專利名稱：用于乳腺癌的診斷、預(yù)后和治療的基于MicroRNA的方法和組合物的制作方法
用于乳腺癌的診斷、預(yù)后和治療的基于MicroRNA的方法和組合物
本申請(qǐng)是申請(qǐng)日為2006年7月31日、發(fā)明名稱為“用于乳腺癌的診斷、預(yù)后和治療的基于MicroRNA的方法和組合物”、申請(qǐng)?zhí)枮?00680036598. 3的申請(qǐng)的分案申請(qǐng)。
發(fā)明背景
乳腺癌是美國(guó)和全球范圍內(nèi)的婦女的重大健康問(wèn)題。盡管在疾病的檢測(cè)和治療上已取得了進(jìn)步，但乳腺癌仍然是婦女中癌癥相關(guān)性死亡的第二大病因，在美國(guó)其每年影響著180,000多位婦女。對(duì)于北美的婦女，一生中患乳腺癌的概率現(xiàn)在為八分之一。
目前沒(méi)有用于治療或預(yù)防乳腺癌的普遍成功的方法。目前乳腺癌的治療依賴于早期診斷(例如，通過(guò)常規(guī)的乳腺篩查方法)和侵入性治療的組合，其可包括多種治療例如手術(shù)、放射療法、化學(xué)療法和激素療法中的一種或多種。通常基于許多預(yù)后參數(shù)(包括特異性腫瘤標(biāo)記的分析)來(lái)選擇特定乳腺癌的療程。參見(jiàn)，例如，Porter-Jordan和Lippman， Breast Cancer 8:73-100(1994)。
盡管BRCAl和BRCA2的發(fā)現(xiàn)在鑒定參與乳腺癌的關(guān)鍵遺傳因素中是非常重要的步驟，但已逐漸清楚BRCAl和BRCA2的突變只解釋部分對(duì)乳腺癌的遺傳易感性(Nathanson， K. L.等人，Human Mol. Gen. 10(7) :715-720(2001) ；Anglican Breast Cancer Study Group. Br. J. Cancer 83(10) :1301-08(2000)；和 Syrjakoski K.，等人，J. Natl. Cancer Inst. 92 :1529-3K2000))。盡管對(duì)乳腺癌的治療進(jìn)行了大量研究，但乳腺癌仍然難以有效地診斷和治療，并且乳腺癌患者中觀察到的高死亡率表明疾病的診斷、治療和預(yù)防需要提尚ο
MicroRNA (微RNA)是通過(guò)與信使RNA (mRNA)靶雜交和引發(fā)其的翻譯抑制或較不常見(jiàn)地引起其降解來(lái)控制基因表達(dá)的小的、非編碼RNA種類。miRNA的發(fā)現(xiàn)和研究已揭示在生物發(fā)育和各種細(xì)胞過(guò)程例如細(xì)胞分化、細(xì)胞生長(zhǎng)和細(xì)胞死亡中發(fā)揮重要作用的miRNA介導(dǎo)的基因調(diào)控機(jī)制(Cheng，A.M.，等人，Nucleic Acids Res. 33 1290_1四7 (2005))。近年來(lái)的研究表明特定miRNA的異常表達(dá)可參與人的疾病例如神經(jīng)障礙(neurological disorder) (Ishizuka, Α.，等人，Genes Dev. 16 :2497-2508(2002))和癌癥。具體地，已在人慢性淋巴細(xì)胞性白血病中發(fā)現(xiàn)miR-16-l和/或miR-l^i的不當(dāng)表達(dá)(misexpression) (Calin，G. Α.， 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. Α. 99 :15524-15529 (2002))。
包含所有已知的人microRNA的微陣列的發(fā)展和應(yīng)用已允許同時(shí)分析樣品中的每一種 miRNA 的表達(dá)(Liu, C. G.，等人，Proc Natl. Acad. Sci U. S. Α. 101 :9740-9744 (2004)) 這些microRNA微陣列不僅已用于確認(rèn)miR-16-l在人CLL細(xì)胞中擺脫控制，而且還用于產(chǎn)生與良好建立的人CLL的臨床病理特征關(guān)聯(lián)的miRNA表達(dá)特征譜(Calin，G. Α.，等人，Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. Α. 101 1175-11760 (2004))
使用microRNA微陣列鑒定microRNA組群(其在正常細(xì)胞和乳腺癌細(xì)胞之間差異表達(dá))(即，表達(dá)特征譜或表達(dá)譜)的用途可幫助精確識(shí)別參與乳腺癌的特異性miRNA。此外，這些miRNA的假定的靶的鑒定可幫助闡明它們的致病作用。本發(fā)明提供了用于乳腺癌的診斷、預(yù)后和治療的新的方法和組合物。
發(fā)明概述
本發(fā)明部分基于相對(duì)于正常對(duì)照細(xì)胞，在乳腺癌細(xì)胞中差異表達(dá)的miRNA的乳腺癌特異性特征譜(Signature)的鑒定。
