一種與豬肉pH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明屬于家畜分子標(biāo)記制備【技術(shù)領(lǐng)域】，具體涉及一種與豬肉pH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備與應(yīng)用，從豬的miR-29原初轉(zhuǎn)錄本即miR-29-b2/c簇中克隆獲得一種作為分子標(biāo)記應(yīng)用的與豬肉pH性狀相關(guān)的基因片段，其核苷酸序列如序列表SEQ?ID?NO.1所示，在SEQ?ID?NO.1的632bp處有一個T632-C532的堿基替換，導(dǎo)致NcoI-RFLP多態(tài)性。本發(fā)明還公開了制備與豬肉質(zhì)性狀相關(guān)分子標(biāo)記的方法以及制備的分子標(biāo)記在豬肉豬肉pH性狀多態(tài)性檢測中的應(yīng)用，為豬肉質(zhì)性狀的標(biāo)記輔助選擇提供了一個新的標(biāo)記。
【專利說明】一種與豬肉PH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明屬于家畜分子標(biāo)記制備【技術(shù)領(lǐng)域】，具體涉及一種利用miR_29c原初轉(zhuǎn)錄本單核苷酸多態(tài)性預(yù)測豬肉質(zhì)性狀的方法及其分子標(biāo)記，該方法具體與豬肉PH值相關(guān)的SNP分子標(biāo)記有關(guān)。
技術(shù)背景
[0002]遺傳學(xué)標(biāo)記主要包括形態(tài)學(xué)標(biāo)記、細(xì)胞學(xué)標(biāo)記、生化標(biāo)記和分子標(biāo)記。分子標(biāo)記因其直接從DNA水平上反應(yīng)個體間的差異，幾乎不受環(huán)境、發(fā)育階段、組織等的影響(陳旭，張?jiān)獝?2006)。分子育種不僅能大大縮短育種年限還能減少育種過程中的人力物力消耗，而且分子標(biāo)記呈現(xiàn)多樣性，使其在動物育種中具有很大的潛力，因此分子育種在家畜育種被廣泛應(yīng)用。目前應(yīng)用比較廣泛的包括DNA指紋標(biāo)記技術(shù)、微衛(wèi)星標(biāo)記、SNP標(biāo)記等(于中偉.2009)。單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP),主要是指在基因組上由于單個核苷酸的變異而形成的遺傳標(biāo)記，其數(shù)量很多，多態(tài)性豐富。其檢測方法包括PCR-SSCP，PCR-RFLP，測序及SNP芯片等。限制性內(nèi)切酶片段長度多態(tài)性(RestrictionFragment Length Polymorphism, RFLP)是指由于不同品種(個體)基因組的限制性內(nèi)切酶的酶切位點(diǎn)處的堿基發(fā)生突變，或酶切位點(diǎn)之間發(fā)生了堿基的插入、缺失等，導(dǎo)致酶切片段大小發(fā)生了變化，這種變化可以通過瓊脂糖電泳或聚丙烯酰胺凝膠電泳進(jìn)行檢測，從而可比較不同品種(個體)的DNA水平的多態(tài)性(Beuzen N.D.，et al.2000)。
[0003]最近，科研人員提出了一個測評豬肉質(zhì)量的新依據(jù)——豬肉的PH值，研究發(fā)現(xiàn)，高PH值和豬肉質(zhì)量之間有著密切的聯(lián)系，肉的pH可以用來作為評定肉新鮮度的參考指標(biāo)。因此與肉的PH相關(guān)的基因可作為提高肉質(zhì)性狀的候選基因。miciORNA是一類存在于真核生物的18-24bp的非編碼RNA(Lee et al, 1993)，它們在多種生物學(xué)過程中發(fā)揮重要的作用。MiR-29c位于9號染色體，參與多種不同的生命過程。研究結(jié)果表明miR-29在骨骼肌的發(fā)育過程中發(fā)揮重要的作用，miR-29可以促進(jìn)骨骼肌分化(Wei Wei, et al.2013)，參與調(diào)節(jié)肌肉疾病(Perbellini et al.2010)。
[0004]目前，利用microRNA的單核苷酸多態(tài)性對豬肉質(zhì)性狀的分子標(biāo)記研究很少，本發(fā)明在miR-29c原初轉(zhuǎn)錄本上找到的與豬肉pH相關(guān)的SNP屬首次發(fā)現(xiàn)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種與豬肉pH性狀相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)分子標(biāo)記。本發(fā)明另一個目的在于提供與豬肉PH性狀相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性分子標(biāo)記的應(yīng)用。
[0006]本發(fā)明的技術(shù)方案如下所述:
[0007] 申請人:從報(bào)道的豬miR-29b-2/c簇中克隆得到一種與豬肉pH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其核苷酸序列如下所示:
[0008]
【權(quán)利要求】
1.一種與豬肉PH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，其核苷酸序列如下所示:
2.擴(kuò)增如權(quán)利要求1所述分子標(biāo)記的引物組合，其DNA序列如下所示: 正向引物:AITTCTGCCCGGTCACGAGT， 反向引物:TCCCCCTACATCATAACCGA。 反轉(zhuǎn)錄miR-29c的特異引物:
3.權(quán)利要求1所述的分子標(biāo)記在豬肉pH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記性狀檢測中的應(yīng)用。
4.權(quán)利要求2所述的引物組合在豬肉pH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記性狀檢測中的應(yīng)用。
5.一種與豬肉pH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記的制備方法，其特征在于下列步驟: 提取豬基因組DNA，根據(jù)的豬miR-29b-2/c簇序列信息，選取miR-29_b2/C初始轉(zhuǎn)錄本上下游各2000bp的序列設(shè)計(jì)PCR擴(kuò)增引物組合，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2和3所示，用該引物組合進(jìn)行PCR擴(kuò)增，得到752bp的擴(kuò)增片段，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，對所獲得的PCR產(chǎn)物酶切分型，進(jìn)行基因型與豬肉pH性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記之間的關(guān)聯(lián)分析。
【文檔編號】C12N15/11GK103898231SQ201410156198
【公開日】2014年7月2日 申請日期:2014年4月17日 優(yōu)先權(quán)日:2014年4月17日
【發(fā)明者】趙書紅, 張維婭, 李新云, 曹建華, 朱猛進(jìn), 余梅 申請人:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)