專利名稱：鑒別和分析中度串聯(lián)重復(fù)dna標(biāo)記的物質(zhì)和方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明一般涉及在基因組系統(tǒng)中鑒別和分析遺傳標(biāo)記。本發(fā)明特別涉及在DNA中，尤其是在基因組DNA中鑒別這樣的基因座，其含有由于中度(5～7個堿基)序列重復(fù)數(shù)目變異而形成的長度多態(tài)性。本發(fā)明還涉及檢測此多態(tài)基因座。本發(fā)明還涉及鑒別和區(qū)分個體的方法，其主要基于在該基因座擴(kuò)增基因組DNA的產(chǎn)物的大小不同，其中中度串聯(lián)重復(fù)序列數(shù)隨個體不同而變化。
背景技術(shù)：
DNA分型通常用于親子鑒定，并用于確定馬、狗及其它比賽動物的譜系。DNA分型還通常用于鑒別血液、唾液、精液及其它在犯罪場所發(fā)現(xiàn)的其它組織。目前所用的DNA分型法被設(shè)計為檢測和分析已知在群體中以至少兩種不同形式顯現(xiàn)的DNA的一或多個區(qū)域的長度和／或序列中的差異。DNA分型還用于臨床測定骨髓移植的成功或失敗及特殊癌組織的存在與否。此變異長度和／或序列變異稱為“多態(tài)性”。其中發(fā)生這種變異的DNA的任何區(qū)域(即“基因座”)稱為“多態(tài)基因座”。大多數(shù)DNA分型技術(shù)使用至少一個含至少一個該多態(tài)基因座的“標(biāo)記”。每個個體標(biāo)記含有最終衍生自群體中單一個體基因組DNA的單一等位基因。本發(fā)明的方法和物質(zhì)均設(shè)計為用于檢測以長度變異為主要特征的DNA多態(tài)性的特定類別。
就長度或序列而言充分多態(tài)的遺傳標(biāo)記，很久以來被試圖用于鑒定應(yīng)用中，如親權(quán)認(rèn)定及鑒別收集的用于法醫(yī)分析的組織樣品。這種標(biāo)記及分析該標(biāo)記的方法的揭示與開發(fā)，在以往許多年已進(jìn)行了幾個階段的開發(fā)。近年來，作為遺傳標(biāo)記的多態(tài)短串聯(lián)重復(fù)(STRs)的揭示和開發(fā)已激發(fā)連鎖圖譜開發(fā)，致病基因的鑒別與鑒定及DNA分型的簡化性和精確性的進(jìn)程。術(shù)語“短串聯(lián)重復(fù)”或“STR”指2～7個核苷酸長，在任何生物體的基因組DNA串聯(lián)中完全或近乎完全串聯(lián)重復(fù)的所有序列。例如見美國專利號5，364，759第4欄第58行中人基因組DNA的“短串聯(lián)重復(fù)”的定義。
第一個鑒別的DNA變體標(biāo)記是簡單堿基取代，即簡單序列多態(tài)性，其通常由Southern雜交分析檢測。設(shè)計用于用放射活性探針分析限制性內(nèi)切酶消化的DNA的這種標(biāo)記的鑒別論述，參見Southern，E．M．(1975)，J．Mol．Biol．98(3)503-507；Schumm，et al(1988)，American Journal of Human Geneties 42143-159；及Wyman，A．a(chǎn)ndWhite，R(1980)Proc．Natl．Acad．Sci．U．S．A．776754-6758。
第二代標(biāo)記是大小變體，即長度多態(tài)性，尤其“串聯(lián)重復(fù)可變數(shù)”(VNTR)標(biāo)記(Nakamura Y．et al．(1987)．Science 2351616-1622；及美國專利4，963，663，授予White等(1990)；美國專利5，411，859，4，963，663的繼續(xù)，授予White等(1995))和“小衛(wèi)星”標(biāo)記(Jeffreys et al．(1985a)，Nature 31467-73；Jeffreys et al，(1985b)Nature 31676-79；美國專利5，175，082，發(fā)明人Feffreys)。VNTR和小衛(wèi)星標(biāo)記均含有以串聯(lián)方式重復(fù)的幾個相同序列的區(qū)域。核心重復(fù)序列長度為10-70個堿基，較短的核心重復(fù)序列稱為“小衛(wèi)星”重復(fù)，較長重復(fù)稱為VNTRs。人群中不同個體含有不同數(shù)量的這些重復(fù)。這些標(biāo)記比堿基取代多態(tài)性具有更高的多態(tài)性，有時在單一遺傳基因座上呈現(xiàn)接近40或更多個等位基因。但是，仍需要限制酶消化及隨后的Southern雜交分析等繁瑣方法檢測及分析大多數(shù)這種標(biāo)記。
接下來的進(jìn)展包括聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)(美國專利4，683，203，Mullis，K．B．)技術(shù)與分析VNTR基因座(Kasai，K．et al．(1990)JournalForensic Science 35(5)1196-1200)的聯(lián)合?？蓴U(kuò)增的VNTR基因座被發(fā)現(xiàn)，其可不需Southern轉(zhuǎn)移而被檢測。擴(kuò)增產(chǎn)物通過瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠分離，并通過在擴(kuò)增期間摻入放射活性或通過用銀或溴化乙錠后染色而檢測。但PCR只能用于可靠擴(kuò)增相對小的DNA區(qū)段，即僅可靠擴(kuò)增長度在3000個堿基之下的DNA區(qū)段。(Ponce，M．＆ Micol，L．(1992)NAR 20(3)623；Decorte R．，et al．(1990)DNA Cell Biol，9(6)461-469)。結(jié)果，僅開發(fā)了非常少的可擴(kuò)增VNTRs，使它們作為不能進(jìn)行連鎖作圖的一類。
對具有多態(tài)二核苷酸重復(fù)(Litt和Luty(1989)Am J．Hum Genet3(4)599～605；Tautz，D．(1989)NAR 176463-6471；Weber和May(1989)Am J Hum Genet 44388-396；德國專利DE 38 34 636C2，發(fā)明人Tautz，D；美國專利5，582，979，Weber，L．)及多態(tài)短串聯(lián)重復(fù)(STR)(Edwards，A．等，(1991)Am．J．Hum．Genet，49746-756；Hammond，H．A，等，(1994)Am．J．Hum．Genet．55175-189；Fregeau C．J．和Foumey，R．M．(1993)BioTechniques 15(1)100-119；Schumm，J．W等，(1994)，第四屆人類鑒定國際研討會，1993，PP．177-178；美國專利5，364，759，Caskey等；德國專利DE 3834636C2，Tautz，D．)的多態(tài)標(biāo)記的新近開發(fā)，已克服了許多以前方法的缺陷。含有二核苷酸或STR重復(fù)(意為包括2-7bp重復(fù))的二類標(biāo)記通常被稱為“微衛(wèi)星”標(biāo)記。微衛(wèi)星基因座通常被認(rèn)為是最適用標(biāo)記，其與可擴(kuò)增VNTRs相似之處在于其等位基因可以基于長度變化而區(qū)分。但是，與VNTRs不同，這些基因座含有2，3，4或少見的5個堿基長的完全或不完全重復(fù)序列。它們展示出在單個基因座上從僅幾個等位基因至超過40個等位基因。擴(kuò)增方案可以設(shè)計為產(chǎn)生通常60～400堿基對長的小產(chǎn)物，且每個基因座的等位基因通常包含在少于50bp范圍內(nèi)。通過精心設(shè)計PCR引物，使得來自一個個體系統(tǒng)的所有潛在擴(kuò)增產(chǎn)物不重迭同一凝膠中其它系統(tǒng)的等位基因范圍，可在相同凝膠上同時電泳分析幾個系統(tǒng)。
有三種明顯缺點與微衛(wèi)星基因座的使用相關(guān)。首先，打滑(stutter)假象的存在，即通常在擴(kuò)增后可見除代表每個等位基因的主要片段之外的一或多個次要片段。此缺陷在二核苷酸重復(fù)基因座比三或四核苷酸重復(fù)標(biāo)記基因座更明顯(Edwards等，1991，Am．J．Hum．Genet．49746-756；Edwards等，1992．Genomics 12241-253；Weber ＆ May，1989．Am．J．Hum．Genet．44388-396)。這些假象的存在，推測得自稱為重復(fù)滑動的DNA聚合酶相關(guān)的現(xiàn)象(Levinson ＆ Gutman，1987，Mol．Biol．Evol．4(3)203-221；Schlotterer ＆ Tautz，1992．NAR20211-215)，使解釋基因座的等位基因含量變得復(fù)雜。在所有解釋復(fù)雜化的同時，代表每個等位基因的主要和次要片段的存在尤其限制這些標(biāo)記在法醫(yī)分析中的效力，法醫(yī)分析通常要求測定是否存在一個以上DNA樣品來源。在本研究中闡述的許多標(biāo)記代表一類新的與已知標(biāo)記相比產(chǎn)生明顯少的打滑假象的標(biāo)記。
當(dāng)前的STR和微衛(wèi)星標(biāo)記系統(tǒng)的第二個缺點涉及在單一凝膠中分離多個基因座的難度。此發(fā)生是由于在由本領(lǐng)域技術(shù)人員最常用于分離DNA片段的凝膠上部區(qū)域中，存在不同大小片段的空間堆積。本研究中所述的基于較長重復(fù)單位的標(biāo)記的開發(fā)，擴(kuò)展了這些凝膠的有用范圍，使更多基因座可同時被分析。
第三個缺點是在本發(fā)明之前，只有少數(shù)人類基因組DNA的DNA基因座已在文獻(xiàn)中闡述，每個這種基因座具有基于5～7個堿基重復(fù)變化的長度多態(tài)性。如見于Edward等，(1991)核酸研究194791；Chen等(1993)基因組15(3)621-5；Harada等(1994)Am．J．Hum．Genet．55175-189；Comings等(1995)，Genomics 29(2)390-6；及UtahMarker Development Group(1995)，Am．J．Genet．57619-628。在1995年，Jurka和Pethiyagoda發(fā)表的文章闡述了一項研究，其中他們用GenBank數(shù)據(jù)庫測定在靈長類基因組中五聚和六聚串聯(lián)重復(fù)的相對豐度及可變性(Jurka和Pethiyagoda(1995)J．Mol．Evol．40120-126)。但是，可變性只是間接估計的，且個體基因座多態(tài)水平未證實。我們已開發(fā)了鑒別和分析含5～7個堿基重復(fù)的高多態(tài)重復(fù)的DNA基因座的物質(zhì)和方法。
本發(fā)明的物質(zhì)和方法被設(shè)計為用于鑒別和分析各類DNA的特定多態(tài)基因座，包括各種不同來源的單鏈和雙鏈DNA。本發(fā)明闡述了對現(xiàn)有技術(shù)的明顯改進(jìn)，使用于連鎖分析，犯罪審判，親權(quán)認(rèn)定及其它法醫(yī)和醫(yī)學(xué)用途方面的DNA分布分析的能力及精確性增加。
發(fā)明概述因此，本發(fā)明一個目的在于提供鑒別和分析具有中度串聯(lián)重復(fù)序列的DNA基因座的物質(zhì)和方法，其中“中度串聯(lián)重復(fù)序列”是DNA的一區(qū)域，其含有至少一個由串聯(lián)重復(fù)至少2次的5，6或7個堿基的序列組成的重復(fù)單位。
本發(fā)明另一個目的在于提供鑒別中度串聯(lián)重復(fù)DNA標(biāo)記的物質(zhì)和方法，當(dāng)其用于分析或檢測含中度串聯(lián)重復(fù)的DNA樣品的一或多個基因座時，很少產(chǎn)生假象。本發(fā)明的方法和物質(zhì)優(yōu)選用于鑒別和分析基因組DNA的基因座，每個基因座均含有多態(tài)中度串聯(lián)重復(fù)序列。本發(fā)明的物質(zhì)包括針對人基因組DNA的這種基因座的寡核苷酸引物和DNA標(biāo)記。用本發(fā)明的方法檢測的中度串聯(lián)重復(fù)基因座，比用相似方法檢測的許多已知基因座，包括短STR(即2，3或4個堿基DNA序列的串聯(lián)重復(fù))，呈現(xiàn)較少的假象。
本發(fā)明一特別目的是提供一種分析個體多態(tài)遺傳基因座的方法和物質(zhì)，其主要基于主要由于中度核苷酸串聯(lián)重復(fù)的區(qū)域中，核酸重復(fù)單位數(shù)目的不同而引起的長度變化。本發(fā)明另一目的在于提供一種檢測和分析基因組DNA的多態(tài)性基因座的方法，試劑盒及引物，該基因座含有中度串聯(lián)重復(fù)多態(tài)性，包括五核苷酸串聯(lián)重復(fù)多態(tài)性。
本發(fā)明的一實施方案是分離含有來自基因組DNA的中度串聯(lián)重復(fù)序列的DNA片段的方法，包括(a)提供多個DNA片段，其中至少一個片段含有一中度串聯(lián)重復(fù)序列(b)提供一支持工具(means)，如結(jié)合至少一個寡核苷酸的固定支持工具，該寡核苷酸含有互補于中度串聯(lián)重復(fù)序列的一部分的核苷酸序列；(c)在一定條件下組合該多個DNA片段和支持工具，其中含中度重復(fù)序列的DNA片段和至少一個其它DNA片段與支持工具雜交。
本發(fā)明另一實施方案是一種檢測基因組DNA中具有低打滑假象的多態(tài)中度串聯(lián)重復(fù)序列的方法，包括(a)提供一DNA樣品，其具有至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列，(b)檢測DNA樣品中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列，其中觀測到不超過1．1％的平均打滑假象。
本發(fā)明另一實施方案是用至少一個寡核苷酸引物擴(kuò)增DNA樣品中感興趣的中度串聯(lián)重復(fù)序列(后文中稱為“靶”中度串聯(lián)重復(fù)序列)，以檢測DNA樣品中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的方法，其中寡核苷酸引物含有互補于并位于一DNA標(biāo)記的一個區(qū)域側(cè)翼的序列，該DNA標(biāo)記在其序列中含有一中度串聯(lián)重復(fù)序列(后文稱為“模板中度串聯(lián)重復(fù)序列”)，其中，此DNA標(biāo)記具有選自SEQ ID NOS1-43的序列。
本發(fā)明的另一實施方案是一檢測DNA樣品中至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的試劑盒，該試劑盒包括一容器，其具有至少一個寡核苷酸引物，用于擴(kuò)增至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列，其中此寡核苷酸引物的核苷酸序列互補于并位于雙鏈DNA標(biāo)記一個區(qū)域的一部分的側(cè)翼，該雙鏈DNA標(biāo)記含有模板中度串聯(lián)重復(fù)序列，其中該DNA標(biāo)記具有選自SEQ ID NOS1-43的序列。
本發(fā)明的另一實施方案是一寡核苷酸引物，其包含互補于雙鏈DNA標(biāo)記的一條鏈的位于模板中度串聯(lián)重復(fù)序列側(cè)翼的區(qū)域的序列，其中該DNA標(biāo)記具有選自SEQ ID NOS1-6和SEQ ID NOS28-33的序列。
本發(fā)明的各個實施方案在人及其它生物體鑒別，法醫(yī)分析，親權(quán)認(rèn)定，監(jiān)測骨髓移植，連鎖作圖及檢測遺傳病及癌癥等領(lǐng)域均有特殊用處。準(zhǔn)確辨別不同個體少量組織在法醫(yī)應(yīng)用中是特別急需的，其中許多定罪(及宣判無罪)要依于DNA分型分析，包括STR基因座的分析。
本發(fā)明的其它目的，特點及優(yōu)勢通過以下實施本發(fā)明的最佳模式及附圖將顯而易見。
圖2是S159五核苷酸重復(fù)的電泳圖。
圖3是vWA四核苷酸重復(fù)的電泳圖。
圖4是G210五核苷酸重復(fù)的電泳圖。
圖5是D5S818四核苷酸重復(fù)的電泳圖。
圖6是S159五核苷酸重復(fù)打滑百分率的散射圖。
圖7是G210五核苷酸重復(fù)打滑百分率的散射圖。
圖8是D5S818四核苷酸重復(fù)打滑百分率的散射圖。
圖9是vWA四核苷酸重復(fù)打滑百分率的散射圖。


圖10是在經(jīng)凝膠電泳分離后，S159五核苷酸重復(fù)的熒光標(biāo)記的擴(kuò)增片段的熒光成象掃描結(jié)果的激光打印圖。
圖11是在經(jīng)凝膠電泳分離后，G210五核苷酸重復(fù)的熒光標(biāo)記的擴(kuò)增片段的熒光成象掃描結(jié)果的激光打印圖。
附圖不是必需成比例的，且本發(fā)明的某些特征可按比例放大或為清楚及簡潔目的而以示意形式示出。
發(fā)明詳述本領(lǐng)域技術(shù)人員知曉在不偏離本文揭示的本發(fā)明范圍及精神之下，對本發(fā)明可作各種替代及修改。A．定義本文所用術(shù)語“中度串聯(lián)重復(fù)”或“ITR”指含有串聯(lián)至少兩次的5～7個堿基序列的DNA序列的一區(qū)域。術(shù)語ITR也包括這樣的DNA區(qū)域，其中多于一個單一5～7堿基序列是串聯(lián)重復(fù)的，或具有間插堿基，條件是至少一個該序列至少串聯(lián)重復(fù)2次。在ITR內(nèi)至少重復(fù)一次的每個序列本文稱為“重復(fù)單位”。
“ITR多態(tài)性”指基因組DNA中的一個ITR，其主要由于每個染色體相同區(qū)域中重復(fù)單位數(shù)的不同而使個體群中的染色體長度變化。
根據(jù)本發(fā)明鑒別和分析的中度串聯(lián)重復(fù)序列可被分為二類完全的和不完全的。本文所用術(shù)語“完全的”ITR指含有至少串聯(lián)重復(fù)二次的單一5～7個堿基重復(fù)單位的雙鏈DNA區(qū)域，如(AAAAT)12。術(shù)語“不完全的”ITR指含有至少二個串聯(lián)完全重復(fù)單位個至少一個不完全重復(fù)單位的DNA區(qū)域，其中不完全重復(fù)單位由得自完全重復(fù)單位的序列中插入，缺失或取代1，2或3個堿基的DNA序列組成，如(AAAAT)12(AAAAT)5AAT(AAATT)4。每個不完全I(xiàn)TR序列含有至少一個完全I(xiàn)TR序列。特別地，每個ITR序列，不管是完全的還是不完全的，均包括至少一個至少串聯(lián)出現(xiàn)2次的重復(fù)單位序列，該重復(fù)單位序列可以公式(I)代表(AwGxTyCz)n(I)其中A，G，T代表可以是任何順序的核苷酸；w，x，y和z代表序列中每個核苷酸的數(shù)目，并在0～7范圍內(nèi)，w+x+y+z的范圍在5～7之間；n代表序列串聯(lián)重復(fù)的次數(shù)，且至少為2。
“五核苷酸串聯(lián)重復(fù)”指以上所定義的“中度串聯(lián)重復(fù)”多態(tài)性的一亞類。除非特殊提及，術(shù)語“五核苷酸串聯(lián)重復(fù)”包括完全I(xiàn)TRs，其中重復(fù)單位是5個堿基的序列，及不完全I(xiàn)TRs，其中至少一個重復(fù)單位是5個堿基重復(fù)。
“DNA標(biāo)記”指含有一ITR序列的DNA片段，如含由擴(kuò)增基因組DNA一區(qū)域產(chǎn)生的ITR序列的DNA片段。每個標(biāo)記含有一最終衍生自一群體中的一個單獨個體基因組DNA的一個單等位基因。
術(shù)語“基因座“指DNA的特殊區(qū)域。當(dāng)用于闡述基因組DNA的區(qū)域時，“基因座”指染色體上的特定位置。就群體中的任何個體而言，相同基因組基因座在每對同源染色體上相同位點出現(xiàn)。每個這種染色體上相同基因座的DNA序列，或在源自相同的這種染色體的DNA的相同基因座的DNA序列，稱為“等位基因”。
術(shù)語“多態(tài)性”指相同物種個體生物體組成的群體的基因組DNA中發(fā)現(xiàn)的在至少2個染色體上見到的基因座的等位基因的變化。術(shù)語“多態(tài)性”包括得自克隆入其它載體如DNA載體的染色體片段或另一種生物體的染色體DNA的相同基因座的DNA序列的變化。
本文所用術(shù)語“ITR側(cè)翼序列”指相鄰于含ITR的DNA序列一條鏈上的ITR的核苷酸序列。包括ITR側(cè)翼序列作為其全部序列一部分的序列本身是側(cè)翼序列。
術(shù)語“寡核苷酸引物”是一種分子，其含有3個以上脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸。盡管每個引物序列不需反映模板的精確序列，序列反映與模板的互補性越接近，則與模板結(jié)合越好。其精確長度和序列將依于許多因素，涉及寡核苷酸引物的最終功能及使用，包括溫度，引物序列，及使用方法。本發(fā)明的每個寡核苷酸引物包含一互補于位于ITR序列側(cè)翼的DNA標(biāo)記序列的核酸序列。本發(fā)明的寡核苷酸引物當(dāng)置于一定條件下時，能作為合成起始點，該條件是誘導(dǎo)互補于一核酸鏈的引物延伸產(chǎn)物的合成的條件。該條件可包括存在核苷酸和誘導(dǎo)劑如DNA聚合酶，合適溫度及pH。在優(yōu)選實施方案中，該引物是足夠長的單鏈寡脫氧核糖核苷酸，以在存在誘導(dǎo)劑下引導(dǎo)從特定序列合成延伸產(chǎn)物。寡核苷酸引物的敏感性及特異性通過引物長度及所供DNA模板樣品中序列的獨特性確定。在本發(fā)明中，寡核苷酸引物通常大約15個堿基以上，且優(yōu)選大約20～40個堿基長。
術(shù)語“寡核苷酸引物對”指一對引物，每個引物均含互補于位于相同ITR側(cè)翼的雙鏈DNA相反鏈的脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的序列。本發(fā)明的每對寡核苷酸引物優(yōu)選地選擇用以檢測單一ITR。盡管每對引物序列不需反映模板的精確序列，序列反映與模板的互補性越接近，與模板結(jié)合越好。
術(shù)語“延伸產(chǎn)物”指從寡核苷酸引物3’末端合成的核苷酸序列，其互補于寡核苷酸與之結(jié)合的鏈。
術(shù)語“寡核苷酸探針”指單鏈DNA或RNA分子，其包括互補于靶序列的一部分的序列，靶序列例如DNA樣品的中度串聯(lián)重復(fù)序列，其中互補性部分的長度足以使探針與靶序列雜交。
術(shù)語“打滑假象”指當(dāng)檢測靶DNA的一或多個分子時，觀測到的特定類型的假象，其中靶DNA含有相同重復(fù)單位序列的串聯(lián)重復(fù)，包括根據(jù)本發(fā)明檢測和分析的靶中度串聯(lián)重復(fù)序列。在通過長度如用凝膠電泳分離樣品中所有DNA之后，檢測到含任何該靶DNA樣品時，每個靶DNA分子產(chǎn)生一主要信號(如在凝膠上的主要條帶)；但在接近每個主要信號處可檢測到次要信號。次要信號通常產(chǎn)生自DNA片段的檢測，其由于靶DNA序列的一或多個重復(fù)單位的加入或缺失，而在長度上與靶DNA不同。打滑假象已歸因于在DNA的體內(nèi)和體外復(fù)制期間滑動鏈的錯配。如參見Levinson和Gutman(1987)，Mol．Biol．Evol．，4(3)203-221；及Schlotterer和Tautz(1992)，Nucleic Acids Research 20(2)211-215。當(dāng)含有任何這種重復(fù)序列的DNA用如PCR擴(kuò)增法體外擴(kuò)增時，此假象尤為明顯，這是由于樣品存在的或聚合期間產(chǎn)生的任何次要片段隨主要片段一起擴(kuò)增。
