者是否已患心肌梗塞或患者是否具有血管風(fēng)險(xiǎn)因子的步驟。在一些實(shí)施方案中，患者沒有癥狀。在一些實(shí)施方案中，患者表現(xiàn)出缺血性卒中的癥狀，例如，已經(jīng)歷缺血事件的癥狀、正經(jīng)歷缺血事件的癥狀或即將經(jīng)歷缺血事件的癥狀。在一些實(shí)施方案中，患者已經(jīng)歷缺血事件。在一些實(shí)施方案中，測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更短時(shí)間進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括向患者推薦或提供適于確定的卒中致因的治療方案的步驟。例如，在診斷為經(jīng)歷心源性卒中或有經(jīng)歷心源性卒中的傾向的患者中，所述方法還包括推薦或提供心源性卒中的治療或預(yù)防方案。在診斷為經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄的傾向的患者中，所述方法還包括推薦或提供頸動(dòng)脈狹窄的治療或預(yù)防方案。在診斷為經(jīng)歷心房纖顫或有經(jīng)歷心房纖顫的傾向的患者中，所述方法還包括推薦或提供心房纖顫的治療或預(yù)防方案。關(guān)于測定生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的實(shí)施方案，在一些實(shí)施方案中，在轉(zhuǎn)錄水平上測定生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。例如,在一些實(shí)施方案中,通過檢測缺血性卒中相關(guān)基因探針與生物樣本中生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來測定表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，雜交步驟在核酸陣列芯片上進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，雜交步驟在微流體陣列板中進(jìn)行。在一些實(shí)施方案中，通過擴(kuò)增生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物來測定表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，擴(kuò)增反應(yīng)是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)。在一些實(shí)施方案中，在蛋白水平上測定生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，所述方法還包括獲得來自患者的生物樣本。在一些實(shí)施方案中，生物樣本是血液、血清或血漿。在另一方面，本發(fā)明提供了固體支持物，其包含多種能夠與表7A、7B、13A、3B、14和15 (以及任選地表16)中所示的多個(gè)基因雜交的核酸，其中多種核酸與固體支持物連接。固體支持物任選地可以包含多種能夠與表16中所示的多個(gè)基因雜交的核酸。在多個(gè)實(shí)施方案中，固體支持物是微陣列。在多個(gè)實(shí)施方案中，固體支持物與表7A、7B、13A、13B、14、15和 / 或 16 中所示的至少約 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、80、85、90、95 或 100 或更多個(gè)或全部基因連接。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含多種能夠與表7A(以及7B)中所示的多個(gè)基因雜交的核酸。例如，在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、20或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATL1、RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLU SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、 ΜΡ2、ELL2、CXADR 和 RNF141。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、3、4、5、6、7、8或9種能夠與選自以下的多種卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:RPL22、SNIP、SH3GL3、MCTPU FAT3、SPTLC3、RBMS3、SNRPN 和 ΜΡ2。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、5、10、15或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:FGD4、F5、ABCAl、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、CLEC4E、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD, CPEB2、CKLF、BSTl 和 CKLF。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含 2、5、10、15,20或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:ZNF608、FCH02、ST3GAL6、ABCAl、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB、LAMP2、VAPA, IFRDU H NRNPH2、REM2和GAB1。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、5、10、
15、20、25、30或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、TIMM8A、CCDC144C//L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5、SCD5、FCRL4、SHOX、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、RBMS3、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、SPTLC3、F0XA2、DLX6、ALD0AP2 和 FLJ35934。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、5、6、7或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:RPL22、L0C100129488、L0C283027、L0C344595、THSD4、FAT3和 P704P。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含 15、20、25、30、35、40、50、55、60、65、70、75、
80、85、90、95、100或更多種或全部能夠與選自以下的多種卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATL1、RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADL1、SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、 ΜΡ2、ELL2、CXADR、RNF141、RPL22、SH3GL3、MCTP1、SNRPN、FGD4、F5、ABCA1、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD, CPEB2、CKLF、BSTl、ZNF608、FCH02、ST3GAL6、THBD、AMNl、QK1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB、LAMP2、VAPA,IFRD1、HNRNPH2、REM2、GABl、ASTN2、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、SCD5、FCRL4、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、F0XA2、DLX6、ALD0AP2、FLJ35934、L0C100129488、L0C283027 和 L0C344595。 在一實(shí)施方案中，固體支持物包含多種能夠與表13A(以及13B)中所示的多個(gè)基因雜交的核酸。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、20、25、30、35或更多種或全部能夠與選自以下的多種心源性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:EBF1、GRM5、TSKS,ENPP2、AP3S2、LRRC37A3、C16orf68、L0C284751、IRF6、LHFP、BANK1、ARHGEF5、ZNF254、TFDP1、C0L13A1、GSTKl、ADAMTSL4、P2RX5、LHFP、PIK3C2B、CHURCl、EXT2、HLA-DOA, OOEP, ZNF185、TMEM19、FCRLl、FLJ40125、ARHGEF12、CLEC18A、CD46、PTPN20A///PTPN20B 和 C19orf28。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含多種能夠與表14中所示的多個(gè)基因雜交的核酸。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、20、25、30、35或更多種或全部能夠與選自以下的多種心房纖顫卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:EBF1、FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、COL13A1、LHFP、L0C284751、GRM5、LOClOO 144603、MTBP、SH0X2、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、GIPC2、RANBP10, CMBL、L0C100127980、CYTH3、PROCR、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、C12orf42、ARHGEF12、PRSS35、NT5E、L0C100271832、LHFP、NT5E 和 AKR1C3。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含多種能夠與表15中所不的多個(gè)基因雜交的核酸。在一實(shí)施方案中，固體支持物包含2、5、10、15、18或更多種或全部能夠與選自以下的多種心房纖顫卒中相關(guān)生物標(biāo)志物雜交的核酸:CMTM1、C0L13A1、SDC4、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、SN0RA68、MIF///SLC2A11、DUSP16、HIPK2、TTC7A、PPIE、GRLFU MAP3K7IP1、L0C100129034、PER3、SMClA 和 LRRC43。在多個(gè)實(shí)施方案中，固體支持物還包含多種能夠與選自以下的多種內(nèi)源性參照基因雜交的核酸:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、PI4KB、CRTCl、HADHA, MAP1LC3B、KAT5、CDC2L1///CDC2L2、GTSEl、TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PUDAXX、UBE2NL、EIF1、KCMF1、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、P0DNL1、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf 104, ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCl、L0C100133445///L0C115110、PEX16。定義除非另外限定，本文使用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語通常具有與本發(fā)明所述技術(shù)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員所通常理解的相同的含義。通常，本文使用的命名以及下文描述的細(xì)胞培養(yǎng)、分子遺傳學(xué)、有機(jī)化學(xué)和核酸化學(xué)與雜交中的實(shí)驗(yàn)方案是本領(lǐng)域內(nèi)公知且常用的那些。核酸和肽合成中使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)。通常，酶促反應(yīng)以及純化步驟按照廠商的說明書進(jìn)行。技術(shù)和方案通常按照本領(lǐng)域內(nèi)常規(guī)的方法和各種普通參考文獻(xiàn)進(jìn)行(通常參見，Sambrooket al.MOLECULAR CLONING:A LABORATORY MANUAL, 3rd ed.(2001)Cold Spring HarborLaboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.和Ausubel，et a1., CURRENT PROTOCOLS INMOLECULAR BIOLOGY, 1990-2008, Wiley Interscience)，其提供在整篇文件中。本文使用的命名以及下文描述的分析化學(xué)和有機(jī)合成中的實(shí)驗(yàn)方案是本領(lǐng)域內(nèi)公知且常用的那些?；瘜W(xué)合成和化學(xué)分析中使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)或其改進(jìn)技術(shù)。本文使用的“缺血”或“缺血事件”指特征為由于向局部區(qū)域的血管堵塞而造成對(duì)該區(qū)域的血液供給(即循環(huán))不足的疾病和病癥。缺血包括例如，卒中和短暫性缺血發(fā)作。卒中包括例如，缺血性卒中(包括但不限于，心源性卒中、動(dòng)脈粥樣硬化性栓塞性或動(dòng)脈粥樣硬化性血栓性卒中(即由頸動(dòng)脈、主動(dòng)脈、心臟和腦的動(dòng)脈粥樣硬化導(dǎo)致的卒中)、小血管性卒中(即腔隙性卒中)、由血管壁疾病(即血管炎)導(dǎo)致的卒中、由感染導(dǎo)致的卒中、由血液學(xué)病癥導(dǎo)致的卒中、由偏頭痛導(dǎo)致的卒中以及由藥物(如激素療法)導(dǎo)致的卒中)、出血性缺血性卒中、腦出血以及蛛網(wǎng)膜下出血?！叭毖獏⒄毡磉_(dá)譜·”指相對(duì)于對(duì)照(例如，沒有缺血事件的個(gè)體中的表達(dá)水平或穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平)，在缺血中差異表達(dá)(即過表達(dá)或低表達(dá))的一組基因(例如，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個(gè)基因)的表達(dá)模式。來自表7A、7B、13A、13B、14和15的以高于對(duì)照水平至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6倍、
1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、
2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍的水平表達(dá)的基因是缺血中過表達(dá)的基因，來自表7A、7B、13A、13B、14和15的以低于對(duì)照水平至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍的水平表達(dá)的基因是缺血中低表達(dá)的基因?？蛇x地，以高于對(duì)照水平至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的水平表達(dá)的基因是缺血中過表達(dá)的基因，以低于對(duì)照水平至少約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%的水平表達(dá)的基因是缺血中低表達(dá)的基因。“多種”指兩種或更多種或全部，例如，2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、
17、18、19、20、21、22、23或更多種(例如，基因)。在一些實(shí)施方案中，多種指約15_85、20_60或 40-50 個(gè)基因(例如，約 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95 或100或更多種或全部基因)的同時(shí)或相繼測定。在一些實(shí)施方案中，“多種”指一個(gè)或多個(gè)表格中所示的全部基因，例如，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的全部基因?！皹颖尽被颉吧飿颖尽卑ㄖT如活檢和尸檢樣本的組織切片以及采集用于組織學(xué)目的的冷凍切片。這類樣本包括血液、唾液、組織、裂解的細(xì)胞、腦活檢物、培養(yǎng)的細(xì)胞(例如，原代培養(yǎng)物、外植體和轉(zhuǎn)化的細(xì)胞)、糞便、尿液等。生物樣本通常獲自真核生物，最優(yōu)選獲自哺乳動(dòng)物，如靈長類，例如，黑猩猩或人；牛；狗；貓；嚙齒類，例如，豚鼠、大鼠、小鼠；兔；或鳥；爬行類動(dòng)物；或魚。本文使用的“陣列”指包含連接的核酸或肽探針的固體支持物。陣列通常包含按照不同的已知位置連接至基底表面的多種不同的核酸或肽探針。這些陣列，也稱為“微陣列”或通俗來講也稱為“芯片”，通常描述于現(xiàn)有技術(shù)中，例如，美國專利號(hào)5，143，854、5，445，934、5，744，305、5，677， 195、6，040，193、5，424， 186 和 Fodor et al.、 Science、251:767-777(1991)。通?？梢岳脵C(jī)械合成方法或光引導(dǎo)合成方法來產(chǎn)生這些陣列，所述光引導(dǎo)合成方法合并了光刻方法和固相合成方法的組合。利用機(jī)械合成方法合成這些陣列的技術(shù)描述于例如，美國專利號(hào)5，384，261。陣列可以包含平坦的表面，或者可以是珠子、凝膠、聚合物表面、諸如光纖的纖維、玻璃或任何其它合適的基底上的核酸或肽，其它合適的基底描述于例如，美國專利號(hào) 5，770，358,5, 789，162,5, 708，153,6, 040，193 和 5，800，992?？梢砸砸欢ǖ姆绞絹戆b陣列，從而允許進(jìn)行全功能裝置的診斷或其它方式的操縱，其描述于例如美國專利號(hào)5，856，174和5，922，591。術(shù)語“基因”表示參與產(chǎn)生多肽鏈的DNA區(qū)段；其包括編碼區(qū)之前和之后的區(qū)域(前導(dǎo)區(qū)和尾區(qū))以及各個(gè)編碼區(qū)段(外顯子)之間的間插序列(內(nèi)含子)。術(shù)語“核酸”和“多核苷酸”在本文可交換使用，指單鏈或雙鏈形式的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸及它們的聚合物。該術(shù)語包括含有已知核苷酸類似物或修飾的主鏈殘基或連接的核酸，所述核酸是合成的、天然存在的和非天然存在的，與參照核酸具有相似的結(jié)合特性，以及與參照核酸以相似的方式代謝。這類類似物的實(shí)例包括但不限于，硫代磷酸、磷酰胺、甲基磷酸、手性甲基磷酸、2-0-甲基核苷酸、肽核酸(PNA)。除非另外指出，具體的核酸序列還包括其保守型修飾的變體(例如，簡并密碼子取代)和互補(bǔ)序列，以及明確指明的序列。具體來說，簡并密碼子取代可以通過產(chǎn)生下述序列來實(shí)現(xiàn)，該序列中一個(gè)或多個(gè)選擇(或全部)的密碼子的第三位用混合喊基和 / 或脫氧肌苷殘基替代(Batzer et al.、Nucleic Acid Res.19:5081 (1991)；Ohtsuka et al.> J.Biol.Chem.260:2605-2608(1985) ；Rossolini et al.> Mol.Cell.Probes8:91-98 (1994) ) 0術(shù)語核酸與基因、cDNA、mRNA、寡核苷酸和多核苷酸可交換使用。短語“嚴(yán)緊雜交條件”指這樣的條件:在該條件下，探針與其靶序列(通常位于核酸的復(fù)雜混合物中)雜 交，而不與其它序列雜交。嚴(yán)緊雜交條件是序列依賴性的，且在不同的環(huán)境下是不同的。較長的序列在較高溫度下特異性雜交。核酸雜交的詳細(xì)指導(dǎo)見于Tijssen,Techniques in Biochemistry and Molecular Biology—Hybridization withNucleic Probes, “Overview of principles of hybridization and the strategy ofnucleic acid assays”(1993)。通常,對(duì)于規(guī)定的離子強(qiáng)度、Ph下的具體序列,嚴(yán)緊雜交條件選擇為低于其熱熔點(diǎn)約5-10° C。Tm是這樣的溫度(在規(guī)定的離子強(qiáng)度、Ph和核酸濃度下):在該溫度下，在平衡時(shí)，與靶標(biāo)互補(bǔ)的探針中的50%與靶序列雜交(由于靶序列過量存在，因此在Tm下，平衡時(shí)，50%的探針被占據(jù))。嚴(yán)緊雜交條件是下述條件，其中鹽濃度低于約1.0M鈉離子，通常為約0.01至1.0M鈉離子濃度(或其它鹽)、Ph7.0至8.3、溫度對(duì)于短探針(例如，10至50個(gè)核苷酸)為至少約30° C，對(duì)于長探針(例如，大于50個(gè)核苷酸)為至少約60° C。還可以通過添加去穩(wěn)定劑(如甲酰胺)來實(shí)現(xiàn)嚴(yán)緊雜交條件。對(duì)于選擇性或特異性雜交，陽性信號(hào)是背景的至少2倍，任選地為背景雜交的10倍。示例性的嚴(yán)緊雜交條件可以如下:50%甲酰胺、5XSSC和1%SDS，于42° C孵育，或者5XSSC、1%SDS，于65。C孵育，在65。(:下、0.2\55(:和0.1%503中洗滌。如果核酸編碼的多肽基本上相同，則在嚴(yán)緊雜交條件不彼此雜交的這些核酸仍是基本上相同的。例如，當(dāng)利用遺傳密碼允許的最大密碼子簡并性產(chǎn)生一個(gè)核酸拷貝時(shí)，就會(huì)發(fā)生這種情況。在這種情況下，核酸通常在中等嚴(yán)緊的雜交條件下雜交。