因此，本發(fā)明包括診斷受試者是否具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中的方法，該方法包括測(cè)量來(lái)自受試者的受試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平和將受試者樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平與對(duì)照樣品中的相應(yīng)的miR基因產(chǎn)物的水平比較。相對(duì)于對(duì)照樣品中的相應(yīng)的miR基因產(chǎn)物的水平，受試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平的改變(例如增加、降低)表明受試者具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中。在某些實(shí)施方案中，所述至少一種 miR 基因產(chǎn)物選自 miR-125b-l、miR125b_2、miR-145、miR-21、miR-155、miR-10b 和其組合。
可使用許多本領(lǐng)域技術(shù)人員熟知的技術(shù)測(cè)量所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，使用Northern印跡分析測(cè)量所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。在另一個(gè)實(shí)施方案中，可這樣測(cè)量至少一種miR基因產(chǎn)物的水平從獲自受試者的受試樣品反轉(zhuǎn)錄RNA以提供一組靶寡聚脫氧核苷酸，使靶寡聚脫氧核苷酸對(duì)包含miRNA特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供受試樣品的雜交譜(hybridization profile), 然后將受試樣品的雜交譜與從對(duì)照樣品產(chǎn)生的雜交譜進(jìn)行比較。相對(duì)于對(duì)照樣品，受試樣品中至少一種miRNA的信號(hào)的改變表明受試者具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中。在特定的實(shí)施方案中，微陣列包含相當(dāng)大部分的人miRNome的miRNA特異性探針寡核苷酸。在其他實(shí)施方案中，微陣列包含選自miR-145、miR-21、miR-155、miR-10b、 miR-009-1 (miR131-l) 、miR-34 (miR-170) 、miR-102 (miR-29b) 、 miR-123 (miR-126)、 miR-140-as> miR-125a> miR-125b-U miR-125b-2> miR-194> miR-204> miR-213> let-7a-2> let-7a-3> let_7d(let-7d_vl)、 let_7f_2、 let-7i(let-7d-v2)> miR-101-U miR-122a> miR-128b、miR-136、miR-143、miR-149、miR-191、miR-196-l、miR-196-2、miR-202、miR-203、 miR-205、miR-206、miR-210和其組合的一種或多種miRNA的miRNA特異性探針寡核苷酸。
本發(fā)明也提供了診斷與一種或多種預(yù)后標(biāo)記關(guān)聯(lián)的乳腺癌的方法，該方法包括測(cè)量來(lái)自受試者的乳腺癌受試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平和將所述乳腺癌受試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平與對(duì)照樣品中相應(yīng)的miR基因產(chǎn)物的水平進(jìn)行比較?？墒谷橄侔┡c一種或多種與乳腺癌相關(guān)的不利預(yù)后標(biāo)記例如但不限于雌激素受體的表達(dá)、孕酮受體的表達(dá)、陽(yáng)性淋巴節(jié)轉(zhuǎn)移、高增殖指數(shù)、可檢測(cè)的P53的表達(dá)、晚期腫瘤期和高血管侵襲關(guān)聯(lián)。在一個(gè)實(shí)施方案中，這樣測(cè)量所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，即從獲自受試者的受試樣品反轉(zhuǎn)錄RNA以提供一組靶寡聚脫氧核苷酸，使靶寡聚脫氧核苷酸對(duì)包含miRNA特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交，從而提供受試樣品的雜交譜，然后將受試樣品的雜交譜與從對(duì)照樣品產(chǎn)生的雜交譜進(jìn)行比較。相對(duì)于對(duì)照樣品，受試樣品中至少一種miRNA的信號(hào)的改變表明受試者具有與該一種或更多種預(yù)后標(biāo)記關(guān)聯(lián)的乳腺癌或處于發(fā)生與該一種或更多種預(yù)后標(biāo)記關(guān)聯(lián)的乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中。