本發(fā)明屬于水產(chǎn)養(yǎng)殖,具體涉及一種大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物及其鑒定方法和應(yīng)用。
背景技術(shù):
1、隨著氣候條件變化,人為因素的影響,土地鹽堿化進(jìn)程不斷加劇。鹽堿水是一種廣泛分布于陸地地區(qū)的非海洋性鹽水資源,占據(jù)著世界上大部分的水資源,僅在我國就覆蓋有4.6×107hm2的低洼鹽堿水,因其具有高碳酸鹽堿度(hco3-和co32-),高ph值,離子組存復(fù)雜等特點,嚴(yán)重制約了水生生物的生存。堿度作為鹽堿水中重要的環(huán)境脅迫因子,通過影響魚類滲透壓平衡,呼吸代謝和免疫調(diào)節(jié)等系統(tǒng),對生長發(fā)育,繁殖和存活造成威脅。而鰓作為魚類與水體直接接觸的組織器官,在調(diào)節(jié)氨氮排泄,氣體交換,調(diào)節(jié)滲透壓與維持酸堿平衡過程中發(fā)揮了重要作用。
2、大口黑鱸(micropterus?salmoides)作為一種引進(jìn)種,抗病強(qiáng)、長速快、肉質(zhì)鮮美在我國深受消費者喜愛,養(yǎng)殖產(chǎn)量逐年上升,養(yǎng)殖區(qū)域逐步擴(kuò)大,是我國重要的經(jīng)濟(jì)魚類。目前,有關(guān)大口黑鱸在鹽堿水環(huán)境下的養(yǎng)殖模式僅在寧夏、天津等小部分鹽堿水域進(jìn)行嘗試,還未獲得大范圍推廣示范。而有關(guān)大口黑鱸在堿水環(huán)境下鰓組織的適應(yīng)調(diào)節(jié)機(jī)制還未明確,這無疑阻礙了堿水養(yǎng)殖大口黑鱸的進(jìn)程。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、有鑒于此,本發(fā)明的目的在于提供一種大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的鑒定方法,利用rna-seq技術(shù)探究大口黑鱸在高堿水環(huán)境下鰓組織損傷變化情況,為大口黑鱸鰓組織響應(yīng)堿環(huán)境的調(diào)節(jié)機(jī)制提供參考,助力大口黑鱸鹽堿水養(yǎng)殖。
2、本發(fā)明提供了一種大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的鑒定方法,包括以下步驟:
3、對大口黑鱸進(jìn)行堿脅迫處理,分離大口黑鱸腮組織;
4、將所述大口黑鱸腮組織為材料進(jìn)行總rna提取和轉(zhuǎn)錄組測序,得到轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果;
5、將所述轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果進(jìn)行基因表達(dá)差異分析,篩選差異表達(dá)的基因進(jìn)行功能富集分析,得到大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物。
6、優(yōu)選的,所述堿脅迫處理的方法利用含碳酸鹽的水體養(yǎng)殖大口黑鱸。
7、優(yōu)選的,所述碳酸鹽的濃度為35~50mmol/l。
8、優(yōu)選的,所述碳酸鹽的濃度為45mmol/l。
9、優(yōu)選的,所述含碳酸鹽的水體的養(yǎng)殖時間為90~100h。
10、優(yōu)選的,所述大口黑鱸腮組織還包括病理檢測和/或生化指標(biāo)檢測,根據(jù)檢測結(jié)果,輔助判斷腮組織的結(jié)構(gòu)損傷情況;
11、所述病理檢測包括腮組織tunel染色和/或he染色;
12、所述生化指標(biāo)包括鰓組織過氧化氫酶、超氧化物歧化酶、谷胱甘肽過氧化物酶、總抗氧化能力的活性和丙二醛含量。
13、優(yōu)選的,所述功能富集分析的富集通路包括以下至少一種生物通路:類固醇生物合成、萜類骨架的生物合通路、自噬通路、細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體信號傳導(dǎo)通路、細(xì)胞外基質(zhì)與受體的相互作用通路、焦點粘附通路和纈氨酸、異亮氨酸和亮氨酸的降解通路。
14、本發(fā)明提供了一種所述鑒定方法獲得的大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物,包括以下至少一種基因:hmgcs1、fdps、fdft1、dhcr24、lss、sqlea、loc119907680、msmo1、nsdhl和sc5d、col1a1a、col1a2、col6a1、col2a1b和cav3。