示例性的“中等嚴(yán)緊的雜交條件”包括在37° C下在40%甲酰胺、IM NaCl、1%SDS的緩沖液中雜交，以及在45° C下在IXSSC中洗滌。陽性雜交是背景的至少兩倍。本領(lǐng)域技術(shù)人員容易意識(shí)到，可以利用其它雜交和洗滌條件來提供相似嚴(yán)緊度的條件。術(shù)語“分離的”、“純化的”或“生物學(xué)純的”指基本上或?qū)嵸|(zhì)上不含在材料天然狀態(tài)下通常伴隨其的成分的材料。通常利用分析化學(xué)技術(shù)(如聚丙烯酰胺凝膠電泳或高效液相色譜)來確定純度和同質(zhì)性。作為制劑中的主要種類存在的蛋白是基本上純化的。術(shù)語“純化的”表示在電泳凝膠中基本上產(chǎn)生一個(gè)條帶的核酸或蛋白。具體來說，其表示核酸或蛋白是至少85%純的、更優(yōu)選至少95%純的，最優(yōu)選至少99%純的。當(dāng)涉及核酸的部分時(shí)，術(shù)語“異源的”表示核酸包含兩種或更多種在自然界中沒有發(fā)現(xiàn)彼此有相同關(guān)系的子序列。例如，核酸通常是通過重組產(chǎn)生的，具有來自不相關(guān)的基因的兩條或更多條序列，這些序列被排列從而產(chǎn)生新的功能性核酸，例如，來自一種來源的啟動(dòng)子和來自另一來源的編碼區(qū)。相似地，異源蛋白表示蛋白包含兩種或更多種在自然界中沒有發(fā)現(xiàn)彼此有相同關(guān)系的子序列(例如，融合蛋白)?！氨磉_(dá)載體”是利用一系列允許具體核酸在宿主細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄的指定核酸元件，通過重組或合成方式產(chǎn)生的核酸構(gòu)建體。表達(dá)載體可以是質(zhì)粒、病毒或核酸片段的一部分。通常，表達(dá)載體包括與啟動(dòng)子可操作地連接的待轉(zhuǎn)錄的核酸。術(shù)語“多肽”、“肽”和“蛋白”在本文可交換使用，是指氨基酸殘基的聚合物。該術(shù)語適用于一個(gè)或多個(gè)氨基酸殘基是對(duì)應(yīng)的天然存在的氨基酸的人工化學(xué)類似物的氨基酸聚合物，也適用于天然存在的氨基酸聚合物和非天然存在的氨基酸聚合物。術(shù)語“氨基酸”指天然存在的和合成的氨基酸，以及與天然存在的氨基酸以相似的方式發(fā)揮作用的氨基酸類似物和氨基酸模擬物。天然存在的氨基酸是由遺傳密碼編碼的氨基酸以及隨后經(jīng)修飾的氨基酸(例如，羥脯氨酸、α -羧基谷氨酸和O-磷酸絲氨酸)。“氨基酸類似物”指與天然存在 的氨基酸具有相同的基本化學(xué)結(jié)構(gòu)(即，與氫相連的α碳、羧基、氨基和R基)的化合物，例如，高絲氨酸、正亮氨酸、蛋氨酸亞砜、蛋氨酸甲基锍。這種類似物具有修飾的R基(例如，正亮氨酸)或修飾的肽主鏈，但保留與天然存在的氨基酸相同的基本化學(xué)結(jié)構(gòu)?！鞍被崮M物”指具有不同于氨基酸的一般化學(xué)結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)，但與天然存在的氨基酸以相似的方式發(fā)揮作用的化合物。在本文中，氨基酸可以通過其公知的三字母符號(hào)或IUPAC-1UB生化命名委員會(huì)(Biochemical Nomenclature Commission)推薦的單字母符號(hào)來表不。同樣，核苷酸可以通過其普遍接受的單字母密碼來表示。“保守型修飾的變體”適用于氨基酸和核酸序列。就具體的核酸序列而言，保守型修飾的變體指編碼相同的或基本相同的氨基酸序列的那些核酸，或者如果核酸不編碼氨基酸序列，保守型修飾的變體指基本相同的序列。由于遺傳密碼的簡并性，大量功能相同的核酸編碼任一給定的蛋白。例如，密碼子GCA、GCC、GCG和GCU都編碼丙氨酸。因而，在由密碼子指定為丙氨酸的每一位置，密碼子可以被改變成所述的任一對(duì)應(yīng)密碼子，而不會(huì)改變所編碼的多肽。這類核酸變異是“沉默變異”，其是一類保守型修飾的變異。本文中，編碼多肽的每一核酸序列還描述了該核酸的每一種可能的沉默變異。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)意識(shí)到，核酸中的每一密碼子(除了 AUG以及TGG，其中AUG通常是蛋氨酸的唯一密碼子，TGG通常是色氨酸的唯一密碼子)都能被修飾，而產(chǎn)生功能相同的分子。因此，編碼多肽的核酸的每一沉默變異都暗含在每一所描述的序列中。就氨基酸序列而言，本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)意識(shí)到，對(duì)于改變、添加或缺失所編碼的序列中的單個(gè)氨基酸或小比例氨基酸的對(duì)核酸、肽、多肽或蛋白序列的取代、缺失或添加，如果這些改變導(dǎo)致氨基酸被化學(xué)上相似的氨基酸取代，則認(rèn)為是“保守型修飾的變體”。提供功能上相似的氨基酸的保守型取代表是本領(lǐng)域內(nèi)公知的。這類保守型修飾的變體是除本發(fā)明的多態(tài)變體、種間同系物和等位基因之外的，但并不排除它們。以下八組每組均含有彼此為保守型取代的氨基酸:I)丙氨酸(A)、甘氨酸(G)；2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E)；3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q)；4)精氨酸(I)、賴氨酸(K)；5)異亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、蛋氨酸(M)、纈氨酸(V)；6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)；7)絲氨酸(S)、蘇氨酸⑴；以及8)半胱氨酸(C) 、蛋氨酸(M)(參見例如，Creighton、Proteins(1984))。對(duì)于兩條或更多條核酸或多肽序列，術(shù)語“一致的”或“一致性”百分比是指，當(dāng)利用以下序列比較算法中的一種或通過手動(dòng)比對(duì)和目測檢查，在比較窗或指定區(qū)域時(shí)上進(jìn)行最大對(duì)應(yīng)的比較和比對(duì)的測量時(shí)，相同的或具有指定百分比的相同氨基酸殘基或核苷酸(即在缺血相關(guān)基因(例如，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的基因)的指定區(qū)域上具有60% —致性，優(yōu)選65%、70%、75%、80%、85%、90%或95% —致性)的兩條或更多條序列或子序列。這類序列被稱為“基本上一致的”。該定義還指測試序列的互補(bǔ)體。優(yōu)選地，一致性存在于長度為至少約25個(gè)氨基酸或核苷酸的區(qū)域上，或更優(yōu)選在長度為50-100個(gè)氨基酸或核苷酸的區(qū)域上。為了序列比較，通常將一條序列用作參照序列，將測試序列與其比較。當(dāng)利用序列比較算法時(shí)，將測試序列和參照序列輸入計(jì)算機(jī)，如果需要的話，指定子序列坐標(biāo)，并指定序列算法程序參數(shù)?？梢允褂媚J(rèn)程序參數(shù)或可以指定備選參數(shù)。隨后，序列比較算法基于程序參數(shù)計(jì)算測試序列相對(duì)于參照序列的序列一致性百分比。對(duì)于核酸和蛋白與缺血相關(guān)核酸和蛋白的序列比較，使用下文所述的BLAST和BLAST2.0算法以及默認(rèn)參數(shù)。本文使用的“比較窗”包括具有選自20至600，通常為約50至約200，更通常為約100至約150中任一連續(xù)位置數(shù)的區(qū)段，其中在兩條序列進(jìn)行最佳比對(duì)之后，序列可以與相同連續(xù)位置數(shù)的參照序列進(jìn)行比較。用于比較的序列比對(duì)方法是本領(lǐng)域內(nèi)公知的。可以進(jìn)行用于比較的最佳序列比對(duì)，例如，通過Smith&Waterman, Adv.App1.Math.2:482 (1981)的局部同源性算法、通過Needleman&Wunsch, J.Mol.Biol.48:443 (1970)的同源性比對(duì)算法、通過 Pearson&Lipman, Proc.Nat’1.Acad.Sc1.USA85:2444 (1988)的相似性搜索方法、通過這些算法的計(jì)算機(jī)化執(zhí)行(Wisconsin Genetics Software Package, Genetics ComputerGroup, 575Science Dr.，Madison, WI 中的 GAP、BESTFIT、FASTA 和 TFASTA)或通過手工比對(duì)和目測檢查(參見例如，Current Protocols in Molecular Biology(Ausubel etal., eds.1995 增補(bǔ)))。適于確定序列一致性和序列相似性百分比的算法的優(yōu)選實(shí)例是BLAST和BLAST2.0 算法，其分別描述于 Altschul et al.，Nuc.Acids Res.25:3389-3402 (1977)和Altschulet al.，J.Mol.Biol.215:403-410 (1990)中。利用本文描述的參數(shù)，使用 BLAST和BLAST2.0確定本發(fā)明的核酸和蛋白的序列一致性百分比。進(jìn)行BLAST分析的軟件可通過國家生物信息中心(NationalCenter for Biotechnology Information) (http://www.ncb1.nlm.nih.gov/)公開獲得。該算法包括首先通過鑒定查詢序列中長度為W的短字符鑒定高評(píng)分序列對(duì)(HSP)，當(dāng)與數(shù)據(jù)庫序列中相同長度的字符比對(duì)時(shí)，所述高評(píng)分序列對(duì)匹配或滿足一些正值的閾值評(píng)分T。T被稱為鄰字符評(píng)分閾值(Altschul et al.，同上)。這些初始的鄰字符命中作為開始搜索以找到包含它們的更長HSP的種子。所述字符命中沿每條序列雙向延長，只要累積比對(duì)評(píng)分能夠增加。對(duì)于核苷酸序列，利用參數(shù)M(對(duì)一對(duì)匹配殘基的獎(jiǎng)勵(lì)分；總是>0)和N(對(duì)錯(cuò)配殘基的罰分；總是〈O)計(jì)算累積評(píng)分。對(duì)于氨基酸序列，使用評(píng)分矩陣來計(jì)算累積分。當(dāng)出現(xiàn)以下情況時(shí)，在每個(gè)方向的字符命中延伸停止:累積比對(duì)評(píng)分從其最大實(shí)現(xiàn)值下降量X ;由于一個(gè)或多個(gè)負(fù)評(píng)分殘基比對(duì)的累積使累積分達(dá)到零或以下；或達(dá)到任一序列的末端。BLAST算法參數(shù)W、T和X決定了比對(duì)的靈敏性和速度。BLASTN程序(對(duì)于核苷酸序列)使用以下作為默認(rèn)值:字長(W)為11，期望值(E)為10，M=5，N=-4和兩條鏈的比較。對(duì)于氨基酸序列，BLASTP程序使用以下作為默認(rèn)值:字長為3，期望值(E)為 10，BL0SUM62 評(píng)分矩陣(參見 Henikoff&Henikoff, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89:10915 (1989))，比對(duì)(B)為50，期望值(E)為10，M=5，N=_4和兩條鏈的比較。BLAST算法還進(jìn)行兩條序列間相似性的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析(參見例如，Karlin&Altschul, Proc.Nat，1.Acad.Sc1.USA90:5873-5787 (1993))。BLAST 算法提供的一種相似性測量是最小總和概率(P(N))，其提供了兩條核苷酸或氨基酸序列之間偶然發(fā)生匹配的概率指征。例如，如果 在測試核酸與參照核酸的比較中、最小總和概率小于約0.2，更優(yōu)選小于約0.01，且最優(yōu)選小于約0.001，則認(rèn)為核酸與參照序列相似。兩條核酸序列或多肽基本上一致的指征是由第一核酸編碼的多肽能與針對(duì)第二核酸編碼的多肽所產(chǎn)生的抗體發(fā)生免疫交叉反應(yīng)，如下文描述。因而，例如，如果兩條肽的區(qū)別僅在于保守型取代，則多肽通常與第二多肽基本上相同。兩條核酸序列基本上一致的另一指征是兩個(gè)分子或其互補(bǔ)物能夠在嚴(yán)緊雜交條件下彼此雜交，如下文描述。兩條核酸序列基本上一致的另一指征是能使用相同引物來擴(kuò)增序列。短語“與.....選擇性(或特異性)雜交”指在嚴(yán)緊雜交條件下，分子僅與復(fù)雜混合物(例如，總細(xì)胞DNA或RNA，或文庫DNA或RNA)中存在的特定核苷酸序列結(jié)合、形成雙螺旋或雜交?！八拗骷?xì)胞”表示含有表達(dá)載體并支持該表達(dá)載體的復(fù)制或表達(dá)的細(xì)胞。宿主細(xì)胞可以是例如，原核細(xì)胞(例如大腸桿菌)或真核細(xì)胞(例如酵母細(xì)胞或哺乳動(dòng)物細(xì)胞，例如CHO細(xì)胞)。表達(dá)或活性的“抑制劑”、“活化劑”和“調(diào)節(jié)劑”分別用來指利用表達(dá)或活性的體外和體內(nèi)測定鑒定出的抑制性分子、活化分子或調(diào)解分子，例如，配體、激動(dòng)劑、拮抗劑及以上的同系物和模擬物。術(shù)語“調(diào)節(jié)劑”包括抑制劑和活化劑。抑制劑是，例如，能抑制本發(fā)明多肽或多核苷酸的表達(dá)，或結(jié)合、部分地或全部地阻斷刺激或酶活性，使本發(fā)明多肽或多核苷酸的活性降低、阻止、延遲活化、失活、去敏感化或下調(diào)的試劑，例如，拮抗劑。活化劑是，例如，能誘導(dǎo)或活化本發(fā)明多肽或多核苷酸的表達(dá)，或結(jié)合、刺激、增加、開放、活化、促進(jìn)、增強(qiáng)活化或酶活性，敏感化或上調(diào)本發(fā)明多肽或多核苷酸的活性的試劑，例如激動(dòng)劑。調(diào)節(jié)劑包括天然存在的和合成的配體、拮抗劑、激動(dòng)劑、小化學(xué)分子等。鑒定抑制劑和活化劑的測定包括，例如，在存在或不存在本發(fā)明多肽或多核苷酸的情況下，向細(xì)胞施加推定的調(diào)節(jié)劑化合物，隨后測定對(duì)本發(fā)明多肽或多核苷酸活性的功能影響。將用可能的活化劑、抑制劑或調(diào)節(jié)劑處理的含有本發(fā)明多肽或多核苷酸的樣本或測定與沒有所述抑制劑、活化劑或調(diào)節(jié)劑的對(duì)照樣本進(jìn)行比較，以檢測影響的程度。將對(duì)照樣本(未用調(diào)節(jié)劑處理)指定為100%的相對(duì)活性值。當(dāng)本發(fā)明多肽或多核苷酸的活性值相對(duì)于對(duì)照為約80%，任選地為50%或25-1%時(shí)，實(shí)現(xiàn)了抑制。當(dāng)本發(fā)明多肽或多核苷酸的活性值相對(duì)于對(duì)照為約110%、任選地為150%、任選地為200-500%或1000-3000%或更高時(shí)，實(shí)現(xiàn)了活化。本文使用的術(shù)語“測試化合物”或“候選藥物”或“調(diào)節(jié)劑”或語法等同詞描述任何分子，天然存在的或合成的，例如，蛋白、寡肽(例如，長度為約5至約25個(gè)氨基酸，優(yōu)選長度為約10至20或12至18個(gè)氨基酸，優(yōu)選長度為12、15或18個(gè)氨基酸)、小有機(jī)分子、多糖、脂質(zhì)、脂肪酸、多核苷酸、RNA1、寡核苷酸等。測試化合物可以為測試化合物文庫的形式，諸如提供了足夠多樣性范 圍的組合或隨機(jī)文庫。測試化合物任選地與融合伴侶連接，所述融合伴侶例如靶向化合物、救援化合物、二聚化合物、穩(wěn)定化化合物、可尋址化合物(addressable compound)及其它功能性部分。通常，通過以下來產(chǎn)生具有有用特性的新化學(xué)實(shí)體:鑒定具有一些期望特性或活性(例如，抑制活性)的測試化合物(稱為“先驅(qū)化合物”)，產(chǎn)生先驅(qū)化合物的變體，以及評(píng)價(jià)那些變體化合物的特性或活性。通常，對(duì)這類分析利用高通量篩選(HTS)方法。“小有機(jī)分子”指天然存在的或合成的、具有大于約50道爾頓且小于約2500道爾頓，優(yōu)選小于約2000道爾頓，優(yōu)選約100至約1000道爾頓，更優(yōu)選約200至約500道爾頓的分子量的有機(jī)分子。附圖簡要說明
圖1.利用來自Tang et al, 2006的IS的29個(gè)預(yù)測基因組，對(duì)IS和健康對(duì)照的PAM預(yù)測準(zhǔn)確性。利用來自Tang et al, 2006的29個(gè)IS預(yù)測基因，在來自本研究的第一隨機(jī)半數(shù)IS(n=35，100份樣本)和健康(n=19)個(gè)體的表達(dá)值上訓(xùn)練微陣列預(yù)測分析(PAM)算法(K-NN，鄰近點(diǎn)的數(shù)量n=10)。然后，這29個(gè)IS預(yù)測基因被用于預(yù)測另外半數(shù)樣本的類別(IS n=35，99份樣本；以及健康者n=19，檢驗(yàn)集)并計(jì)算預(yù)測準(zhǔn)確性。X軸代表患者樣本號(hào)，Y軸代表診斷的檢驗(yàn)集概率(test set probability)。如果預(yù)測的分類以大于0.5的概率與已知分類不匹配，則認(rèn)為樣本被錯(cuò)誤分類。圖2A-C.本研究中IS預(yù)測基因的PAM預(yù)測準(zhǔn)確性。利用PAM的檢驗(yàn)集(Test Set)的預(yù)測準(zhǔn)確性。微陣列的預(yù)測分析(PAM)用于進(jìn)行預(yù)測(K-NN，鄰近點(diǎn)n=10;閾值=0)。對(duì)于圖A、B和C，X軸代表患者樣本號(hào)，Y軸代表檢驗(yàn)集概率。如果樣本的正確分類的預(yù)測概率小于0.5，則認(rèn)為樣本被錯(cuò)誤分類。訓(xùn)練集中的個(gè)體數(shù)是:3h IS n=34 ；24h IS n=33 ；SAVVY血管對(duì)照n=26 ;以及MI n=9。檢驗(yàn)集中的個(gè)體數(shù)是:3h IS n=33 ；24h IS n=33 ；SAVVY n=26 ；以及MI n=8。A.3h IS預(yù)測基因。將3h IS的60個(gè)探針組預(yù)測基因(由3h IS樣本與來自訓(xùn)練集的健康者、MI和SAVVY樣本的比較組合而來)加入PAM，通過計(jì)算它們在給定類別中的概率來預(yù)測檢驗(yàn)集個(gè)體樣本的類別。B.24h IS預(yù)測基因。將24h IS的46個(gè)探針組預(yù)測基因(由24h IS樣本與來自訓(xùn)練集的健康者、MI和SAVVY樣本比較組合而來)加入PAM，通過計(jì)算它們在給定類別中的概率來預(yù)測檢驗(yàn)集個(gè)體樣本的類別。C.組合的3h和24h IS預(yù)測基因。將3h IS和24h IS的97個(gè)探針組預(yù)測基因(由3h IS和24h IS樣本與來自訓(xùn)練集的健康者、MI和SAVVY樣本比較組合而來)加入PAM，通過計(jì)算它們在給定類別中的概率來預(yù)測檢驗(yàn)集個(gè)體樣本的類別。圖3.用于鑒定IS預(yù)測基因的分析工作流程圖。圖4.利用來自Tang et al, 2006的IS的29個(gè)探針組預(yù)測基因，對(duì)IS和健康者的PAM預(yù)測準(zhǔn)確性。來自Tang et al，2006的29個(gè)IS預(yù)測基因的全部IS(n=70，199份樣本)和健康者(n=38)的內(nèi)參基因標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)值被用作PAM的輸入值。K-NN(鄰近點(diǎn)的數(shù)量n=10)，閾值=0 (包括全部29個(gè)預(yù)測基因，10倍交叉驗(yàn)證用于評(píng)價(jià)預(yù)測準(zhǔn)確性。X軸代表樣本號(hào)，Y軸代表交叉驗(yàn)證的診斷概率。如果預(yù)測的分類以大于0.5的概率與已知分類不匹配，則認(rèn)為樣本被錯(cuò)誤分類。圖5.PAM3h相對(duì)于健康檢驗(yàn)集+檢驗(yàn)集的混淆矩陣(confusion matrix)圖6.PAM3h相對(duì)于MI CV+CV的混淆矩陣圖7.PAM3h相對(duì)于SAVVY檢驗(yàn)集+檢驗(yàn)集的混淆矩陣圖8.PAM24h相對(duì)于健康檢驗(yàn)集+檢驗(yàn)集的混淆矩陣圖9.PAM24h相對(duì)于MI CV+CV的混淆矩陣圖10.PAM24h相對(duì)于SAVVY檢驗(yàn)集+檢驗(yàn)集的混淆矩陣圖11A-C.組合的3h、24h和3+24h IS預(yù)測基因上的PAM。CV概率。圖11A.3h IS預(yù)測基因。將來自對(duì)3h IS相對(duì)于全部對(duì)照(健康者、MI和SAVVY)上的組合分析的組合的60個(gè)探針組預(yù)測基因輸入PAM。圖11B.24h IS預(yù)測基因。將來自對(duì)24h IS相對(duì)于全部對(duì)照(健康者、MI和SAVVY)上的組合分析的組合的46個(gè)探針組預(yù)測基因輸入PAM。圖11C.組合的3h和24h IS預(yù)測基因。將來自對(duì)3h IS和24h IS相對(duì)于全部對(duì)照(健康者、MI和SAVVY)上的組合分析的組合的97個(gè)探針組預(yù)測基因輸入PAM。圖12A-B A.發(fā)現(xiàn)能將心源性卒中與大血管性卒中區(qū)別開的40個(gè)基因的分層聚類圖?；蝻@示在Y軸上，個(gè)體顯示在X軸上。紅色表示高水平的基因表達(dá)，藍(lán)色表示低水平的基因表達(dá)。一組基因在心源性卒中中具有高表達(dá)水平，而在大血管性卒中中具有低表達(dá)水平。另一組基因在心源性卒中中具有低表達(dá)水平，而在大血管性卒中中具有高表達(dá)水平。心源性組似乎聚在兩個(gè)亞組中。B.發(fā)現(xiàn)能將心源性卒中與大血管性卒中區(qū)別開的40個(gè)基因的主成分分析(PCA)。每個(gè)球體代表一個(gè)個(gè)體。球體附近的橢圓體代表從組平均值的兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差。圖13.發(fā)現(xiàn)能將心源性卒中與大血管性卒中區(qū)別開的共40個(gè)基因的留一交叉驗(yàn)證預(yù)測分析。預(yù)測的診斷的概率顯示在Y軸上。實(shí)際的診斷顯示在X軸上。對(duì)于69份樣本中的69份，心源性卒中個(gè)體被預(yù)測為患有心源性卒中(100%正確預(yù)測)。對(duì)于30份樣本中的29份，大血管性卒中個(gè)體被 預(yù)測為患有大血管性卒中(96.7%正確預(yù)測)。如果預(yù)測的分類以大于0.5的概率與已知分類不匹配，則認(rèn)為樣本錯(cuò)誤分類。圖14.從心源性卒中與對(duì)照的比較以及大血管性卒中與對(duì)照的比較鑒定出的基因的文氏圖(p〈0.005、FC>|1.2|)。發(fā)現(xiàn)共有503個(gè)基因是心源性卒中特有的。554個(gè)基因是大血管性卒中特有的，228個(gè)基因是卒中亞型共有的。這些基因列表用于表9-11中所示的功能分析。圖15A-B.A.