術(shù)語“打滑假象百分率”指在得自單一來源如單菌落細(xì)菌或基因組DNA的單一染色體的DNA樣品中，觀測的次要(即假象)信號幅度與主要(即靶)信號幅度的對比。打滑假象百分率可在未擴(kuò)增的DNA上測定，但優(yōu)選在至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列擴(kuò)增后測定。術(shù)語“打滑假象平均百分率”指在對一個群體至少20個等位基因的代表樣品檢測測定的打滑假象百分率平均而得。
術(shù)語“基因組DNA”指最終衍生自基因組DNA的任何DNA。該術(shù)語例如包括異源生物體中的克隆的DNA，整個基因組DNA，及部分基因組DNA(如單一分離的染色體的DNA)。
根據(jù)本發(fā)明檢測或分離的DNA可以是單鏈或雙鏈的。例如適用于本發(fā)明的單鏈DNA可得自噬菌體、細(xì)菌或基因組DNA的片段。適用于本發(fā)明的雙鏈DNA可得自一些含有具有中度串聯(lián)重復(fù)序列的DNA的各種不同來源中的任一種，包括噬菌體文庫，粘粒文庫，和細(xì)菌基因組DNA或質(zhì)粒DNA，及分離自任何真核生物的DNA，包括人基因組DNA。DNA優(yōu)選得自人基因組DNA?？梢允褂萌我徊煌瑏碓吹娜嘶蚪MDNA，包括醫(yī)學(xué)或法醫(yī)樣品如血液，精液，陰道拭物，組織，頭發(fā)，唾液，尿液及體液混合物。該樣品可以是新鮮的，陳舊的，干燥的和／或部分降解的。此樣品可收集自犯罪現(xiàn)場。
B．分離含ITR的多態(tài)DNA標(biāo)記的方法本發(fā)明的一實施方案是用雜交選擇分離含ITR的DNA片段的方法。該方法包括以下步驟(a)提供多個DNA片段，其中至少一個DNA片段含有ITR；(b)提供結(jié)合有至少一個寡核苷酸的支持工具，其中此寡核苷酸包括互補于中度串聯(lián)重復(fù)序列一部分的核苷酸序列；(c)將所述的多個DNA片段與支持工具在一定條件下組合，其中包括任何含ITR序列的DNA片段的DNA片段與支持工具雜交。
此方法(a)步提供的多個DNA片段可通過任何含ITR的DNA樣品片段化而得，但優(yōu)選通過基因組DNA片段化而得，如見并入?yún)⒖嫉摹度祟愡z傳學(xué)當(dāng)前方案》(1994)，第2章從基因組DNA構(gòu)建小插入片段文庫，p．2．2．1。制備(a)步所用的多個DNA片段的最優(yōu)選方法可根據(jù)以下步驟進(jìn)行片段化DNA樣品，從而產(chǎn)生DNA片段群，其中至少一個DNA片段含有ITR；將含有引導(dǎo)序列的接頭與DNA片段群中每個DNA片段的至少一個末端連接；用含互補于引導(dǎo)序列的序列的寡核苷酸引物擴(kuò)增每個接頭連接的片段。不同的接頭可連于每個片段的每個末端。但是，優(yōu)選將單一接頭連于每個末端，以使能用具有互補于接頭引導(dǎo)序列的序列的單一寡核苷酸引物擴(kuò)增。接頭連接優(yōu)選在有連接酶的情況下進(jìn)行，如T4DNA連接酶。
可用任一工具產(chǎn)生本發(fā)明方法(a)步中提供的多個DNA片段，包括用超聲處理或用至少一種限制酶片段化，當(dāng)然只有雙鏈DNA可用限制酶片段化。當(dāng)限制酶用于片段化雙鏈DNA樣品時，其優(yōu)選是具有4堿基對識別序列的限制酶，其留下單鏈的突出端，并且不切割DNA樣品內(nèi)感興趣的ITR區(qū)。用于片段化雙鏈DNA樣品的優(yōu)選限制酶包括MboI，AciI，BfaI，DpnII，HhaI，Hin PII，HpaII，MseI，Nla III，Sau 3AI，TaqI，Csp6I，和TaiI。
如上述產(chǎn)生的接頭連接的DNA片段隨后用擴(kuò)增反應(yīng)擴(kuò)增，如PCR(美國專利4，683，202，Mullis，K．B．)，基于核酸序列的擴(kuò)增(NASBA)(Kievits等(1991)J．Virol Merthods 35(3)273-286)，連接介導(dǎo)的擴(kuò)增(Volloch等(1994)，Nucleic Acids Res 22(13)2507-2511)，鏈置換擴(kuò)增(SDA)(Walker等(1992)PNAC 89(1)392-396)，序列不依賴的單引物擴(kuò)增(SISPA)(Reyes(1991)Mol CellProbes 5(6)473-481)或連接酶鏈反應(yīng)(美國專利5，686，272，授予Narshall等)。
在方法(b)步中提供的支持工具包括具有至少一個與其相結(jié)合的靶寡核苷酸的固定支持物。此固定支持物優(yōu)選包括一能與寡核苷酸直接或間接偶聯(lián)的物質(zhì)，能與寡核苷酸直接偶聯(lián)的合適物質(zhì)包括硝基纖維素，尼龍，玻璃，二氧化硅，及乳膠。用于本方法這一優(yōu)選實施方案的合適的固定支持物例如包括尼龍膜，用二氧化硅顆粒包埋的濾膜，玻璃珠，二氧化硅磁性顆粒，或含二氧化硅的樹脂。通過與寡核苷酸結(jié)合的第一個偶聯(lián)劑和與固定支持物表面結(jié)合的第二個偶聯(lián)劑而能與寡核苷酸間接偶聯(lián)的合適物質(zhì)包括親和素和鏈親和素，或抗原及其抗體。
與固定支持物相結(jié)合的所述至少一個靶寡核苷酸包括互補于DNA片段中度串聯(lián)重復(fù)序列一部分的核苷酸序列。術(shù)語“部分”指足夠長的DNA片段的ITR區(qū)域中的核苷酸序列，當(dāng)具有互補于該序列的序列的寡核苷酸與其接觸時，發(fā)生雜交?！安糠帧眱?yōu)選至少20個堿基，更優(yōu)選至少40個堿基長。靶寡核苷酸更優(yōu)選具有(AwGxTyCz)n公式特征的序列，其中A，G，T和C代表可以是任何順序的核苷酸；w，x，y，z代表序列中每個核苷酸數(shù)目，范圍在0～7，且w+x+y+z在5～7范圍內(nèi)；n代表序列串聯(lián)重復(fù)的次數(shù)，且至少大約4次，更優(yōu)選至少大約8次，最優(yōu)選至少大約15次。
在本方法(c)步中，所述的多個DNA片段與支持工具在一定條件下組合，其中含ITR的DNA片段與支持工具雜交。當(dāng)該多個片段是多個雙鏈DNA片段時，此DNA在與支持工具雜交前變性。在與支持工具雜交前使雙鏈DNA片段變性的合適方法包括將DNA暴露于足夠高的使雙鏈DNA變性的溫度，或?qū)NA懸浮于變性溶液中。此DNA優(yōu)選用含變性劑如堿(例如NaOH或KOH)的變性溶液變性。當(dāng)用堿變性DNA片段時，所得混合物的pH優(yōu)選調(diào)正至大約中性pH，優(yōu)選通過在混合物中加入pH4．8的緩沖液而調(diào)正。
一旦DNA片段已與支持工具雜交，優(yōu)選洗滌此支持工具以除去未雜交的DNA片段及任何存在于含有支持工具的溶液中，或在支持工具表面上的未雜交的其它物質(zhì)。所用任何洗滌液優(yōu)選配制成除去如此物質(zhì)而不釋放與支持工具雜交的DNA片段。
與支持工具雜交的DNA片段用加熱或合適釋放溶液，根據(jù)支持工具與DNA片段間結(jié)合性質(zhì)，可從支持工具中釋放。例如水或低鹽水溶液如TE緩沖液(如10mM Tris-HCl，pH7．5，lmM EDTA)可用于釋放與由二氧化硅組成的支持工具雜交的DNA片段。一旦從支持工具釋放，此DNA片段可被處理以從存在于釋放的DNA片段的所得混合物中的其它DNA片段中分離含ITR序列的DNA。附加處理步驟可包括根據(jù)上述方法再雜交和篩選，或克隆入DNA載體及篩選克隆的轉(zhuǎn)化體。
圖1圖示了分離含ITR的DNA片段的方法的優(yōu)選實施方案，其中制備DNA片段群，與支持工具雜交，擴(kuò)增，克隆，并篩選含ITR的轉(zhuǎn)化體。圖1中圖示的每個步驟均用羅馬數(shù)字標(biāo)記。步驟I示出用限制酶(2)消化的雙鏈DNA(1)的分子，產(chǎn)生不同大小的DNA片段群(未示出)，其中至少一個包括靶ITR。步驟I和II間的箭頭圖示將接頭(3)加入DNA片段群中以產(chǎn)生在兩類不同DNA片段的末端具有接頭(3)的接頭連接的片段(8)，所述的兩類不同DNA片段為具有靶ITR序列的片段(6)和沒有靶序列的片段(4)。將具有互補于每個接頭(3)的引導(dǎo)序列的序列的寡核苷酸引物(7)在第III步中加入DNA片段(8)群中，并通過PCR擴(kuò)增該DNA片段(8)群，從而產(chǎn)生擴(kuò)增的DNA片段(9)群。在第IV步中，將擴(kuò)增的DNA片段(9)群置入具有雜交溶液(12)和結(jié)合有至少一個寡核苷酸的濾膜(10)的容器(15)中，該寡核苷酸具有互補于靶ITR序列的一部分的序列。雜交溶液促進(jìn)含ITR序列的DNA片段與濾膜的雜交。在第V步，將濾膜(10)從容器(15)中除去，并從中釋放與其雜交的DNA片段。在第VI步，再擴(kuò)增所得富集的釋放的片段群，使用第III步中擴(kuò)增反應(yīng)中使用的相同寡核苷酸引物。最后在第VII步將富集的擴(kuò)增的DNA片段群的每個片段克隆入質(zhì)粒載體(18)中。第VII步示出用具有靶ITR序列的片段(6)克隆的載體及用沒有ITR序列的片段(4)克隆的載體。
C．檢測具有低打滑多態(tài)ITR的方法當(dāng)根據(jù)本發(fā)明方法的這一具體實施方案檢測具有靶ITR序列的DNA樣品的該序列時，觀測到最小打滑假象。觀測的平均打滑假象優(yōu)選不超過1．1％，更優(yōu)選不超過0．9％。靶ITR序列可以是完全I(xiàn)TR或不完全I(xiàn)TR序列。檢測的DNA樣品優(yōu)選是基因組DNA。
優(yōu)選在DNA樣品中ITR序列擴(kuò)增后觀測平均打滑假象。
D．引物、探針和標(biāo)記本發(fā)明還包括以下序列表中SEQ ID NOS1～43所示的DNA標(biāo)記，引物，其中每個引物的序列互補于位于由43個序列中的一個序列所示的DNA標(biāo)記的ITR區(qū)側(cè)翼的序列，及探針，其具有互補于43個標(biāo)記之一的ITR區(qū)內(nèi)所含序列的序列。實施例中實驗鑒別的特別優(yōu)選的引物列于下表1。
表1
以下實施例是通過舉例說明，而非以任何方法限制本發(fā)明。在實施例中，所有百分比如果針對固體則是重量百分比，如果針對液體則是體積百分比，除非特殊指出，所有溫度是攝氏度。
實施例1構(gòu)建全基因組PCR文庫實施例1和以下實施例2中所用的特殊擴(kuò)增及雜交選擇技術(shù)，是對Armor，J．等，(1994)Hum Mol Genet 3(4)599-605中所述選擇方法的修改形式。
人基因組DNA是用標(biāo)準(zhǔn)苯酚氯仿提取程序，從15個個體的集合全血中純化的(人類遺傳學(xué)當(dāng)前方案(1994)，Gilber，J．編輯，附錄)。
將大約100μg基因組DNA用5單位MboI限制酶／μgDNA在37℃切割16小時，隨后用苯酚氯仿提取，乙醇沉淀進(jìn)行純化，在100μlTE緩沖液中(10mM Tris-HCl，lmM EDTA，pH8．0)再懸浮，終濃度為大約1μg／μlDNA。
將在250-600bp范圍的DNA片段在1％Seakem GTG(FMCBio Products，Rockland，Maine)制備瓊脂糖凝膠上(15×29cm)，通過在100v凝膠電泳1．25小時而分離，并通過電洗脫回收(參考)，通過在A260測定吸收值對DNA定量，并在無菌超純(nanopure)水中稀釋至500ng／μl并儲存在-20℃。
通過將等摩爾量的寡A(5’-GCG GTA CCC GGG AAG CTTGG-3’)和5’磷酸化的寡B(5’-GAT CCC AAG CTT CCC GGGTAC CGC-3’)退火至終濃度為1，000pmd／μl制備接頭。將1μg大小選擇的插入DNA(3．5pmol，平均大小為425bp)與13μg(875pmols)的接頭(2501接頭插入物摩爾比率)，用1～3單位的T4 DNA連接酶在15℃連接16小時。通過凝膠電泳(1％Seakem GTG瓊脂糖，1．5小時，100v)從原始片段中分離過量的接頭和接頭二聚體。通過電洗脫從凝膠中回收接頭連接的DNA片段，并在50μl無菌水中再懸浮。
將具有連接接頭的DNA(50ng)，在含有10μl 10×STR緩沖液(50mM KCl，100mM Tris-HCl，pH9．0，15mM MgCl2，1％Trition X-100和2mM每種dNTP)，1μl Taq聚合酶(5U／μl)，和1μM寡A引物(10μl 10pmol／μl儲存液)的100μl反應(yīng)體積中用PCR進(jìn)行擴(kuò)增。在此反應(yīng)中用作引物的“寡A”與上述用于裝配MboI接頭的“寡A”相同。循環(huán)條件是95℃1分鐘，67C1分鐘，70℃2分鐘，循環(huán)30次。通過用Centricon-100s微濾(向樣品中加入2ml無菌水，并加載Centricon-100s，在2，000RPM旋轉(zhuǎn)2分鐘，倒置Centricon濾膜并在2000RPM旋轉(zhuǎn)2分鐘以回收DNA，在100μl無菌水中重懸浮)除去dNTPs，引物和引物二聚體。將5μl等份的所得PCR文庫在1％瓊脂糖凝膠上檢驗(1小時，100v)，以證實大小在250～600bp范圍之間。
實施例2通過雜交選擇而富集五核苷酸重復(fù)將根據(jù)實施例1產(chǎn)生的含有各種不同重復(fù)的全基因組PCR文庫中的DNA片段，用不同的與固體支持物相結(jié)合的寡核苷酸混合物，通過雜交富集。將含有(AAAAX)n五核苷酸重復(fù)的片段通過雜交選擇而富集。此方法通過首先構(gòu)建用于雜交選擇的寡核苷酸而完成，該寡核苷酸由大約1000bp長的(AAAAC)n，(AAAAG)n和(AAAAT)n串聯(lián)組組成。將這些寡核苷酸固定在膜上，并與全基因組PCR文庫雜交，以選擇那些含有(AAAAX)n重復(fù)的片段。
如下構(gòu)建一組寡核苷酸(a)合成5’磷酸化的30mer寡核苷酸(AAAAC)6，(AAAAG)6和(AAAAT)6及其互補寡核苷酸(GTTTT)6，(CTTTT)6和(ATTTT)6，并以1000pmol／μl濃度懸浮于超純水中，(b)將等摩爾濃度(用10μl或10nmol或198μg)的具有互補序列的寡核苷酸組合，加熱至65℃，15分鐘，并在4℃放置12小時以互相退火，(c)然后將退火的寡核苷酸用每μgDNA 1Weiss單位的T4 DNA連接酶在15℃彼此連接過夜，(d)在1％Seakem GTG瓊脂糖上，根據(jù)大小選擇≥200bp的多聯(lián)體，(e)將連接DNA進(jìn)行無引物PCR以延長串聯(lián)組，(f)將表觀大小超過1000bp的片段從1％瓊脂糖中回收，并通過微濾純化。測定在A260的吸光度，并在無菌超純水中制備成1μg／μl儲液。
然后將總計1ug的(AAAAC)200，(AAAAG)200或(AAAAT)200寡核苷酸點在4mm×4mm尼龍HybondNfp濾膜上(Amersham LifeSciences，Inc．)用預(yù)雜交緩沖液振蕩洗滌2次，每次30分鐘，以除去弱結(jié)合的寡核苷酸，在空氣中干燥，在1200μJoules進(jìn)行UU交聯(lián)結(jié)合DNA，然后在-20℃貯存。
全基因組PCR文庫與上述獲得的與尼龍濾膜結(jié)合的寡核苷酸的支持介質(zhì)的雜交選擇如下進(jìn)行(a)將濾膜在1ml預(yù)雜交緩沖液(1％BSA(SigmaB-4287)，1mM EDTA，pH8．0，7％(w／v)SDS，0．5MNa2HPO4)中，對于含有(AAAAC)n和(AAAAG)n序列的寡核苷酸的濾膜在40℃預(yù)雜交，對于含有(AAAAT)n序列的寡核苷酸在37℃預(yù)雜交。20分鐘后，除去緩沖液，并加入100μl新鮮預(yù)雜交緩沖液，(b)用堿(KOH，終濃度150mM)將全基因組PCR文庫DNA(20μg)變性，通過加入0．25體積的1M Tris-HCl pH4．8中和，并加入含濾膜的緩沖液中。將所得反應(yīng)混合物在37℃或40℃預(yù)雜交溫度培養(yǎng)過夜，(c)用1ml洗滌緩沖液#1(40mM Na2HPO4，pH7．2，0．1％SDS)在40℃將(AAAAC)200和(AAAAG)200濾膜洗滌2次，及在室溫振蕩洗滌1次，每次15分鐘。(AAAAT)200濾膜用1ml洗滌緩沖液在37℃洗滌1次及在室溫洗滌1次，(d)與每個濾膜結(jié)合的DNA，通過在100μl無菌純水中加熱至95℃5分鐘而釋出。在95℃將樣品除去，以防止再退火。將濾膜剝離(stripped)，并通過在0．4M NaOH中在45℃保溫30分鐘，然后轉(zhuǎn)移至0．1×SSC，0．1％SDS，0．2M Tris pH7．5中并再保溫15分鐘而再利用。將此膜印跡干燥并在-20℃貯存在密封管中。
實施例3克隆DNA片段的五核苷酸重復(fù)富集文庫將根據(jù)實施例2的富集五核苷酸重復(fù)的DNA片段群，通過PCR再擴(kuò)增。然后將再擴(kuò)增的片段克隆入質(zhì)粒載體pGEM-3Zf(+)中，如下述。此方法通過將選擇的插入物與pGEM載體連接，然后將環(huán)化的質(zhì)粒轉(zhuǎn)化入JM109 E．Coli宿主中而進(jìn)行。
插入物與載體的連接如下進(jìn)行(a)將5μl雜交選擇的DNA在100μl反應(yīng)體積中，用1XSTR緩沖液(50mM KCl，10mM Tris-HCl，pH9．0，1．5mM MgCl2，0．1％Triton X-100，和0．2mM每種dNTP)，1μlTaq聚合酶(5U／μ1)，及1μM寡A引物(1μ1 100pmol／μl儲液)進(jìn)行再擴(kuò)增。循環(huán)條件是95℃1分鐘，67℃1分鐘，70℃2分鐘；循環(huán)30次。(b)通過向100μl PCR反應(yīng)物中加入11μl Promega限制酶10×緩沖液C，和2μl(8U／μl)MboI，在37℃將所得反應(yīng)混合物保溫過夜而用MboI消化再擴(kuò)增的DNA，并通過在65℃將混合物保溫20分鐘加熱滅活限制酶。(c)通過用BamHI(5U／μg)在37℃消化16小時，隨后加入適量小牛小腸堿性磷酸酶10×緩沖液(Promega)和1μlCIAP(U／μl)并在37℃保溫1小時，制備用于進(jìn)行片段插入的pGEM-3Zf(+)載體(約20μg或10．6pmol)。通過加入0．5M EDTA至終濃度為0．02M而終止此反應(yīng)。乙醇沉淀及以1g／μl重懸浮于TE緩沖液中，然后用苯酚提取。(d)最后，在室溫將1μl用MboI切割的DNA(見b步)與1μl或200ng去磷酸化的pGEM 3Zf(+)(見c步)和1μlT4 DNA連接酶(1～3U／μl)保溫2小時，進(jìn)行20μl插入物-載體連接。
最后，用Technical Bulletin #095所述Promega轉(zhuǎn)化法，將10μl的插入物-載體連接反應(yīng)轉(zhuǎn)化入100μl JM109感受態(tài)細(xì)胞中。
實施例4通過菌落雜交選擇含有(AAAAX)n五核苷酸重復(fù)的小插入片段基因組文庫用Lightsmith II試劑和方法(見Promega Technical Bulletin#TM227)經(jīng)菌落雜交篩選選擇含有(AAAAX)n五核苷酸重復(fù)的克隆，并通過與堿性磷酸酶輟合的探針雜交而顯色。
將MagnaGraph尼龍膜(Micron Separations，Inc．Westboro，MA)置于含有細(xì)菌菌落的平板上，擱置3分鐘，然后在干燥濾紙上印跡而將菌落DNA轉(zhuǎn)移至膜上，接著將此膜轉(zhuǎn)移到一系列含10％SDS托盤中，放置3分鐘，然后轉(zhuǎn)移至含5ml NaOH+30ml 5M NaCl+65mldH2O的變性液中放置5分鐘，然后轉(zhuǎn)至由30ml 5M NaCl+25ml MTris-HCl，pH7．4+45ml dH2O組成的中和溶液中放置5分鐘，最后轉(zhuǎn)至2XSSC中放置5分鐘。然后將此膜在室溫干燥30分鐘，隨后用Statalinker_(Stratagene，La Jolla，CA)用1200ufoules UV交聯(lián)。
借助于AP綴合的探針和化學(xué)發(fā)光物，檢測含有具有(AAAAX)n重復(fù)的克隆的菌落。將與AP綴合的探針雜交的濾膜在X線下曝光表明菌落含所需克隆。進(jìn)行第二次雜交以證實初始結(jié)果。
檢測程序利用Promega的Lightsmith II試劑盒(見PromegaBulletin#TM227關(guān)于程序的詳述)。簡而言之，所用檢測程序由以下步驟組成(a)在Quantum Yield_封閉溶液(Promega Cat No F1021)中，將濾膜在56℃強(qiáng)力振蕩培養(yǎng)45分鐘，(b)到出封閉溶液，并每cm2含AP探針的膜加入0．05ml Quantum Yield_高嚴(yán)格性雜交溶液(Promega Cat No F1231)，并在56℃強(qiáng)力振蕩培養(yǎng)45分鐘，(c)從濾膜中到出雜交／探針溶液，并用150～200ml在56℃預(yù)熱15分鐘的洗滌液#1(2×SSC，0．A％SDS)洗滌2次，(d)組合所有濾膜，并用洗滌液#2(1×SSC)在室溫下洗滌1次，10分鐘，(e)在200ml 100mM二乙醇胺，1mM MgCl2中平衡印跡5分鐘，(f)加入足夠的0．25mM CDP-Star底物(Tropix Bedford，MA)，以飽和濾膜，然后在室溫至少培養(yǎng)5分鐘，(g)將底物飽和的濾膜置于雜交折疊器(folder)中的聚苯乙烯塑料片防護(hù)器上，并關(guān)上折疊器，(h)將含濾膜的雜交折疊器放在底片盒中，并將所含的濾膜曝光于X光膠片，(i)在曝光至少1小時之后，顯色底片。
實施例5 DNA測序和分析一種簡便的利用細(xì)胞裂解物制備測序模板的方法被開發(fā)出，以對實施例4中鑒別的可能含有帶有至少一個(AAAAX)n序列的插入物的大量克隆進(jìn)行測序。此方法包括將菌落雜交分析中的陽性克隆轉(zhuǎn)移至含200μl LB／Amp(100μl／ml)的無菌96孔微滴定平板中(Falconcat．#3072)，在250rpm，37℃培養(yǎng)過夜。接著，將過夜培養(yǎng)物分開，并用于三種不同方法，包括制備細(xì)胞裂解物，從第二次雜交中制備復(fù)制濾膜以證實初始發(fā)現(xiàn)，或制備甘油儲液以長期貯存克隆。
取2μl過夜培養(yǎng)物并將其加入96孔反應(yīng)平板(Perkin Elmer Cat#N801-0560)中的100μl無菌超純水中，在9600熱循環(huán)儀中加熱至100℃4分鐘，以產(chǎn)生細(xì)胞裂解物。然后冷卻，冰凍，并在-20℃貯存直至使用。
經(jīng)灼燒將96-針復(fù)制器滅菌，將此復(fù)制器蘸含過夜培養(yǎng)物的96孔平板中，印跡在LB／Amp(100ug／ml)平板上的137mm圓形尼龍膜(MagnaGraph，MSI)，在37℃將此膜培養(yǎng)過夜，從而制備復(fù)制濾膜以進(jìn)行第二次雜交。
