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一種鑒定柿屬植物的方法與流程

文檔序號(hào):11246417閱讀:883來源:國(guó)知局

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域,涉及一種鑒定植物品種的方法。



背景技術(shù):

柿是柿科(ebenaceae)柿屬(diospyros)的喬木樹種。柿屬植物共有約500種、1000多個(gè)栽培品種。柿的果實(shí)是中國(guó)、韓國(guó)和日本的重要傳統(tǒng)食物。柿的樹皮、葉、果實(shí)和種子是藥物的來源。柿也是城市園林綠化的重要喬木樹種。柿樹通常根據(jù)果實(shí)和花的特征進(jìn)行分類,果期和花期以外的時(shí)間存在鑒定難的問題。由于表型標(biāo)記和dna分子標(biāo)記的數(shù)量少,現(xiàn)有標(biāo)記靈敏度有限,存在同物異名和同名異物現(xiàn)象,柿屬植物的鑒定仍然是全球研究的難點(diǎn)。柿屬植物種質(zhì)資源的精確鑒定對(duì)于育種和利用以及眾多領(lǐng)域的科學(xué)研究是重要的基礎(chǔ)工作。



技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:

本發(fā)明設(shè)計(jì)了可用于柿屬植物pcr擴(kuò)增的引物,鑒別方法操作簡(jiǎn)單,易于推廣,提供待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式通式,為實(shí)現(xiàn)上述效果,本發(fā)明所提供的用于鑒定或輔助鑒定待測(cè)柿屬植物的方法,是利用泛素連接酶基因序列中的變異位點(diǎn)構(gòu)建核苷酸分子式,進(jìn)而鑒定或輔助鑒定待測(cè)柿屬植物的方法,具體包括如下步驟:

(1)以待測(cè)柿屬植物的基因組dna為模板,用由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr產(chǎn)物;

(2)將所述pcr產(chǎn)物測(cè)序,截掉所述pcr產(chǎn)物序列自5’端起的第53個(gè)核苷酸記為第1位,截掉所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’末端起的前52個(gè)核苷酸以及第749個(gè)(含)以后的核苷酸,得到長(zhǎng)度為696bp的dub序列;

(3)將所述dub序列與dna序列數(shù)據(jù)庫(kù)中的全部序列放在一起,進(jìn)行比對(duì),自動(dòng)生成一個(gè)dna比對(duì)序列矩陣;

所述dna序列庫(kù)為如下(a1)或(a2):

(a1)由序列表中序列3至序列6中的至少一種組成;

(a2)由序列表中序列3至序列6中的至少一種,和序列7至序列14中的至少一種組成。

(4)根據(jù)所述dna比對(duì)序列矩陣列出所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式;

所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式的通式為:

b4b9b39b42b162b186b196b201b225b227b274b299b321b340b344b628;

在所述通式中,所述b4、所述b9、所述b39、所述b42、所述b162、所述b186、所述b196、所述b201、所述b225、所述b227、所述b274、所述b299、所述b321、所述b340、b344和b628,依次表示在所述dna序列比對(duì)數(shù)據(jù)矩陣中的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個(gè)位點(diǎn);

在所述通式中,每一個(gè)b為a、t、c和g中的任一種或兩種;

當(dāng)所述待測(cè)柿屬植物為純合型時(shí),在所述通式中,每一個(gè)b為a、t、c和g中的任一種,在測(cè)序時(shí)顯示單一峰;當(dāng)所述待測(cè)柿屬植物為雜合型時(shí),在所述通式中,每一個(gè)b可能為a、t、c和g中的兩種,在測(cè)序時(shí)會(huì)得到明顯的疊加雙峰。

(5)將步驟(4)所得所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式與核苷酸分子式組i進(jìn)行比對(duì);

所述核苷酸分子式組i由如下a1)-a12)共12種核苷酸分子式組成:

a1)c4t9a39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

a2)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a3)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299y321a340c344t628;

a4)c4c9g39c42r162y186g196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a5)t4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274a299c321a340c344t628;

a6)c4t9g39c42a162c186g196t201c225t227c274g299c321a340c344t628;

a7)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340t344t628;

a8)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340y344t628;

a9)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340c344t628;

a10)c4t9g39c42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a11)c4t9g39y42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a12)c4y9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

在a1)-a12)中,y表示t和c;r表示a和g(即所述待測(cè)柿屬植物的相應(yīng)位點(diǎn)為雜合型);

(6)根據(jù)步驟(5)的比對(duì)結(jié)果,按照如下方法對(duì)所述待測(cè)柿屬植物進(jìn)行品種鑒定:

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a1)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為臺(tái)灣烏木;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a2)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿x3號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a3)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿5號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a4)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為老鴉柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a5)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為金棗柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a6)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿164號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a7)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿873號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a8)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子4號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a9)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子8號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a10)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-80號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a11)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-82號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a12)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為油柿20-75號(hào)。