發(fā)現(xiàn)能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區(qū)別開的37個(gè)基因的分層聚類分析?；蝻@示在Y軸上，個(gè)體顯示在X軸上。紅色表示高水平的基因表達(dá)，藍(lán)色表示低水平的基因表達(dá)?？梢杂^察到個(gè)體通過診斷聚簇。一組基因在由心房纖顫引起的心源性卒中中具有高表達(dá)水平而在非心房纖顫致因中具有低表達(dá)水平。一組基因在由心房纖顫引起的心源性卒中中具有低表達(dá)水平而在非心房纖顫致因中具有高表達(dá)水平。B.發(fā)現(xiàn)能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區(qū)別開的37個(gè)基因的主成分分析。每個(gè)球體代表一個(gè)個(gè)體。球體附近的橢圓體代表從組平均值的兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差。圖16.發(fā)現(xiàn)能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區(qū)別開的37個(gè)基因的留一交叉驗(yàn)證預(yù)測分析。預(yù)測的診斷的概率顯示在Y軸上。實(shí)際的診斷顯示在X軸上。對(duì)于30份樣本中的30份，由心房纖顫引起的心源性卒中個(gè)體被預(yù)測為具有作為卒中致因的心房纖顫(100%正確預(yù)測)。在24份樣本中的22份中，由非心房纖顫致因引起的心源性卒中個(gè)體被正確預(yù)測(91.7%正確預(yù)測)。如果預(yù)測的分類以大于0.5的概率與已知分類不匹配，則認(rèn)為樣本錯(cuò)誤分類。圖17.發(fā)現(xiàn)能在卒中發(fā)作后3小時(shí)、5小時(shí)和24小時(shí)將心源性卒中與大血管性卒中區(qū)別開的40個(gè)基因的分層聚類圖和PCA。分層聚類表明，在缺血性卒中發(fā)作后3小時(shí)、5小時(shí)和24小時(shí)，心源性卒中與大血管性卒中通過40個(gè)基因相區(qū)別。這通過PCA確認(rèn)，所述PCA表明心源性卒中個(gè)體與大血管性卒中相差超過兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差。圖18.發(fā)現(xiàn)能在卒中發(fā)作后3小時(shí)、5小時(shí)和24小時(shí)能將由心房纖顫引起的心源性卒中與非心房纖顫致因區(qū)別開的37個(gè)基因的分層聚類圖和PCA。分層聚類表明，在缺血性卒中發(fā)作后3小時(shí)、5小時(shí)和24小時(shí)，所述37個(gè)基因能區(qū)別由心房纖顫致因和非心房纖顫致因引起的心源性卒中。這通過PCA分析確認(rèn)，所述PCA分析表明由心房纖顫引起的心源性卒中個(gè)體與非心房纖顫致因相差超過兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差。發(fā)明詳細(xì)描述1.引言本發(fā)明提供了用于診斷患者卒中發(fā)生和風(fēng)險(xiǎn)的生物標(biāo)志物，以及用于測定診斷為經(jīng)歷卒中或具有經(jīng)歷卒中傾向的個(gè)體中卒中致因的生物標(biāo)志物。例如,血液、血清或血漿樣本中組合的生物標(biāo)志物表達(dá)水平的評(píng)價(jià)允許快速診斷經(jīng)歷疑似卒中事件或經(jīng)歷指示卒中風(fēng)險(xiǎn)的癥狀的患者中卒中的發(fā)生和致因。通過同時(shí)確定是否發(fā)生卒中以及卒中的根本致因，盡可能快地給予患者合適的醫(yī)學(xué)治療或干預(yù)方案。特別可取的是，能夠在疑似卒中事件的3小時(shí)內(nèi)診斷和治療患者。本發(fā)明例如利用有效的微陣列技術(shù)使這成為可能。本文描述的用于診斷卒中發(fā)生和風(fēng)險(xiǎn)的生物標(biāo)志物能夠在，例如，單個(gè)微陣列上或單個(gè)測定步驟中一起使用。生物標(biāo)志物還能獨(dú)立地用于診斷卒中的發(fā)生，例如，與用于確定卒中致因的其他方法相結(jié)合，以及獨(dú)立地用于確定卒中致因，例如，與用于確定是否發(fā)生卒中的其他方法相結(jié)合。2.能夠從本方法受益的患者從本方法受益的個(gè) 體可以正表現(xiàn)出缺血性卒中的癥狀。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體已經(jīng)歷缺血事件(例如，TIA、缺血性卒中、心肌梗塞、周圍血管性疾病或靜脈血栓栓塞)?？蛇x地，個(gè)體可以疑似經(jīng)歷缺血事件。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體還未經(jīng)歷腦出血或出血性卒中和/或沒有發(fā)生腦出血或出血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。在一些實(shí)施方案中，個(gè)體已被診斷為未經(jīng)歷腦出血或出血性卒中和/或沒有發(fā)生腦出血或出血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)測定生物標(biāo)志物組的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間測定生物標(biāo)志物組的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件的6、12、18、24、36、48小時(shí)內(nèi)測定生物標(biāo)志物組的表達(dá)水平。在一些情況下，個(gè)體沒有癥狀，但可以具有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)或傾向，例如基于遺傳學(xué)、相關(guān)的疾病狀態(tài)、環(huán)境或生活方式。在一些實(shí)施方案中，患者具有一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，例如，高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙。3.可用于預(yù)測或診斷卒中的生物標(biāo)志物可用于預(yù)測、診斷或確認(rèn)缺血性卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物列舉在表7A和7B中。可以測定表7A中多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平用于預(yù)測、診斷或確認(rèn)卒中的發(fā)生，以及聯(lián)合本領(lǐng)域內(nèi)已知的用于預(yù)測、診斷或確認(rèn)卒中發(fā)生的其它生物標(biāo)志物，本領(lǐng)域內(nèi)已知的用于診斷卒中的其它方法，本文所描述的和本領(lǐng)域內(nèi)已知的可用于確定卒中致因的生物標(biāo)志物(例如，本文所描述的)和/或本領(lǐng)域內(nèi)已知的用于確定卒中致因的方法。表7A中多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的測定可以用于預(yù)測、診斷或確認(rèn)卒中的發(fā)生，也可以獨(dú)立進(jìn)行，例如用來診斷卒中發(fā)生或確定患者可能患卒中的風(fēng)險(xiǎn)，不考慮致因。在一些實(shí)施方案中，測定來自表7A(和表7B)中至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50,60或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中,測定表7A中多種生物標(biāo)志物和表7B中多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施 方案中，在疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):FAT3、GADLU CXADR、RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、ANKRD28、TIMM8A、PTPRD, CCRLl、FCRL4、DLX6、GABRB2、GYPA, PHTFl、CKLF, CKLF,RRAGD、CLEC4E、CKLF,FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPU VNN3、AMNU LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QKI, RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, MCTPl 和 SH3GL3。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、SNRPN、GLYATL1、DKRZP434L187、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FU35934、CCDC144A、ALD0AP2、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、HNRNPUL2、ELAVL2、PRTG、F0XA2、SCD5、L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488 和 RPL22。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):CLEC4E、 ΜΡ2、FGD4、CPEB2、LTB4R和VNN3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA, PHTFl、CKLF, CKLF, RRAGD, CKLF, L0C100290882, UBXN2B、ENTPD1、BSTl、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22、MCTPl和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙)的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA和MCTPl。在·多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件的3小時(shí)內(nèi)，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。在一些實(shí)施方案中，在疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間測定指示卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、 ΜΜ8Α、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFl、CKLF、CKLF、RRAGD, CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488和MCTPI。在另外的健康個(gè)體(即未患心肌梗塞、無血管風(fēng)險(xiǎn)因子)中,表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、HNRNPUL2、PHTFUCKLF,CKLF,RRAGD,CLEC4E、CKLF,FGD4、CPEB2、UBXN2B、BST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、ZNF608、FAR2、GAB1、VAPA 和 MCTPI。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出心肌梗塞的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD,L0C729222///PPFIBPU CCRLU FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C100290882、ENTPDl、CHMPIB, FCH02、L0C283027、REM2、QK1、RBM25、ST3GAL6、HNRNPH2、UBR5、L0C344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFU CKLF、CKLF、RRA⑶、CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB, MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5、VAPA 和 MCTPI。在多個(gè)實(shí)施方案中，在表現(xiàn)出一種或多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子的個(gè)體的疑似缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間，表7A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述個(gè)體罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。 與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物(例如，表16中所示的生物標(biāo)志物)的表達(dá)水平相比，表7A(和表7B)的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2倍、1.3倍、
1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、
2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷缺血性卒中或有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。與未經(jīng)歷血管事件的個(gè)體或個(gè)體群體中相同生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比,表7A (和表7B)的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷缺血性卒中或有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。4.可用于診斷卒中致因的生物標(biāo)志物可用于確定和診斷卒中致因的生物標(biāo)志物列舉在表13A、13B、14和15中?？梢元?dú)立地測定表13A、13B、14和15中多種生物標(biāo)志物表達(dá)水平用于確定卒中致因，以及聯(lián)合本文所描述的和本領(lǐng)域內(nèi)已知的用于預(yù)測、診斷或確認(rèn)卒中發(fā)生的生物標(biāo)志物、本領(lǐng)域內(nèi)已知的用于診斷卒中的其它方法、本領(lǐng)域內(nèi)已知的可用于確定卒中致因的其它生物標(biāo)志物(例如，本文所描述的)和/或本領(lǐng)域內(nèi)已知的用于確定卒中致因的方法。卒中亞型的分類是本領(lǐng)域內(nèi)已知的，并且可參考例如，Amarenco, et al., CerebrovascDis(2009) 27:493-501。表13A、14和15中多種生物標(biāo)志物表達(dá)水平的測定可以用于確定卒中致因，還可以獨(dú)立進(jìn)行，例如，當(dāng)已知發(fā)生了卒中或患者有經(jīng)歷缺血性卒中傾向時(shí)，用來診斷卒中致因。在一些實(shí)施方案中，獨(dú)立地測定表13A (和表13B)的至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50、60或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中,獨(dú)立地測定表14的至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50、60或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，獨(dú)立地測定表15的至少約3、5、10、15、20、25、30、40、50、60或更多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中,測定表13A中的多種多種生物標(biāo)志物和表13B中的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定表14中的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，測定表15中的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。表13A和13B中的生物標(biāo)志物可用于確定患者是否已經(jīng)歷心源性卒中(也稱為心臟栓塞、心源性栓塞、栓塞性心臟病)或是否有經(jīng)歷心源性卒中的傾向。當(dāng)血栓(凝塊)從心臟離開，通過心血管系統(tǒng)移動(dòng)，并留在腦中，首先中斷血液供給，然后通常導(dǎo)致出血，此時(shí)發(fā)生心源性卒中。在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有經(jīng)歷心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP、BANK1、HLA-D0A、EBF1、TMEM19、LHFP、FCRL1、00EP 和 LRRC37A3。在一些實(shí)施方案中，表13A中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有經(jīng)歷心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS, CHURC1、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl和 GSTKl。
與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物(例如，表16中所示的生物標(biāo)志物)的表達(dá)水平相比，表13A (和表13B)的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2倍、1.3倍、
1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、
2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷心源性卒中或有經(jīng)歷心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。與未經(jīng)歷血管事件的個(gè)體或個(gè)體群體中相同生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比,表13A(和表13B)的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、
2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷心源性卒中或有經(jīng)歷心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。表14中的生物標(biāo)志物可用于確定患者是否經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或是否有經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄的傾向。頸動(dòng)脈狹窄是頸動(dòng)脈內(nèi)表面(腔)變窄或縮窄，通常由動(dòng)脈粥樣硬化引起。斑塊的炎癥性形成能夠使頸動(dòng)脈變窄，并且可以是栓塞的來源。栓塞從斑塊斷裂并通過循環(huán)到達(dá)腦中的血管而引起缺血，缺血可以是暫時(shí)性的(例如，短暫性缺血發(fā)作)或永久性的，這導(dǎo)致血栓栓塞性卒中(也稱為動(dòng)脈粥樣硬化血栓形成、大動(dòng)脈動(dòng)脈粥樣硬化、伴隨狹窄的動(dòng)脈粥樣硬化)。在一些 實(shí)施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、C0L13A1、LHFP、RNF7、CYTH3、EBF1、RANBP10、PRSS35、C12orf42和L0C100127980。在一些實(shí)施方案中，表14中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物(例如，表16中所示的生物標(biāo)志物)的表達(dá)水平相比，表14的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn)。與未經(jīng)歷血管事件的個(gè)體或個(gè)體群體中相同生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比,表14的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn)。
表15中的生物標(biāo)志物可用于確定患者是否經(jīng)歷心房纖顫或是否有經(jīng)歷心房纖顫的傾向。心房纖顫(AF或A-fib)是最常見的心律失常，并且涉及心臟的兩個(gè)上腔(心房)的纖顫(即顫動(dòng))而不是協(xié)調(diào)的收縮。在一些情況下，心源性卒中可以作為心房纖顫的結(jié)果發(fā)生。心源性卒中可以是心房纖顫的下游結(jié)果，原因是纖顫心房中停滯的血液能夠形成血栓，然后血栓栓塞至腦循環(huán)，阻斷動(dòng)脈血流，并引起缺血性損傷。在一些實(shí)施方案中，表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):SMC1A、SN0RA68、GRLFU SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl和TTC7A。在一些實(shí)施方案中，表15中選自以下的一種或多種或全部缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16、L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64和 MAP3K7IP1。與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物(例如，表16中所示的生物標(biāo)志物)的表達(dá)水平相比，表15的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、1.5倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷心房纖顫或有經(jīng)歷心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)。與未經(jīng)歷血管事件的個(gè)體或個(gè)體群體中相同生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，表15的多種生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、