向每個孔中加入46μl 80％甘油，并將平板放在振蕩培養(yǎng)器中，以250rpm振蕩幾分鐘至混合，然后在-70℃貯存，以將剩余過夜培養(yǎng)物轉(zhuǎn)變?yōu)楦视蛢σ骸?br> 選擇在二個菌落雜交分析中是陽性的所有克隆，并將細(xì)胞裂解物平板的相應(yīng)克隆用于PCR擴(kuò)增。用Qiagen QIAquick 96 PCR純化平板(cat #28180)純化PCR反應(yīng)產(chǎn)物，并用模板進(jìn)行測序。將2μl細(xì)胞裂解物用于含有2μM M13-47正向引物(Promega cat，#Q560A)和2μM M13反向引物(Promega cat．#Q542A)，1×STR緩沖液和2．5單位Ampli Taq(Perkin Elmer)的50μl PCR反應(yīng)中。在PE480熱循環(huán)儀上使用以下循環(huán)曲線在96℃／2分鐘循環(huán)1次；在94℃／1分鐘，56℃／分鐘，70℃／1．5分鐘循環(huán)10次；在90℃／1分鐘，56℃／1分鐘，70℃／1．5分鐘循環(huán)20次；在4℃保持。根據(jù)生產(chǎn)者之建議用Qiagen QIAquick 96 PCR純化平板(cat．#28180)凈化PCR反應(yīng)產(chǎn)物，并回收入70μl Tris-HCl 10mM pH8．5，終濃度大約35ng／μl，并在-20℃貯存。
用ABI染料終止測序化學(xué)和ABI377測序儀進(jìn)行DNA測序。用ABI染料終止試劑盒和生產(chǎn)商方案(Protocol P／N 402078)制備測序模板。將2μl或大約30～90ng純化的PCR產(chǎn)物(上述)用作DNA模板進(jìn)行測序反應(yīng)。此測序反應(yīng)包括8μl染料終止劑混合物，2μlDNA模板(35ng／μl)，4μl 0．8M M13-21正向引物，和6μl無菌超純水，在GeneAmp PCR System 9600上循環(huán)測序循環(huán)曲線為在96℃／10秒，50℃／5秒，60℃／4分鐘循環(huán)25次，保持在4℃，在每個試管中加入50μl 95％乙醇和2μl 3M乙酸鈉，pH4．6，用渦流混合，置于冰上10分鐘，然后在最大速度離心30分鐘，從而純化延伸產(chǎn)物。將粒狀沉淀用250μl 70％乙醇漂洗，真空離心約3分鐘脫水，并在-20℃干燥貯存直至使用。然后將干燥的粒狀沉淀再懸浮于6-9μl加樣緩沖液中，然后在95℃變性2分鐘，并在冰上貯存直至加樣于凝膠上。
根據(jù)生產(chǎn)者之方案制備5％Long Ranger凝膠(FMC Bio Products，Rockland，ME)，并聚合2小時。將此凝膠在1000v預(yù)電泳45分鐘。將加樣緩沖液中的1．5μl模板加樣于凝膠上，并在2×或4×條件下分別電泳3．5小時或7小時。
將產(chǎn)生自ABI 377測序儀的DNA序列數(shù)據(jù)進(jìn)行編輯，以除去任何pGEM載體序列，然后置入局部數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫是用遺傳學(xué)計算機(jī)組Wisconsin軟件包版本9．0(Madison WI)產(chǎn)生的，含有所有被評價克隆的序列信息。接著，測試克隆中是否存在五聚體重復(fù)，及其長度和序列模式。然后將那些含有5或更多個重復(fù)的克隆，用BLAST序列對比程序(Alargland et al；1990)比較，以鑒別復(fù)制的克隆和那些已存在于美國馬里蘭州Besthesda的國立生物信息中心的GenBank數(shù)據(jù)庫中的克隆。一旦鑒別出獨特的克隆，借助于寡聚物引物分析軟件版本5．0(National Biosciences，Inc，Plymouth，MN)設(shè)計PCR引物。
實施例6篩選多態(tài)水平的克隆及測定染色體位置在二個集合的DNA樣品上進(jìn)行初始多態(tài)性篩選，一個樣品含有15個隨機(jī)個體的人基因組DNA，另一個含有取自NIGMS人類遺傳突變細(xì)胞貯存處(CEPH Collection DNA pool，cat．#NA 13431，CoriellCell Repositories，Camden，NJ)的54個CEPH個體的基因組DNA。熒光標(biāo)記的PCR引物用于基因組DNA靶基因座的PCR擴(kuò)增，并將PCR產(chǎn)物在聚丙烯酰胺凝膠上分離，并在熒光掃描儀上顯色。將那些具有4個等位基因和50％雜合性的基因座隨后用16個個體CEPH DNAs(102-1，102-2，884-1，884-2，1331-1，1331-2，1332-1，1332-2，1347-1，1347-2，1362-1，1362-2，1413-1，1413-2，1416-1，1416-2)測試，以測定初步雜合值。然后進(jìn)一步分析相同基因座的數(shù)據(jù)，以確定等位基因數(shù)，等位基因頻率和雜合值。(見表2)將發(fā)現(xiàn)的含有五聚體重復(fù)序列并符合≥4個等位基因和≥50％雜合性的選擇標(biāo)準(zhǔn)的克隆作圖，以測定精確染色體位置(見表2)。有三種不同方法用于作圖(1)用代表單個人染色體的NIGMS組26個體細(xì)胞雜種(Coriell Cell Repositories，camden，NJ)進(jìn)行體細(xì)胞雜種作圖，以鑒別染色體起源，(2)利用GeneBridge 4RH組的93個RH克隆(Schuler et al；1996)進(jìn)行輻射雜種作圖的技術(shù)，和(3)標(biāo)準(zhǔn)減數(shù)連鎖作圖技術(shù)和8個取自CEPH同源參考組的家族(K102，K884，K1347，1362，1331，1332，1413，1416)并用CRI-MAP多點連鎖程序(Lander ＆ Green，1987)作圖。
在對含有100個以上來自4種主要種族包括非洲人，白人，亞洲人和西班牙人的較大群體研究中，評價了16個CEPH個體中雜合值超過70％的克隆的基因型和等位基因出現(xiàn)頻率。圖10和11圖示擴(kuò)增自群體中24個不同個體基因組DNA樣品中(DNA樣品S02～S25)2個不同多態(tài)ITR基因座的等位基因遷移的廣泛變化。用于此分析的引物對序列見上表1。用熒光標(biāo)記的引物擴(kuò)增每個五核苷酸重復(fù)基因座，隨后在聚丙烯酰胺凝膠上分離，并經(jīng)FMBIO II熒光掃描儀(Hitachi Software Engineering America，Ltd，San Francisco，CA)掃描顯色，而產(chǎn)生凝膠圖象。含有每個分析的基因座的大多數(shù)已知等位基因的等位梯包含在電泳凝膠兩頭的泳道中，即S01和S26泳道中。用于擴(kuò)增每個基因座的引物對具有互補于分離自克隆S159或克隆G210的分離的DNA標(biāo)記的序列至少一部分的序列，如以下實施例所示。此引物對序列選自上表1列出的克隆S159和G210引物對。
進(jìn)行多態(tài)性篩選的PCR條件如下25μl含大約200ng集合的DNA模板或25ng個體CEPH DNAs，1×STR緩沖液，1單位Taq聚合酶，和1μM相應(yīng)引物對的反應(yīng)物。用于擴(kuò)增表2所列每個克隆的每個引物對序列見表1中所列。注意到每個引物以表1所列的SEQ ID NO表示。Perkin-Elmer Gene Amp PCR System 9600熱循環(huán)儀(Perkin-Elmer Foster City，CA)的循環(huán)條件是96℃1分鐘，然后在94℃，30秒，68秒內(nèi)緩升至60℃，保持30秒，50秒內(nèi)緩升至70℃，保持45秒，循環(huán)10次，隨后90℃30秒，60秒內(nèi)緩升至60℃，保持30秒，50秒內(nèi)緩升至70℃，保持45秒，60℃，30分鐘循環(huán)20次。將2．5μl每個樣品與2．5μl 2×溴酚藍(lán)加樣液混合以制備PCR樣品，在95℃加熱2分鐘以變性，冰凍，然后將3μl每個樣品在4％聚丙烯酰胺凝膠上，在40W電泳50分鐘。將此PCR產(chǎn)物通過Hitachi FMBIO熒光掃描儀掃描顯色，并用所附軟件分析(FMBIO Analysis Version 6．0，Hitachi Software Engineering，San Francisco CA)表2
實施例7通過GenBank搜索鑒別短串聯(lián)重復(fù)鑒別串聯(lián)重復(fù)序列的方法是搜索國立生物信息中心(NCBI)GenBank中中度串聯(lián)重復(fù)的存在與否。使用的一些方法包括用DNASTAR的Lasergene軟件包，在CD-ROM上成批搜索GenBank入口，用遺傳學(xué)計算機(jī)組Wisconsin軟件包版本9．0(Madison，WI)成批搜索GenBank。
有45=1024個不同的五字母單詞可從4個字母(A，C，G，T)組成，以產(chǎn)生所有可能的五聚體重復(fù)，且有46=4096和47=16384個不同六字母和七字母單詞產(chǎn)生6堿基重復(fù)和7堿基重復(fù)。但是，由于二個互補鏈的等價(如AAAAT等價于ATTTT)，及環(huán)狀置換的等價(如AATAA…等價于ATAAA…)，獨特的重復(fù)基序數(shù)相對較少。在5堿基重復(fù)的情況下，這意味著如果除去單核苷酸重復(fù)A5／T5和C5／G5，有102類獨特的五聚體重復(fù)。
所有具有至少3個連續(xù)拷貝的5，6和7堿基重復(fù)的獨特組合，用于搜索GenBank人基因組數(shù)據(jù)庫。所有含3個或更多重復(fù)拷貝或具有偶然堿基取代的拷貝的重復(fù)區(qū)被鑒別。用現(xiàn)存的序列數(shù)據(jù)，設(shè)計位于重復(fù)區(qū)側(cè)翼的引物，靶基因座經(jīng)PCR擴(kuò)增，并如實施例6所述評價多態(tài)含量。
然后將含有用GenBank數(shù)據(jù)庫信息裝配的引物鑒別的序列的每個克隆，如實施例7中所述篩選重復(fù)序列含量。發(fā)現(xiàn)的含有ITR序列，即ITR標(biāo)記的每個克隆的序列指定為SEQ ID NO28～43之一。含有位于每個這種標(biāo)記的ITR區(qū)側(cè)翼的序列的引物的序列見表1。每個這種ITR標(biāo)記序列特征分析結(jié)果見表2。
實施例8評價中度串聯(lián)重復(fù)基因座的PCR假象(即打滑百分率)本研究中所述的許多標(biāo)記代表一類新的標(biāo)記，其產(chǎn)生較少的已知為“打滑”的PCR假象，(見以上本發(fā)明詳述的解釋章節(jié))。這些假象的產(chǎn)生發(fā)生在PCR擴(kuò)增期間，可能是稱為重復(fù)滑動的DNA聚合酶相的現(xiàn)象導(dǎo)致。(Levinson ＆ Gutman，1987，Mol，Biol．Evol．4(3)203-221；Schlotterer ＆ Tautz，1992．NAR2021l-215)。重復(fù)滑動的最終結(jié)果是含有與真正等位基因不同數(shù)目重復(fù)單位的PCR產(chǎn)物的產(chǎn)生。如果在PCR期間發(fā)生足夠量的滑動，擴(kuò)增的產(chǎn)物將顯示為主要和次要條帶，主要條帶相當(dāng)于真正等位基因，而次要條帶相當(dāng)于含有較多或較少重復(fù)單位的產(chǎn)物。
為確定不同基因座打滑條帶的數(shù)量，將6個ITR基因座(C221，G023，G025，G210，S159和本發(fā)明中未闡述的另外的ITR即S117)，和17個四核苷酸串聯(lián)重復(fù)基因座(F13A01，THO1，TPOX，F(xiàn)13B，F(xiàn)ESFPS，D7S820，CSFlPO，D13S317，D8S1179，D16S539，LPL，F(xiàn)GA，D5S818，D3S1358，D18S51，vWA和D21S11)的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物在ABI 377測序儀上電泳，并用GenScan軟件(PE AppliedBiosystems，F(xiàn)oster City CA)分析。測定在25～40個研究的個體樣品中每個基因座觀測到的所有主要峰和次要峰的峰高，以相對熒光單位(RFU)表示。計算次要峰相對于主要真正等位基因峰中觀測的RFU百分率，在五核苷酸重復(fù)中次要峰通常比真正等位基因少5bp，在四核苷酸重復(fù)中比真正等位基因少4bp(見表3)。
ITR基因座S159(圖2)和G210(圖3)，和四核苷酸重復(fù)基因座vWA(圖4)和D5S818(圖5)的ABI 377電泳圖示出在ITR基因座打滑最小或無打滑，在四核苷酸重復(fù)基因座可清楚觀察到打滑。特別地，圖3中再產(chǎn)生的vWA四核苷酸重復(fù)基因座的電泳圖中箭頭14和15，和圖5中再產(chǎn)生的D5S818四核苷酸重復(fù)基因座的電泳圖中箭頭16和17表示打滑假象。將那些明顯的假象峰與示于圖2的分離自克隆S159的DNA標(biāo)記(即具有SEQ ID NO34的序列的標(biāo)記)和示于圖4的分離自克隆G210的DNA標(biāo)記(即具有SEQ ID NO19的序列的標(biāo)記)的五核苷酸重復(fù)的電泳圖中漸消的小假象相對比。圖2-5中再產(chǎn)生的特異電泳圖是每個基因座觀測的打滑最高發(fā)生率。
對所有基因座觀測的打滑數(shù)量有一些可變性。通常的趨勢是等位基因含有最高重復(fù)數(shù)(以堿基對大小而表明)呈現(xiàn)最高量打滑。示出的25-40個每個測試個體打滑百分值是散射圖(圖6，7，8和9)。
簡而言之，“打滑”條帶與真正等位基因條帶的百分比，在大多數(shù)評價的ITR基因座中，與四核苷酸串聯(lián)重復(fù)基因座相比明顯較低。即使所用四核苷酸基因座代表當(dāng)前已知的最佳此類標(biāo)記，此結(jié)果也是確實的。例如，13個這種四核苷酸標(biāo)記，包括一些下表3中闡述報道的具有高打滑百分率的四核苷酸標(biāo)記，已被美國聯(lián)邦調(diào)查局選擇用于分析國立組合DNA指數(shù)系統(tǒng)(CODIS)的所有DNA樣品，(Macivee，I．(1998)Profiles in DNA(3)2)。
表3
序列表(1)一般信息(i)申請人Schumm，James W．(ii)發(fā)明名稱鑒別和分析中度串聯(lián)重復(fù)DNA標(biāo)記的物質(zhì)和方法(iii)序列數(shù)147(iv)通訊地址(A)收信人普羅梅加公司(B)街道2800 Woods Hollow Road(C)城市Madison(D)州Wisconsin(E)國家USA(F)ZIP53711-5399(v)計算機(jī)可讀形式(A)媒介類型3．5英寸軟盤，1．44Mb(B)計算機(jī)IBM PC兼容機(jī)(C)操作系統(tǒng)Windows NT4．0(D)軟件WordPerfect 7．0(DOS文本格式)(viii)律師／代理人信息(A)姓名Grady J．Frenchick(B)注冊號29，018(C)卷號8976．80(ix)電訊信息(A)電話(608)257-2281(B)傳真(608)257-7643(C)E-MAILgfrechick＠m(xù)ail．stroudlaw．com(2)SEQ ID NO1的信息(i)序列特征(A)長度445bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(vii)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)
(B)克隆C074(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段1(xi)序列描述SEQ ID NO1GATCCTTTGC ACCCAGANAG AAGTAATTAT TTCAACACAG TTGGAACAGT 50TAAAAAGATT TAAAATTTTC AAAAAAACAA TCATTTTCTC TTTTCTTTCT 100GGCTCAGACA CCTCATTGCT TTCTGACTGA CCAAGGCGCA GCGCANTTTG 150CAGCAGCCAT GGGGGTTCCA GAGATTCCTG GANAAAAACT GGTGACAGAN 200AGAAACAAAA AGCGCCTGGA AAAAGATAAG CATGAAAAAG GTGCTCAGAA 250AACAGATTGT CAAAAGTAAG TCTTACCTGT GGCTCGCATT ATTTGGGAGT 300TATTAAAATA TGAAAGTTTG GCAAATACCC GGTTATCTAC AGTCCTTTNG 350TTTNGTTTTG GTTTTGTTTA GTTTGGTTTT GTTTNGTTTN GTTTGACACG 400GAATCTCTCT CTGTTGCCCA AACTGGGAAT ACAGTGGTGC CGATC 445(2)SEQ ID NO2的信息(i)序列特征(A)長度411bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆C221(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段9p(xi)序列描述SEQ ID NO2GATCACTTGC CATCCCTGCC ACACAGTTTC CTCCTCTGGA AACTGGGGGT 50GATGACCCCT GCCCTACCCA CTTGTCATGG CATTGGGGAC ATGAACACAC 100TTTGCACCTG TCAGGCAAGG CTTAAACAGG GATATGCACT GGTAATAGAA 150AAGAGGGACT AAGTTTTGTT TTGTTTTGTT TTGTTTTGTT TTGTTTTGTT 200TTGTTTTGTT TTGTTTTGTT TTGTTTTTCT GAAGAAGTCC CTAGAAGCGC 250TCAGTGTTGG AATGCTCTCT TGTAGCAGTG GCGGCTGCTG CTGGTTCCGG 300GTCAGATGCC GGAATTGGGG GTGCGCTTGG GTGCAGCTGC ATTTCATCTG 350GTCCTGGGCC TCGGTCCTGG CTTGGAGAGG TGCAGCTCAC AGCCACTTCA 400TGGCTGGGAT C 411(2)SEQ ID NO3的信息(i)序列特征
(A)長度354bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆C240(xi)序列描述SEQ ID NO3GATCANCATG GGTTCTATCT GCCTGGCCCT TCACCCCCTA CTCAGGGCAG 50CTCTGAATTG TCTNCCCCGC TTCAAAGTTC CCAGTTCAAC TTCTCCCTCT 100GCCCAATCCT GTTTCCTTCT CTTCCACAGG TATTAATTTG GCCAGNTGCA 150GTGGCTCATG CCTGTAATCT CAACTTTGGG AGGCCAAGGT GGGAGGATTG 200CTTGANCCCA GAATTTTGAA ACCANCCTCT GAAACATANT GANACCCCTG 250TCTCAAAACA AAACAAAACA AAACAAAACA AAACAAAAAC TANCCAGGCA 300TGATGGTGTG TGCCTGTGGT CCCANCTATT CAGGAGGCTG AAATGGGAGG 350ATC 353(2)SEQ ID NO4的信息(i)序列特征(A)長度317bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆C331(xi)序列描述SEQ ID NO4GACCGTGGAA NCCAAAAGTC TGCCTACCGC ATCTTAGTCC AGAGTTCCTG 50TTTTTACTTC TTTTTGAAGG TCTGTGGATT CTTTATTTTC ATGGCACCTT 100AGCAATACAT TTTAAAAGCT TGTTTTATTT TATTCAGCAT TTTGGTTATT 150TCCATTGGAA NANTCATTCA GGGCGTTTAG TCTGCCACAG TGCTGGAAAC 200TAAAGCTAGG ATTACATGTT TTGTTTTGTT TTGTTTTGTT TTGTTTTGTT 250TTGTTTTGTT TTGTTTTGTG ACAGGGTCTT GCTCTATTGC CTTAGGCTGG 300GGTGCAGTGT TGTGATC 317(2)SEQ ID NO5的信息(i)序列特征
(A)長度387bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆C362(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段4(xi)序列描述SEQ ID NO5ACAGACTAAC AGAAAGAANA TCAGGTCGAC TTGCCTAAAA AGAGTGAGCT 150AGGGAAAAGC ATGGCGGAAG AAACAANGTT GCTGAAAGCA ACTCTTATTT 200TCTTGGCTTA GAAACCANNA AAATGCNTTT GGGTTTTATC TTAGCATAAT 250GAAAAGACAT GTNANACTTC TGAACACGAA ATCTGACATG TTTTACAGAC 300NTGTTTTACA TGGTTTTGTT TTGTTTNGTT TTGTTTTGGG ATGGAGTCTC 350GCTCTGTTGC CANGCTGGGA GTGCAATGGT TGCGATC387(2)SEQ ID NO6的信息(i)序列特征(A)長度471bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆C390(xi)序列描述SEQ ID NO6GATCACGAGG TCAGGAGATG GAGACCATCC TGGCTAACAT GGTGAAACCC 50CGTCTCTACT AAAAATACCA AAAAATTAGC CGGGCATGGT GGCGGGCGCC 100TGTAGTCCCA GCTACTCAGG AGGCTGAGGC AGGAGAATGG CGTGAACCCG 150GGAGGCGGAG CTTGCAGTGA GCCGAGATTG CGCCACTGCG CTCCAGCCTG 200GGTGACAGCG AGAATCTGTC TCAAAACATA ACAAAACAAA ACAAAACAAA 250ACAAAACAAA ACAAAAAAGA TTTGGAATTA TGTAGGCAAA GTGGGAGAAA 300GAGANGGACG AGGACTNAGG TAAAGATAAT ATGCAAAATA GAAAGAGCAN 350GAAGGGGCAT GGATATGTGT AAATTCAAAG AAAGGCAAAG TGGCTGGTGC 400ACAAAGAGTG AGGAGAGCAA NGNGTGAAAA TGACTTTAGT GAGACAAGGC 450AAGGGACAAA TCATGAAAAA T 471(2)SEQ ID NO7的信息(i)序列特征(A)長度367bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G022(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段2p(xi)序列描述SEQ ID NO7GATCGCACCA CTGCACTCCA GCCTTGGTGA CAGAGCAAAA CTCNTTCTCC 50AAAGAAAAGA AAAGAAAAGA AAAGAAAAGA AAAGAAAAAA AAAATCCATG 100GTGAAAGTGA CGACAGTNGA GTAGGGGATG AGCTCAAAGC AAATGCATGC 150ATGTNCCCCA CCCTCAACAC AAACACACAC ACACACACAC ACACACACAC 200ACACACACAC ACACATACTT CTTTAGAGAT ATTTAGGTGT ATATATGCTA 250ACTTAGGAAA CTTTAGAAAA CCTTGTTATG ATATTATTAG TCAAAAAATA 300TTTAAGCCAC AGTTTCGCAA TTTTAAGATT GTACTACTGG TATCTGGAGT 350ATCTGAATCT CTGGATC 367(2)SEQ ID NO8的信息(i)序列特征(A)長度295bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G023(viii)基因組中的位置