進(jìn)一步,以上本發(fā)明所提供的鑒定或輔助鑒定待測(cè)柿屬植物的方法,其操作步驟可轉(zhuǎn)化為如下:

(1)以待測(cè)柿屬植物的基因組dna為模板,用由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr產(chǎn)物;

(2)將所述pcr產(chǎn)物測(cè)序,將測(cè)序結(jié)果與核苷酸序列組i進(jìn)行比對(duì);

所述核苷酸序列組i由序列表中序列3-14,共12個(gè)序列組成;

(3)根據(jù)步驟(2)的比對(duì)結(jié)果,按照如下方法對(duì)所述待測(cè)柿屬植物進(jìn)行鑒定:

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列3,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為臺(tái)灣烏木;

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列4,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿x3號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列5,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿5號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列6,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為老鴉柿;

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列7,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為金棗柿;

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列8,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿164號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列9,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿873號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列10,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子4號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列11,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子8號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列12,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-80號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列13,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-82號(hào);

若所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列中含有序列14,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為油柿20-75號(hào)。

在上述方法中,所述待測(cè)柿屬植物為如下12種植物中的任一種:臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

本發(fā)明的另一個(gè)目的是提供一種用于鑒定或輔助鑒定待測(cè)柿屬植物的試劑盒。

本發(fā)明所提供的用于鑒定或輔助鑒定待測(cè)柿屬植物的試劑盒,具體可包括引物對(duì)、記載有核苷酸分子式組i的對(duì)比卡;

所述引物對(duì)具體由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成;

所述核苷酸分子式組i具體由如下a1)-a12)共12種核苷酸分子式組成:

a1)c4t9a39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

a2)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a3)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299y321a340c344t628;

a4)c4c9g39c42r162y186g196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a5)t4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274a299c321a340c344t628;

a6)c4t9g39c42a162c186g196t201c225t227c274g299c321a340c344t628;

a7)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340t344t628;

a8)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340y344t628;

a9)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340c344t628;

a10)c4t9g39c42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a11)c4t9g39y42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a12)c4y9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

在a1)-a12)中,y表示t和c;r表示a和g(即所述待測(cè)柿屬植物的相應(yīng)位點(diǎn)為雜合型);

所述待測(cè)柿屬植物可為如下12種植物中的任一種:臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

所述試劑盒在鑒定或輔助鑒定待測(cè)柿屬植物中的應(yīng)用也屬于本發(fā)明的保護(hù)范圍。

所述待測(cè)柿屬植物為如下12種植物中的任一種:臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

本發(fā)明的目的還在于提供一種柿屬植物的核苷酸分子式通式,所述核苷酸分子式通式是b4b9b39b42b162b186b196b201b225b227b274b299b321b340b344b628,所述b4、所述b9、所述b39、所述b42、所述b162、所述b186、所述b196、所述b201、所述b225、所述b227、所述b274、所述b299、所述b321、所述b340、b344和b628是dna序列中第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個(gè)核苷酸位點(diǎn),所述b是a、g、t、c中任意一種或任意兩種。

作為優(yōu)選方案,所述dna序列是待測(cè)序列,所述待測(cè)序列是通過以待測(cè)柿屬植物基因組dna為模板,用序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成的引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr產(chǎn)物,對(duì)pcr產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,將所述pcr產(chǎn)物自5’端起的第53個(gè)核苷酸記為第1位,截掉所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’末端起的前52個(gè)核苷酸以及第749個(gè)(含)以后的核苷酸,得到的待測(cè)序列。

進(jìn)一步,所述核苷酸分子式通式的應(yīng)用步驟如下:

(1)以待測(cè)柿屬植物的基因組dna為模板,用由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成的引物對(duì)其進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr產(chǎn)物;

(2)將所述pcr產(chǎn)物測(cè)序后,所述pcr產(chǎn)物序列自5’端起的第53個(gè)核苷酸記為第1位,截掉所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’末端起的前52個(gè)核苷酸以及第749個(gè)(含)以后的核苷酸,得到待測(cè)序列,讀取待測(cè)序列第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個(gè)核苷酸位點(diǎn),列出所述待測(cè)柿屬植物的dna序列的核苷酸分子式;

(3)將所述待測(cè)柿屬植物的dna序列的核苷酸分子式,核苷酸分子式組i進(jìn)行比對(duì);

所述核苷酸分子式組i由如下a1)-a12)共12種核苷酸分子式組成:

a1)c4t9a39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

a2)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a3)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299y321a340c344t628;

a4)c4c9g39c42r162y186g196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a5)t4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274a299c321a340c344t628;

a6)c4t9g39c42a162c186g196t201c225t227c274g299c321a340c344t628;

a7)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340t344t628;

a8)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340y344t628;

a9)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340c344t628;

a10)c4t9g39c42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a11)c4t9g39y42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a12)c4y9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

在a1)-a12)中,y表示t和c;r表示a和g;