15、本發(fā)明提供了所述大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物作為檢測靶點在以下至少一項中的應(yīng)用:
16、1)試劑在制備診斷大口黑鱸腮損傷或評估大口黑鱸堿水養(yǎng)殖效果的產(chǎn)品中的應(yīng)用,所述試劑能夠特異性檢測樣本中的所述大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的表達(dá)量;
17、2)試劑盒在制備診斷大口黑鱸腮損傷或評估大口黑鱸堿水養(yǎng)殖效果的產(chǎn)品中的應(yīng)用,所述試劑盒包括能夠特異性檢測樣本中的所述大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的表達(dá)量的試劑;
18、3)芯片在制備診斷大口黑鱸腮損傷或評估大口黑鱸堿水養(yǎng)殖效果的產(chǎn)品中的應(yīng)用,所述芯片包括能夠特異性檢測樣本中的所述大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的表達(dá)量的試劑。
19、優(yōu)選的,所述試劑包括通過選自測序方法、核酸雜交方法、核酸擴(kuò)增方法、蛋白免疫方法中至少一種方法檢測所述大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的表達(dá)量的試劑。
20、本發(fā)明提供了一種大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的鑒定方法,包括大口黑鱸堿脅迫處理和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,鑒定了其在高堿環(huán)境下四條主要富集通路并鑒定出了16個鰓組織損傷的標(biāo)志物,為大口黑鱸在高鹽堿水環(huán)境下的養(yǎng)殖模式提供了技術(shù)支持。
1.一種大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的鑒定方法,其特征在于,包括以下步驟:
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述鑒定方法,其特征在于,所述堿脅迫處理的方法利用含碳酸鹽的水體養(yǎng)殖大口黑鱸。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述鑒定方法,其特征在于,所述碳酸鹽的濃度為35~50mmol/l。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述鑒定方法,其特征在于,所述碳酸鹽的濃度為45mmol/l。
5.根據(jù)權(quán)利要求2~4中任意一項所述鑒定方法,其特征在于,所述含碳酸鹽的水體養(yǎng)殖的時間為90~100h。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述鑒定方法,其特征在于,所述大口黑鱸腮組織還包括病理檢測和/或生化指標(biāo)檢測,根據(jù)檢測結(jié)果,輔助判斷腮組織的結(jié)構(gòu)損傷情況;
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述鑒定方法,其特征在于,所述功能富集分析的富集通路包括以下至少一種生物通路:類固醇生物合成、萜類骨架的生物合通路、自噬通路、細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體信號傳導(dǎo)通路、細(xì)胞外基質(zhì)與受體的相互作用通路、焦點粘附通路和纈氨酸、異亮氨酸和亮氨酸的降解通路。
8.一種權(quán)利要求1~7中任意一項所述鑒定方法獲得的大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物,其特征在于,包括以下至少一種基因:hmgcs1、fdps、fdft1、dhcr24、lss、sqlea、loc119907680、msmo1、nsdhl和sc5d、col1a1a、col1a2、col6a1、col2a1b和cav3。
9.權(quán)利要求8所述大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物作為檢測靶點在以下至少一項中的應(yīng)用:
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述應(yīng)用,其特征在于,所述試劑包括通過選自測序方法、核酸雜交方法、核酸擴(kuò)增方法、蛋白免疫方法中至少一種方法檢測所述大口黑鱸堿水環(huán)境下鰓組織損傷標(biāo)志物的表達(dá)量的試劑。