在特定的實(shí)施方案中，微陣列包含選自 miR-26a、miR_26b、miR-102 (miR-29b)、miR-30a_5p、miR_30b、miR_30c、miR_30d、 miR—185、miR—191、miR—206、miR—212、 let—7c、miR_9_2、miR—15—ει、miR—21、miR-30a-s>miR-133a-l、miR-137、miR-153-2、miR-154、miR_181a、miR-203、miR-213、let_7f_l、 let-7a-3> let-7a-2> miR_9_3、miR_10b、miR-27a> miR-29a> miR-123> miR-205> let_7d、 miR-145、miR-16a、miR-128b和其組合的miRNA的至少一種miRNA特異性探針寡核苷酸。
本發(fā)明也包括治療受試者中的乳腺癌的方法，其中至少一種miR基因產(chǎn)物在受試者的癌細(xì)胞中擺脫控制(例如，下調(diào)，上調(diào))。當(dāng)該至少一種分離的miR基因產(chǎn)物在乳腺癌細(xì)胞中被下調(diào)時(shí)，該方法包括施用有效量的該至少一種分離的miR基因產(chǎn)物，從而使受試者中的癌細(xì)胞的增殖被抑制。在一個(gè)實(shí)施方案中，方法包括施用有效量的該至少一種分離的miR基因產(chǎn)物，條件是該miR基因不是miR-15a或miR-16-l，這樣受試者的癌細(xì)胞的增殖被抑制。當(dāng)所述至少一種分離的miR基因產(chǎn)物在癌細(xì)胞中被上調(diào)時(shí)，所述方法包括給受試者施用有效量的至少一種用于抑制所述至少一種miR基因表達(dá)的化合物，這樣乳腺癌細(xì)胞的增殖被抑制。
在相關(guān)的實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了治療受試者的乳腺癌的方法，其包括確定相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，來(lái)自受試者的乳腺癌細(xì)胞中的至少一種miR基因產(chǎn)物的量。如果miR基因產(chǎn)物在乳腺癌細(xì)胞中脫離控制，則該方法進(jìn)一步包括改變?cè)谌橄侔┘?xì)胞中表達(dá)的該至少一種miR基因產(chǎn)物的量。如果癌細(xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量低于對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的miR 基因產(chǎn)物的量，那么該方法包括施用有效量的至少一種分離的miR基因產(chǎn)物。在一個(gè)實(shí)施方案中，miR基因產(chǎn)物不是miR-lfe或miR-16-l。如果癌細(xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量比對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量大，那么該方法包括給受試者施用有效量的至少一種用于抑制該至少一種miR基因的表達(dá)的化合物。在一個(gè)實(shí)施方案中，miR基因產(chǎn)物不是 miR-15a 或 miR-16-l。
本發(fā)明還提供了用于治療乳腺癌的藥物組合物。在一個(gè)實(shí)施方案中，藥物組合物包含至少一種分離的miR基因產(chǎn)物和藥學(xué)上可接受的載體。在特定的實(shí)施方案中，該至少一種miR基因產(chǎn)物相應(yīng)于miR基因產(chǎn)物，該基因產(chǎn)物相對(duì)于合適的對(duì)照細(xì)胞在乳腺癌細(xì)胞中具有減少的表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，分離的miR基因產(chǎn)物選自miR-145、miR-10b、 miR-123(miR-126)、miR-140-as、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、miR-194、miR-204、 let-7a-2、let_7a_3、let_7d (let-7d_vl)、let_7f_2、miR-101-1、miR-143 和其組合。
在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的藥物組合物包含至少一種miR表達(dá)抑制性化合物。在特定的實(shí)施方案中，該至少一種miR表達(dá)抑制性化合物對(duì)于miR基因是特異性的，所述miR基因的表達(dá)在乳腺癌細(xì)胞中比在對(duì)照細(xì)胞中強(qiáng)。在某些實(shí)施方案中，miR 表達(dá)抑制化合物對(duì)于選自 miR-21、miR-155、miR-009-1 (miR131_l)、miR-34(miR-170)、 miR-102(miR-29b)、miR_213、let_7i(let-7d_v2)、miR-122a、miR-128b、miR-136、miR-149、 miR-191、miR-196-1、miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210、miR-213 和其組合的一種或多種miR基因產(chǎn)物是特異性的。