(4)根據(jù)步驟(3)的比對(duì)結(jié)果,按照如下方法對(duì)所述待測(cè)柿屬植物進(jìn)行鑒定:

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a1)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為臺(tái)灣烏木;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a2)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿x3號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a3)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿5號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a4)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為老鴉柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a5)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為金棗柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a6)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿164號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a7)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿873號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a8)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子4號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a9)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子8號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a10)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-80號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a11)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-82號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a12)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為油柿20-75號(hào)。

進(jìn)一步,所述待測(cè)柿屬植物為如下12種中的任一種:臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

有益效果

本發(fā)明以柿屬植物的鑒定過程為例,實(shí)驗(yàn)證明,本發(fā)明所提供的利用該分子式鑒定植物(如柿屬植物)的方法較為精確、操作簡(jiǎn)捷,可以提高相關(guān)產(chǎn)業(yè)的生產(chǎn)效率和質(zhì)量監(jiān)控水平,有效彌補(bǔ)以往方法的不足,并提供了柿屬植物的核苷酸分子式的通式,簡(jiǎn)化了鑒別程序;另外,該方法同時(shí)實(shí)現(xiàn)了非花期果期(如苗期)的精準(zhǔn)鑒定;提供一種便于柿屬植物鑒定的試劑盒,試劑盒包含引物對(duì)、記錄核苷酸分子式的對(duì)比卡。本方法對(duì)于促進(jìn)柿屬植物的育種、柿產(chǎn)業(yè)和城市園林綠化事業(yè)的發(fā)展及環(huán)境保護(hù)具有重要意義。

具體實(shí)施方式

下述實(shí)施例中所使用的實(shí)驗(yàn)方法如無特殊說明,均為常規(guī)方法。

下述實(shí)施例中所用的材料、試劑等,如無特殊說明,均可從商業(yè)途徑得到。

柿屬植物:臺(tái)灣烏木的幼葉采自北京植物園;烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)的幼葉采自陜西省楊陵市國(guó)家柿種質(zhì)資源圃。

實(shí)施例1、利用核苷酸分子式鑒定柿屬植物方法的建立及其應(yīng)用

為了構(gòu)建能夠用于有效鑒定柿屬植物的核苷酸分子式,本發(fā)明的發(fā)明人從以下柿屬植物系列中獲得泛素連接酶基因的一段非保守區(qū)dna序列,并對(duì)其中的多態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析。作為供試材料的柿屬植物共12種,具體如下:臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

一、引物設(shè)計(jì)

根據(jù)泛素連接酶基因的一段非保守區(qū)dna序列兩端的保守區(qū),設(shè)計(jì)如下引物:

正向引物:5’-acttagggtagggaggttgc-3’(序列1);

反向引物:5’-ggatagccaggaagggtga-3’(序列2)。

二、pcr擴(kuò)增及pcr產(chǎn)物的序列測(cè)定

以作為供試材料的臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)和油柿20-75號(hào)等12種柿屬植物的幼嫩葉片為實(shí)驗(yàn)材料,采用植物基因組dna提取試劑盒(中國(guó)天根生物技術(shù)(北京)有限公司產(chǎn)品,其產(chǎn)品目錄號(hào)為dp305)提取各樣品材料的基因組dna。以所得基因組dna為模板,采用步驟一設(shè)計(jì)的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增。結(jié)果顯示,每份柿屬植物均可得到一條長(zhǎng)度約為8222-824bp的pcr產(chǎn)物。

對(duì)純化后的各pcr產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,獲得了含有若干多態(tài)位點(diǎn)的長(zhǎng)度為696bp的dna序列,記為dub序列。根據(jù)供試的12種柿屬植物的測(cè)序結(jié)果,將dub序列定義為所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’端起的第53-748位(696bp)。將所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’端起的第53個(gè)核苷酸記為第1位。這個(gè)變異的高頻率發(fā)生區(qū)域,未來也可能出現(xiàn)較長(zhǎng)或較短的序列變化,可能會(huì)因待測(cè)樣品的不同而略有變化,屆時(shí)可根據(jù)實(shí)際情況獲得比對(duì)序列矩陣,確定后面的多態(tài)位點(diǎn)的位置順序編號(hào)。

結(jié)果顯示,臺(tái)灣烏木的dub序列為序列表中序列3;

烏柿x3號(hào)的dub序列為序列表中序列4;

烏柿5號(hào)的dub序列為序列表中序列5;

老鴉柿的dub序列為序列表中序列6;

金棗柿的dub序列為序列表中序列7;

浙江柿164號(hào)的dub序列為序列表中序列8;

浙江柿873號(hào)的dub序列為序列表中序列9;

君遷子4號(hào)的dub序列為序列表中序列10;

君遷子8號(hào)的dub序列為序列表中序列11;

美洲柿20-80號(hào)的dub序列為序列表中序列12;

美洲柿20-82號(hào)的dub序列為序列表中序列13;

