【】本發(fā)明涉及分子標(biāo)記，特別涉及基于施氏獺蛤基因組的indel標(biāo)記開發(fā)的引物組及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

0、
背景技術(shù)：

1、施氏獺蛤(lutraria?sieboldii)屬于瓣鰓綱、異齒亞綱、簾蛤目、蛤蜊總科、蛤蜊科、獺蛤?qū)伲追Q象鼻螺，是一種埋棲型雙殼經(jīng)濟(jì)貝。施氏獺蛤主要生活在潮間帶至水深10m的沙層或沙泥中，有潛沙習(xí)性，足部和水管極其發(fā)達(dá)，成貝殼長(zhǎng)10～12cm。施氏獺蛤最適生長(zhǎng)水溫為20～28℃，生長(zhǎng)速度快，大致養(yǎng)殖一年半即可達(dá)到理想的商品規(guī)格，具有較高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。近年，在高額利潤(rùn)的誘惑下，人們對(duì)施氏獺蛤商品貝的需求量不斷增大,當(dāng)?shù)貪O民通過潛水作業(yè)的方式，對(duì)海底成片分布的施氏獺蛤進(jìn)行大肆采捕，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了其資源的再生能力，致使北部灣海域的施氏獺蛤天然資源量銳減。目前，施氏獺蛤的研究主要集中在生態(tài)觀察、中間培育、性腺及胚胎發(fā)育、人工養(yǎng)殖方面，在遺傳方面，尤其是共顯性分子標(biāo)記的開發(fā)和應(yīng)用方面的研究鮮見報(bào)道，且indel標(biāo)記在施氏獺蛤中尚未開發(fā)。

2、indel是指在近緣種或同一物種不同個(gè)體之間基因組同一位點(diǎn)的序列發(fā)生不同大小核苷酸片段的插入或缺失(insertion-deletion)，是同源序列比對(duì)產(chǎn)生空位(gap)的現(xiàn)象。indel的產(chǎn)生來源于基因組序列本身特征、dna復(fù)制錯(cuò)誤、移動(dòng)元件插入、轉(zhuǎn)座子復(fù)制和插入、同類重讀拷貝不等交換和序列異常重組等各種因素。indel在基因組中分布廣泛、數(shù)目眾多，而且其分布密度僅次于snp。indel標(biāo)記具有以下優(yōu)點(diǎn)：(1)廣泛分布在基因組、變異穩(wěn)定；(2)密度相對(duì)較高、易于檢測(cè)；(3)多態(tài)性高、重復(fù)性好；(4)操作簡(jiǎn)單、對(duì)設(shè)備要求較低。因此，indel標(biāo)記在種質(zhì)資源分析與分子輔助遺傳育種、群體遺傳分析、圖位克隆、基因定位及遺傳圖譜的構(gòu)建等領(lǐng)域發(fā)揮著巨大的作用。目前，indel標(biāo)記在施氏獺蛤中尚未開發(fā)。為進(jìn)一步做好施氏獺蛤的選育工作，提高施氏獺蛤的品質(zhì)，本研究擬利用施氏獺蛤重測(cè)序開發(fā)indel分子標(biāo)記并驗(yàn)證；進(jìn)一步利用開發(fā)indel標(biāo)記對(duì)北部灣的4個(gè)施氏獺蛤群體進(jìn)行遺傳多樣性分析。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

0、
技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：

1、鑒于上述內(nèi)容，有必要針對(duì)施氏獺蛤基因組的indel標(biāo)記進(jìn)行開發(fā)，并對(duì)分子標(biāo)記進(jìn)行驗(yàn)證；利用開發(fā)indel標(biāo)記對(duì)北部灣的4個(gè)施氏獺蛤群體進(jìn)行遺傳多樣性和聚類分析，能為施氏獺蛤的分子輔助遺傳育種、群體遺傳分析、圖位克隆、基因定位及遺傳圖譜的構(gòu)建等領(lǐng)域發(fā)揮著巨大的作用。