本發(fā)明還包括鑒定抗乳腺癌試劑的方法，其包括對(duì)細(xì)胞提供受試試劑和測(cè)量細(xì)胞中至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括對(duì)細(xì)胞提供受試試劑和測(cè)量至少一種與乳腺癌細(xì)胞中減少的表達(dá)水平相關(guān)的miR基因產(chǎn)物的水平。相對(duì)于合適的對(duì)照細(xì)胞，細(xì)胞中miR基因產(chǎn)物水平的增加表明受試試劑為抗乳腺癌試劑。在特定的實(shí)施方案中，所述與乳腺癌細(xì)胞中減少的表達(dá)水平相關(guān)的至少一種miR基因產(chǎn)物選自miR-145、 miR-10b、miR-123 (miR-126)、miR-140-as、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、miR-194、miR-204、let_7a_2、let_7a_3、let_7d (let-7d_vl)、let-7f-2、miR-101_l、miR-143 和其組口 O
在其他實(shí)施方案中，該方法包括對(duì)細(xì)胞提供受試試劑，和測(cè)量至少一種與乳腺癌細(xì)胞中增加的表達(dá)水平相關(guān)的miR基因產(chǎn)物的水平。相對(duì)于合適的對(duì)照細(xì)胞， 細(xì)胞中miR基因產(chǎn)物水平的減少表明受試試劑為抗乳腺癌試劑。在特定的實(shí)施方案中，所述與乳腺癌細(xì)胞中增加的表達(dá)水平相關(guān)的至少一種miR基因產(chǎn)物選自miR-21、 miR-155, miR-009-1 (miR131-l) 、 miR-34 (miR-170) 、 miR-102 (miR-29b) 、miR-213, let-7i (let-7d-v2)、miR_122a、miR_128b、miR-136、miR-149、miR-191、miR-196-1、 miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210、miR-213 和其組合。
附圖概述
本專利或申請(qǐng)文件包含至少一個(gè)彩色附圖。具有彩色附圖的本專利或?qū)＠暾?qǐng)的拷貝在請(qǐng)求和支付必要的費(fèi)用后由專利局提供。


圖1描述了由聚類分析產(chǎn)生的顯示基于差異microRNA表達(dá)(P < 0. 05)區(qū)分乳腺癌組織與正常組織的樹(shù)。圖底部的條塊標(biāo)示癌癥組群(紅色)或正常乳腺組織(黃色)。
圖2是描述基于PAM分析，各樣品為癌組織或正常組織的概率(0.0至1.0)的圖。 借助表2中顯示的miR特征譜正確地預(yù)測(cè)了所有乳腺癌和正常組織。
圖3A是描述使用miR-12^3互補(bǔ)探針檢測(cè)的miR-12^在正常樣品和來(lái)自乳腺癌患者(P)的幾個(gè)腫瘤樣品中的表達(dá)水平的Northern印跡。TO探針用于標(biāo)準(zhǔn)化各樣品的表達(dá)水平。
圖;3B是描述使用miR-145互補(bǔ)探針檢測(cè)的miR-145在正常樣品和來(lái)自乳腺癌患者(P)的幾個(gè)腫瘤樣品中的表達(dá)水平的Northern印跡。TO探針用于標(biāo)準(zhǔn)化各樣品的表達(dá)水平。
圖3C是描述使用miR-21互補(bǔ)探針檢測(cè)的miR-21在正常樣品和來(lái)自乳腺癌患者 (標(biāo)記為編號(hào)的患者)的幾個(gè)腫瘤樣品中的表達(dá)水平的Northern印跡。TO探針用于標(biāo)準(zhǔn)化各樣品的表達(dá)水平。
圖3D是描述microRNA miR-12^3、！niR-145和miR-21在不同乳腺癌細(xì)胞系中的表達(dá)水平的Northern印跡。也確定了各microRNA在來(lái)自正常組織樣品中的表達(dá)水平。TO探針用于標(biāo)準(zhǔn)化各樣品的表達(dá)水平。
圖4A是列出在與雌激素受體的存在(ER+)或不存在(ER-)相關(guān)的乳腺癌樣品中差異表達(dá)的miRNA的表。
圖4B是列出在與孕酮受體的存在(PR+)或不存在(PR-)相關(guān)的乳腺癌樣品中差異表達(dá)的miRNA的表。
圖4C是列出在與腫瘤的1期(pTl)或2或3期(pT2_3)相關(guān)的乳腺癌樣品中差異表達(dá)的miRNA的表。
圖4D是列出在與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的存在(pNO)或不存在(pNIO+)相關(guān)的乳腺癌樣品中差異表達(dá)的miRNA的表。
圖4E是列出在與血管侵襲的存在或不存在相關(guān)的乳腺癌樣品中差異表達(dá)的 miRNA的表。