油柿20-75號(hào)的dub序列為序列表中序列14。

三、序列比對(duì)

將步驟二所得的12種柿屬植物的dub序列進(jìn)行比對(duì),dna比對(duì)序列矩陣是根據(jù)特定的計(jì)分規(guī)則,將兩個(gè)或多個(gè)序列按位置比較排列后產(chǎn)生的數(shù)據(jù)集,最大限度地反映了序列間的相似性。其中涉及到的特定的計(jì)分規(guī)則和算法等相關(guān)常識(shí)和原理在“生物序列分析”方面的專著中均有記載。所述dna比對(duì)序列矩陣可直接反映各序列在同一核苷酸位點(diǎn)之間是否存在差異,以及存在怎樣的差異。找到核苷酸字母有差異的列在所述dna比對(duì)序列矩陣中的位置,核準(zhǔn)該位置位于所述dna比對(duì)序列矩陣5’端起的位置順序編號(hào),即確定了一個(gè)多態(tài)位點(diǎn)。

利用clustalx或mega等軟件比對(duì),獲得dna比對(duì)序列矩陣(alignedsequencematrix),如表1中的柿屬植物鑒定用16個(gè)單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)。

表112種柿屬植物的dub序列中的單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)

注:y表示t和c;r表示a和g。即當(dāng)所述待測(cè)柿屬植物為純合型時(shí),在所述通式中,每一個(gè)b為a、t、c和g中的任一種,在測(cè)序時(shí)顯示單一峰;當(dāng)待測(cè)柿屬植物的相應(yīng)位點(diǎn)為雜合型,在測(cè)序時(shí)相應(yīng)雜合位點(diǎn)會(huì)檢測(cè)到明顯的疊加雙峰?!岸鄳B(tài)位點(diǎn)的位置編號(hào)”為在所述dna比對(duì)序列矩陣中的位置編號(hào)。

只有通過比對(duì)排序,才能顯示出樣品間序列差異的規(guī)律性,這是生物信息學(xué)理論和原理的組成部分。圖1為12種柿屬植物的dubdna比對(duì)序列矩陣的部分截圖。

圖112種柿屬植物的dna對(duì)比序列矩陣的部分截圖

四、用于柿屬植物鑒定的核苷酸分子式構(gòu)建

根據(jù)表1中所列的柿屬植物的每個(gè)多態(tài)位點(diǎn)的核苷酸字母及其在dna比對(duì)序列矩陣中的位置,列出各柿屬植物相應(yīng)的核苷酸分子式,具體如下:

臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

臺(tái)灣烏木的核苷酸分子式為c4t9a39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

烏柿x3號(hào)的核苷酸分子式為c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

烏柿5號(hào)的核苷酸分子式為c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299y321a340c344t628;

老鴉柿的核苷酸分子式為c4c9g39c42r162y186g196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

金棗柿的核苷酸分子式為t4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274a299c321a340c344t628;

浙江柿164號(hào)的核苷酸分子式為

c4t9g39c42a162c186g196t201c225t227c274g299c321a340c344t628;

浙江柿873號(hào)的核苷酸分子式為

c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340t344t628;

君遷子4號(hào)的核苷酸分子式為c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340y344t628;

君遷子8號(hào)的核苷酸分子式為c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340c344t628;

美洲柿20-80號(hào)的核苷酸分子

式:c4t9g39c42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

美洲柿20-82號(hào)的核苷酸分子式:c4t9g39y42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

油柿20-75號(hào)的核苷酸分子式為c4y9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

以上各核苷酸分子式中的y均表示t和c;r均表示a和g。即核苷酸分子式中含有的y或r為柿屬植物基因組內(nèi)的雜合位點(diǎn),在測(cè)序時(shí)會(huì)得到明顯的疊加雙峰。

五、用核苷酸分子式鑒定柿屬植物

(1)以待測(cè)柿屬植物的基因組dna為模板,用由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr產(chǎn)物;

(2)將所述pcr產(chǎn)物測(cè)序后,截掉所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’末端起的前52個(gè)核苷酸(所述52個(gè)核苷酸為pcr產(chǎn)物5’端的保守區(qū)序列;當(dāng)然也可以同時(shí)截掉pcr產(chǎn)物3’端的第749個(gè)(含)以后的核苷酸),剩余序列作為待比對(duì)序列,即dub序列(非保守區(qū));

(3)將所述待比對(duì)序列即dub序列與dna序列庫(kù)中的全部序列放在一起進(jìn)行比對(duì),得到dna比對(duì)序列矩陣;

所述dna序列庫(kù)為如下(a1)或(a2):

(a1)由序列表中序列3至序列6中的至少一種組成;

(a2)由序列表中序列3至序列6中的至少一種,和序列7至序列14中的至少一種組成,序列3-6為長(zhǎng)度695bp的序列;序列8為長(zhǎng)度694bp的序列;序列7,9-14為長(zhǎng)度696bp的序列;

