專利名稱：蕓薹屬核心ssr引物組合的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及分子遺傳技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及一種蕓薹屬核心SSR引物組合。
背景技術(shù)：
分子標(biāo)記是以個體間遺傳物質(zhì)內(nèi)核苷酸序列變異為基礎(chǔ)的遺傳標(biāo)記，是DNA水平遺傳多態(tài)性的直接反映。DNA由于信息含量大，在同種內(nèi)具有高度的遺傳穩(wěn)定性，且不受外界環(huán)境因素和生物個體發(fā)育階段及器官組織差異的影響。分子標(biāo)記技術(shù)是繼形態(tài)學(xué)標(biāo)記、 生化免疫遺傳標(biāo)記和細(xì)胞遺傳學(xué)標(biāo)記后的一種新的標(biāo)記技術(shù)，實現(xiàn)了從表型選擇到基因型選擇的飛躍。隨著分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，DNA分子標(biāo)記技術(shù)已在玉米、大豆、雞、豬等動植物育種和生產(chǎn)中有許多應(yīng)用研究，廣泛應(yīng)用于遺傳圖譜構(gòu)建、基因定位、物種親緣關(guān)系鑒別、基因庫構(gòu)建、基因克隆和分子標(biāo)記輔助選擇等方面。自20世紀(jì)80年代以來，出現(xiàn)了多種分子標(biāo)記方法，如RAPD、RFLP、AFLP、簡單序列重復(fù)(SSR)和SNP等。目前由于RAPD重現(xiàn)性較差；AFLP操作較復(fù)雜、穩(wěn)定性較差，除QTL初步定位后在目標(biāo)區(qū)域加密標(biāo)記有獨特的優(yōu)勢外，其它方面的應(yīng)用逐步淡化出各種研究；RFLP操作過程繁瑣，效率低，成本高，除在鑒定轉(zhuǎn)基因是否成功外，在其它方面的研究地位越來越低。然而 SSR廣泛分布在真核生物整個基因組上，具有多態(tài)性高、穩(wěn)定性強、操作簡便、DNA用量少、 表現(xiàn)為共顯性孟德爾遺傳等優(yōu)點，已經(jīng)廣泛用于各項標(biāo)記技術(shù)中，并且已成為最有應(yīng)用價值和應(yīng)用最廣泛的分子標(biāo)記技術(shù)。蕓薹屬iBrassica )屬于十字花科，是一類具有極高經(jīng)濟價值的作物，其包含有許多重要的蔬菜、油料、飼料作物和調(diào)味品，如甘藍(lán)類(漢oleracea)的結(jié)球甘藍(lán)、花椰菜、 青花菜、芥藍(lán)和苤藍(lán)；白菜類(召.campestris)的大白菜、白菜、烏塌菜、菜薹等，它們都在中國有廣泛的栽培。自Song等人(1988)開辟了蕓薹屬植物分子標(biāo)記研究的新領(lǐng)域以來， 經(jīng)過近20年多的研究，分子標(biāo)記技術(shù)在蕓薹屬作物中得到了廣泛的應(yīng)用。盡管目前已經(jīng)開發(fā)了數(shù)千多個蕓薹屬作物SSR引物，然而不是所有的SSR引物都具有同等的應(yīng)用價值，包括擴增效果、多態(tài)性信息含量、多態(tài)性水平高低、是否為共顯性遺傳、多位點拷貝數(shù)和是否被定位在遺傳圖譜上等。當(dāng)我們利用SSR引物做標(biāo)記時，通常做法是將目前所有已知的SSR 進(jìn)行篩選，然后從中選擇自己所需要的引物，結(jié)果會對標(biāo)記整體效果把握不準(zhǔn)，造成較大的浪費，費時費力。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于提供一種蕓薹屬核心SSR引物組合，特別適合蕓薹屬作物種質(zhì)資源鑒定、遺傳多樣性分析、品種純度檢測和缺體等異常染色體組成的鑒定等研究工作。本發(fā)明的蕓薹屬19條染色體(A1-A10和C1-C9)核心SSR引物組合，包括以下引物
Al CB10369ENA15 CB10097NIAB096Ra2E04BRAS026
Nal2C06 CNU397 0110D03CB1059權(quán)利要求
1.蕓薹屬核心SSR引物組合，包含19條染色體即Al-AlO和C1-C9核心SSR引物，其特征在于，包括以下引物Al CB10369ENA15 CB10097NIAB096Ra2E04BRAS026Nal2C06 CNU397 0110D03CB10597A2 0110F04 0109A03 NIAB105SR6293 CB10416 Nal2A07 CB10093 Ni2C12B NaHHllC BRAS083A3 SR6688 BRMS071 NIAB120 CNU482 CNU409 BRMS176 0110B08 SN1919 0113D02ANal2C07A4 FIT0066 SN13034 sNRD71ENA3 0113D02A CNU254BRAS003 CB10196 CB10335CB10493A5 sNRD03 BRMS034 FIT0130 BRAS063 NIAB082 SR9222ENA10 CB10080 SR9477CB10487A6 CB10330 CB10143 BRAS014 BRMS227 BRMS221 CB10065 BRMS226 BRMS261 CNU400 EJU5A7 Ra2G08 SR0282R FIT0066 NIAB082 BRMS298 NIAB030 0112E03Ra2A05 CB10211CB10278A8 CNU090 BRMS342 BRMS246 BRMS176 BRMS185 EJU4 KBRH143D22 Ra2E12 EJU3CB10193A9 EJU2 CB10347 BRMS324 FIT0100 0112F02CB102550110D08 CB10103 BRAS055MR013AAlO 0110A02 NIABO15 BRMS186 SN8502 SN8474 NIAB103 ENA18 BRMSO19 CB10109CB10124Cl CB10587CB10369CB10277FIT0094NIAB091CB10206Nal0H06 0110F11Ν 4Β10 Nal0H03C2 0111H09 CB10316 SR6293 CB10026 CB10530 FIT0081 0109A06 0109A03 0112B03Nal2C03C3 Ra2Ell BN12A CB10036 BRAS120 MR049 NalOCOl BRAS065 MR061B MR049BCB10003C4 SN0464 SS2277 BRMS166 Nal0F060112D02SN11516CB10288CB10493 BRAS0720111E03AC5 CB10124s0RH13BRMS030 BRMS049 CB10623Ra2FllMR129MR097 CB10229CB10487C6 CB10502 CB10234 CB10010 BRMSO15 SR12387 CB10526 FIT0146 CB10544SS2486 CB10211C7 SN0706 sNRH63 0110B01 Ra3C04 BRMS050 FIT0088 BRMS040 CB10299 CB10534CB1043全文摘要
本發(fā)明公開了蕓薹屬核心SSR引物組合，屬于分子遺傳技術(shù)領(lǐng)域。該組合包括蕓薹屬A和C基因組19條染色體的核心SSR引物190對，每條染色體上均勻分布有10對多態(tài)性較高、退火溫度基本一致、擴增帶型清楚的SSR引物。運用該核心SSR引物組合在不增加工作成本的前提下，可將分子標(biāo)記的效率提高到3-5倍，特別適合蕓薹屬種質(zhì)資源的鑒定、遺傳多樣性分析、缺體等異常染色體單株的鑒定和種子純度鑒定等方面。具有操作簡單，穩(wěn)定性和重復(fù)性好等優(yōu)點。
文檔編號C12N15/11GK102154277SQ201110050078
公開日2011年8月17日 申請日期2011年3月2日 優(yōu)先權(quán)日2011年3月2日
發(fā)明者付東輝, 李加納, 高才華, 魏麗娟 申請人:西南大學(xué)