圖4F是列出在與高(MIB-1 > 30)或低(MIB-1 < 20)增殖指數(shù)(PI)相關(guān)的乳腺癌樣品中差異表達(dá)的miRNA的表。
圖4G是列出在與p53的陽(yáng)性(p53+)或陰性(p53_)免疫染色相關(guān)的乳腺癌樣品中差異表達(dá)的miRNA的表。
發(fā)明詳述
本發(fā)明部分基于特定miRNA和microRNA的鑒定，所述miRNA的表達(dá)相對(duì)于正常對(duì)照細(xì)胞，在乳腺癌細(xì)胞中發(fā)生改變，所述microRNA的表達(dá)在與特定的預(yù)后特征相關(guān)的乳腺癌細(xì)胞中相對(duì)于缺乏這些特征的乳腺癌細(xì)胞發(fā)生改變。
如在此處可互換使用，“miR基因產(chǎn)物”、“microRNA”、“miR”或“miRNA”意指來(lái)自 miR基因的未加工的或加工的RNA轉(zhuǎn)錄物。由于miR基因產(chǎn)物不翻譯成蛋白質(zhì)，術(shù)語(yǔ)“miR 基因產(chǎn)物”不包括蛋白質(zhì)。未加工的miR基因轉(zhuǎn)錄物也稱為“miR前體”，其通常包含長(zhǎng)度大約為70-100個(gè)核苷酸的RNA轉(zhuǎn)錄物。可通過(guò)使用RNA酶(例如，Dicer、Argonaut或RNA酶 III，例如大腸桿菌(E. coli)RNA酶III))進(jìn)行降解來(lái)將miR前體加工成具有活性的19-25 個(gè)核苷酸的RNA分子。該19-25個(gè)核苷酸的活性RNA分子也稱為“經(jīng)加工WliR基因轉(zhuǎn)錄物或“成熟的” miRNA。
可通過(guò)天然加工途徑(例如，使用完整的細(xì)胞或細(xì)胞裂解物)或通過(guò)合成加工途徑(例如，使用分離的加工酶例如分離的Dicer、Argonaut或RNA酶III)從miR前體獲得具有活性的19-25個(gè)核苷酸的RNA分子。要理解也可通過(guò)生物學(xué)或化學(xué)合成直接產(chǎn)生19-25 核苷酸的活性RNA分子，而不用從miR前體加工而來(lái)。
表1中提供了 187個(gè)miR基因產(chǎn)物的序列。以5’至3’的方向給出此處的所有核酸序列。此外，用斜體字表示基因，用正常型表示基因產(chǎn)物；例如，mir-17是基因，而miR-17 是基因產(chǎn)物。
本發(fā)明包括診斷受試者是否具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中的方法，該方法包括測(cè)量來(lái)自受試者的乳腺癌受試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平和將受試樣品中的miR基因產(chǎn)物的水平與對(duì)照樣品中相應(yīng)的miR基因產(chǎn)物的水平進(jìn)行比較。如此處所用的，“受試者”可以是具有或懷疑具有乳腺癌的任何哺乳動(dòng)物。在特定的實(shí)施方案中，受試者是具有或懷疑具有乳腺癌的人。
乳腺癌可以是乳腺癌的任何形式和可以與一種或更多種預(yù)后標(biāo)記或特征(包括， 但不限于，雌激素受體的表達(dá)、孕酮受體的表達(dá)、淋巴節(jié)轉(zhuǎn)移、高增殖指數(shù)、可檢測(cè)的p53的表達(dá)、晚期腫瘤期和高血管侵襲)相關(guān)。預(yù)后標(biāo)記可以與不利的或消極的預(yù)后關(guān)聯(lián)，或其可與好的或積極的預(yù)后關(guān)聯(lián)。
表1-人miR基因產(chǎn)物序列
權(quán)利要求
1.診斷受試者是否具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中的方法，其包括測(cè)量來(lái)自所述受試者的受試樣品中的至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照樣品中的相應(yīng) miR基因產(chǎn)物的水平，受試樣品中的miR基因產(chǎn)物水平的改變表明受試者具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物是miR-12^3-l或miR125b-2。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物是miR-145。
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物是miR-21。
5.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物是miR-155。
6.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物是miR-10b。