(4)根據(jù)所述dna比對(duì)序列矩陣列出所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式;

所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式的通式,即多態(tài)性位點(diǎn)的組合式的通式為:

b4b9b39b42b162b186b196b201b225b227b274b299b321b340b344b628;

在所述通式中,所述b4、所述b9、所述b39、所述b42、所述b162、所述b186、所述b196、所述b201、所述b225、所述b227、所述b274、所述b299、所述b321、所述b340、b344和b628,依次表示在所述dna序列比對(duì)數(shù)據(jù)矩陣中的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個(gè)位點(diǎn)(對(duì)應(yīng)dub序列的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個(gè)核苷酸位點(diǎn));

在所述通式中,每一個(gè)b為a、t、c和g中的任一種或兩種(當(dāng)所述待測(cè)柿屬植物的具體核苷酸位點(diǎn)為純合型位點(diǎn)時(shí),在所述通式中,每一個(gè)b為a、t、c和g中的任一種,在測(cè)序時(shí)顯示單一峰;當(dāng)所述待測(cè)柿屬植物的具體核苷酸位點(diǎn)為雜合型位點(diǎn)時(shí),在所述通式中,每一個(gè)b為a、t、c和g中的兩種,在測(cè)序時(shí)會(huì)得到明顯的疊加雙峰)。

(5)按照如下方法對(duì)所述待測(cè)柿屬植物進(jìn)行鑒定:

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4t9a39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為臺(tái)灣烏木;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299c321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿x3號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299y321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿5號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4c9g39c42r162y186g196t201g225c227c274g299c321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為老鴉柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為t4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274a299c321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為金棗柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4t9g39c42a162c186g196t201c225t227c274g299c321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿164號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340t344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿873號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340y344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子4號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子8號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4t9g39c42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-80號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4t9g39y42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-82號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為c4y9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為油柿20-75號(hào)。

六、柿屬植物的新分類檢索表

根據(jù)步驟五所得各樣品的核苷酸分子式編制出12種柿屬植物的新分類檢索表,見表2。

表212種柿屬植物的新分類檢索表

七、一種用于鑒定待測(cè)柿屬植物的試劑盒

本發(fā)明同時(shí)提供了一種用于鑒定待測(cè)柿屬植物的試劑盒包括引物對(duì)、記載有核苷酸分子式組i的對(duì)比卡;

用于pcr擴(kuò)增的引物對(duì)由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成;

核苷酸分子式組i由如下a1)-a12)共12種核苷酸分子式組成:

a1)c4t9a39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

a2)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a3)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299y321a340c344t628;

a4)c4c9g39c42r162y186g196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a5)t4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274a299c321a340c344t628;

a6)c4t9g39c42a162c186g196t201c225t227c274g299c321a340c344t628;

a7)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340t344t628;

a8)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340y344t628;

a9)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340c344t628;

a10)c4t9g39c42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a11)c4t9g39y42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a12)c4y9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

在a1)-a12)中,y表示t和c;r表示a和g;

待測(cè)柿屬植物為如下12種植物中的任一種:臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

八、一種柿屬植物的核苷酸分子式通式及應(yīng)用方法

一種柿屬植物的核苷酸分子式通式,其特征在于所述核苷酸分子式通式是b4b9b39b42b162b186b196b201b225b227b274b299b321b340b344b628,所述b4、所述b9、所述b39、所述b42、所述b162、所述b186、所述b196、所述b201、所述b225、所述b227、所述b274、所述b299、所述b321、所述b340、b344和b628是dna序列中第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個(gè)核苷酸位點(diǎn),所述b是a、g、t、c中任意一種或任意兩種。

dna序列是待測(cè)序列,待測(cè)序列是通過以待測(cè)柿屬植物基因組dna為模板,用序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成的引物進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr產(chǎn)物,對(duì)pcr產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,將所述pcr產(chǎn)物自5’端起的第53個(gè)核苷酸記為第1位,截掉所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’末端起的前52個(gè)核苷酸以及第749個(gè)(含)以后的核苷酸,得到的待測(cè)序列。

核苷酸分子式通式的應(yīng)用方法,步驟如下:

(1)以待測(cè)柿屬植物的基因組dna為模板,用由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子組成的引物對(duì)其進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr產(chǎn)物;

(2)將所述pcr產(chǎn)物測(cè)序后,所述pcr產(chǎn)物序列自5’端起的第53個(gè)核苷酸記為第1位,截掉所述pcr產(chǎn)物的核苷酸序列自5’末端起的前52個(gè)核苷酸以及第749個(gè)(含)以后的核苷酸,得到待測(cè)序列,讀取待測(cè)序列第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個(gè)核苷酸位點(diǎn),列出所述待測(cè)柿屬植物的dna序列的核苷酸分子式;

(3)將所述待測(cè)柿屬植物的dna序列的核苷酸分子式,核苷酸分子式組i進(jìn)行比對(duì);