1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、
2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示個(gè)體已經(jīng)歷心房纖顫或有經(jīng)歷心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)。5.與對(duì)照表達(dá)水平的比較將缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)與對(duì)照缺血性卒中的表達(dá)水平進(jìn)行比較。如果合適的話，對(duì)照表達(dá)水平可以是另外的健康個(gè)體(例如，未經(jīng)歷TIA和/或沒有經(jīng)歷TIA風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體)中相同缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，如本文所述或本領(lǐng)域內(nèi)已知的，對(duì)照表達(dá)水平是多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照表達(dá)水平是，例如，基于另外的健康個(gè)體群體中生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，相同缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的預(yù)定閾值表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，將缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物和另外的健康個(gè)體中缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相對(duì)于例如多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，即，除以多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，相對(duì)于另外的健康個(gè)體中相同缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)，確定缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的過表達(dá)或低表達(dá)。例如，健康或正常對(duì)照個(gè)體未經(jīng)歷缺血性卒中和/或沒有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。健康或正常對(duì)照個(gè)體通常未經(jīng)歷血管事件(例如，TIA、缺血性卒中、心肌梗塞、周圍血管性疾病或靜脈血栓栓塞)。健康或正常對(duì)照個(gè)體通常沒有一種或 多種血管風(fēng)險(xiǎn)因子(例如，高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙)。如果合適的話，可以將健康或正常對(duì)照個(gè)體中目標(biāo)缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相對(duì)于多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，即，除以多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，相對(duì)于一種或多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物,確定缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的過表達(dá)或低表達(dá)。與對(duì)照患者相比，卒中或TIA患者的血液中內(nèi)部控制生物標(biāo)志物或內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物以相同或接近相同的表達(dá)水平表達(dá)。卒中或TIA患者的血液中目標(biāo)生物標(biāo)志物以較高或較低的水平表達(dá)。通過將目標(biāo)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平除以多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，使目標(biāo)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相對(duì)于參照生物標(biāo)志物標(biāo)準(zhǔn)化。目標(biāo)生物標(biāo)志物的標(biāo)準(zhǔn)化的表達(dá)水平可以用于預(yù)測卒中或TIA的發(fā)生與否和/或卒中或TIA的致因。 在一些實(shí)施方案中，將來自疑似患有或經(jīng)歷缺血性卒中的患者和來自對(duì)照患者的缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相對(duì)于多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化。將缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)的表達(dá)水平與對(duì)照患者中相同缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)的表達(dá)水平進(jìn)行比較。測定的表達(dá)倍數(shù)變化=缺血性卒中患者中目標(biāo)生物標(biāo)志物的標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)/對(duì)照患者中目標(biāo)生物標(biāo)志物的標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)。與健康對(duì)照患者中標(biāo)準(zhǔn)化的缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比,缺血性卒中患者中標(biāo)準(zhǔn)化的缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)至少約1.2倍、1.3倍、1.4倍、
1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、
2.7倍、2.8倍、2.9倍、3.0倍、3.1倍、3.2倍、3.3倍、3.4倍或3.5倍或更多倍指示所述缺血性卒中患者已經(jīng)歷缺血性卒中或有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。在一些實(shí)施方案中，對(duì)照表達(dá)水平是預(yù)定的閾值水平。閾值水平可以對(duì)應(yīng)于另外的健康個(gè)體或另外的健康個(gè)體群體中相同缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，任選地，將其相對(duì)于多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化。測定具有代表性數(shù)量的另外的健康個(gè)體和傾向于經(jīng)歷缺血性卒中的個(gè)體中的缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平和標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)水平之后，可以將缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的正常表達(dá)水平和缺血性卒中表達(dá)水平保持在數(shù)據(jù)庫中，從而允許確定指示是否有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)或缺血性卒中發(fā)生的閾值表達(dá)水平。如果預(yù)定的閾值表達(dá)水平是相對(duì)于正常對(duì)照患者群體，則與閾值水平相比,缺血性卒中患者中缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物過表達(dá)或低表達(dá)(通常是標(biāo)準(zhǔn)化的)至少約1.2 倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2倍、2.3 倍、2.4 倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4
倍或3.5倍或更多倍指示缺血性卒中患者已經(jīng)歷缺血性卒中或有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。如果預(yù)定的閾值表達(dá)水平是相對(duì)于已知經(jīng)歷缺血性卒中或已知具有經(jīng)歷缺血性卒中風(fēng)險(xiǎn)的患者群體，則疑似經(jīng)歷缺血性卒中的患者中的表達(dá)水平大致等于閾值水平(或過表達(dá)或低表達(dá)的程度大于閾值表達(dá)水平)時(shí)，指示缺血性卒中患者已經(jīng)歷缺血性卒中或有經(jīng)歷缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。關(guān)于用于比較的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物，優(yōu)選地，可用的示例性內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物列舉在下文的表16中。其它合適的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物公開于，例如，Stamova, etal., BMC Medical Genomics (2009) 2:49中。在一些實(shí)施方案中，測定多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平作為對(duì)照。在一些實(shí)施方案中，測定例如表16中所示的或本領(lǐng)域內(nèi)已知的至少約2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35或更多種或全部內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平作為對(duì)照。在一些實(shí)施方案中，測定內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物GAPDH、ACTB, B2M、HMBS和PPIB的表達(dá)水平作為對(duì)照。在一些實(shí)施方案中，測定選自以下的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25或更多種或全部內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平作為對(duì)照:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、P14KB、CRTC1、HADHA、MAPILC3B、KAT5、CDC2LI///CDC2L2、GTSE1、CDC2LI///CDC2L2、TCF25、CHP, LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2PU DAXX, UBE2NL、EIFUKCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLl、FBX042、L0C441258、RRPU ClOorf104,ZDHHC5、C9orf23、LRRC45、NACCl、L0C100133445///L0C115110、PEX16。與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平(例如，估計(jì)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物(例如，表16中所示的2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35或更多種生物標(biāo)志物)的幾何平均表達(dá)水平)相比,指示卒中或卒中具體致因的生物標(biāo)志物具有至少約1.2倍、1.3 倍、1.4 倍、1.5 倍、1.6 倍、1.7 倍、1.8 倍、1.9 倍、2.0 倍、2.1 倍、2.2 倍、2.3 倍、2.4倍、2.5 倍、2.6 倍、2.7 倍、2.8 倍、2.9 倍、3.0 倍、3.1 倍、3.2 倍、3.3 倍、3.4 倍或 3.5 倍或更多倍的表達(dá)水平。6.檢測生物標(biāo)志物的方法可以利用本領(lǐng)域內(nèi)已知的任何方法測定基因表達(dá)。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，測定基因表達(dá)的手段不是本發(fā)明的重要方面。可以在轉(zhuǎn)錄或翻譯(即蛋白)水平上檢測生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。在一些實(shí)施方案中，在轉(zhuǎn)錄水平上檢測生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。利用核酸雜交技術(shù)進(jìn)行具體DNA和RNA測量的多種方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的(參見Sambrook,同上，和Ausubel,同上)，并且可以用于檢測表74、78、13么、138、14和15中所示的基因的表達(dá)。一些方法涉及電泳分離(例如，用于檢測DNA的Southern印跡和用于檢測RNA的Northern印跡)，但是也可以在不利用電泳分離的情況下進(jìn)行DNA和RNA的測量(例如，通過斑點(diǎn)印跡)?；蚪MDNA(例如，來自人)的Southern印跡可用于篩選限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)，以檢測影響本發(fā)明多肽的遺傳病癥的存在?？梢詸z測所有形式的RNA，包括例如，信使 RNA (mRNA)、微 RNA (miRNA)、核糖體 RNA (rRNA)和轉(zhuǎn)運(yùn) RNA (tRNA)。核酸雜交形式的選擇不是關(guān)鍵的。多種核酸雜交形式是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。例如，常見的形式包括夾心測定和競爭或替代測定。雜交技術(shù)通常描述于Hamesand Higgins Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press(1985)；Gall and Pardue, Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A., 63:378-383 (1969)；以及 John etal.Nature, 223:582-587(1969)。雜交復(fù)合物的檢測可需要產(chǎn)信號(hào)復(fù)合物與靶標(biāo)和探針多核苷酸或核酸的雙螺旋的結(jié)合。通常，這種結(jié)合通過配體和抗配體相互作用而發(fā)生，例如配體偶聯(lián)的探針和偶聯(lián)有信號(hào)的抗配體之間的相互作用。通過暴露于超聲能，信號(hào)生成復(fù)合物的結(jié)合也易于得到加速。標(biāo)記也可以允許間接檢測雜交復(fù)合物。例如，如果標(biāo)記是半抗原或抗原,可以通過使用抗體來檢測樣本。在這些系統(tǒng)中，通過將熒光或酶分子連接于抗體，或在一些情況下，通過連接于放射性標(biāo)記而產(chǎn)生信號(hào)(參見例如，Ti jssen, “Practice and Theoryof Enzyme Immunoassays,，，Laboratory Techniques in Biochemistry and MolecularBiology, Burdon and van Knippenberg Eds.，Elsevier (1985)，pp.9-20)。探針通常被直接標(biāo)記，例如用同位素、發(fā)色團(tuán)、發(fā)光團(tuán)、色原體，或被間接標(biāo)記，例如用生物素，鏈霉親和素復(fù)合物隨后可以與生物素結(jié)合。因此，本發(fā)明測定中所用的可檢測的標(biāo)記可以是一級(jí)標(biāo)記(其中該標(biāo)記包含可直接檢測的元件或能產(chǎn)生直接可檢測的元件的元件)或二級(jí)標(biāo)記(其中可檢測的標(biāo)記與一級(jí)標(biāo)記結(jié)合，例如，免疫標(biāo)記中常用的)。通常，標(biāo)記的信號(hào)核酸用于檢測雜交?？梢酝ㄟ^常用于檢測雜交多核苷酸存在的數(shù)種方法中的任一種標(biāo)記互補(bǔ)的核酸或信號(hào)核酸。最常用的檢測方法是利用用3H、1251、35S、14C或32P標(biāo)記的探針等的放射自顯影法。其它標(biāo)記包括，例如，能結(jié)合標(biāo)記抗體的配體、熒光團(tuán)、化學(xué)發(fā)光劑、酶以及能作為標(biāo)記配體的特異結(jié)合對(duì)成員的抗體。對(duì)標(biāo)記、標(biāo)記步驟和標(biāo)記檢測的介紹見于Polak and Van Noorden Introduction to Immunocytochemistry,第二版，SpringerVerlag, NY(1997)；以及 Haugland Handbook of Fluorescent Probes and ResearchChemicals,由 Molecular Probes, Inc.出版的聯(lián)合手冊和名錄(1996)。通常，監(jiān)測具體探針或探針組合的檢測器被用于檢測檢測試劑標(biāo)記物。典型的檢測器包括分光光度計(jì)、光電管和二極管、顯微鏡、閃爍計(jì)數(shù)器、照相機(jī)、膠片等，以及以上的組合。合適的檢測器的實(shí)例可廣泛地從本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的多種商業(yè)途徑獲得。一般地，使包含結(jié)合的標(biāo)記部分的底物的光學(xué)圖像數(shù)字化，用于隨后的計(jì)算機(jī)分析。最通常地，通過檢測試劑的結(jié)合、對(duì)固定于固體支持物的標(biāo)記的量進(jìn)行定量，來測量RNA的量。通常，相對(duì)于不含調(diào)節(jié)劑的對(duì)照孵育或者與為具體反應(yīng)類型所建立的基線相t匕，孵育過程中調(diào)節(jié)劑的存在會(huì)增加或減少固定于固體支持物的標(biāo)記的量。檢測和定量標(biāo)記的手段是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。在優(yōu)選的實(shí)施方案中，將目標(biāo)核酸或探針固定于固體支持物上。適用于本發(fā)明測定中的固體支持物是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。本文使用的固體支持物是基本固定排列的材料基質(zhì)。例如，在本發(fā)明的一實(shí)施方案中，使用微陣列來檢測基因表達(dá)模式。微陣列提供了一種同時(shí)測量大量基因表達(dá)水平的方法。每一陣列由連接于固體支持物的可復(fù)制模式的多種核酸(例如，能與表74、 78、13八、138、14和15中所示的多個(gè)基因雜交的多種核酸)組成。在一實(shí)施方案中，陣列含有能與表7A(和7B)中所不的多個(gè)基因雜交的多種核酸。在一實(shí)施方案中，陣列含有能與表13A(和13B)中所不的多個(gè)基因雜交的多種核酸。在一實(shí)施方案中，陣列含有能與表14中所示的多個(gè)基因雜交的多種核酸。在一實(shí)施方案中，陣列含有能與表15中所示的多個(gè)基因雜交的多種核酸。標(biāo)記的RNA或DNA與陣列上互補(bǔ)的探針雜交，然后通過激光掃描檢測。測定陣列上每個(gè)探針的雜交強(qiáng)度，并將其轉(zhuǎn)化成缺血(例如，卒中或短暫性缺血發(fā)作)中相對(duì)基因表達(dá)水平的定量讀出。在一些實(shí)施方案中，從個(gè)體獲得樣本，從該樣本分離總mRNA，并將其轉(zhuǎn)化成標(biāo)記的cRNA，然后與陣列雜交。通過參照陣列上和樣本中存在的合適對(duì)照來計(jì)算相對(duì)轉(zhuǎn)錄物水平。參見 Mahadevappa and Warrington, Nat.Biotechnol.17, 1134-1136(1999)。多種自動(dòng)化固相測定技術(shù)也是合適的。例如，可從Affymetrix, Inc.(SantaClara, CA)購得的大規(guī)模的固定化多聚物陣列(VLSIPS )能被用于同時(shí)檢測參與同一調(diào)控通路的多個(gè)基因表達(dá)水平的變化。參見，Tijssen,同上，F(xiàn)odor et al.(1991)Science, 251:767-777 ;Sheldon et al.(1993)Clinical Chemistry39(4):718-719,以及 Kozal et al.(1996) Nature Medicine2 (7): 753-759。還可以使用本領(lǐng)域內(nèi)可利用的集成微流體系統(tǒng)和其它醫(yī)療點(diǎn)(point-of-care)診斷裝置。參見，例如，Liuand Mathies, Trends Biotechnol.(2009)27 (10):572-81 和 Tothill, Semin Cell DevBiol (2009) 20 (I): 55-62。在檢測多種核酸的表達(dá)水平中使用的微流體系統(tǒng)可獲自，例如，NanoString Technologies,網(wǎng)址為 nanostring, com。例如，可以通過使用能特異性結(jié)合雙螺旋核酸的標(biāo)記的檢測部分(例如，對(duì)RNA-DNA雙螺旋具有特異性的抗體)實(shí)現(xiàn)檢測。一個(gè)優(yōu)選的實(shí)例利用能識(shí)別DNA-RNA異雙螺旋的抗體，其中所述抗體與酶連接(通常通過重組或共價(jià)化學(xué)鍵)。