7.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種miR基因產(chǎn)物選自miR-125b、miR-145、 miR-21、miR-155、miR-10b、miR-009-1 (miR131_l)、miR-34 (miR-170)、miR-102 (miR-29b)、 miR-123(miR-126)、miR-140-as、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、miR-194、miR-204、 miR-213> let-7a-2> let-7a-3> let_7d(let_7d_vl)、 let_7f_2、 let_7i(let_7d_v2)、 miR-101-1、miR-122a、miR_128b、miR-136、miR-143、miR-149、miR-191、miR-196—1、 miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210 和其組合。
8.權(quán)利要求1的方法，其中使用Northern印跡分析法測(cè)量所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平。
9.權(quán)利要求1的方法，其中受試樣品中所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平低于對(duì)照樣品中的相應(yīng)miR基因產(chǎn)物的水平。
10.權(quán)利要求1的方法，其中受試樣品中所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平高于對(duì)照樣品中的相應(yīng)miR基因產(chǎn)物的水平。
11.診斷受試者中與一種或多種預(yù)后標(biāo)記相關(guān)的乳腺癌的方法，其包括測(cè)量來(lái)自所述受試者的乳腺癌樣品中至少一種miR基因產(chǎn)物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照樣品中相應(yīng)miR基因產(chǎn)物的水平，受試樣品中所述至少一種miR基因產(chǎn)物的水平的改變表明受試者患有與所述一種或多種預(yù)后標(biāo)記相關(guān)的乳腺癌。
12.權(quán)利要求11的方法，其中所述一種或多種預(yù)后標(biāo)記選自雌激素受體的表達(dá)、孕酮受體的表達(dá)、陽(yáng)性淋巴節(jié)轉(zhuǎn)移、高增殖指數(shù)、可檢測(cè)的P53的表達(dá)、腫瘤晚期和高血管侵襲。
13.權(quán)利要求11的方法，其中與一種或多種預(yù)后標(biāo)記相關(guān)的乳腺癌和所述至少一種 miR基因產(chǎn)物選自(i)乳腺癌是與雌激素受體表達(dá)相關(guān)的乳腺癌且miR基因產(chǎn)物選自miRj6a、miRj6b、 miR-102 (miR-29b)、miR-30a-5p> miR-30b> miR-30c> miR-30d>miR-185>miR-19UmiR-206> miR-212和其組合；(ii)乳腺癌是與孕酮受體表達(dá)相關(guān)的乳腺癌且miR基因產(chǎn)物選自let-7c、miRj6a、 miR-29b、miR-30a-5p、miR-30b、miR_30c、miR_30d 和其組合；(iii)乳腺癌是與陽(yáng)性淋巴節(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)的乳腺癌且miR基因產(chǎn)物選自let-7f-l、 let-7a-3、let_7a_2、miR-9-3 和其組合；(iv)乳腺癌是與高增殖指數(shù)相關(guān)的乳腺癌且miR基因產(chǎn)物選自let-7c、let_7d、 miR-26a、miR-26b、miR-30a-5p、miR-102、miR-145 和其組合；(ν)乳腺癌是與可檢測(cè)的ρ53表達(dá)相關(guān)的乳腺癌且miR基因產(chǎn)物選自miR-16a、miR-128b和其組合；(vi)乳腺癌是與高血管侵襲相關(guān)的乳腺癌且miR基因產(chǎn)物選自miR-9-3、miR-10b、 miR-27a, miR-29a, miR-123, miR-205 和其組合；和(vii)乳腺癌是與晚期腫瘤期相關(guān)的乳腺癌且miR基因產(chǎn)物選自miR-9-2、miR-15-a、 miR-2U miR-30a-s> miR-133a-U miR—137、miR—153—2、miR—154、miR-181a> miR—203、 miR-213和其組合。
14.診斷受試者是否具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中的方法，其包括(1)從獲自受試者的受試樣品反轉(zhuǎn)錄RNA以提供一組靶寡聚脫氧核苷酸；(2)使靶寡聚脫氧核苷酸與包含miRNA特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供受試樣品的雜交譜；和(3)將受試樣品的雜交譜與從對(duì)照樣品產(chǎn)生的雜交譜進(jìn)行比較，其中至少一種miRNA的信號(hào)的改變表明受試者具有乳腺癌或處于發(fā)生乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中。