(A)染色體／區(qū)段16q(xi)序列描述SEQ ID NO8GATCACAGCA CTGCACTGCA GCCTGGGCAA GAGAGCAAGA CCCTCTCTCT 50CAGGGAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA 100AAGAAAAGAA AGGAAGGAAA GAGAGAGGAA GGAAGGAAGG AAGGTAAGAA 150GGAAGGAAGG AAAGAAAGAA GGAAGGAAGG TAGGGTGGTT TTGGGATGTG 200AAATGCTGTC AGTCAACAAA GAGCTATGAC CACAGGTGTC ACTGAGTAGC 250AGGGGCAGCC CATCCTGCTC CCTAGCTGCA CTCACCCTGA AGATC295(2)SEQ ID NO9的信息(i)序列特征(A)長度361bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G025(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段1(xi)序列描述SEQ ID NO9GATCTGATGG TTTCATAAGT GTCTGGCATT TCCCCTGCTT GTACTTCTCT 50CCCCGGCTAC CGTGTGAAAA AGGTCCTTGC TTCCCCTTTG CCTTCCACCA 100TGATTGTGAG CTTCCTGAGG CCTCCACAGA CATGTGGAAC TGTGAGTCAA 150TTAAACTTCT TTCCTTTATA AATTACCCAG TCTCAGGAAG TTCTTTGTAG 200CAGTGTGAGA ATGGAGGAAG AAAGAAAAAG AAAAAAAAGG AAAAGAAAAG 250AAAAGAAAAG AAAAGAAAAG AAAGGAAGA AAGAAAGAAAG AAAGAAAGAA 300AGAAAGAAAG AAAGAAAGAA AGAAAGAAAG AAAGAGAGAG AAGTGGTTAG 350CAAATGTGAT C361(2)SEQ ID NO10的信息(i)序列特征(A)長度318bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否
(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G047(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段2p(xi)序列描述SEQ ID NO10GATCACTTGA GGCCAGGGGT TCGAGGCCAG CCTGGGCAAC ATATCAAGAC 50CCCCATCTCT ACATAAAAAG AAGAAGAAAC GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA 100GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA GAAAAGAGTG GAAGAGTGCA GGAGCCGAGA 150GGGAGAGAAA ATGTAGTGGT GAGGGGCAGC TTCTGGAAAG GCCCATACTA 200CAGAGGGAGG AATCCTAATT CCTCACTATC TCTCTAACAT CAGGTAAGCA 250TCTCATGATG CAGTTAGAAA GCACATTTCC TTCTTCAGTT TCCCCTCTGG 300CTGTGTTGAC CCAGCCCA 318(2)SEQ ID NO11的信息(i)序列特征(A)長度362bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G065(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段1q(xi)序列描述SEQ ID NO11GATCACATTT GCTAACCACT TCTCTCTCTN TCTTTCTTTC TTTCTTTCTT 50TCTTTCTTTC TNTCTTNCTT TCTTTCTTTC TATCTTCCTT TCTTTACTTT 100NCTTTNCTNT TCTNTTCTAT TCCTTTANAT TTCTTTTTCT TTCTTTCTCC 150ATTCTCACNC TGCTANAAAG AACTTCCTGA GACTGGGTAA TTTATANAGG 200AAAGAAGTTT AATTGACTCA CAGTTCCACA TGTTTGTGGA GGCCTCAGGA 250AACTTACAAT CNTGGTGGAA NGCAAAGGGG AANCAAGGAC CTTTTTCACA 300CGGTAGCCGG GGAAATAATT ACAANCAGGG GAAATGCCAN ACACTTATGA 350AACCATCAGA TC 362(2)SEQ ID NO12的信息(i)序列特征(A)長度297bp(B)類型核酸
(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G085(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段10q(xi)序列描述SEQ ID NO12GATCATGTCA TTGCACTCCA GCCTGGGTGA TACAGCAAGC CTCATCGAAA 50GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA 100GAAAGGAAGA AAAGAAAACA AANAGATAGA AAGCAANCNN GTGGCNTGAG 150AANTNAAATT CTTATAGGTA ACCTGGAGGA CTTTTATCTT TCCAGGAGTC 200TCTCTCAATG CATTTAGACT CAACAANGAT TTCCTTTTCT CTTGTCTCTA 250NAAANAAATG CATTTCCTCA AAANANTGGA GGTCANATTA TGTTANAGAT 300GGGAGAATGC ACTGAGTTNC GCTGAANGA 329(2)SEQ ID NO13的信息(i)序列特征(A)長度372bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G132(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段4qter(xi)序列描述SEQ ID NO13GATCTACCAT TCTTGGGTCT GGAGAACAGT GGCCCTTGTT TCTTTTCTTT 50TCTTTTCTTT TCTTTTCTTT TCTTTTCTTT TCTTTTCTTT CCTTTTCTTT 100TCCTTTCCTT TCCTTTTCTT CTCTCTCTCC TTCTCTCTCT CTCTCTCTCT 150CTCTCTCTCT CTCTCTCTCT CTCCCTCTCC CTTCCCTTCC CTTCCTTTCC 200CTTCCTTTCC TTTCCTTTCA TTTTTTTTGA CATGGAGTTT CACTCTTGTC 250ATCCAGGCTG GAGTACAGTA NTGTGATTTT GGCTCACTGC AACCTCTGCC 300TCNTGGGTTC AAGAGATTCT CCTGCCTCAG CTTCCTGANT AGCTGGGATT 350ACAGGTGCCT GCCACCATGC TT372(2)SEQ ID NO14的信息(i)序列特征(A)長度350bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G145．1(xi)序列描述SEQ ID NO14GATCTCTTGA AGCCTCGCAN ATAAAGGCTC CAGTGGGGTA TGATTGCACC 50ANTGCACTCC ANCCTGNGAN ACGGNAGAGA GATTCTGTCT CAAAAGAAAA 100CAAAATAAAA GAAAANAAAA NAAAANAAAA TAAAANAAAA TANAAGAAAA 150GAAAAGGATG CTTTAAAAAT NTGGCAAAAT GTNCCCTTTA TTGACTACTG 200CCTTGTTTTA ATTTNCTCTA TTTNTCTATT TATTTTCTCA GTGTACTTTC 250CCATNTNNCT TTNTCTCTTC CTTCTTTGAA AGTAATTCTT GGCCAGGCAT 300GGTGGTTCAT GCCTATAATC TCANCACTTN AGGGGGCTNA AGCNGGAAGA 350(2)SEQ ID NO15的信息(i)序列特征(A)長度372bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G152(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段8qter(xi)序列描述SEQ ID NO15GACCACCTGA GGTCATGAGT TCCAGACCAG CCTGGCCAAC ATGGCAAAAC 50CCCGTCTCTA CTAAAAATAC AAAAAATAGC CGGTGTGATG GTGGGTGCCT 100GTAATCCCAG CTACTCAGGA GGCATGAGAA TCGCTTGAAC CTGGGAGGCG 150GAGGTTGTAG TGAGCTGAGA TTGCGCCTCT GCACTCCAGC CTGAGTGATA 200GAGTGAGACC CCATCTTGAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA 250AAGAAATTCA TCATTGGGAA ACATCATGGA NGGCCGCNAC CAGTCAGGGG 300AACATTTCCG AAAGCNANTT NTTCTTCCAA TGCCCTATGT TNCTTCCCCN 350AAGCTTGCCA TTTTNAACCC TT372(2)SEQ ID NO16的信息(i)序列特征(A)長度361bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G153(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段8qter(xi)序列描述SEQ ID NO16GACCACCTGA GGTCATGAGT TCCAGACCAG CCTGGCCAAC ATGGCAAAAC 50CCCGTCTCTA CTAAAAATAC AAAAAATAGC CGGTGTGATG GTGGGTGCCT 100GTAATCCCAG CTACTCAGGA GGCATGAGAA TCGCTTGAAC CTGGGAGGCG 150GAGGTTGTAN TGAGCTGAGA TTGCGCCTCT GCACTCCAGC CTGAGTGATA 200GAGTGAGACC CCATCTTGAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA 250AGAANTTCNT CATTGGGAAA CATCATGGAG GCCGCAGCAN TCAGGGGAAC 300ATTTCCGAAA GCNAGTTGTC NTTCCAATGC CCTATGTTNC TTCCCCNAAG 350CNTGCCATTT T 361(2)SEQ ID NO17的信息(i)序列特征(A)長度447bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G158(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段5q(xi)序列描述SEQ ID NO17GATCGCCTGG GTACAGCAGG AAAGAAGGGG GCGGCCACGG CAAGGCAGCC 50TCCGACTGCC CGGCGGGGGA NGCCGGCGGC GGCCCCTTCT CGCCCTCTCC 100TATAAGCAGT TTTATAAGCT TCCTGAGACT ANAAAAGGAA AAGAAAAGAA 150AAGAAAAGAA AAGAAAAATC AGTCTCTATT TTATATGCGT ATAATTTTTT 200TTATATGCGT ATAATTTTTT TTTTAACCAA AAACTCNTTA TGGACAAAAC 250AAACTACCAT CCCACTCCAA ATTATCTCTG CATCATGCTC ACAACCTCAG 300CNCAAATTTC AATANAANTT TTATTGGGAT ATGTTTGGCT TCCATCAATT 350GAAATTTCCC CTAATGAATA AAATTTCCTC CCGTTTTTTT GGTAAACATT 400TCCCCTTGNA AGGCCCACCT AAAAATCNCC NGGNCTTTTT CCAAAGG 447(2)SEQ ID NO18的信息(i)序列特征(A)長度415bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G181(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段(B)圖譜位置(C)單位(xi)序列描述SEQ ID NO18GATCCCAAGC TTCCCGGGTA CCGCGATCAC CTGAGGTCAG GAGTTCAAGA 50CCAGCCTTCT CAACATGGCA AAACCTCATT TCTACTAAAA ATACAAAAAA 100TTAGCTGGGC ATGGTCTTGG GTGCCTGTAA TCCCAGCTAC TCAGGAGGCT 150GAGGCAGGAG AATGTCTTGA ACCCAGGAGG CGGTGGCTGC AGTGAGGCAA 200NATTTTGCCA GTGTNCTCCA GCCTGGGTGA CAANANTGAA ACTCCGTCTG 250AAAGAAAGAA AGAAAAAGAA AGAAAGGAAG GAAGGAAGGA AGGAAAGGGA 300AGGAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA 350AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA TNAGATGGGG GAGCTCTACC 400GAACTGATTC CGATC 415(2)SEQ ID NO19的信息(i)序列特征(A)長度444bp(B)類型核酸
(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G210(Viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段8p(xi)序列描述SEQ ID NO19GATCCTATCC TGACAAACTC AAGCAAATTC ACAAATACAA CCCTCTAGCC 50GGCCCATGGC CTCCCTATTT GGGAGGAAAA AACTCAGTAT GATACTGTGA 100CATATTTCAT TCATTATCTG TTAAGGTGAG CGTGGCAAAC CTGGCCGAAG 150TGGCAGAATA TTGGGGCTCA TCACTTGGGG GAATGATTCA GGAGTGGCAT 200CCTTCTGTGA CCTGTGACAG CCACTTAAGG TTGTGGGATG ACTACTACAA 250AATCCCAAAT AAAGTATATC CTAAAGGCTT TCTTTTCTTT TCTTTTCTTT 300TCTTTTCTTT TCTCTTCTCA TCTCTTGTCT TCTCTTCTTT TCTCCTCTCC 350CCTCCCCTCC CATCCCCTCT CCTCTCCTCT CCTTTCCTTG TTTTAAAAAC 400AATGTCTTGC TCTGTTGACC AGGCTGGAAT GCAGTTCTGT GATC444(2)SEQ ID NO20的信息(i)序列特征(A)長度321bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G212(xi)序列描述SEQ ID NO20GATCTCCTTC AGTGTACTCA GTGCATTCTC CATCTCTTAC ATAATCTGAC50CTCCACTCTT CCTGGAAATG CATTTCTTTT TAGAGACAAG AGAAAAGGAA 100ATCCTTGTTG AGTCTAAATG CATTGAGANA NACTCCTGGA AAGATAAAAG 150TCCTCCAGGT TACCTTTAAN ACTTTCATTT CTCCTGCCAC CTGCTTGCTT 200TCTCTCTCTT TCTTTTCTTT TCTTCCTTTC TTTTCTTTTC TTTTCTTTTC 250TTTTCTTTTC TTTTCTTTTC TTTTCTTTCG ATGAGGCTTG CTGTATCACC 300CAGGCTGGAG TGCAATGACA T 321(2)SEQ ID NO21的信息(i)序列特征(A)長度329bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G233(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段10q(xi)序列描述SEQ ID NO21GATCGCTTGA GCCTTGGAGA TTGAGGCTAC GGTGAGCTAT GATTGCACCA50CTGCACTCCA GCCTGGGTGA CAGAGTGAGA CCCTGGGAGA AAAAAAGAAA100GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA GAAAAGAAAA GTCNTGACCT150TGGAAAAAAC CANAATTTCT GATGTTGTAC AACTCCTGAA TTCTGACTGC200TCTCTCCNCN GAAAGANGGA ATNNNTGNTC CTTGGAGGAT TCNTACTAAT250ATTCTTCGGT CNANACAAAA ACNTGACCTC NAGCCNAGAA AACAANATTN300NNCCNTTCCA TAGAAAAGTT CAGGGGACA 329(2)SEQ IDNO22的信息(i)序列特征(A)長度412bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G234(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段16qter(xi)序列描述SEQ ID NO22GGATCACGCC ATTGCACTCC ACTCTGGGCA ACAAGAGCAA AACTCCATCT 50CAGAAAAAAA GAAAGAAAGA AAGAAAGAAA GAGAGAAAAG AAAACAGAAA 100AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAA AGAAAAGAAC 150CCNNCAGAAA GCCAAGGCAA TGGGAACAAG CTGGGGCAAG TGCCTGGAGG 200TGTTGCTGGA AAGGCAGATA GGGCAGAGAG CACCTGGACT CTTCCAAAAC 250ATATTAGCAT CATGGTAAAG CCCTCAGCCC AAGTCCCCCA GAACATAGCC 300GTAGTCAACC AAGTTGAGAT TGATTACTAG CTTCCTGTNA CAAGGGAGAT 350TATNCNCACA CAAGTGCCAT CTGCCTCTCC CTTCACCCAG CTTGAGTTTC 400GCTTGTAGCA CT412(2)SEQ ID NO23的信息(i)序列特征(A)長度359bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G235(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段2p(xi)序列描述SEQ ID NO23GATCACCAGG CCCCTGAGGA AGCAGCACAG AAAAACACAA ATAATATCAA 50TATCAGGCAG CCACAGGGGA AACAATGGGG CATTTCTCCG TGCTACATGC 100ATGCTGCTAT TGTTTCAAGG GCTGGGGAAT TAATTCCACT TATTTATTTA 150AGGCGTGTCA ACTCACTGCC TAAACCTGTT TCAGTGTCAA AATGGATAAA 200ACTTTTATGG CTCATAAAAT ANANCCATTC ATCTCAATGT TCTTTGTGGT 250GGGTTTTCTT TTCTTTTCTT TTCTTTTCTT TTCTTTTTTC TTTTTTTTTC 300TGGCATACTG AGCTAAACCT CTGCTCTGAA ACGGTTACAT CTGAACCCAT 350TGCTGCTAT359(2)SEQ ID NO24的信息(i)序列特征(A)長度516bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源