所述核苷酸分子式組i由如下a1)-a12)共12種核苷酸分子式組成:

a1)c4t9a39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

a2)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a3)c4c9g39c42a162c186a196t201g225c227c274g299y321a340c344t628;

a4)c4c9g39c42r162y186g196t201g225c227c274g299c321a340c344t628;

a5)t4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274a299c321a340c344t628;

a6)c4t9g39c42a162c186g196t201c225t227c274g299c321a340c344t628;

a7)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340t344t628;

a8)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340y344t628;

a9)c4t9g39c42a162c186g196c201c225c227c274g299c321a340c344t628;

a10)c4t9g39c42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a11)c4t9g39y42a162c186g196t201g225t227g274g299c321a340c344t628;

a12)c4y9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628;

在a1)-a12)中,y表示t和c;r表示a和g;

(4)根據(jù)步驟(3)的比對(duì)結(jié)果,按照如下方法對(duì)所述待測(cè)柿屬植物進(jìn)行鑒定:

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a1)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為臺(tái)灣烏木;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a2)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿x3號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a3)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為烏柿5號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a4)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為老鴉柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a5)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為金棗柿;

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a6)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿164號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a7)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為浙江柿873號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a8)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子4號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a9)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為君遷子8號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a10)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-80號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a11)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為美洲柿20-82號(hào);

若所述待測(cè)柿屬植物的核苷酸分子式為a12)所示的核苷酸分子式,則所述待測(cè)柿屬植物為或候選為油柿20-75號(hào)。

待測(cè)柿屬植物為如下12種植物中的任一種:臺(tái)灣烏木、烏柿x3號(hào)、烏柿5號(hào)、老鴉柿、金棗柿、浙江柿164號(hào)、浙江柿873號(hào)、君遷子4號(hào)、君遷子8號(hào)、美洲柿20-80號(hào)、美洲柿20-82號(hào)、油柿20-75號(hào)。

實(shí)施例2、鑒定柿屬的油柿20-76號(hào)

為了驗(yàn)證實(shí)施例1建立的核苷酸分子式對(duì)于柿屬植物鑒定的有效性和特異性,本發(fā)明的發(fā)明人還采集了柿屬植物油柿20-76號(hào)的葉片,并按照實(shí)施例1的方法,提取其基因組dna,用由序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子構(gòu)成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增和測(cè)序,獲得了1份柿屬植物的dub序列。其中,油柿20-76號(hào)的dub序列為序列表中序列15所示。

將序列15這份柿屬植物的dub序列與前述12種柿屬植物的序列放在一起,利用軟件(如mega軟件)進(jìn)行比對(duì),獲得dna比對(duì)序列矩陣,進(jìn)一步列出:油柿20-76號(hào)的核苷酸分子式,為:c4c9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628。

實(shí)施例3、鑒定柿屬的德陽柿1101號(hào)

采集柿屬植物德陽柿1101號(hào)的葉片,并按照實(shí)施例1的方法,提取其基因組dna,用由序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子構(gòu)成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增和測(cè)序,獲得了6份柿屬植物的dub序列。其中,德陽柿1101號(hào)的dub序列為序列表中序列16所示。

將序列16這6份柿屬植物的dub序列與前述12種柿屬植物的序列放在一起,利用軟件(如mega軟件)進(jìn)行比對(duì),獲得dna比對(duì)序列矩陣,進(jìn)一步列出:油柿20-76號(hào)的核苷酸分子式,為:c4c9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628。

實(shí)施例4、鑒定柿屬的德陽柿1115號(hào)

采集柿屬植物德陽柿1115號(hào)的葉片,并按照實(shí)施例1的方法,提取其基因組dna,用由序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子構(gòu)成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增和測(cè)序,獲得了6份柿屬植物的dub序列。其中德陽柿1115號(hào)的dub序列為序列表中序列17所示。

將序列17這份柿屬植物的dub序列與前述12種柿屬植物的序列放在一起,利用軟件(如mega軟件)進(jìn)行比對(duì),獲得dna比對(duì)序列矩陣,進(jìn)一步列出:德陽柿1115號(hào)的核苷酸分子式,為c4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344t628。

實(shí)施例5、鑒定柿屬的安溪油柿

采集柿屬植物‘安溪油柿’的葉片,并按照實(shí)施例1的方法,提取其基因組dna,用由序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子構(gòu)成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增和測(cè)序,獲得了1份柿屬植物的dub序列?!蚕褪痢膁ub序列為序列表中序列18所示。

將序列18這份柿屬植物的dub序列與前述12種柿屬植物的序列放在一起,利用軟件(如mega軟件)進(jìn)行比對(duì),獲得dna比對(duì)序列矩陣,進(jìn)一步列出:‘安溪油柿’的核苷酸分子式,為:c4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321m340c344c628;其中,m表示a和c。