15.權(quán)利要求14的方法，其中相對(duì)于從對(duì)照樣品產(chǎn)生的信號(hào)，至少一種miRNA的信號(hào)被下調(diào)。
16.權(quán)利要求14的方法，其中相對(duì)于從對(duì)照樣品產(chǎn)生的信號(hào)，至少一種miRNA的信號(hào)被上調(diào)。
17.權(quán)利要求14的方法，其中微陣列包含一種或多種選自miR-145、miR-21、 miR-155, miR-10b、 miR-009-1 (miR131-l) 、miR-34 (miR-170) 、 miR-102 (miR-29b)、 miR-123(miR-126)、miR-140-as、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、miR-194、miR-204、 miR-213> let-7a-2> let-7a-3> let_7d(let_7d_vl)、 let_7f_2、 let_7i(let_7d_v2)、 miR-101-U miR-122a、miR_128b、miR-136、miR-143、miR-149、miR-191、miR-196-1、 miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210 和其組合的 miRNA 的 miRNA 特異性探針寡核苷酸。
18.診斷受試者是否具有與受試者中一種或多種不利預(yù)后標(biāo)記相關(guān)的乳腺癌或處于發(fā)生這種乳腺癌的風(fēng)險(xiǎn)中的方法，其包括(1)從獲自受試者的受試樣品反轉(zhuǎn)錄RNA以提供一組靶寡聚脫氧核苷酸；(2)使靶寡聚脫氧核苷酸與包含miRNA特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供所述受試樣品的雜交譜；和(3)將受試樣品的雜交譜與從對(duì)照樣品產(chǎn)生的雜交譜進(jìn)行比較，其中信號(hào)的改變表明受試者具有所述癌癥或處于發(fā)生所述癌癥的風(fēng)險(xiǎn)中。
19.權(quán)利要求18的方法，其中所述一種或多種不利的預(yù)后標(biāo)記選自雌激素受體的表達(dá)、孕酮受體的表達(dá)、陽(yáng)性淋巴節(jié)轉(zhuǎn)移、高增殖指數(shù)、可檢測(cè)的P53的表達(dá)、晚期腫瘤期和高血管侵襲。
20.權(quán)利要求18的方法，其中微陣列包含選自miR46a、miRj6b、miR-102(miRj9b)、 miR-30a-5p> miR_30b、miR_30c、miR_30d、miR-185> miR-19U miR-206> miR-212> let_7c、 miR-9-2> miR-15-a> miR-21> miR-30a-s> miR-133a-U miR-137> miR-153-2> miR-154> miR-181a>miR-203>miR-213>let_7f_l、let-7a-3>let-7a-2> miR-9-3> miR-10b> miR-27a> miR-29a, miR-123、miR-205、let_7d、miR-145、miR_16a、miR-128b 和其組合的 miRNA 的至少一種miRNA特異性探針寡核苷酸。
21.治療具有乳腺癌的受試者中的乳腺癌的方法，在所述癌癥中，相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，在受試者的癌細(xì)胞中至少一種miR基因產(chǎn)物被下調(diào)或上調(diào)，該方法包括(1)當(dāng)所述至少一種miR基因產(chǎn)物在癌細(xì)胞中被下調(diào)時(shí)，對(duì)受試者施用有效量的至少一種分離的miR基因產(chǎn)物，前提條件是該miR基因產(chǎn)物不是miR-lfe或miR-16-l，這樣受試者中癌細(xì)胞的增殖被抑制；或(2)當(dāng)所述至少一種miR基因產(chǎn)物在癌細(xì)胞中被上調(diào)時(shí)，對(duì)受試者施用有效量的至少一種抑制所述至少一種miR基因產(chǎn)物的表達(dá)的化合物，這樣受試者中癌細(xì)胞的增殖被抑制。
22.權(quán)利要求21的方法，其中步驟(1)中所述至少一種分離的miR基因產(chǎn)物選自 miR-145、miR-10b、miR-123 (miR-126)、miR-140-as、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、 miR-194、miR-204、 let-7a-2> let-7a-3> let_7d(let-7d_vl) 、 let_7f_2、miR-101 — 1、 miR-143和其組合。