(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G331(xi)序列描述SEQ ID NO24GACTTTCCCA CCTTCTGATG TGGGCATTTA GTGCTATAAA TTTCCCTCTA 50AACACTGCTT TAGCTGTGTC CCANAGATTC TGGTATGTTG TGTCTTTGTT 100CTCATTGGTT TCAAAGAACT TATTTATTTC TGCCTTAATT TTGTTATTTA 150CCCAGTAGTC ATTCAGGAGA AGGTAGTTCA GTTTCCATGT AGTTGTGAAG 200TTTTGAGTGA GTTTCTTTCC TTTTCTTTTC TTTTCTTTTC TTTTCTTTTC 250CTTTCTTTCT TTCTTTCTTT CTTTCTTTCT TTCTTTCTTT CTTTCTTTCT 300TTCTTTTGTT TGAGATGGAG TCTTACTCTG TCGCCAGTCT GGAGTGCAGT 350GGTGTCATCT CAGCTCGCTG CAACCTCCGC CTCCTGGGTT CAANAAATTC 400CTCTGCCTCA GCCTCCCAAG TAGCTGGGTT TACAGGCACA CACCACCACG 450CCCAGCTAAT TTTTTGTATT TTANTAAAGA CAGGGTTTCA CCATGTTGAC 500NAAAATGGTC TCGATC 516(2)SEQ ID NO25的信息(i)序列特征(A)長度556bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G405(xi)序列描述SEQ ID NO25GATCTCACAT TCTTCCTCAG AATTCTTCTT GTTACCTCTG CAAAATTTCA 50TCCTTCAAAC TCAAAGCTCA TTATCTTTGG ACTCTGTGAC ACTCTTCTGA 100TTCTCATATC ACTTCTTGAT TTTCCTGCAT TTCCTCACTA ACTCTCAGCT 150CATAATCATA TAAAATCACT AAGACTCTTT TTATATTGTC ATGAAGCTCA 200GGTATTTTCA CAGATTGAAC CATTTCCCTG TAGACAGCAA TGCTCAACAT 250GAACCATTCA CATCCTTCTT CCAAAGCACA GACTCTTCTT GCCATCTGCG 300TCATGCCCAT GCTCATGTGC ATGGAGCCTG GTTCATTATC TTCCAAAATC 350AAGCTTCCCC CACTTGATTT CTCTTTTCTT TTCTTTCCTT TCCTTTCCTC 400TTTTCCTTTT CCCTTTCCCT TTCCTTACCT TTCCTTTCCT TTCCTTTCCT 450CTCCTCTTTT CTCTTTTCTT TTCTTTTCTT TTCTTTTCTT TTCCTTTCCT 500TTCNTTTCTT TTATTTGCAC CTCACTCTTG CCAAGGCTGG GATGGCAGTA 550ANCACG 556(2)SEQ ID NO26的信息
(i)序列特征(A)長度335bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G475(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段15q22．3(xi)序列描述SEQ ID NO26GATCACGCCA TTGCACTCCA GCCTGGGCGA CTGAGCAAGA CTCAGTCTCA50AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA100AAGAAAAGAA AATTGTAAGG AGTTTTCTCA ATTAATAACC CAAATAAGAG150AATTCTTTCC ATGTATCAAT CATGATACTA AGCACTTTAC ACACATGTAT200GTTATGTAAT CATTATATCA TGCATGCAAG GTAATGAGTA TTATTTTCCT250CATTTTATAA AAGAGGAAAC TGATGTTTGA GGCTACTTTG CTTAAGACCG300CAGAACTAGC AAAGGAAAAG AGAAGTGAAT GTATC335(2)SEQ ID NO27的信息(i)序列特征(A)長度333bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆G539(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段15q26．2(xi)序列描述SEQ ID NO27GATCGTGCCA CTGCACTCCA GCCTGGGCAA CAGAGTAAGA CTCAGTCTCC 50AAAAAAAAAA AAAGAAAGAA AGAAAAAGAA AGAAAGAAAG AAAGAAAGAA 100AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA AAGAAAAGAA 150AAGAAAAGAA AAAGAAAAAG AAAAAATAAA GAGGTGAACG GTACTGAACA 200GAAACTAAGA AGGCTGAGAG CCAACTCTGA GGTAACAGCT AGGAGCTGAA 250GCAGGAAAGC TAAAATCTGC CCCAGTCCCA TTGCTGATAG ACTCACCATT 300TACTAACAGA GAAACCATTC CTCCTTTTAG ATC 333(2)SEQ ID NO28的信息(i)序列特征(A)長度1011bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫質(zhì)粒，pGem3Zf(+)(B)克隆S023(xi)序列描述SEQ ID NO28CTGTACTGAA TTACAGCCCC AAATCTGGGT CAACTGGGGA GAGACGACGA 50GGATTAGGGT TCCAAGGTGA AACTGTGCCA TTGCGCTCCA GCCTGGGCAA 100CAAGAATGAA ACTCTCTTAA AATAAAATAA AATAAAATAA AATAAAATAG 150CCTAAGGATG CATTTCTCAG AACTTATCCC TGTTGTTCAA TGATGTGTGT 200CTATACAGTG GGGCCATAAC TAAGACGTAT GTTGCCCAAG CTGGCAAGAT 250AGCTCTGACC TTCTCTTGGG CCCCTCATTT CCCCCAAACA CAGGTTGTCT 300GCAGTCTTGA CCAATGGCTG CCAGGGCATG GACTCCGCTG CAGGGGCCAG 350TGGGAGGCCC CAGCTCAGGC AAAAGCACAG GCAGATATTT CAGGAGTCTG 400CTAGGGCTGG CACTGAGGGC AGAGACAGAG GGGTCTCCCT GTCCTTTGGA 450GAACCTCACG CTGCAGAAAT TCCAGACTGA ACCTTGATAC CGAGTAGGGG 500AGGAGCTGTC TGCGGGTTTG AGCCTGCAGC AGGAGGAAGG ACGTGAACAT 550TTTATCAGCT TCTGGTATGG CCTTGAGCTG GTAGTTATAA TCTTGGCCCT 600GGTGGCCCAG GGCTACAGTC ATCCTAGCAG TCCCCGCTGA AGTGGAGCAG 650GTACAGTCAC AGCTGTGGGG ACAGCAATGC TGGCCAAGGG TCTTCCCCCA 700CGCTCAGTCC TGGTCAAAGG CTGCCAGACC TTTCTGAGTG CCCCCAGGGA 750GGGGCTGGGG CGTCTCAGGG TGCCCACTGG CGAGGGAGCT GGCATCTCCA 800CCCGCAGTCC TCGCCCCTTC AATGAGATCC CCTCTCCTGG TGACAATGGC 850TGGCTAAACC TGTACCATTT CTGGAGGGAG ACGGGCACAC ACAAAGTCCA 900CCTTCACCAT GTCCAGAATT TCCAGAAGTA TGGCCCGATT TACAGGTAAG 950CCTGGCAGAG GGTGGGAGCC GAAGGACAGG GAGGAGGAGG GGACTGGGTA 100OGCCCTGCTGT A1011(2)SEQ ID NO29的信息(i)序列特征(A)長度1011bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否
(iv)立即來源(B)克隆S071(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段6q26-27(xi)序列描述SEQ ID NO29CTGTACTGAA TTACAGCCCC AAATCTGGGT CAACTGGGGA GAGACGACGA 50GGATTAGGGT TCCAAGGTGA AACTGTGCCA TTGCGCTCCA GCCTGGGCAA 100CAAGAATGAA ACTCTCTTAA AATAAAATAA AATAAAATAA AATAAAATAG 150CCTAAGGATG CATTTCTCAG AACTTATCCC TGTTGTTCAA TGATGTGTGT 200CTATACAGTG GGGCCATAAC TAAGACGTAT GTTGCCCAAG CTGGCAAGAT 250AGCTCTGACC TTCTCTTGGG CCCCTCATTT CCCCCAAACA CAGGTTGTCT 300GCAGTCTTGA CCAATGGCTG CCAGGGCATG GACTCCGCTG CAGGGGCCAG 350TGGGAGGCCC CAGCTCAGGC AAAAGCACAG GCAGATATTT CAGGAGTCTG 400CTAGGGCTGG CACTGAGGGC AGAGACAGAG GGGTCTCCCT GTCCTTTGGA 450GAACCTCACG CTGCAGAAAT TCCAGACTGA ACCTTGATAC CGAGTAGGGG 500AGGAGCTGTC TGCGGGTTTG AGCCTGCAGC AGGAGGAAGG ACGTGAACAT 550TTTATCAGCT TCTGGTATGG CCTTGAGCTG GTAGTTATAA TCTTGGCCCT 600GGTGGCCCAG GGCTACAGTC ATCCTAGCAG TCCCCGCTGA AGTGGAGCAG 650GTACAGTCAC AGCTGTGGGG ACAGCAATGC TGGCCAAGGG TCTTCCCCCA 700CGCTCAGTCC TGGTCAAAGG CTGCCAGACC TTTCTGAGTG CCCCCAGGGA 750GGGGCTGGGG CGTCTCAGGG TGCCCACTGG CGAGGGAGCT GGCATCTCCA 800CCCGCAGTCC TCGCCCCTTC AATGAGATCC CCTCTCCTGG TGACAATGGC 850TGGCTAAACC TGTACCATTT CTGGAGGGAG ACGGGCACAC ACAAAGTCCA 900CCTTCACCAT GTCCAGAATT TCCAGAAGTA TGGCCCGATT TACAGGTAAG 950CCTGGCAGAG GGTGGGAGCC GAAGGACAGG GAGGAGGAGG GGACTGGGTA 1000GCCCTGCTGT A 1011(2)SEQ ID NO30的信息(i)序列特征(A)長度1000bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)克隆S085(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段22q11(xi)序列描述SEQ ID NO30AGTCAAATGA CGGTCATAGT TTGGGTGATG GTCACGGCTC AGGTTCTTTT50TTACACGTGC TTGCTTTGGT TGTTGTTGTT GTTCTTTGTT TTCTTGAGGC100AGTATCTGGC TGTGTCTCCC AGGCTGGCGT GCAATGGCAG GATCATAGCT150CACTGCAACC TCAAACTCCT GGCTGAAGCA ATCTTTGTGC CCTAGCCTCC200CAAGTTGTTG GGATTACAGT CGTGCCCCAC CATGCCTGGC TAAGTTGTTT250TTTGTTTTTT GTTTTTTTTT TTTTTTTCGA GACAGAGTTT TGCTCTTGTT300GCCCAGGCCG GAGTGCAGTG GTGTGATCTT GGCTCTCTGC AACCTCCCGG350GTTCAAGCGA TTCTCCTGCC TCAGCCTCCC AAAGTGATGG GATTACAGGC400CTGAGCCACT GTGCCTGGCC ACATGTGCTT TCCCATTCGG TCCTTGCAGC450AGATCTTTGA GAGAGCTCAT TTGACACTCA GGAGATGCTT CTCTAACCTG500CTCAGAATCA 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CGTGCCCCAC CATGCCTGGC TAAGTTGTTT 250TTTGTTTTTT GTTTTTTTTT TTTTTTTCGA GACAGAGTTT TGCTCTTGTT 300GCCCAGGCCG GAGTGCAGTG GTGTGATCTT GGCTCTCTGC AACCTCCCGG 350GTTCAAGCGA TTCTCCTGCC TCAGCCTCCC AAAGTGATGG GATTACAGGC 400CTGAGCCACT GTGCCTGGCC ACATGTGCTT TCCCATTCGG TCCTTGCAGC 450AGATCTTTGA GAGAGCTCAT TTGACACTCA GGAGATGCTT CTCTAACCTG 500CTCAGAATCA GGGCCCTGGG TATTCAGGGA GGTAGAGGGA GCAGACTGCA 550AAGCCAGTCG TGCTCCCATC GCTCCCACTT CTCTCTCCCT CTCCATGTTT 600TCTGTCTCCC CCACCCAGCC TAGGGCATTC CTCCCCCACA GTCCAGCCTG 650CATCTGGCAC AGTGTCACTG CTCAGCCCAG GGATACTCAC AGCCTGGGTG 700CCTGGCTCCT TTTTTCAGCT CATCAAACCA GGTAAAGGGA GGTTCAGATT 750CTGCCAACCA TTGACTCAAT TCATCCAAAT CTTCAATCAC TGGAATCCTG 800GGAGTGGCTG GATTTGAACC AGGACCTCTG AGTACTATTG CTAAGTAACT 850GGGGGTCTCA GTGAAAGAGA GAAAAGAGCT GATAGGCCTC TTCCTGTGTT 900ATCATGTCAG GCCATCTTTT GAAACTCTTT TCTGCAATGC TACTGAAGTA 950TTTATGCACG TGACCTGTGC TCTTCTGTCA GTCTAGGGGT GCTGGCTGAG 1000(2)SEQ ID NO32的信息(i)序列特征(A)長度1000bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)克隆S132(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段22(xi)序列描述SEQ ID NO32GGTGTGACCT TATCCTCTCT GAACCTCAGT TTCCTCATCC GTAAAATGAA 50AAGCTGCTAG ATTGTTGTAA AAAAATTAAA TGGAATAGGC TAGGCGCGGT 100GGCTCACGCC TGTAATCCCA GCACTTTAGA AGGTCGAAGA GGGTGGATCA 150CTTGAGGTCA GGAGTTTTGA GACCAGCCTG GCCAACACGG TGAAACCCCA 200TCTCTACTAA AAATAAAAAA TTAGCTNGGG TGCGGTGGCT CACACCTGTA 250ATCCCAGCAC TTTGGGAGGC TGAGACGGGT GGATCACCTG AAGTCAGGAG 300TTCAAGGCCA GCCTGGGCAA CATGGTGAAA CCACGTCTCT ACTAAAAATA 350CAAAAATTAG CCAGGTGTGG TGGCACACGC CTGTAGTCCC AGCTACTTGG 400GAGGCTGAGG CGGAAGAATC GCTTGAACCC AGTAGGCAGA GGTTGCAGTG 450AGCCGAGATA AGAGTCACTG CACTCCAGCC TGGGTGACAG AGCAAGACTC 500CCTCTCAGAA AATAAAATAA AATAAAATAA AATAAAATAA AATAAAATAA 550AATAAAATTC TAAAAGGGCT GGCATTTGCC TAGCACTTAT ATGCCCAATA 600AGTAATAGCT ATCAATATCC CCACCCCTAC CACTGTGCTG AAATTTAGTT 650TCTTTTTGTC ACCCCCCATT AGACTTAAGG CAGAATTCTC ACCGTACTCC 700TCTGTAAATT TCTGGTTCCT GGCACATAGT 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(A)長度1000bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)克隆S136(viii)基因組中的位置(A)染色體／區(qū)段22q12-qter(xi)序列描述SEQ ID NO33CCACTACATA TCCCATACAG GCTAATCAAC ATGTCAAAGT TCACACAGTT 50ATTGTGTACC CCTGGGCTCA ATCTCAAGTG TTCTGGTTGG TCGTCCAAGG 100TTACTTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTTTTGA GATGGAGTCT TGCTCTGTTG 150CCCAAGCTGG AGTGCAATGG CATGATCTTG GCTCACTGCA ACCTCCGCCT 200CCTGGGTTCA AGGGATTCTC CTGCCTCAGC CTCCTGAGTA GTTGGGATTA 250CAGGCATGCA CTACCATGCC TGGCTAATTT TTGTATTTTT AGTAGAGGTG 300GAGTTTCTCC ATGTTGTTCA GGCTGGTCTT GAACTCCCAA CCTCAGGCAA 350TCCACCTCGG CCTCCCAAAG TACTGGGGTT ACAGGCATGA GCCACTGCGC 400CTGGCCCAAG GTTACTTTTC ACTACATCTT CCTACCTGTA TCACTTACTG 450CCGTGTGTAT AACTTCCACA TTTTCTTTCT TTTCTTTTCT TTTCTTTTCT 500TTTCTTTTCT TTCTTTTCTT TCTTTCTTTC TTTCTCTCTC TTTCTCTCTC 550TCTTTCTCTC TGTCCCCTCC TTCCTTCTCC TTCCTTCTTC CTTCCTTCCT 600TCCTTTCCTT CCTTCCTTCC TTCTTTCAAC ACAGAGTCTC ACTCTGTCAC 650CTAGGCAGGA GTGCAGTGGC CCAGTCTCAG CTCACTGCAA CCTCCGCCTC 700CTGGGCTCAA GCAATTCTCT CACCTCAGCC TCCCGAGTAG CTGGGATTAC 750AGGCATGTGC CACCATACCC AGCTAATTTT TGTATTTTTA GTAGAGACGG 800GATTTCACCA TATTTTCCAA GCTGGTCTCG AACTCCTGAC CTCAAGGGAT 850CTGCCCGACT CAGCCTCCCA AACTGCTGGG ATCATAGGTG TGAGCCATCA 900TGCTTGGCCC ACACTTTCTA TGTTAATCTA ATTTAGATGA TTTAATCTAT 950ATACAGTTTC TATATTAATC TAATTTAGAT GACTTAATCT ATATACAACT 1000(2)SEQ ID NO34的信息(i)序列特征(A)長度1000bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)克隆S159(viii)基因組中的位置