實(shí)施例6、鑒定柿屬的甜寶蓋

采集柿屬植物‘甜寶蓋’的葉片,并按照實(shí)施例1的方法,提取其基因組dna,用由序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子構(gòu)成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增和測(cè)序,獲得了1份柿屬植物的dub序列。其中‘甜寶蓋’的dub序列為序列表中序列19所示。

將序列19這6份柿屬植物的dub序列與前述12種柿屬植物的序列放在一起,利用軟件(如mega軟件)進(jìn)行比對(duì),獲得dna比對(duì)序列矩陣,進(jìn)一步列出:‘甜寶蓋’的核苷酸分子式,為:c4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274r299t321m340c344c628;其中,m表示a和c;r表示a和g。

實(shí)施例7、鑒定柿屬的懷胎柿

采集柿屬植物‘懷胎柿’的葉片,并按照實(shí)施例1的方法,提取其基因組dna,用由序列1和序列2所示的兩條單鏈dna分子構(gòu)成的引物對(duì)進(jìn)行pcr擴(kuò)增和測(cè)序,獲得了1份柿屬植物的dub序列。其中‘懷胎柿’的dub序列為序列表中序列20所示。

將序列20這份柿屬植物的dub序列與前述12種柿屬植物的序列放在一起,利用軟件(如mega軟件)進(jìn)行比對(duì),獲得dna比對(duì)序列矩陣,進(jìn)一步列出:‘懷胎柿’的核苷酸分子式,為:c4t9g39c42a162c186g196t201g225c227c274g299t321a340c344c628。

可見,油柿20-76號(hào)、德陽柿1101號(hào)、德陽柿1115號(hào)、‘安溪油柿’、‘甜寶蓋’、‘懷胎柿’這6份柿屬植物的核苷酸分子式各不相同,且與實(shí)施例1中的12種柿屬植物對(duì)應(yīng)的12種核苷酸分子式均不相同。從而證實(shí)了本發(fā)明方法的有效性和特異性。預(yù)示著本方法在未來分類應(yīng)用方面仍然具有巨大的價(jià)值和潛力。

以上所述僅為本發(fā)明的較佳實(shí)施例而已,并不用以限制本發(fā)明,凡在本發(fā)明的精神和原則之內(nèi),所作的任何修改、等同替換、改進(jìn)等,均應(yīng)包含在本發(fā)明的保護(hù)范圍之內(nèi)。

<110>山東省林木種質(zhì)資源中心

<120>一種鑒定柿屬植物的方法

<130>sdslmzzzx170607

<160>20

<170>patentinversion3.5

<210>1

<211>20

<212>dna

<213>人工序列

<220>

<223>

<400>1

acttagggtagggaggttgc20

<210>2

<211>19

<212>dna

<213>人工序列

<220>

<223>

<400>2

ggatagccaggaagggtga19

<210>3

<211>695

<212>dna

<213>臺(tái)灣烏木(diospyrosdiscolor)

<400>3

attctggattctgctgtaaaagttatggagatgtattcaagccaaaaggctgtgcttgaa60

gtagaatattttggtgaagttggcactggattgggccctactttggagttctacaccctg120

ctaagtcatgatttacaaaaagttggacttggaatgtggagatcaaactcttcctttgat180

agaccctctatggaagtagatggagatgaacaaaatagtgggacgaccagtaactccact240

gcttttgggtctgcttgtggtagtgatcttgtccaagctcctcttggattgttccctcgt300

ccttggcctcctaatactgatgcctctgatggtgtcaaaatttcaaaagttactgaatat360

ttccggctacttggtcgtgtgatggccaaagctcttcaagatgggcgacttttggatctt420

gcaatgtcaaccgcgttttataagcttgtgcttggtcaggtgtgctgatcatacactagt480

ttctgtttatattgaaatttgtcacattttcctatccaaaaattctgaattgagtctttt540

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ttccattgatgctgaacttgggaggatattgctagagttccaagccattgtttgccggag660

acaatatcttcaatcaatggacaatcacaacggca695

<210>4

<211>695

<212>dna

<213>烏柿x3號(hào)(diospyroscathayensisx3)

<400>4

attctggactctgctgtaaaagttatggagatgtattcgagccaaaaggctgtgcttgaa60

gtagaatattttggtgaagttggcactggattgggccctactttggagttctacacccta120

ctaagtcatgatctacaaaaagttggacttggaatgtggagatcaaactcttcctttgat180

agaccctctatggaaatagatggagatgaacaaaatagtaggaagaccagtaactccact240

gcttttgggtctgcttgtgatagtgatcttgtccaagctcctcttggattgttccctcgt300

ccttggcctcctaatactgacgcgtctgatggtggcaaaatttcaaaagttgttgaatat360

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acagcatcttcaatcaatggacaatcgcaactgtg695

<210>5

<211>695

<212>dna

<213>烏柿5號(hào)(diospyroscathayensis5)

<220>

<221>misc_feature

<222>(686)..(686)