2、為達(dá)到上述目的，本發(fā)明所采用的技術(shù)方案是：

3、基于施氏獺蛤基因組indel標(biāo)記開發(fā)的引物組，所述引物組包括核苷酸序列如seqid?no.1-24所示的12對(duì)indel引物。

4、本發(fā)明還包括包含所述的引物組的試劑盒。

5、進(jìn)一步的，其還包括進(jìn)行pcr反應(yīng)和/或電泳所需的試劑。

6、本發(fā)明還包括所述的引物組或者所述的試劑盒在施氏獺蛤聚類分析和/或遺傳多樣性分析中的應(yīng)用。

7、本發(fā)明還包括所述的引物組或者所述的試劑盒在區(qū)分不同地域施氏獺蛤種質(zhì)中的應(yīng)用。

8、進(jìn)一步的，所述不同地域?yàn)閺V西壯族自治區(qū)北海市、廣西壯族自治區(qū)北海市合浦縣、廣西壯族自治區(qū)防城港市和廣東省湛江市。

9、本發(fā)明具有如下有益效果：

10、1、本發(fā)明基于施氏獺蛤基因組indel標(biāo)記開發(fā)出12對(duì)indel引物對(duì)，使用該indel標(biāo)記的施氏獺蛤群體的平均等位基因17.500；平均香農(nóng)信息指數(shù)1.928，高于現(xiàn)有技術(shù)；多態(tài)信息含量(pic)的平均值為0.764，11個(gè)indel位點(diǎn)的多態(tài)信息含量(pic)均大于0.5，具有高多態(tài)性的特點(diǎn)，能有效的對(duì)施氏獺蛤進(jìn)行遺傳分析和聚類分析，能為后期提高對(duì)施氏獺蛤種質(zhì)資源的利用奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)和理論基礎(chǔ)。

技術(shù)特征：

1.基于施氏獺蛤基因組indel標(biāo)記開發(fā)的引物組，其特征在于，所述引物組包括核苷酸序列如seq?id?no.1-24所示的12對(duì)indel引物。

2.包含權(quán)利要求1所述的引物組的試劑盒。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑盒，其特征在于，其還包括進(jìn)行pcr反應(yīng)和/或電泳所需的試劑。

4.如權(quán)利要求1所述的引物組或者權(quán)利要求2或3所述的試劑盒在施氏獺蛤聚類分析和/或遺傳多樣性分析中的應(yīng)用。

5.如權(quán)利要求1所述的引物組或者權(quán)利要求2或3所述的試劑盒在區(qū)分不同地域施氏獺蛤種質(zhì)中的應(yīng)用。

6.如權(quán)利要求5所述的應(yīng)用，其特征在于，所述不同地域?yàn)閺V西壯族自治區(qū)北海市、廣西壯族自治區(qū)北海市合浦縣、廣西壯族自治區(qū)防城港市和廣東省湛江市。

技術(shù)總結(jié)
本發(fā)明涉及分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及基于施氏獺蛤基因組的InDel標(biāo)記開發(fā)的引物組及其應(yīng)用，本發(fā)明基于施氏獺蛤基因組InDel標(biāo)記開發(fā)出12對(duì)InDel引物對(duì)，使用該InDel標(biāo)記的施氏獺蛤群體的平均等位基因17.500；平均香農(nóng)信息指數(shù)1.928，高于現(xiàn)有技術(shù)；多態(tài)信息含量(PIC)的平均值為0.764，11個(gè)InDel位點(diǎn)的多態(tài)信息含量(PIC)均大于0.5，具有高多態(tài)性的特點(diǎn)，能有效的對(duì)施氏獺蛤進(jìn)行遺傳分析和聚類分析，能為后期提高對(duì)施氏獺蛤種質(zhì)資源的利用奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)和理論基礎(chǔ)。

技術(shù)研發(fā)人員：楊果豪,王鵬良,韓春麗
受保護(hù)的技術(shù)使用者：北部灣大學(xué)
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/9/26