(A)染色體／區(qū)段21q22-qter(xi)序列描述SEQ ID NO34AAACCCCGTC TCTACTAAAA ATACAAAAGT TAGTTGAGCA TGGTGGCACG 50GGCCTGTAAT CCCACCTATA ATCCCACCTA CTCGGGAGGC TGAGGCAGGA 100GAATCGCTTG AACCCAGGAT GGGGCGATTG CAGTGAGCCG AGATCGTGCC 150ACTGCACTCC AGCCTGGGTG ACAGAGCGAG ACTCCATCTC AAAAAAAAAA 200AAAAAAAACA GAATCATAGG CCAGGCACAG TGGCTAATTG TACCTTGGGA 250GGCTGAGACG GGAGGATCGA GACCATCCTG GGCACCATAG TGAGACCCCA 300TCTCTACAAA AAAAAAAAAA AATTTTTTTT AAATAGCCAG GCATGGTGAG 350GCTGAAGTAG GATCACTTGA GCCTGGAAGG TCGAAGCTGA AGTGAGCCAT 400GATCACACCA CTACACTCCA GCCTAGGTGA CAGAGCAAGA CACCATCTCA 450AGAAAGAAAA AAAAGAAAGA AAAGAAAAGA AAAGAAAAGA AAAGAAAAGA 500AAAGAAAAGA AAAAACGAAG GGGAAAAAAA GAGAATCATA AACATAAATG 550TAAAATTTCT CAAAAAAATC GTTATGACCA TAGGTTAGGC AAATATTTCT 600TAGATATCAC AAAATCATGA CCTATTAAAA AATAATAATA AAGTAAGTTT 650CATCAAAACT TAAAAGTTCT ACTCTTCAAA AGATACCTTA TAAAGAAAGT 700AAAAAGACAC GCCACAGGCT AAGAGAAAGT ACTTCTAATC ACATATCTAA 750AAAAGGACTT GTGTCCAGAT TAAAGAATTC TTACACATCA ATAAGACAAC 800CCAATTAAAA ATCGGCAAAA 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(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)克隆S066(xi)序列描述SEQ ID NO39GGGGCCTAGC CCAGTTGGAG GGACAAGAGC TGGAAACTGG GTTCCTTAGG 50GTGGTGCCAG AGTGGGCAGA GACCTCTGGG CAGCCCACGT CCAAGTCCAG 100AGCAAGGGGA GGCTCATCCT AGAAAAGAGG CCAGAGGAGC CATAACCACC 150ATTGTTCCTT GGGTTAAGGA GTCCTTTTTT AAAACCATCA AAACTAAGAA 200TCCAGTGCAT TATGAATCCA AGGGGTGAGG CTCAGTGTGC CAATGCCCCA 250GAACAGTCTA AGAAAGCTCC TTTTCCCTTT CCAGGCAGCT CGAGCTTTAC 300CTTCCCAAAT TCTCCATTGA GGGCTCCTAT CAGCTGGAGA AAGTCCTCCC 350CAGTCTGGGG ATCAGTAACG TCTTCACCTC CCATGCTGAT CTGTCCGGCA 400TCAGCAACCA CTCAAATATC CAGGTGTCTG AGGTGGGTTC AGAAGCTCCT 450ATGCATCTGC TTCCCAAGAT CTATTCTGTT CTATTCTTTC TATTCTACTC 500TACCCCATTT CATTCCATTC CATTCCACTC AACTCCACTC CACTCCACTC 550CACTCCAGTT CACTCTATTC AATTCCACTC CACTCCAGTT CACTCTATTC 600AATTCCACTC CACTCCACTC CAGTTCACTC TATTCAGTTC CACTCCACTC 650CACTCCACTC CACTCCAGTT CACTCTATTC CATTCCACTC CATTCCACTC 700CTCCACTCCT CTCATCCACT CCACTCTACT CCTCCACTCC ACATCTCCAC 750TCCACTCCTC CACTCCACTC CTCCACTCCA CTCATCCACT CCACTCCTCC 800ACTCCACTCC TCCACTCCAC TCCTCCACTC CACTCCACTC ATCCACTCCA 850CTCTTCCATT CCACTCCATT CCACTCCTCC ACTCCACTCT TCCACTCCAC 900TCCATTCCAC TCCTCCACTC CACTCCACTC TATTCTATTC TATTCCATTC 950CATTCTACTC TATTCTATTC CATTCCATTG CAGTCAACTC CACTCCACTC 1000TCTACTATTC TATTCCACTC CTCTCCCCTC CACTCCATTC CATTGCAGTC 1050(2)SEQ ID NO40的信息(i)序列特征(A)長度4580bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫(B)克隆S077(xi)序列描述SEQ ID NO40GGATCCCAAT TCATTCCGGG CTGACACGCT CACTGGCAGG CGTCGGGCAT 50CACCTAGCGG TCACTGTTAC TCTGAAAACG GAGGCCTCAC AGAGGAAGGG 100AGCACCAGGC CGCCTGCGCA CAGCCTGGGG CAACTGTGTC TTCTCCACCG 150CCCCCGCCCC CACCTCCAAG TTCCTCCCTC CCTTGTTGCC TAGGAAATCG 200CCACTTTGAC GACCGGGTCT GATTGACCTT TGATCAGGCA AAAACGAACA 250AACAGATAAA TAAATAAAAT AACACAAAAG TAACTAACTA AATAAAATAA 300GTCAATACAA CCCATTACAA TACAATAAGA TACGATACGA TAGGATGCGA 350TAGGATACGA TAGGATACAA TACAATAGGA TACGATACAA TACAATACAA 400TACAATACAA TACAATACAA TACAATACAA TACAATACAA TACAATACGC 450CGGGCGCGGT GGCTCATGCC TGTCATCCCG TCACTTTGGG ATGCCGAGGT 500GGACGCATCA CCTGAAGTCG GGAGTTGGAG ACAAGCCCGA CCAACATGGA 550GAAATCCCGT CTCAATTGAA AATACAAAAC TAGCCGGGCG CGGTGGCACA 600TGCCTATAAT CCCAGCTGCT AGGAAGGCTG AGGCAGGAGA ATCGCTTGAA 650CCTGGGAAGC GGAGGTTGCA GTGAGCCGAG ATTGCGCCAT CGCACTCCAG 700TCTGAGCAAC AAGAGCGAAA CTCCGTCTCA AAAATAAATA CATAAATAAA 750TACATACATA CATACATACA TACATACATA CATACATACA TAAATTAAAA 800TAAATAAATA AAATAAAATA AATAAATGGG CCCTGCGCGG TGGCTCAAGC 850CTGTCATCCC CTCACTTTGG GAGGCCAAGG CCGGTGGATC AAGAGGCGGT 900CAGACCAACA GGGCCAGTAT GGTGAAACCC CGTCTCTACT CACAATACAC 950AACATTAGCC GGGCGCTGTG CTGTGCTGTA CTGTCTGTAA TCCCAGCTAC 1000(2)SEQ ID NO41的信息(i)序列特征(A)長度1000bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(A)文庫(B)克隆S097(xi)序列描述SEQ ID NO41GGACATGAGG CTTCCCAGCC AACTGCAGGT GCACAACATA AATGTATCTG 50CAAACAGACT GAGAGTAAAG CTGGGGGCAC AAACCTCAGC ACTGCCAGGA 100CACACACCCT TCTCGTGGAT TCTGACTTTA TCTGACCCGG CCCACTGTCC 150AGATCTTGTT GTGGGATTGG GACAAGGGAG GTCATAAAGC CTGTCCCCAG 200GGCACTCTGT GTGAGCACAC GAGACCTCCC CACCCCCCCA CCGTTAGGTC 250TCCACACATA GATCTGACCA TTAGGCATTG TGAGGAGGAC TCTAGCGCGG 300GCTCAGGGAT CACACCAGAG AATCAGGTAC AGAGAGGAAG ACGGGGCTCG 350AGGAGCTGAT GGATGACACA GAGCAGGGTT CCTGCAGTCC ACAGGTCCAG 400CTCACCCTGG TGTAGGTGCC CCATCCCCCT GATCCAGGCA TCCCTGACAC 450AGCTCCCTCC CGGAGCCTCC TCCCAGGTGA CACATCAGGG TCCCTCACTC 500AAGCTGTCCA GAGAGGGCAG CACCTTGGAC AGCGCCCACC CCACTTCACT 550CTTCCTCCCT CACAGGGCTC AGGGCTCAGG GCTCAAGTCT CAGAACAAAT 600GGCAGAGGCC AGTGAGCCCA GAGATGGTGA CAGGGCAATG ATCCAGGGGC 650AGCTGCCTGA AACGGGAGCA GGTGAAGCCA CAGATGGGAG AAGATGGTTC 700AGGAAGAAAA ATCCAGGAAT GGGCAGGAGA GGAGAGGAGG ACACAGGCTC 750TGTGGGGCTG CAGCCCAGGA TGGGACTAAG TGTGAAGACA TCTCAGCAGG 800TGAGGCCAGG TCCCATGAAC AGAGAAGCAG CTCCCACCTC CCCTGATGCA 850CGGACACACA GAGTGTGTGG TGCTGTGCCC CCAGAGTCGG GCTCTCCTGT 900TCTGGTCCCC AGGGAGTGAG AAGTGAGGTT GACTTGTCCC TGCTCCTCTC 950TGCTACCCCA ACATTCACCT TCTCCTCATG CCCCTCTCTC TCAAATATGA 1000(2)SEQ ID NO42的信息
(i)序列特征(A)長度1144bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)克隆S103(xi)序列描述SEQ ID NO42CTCTGACTCT CCGCGGTGGT TGTTGGGGCT TCTTGGCTTT GTTTTGTTGT 50TTGTTTGTAT TTTATTTTTT TCTCTCTGAC ACCTATTTTA GACAAATCTA 100AGGGAAAAAG CCTTGACAAT AGAACATTGA TTGCTGTGTC CAACTCCAGT 150ACCTGGAGCT TCTCTTTAAC TCAGGACTCC AGCCCATTGG TAGACGTGTG 200TTTCTAGAGC CTGCTGGATC TCCCAGGGCT ACTCACTCAA GTTCAAGGAC 250CAACAAGGGC AGTGGAGGTG CTGCATTGCC TGCGGTCAAG GCCAGCAAGG 300TGGAGTGGAT GCCTCAGAAC GGACGAGATA ATGTGAACTA GCTGGAATTT 350TTTATTCTTG TGAATATGTA CATAGGCAGC ACTAGCGACA TTGCAGTCTG 400CTTCTGCACC TTATCTTAAA GCACTTACAG ATAGGCCTTC TTGTGATCTT 450GCTCTATCTC ACAGCACACT CAGCACCCCC TTCTCTGCCC ATTCCCCAGC 500CTCTCTTCCT ATCCCATCCC ATCCCATCCC ATCCCATCCC ATCCCATCCC 550GCTCTTTTCC TACTTTTCCT TCCCTCAAAG CTTCCATTCC ACATCCGGAG 600GAGAAGAAGG AAATGAATTT CTCTACAGAT GTCCCATTTT CAGACTGCTT 650TAAAAAAAAT CCTTCTAATC TGCTATGCTT GAATGCCACG CGGTACAAAG 700GAAAAAGTAT CATGGAAATA TTATGCAAAT TCCCAGATTT GAAGACAAAA 750ATACTCTAAT TCTAACCAGA GCAAGCTTTT TTATTTTTTA TACAGGGGAA 800TATTTTATTC AAGGTAAAAT TCTAAATAAA ATATAATTGT TTTTTATCTT 850TTCTACAGCA AATTTATAAT TTTAAGATTC CTTTTCTTGT TTATCAGCAG 900TTGTTATTAC ATCCTTGTGG CACATTTTTT TTTAATTTTG TAAAGGTGAA 1000AAAAGCTTTT ATGAGCTCAT CTAGCAATCA GATTTTCCTG TGGA 1144(2)SEQ ID NO43的信息(i)序列特征(A)長度1366bp(B)類型核酸(C)鏈性雙鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)環(huán)狀(ii)分子類型基因組DNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)克隆S110(xi)序列描述SEQ ID NO43GGAATTCAAT GGAATATAAC GAAATGGATA GGATCAGAAC GGAACAGAGC 50GGAGTGGAGT TGAGTGGAGT GGATCGGAGT GCAGTGGAAA GGAATGGAAT 100AGAATGGAAT GGAATGCAGT GGAGTGGAAT GGAATGAAGT GGAATGGAGT 150TGAGTGGAGT GGATCGGAGT GCAGTGGAAA GGAATGGAAG AGAATGGAAT 200GGAATGGAAT GCAGTGGACT GGAATGGAAT GGAGTGGAGT GGAGTGCAGT 250GGGAATCGAG TGGAGTGGAG TGGAATGGAC TGGAATGGAA TGGATTGGAG 300TGGAGTGCAG TGGAATCGAG TGGAGTGGAG TGGAATGGAG TAGAATGGAA 350TGGAGTGGAG TGTAGTGGAA TGGAATGGAA TGGTGAATGA ATGTCAGCTA 400AGATTGTGCA ACTGCATTCC AGTCTGGGTG ACAAAGTGAG ATCCAGTCGA 450AGTAAAGGAA TGGAATGGAA TAGAGTAAAA TGGAATGGAA TGGTGTGGAG 500TGGAATGGAA TGGAGAGGAA TGGAGTGGAG TGGAGTGGAG TGGAGTGGAA 550TGGAGTGGAG TGGAATGGAG AGTGATGGAG AGGAATGGAA TGGAATGGAA 600TGGAATGGAG TGGAATGGAA TGGAATGGAG TGGAATGGAA TGGAATGTAG 650AGGAGTGGAG TGGATTGGAG TGGAGTGGAA TGGAGTGGAA TAGAGTGAAA 700TTTAGTGGAG TGTAATGGAG TGGAGTGGAG TGGCAGTTGA GTGGCATGGA 750TCAGGTGCAG TGGAATGGAA TGGAATGGAG TGGAGTGGAG AGGAGTGGAG 800TGGAATCGAA TGGAATGGCA TGGAGTGGAG TGGAATGGAG TGGATTGGAA 850TTGAATGCAG TGGAATGGAA TGCAATGGAG TGGAGTGGAG TGCAGTGGAG 900TGGAGTGGAG GGGAATGGAA TGGAGTGGAG TAAAATGGTT TGGAATGGAG 950TGGGGTGGAA TGGAGTGGGT TGGAATGGAG TGGAGTGGAG TAGAACGGAG 1000TGATTGGGGT GGAATGGAAT AGAGTGGAAT GGAATGGAGT GGAGTGGAGT 1050AGAACGGAGT GATTGGAGTG GAATGGAATA CAGTAGAGTG GAATGCAGTG 1100GAGTGGAATG GAATGGAGTG GAGTGGCATG GAAAGGAATG GAGAGGAATG 1150GAATGGAATG GAATGGAATG GAATGGAATG GAATGGAATG GAACGGTGAA 1200ATAAAATGTG AGTTAAGATT GTGCCACTGC ATTGCAGTCT GGGGGACAGA 1250GTGAGATACA GTCGAAATAA AGGAATGGAA GGGACTGGAG TAGAATGGAA 1300TGGAATTGAG TGGAGTGGAA TGGAATGAAG TGGAGAGGAA TGGAATGGAG 1350TGGAATGCAA TGGAGG1366(2)SEQ ID NO44的信息(i)序列特征(A)長度19(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO44TGGCTCAGAC ACCTCATTG 19(2)SEQ ID NO45的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO45CACCACTGTA TTCCCAGTTT G 21(2)SEQ ID NO46的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO46CACTTGCCAT CCCTGCCACA CA22(2)SEQ ID NO47的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO47AGCGCACCCC CAATTTCCGG TAT23(2)SEQ ID NO48的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO48TGGGGACATG AACACACTTT GC 22(2)SEQ ID NO49的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO49GAGGCCCAGG ACCAGATGAA AT22(2)SEQ ID NO50的信息(i)序列特征
(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQID NO50CACCTGTCAG GCAAGGCTTA AAC 23(2)SEQ ID NO51的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO51CAACACTGAG CGCTTTTAGG GACT 24(2)SEQ ID NO52的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO52TCAGGCAAGG CTTAAACAGG GATA 24(2)SEQ ID NO53的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO53ACACTGAGCG CTTCTAGGGA CTTC 24(2)SEQ ID NO54的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈
(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO54TGAGCGCTTC TAGGGACTTC TTCA 24(2)SEQ ID NO55的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO55CCCTGCCCTA CCCACTTG 18(2)SEQ ID NO56的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO56AGGCCCAGGA CCAGATGA 18(2)SEQ ID NO57的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO57GCACCTGTCA GGCAAGGCTT AAAC 24(2)SEQ ID NO58的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO58CCAGCCATGA AGTGGCTGTG AG 22(2)SEQ ID NO59的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO59CCCGCTTCAA AGTTCCCAGT TC 22(2)SEQ ID NO60的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO60CCTCCCATTT CAGCCTCCTG A 21(2)SEQ ID NO61的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO61GTCTGCCACA GTGCTGGAAA CTAA24(2)SEQ ID NO62的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO62GCACCCCAGC CTAAGGCAAT A 21(2)SEQ ID NO63的信息(i)序列特征(A)長度18
(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO63GCATGGCGGA AGAAACAA 18(2)SEQ ID NO64的信息(i)序列特征(A)長度19(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO64TGGCAACAGA GCGAGACTC 19(2)SEQ ID NO65的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO65CCTGGGTGAC AGCGAGAATC T 21(2)SEQ ID NO66的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO66TGTCCCTTGC CTTGTCTCAC TAAA 24(2)SEQ ID NO67的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性
(xi)序列描述SEQ ID NO67CAGCCTTGGT GACAGAGCAA A 21(2)SEQ ID NO68的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO68TGTGTTGAGG GTGGGGTACA T 21(2)SEQ ID NO69的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO69CCTGGGCAAG AGAGCAAG 18(2)SEQ ID NO70的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO70CACATCCCAA AACCACCCTA C 21(2)SEQ ID NO71的信息(i)序列特征(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO71GCATTTCCCC TGCTTGTACT 20(2)SEQ ID NO72的信息
(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO72GATCACATTT GCTAACCACT TCTC 24(2)SEQ ID NO73的信息(i)序列特征(A)長度26(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO73GGCAACATAT CAAGACCCCC ATCTCT26(2)SEQ ID NO74的信息(i)序列特征(A)長度26(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO74GAAGCTGCCC CTCACCACTA CATTTT26(2)SEQ ID NO75的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO75GATCACATTT GCTAACCACT TCTC 24(2)SEQ ID NO76的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸
(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO76TATAAATTAC CCAGTCTCAG GAAG 24(2)SEQ ID NO77的信息(i)序列特征(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO77GTGATACAGC AAGCCTCATC 20(2)SEQ ID NO78的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO78AGAGACTCCT GGAAAGATAA AAGT 24(2)SEQ ID NO79的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO79GTCTGGAGAA CAGTGGCCCT TGT 23(2)SEQ ID NO80的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO80CAGGAAGCTG AGGCAGGAGA ATCT24(2)SEQ ID NO81的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO81AAGGCTCCAG TGGGGTAT 18(2)SEQ ID NO82的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO82AAAACAAGGC AGTAGTCAAT AAAG 24(2)SEQ ID NO83的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO83GGCATGAGAA TCGCTTGAAC CTG(2)SEQID NO84的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO84GGCCTCCATG ATGTTTCCAA TGAT 24(2)SEQ ID NO85的信息(i)序列特征
(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO85TCAGGAGGCA TGAGAATCGC TTGA 24(2)SEQ ID NO86的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO86GGCCTCCATG ATGTTTCCCA ATGA 24(2)SEQ ID NO87的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO87CTCGCCCTCT CCTATAAGCA GTTT 24(2)SEQ ID NO88的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO88GCAGAGATAA TTTGGAGTGG GATG 24(2)SEQ ID NO89的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈
(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO89CTTGGGTGCC TGTAATCC 18(2)SEQ ID NO90的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO90GGTAGAGCTC CCCCATCT 18(2)SEQ ID NO91的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO91GCAGAATATT GGGGCTCATC AC22(2)SEQ ID NO92的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO92AAACAAGGAA AGGAGAGGAG AGGA 24(2)SEQ ID NO93的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO93AAGGTTGTGG GATGACTACT ACA 23(2)SEQ ID NO94的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO94TGGTCAACAC AGCAAGACAT T 21(2)SEQ ID NO95的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO95TCCTGCCACC TGCTTGCTTT CT22(2)SEQ ID NO96的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO96ATTGCACTCC AGCCTGGGTGA TAC 23(2)SEQ ID NO97的信息(i)序列特征(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO97CGCTTGAGCC TTGGAGATTG 20(2)SEQ ID NO98的信息(i)序列特征(A)長度24
(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO98GAGCAGTCAG AATTCAGGAG TTGT 24(2)SEQ ID NO99的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO99TGGGCAACAA GAGCAAAACT CCAT 24(2)SEQ ID NO100的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO100GGGACTTGGG CTGAGGGCTT TAC 23(2)SEQ ID NO101的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO101ATATCAATAT CAGGCAGCCA CAGG 24(2)SEQ ID NO102的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性
(xi)序列描述SEQ ID NO102CCGTTTCAGA GCAGAGGTTT AGC 23(2)SEQ ID NO103的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO103TCTCATTGGT TTCAAAGAAC TTA 23(2)SEQ ID NO104的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO104AGACTCCATC TCAAACAAAA GA23(2)SEQ ID NO105的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO105TCATGTGCAT GGAGCCTGGT TCAT 24(2)SEQ ID NO106的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO106CCCAGCCTTG GCAAGAGTGA GGT 23(2)SEQ ID NO107的信息
(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO107GGCGACTGAG CAAGACTC 18(2)SEQ ID NO108的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO108TTAAGCAAAG TAGCCTCAAA CA 22(2)SEQ ID NO109的信息(i)序列特征(A)長度19(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO109GGGCGACTGA GCAAGACTC 19(2)SEQ ID NO110的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO110ACTCATTACC TTGCATGCAT GATA 24(2)SEQ ID NO111的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸
(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO111CATTACCTTG CATGCATGAT A 21(2)SEQ ID NO112的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO112TGGGCAACAG AGTAAGACTC A 21(2)SEQ ID NO113的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO113GTTCAGTACC GTTCACCTCT TTA23(2)SEQ ID NO114的信息(i)序列特征(A)長度30(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO114GTAAGACTCA GTCTCCAAAA AAAAAAAAAG 30(2)SEQ ID NO115的信息(i)序列特征(A)長度38(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO115AGGAATGGTT TCTCTGTTAG TAAATGGT 38(2)SEQ ID NO116的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO116CAGCCTGGGC AACAAGAATG AAAC 24(2)SEQ ID NO117的信息(i)序列特征(A)長度19(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO117TGGCCCCTGC AGCGGAGTC 19(2)SEQ ID NO118的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO118GAATTCATTT GCGGAAAGAT T21(2)SEQ ID NO119的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO119CTAGGGAGGC TGGAGTATTC A 21(2)SEQ ID NO120的信息(i)序列特征
(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO120AGAGCAAGAC CCCGTCTCAT 20(2)SEQ ID NO121的信息(i)序列特征(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO121AGTCCATGGG CCTTTTAACA 20(2)SEQ ID NO122的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(ii)分子類型寡核苷酸ssDNA(iii)假設(shè)否(iv)立即來源(B)擴(kuò)增的克隆S125(xi)序列描述SEQ ID NO122GAGAATCACT TGAACCCAGG AAG 23(2)SEQ ID NO123的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO123AGAACCAGCT GTTAGTTTCG TTGA 24(2)SEQ ID NO124的信息
(i)序列特征(A)長度25(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO124GGTTGCAGTG AGCCGAGATA AGAGT25(2)SEQ ID NO125的信息(i)序列特征(A)長度25(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO125TGTGCCAGGA ACCAGAAATT TACAG25(2)SEQ ID NO126的信息(i)序列特征(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO126GGCCCAAGGT TACTTTTCAC 20(2)SEQ ID NO127的信息(i)序列特征(A)長度16(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO127GGGCCACTGC ACTCCT 16(2)SEQ ID NO128的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸
(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO128CATGGTGAGG CTGAAGTAGG AT 22(2)SEQ ID NO129的信息(i)序列特征(A)長度25(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO129GTGGCGTGTC TTTTTACTTT CTTTA25(2)SEQ ID NO130的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO130AGGCAGCCCA GGAACAAT 18(2)SEQ ID NO131的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO131CCAAGATAGC GGCCAAGATA GT 22(2)SEQ ID NO132的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO132GAGGGCAGCT GGGATGTTAC TCTT 24(2)SEQ ID NO133的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO133TGCCCTGTTT GGAGAACTGT AGGT 24(2)SEQ ID NO134的信息(i)序列特征(A)長度19(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO134CTCCCCAGAA ACAGATGTA19(2)SEQ ID NO135的信息(i)序列特征(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO135GTGAGCCGAG ATTGTATCAT 20(2)SEQ ID NO136的信息(i)序列特征(A)長度19(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO136TCGGGGACAG GGCTTACTC19(2)SEQ ID NO137的信息(i)序列特征
(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO137ATCATTGTCG CTGCTACTTT ATCG 24(2)SEQ ID NO138的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO138CTACTCTACC CCATTTCATT C 21(2)SEQ ID NO139的信息(i)序列特征(A)長度19(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO139GTAGAGTGGAG TGGATGAGA 19(2)SEQ ID NO140的信息(i)序列特征(A)長度21(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO140ATCAGGCAAA AACGAACAAA C 21(2)SEQ ID NO141的信息(i)序列特征(A)長度17(B)類型核酸(C)鏈性單鏈
(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO141CGGCATCCCA AAGTGAC17(2)SEQ ID NO142的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO142CAGAGAGGGCA GCACCTTGGA CAG23(2)SEQ ID NO143的信息(i)序列特征(A)長度23(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO143GGCTTCACCT GCTCCCGTTT CAG 23(2)SEQ ID NO144的信息(i)序列特征(A)長度22(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO144TCTGCCCATT CCCCAGCCTC TC 22(2)SEQ ID NO145的信息(i)序列特征(A)長度24(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO145TACCGCGTGG CATTCAAGCA TAGC24(2)SEQ ID NO146的信息(i)序列特征(A)長度18(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO146TCCAGTCTGG GTGACAAA 18(2)SEQ ID NO147的信息(i)序列特征(A)長度20(B)類型核酸(C)鏈性單鏈(D)拓?fù)鋵W(xué)線性(xi)序列描述SEQ ID NO147CAATCCACTC CACTCCTCTA 20
權(quán)利要求
1．一種用雜交選擇分離含有中度串聯(lián)重復(fù)序列的DNA片段的方法，包括以下步驟(a)提供多個DNA片段，其中至少一個片段含有一中度串聯(lián)重復(fù)序列，中度串聯(lián)重復(fù)序列是該DNA片段的一區(qū)域，其含有至少一個由串聯(lián)重復(fù)至少2次的5，6或7個堿基的序列組成的重復(fù)單位；(b)提供一固定支持物，其結(jié)合至少一個寡核苷酸，其中該寡核苷酸包括互補于所述中度串聯(lián)重復(fù)序列的一部分的核苷酸序列；(c)在一定條件下組合該多個DNA片段和支持工具，其中包括含有中度重復(fù)序列的DNA片段的DNA片段與支持工具雜交。
2．權(quán)利要求1的方法，其中步驟(a)提供的多個DNA片段是由下述附加步驟產(chǎn)生的富集的DNA片段群，所述步驟包括將DNA樣品片段化，從而產(chǎn)生DNA片段群，其中至少一個DNA片段含有中度串聯(lián)重復(fù)序列；將含引導(dǎo)序列的接頭與DNA片段群每個DNA片段的至少一個末端連接；用含互補于引導(dǎo)序列的序列的寡核苷酸引物擴(kuò)增每個接頭連接的片段。
3．權(quán)利要求2的方法，其中DNA樣品是雙鏈的，且是用至少一個限制性內(nèi)切酶片段化的。
4．權(quán)利要求3的方法，其中雙鏈的DNA樣品是用限制酶MboI片段化的，且其中接頭是MboI接頭，該MboI接頭為一雙鏈DNA分子，該DNA分子具有互補于MboI消化的DNA片段每個末端的突出端序列的單鏈突出端核苷酸序列。
5．權(quán)利要求4的方法，其中接頭是式(I)的雙鏈DNA分子5’-pGCGGTACCCGGGAAGCTTGG (I)CGCCATGGGCCCTTCGAACCCTAG-5’其中A，G，C和T代表核苷酸，其中p表示DNA鏈的磷酸化5’末端。
6．權(quán)利要求1的方法，包括釋放與步驟(c)中支持工具雜交的DNA片段的附加步驟。
7．權(quán)利要求6的方法，還包括以下步驟將每個釋放自支持工具的DNA片段克隆入DNA載體中，用克隆的載體轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞，鑒別含有靶克隆載體的轉(zhuǎn)化體，該載體含有中度串聯(lián)重復(fù)序列，和從轉(zhuǎn)化體中釋放靶克隆載體。
8．權(quán)利要求1的方法，其中步驟(b)提供的支持工具包括直接與寡核苷酸偶聯(lián)的物質(zhì)，其中該物質(zhì)選自硝基纖維素，尼龍，玻璃，二氧化硅和乳膠。
9．權(quán)利要求1的方法，其中步驟(b)提供的支持工具包括間接與寡核苷酸偶聯(lián)的物質(zhì)，其中第一個偶聯(lián)劑與寡核苷酸結(jié)合，第二個偶聯(lián)劑與固定支持物表面結(jié)合，其中第一個偶聯(lián)劑和第二個偶聯(lián)劑是親和素和鏈親和素，或抗體和抗原。
10．權(quán)利要求1的方法，其中步驟(b)中提供的支持工具包括至少兩個不同寡核苷酸的混合物。
11．權(quán)利要求1的方法，其中中度串聯(lián)重復(fù)序列是五核苷酸串聯(lián)重復(fù)序列。
12．一種用雜交選擇分離含有五核苷酸中度串聯(lián)重復(fù)序列的DNA片段的方法，包括以下步驟(a)提供多個雙鏈DNA片段，其中至少一個DNA片段含有五核苷酸串聯(lián)重復(fù)序列，五核苷酸串聯(lián)重復(fù)序列是該DNA片段的一區(qū)域，其含有至少一個由串聯(lián)重復(fù)至少2次的5個堿基的序列組成的重復(fù)單位；(b)提供一支持工具，其結(jié)合至少一個寡核苷酸，其中該寡核苷酸包括互補于所述中度串聯(lián)重復(fù)序列的一部分的核苷酸序列；(c)在一定條件下組合該多個DNA片段和支持工具，其中含有五核苷酸串聯(lián)重復(fù)序列的DNA片段和至少一個其它DNA片段與支持工具雜交。
13．權(quán)利要求12的方法，其中步驟(a)提供的多個DNA片段通過以下步驟產(chǎn)生將雙鏈的DNA樣品用限制酶片段化，從而產(chǎn)生多個DNA片段，其中至少一個DNA片段含有五核苷酸串聯(lián)重復(fù)序列；將含引導(dǎo)序列的接頭與多個DNA片段中的每個DNA片段的至少一個末端連接；用包括互補于引導(dǎo)序列的序列的寡核苷酸引物擴(kuò)增每個接頭連接的片段。
14．權(quán)利要求12的方法，還包括以下步驟釋放與支持工具雜交的DNA片段；和用寡核苷酸引物擴(kuò)增釋放自支持工具的片段，該引物是用于在與支持工具雜交前擴(kuò)增每個接頭連接的片段的引物。
15．權(quán)利要求14的方法，還包括以下步驟將每個擴(kuò)增的釋放自支持工具的DNA片段克隆入DNA載體中，用克隆的載體轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞，鑒別含靶克隆載體的轉(zhuǎn)化體，該載體含有中度串聯(lián)重復(fù)序列，和從轉(zhuǎn)化體中分離靶克隆載體。
16．權(quán)利要求12的方法，其中步驟(b)中提供的支持工具包括至少二種不同寡核苷酸的混合物。
17．檢測具有低打滑假象出現(xiàn)率的靶中度串聯(lián)重復(fù)DNA序列的方法，包括以下步驟(a)提供具有至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的DNA樣品，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列是含有至少一個重復(fù)單位的DNA區(qū)域，該重復(fù)單位由至少串聯(lián)重復(fù)2次的5，6或7堿基對的序列組成；(b)檢測DNA樣品中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列，其中觀測到平均打滑假象不超過2．4％。
18．權(quán)利要求17的方法，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列是完全中度串聯(lián)重復(fù)序列。
19．權(quán)利要求17的方法，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列是不完全中度串聯(lián)重復(fù)序列。