當(dāng)酶與其底物反應(yīng)時(shí)，產(chǎn)生可檢測的產(chǎn)物時(shí)，從而檢測到抗體。Coutlee et al.(1989)Analytical Biochemistryl81:153-162 ；Bogulavski(1986)et al.J.1mmunol.Methods89:123-130 ；Prooijen-Knegt(1982)Exp.Cell Res.141:397-407 ；Rudkin(1976)Nature265:472-473, StolIar(1970)Proc.Nat’ I Acad.Sc1.USA65:993-1000 ；Bal Iard(1982)Mo I.Immunol.19:793-799 ；Pisetsky and Caster(1982)Mol.1mmunol.19:645-650 ;Viscidi et al.(1988) J.Clin.Microbial.41:199-209 ;以及 Kineyet al.(1989) J.Cl in.Microbiol.27:6-12描述了針對(duì)RNA雙螺旋(包括同雙螺旋和異雙螺旋)的抗體。包含對(duì)DNA = RNA雜合體具有特異性的抗體的試劑盒可獲自，例如，DigeneDiagnostics, Inc.(Beltsville, MD)。除了可購得的抗體之外，本領(lǐng)域技術(shù)人員利用已有的技術(shù)能夠容易地制備對(duì)核酸雙螺旋具有特異性的抗體，或能夠修飾商購的或可公開獲得的那些抗體。除了上文引用的技術(shù)之外，產(chǎn)生多克隆和單克隆抗體的一般方法是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的(參見例如，Paul (第 3 版)Fundamental Immunology Raven Press, Ltd., NY(1993) ；Coligan, etal., Current Protocols in Immunology, Wiley Interscience(1991-2008) ；Harlow andLane, Antibodies: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor Press, NY(1988) ；Harlowand Lane, Using Antibodies, Cold Spring Harbor Press, NY (1999) ；Stiteset al.(出版)Basic and Clinical Immunology (第 4 版)Lange Medical Publications, LosAltos, CA,以及其中引用的文獻(xiàn)；Goding Monoclonal Antibodies !Principles andPractice (第 2 版)Academic Press, New York, NY, (1986);以及 Kohler and MilsteinNature256:495-497 (1975))。其它適于抗體制備的技術(shù)包括選擇噬菌體或相似載體中的重組抗體文庫(參見，Huse et al.Science246:1275-1281 (1989);以及 Ward etal.Nature341:544-546 (1989))。特異性的單克隆和多克隆抗體以及抗血清通常以至少約0.1 μ M，優(yōu)選至少約0.01 μ M或更好，以及最通常和優(yōu)選0.001 μ M或更好的Kd來結(jié)合。本發(fā)明中使用的核酸可以是陽性或陰性探針。陽性探針能與其靶標(biāo)結(jié)合，雙螺旋形成是靶標(biāo)存在的證據(jù)。陰性探針不能與疑似靶標(biāo)結(jié)合，未形成雙螺旋是靶標(biāo)存在的證據(jù)。例如，使用野生型特異性核酸探針或PCR引物可以充當(dāng)測定樣本中的陰性探針，在所述樣本中，只存在感興趣的核苷酸序列。通過使用能增加待檢測目標(biāo)核酸的核酸擴(kuò)增系統(tǒng)，可以增強(qiáng)雜交測定的靈敏性。這類系統(tǒng)的實(shí)例包括聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)系統(tǒng)，尤其是RT-PCR或?qū)崟r(shí)PCR，以及連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(LCR)系統(tǒng)。本領(lǐng)域中近期描述的其它方法是基于核酸序列的擴(kuò)增(NASBA，Cangene, Mississauga, Ontario)和QP復(fù)制酶系統(tǒng)。這些系統(tǒng)能用于直接鑒定突變體，其中，PCR或LCR引物被設(shè)計(jì)成僅在存在選定序列時(shí)才會(huì)被延伸或連接?？蛇x擇地，通常能夠利用例如非特異性PCR引物擴(kuò)增選定序列，并且隨后探測擴(kuò)增的靶區(qū)中指示突變的特定序列。還可利用高通量多元核酸測序或“深度測序”來檢測捕獲的表達(dá)的生物標(biāo)志物基因。高通量測序技術(shù)是本領(lǐng)域內(nèi)已知的(例如，在網(wǎng)址454.com上的454測序)。測定本發(fā)明核酸的表達(dá)水平的可選方式是原位雜交。原位雜交測定是公知的，并且通常描述于 Angerer et al., Methods Enzymol.152:649-660 (1987)中。在原位雜交測定中，將細(xì)胞(優(yōu)選人細(xì)胞，例如血細(xì)胞)固定于固體支持物(通常為玻璃載玻片)。如果欲探測DNA，則用加熱或堿使細(xì)胞變性。然后,在中等溫度下使細(xì)胞與雜交溶液接觸，從而允許被標(biāo)記的特異性探針退火。優(yōu)選用放射性同位素或熒光報(bào)告子標(biāo)記探針。
在其它實(shí)施方案中，用定量RT-PCR來檢測表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個(gè)基因的表達(dá)。在一實(shí)施方案中，定量RT-PCR用于檢測表7A(和7B)中所示的多個(gè)基因。在一實(shí)施方案中，定量RT-PCR用于檢測表13A(和13B)中所示的多個(gè)基因。在一實(shí)施方案中，定量RT-PCR用于檢測表14中所示的多個(gè)基因。在一實(shí)施方案中，定量RT-PCR用于檢測表15中所示的多個(gè)基因。適用技術(shù)的一般性綜述可參見例如，A-Z ofQuantitative PCR, Bustin, ed., 2004, International University Line;QuantitativePCR Protocols, Kochanowski and Reischl,eds., 1999, Humana Press;ClinicalApplications of PCR, Lo, ed., 2006, Humana Press;PCR Protocols:A Guide to Methodsand Applications(Innis et al.eds.(1990))以及 PCR Technology!Principles andApplications for DNA Amplification (Erlich, ed.(1992))。此外，擴(kuò)增技術(shù)描述于美國專利號(hào)4，683，195和4，683，202中。本領(lǐng)域內(nèi)已知的多重PCR方法適用于本發(fā)明。因此，在本發(fā)明的一實(shí)施方案中，提供了包含多種多核苷酸的反應(yīng)混合物，所述多核苷酸能夠與表74、78、13八、138、14和15中所示的多個(gè)基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含多種多核苷酸的反應(yīng)混合物，所述多核苷酸能夠與表7A(和7B)中所示的多個(gè)基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含多種多核苷酸的反應(yīng)混合物，所述多核苷酸能夠與表13A (和13B)中所示的多個(gè)基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含多種多核苷酸的反應(yīng)混合物，所述多核苷酸能夠與表14中所示的多個(gè)基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了包含多種多核苷酸的反應(yīng)混合物，所述多核苷酸能夠與表15中所示的多個(gè)基因的核酸序列特異性雜交(例如，引物)。在一些實(shí)施方案中，反應(yīng)混合物是PCR混合物，例如，多重PCR混合物。本發(fā)明依賴于重組遺傳學(xué)領(lǐng)域的常規(guī)技術(shù)。通常，下文描述的重組DNA技術(shù)中的術(shù)語和實(shí)驗(yàn)方案是本領(lǐng)域內(nèi)熟知的并且常用于本領(lǐng)域內(nèi)。使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)來進(jìn)行克隆、DNA和RNA分離、擴(kuò)增和純化。通常，涉及DNA連接酶、DNA聚合酶、限制性內(nèi)切核酸酶等的酶學(xué)反應(yīng)按照廠商的說明書進(jìn)行。公開了本發(fā)明中使用的一般方法的基礎(chǔ)文章包括SambiOOk etal., Molecular Cloning, A Laboratory Manual (第 3 版，2001) ; Kriegler, Gene Transferand Expression:A Laboratory Manual (1990);以及 Current Protocols in MolecularBiology (Ausubel et al., eds., 1994-2008, Wiley Interscience))。對(duì)于核酸，以千堿基(kb)或堿基對(duì)(bp)來給出大小。這些是從瓊脂糖或丙烯酰胺凝膠電泳、測序的核酸或公開的DNA序列得到的估計(jì)值。對(duì)于蛋白，以千道爾頓(kDa)或氨基酸殘基數(shù)給出大小。蛋白大小是從凝膠電泳、測序的蛋白、得到的氨基酸序列或公開的蛋白序列估算出的。不可商購的寡核苷酸可以按照Beaucage&CarutherS，TetrahedronLetts.22:1859-1862(1981·)首次描述的固相亞磷酸酰胺三酯法，利用自動(dòng)合成儀化學(xué)合成，如 Van Devanter et.al., Nucleic Acids Res.12:6159-6168 (1984)中所描述的。通過非變性丙烯酰胺凝膠電泳或通過Pearson&Reanier, J.Chrom.255:137-149 (1983)中所描述的陰離子交換HPLC進(jìn)行寡核苷酸的純化。在一些實(shí)施方案中，在轉(zhuǎn)錄水平或蛋白水平上檢測本文描述的生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。蛋白檢測是本領(lǐng)域內(nèi)公知的，并且可以使用本領(lǐng)域內(nèi)已知的蛋白檢測方法。示例性的測定多種蛋白表達(dá)水平的測定包括，例如，ELISA、流式細(xì)胞術(shù)、質(zhì)譜分析(例如，MALDI或SELDI)、表面等離子共振(例如，BiaCore)、微流體技術(shù)和其它生物傳感器技術(shù)。參見例如，Tothill, Semin Cell Dev Biol (2009)20 (I):55-62。7.缺血性卒中參照譜本發(fā)明還提供了缺血參照譜。參照譜包括將多種缺血相關(guān)基因(即，表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個(gè)基因)的表達(dá)水平與具體類型的缺血關(guān)聯(lián)起來的信息。在一實(shí)施方案中，缺血參照譜將表7A(和7B)中所不的多個(gè)基因的表達(dá)水平與缺血的發(fā)生或風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)起來。在一實(shí)施方案中，缺血參照譜將表13A(和13B)中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平與心源性卒中的發(fā)生或風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)起來。在一實(shí)施方案中，缺血參照譜將表14中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平與頸動(dòng)脈狹窄的發(fā)生或風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)起來。在一實(shí)施方案中，缺血參照譜將表15中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平與心房纖顫的發(fā)生或風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)起來。這種譜可以方便地用于診斷、監(jiān)測和預(yù)測缺血。本發(fā)明的一實(shí)施方案提供了已經(jīng)歷卒中或有經(jīng)歷卒中風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的缺血參照譜，不考慮致因。因此，缺血參照譜與選自表7A(和表7B)的多個(gè)基因的表達(dá)水平相關(guān)。例如，以下表達(dá)譜是已經(jīng)歷卒中或有卒中風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的參照譜:表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)增加至少約1.2倍的表達(dá)譜:PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SH0X、TBX5、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATLK GADLl、CXADR、0V0L2、RNF141、CLEC4E、BXDC5、UNC5B、 ΜΡ2、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD、L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、SCD5、GABRB2、GYPA、PHTFU CKLF、CKLF、RRA⑶、CLEC4E、CKLF、F⑶4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDUBST1、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QKI, RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GABU UBR5、VAPA, L0C283027、L0C344595、RPL22、L0C100129488和MCTP1，以及表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)降低至少約1.2倍的表達(dá)譜:SPTLC3、DKRZP434L187、SPIB、HNRNPUL2、F0XA2、RPL22 和 SH3GL3。本發(fā)明的一實(shí)施方案提供了已經(jīng)歷心源性卒中或有經(jīng)歷心源性卒中風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的缺血參照譜。因此，缺血參照譜與選自表13A(和表13B)的多個(gè)基因的表達(dá)水平相關(guān)。例如，以下表達(dá)譜是已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的參照譜:表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)增加至少約1.2倍的表達(dá)譜:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、⑶L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP, BANKl、HLA-DOA, EBFl、TMEM19、LHFP、FCRLl、OOEP和LRRC37A3，以及表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)降低至少約1.2 倍的表達(dá)譜:L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。本發(fā)明的一實(shí)施方案提供了已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄和動(dòng)脈粥樣硬化性卒中或有經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄和動(dòng)脈粥樣硬化性卒中風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的缺血參照譜。因此，缺血參照譜與選自表14的多個(gè)基因的表達(dá)水平相關(guān)。例如，以下表達(dá)譜是已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄和動(dòng)脈粥樣硬化性血栓性卒中或有頸動(dòng)脈狹窄和動(dòng)脈粥樣硬化性血栓性卒中風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的參照譜:表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)增加至少約1.2倍的表達(dá)譜:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、COL13AK LHFP, RNF7、CYTH3、EBF1、RANBP10、PRSS35、C12orf42 和L0C100127980，以及表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)降低至少約1.2倍的表達(dá)譜:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL、L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2。本發(fā)明的一實(shí)施方案提供了已經(jīng)歷心房纖顫或有經(jīng)歷心房纖顫風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的缺血參照譜。因此， 缺血參照譜與選自表15的多個(gè)基因的表達(dá)水平相關(guān)。例如，以下表達(dá)譜是已經(jīng)歷心房纖顫或有發(fā)展為心房纖顫風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的參照譜:表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)增加至少約1.2倍的表達(dá)譜:SMC1A、SN0RA68、GRLFU SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl和TTC7A，以及表現(xiàn)出與對(duì)照水平相比，多種以下基因的表達(dá)降低至少約1.2 倍的表達(dá)譜:LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16,L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64和 MAP3K7IP1。可以將參照譜輸入數(shù)據(jù)庫，例如，包含符合預(yù)定種類的數(shù)據(jù)的關(guān)系數(shù)據(jù)庫。每個(gè)表格或關(guān)系在縱行中含有一種或多種數(shù)據(jù)類別。每一橫行含有縱行限定的類別的獨(dú)有的數(shù)據(jù)實(shí)例。例如，本發(fā)明典型的數(shù)據(jù)庫會(huì)包括這樣的表格，在縱行描述樣本的年齡、性別、生殖狀況、表達(dá)譜等。另一表格描述疾病:癥狀、等級(jí)、樣本鑒定、表達(dá)譜等。在一實(shí)施方案中，本發(fā)明將實(shí)驗(yàn)樣本與參照樣本的數(shù)據(jù)庫匹配。數(shù)據(jù)庫由多種不同的樣本組合，以便用作參照樣本。在一實(shí)施方案中，個(gè)體參照樣本將獲自就醫(yī)過程中的患者。關(guān)于樣本的生理狀態(tài)、疾病狀態(tài)和/或藥理狀態(tài)的信息也將通過任何可用的方法獲得。這可以包括，但不限于，表達(dá)譜分析、臨床分析、病史和/或患者面談。例如，能夠當(dāng)面確定患者的年齡、性別、族源、癥狀或既往疾病診斷以及患者正進(jìn)行的任何治療的特征。采集多個(gè)這種參照樣本。一個(gè)個(gè)體可以貢獻(xiàn)一個(gè)參照樣本或隨時(shí)間可以貢獻(xiàn)多個(gè)樣本。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)認(rèn)識(shí)到，當(dāng)數(shù)據(jù)庫中參照樣本的數(shù)量增加時(shí)，基于與數(shù)據(jù)庫比較的預(yù)測的置信度也增加。將數(shù)據(jù)庫組織為參照樣本組。每個(gè)參照樣本含有關(guān)于生理狀態(tài)、藥理狀態(tài)和/或疾病狀態(tài)的信息。一方面，數(shù)據(jù)庫是具有組織到三個(gè)數(shù)據(jù)表格中的數(shù)據(jù)的關(guān)系數(shù)據(jù)庫，一個(gè)是主要通過生理狀態(tài)將樣本分組的表格、一個(gè)是主要通過疾病狀態(tài)將樣本分組的表格，一個(gè)是主要通過藥理狀態(tài)將樣本分組的表格。在每個(gè)表格中，樣本可以進(jìn)一步按照兩個(gè)余下的類別進(jìn)行分組。例如，生理狀態(tài)表可以按照疾病狀態(tài)和藥理狀態(tài)被進(jìn)一步分類。如本領(lǐng)域技術(shù)人員所理解的，本發(fā)明還可以體現(xiàn)為方法、數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)或程序產(chǎn)品。因此，本發(fā)明可以采用數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)、方法、分析軟件等形式。按照本發(fā)明編寫的軟件被存儲(chǔ)在一些形式的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)中(諸如存儲(chǔ)器、硬盤、DVD ROM或⑶ROM)或通過網(wǎng)絡(luò)傳輸，并通過處理器執(zhí)行。本發(fā)明還提供了用于分析生理狀態(tài)、疾病狀態(tài)等級(jí)和/或治療效力的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。該計(jì)算機(jī)系統(tǒng)包括處理器和存儲(chǔ)器，該存儲(chǔ)器與編碼一個(gè)或多個(gè)程序的所述處理器連接。