<223>y為a或g

<400>5

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gcttttgggtctgcttgtgatagtgatcttgtccaagctcctcttggattgttccctcgt300

ccttggcctcctaatactgaygcgtctgatggtggcaaaatttcaaaagttgttgaatat360

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gcaatgtcaactgcattttataagcttgtgcttggtcaggtgtgctgatcatatactagc480

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tttgatccataaattctgccttctctgttcattgcaggagctggatttgcatgacattct600

ttccattgatgctgaacttgggaggatattgctagagttccaagccattgtttgccggag660

acagcatcttcaatcaatggacaatygcaactgtg695

<210>6

<211>695

<212>dna

<213>老鴉柿(diospyrosrhombifolia)

220>

<221>misc_feature

<222>(162)..(162)

<223>r為a或g

<220>

<221>misc_feature

<222>(168)..(168)

<223>y為t或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(228)..(228)

<223>y為t或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(230)..(230)

<223>y為t或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(363)..(363)

<223>y為t或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(448)..(448)

<223>r為a或g

<220>

<221>misc_feature

<222>(484)..(484)

<223>y為t或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(601)..(601)

<223>y為t或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(616)..(616)

<223>m為a或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(682)..(682)

<223>m為a或c

<220>

<221>misc_feature

<222>(691)..(691)

<223>m為a或c

<400>6

attctggactctgctgtaaaagttatggagatgtattcgagccaaaaggctgtgcttgaa60

gtagaatattttggtgaagttggcactggattgggccctactttggagttctacacccta120

ctaagtcatgatctacaaaaagttggacttggaatgtggagrtcaaactcttcctttgat180

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gcttttgggtctgcttgtgatagtgatcttgtccaagctcctcttggattgttccctcgt300

ccttggcctcctaatactgacgcctctgatggtggcaaaatttcaaaagttattgaatat360

ttycggctacttggtcgtgtgatggccaaagctcttcaagatgggcgacttttggatctt420

gcaatgtcaactgcattttataagcttrtgcttggtcaggtgtgctgatcatatactagt480

ttcygtttatattgaaatttgtcacattttcctatgcaaaattctgaattgagtctcttt540

tttgatccataaattctgccttctctgttcattgcaggagctggatttgcatgacattct600

ytccattgatgctgamcttgggaggatattgctagagttccaagccattgtttgccggag660

acagcatcttcaatcaatggamaatcgcaamtgtg695

<210>7

<211>696

<212>dna

<213>金棗柿(diospyrosjinzaoshi)

<400>7

attttggattctgctgtaaaagttatggagatgtattcgagccaaaaggctgtgcttgaa60

gtagaatattttggtgaagttggcactggattgggccctactttggagttctacacccta120

ctaagtcatgatctacaaaaagttggacttggaatgtggagatcaaactcttcctttgat180

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gcttttgggtctgcttgtgatagtgatcttgtccaagctcctcttggattgttccctcat300

ccttggcctcctaatactgacgcctctgatgatggcaaaatttcgaaagttattgaatat360

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gcaatgtcaaccgcattttataagcttgtgcttggtcaggtgtgctgatcatatactagt480

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<210>8

<211>694

<212>dna

<213>浙江柿164號(hào)(diospyrosglaucifolia164)

<400>8

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gtagaatattttggtgaagttggcactggattgggccctactttggagttctacacccta120

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ccttggcctcctaatactgacgcttctgatggtggcaaaatttcgaaagttattgaatat360

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tcgatgcataaattctgccttctcttttcattgcaggagctggatttgcatgacattctt600

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cagcatcttcaatcaatgggcaatcacatctgtg694

<210>9

<211>696

<212>dna

<213>浙江柿873號(hào)(diospyrosglaucifolia873)

<400>9

attctggattctgctgtaaaagttatggagatgtattcgagccaaaaggctgtgcttgaa60

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ccttggcctcctaatactgacgcctctgatggtggcaaaattttgaaagttattgaatat360

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gacagcatcttcaatcaatgggcaatcacatctgtg696

<210>10

<211>696

<212>dna

<213>君遷子4號(hào)(diospyroslotus4)

<220>

<221>misc_feature

<222>(344)..(344)

<223>y為t或c

<400>10

attctggattctgctgtaaaagttatggagatgtattcgagccaaaaggctgtgcttgaa60

gtagaatattttggtgaagttggcactggattgggccctactttggagttctacacccta120

ctaagtcatgatctacaaaaagttggacttggaatgtggagatcaaactcttcctttgat180

agaccctctatggaagtagacggagatgaacaaaatagtaggaaccccagtaactccact240

gcttttgggtctgcttgtgatagtgatcttgtccaagctcctcttggattgttccctcgt300

ccttggcctcctaatactgacgcctctgatggtggcaaaatttygaaagttattgaatat360

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<213>‘甜寶蓋’(diospyroskaki‘tianbaogai’)

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