20．權(quán)利要求17的方法，其中步驟(a)提供的DNA樣品是人基因組DNA。
21．權(quán)利要求17的方法，其中步驟(a)提供的DNA樣品的靶中度串聯(lián)重復(fù)序列在步驟(b)之前擴(kuò)增。
22．權(quán)利要求21的方法，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列用至少一個寡核苷酸引物擴(kuò)增，該引物包括互補于并位于雙鏈DNA標(biāo)記的含有模板中度串聯(lián)重復(fù)序列的區(qū)域的側(cè)翼的序列，其中模板中度串聯(lián)重復(fù)序列是含有至少串聯(lián)重復(fù)2次的重復(fù)單位序列的DNA標(biāo)記的區(qū)域，條件是DNA標(biāo)記具有選自如下一組的序列SEQ ID NO1，SEQ ID NO2，SEQ ID NO3，SEQ ID NO4，SEQ ID NO5，SEQ ID NO6，SEQ ID NO7，SEQ ID NO8，SEQ ID NO9，SEQ ID NO10，SEQ ID NO11，SEQ ID NO12，SEQ ID NO13，SEQ ID NO14，SEQ ID NO15，SEQ ID NO16，SEQ ID NO17，SEQ ID NO18，SEQ ID NO；19，SEQ ID NO20，SEQ ID NO21，SEQ ID NO22，SEQ ID NO23，SEQ ID NO24，SEQ ID NO25，SEQ ID NO26，SEQ ID NO27，SEQ ID NO28，SEQ ID NO29，SEQ ID NO30，SEQ ID NO31，SEQ ID NO32，SEQ ID NO33，SEQ ID NO34，SEQ ID NO35，SEQ ID NO36，SEQ ID NO37，SEQ ID NO38，SEQ ID NO39，SEQ ID NO40，SEQ ID NO41，SEQ ID NO42和SEQ ID NO43。
23．權(quán)利要求22的方法，其中用于擴(kuò)增靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的寡核苷酸引物具有與其共價附著的熒光標(biāo)記。
24．權(quán)利要求17的方法，通過將檢測的靶中度串聯(lián)重復(fù)序列與DNA大小標(biāo)記中已知長度的片段相對比，在步驟(b)中觀測到打滑假象。
25．權(quán)利要求24的方法，其中觀測到不超過1．1％的平均打滑。
26．一種檢測DNA樣品中至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的方法，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列是含至少一個重復(fù)單位的DNA樣品的一區(qū)域，該重復(fù)單位由至少串聯(lián)重復(fù)2次的5，6或7堿基對的序列組成，此方法包括以下步驟(a)提供至少一個寡核苷酸引物，該引物包括互補于并位于DNA標(biāo)記的含有模板中度串聯(lián)重復(fù)序列的區(qū)域的側(cè)翼的核苷酸序列，其中DNA標(biāo)記具有選自如下一組的序列SEQ ID NO1，SEQ IDNO2，SEQ ID NO3，SEQ ID NO4，SEQ ID NO5，SEQ IDNO6，SEQ ID NO7，SEQ ID NO8，SEQ ID NO9，SEQ IDNO10，SEQ ID NO11，SEQ ID NO12，SEQ ID NO13， SEQID NO14，SEQ ID NO15，SEQ ID NO16，SEQ ID NO17，SEQ ID NO18，SEQ ID NO；19，SEQ ID NO20，SEQ ID NO21，SEQ ID NO22，SEQ ID NO23，SEQ ID NO24，SEQ ID NO25，SEQ ID NO26，SEQ ID NO27，SEQ ID NO28，SEQ ID NO29，SEQ ID NO30，SEQ ID NO31，SEQ ID NO32，SEQ ID NO33，SEQ ID NO34，SEQ ID NO35，SEQ ID NO36，SEQ ID NO37，SEQ ID NO38，SEQ ID NO39，SEQ ID NO40，SEQ ID NO41，SEQ ID NO42和SEQ ID NO43；(b)提供一含有靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的DNA樣品；(c)用所述的至少一個寡核苷酸引物擴(kuò)增DNA樣品的靶中度重復(fù)序列；和(d)檢測擴(kuò)增的靶中度串聯(lián)重復(fù)序列中的多態(tài)性。
27．權(quán)利要求26的方法，其中步驟(b)中提供的DNA樣品是人基因組DNA樣品。
28．權(quán)利要求26的方法，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列是完全中度串聯(lián)重復(fù)。
29．權(quán)利要求26的方法，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列是不完全中度串聯(lián)重復(fù)。
30．權(quán)利要求26的方法，其中步驟(a)中提供的寡核苷酸引物包括選自如下一組的序列SEQ ID NO44和SEQ ID NO45，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO1時；SEQ ID NO46，SEQ ID NO47，SEQ ID NO48，SEQ ID NO49，SEQ ID NO50，SEQ ID NO51，SEQ ID NO52，SEQ ID NO53，SEQ ID NO54，SEQ ID NO55，SEQ ID NO56，SEQ ID NO57，SEQ ID NO58，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO2時；SEQ ID NO59，SEQ ID NO60，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO3時；SEQ ID NO61，SEQ ID NO62，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO4時；SEQ ID NO63，SEQ ID NO64，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO5時；SEQ ID NO65，SEQ ID NO66，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO6時；SEQ ID NO67，SEQ ID NO68，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO7時；SEQ ID NO69，SEQ ID NO70，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO8時；SEQ ID NO71，SEQ ID NO72，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO9時；SEQ ID NO73，SEQ ID NO74，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO10時；SEQ ID NO75，SEQ ID NO76，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO11時；SEQ ID NO77，SEQ ID NO78，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO12時；SEQ ID NO79，SEQ ID NO80，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO13時；SEQ ID NO81，SEQ ID NO82，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO14時；SEQ ID NO83，SEQ ID NO84，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO15時；SEQ ID NO85，SEQ ID NO86，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO16時；SEQ ID NO87，SEQ ID NO88，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO17時；SEQ ID NO89，SEQ ID NO90，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO18時；SEQ ID NO91，SEQ ID NO92，SEQ ID NO93，SEQ ID NO94，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO19時；SEQ ID NO95，SEQ ID NO96，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO20時；SEQ ID NO97，SEQ ID NO98，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO21時；SEQ ID NO99，SEQ ID NO100，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO22時；SEQ ID NO101，SEQ ID NO102，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO23時；SEQ ID NO103，SEQ ID NO104，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO24時；SEQ ID NO105，SEQ ID NO106，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO25時；SEQ ID NO107，SEQ ID NO108，SEQ ID NO109，SEQ IDNO110，SEQ ID NO111，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO26時；SEQ ID NO112，SEQ ID NO113，SEQ ID NO114，SEQ IDNO115，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO27時；SEQ ID NO116，SEQ ID NO117，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO28時；SEQ ID NO118，SEQ ID NO119，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO29時；SEQ ID NO120，SEQ ID NO121，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO30時SEQ ID NO122，SEQ ID NO123，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO31時；SEQ ID NO124，SEQ ID NO125，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO32時；SEQ ID NO126，SEQ ID NO127，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO33時；SEQ ID NO128，SEQ ID NO129，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO34時SEQ ID NO130，SEQ ID NO131，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO35時；SEQ ID NO132，SEQ ID NO133，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO36時；SEQ ID NO134，SEQ ID NO135，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO37時；SEQ ID NO136，SEQ ID NO137，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO38時；SEQ ID NO138，SEQ ID NO139，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO39時；SEQ ID NO140，SEQ ID NO141，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO40時；SEQ ID NO142，SEQ ID NO143，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO41時；SEQ ID NO144，SEQ ID NO145，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO42時；SEQ ID NO146，SEQ ID NO147，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO43時。
31．一種檢測DNA樣品中至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的試劑盒，其中靶中度串聯(lián)重復(fù)序列是DNA樣品的一區(qū)域，其含有至少一個由至少串聯(lián)重復(fù)2次的5，6或7堿基對的序列組成的重復(fù)單位，該試劑盒包括一種容器，其具有至少一個用于擴(kuò)增所述至少一個靶中度串聯(lián)重復(fù)序列的寡核苷酸引物，其中寡核苷酸引物包括互補于并位于雙鏈DNA標(biāo)記的含有模板中度串聯(lián)重復(fù)序列的區(qū)域的側(cè)翼的核苷酸序列，該模板中度串聯(lián)重復(fù)序列包括至少串聯(lián)重復(fù)2次的重復(fù)單位，其中DNA標(biāo)記具有選自如下一組的序列SEQ ID NO1，SEQ IDNO2，SEQ ID NO3，SEQ ID NO4，SEQ ID NO5，SEQ IDNO6，SEQ ID NO7，SEQ ID NO8，SEQ ID NO9，SEQ ID NO10，SEQ ID NO11，SEQ ID NO12，SEQ ID NO13，SEQ ID NO14，SEQ ID NO15，SEQ ID NO16，SEQ ID NO17，SEQ ID NO18，SEQ ID NO；19，SEQ ID NO20，SEQ ID NO21，SEQ ID NO22，SEQ ID NO23，SEQ ID NO24，SEQ ID NO25，SEQ ID NO26，SEQ ID NO27，SEQ ID NO28，SEQ ID NO29，SEQ ID NO30，SEQ ID NO31，SEQ ID NO32，SEQ ID NO33，SEQ ID NO34，SEQ ID NO35，SEQ ID NO36，SEQ ID NO37，SEQ ID NO38，SEQ ID NO39，SEQ ID NO40，SEQ ID NO41，SEQ ID NO42和SEQ ID NO43。
32．權(quán)利要求31的試劑盒，還包括一DNA標(biāo)記
33．一種寡核苷酸引物，其包括互補于雙鏈DNA標(biāo)記的一條鏈的位于模板中度串聯(lián)重復(fù)序列的側(cè)翼的序列，其中該模板中度串聯(lián)重復(fù)序列是雙鏈DNA標(biāo)記的含有至少一個由至少串聯(lián)重復(fù)2次的5、6或7堿基對序列組成的重復(fù)單位的區(qū)域，其中雙鏈DNA標(biāo)記序列選自如下一組含有互補于雙鏈DNA標(biāo)記側(cè)翼模板中度串聯(lián)序列的鏈的序列的，SEQ ID NO1，SEQ ID NO2，SEQ ID NO3，SEQ ID NO4，SEQ ID NO5，SEQ ID NO6，SEQ ID NO7，SEQ ID NO8，SEQ ID NO9，SEQ ID NO10，SEQ ID NO11，SEQ ID NO12，SEQ ID NO13，SEQ ID NO14，SEQ ID NO15，SEQ ID NO16，SEQ ID NO17，SEQ ID NO18，SEQ ID NO；19，SEQ ID NO20，SEQ ID NO21，SEQ ID NO22，SEQ ID NO23，SEQ ID NO24，SEQ ID NO25，SEQ ID NO26和SEQ ID NO27。
34．權(quán)利要求33的寡核苷酸引物，其中該寡核苷酸引物包括選自如下一組的序列SEQ ID NO44和SEQ ID NO45，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO1時；SEQ ID NO46，SEQ ID NO47，SEQ ID NO48，SEQ ID NO49，SEQ ID NO50，SEQ ID NO51，SEQ ID NO52，SEQ ID NO53，SEQ ID NO54，SEQ ID NO55，SEQ ID NO56，SEQ ID NO57，SEQ ID NO58，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO2時；SEQ ID NO59，SEQ ID NO60，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO3時；SEQ ID NO61，SEQ ID NO62，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO4時；SEQ ID NO63，SEQ ID NO64，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO5時；SEQ ID NO65，SEQ ID NO66，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO6時；SEQ ID NO67，SEQ ID NO68，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO7時；SEQ ID NO69，SEQ ID NO70，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO8時；SEQ ID NO71，SEQ ID NO72，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO9時；SEQ ID NO73，SEQ ID NO74，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO10時；SEQ ID NO75，SEQ ID NO76，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO11時；SEQ ID NO77，SEQ ID NO78，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO12時；SEQ ID NO79，SEQ ID NO80，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO13時；SEQ ID NO81，SEQ ID NO82，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO14時；SEQ ID NO83，SEQ ID NO84，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO15時；SEQ ID NO85，SEQ ID NO86，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO16時；SEQ ID NO87，SEQ ID NO88，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO17時；SEQ ID NO89，SEQ ID NO90，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO18時；SEQ ID NO91，SEQ ID NO92，SEQ ID NO93，SEQ ID NO94，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO19時；SEQ ID NO95，SEQ ID NO96，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO20時；SEQ ID NO97，SEQ ID NO98，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO21時；SEQ ID NO99，SEQ ID NO100，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO22時；SEQ ID NO101，SEQ ID NO102，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO23時；SEQ ID NO103，SEQ ID NO104，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO24時；SEQ ID NO105，SEQ ID NO106，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ IDNO25時；SEQ ID NO107，SEQ ID NO108，SEQ ID NO109，SEQ IDNO110，SEQ ID NO111，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO26時；SEQ ID NO112，SEQ ID NO113，SEQ ID NO114，SEQ IDNO115，當(dāng)DNA標(biāo)記序列是SEQ ID NO27時。
全文摘要
本發(fā)明涉及鑒別和分析DNA中中度串聯(lián)重復(fù)序列的物質(zhì)和方法,其中中度串聯(lián)重復(fù)(1TR)序列是DNA序列的一個區(qū)域,其含有至少一個串聯(lián)出現(xiàn)至少兩次的5—7個堿基重復(fù)單位。用本發(fā)明的物質(zhì)和方法的特別優(yōu)選的實施方案鑒別和分析了人類基因組中高多態(tài)ITR基因座的DNA標(biāo)記。
文檔編號C12N15/12GK1290298SQ99802696
公開日2001年4月4日 申請日期1999年2月4日 優(yōu)先權(quán)日1998年2月4日
發(fā)明者詹姆斯·W·舒姆, 杰弗里·W·巴徹 申請人:普羅梅加公司