存儲(chǔ)器中所編碼的程序使處理器執(zhí)行上述方法的步驟，其中表達(dá)譜以及關(guān)于生理狀態(tài)、藥理狀態(tài) 和疾病狀態(tài)的信息由計(jì)算機(jī)系統(tǒng)接收作為輸入。計(jì)算機(jī)系統(tǒng)可用于執(zhí)行本發(fā)明實(shí)施方案的軟件(參見例如，美國專利號(hào)5，733，729)。8.為患者提供合適的治療和預(yù)防方案例如，一旦利用本文提供的生物標(biāo)志物，正面確定或確認(rèn)患者已經(jīng)歷卒中并確定卒中致因，本方法還包括制定、提供或?qū)嵤┤毖宰渲械念A(yù)防或治療方案的步驟。通過利用本文所述的生物標(biāo)志物診斷卒中的發(fā)生和/或致因，患者可以快速接受經(jīng)調(diào)整適合于已經(jīng)歷的卒中類型或患者有風(fēng)險(xiǎn)經(jīng)歷的卒中類型的治療。如果從表7A(和7B)評(píng)價(jià)的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平指示卒中的發(fā)生或風(fēng)險(xiǎn)，則可以利用本領(lǐng)域內(nèi)已知的方法確認(rèn)卒中的陽性診斷。例如，患者可以進(jìn)行腦和血管的MRI成像、其它的血液測試、EKG和/或心回波檢查。如果從表13A(和13B)評(píng)價(jià)的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平指示心源性卒中的發(fā)生和/或風(fēng)險(xiǎn)，則可以為患者制定或?qū)嵤┛鼓獎(jiǎng)┓桨?。示例性抗凝血?jiǎng)┌ò⑺酒チ?、肝素、華法令和達(dá)比加群。如果從表14評(píng)價(jià)的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平指示頸動(dòng)脈狹窄的發(fā)生和/或風(fēng)險(xiǎn)，則可以為患者制定或?qū)嵤┛寡“逅幬锓桨?。最常用的抗血小板藥物是阿司匹林。阿司匹林的替代品是抗血小板藥物氯吡格?Plavix)。一些研究表明，阿司匹林與另一種抗血小板藥物組合是最有效的。在一些實(shí)施方案中，為患者制定低劑量阿司匹林和抗血小板藥物潘生丁(Aggrenox)的組合，以降低血凝。噻氯匹唳(Ticlid)是另一種可以使用的抗血小板藥物。患有中度或重度頸動(dòng)脈(neck artery)(頸動(dòng)脈(carotid))狹窄的患者可能需要或受益于頸動(dòng)脈內(nèi)膜切除術(shù)。這種預(yù)防性的手術(shù)清除了頸動(dòng)脈的脂肪沉積(動(dòng)脈粥樣硬化斑塊)，從而預(yù)防了首次卒中或隨后的卒中。在一些實(shí)施方案中，患者可能需要或受益于頸動(dòng)脈成形術(shù)或支架。頸動(dòng)脈成形術(shù)涉及利用囊樣裝置來打開阻塞的動(dòng)脈，并將小線管(支架)放置在動(dòng)脈內(nèi)以保持其暢通。如果從表15評(píng)價(jià)的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平指示心房纖顫的發(fā)生和/或風(fēng)險(xiǎn)，則可以為患者制定抗凝血?jiǎng)?以預(yù)防卒中)和/或藥學(xué)試劑的方案，以實(shí)現(xiàn)心率控制。示例性抗凝血?jiǎng)┌ò⑺酒チ?、肝素、華法令和達(dá)比加群。示例性的心率控制藥物包括β阻滯劑(例如，美托洛爾、阿替洛爾、比索洛爾)、非二氫吡啶類鈣通道阻滯劑(例如，地爾硫卓或異搏定)和強(qiáng)心苷(例如，地高辛)。9.固體支持物和試劑盒本發(fā)明還提供了包含多種核酸探針的固體支持物，所述核酸探針能夠與表7Α、7Β、13Α、13Β、14、15以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表7Α以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表13Α以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表14以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表15以及任選的表16中所示的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。在多個(gè)實(shí)施方案中，固體支持物被設(shè)置為排除與卒中或卒中致因的診斷、預(yù)測或確認(rèn)無關(guān)或無法用于卒中或卒中致因的診斷、預(yù)測或確認(rèn)的基因。例如，與對(duì)照表達(dá)水平相t匕，患有卒中或疑似患有卒中(不考慮致因)的個(gè)體中過表達(dá)或低表達(dá)小于1.2倍的基因可以從本申請的固體支持物排除。在一些實(shí)施方案中，與對(duì)照表達(dá)水平相比，缺血性卒中(包括心源性卒中、動(dòng)脈粥樣硬化性血栓性卒中以及心房纖顫后的卒中)個(gè)體中過表達(dá)或低表達(dá)小于1.2倍的基因可以從本申請的固體支持物排除。固體支持物可以包含多種核酸探針，所述核酸探針能夠與本文所述的可用于診斷缺血性卒中、心源性卒中、頸動(dòng)脈狹窄和/或心房纖顫的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交。如果合適的話，可以將能夠與可用于診斷缺血性卒中、心源性卒中、頸動(dòng)脈狹窄和/或心房纖顫的多種(例如，兩種或更多種或全部)基因雜交的核酸探針以預(yù)定的陣列排列在固體支持物上。在多個(gè)實(shí)施方案中，鑒定的非特異性核酸和/或與缺血性卒中、心源性卒中、頸動(dòng)脈狹窄和/或心房纖顫的診斷不相關(guān)和/或不關(guān)聯(lián)的核酸不被連接于固體支持物。固體支持物可以是試劑盒中的組分。 本發(fā)明還提供了用于診斷缺血或發(fā)展為缺血的傾向的試劑盒。例如，本發(fā)明提供了包括一個(gè)或多個(gè)反應(yīng)容器的試劑盒，所述反應(yīng)容器中具有本發(fā)明的部分或全部反應(yīng)組分的小份。小份可以為液態(tài)或干燥形式。反應(yīng)容器可以包括允許在同一容器中容納、處理和/或擴(kuò)增樣本的樣本處理盒或其它容器。試劑盒可以包含多種能夠與表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個(gè)基因雜交的核酸探針。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含多種能夠與表7A(和7B)中所示的多個(gè)基因雜交的核酸探針。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含多種能夠與表13A(和13B)中所示的多個(gè)基因雜交的核酸探針。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含多種能夠與表14中所不的多個(gè)基因雜交的核酸探針。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含多種能夠與表15中所示的多個(gè)基因雜交的核酸探針。探針可以固定在本文所描述的陣列上。在一些實(shí)施方案中，試劑盒包含固體支持物，所述固體支持物包含多種核酸探針，所述核酸探針能夠與表7A、7B、13A、13B、14、15以及任選的表16中所示的多個(gè)基因雜交。例如，固體支持物可以是連接了多種核酸探針的微陣列，所述核酸探針能夠與表7A、7B、13A、13B、14、15以及任選的表16中所示的多個(gè)基因雜交。
此外，試劑盒可以包含合適的緩沖液、鹽及其它試劑，以便于用于測定表7A、7B、13A、13B、14和15中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平的擴(kuò)增和/或檢測反應(yīng)(例如，引物、標(biāo)記)。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含合適的的緩沖液、鹽及其它試劑，以便于用于測定表7A(和7B)中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平的擴(kuò)增和/或檢測反應(yīng)(例如，引物、標(biāo)記)。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含合適的緩沖液、鹽及其它試劑，以便于用于測定表13A(和13B)中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平的擴(kuò)增和/或檢測反應(yīng)(例如，引物、標(biāo)記)。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含合適的緩沖液、鹽及其它試劑，以便于用于測定表14中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平的擴(kuò)增和/或檢測反應(yīng)(例如，引物、標(biāo)記)。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含合適的緩沖液、鹽及其它試劑，以便于用于測定表15中所示的多個(gè)基因的表達(dá)水平的擴(kuò)增和/或檢測反應(yīng)(例如，引物、標(biāo)記)。試劑盒還可以包括使用試劑盒的書面說明書。在一實(shí)施方案中，試劑盒包含多種能夠與表7八、78、13八、138、14和15中所示的多種生物標(biāo)志物結(jié)合的抗體。所述抗體可以固定或可以不固定于固體支持物(例如，ELISA板)上。
實(shí)施例提供以下實(shí)施例用于說明而非限制請求保護(hù)的發(fā)明。實(shí)施例1:用于診斷缺血性卒中的發(fā)生和/或風(fēng)險(xiǎn)的生物標(biāo)志物材料和方法本研究有兩個(gè)目的:(1)證實(shí)之前鑒定出的29種探針能在新的隊(duì)列中區(qū)分IS與健康對(duì)照[Tang Y et al., J Cereb Blood Flow Metab.，26:1089-1102 (2006)];以及(2)鑒定能將IS與血管風(fēng)險(xiǎn)因子(SAVVY)對(duì)照和心肌梗塞(MI)對(duì)照區(qū)別開的其它基因。在<3、5和24小時(shí)(3h IS、5h IS、24IS)時(shí)，從IS患者(n=70，199份樣本)抽取全血，作為CLEAR試驗(yàn)的一部分[Pancioli AM et al., Stroke, 39:3268-3276 (2008) ] (Clinical-Trials.迎！上的NCT00250991)。在獲得3h血液樣本后，用r_tPA對(duì)IS個(gè)體進(jìn)行治療，給予或不給予依替巴妝。對(duì)照包括從 SAVVY(gex、Age and Variation in Vascular functionality)研究招募的健康個(gè)體(ri=38)、急性心肌梗塞個(gè)體(MI，n=17)和具有至少一種心血管風(fēng)險(xiǎn)因子(高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙)的個(gè)體(n=52)。每個(gè)部門的機(jī)構(gòu)審查委員會(huì)都批準(zhǔn)了本研究，并且每位患者都提供了知情同意書。血液樣本被收集在PAXgene管(PreAnlytix, Germany)中。利用 Ovation 全血試劑(Nugen Technologies, San Carlos, CA)處理分離的 RNA,并且使其雜交到 Affymetrix Genome U133Plus2GeneChips (AffymetrixSanta Clara, CA)上。利用 Robust Multichip Averaging(RMA) [Bolstad BM et al., Bioinformatics, 19:185-193(2003)]和我們的內(nèi)參基因標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)[Stamova BS et al., BMCMed Genomics, 2:49(2009)]將數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化。目的1:利用 PAM(Prediction Analysis of Microarrays) [Tibshirani R etal.,Proc Natl Acad Sci U S A, 99:6567-6572 (2002)]中的 k_ 最鄰近法確定以前鑒定出的29個(gè)基因的預(yù)測能力。將IS和健康個(gè)體隨機(jī)分成兩半，通過組和時(shí)間點(diǎn)(對(duì)于IS樣本)分成訓(xùn)練集(以開發(fā)預(yù)測算法)和獨(dú)立的檢驗(yàn)(驗(yàn)證)集(用于評(píng)價(jià)預(yù)測算法的精確度)。目的2:為了鑒定能 區(qū)分IS和全部對(duì)照組的基因，使用年齡、性別和微陣列批次影響調(diào)整的ANC0VA。利用最近收縮質(zhì)心(nearest-shrunken centroids)算法(PAM)使預(yù)測性基因的數(shù)量最小化。利用(I) 10倍交叉驗(yàn)證(CV)以及(2)在第二(獨(dú)立)檢驗(yàn)(驗(yàn)證)集中利用幾種預(yù)測算法(k-最鄰近法(K-NN)、支持向量機(jī)法(SVM)、線性判別分析法(LDA)以及二次判別分析法(QDA))評(píng)價(jià)鑒定出的基因從對(duì)照預(yù)測IS的能力。對(duì)于目的2，僅分析3h IS (未治療的)和24h IS樣本，因?yàn)樗鼈儽徽J(rèn)為在臨床上是最相關(guān)的。對(duì)于目的I和2的預(yù)測和交叉驗(yàn)證分析的詳細(xì)情況，請參見補(bǔ)充的材料和方法。研究參與者缺血件卒中(IS)患者從CLEAR試驗(yàn)招募急性IS參與者(n=68)，所述CLEAR試驗(yàn)是如之前所述的重組組織纖溶酶原激活劑(r-tPA)和依替巴肽的多中心、隨機(jī)雙盲安全性研究[Pancioli AM etal.，Stroke, 39:3268-3276(2008)] (Clinical-Trials.gov h的 NCT00250991)。在缺血性卒中開始之后彡3小時(shí)(3h IS)、5小時(shí)(5hr IS)和24小時(shí)(24IS)收集血液樣本。在3h采血后給予r-tPA，給予或不給予依替巴肽。由卒中神經(jīng)?？漆t(yī)師使用全部臨床和診斷試驗(yàn)包括神經(jīng)血管成像數(shù)據(jù)對(duì)IS進(jìn)行診斷。對(duì)照組血管風(fēng)險(xiǎn)因子個(gè)體(SAVVY)從SAVVY(gex、Jge and Variation in Vascular functionality)研究招募具有至少一種心血管風(fēng)險(xiǎn)因子(高血壓、糖尿病、高脂血癥或吸煙)的個(gè)體(n=52)。這些個(gè)體在本研究中稱為血管風(fēng)險(xiǎn)因子SAVVY對(duì)照。排除標(biāo)準(zhǔn)是既往的心血管疾病史(包括卒中、冠狀動(dòng)脈疾病、周圍動(dòng)脈疾病或深靜脈血栓形成)，BMI>46kg/m2，癌癥史、慢性感染、自身免疫疾病或血質(zhì)不調(diào)。心肌梗塞(MI)患者
從加利福尼亞大學(xué)戴維斯醫(yī)學(xué)中心招募MI個(gè)體(n=16)。自事件后的平均時(shí)間是58.0h (范圍19.3-176.5)。在采血之前，用抗血小板藥物和抗凝血?jiǎng)┘毙灾委熕袀€(gè)體。在采血之前，在一些患者中進(jìn)行了血管成形術(shù)(n=8)或CABG(n=l)。無MI患者接受r_tPA。健康對(duì)照從辛辛那提大學(xué)(n=15)、加利福尼亞大學(xué)戴維斯分校(n=3)和斯坦福大學(xué)(n=20)招募健康對(duì)照。這些個(gè)體從未住院治療過，沒有在服藥，并且沒有已知的重要醫(yī)學(xué)、外科和精神學(xué)疾病。對(duì)于連續(xù)變量(年齡)使用Student’ s雙尾t檢驗(yàn)，對(duì)于分類變量(性別、種族)使用X 2或費(fèi)希爾精確檢驗(yàn)，比較之前的研究[Tang Y et al., J Cereb Blood FlowMetab.，26:1089-1102 (2006)]和本研究之間的基線人口統(tǒng)計(jì)學(xué)數(shù)據(jù)，以及比較本研究的IS和對(duì)照個(gè)體之間的基線人口統(tǒng)計(jì)學(xué)數(shù)據(jù)。探針?biāo)降臄?shù)據(jù)分析利用Robust Multichip Averaging(RMA)標(biāo)準(zhǔn)化[Bolstad BM et al., Bioinformatics, 19:185-193(2003)],以及通過對(duì)穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)參基因的子集[Stamova BS etal., BMC Med Genomics, 2:49 (2009)]的改進(jìn)的內(nèi)參基因標(biāo)準(zhǔn)化(準(zhǔn)備中的稿件)，將來自Affymetrix U133Plus2.0表達(dá)陣列的每個(gè)探針的原始表達(dá)值轉(zhuǎn)化成探針組水平的數(shù)據(jù)。這涉及中位數(shù)修正概括步驟，即每個(gè)個(gè)體基因表達(dá)值除以參照基因的幾何平均數(shù)，并進(jìn)行1g2變換。對(duì)于目的I中的分析，使用RMA和內(nèi)參基因標(biāo)準(zhǔn)化的值。對(duì)于目的2中的所有分析，利用內(nèi)參基因標(biāo)準(zhǔn)化的值進(jìn)行差異基因的分離。在開發(fā)分類器中使用相同的值。批次校[H由于各批次的不平衡的性質(zhì)，因此當(dāng)將批次用作ANCOVA模型中的因素時(shí)，引入偏倚。然而，解釋現(xiàn)存的技術(shù)差異仍是可取的。在批次作為或不作為因素的情況下，通過選擇ANCOVA輸出集共有的基因來實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)。盡管該項(xiàng)技術(shù)引入了對(duì)選擇差異基因的嚴(yán)格標(biāo)準(zhǔn)，但其意圖在于當(dāng)進(jìn)行隨后的研究時(shí)能提高結(jié)果確認(rèn)的幾率，以及實(shí)現(xiàn)更好的普遍化，從而能被轉(zhuǎn)化成IS預(yù)測臨床測試。差異基因的鑒定單獨(dú)進(jìn)行每種比較的分析(分別為每個(gè)時(shí)間點(diǎn)(3h和24h)的IS相對(duì)于健康者、MI和SAVVY)。將樣本隨機(jī)分組，以便進(jìn)行分樣(split-sample)分析,其中預(yù)測算法在半數(shù)樣本(訓(xùn)練集)上訓(xùn)練，而在另外半數(shù)樣本(檢驗(yàn)集)上檢驗(yàn)分類器的性能。分析的工作流程圖如圖3所示。用于分別在健康者與3h IS和24h IS之間分離差異基因的特征選擇涉及從四種不同的ANCOVA分析(本文稱為模型1-4)發(fā)現(xiàn)共同的探針組。分析中使用的所有因素是所有模型(組、年齡、性別)所共有的，但除了批次，批次僅在模型I和3中作為因素。模型I和2應(yīng)用于隨機(jī)選擇的通過組和時(shí)間點(diǎn)(對(duì)于IS樣本)分級(jí)的半數(shù)樣本(在此稱為第一隨機(jī)半數(shù))，而模型3和4應(yīng)用于全部數(shù)據(jù)集。由于在試圖選擇更加可靠的探針組中批次的不平衡的性質(zhì)，因此進(jìn)行了具有批次和不具有批次的模型的重疊。進(jìn)行完全組模型和分組模型的重疊，以實(shí)現(xiàn)比分組模型更好的普遍化，從而能被轉(zhuǎn)化成IS預(yù)測臨床試驗(yàn)。開發(fā)了滿足以下標(biāo)準(zhǔn)的基因列表:FDR校正的P值(組)彡0.05和倍數(shù)變化彡-1.5或彡1.5，以及對(duì)于其它因素(未校正的P (年齡)>0.5和未校正的P (性別)>0.05，以及對(duì)于包括批次的模型，未校正的P (批次)>0.05)是不顯著的。目的是找到表達(dá)不受顯著的技術(shù)(批次)、性別或年齡影響的基因。
在模型I中用于24h IS相對(duì)于健康者的流程圖分析有例外，其中未校正的P (組)〈0.01用于產(chǎn)生更大的基因列表。SAVVY相對(duì)于3h IS和24h IS的分析僅包括模型2和4，因?yàn)橛捎谂瓮耆祀s，而批次未作為因素。MI相對(duì)于3h IS和24h IS的分析僅包括模型3和4，因?yàn)镸I患者的樣本大小很小(n=17)。在這種情況下，使用10倍交叉驗(yàn)證程序來確定分類算法的性能。如果特征選擇步驟時(shí)的探針組數(shù)量較大，我們繼續(xù)排除未注釋的探針組、注釋為染色體區(qū)段的探針組、注釋為假定蛋白的探針組、按照Affimetrix注釋可能檢測出多于一種獨(dú)特的基因(*_x_at、*_a_at、*_s_at)的探針組，并排除重復(fù)。預(yù)測/分類使用不同的預(yù)測算法。微陣列預(yù)測分析(PAM)使用K-最鄰近法作為分類引擎(默認(rèn)值k=10)以及最近收縮質(zhì)心法作為特征選擇方法[Tibshirani R et al., ProcNatl Acad Sci U S A，99:6567-6572 (2002)]。將通過上文所述的標(biāo)準(zhǔn)的差異表達(dá)的基因輸入PAM，并選擇具有最佳分類準(zhǔn)確性的最少數(shù)量的基因。此外，在組合的3h IS預(yù)測基因、24h IS預(yù)測基因以及3h加24h IS預(yù)測基因的分析中評(píng)價(jià)多種其它分類方法，以便找到最佳模型并產(chǎn)生預(yù)測準(zhǔn)確性的無偏估計(jì)(Partek Genomics Suite, Partek Inc., St.Louis, MI, USA中進(jìn)行的分析)。對(duì)于我們的特征約減步驟，使用ANCOVA模型和最近收縮質(zhì)心法的組合。除了 PAM之外，本研究中使用的分類模型是K最鄰近法(K-NN)，以歐氏距離相似性標(biāo)準(zhǔn)，k=l、3、5、7和9個(gè)鄰近點(diǎn)；具有相等和成比例的先驗(yàn)概率的最近質(zhì)心法(NC);具有相等和成比例的先驗(yàn)概率的二次判別分析(QDA)，具有相等和成比例的先驗(yàn)概率的線性判別分析(LDA),以及支持向量機(jī),組成121模型空間。對(duì)于這些方法的概述,參見[AsyaliMH et al., Current Bioinformatics, 1:55-73(2006) ；Jain AK et al., Statisticalpattern recognition:A review, IEEE Transactions On Pattern Analysis and MachineIntelligence.,22:4-37(2000)]。進(jìn)行2級(jí)嵌套式交叉驗(yàn)證(CV)，產(chǎn)生分類成功的較低的有偏估計(jì)(報(bào)道為準(zhǔn)確性(標(biāo)準(zhǔn)化)估計(jì))。在該方法中，進(jìn)行“外部”交叉驗(yàn)證，以產(chǎn)生預(yù)測誤差的無偏估計(jì)(通過保留樣本作為獨(dú)立的檢驗(yàn)集)。為了選擇應(yīng)用于保留檢驗(yàn)樣本的最佳模型，在訓(xùn)練數(shù)據(jù)(未通過“外部”交叉驗(yàn)證保留作為檢驗(yàn)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù))上進(jìn)行另外的“內(nèi)部”交叉驗(yàn)證。在整個(gè)集都用于訓(xùn)練和CV預(yù)測準(zhǔn)確性的情況下，使用全留一(leave-one-out)交叉驗(yàn)證(CV)。對(duì)于結(jié)果部分中的表4，使用以下參數(shù):*121模型空間的準(zhǔn)確性(標(biāo)準(zhǔn)化)估計(jì)=91.2%(80.3/88)。最佳模型:SVM(收縮=是，損失=101、nu=0.5、tol=0.001、kern rbfdeg=3、徑向基函數(shù)(Y ) =0.01> coef=0.0) κ =0.83。彳* 12 I模型空間的準(zhǔn)確性(標(biāo)準(zhǔn)化)估計(jì)=87.9%(76.4/87)。最佳模型:SVM(收縮=是，損失=101、nu=0.5、tol=0.001、kernrbf deg=3、徑向基函數(shù)(Y ) =0.0001、coef=0.0)。κ =0.83。丨21模型空間的準(zhǔn)確性(標(biāo)準(zhǔn)化)估計(jì)=91.2%(110/121)。最佳模型:SVM(收縮=是，損失=701、nu=0.5、tol=0.001、kern rbf deg=3、徑向基函數(shù)(Y ) =0.00001、coef=0.0)。| 在 3h 的正確分類=76%、在 24h的正確分類=97%。#在3h的正確分類=94%、在24h的正確分類=97%。鑒定組合的3h和24hIS預(yù)測基因中的生物學(xué)主題的差異基因的基因富集分析信號(hào)網(wǎng)絡(luò)分析(Ing·enuityPathway Analysis) (IPA8.0> Ingenuity Systems)用于鑒定3h和24h預(yù)測基因的組合97個(gè)探針組列表中過度表現(xiàn)的生物功能。使用費(fèi)希爾精確檢驗(yàn)(P〈0.1)來確定任何給定的生物功能中是否有97個(gè)探針組/基因的過度表現(xiàn)。從 Affymetrix NetAffix 網(wǎng)站(因特網(wǎng) affymetrix.com/user/login.jsp toURL=-/analysis/netaffx/index, affx)獲得卒中預(yù)測基因的基因本體。結(jié)果個(gè)體人口統(tǒng)計(jì)學(xué)表1(目的I)和表2(目的2)中提供了人口統(tǒng)計(jì)學(xué)信息。年齡在IS和對(duì)照組間具有顯著差異(ρ〈0.05)(表I和2)。性別在Tang et al, 2006的研究[Tang Y et al., JCereb Blood Flow Metab.，26:1089-1102 (2006)]和本研究(表 I)中的 IS 和健康個(gè)體間、以及在本研究中的IS和血管風(fēng)險(xiǎn)因子(SAVVY)對(duì)照個(gè)體間具有顯著差異(表2) (p〈0.05)。人種在IS與健康者和MI對(duì)照之間具有顯著差異(p〈0.05)(表2)。高血壓和糖尿病在各組之間沒有顯著差異。表1.來自我們之前的 Tang et al.2006 研究[Tang Y et al., J Cereb BloodFlow Metab.,26:1089-1102 (2006)]和我們當(dāng)前的缺血性卒中(IS)和健康對(duì)照的個(gè)體的
人口統(tǒng)計(jì)學(xué)總結(jié)。N=個(gè)體數(shù)
權(quán)利要求
1.診斷缺血性卒中的發(fā)生和致因或發(fā)展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括: a)測定來自患者的生物樣本中至少15種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中所述生物標(biāo)志物包括選自表7A的多種生物標(biāo)志物、選自表13A的多種生物標(biāo)志物、選自表14的多種生物標(biāo)志物以及選自表15的多種生物標(biāo)志物；以及 b)將缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平與多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平進(jìn)行比較， 其中與所述多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表7 A的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)； 其中與所述多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表13A的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患心源性卒中或有發(fā)展為心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)； 其中與所述多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表14的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患頸動(dòng)脈狹窄或有發(fā)展為頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn)； 其中與所述多種內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平相比，選自表15的多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平的升高或降低指示所述患者罹患心房纖顫或有發(fā)展為心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)， 進(jìn)而診斷缺血性卒中的發(fā)生和致因或發(fā)展為缺血性卒中的傾向。
2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中同時(shí)或相繼測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
3.如權(quán)利要求1至2中任一項(xiàng)所述的方法，其還包括從患者獲得生物樣本的步驟。
4.如權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
5.如權(quán)利要求1至4中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述多種穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物選自表16。
6.如權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之后的3小時(shí)或更短時(shí)間進(jìn)行。
7.如權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTFU CKLF,CKLF, RRAGD, CLEC4E、CKLF, FGD4、CPEB2、L0C100290882、UBXN2B、ENTPDl、BSTl、LTB4R、F5、IFRD1、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
8.如權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CCDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、OVOL2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALDOAP2、LDB3、PTPRD, LOC729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG, DLX6、FOXA2、SCD5、GABRB2、GYPA, L0C283027、LOC344595、RPL22、L0C100129488、RPL22 和 SH3GL3。
9.如權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之后至少3小時(shí)進(jìn)行。
10.如權(quán)利要求1至6和9中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、HMP2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、LOC100290882、UBXN2B、ENTPD UBSTU LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
11.如權(quán)利要求1至6和9-10中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CXDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA,L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
12.如權(quán)利要求1至11中任一項(xiàng)所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP, BANKU HLA-DOA, EBF1、TMEM19、LHFP, FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。
13.如權(quán)利要求1至12中任一項(xiàng)所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。
14.如權(quán)利要求1至13中任一項(xiàng)所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、C0L13A1、LHFP, RNF7、CYTH3、EBFl、RANBP10, PRSS35、C12orf42 和 L0C100127980。
15.如權(quán)利要求1至14中任一項(xiàng)所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL,L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。
16.如權(quán)利要求1至15中任一項(xiàng)所述的方法,其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):SMC1A、SN0RA68、GRLFl、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。
17.如權(quán)利要求1至16中任一項(xiàng)所述的方法，其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、COL13A1、DUSP16、LOC100129034、BRUN0L6、GPRl76、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。
18.如權(quán)利要求1至17中任一項(xiàng)所述的方法，其中在轉(zhuǎn)錄水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
19.如權(quán)利要求1至18中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關(guān)基因探針與所述生物樣本中所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來測定表達(dá)水平。
20.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列芯片上進(jìn)行。
21.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進(jìn)行。
22.如權(quán)利要求1至18中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過擴(kuò)增所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物來測定表達(dá)水平。
23.如權(quán)利要求22所述的方法，其中擴(kuò)增反應(yīng)是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)。
24.如權(quán)利要求1至17中任一項(xiàng)所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
25.診斷缺血性卒中或發(fā)展為缺血性卒中的傾向的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中，與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn)，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表7A中所示的生物標(biāo)志物。
26.如權(quán)利要求25所述的方法，其還包括測定表7B中所示的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
27.如權(quán)利要求25至26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之后3小時(shí)或更短時(shí)間進(jìn)行。
28.如權(quán)利要求25至27中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、HMP2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、LOC100290882、UBXN2B、ENTPD UBSTU LTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTP1、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
29.如權(quán)利要求25至28中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、CXDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX, TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
30.如權(quán)利要求25至26中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在疑似缺血事件之后至少3小時(shí)進(jìn)行。
31.如權(quán)利要求25至26和30中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):RNF141、CLEC4E、 ΜΡ2、PHTF1、CKLF、CKLF、RRAGD、CLEC4E、CKLF、FGD4、CPEB2、LOC100290882、UBXN2B、ENTPD UBSTULTB4R、F5、IFRDl、KIAA0319、CHMPIB、MCTPl、VNN3、AMNl、LAMP2、FCH02、ZNF608、REM2、QK1、RBM25、FAR2、ST3GAL6、HNRNPH2、GAB1、UBR5 和 VAPA。
32.如權(quán)利要求25至26和30至31中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者具有至少一種血管風(fēng)險(xiǎn)因子，并且表7A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者罹患缺血性卒中或有發(fā)展為缺血性卒中的風(fēng)險(xiǎn):PGM5、(XDC144C///L0C100134159、LECT2、SHOX、TBX5、SPTLC3、SNIP、RBMS3、P704P、THSD4、FAT3、SNRPN、GLYATL1、GADLl、CXADR、0V0L2、SPIB、BXDC5、UNC5B、ASTN2、FLJ35934、ANKRD28、CCDC144A、TIMM8A、ALD0AP2、LDB3、PTPRD, L0C729222///PPFIBP1、CCRLl、HNRNPUL2、FCRL4、ELAVL2、PRTG、DLX6、F0XA2、SCD5、GABRB2、GYPA、L0C283027、L0C344595、RPL22、LOClOO129488、RPL22和 SH3GL3。
33.如權(quán)利要求25至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中在轉(zhuǎn)錄水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
34.如權(quán)利要求25至33中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關(guān)基因探針與所述生物樣本中所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來測定表達(dá)水平。
35.如權(quán)利要求34所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列芯片上進(jìn)行。
36.如權(quán)利要求34所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進(jìn)行。
37.如權(quán)利要求25至33中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過擴(kuò)增所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物來測定表達(dá)水平。
38.如權(quán)利要求37所述的方法，其中擴(kuò)增反應(yīng)是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)。
39.如權(quán)利要求25至32中任一項(xiàng)所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
40.如權(quán)利要求25至39中任一項(xiàng)所述的方法，其中測定至少15種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
41.如權(quán)利要求25至40中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
42.如權(quán)利要求25至41中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述缺血性卒中是選自以下的一種:栓塞性卒中、血栓性卒中、短暫性缺血發(fā)作、心源性卒中和動(dòng)脈粥樣硬化性血栓性卒中。
43.如權(quán)利要求25至42中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述對(duì)照是穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
44.如權(quán)利要求25至43中任一項(xiàng)所述的方法，如果確定了缺血性卒中或有缺血性卒中風(fēng)險(xiǎn)的診斷，所述方法還包括確定缺血性卒中致因的步驟。
45.如權(quán)利要求44所述的方法，其還包括提供適合于確定的缺血性卒中致因的治療或預(yù)防方案的步驟。
46.如權(quán)利要求44所述的方法，其中通過測定表13A中所示的多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平來確定缺血性卒中的致因，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。
47.如權(quán)利要求46所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、C0L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP,BANKl、HLA-DOA、EBF1、TMEM19、LHFP, FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。
48.如權(quán)利要求46至47中任一項(xiàng)所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn):L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。
49.如權(quán)利要求46至48中任一項(xiàng)所述的方法，其還包括測定表13B中所示的多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。
50.如權(quán)利要求25至49中任一項(xiàng)所述的方法，其中測定至少15種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
51.如權(quán)利要求44至50中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過測定表14中所示的多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平來確定缺血性卒中的致因，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn)。
52.如權(quán)利要求51所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKRIC3、COL13A1、LHFP、RNF7、CYTH3、EBF1、RANBPIO、PRSS3 5、C12orf42 和 L0C100127980。
53.如權(quán)利要求51至52中任一項(xiàng)所述的方法,其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄或有頸動(dòng)脈狹窄的風(fēng)險(xiǎn):FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL,L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。
54.如權(quán)利要求25至53中任一項(xiàng)所述的方法，其中測定至少15種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
55.如權(quán)利要求44至54中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過測定表15中所示的多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平來確定缺血性卒中的致因，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)。
56.如權(quán)利要求55所述的方法,其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):SMC1A、SN0RA68、GRLFl、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。
57.如權(quán)利要求55至56中任一項(xiàng)所述的方法,其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、C0L13A1、DUSP16, L0C100129034、BRUN0L6、GPR176、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。
58.如權(quán)利要求25至58中任一項(xiàng)所述的方法，其中測定至少15種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
59.確定有需要的患者中缺血性卒中致因的方法，所述方法包括:測定來自缺血性卒中患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表13A中所示的生物標(biāo)志物。
60.如權(quán)利要求59所述的方法，其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中:IRF6、ZNF254、GRM5、EXT2、AP3S2、PIK3C2B、ARHGEF5、⑶L13A1、PTPN20A///PTPN20B、LHFP, BANKl、HLA-DOA, EBFl、TMEM19、LHFP, FCRLU OOEP 和 LRRC37A3。
61.如權(quán)利要求59至60中任一項(xiàng)所述的方法,其中表13A中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中:L0C284751、CD46、ENPP2、C19orf28、TSKS、CHURCl、ADAMTSL4、FLJ40125、CLEC18A、ARHGEF12、C16orf68、TFDPl 和 GSTKl。
62.如權(quán)利要求59至61中任一項(xiàng)所述的方法，其還包括測定表13B中所示的多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心源性卒中或有心源性卒中的風(fēng)險(xiǎn)。
63.如權(quán)利要求59至62中任一項(xiàng)所述的方法，其中測定至少15種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
64.如權(quán)利要求59至63中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更短時(shí)間進(jìn)行。
65.如權(quán)利要求59至63中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間進(jìn)行。
66.如權(quán)利要求59至65中任一項(xiàng)所述的方法，其還包括治療患者的心源性卒中的步驟。
67.如權(quán)利要求59至66中任一項(xiàng)所述的方法，其中在轉(zhuǎn)錄水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
68.如權(quán)利要求59至67中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關(guān)基因探針與所述生物樣本中所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來測定表達(dá)水平。
69.如權(quán)利要求68所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列芯片上進(jìn)行。
70.如權(quán)利要求68所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進(jìn)行。
71.如權(quán)利要求59至67中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過擴(kuò)增所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物來測定表達(dá)水平。
72.如權(quán)利要求71所述的方法，其中擴(kuò)增反應(yīng)是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)。
73.如權(quán)利要求59至66中任一項(xiàng)所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
74.如權(quán)利要求59至73中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
75.如權(quán)利要求59至74中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述對(duì)照是穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
76.確定有需要的患者中缺血性卒中致因的方法，所述方法包括:測定來自缺血性卒中患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表14中所示的生物標(biāo)志物。
77.如權(quán)利要求76所述的方法，其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄:NT5E、CLASP2、GRM5、PROCR、ARHGEF5、AKR1C3、C0L13A1、LHFP、RNF7、CYTH3、EBF1、RANBP10、PRSS35、C12orf42和L0C100127980。
78.如權(quán)利要求76至77中任一項(xiàng)所述的方法,其中表14中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷頸動(dòng)脈狹窄:FLJ31945、L0C284751、L0C100271832、MTBP、ICAM4、SH0X2、D0PEY2、CMBL, L0C146880、SLC20A1、SLC6A19、ARHGEF12、C16orf68、GIPC2 和 L0C100144603。
79.如權(quán)利要求76至78中任一項(xiàng)所述的方法，其中測定至少15種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
80.如權(quán)利要求76至79中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更短時(shí)間進(jìn)行。
81.如權(quán)利要求76至79中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間進(jìn)行。
82.如權(quán)利要求76至81中任一項(xiàng)所述的方法，其還包括治療患者的頸動(dòng)脈狹窄的步驟。
83.如權(quán)利要求76至82中任一項(xiàng)所述的方法，其中在轉(zhuǎn)錄水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
84.如權(quán)利要求76至83中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關(guān)基因探針與所述生物樣本中所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來測定表達(dá)水平。
85.如權(quán)利要 求84所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列芯片上進(jìn)行。
86.如權(quán)利要求84所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進(jìn)行。
87.如權(quán)利要求76至83中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過擴(kuò)增所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物來測定表達(dá)水平。
88.如權(quán)利要求87所述的方法，其中擴(kuò)增反應(yīng)是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)。
89.如權(quán)利要求76至82中任一項(xiàng)所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
90.如權(quán)利要求76至89中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
91.如權(quán)利要求76至90中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述對(duì)照是穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
92.確定患者經(jīng)歷心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)或易感性的方法，所述方法包括:測定來自患者的生物樣本中多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物的表達(dá)水平，其中與對(duì)照相比，所述水平的升高或降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有經(jīng)歷心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn)，其中所述多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物選自表15中所示的生物標(biāo)志物。
93.如權(quán)利要求92所述的方法，表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的升高指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):SMC1A、SNORA68、GRLF1、SDC4、HIPK2、L0C100129034、CMTMl 和 TTC7A。
94.如權(quán)利要求92至93中任一項(xiàng)所述的方法，其中表15中選自以下的一種或多種缺血性卒中相關(guān)生物標(biāo)志物表達(dá)水平的降低指示所述患者已經(jīng)歷心房纖顫或有心房纖顫的風(fēng)險(xiǎn):LRRC43、MIF///SLC2A11、PER3、PPIE、COL13A1、DUSP16, L0C100129034、BRUNOL6、GPR176、C6orfl64 和 MAP3K7IP1。
95.如權(quán)利要求92至94中任一項(xiàng)所述的方法，其中測定至少15種生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
96.如權(quán)利要求92至95中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述患者已患缺血性卒中。
97.如權(quán)利要求92至96中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更短時(shí)間進(jìn)行。
98.如權(quán)利要求92至96中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測定步驟在缺血事件之后3小時(shí)或更長時(shí)間進(jìn)行。
99.如權(quán)利要求92至98中任一項(xiàng)所述的方法，其還包括治療患者的心房纖顫的步驟。
100.如權(quán)利要求92至99中任一項(xiàng)所述的方法，其中在轉(zhuǎn)錄水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
101.如權(quán)利要求92至100中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過檢測缺血性卒中相關(guān)基因探針與所述生物樣本中所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物的雜交來測定表達(dá)水平。
102.如權(quán)利要求101所述的方法，其中所述雜交步驟在核酸陣列芯片上進(jìn)行。
103.如權(quán)利要求101所述的方法，其中所述雜交步驟在微流體陣列板中進(jìn)行。
104.如權(quán)利要求92至100中任一項(xiàng)所述的方法，其中通過擴(kuò)增所述生物標(biāo)志物的基因轉(zhuǎn)錄物來測定表達(dá)水平。
105.如權(quán)利要求104所述的方法，其中擴(kuò)增反應(yīng)是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)。
106.如權(quán)利要求92至99中任一項(xiàng)所述的方法，其中在蛋白水平上測定所述生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
107.如權(quán)利要求92至106中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣本是血液、血清或血漿。
108.如權(quán)利要求92至107中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述對(duì)照是穩(wěn)定表達(dá)的內(nèi)源性參照生物標(biāo)志物的表達(dá)水平。
109.固體支持物，其包含能夠與表7A中所示的多個(gè)基因雜交的多種核酸、能夠與表13A中所示的多個(gè)基因雜交的多種核酸、能夠與表14中所示的多個(gè)基因雜交的多種核酸以及能夠與表15中所示的多個(gè)基因雜交的多種核酸。
110.如權(quán)利要求109所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLl、SHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、HMP2、ELL2、CXADR 和 RNF141。
111.如權(quán)利要求109至110中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:RPL22、SNIP、SH3GL3、MCTPl、FAT3、SPTLC3、RBMS3、SNRPN 和 ΜΡ2。
112.如權(quán)利要求109至111中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:FGD4、F5、ABCAl、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF,CLEC4E、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD、CPEB2、CKLF、BSTl 和 CKLF。
113.如權(quán)利要求109至112中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:ZNF608、FCH02、ST3GAL6、ABCAU THBD, AMNU QK1、KIAA0319、MCTPl、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB, LAMP2、VAPA, IFRD1、HNRNPH2、REM2 和GAB I。
114.如權(quán)利要求109至113中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:THSD4、SNRPN、ASTN2、SNIP、FAT3、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、TBX5、PGM5、SCD5、FCRL4、SHOX、CCRLl、LECT2、PTPRD, CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、RBMS3、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、SPTLC3、F0XA2、DLX6、ALD0AP2 和 FLJ35934。
115.如權(quán)利要求109至114中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:RPL22、L0C100129488、L0C283027、L0C344595、THSD4、FAT3 和 P704P。
116.如權(quán)利要求109至115中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表7A和7B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:SNIP、BXDC5、FAT3、LECT2、THSD4、CCDC144C///L0C100134159、0V0L2、SPTLC3、CLEC4E、GLYATLK RBMS3、SPIB、DKFZP434L187、GADLUSHOX、TBX5、UNC5B、PGM5、 ΜΡ2、ELL2、CXADR、RNF141、RPL22、SH3GL3、MCTPl、SNRPN、FGD4、F5、ABCAl、L0C100290882、LTB4R、UBXN2B、CKLF、PHTFl、ENTPDl、0SBPL1A、RRAGD, CPEB2、CKLF、BST1、ZNF608、FCH02、ST3GAL6、THBD、AMN1、QK1、KIAA0319、MCTP1、VNN3、UBR5、FAR2、RBM25、CHMPIB, LAMP2、VAPA, IFRDl、HNRNPH2、REM2、GABl、ASTN2、TIMM8A、CCDC144C///L0C100134159、ANKRD28、SCD5、FCRL4、CCRLl、LECT2、PTPRD、CCDC144A、LDB3、L0C729222///PPFIBP1、P704P、GYPA、PRTG、GABRB2、HNRNPUL2、ELAVL2、F0XA2、DLX6、ALD0AP2、FLJ35934、L0C100129488、L0C283027 和 L0C344595。
117.如權(quán)利要求109至116中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表13A和13B中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:EBF1、GRM5、TSKS、ENPP2、AP3S2、LRRC37A3、C16orf68、L0C284751、IRF6、LHFP、BANKU ARHGEF5、ZNF254、TFDPU C0L13A1、GSTKUADAMTSL4、P2RX5、LHFP、PIK3C2B、CHURCl、EXT2、HLA-DOA, OOEP, ZNF185、TMEM19、FCRLl、FLJ40125、ARHGEF12、CLEC18A、CD46、PTPN20A///PTPN20B 和 C19orf28。
118.如權(quán)利要求109至117中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表14中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:EBF1、FLJ31945、C16orf68、SLC20A1、D0PEY2、C0L13A1、LHFP、L0C284751、GRM5、L0C100144603、MTBP、SH0X2、ARHGEF5、RNF7、CLASP2、GIPC2、RANBP10, CMBL, L0C100127980、CYTH3、PROCR、L0C146880、SLC6A19、ICAM4、C12orf42、ARHGEF12、PRSS35、NT5E、L0C100271832、LHFP、NT5E 和 AKR1C3。
119.如權(quán)利要求109至118中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其包含能夠與表15中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:CMTM1、C0L13A1、SDC4、C6orfl64、GPR176、BRUN0L6、SN0RA68、MIF///SLC2A11、DUSP16、HIPK2、TTC7A、PPIE、GRLFl、MAP3K7IP1、L0C100129034、PER3、SMClA 和 LRRC43。
120.如權(quán)利要求109至119中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其還包含能夠與表16中選自以下的多個(gè)基因雜交的多種核酸:USP7、MAPRE2、CSNK1G2、SAFB2、PRKAR2A、PI4KB、CRTCl、HADHA, MAP1LC3B、KAT5、CDC2L1///CDC2L2、GTSEU TCF25、CHP、LRRC40、hCG_2003956///LYPLA2///LYPLA2P1、DAXX, UBE2NL、EIFl、KCMFl、PRKRIP1、CHMP4A、TMEM184C、TINF2、PODNLU FBX042、L0C441258、RRPU C10orfl04, ZDHHC5、C9orf23, LRRC45、NACCUL0C100133445///L0C115110、PEX16。
121.如權(quán)利要求109至120中任一項(xiàng)所述的固體支持物，其中所述固體支持物是微陣列。
全文摘要
本發(fā)明提供了用于診斷卒中的發(fā)生和致因的組合物和方法。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK103080339SQ201180042576
公開日2013年5月1日 申請日期2011年7月14日 優(yōu)先權(quán)日2010年7月15日
發(fā)明者弗蘭克·沙普, 博亞納·斯塔莫瓦, 格蘭·C·吉克靈 申請人:加利福尼亞大學(xué)董事會(huì)