23.權(quán)利要求21的方法，其中步驟O)中所述至少一種miR基因產(chǎn)物選自miR-21、 miR-155, miR-009-1 (miR131-l) 、 miR-34 (miR-170) 、 miR-102 (miR-29b) 、 miR-213, let-7i (let-7d-v2) 、miR-122a, miR-128b, miR-136, miR-149, miR-191、miR-196-U miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210、miR-213 和其組合。
24.治療受試者的乳腺癌的方法，其包括(1)確定相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，乳腺癌細(xì)胞中至少一種miR基因產(chǎn)物的量；和(2)通過(guò)下列步驟改變?nèi)橄侔┘?xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量(i)如果在癌細(xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量低于對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量，則對(duì)受試者施用有效量的至少一種分離的miR基因產(chǎn)物，前提條件是該miR基因產(chǎn)物不是 miR_15a 或 miR-16-l ；或( )如果在癌細(xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量高于對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的miR基因產(chǎn)物的量，則對(duì)受試者施用有效量的至少一種抑制所述至少一種miR基因產(chǎn)物表達(dá)的化合物，這樣受試者中癌細(xì)胞的增殖被抑制。
25.權(quán)利要求M的方法，其中步驟(i)中的所述至少一種分離的miR基因產(chǎn)物選自 miR-145、miR-10b、miR-123 (miR-126)、miR-140-as、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、 miR-194、miR-204、 let-7a-2> let-7a-3> let_7d(let-7d_vl) 、 let_7f_2、miR-101 — 1、 miR-143和其組合。
26.權(quán)利要求M的方法，其中步驟(ii)中的所述至少一種miR基因產(chǎn)物選自 miR-21、miR-155、miR-009-1 (miR131_l)、miR-34 (miR-170)、miR-102 (miR-29b)、miR-213、 let-7i (let-7d-v2) 、miR-122a, miR-128b, miR-136, miR-149, miR-191、miR-196-U miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210、miR-213 和其組合。
27.用于治療乳腺癌的藥物組合物，其包含至少一種分離的miR基因產(chǎn)物和藥學(xué)上可接受的載體。
28.權(quán)利要求27的藥物組合物，其中所述至少一種分離的miR基因產(chǎn)物相應(yīng)于相對(duì)于合適的對(duì)照細(xì)胞在乳腺癌細(xì)胞中下調(diào)的miR基因產(chǎn)物。
29.權(quán)利要求27的藥物組合物，其中所述分離的miR基因產(chǎn)物選自miR-145、miR-10b、miR-123(miR-126)、miR-140-a s、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、miR-194、miR-204、 let-7a-2、let_7a_3、let_7d(let-7d_vl)、let_7f_2、miR-101-1、miR-143 和其組合。
30.用于治療乳腺癌的藥物組合物，其包含至少一種miR表達(dá)抑制劑化合物和藥學(xué)上可接受的載體。
31.權(quán)利要求30的藥物組合物，其中所述至少一種miR表達(dá)抑制劑化合物對(duì)于相對(duì)于合適的對(duì)照細(xì)胞在乳腺癌細(xì)胞中上調(diào)的miR基因產(chǎn)物是特異性的。
32.權(quán)利要求30的藥物組合物，其中所述至少一種miR表達(dá)抑制劑化合物對(duì)于選自 miR-21、miR-155、miR-009-1 (miR131_l)、miR-34 (miR-170)、miR-102 (miR-29b)、miR-213、 let-7i (let-7d-v2) 、miR-122a, miR-128b, miR-136, miR-149, miR-191、miR-196-U miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210、miR-213 和其組合的 miR 基因產(chǎn)物是特異性的。
33.鑒定抗乳腺癌試劑的方法，其包括對(duì)細(xì)胞提供受試試劑和測(cè)量至少一種與乳腺癌細(xì)胞中減少的表達(dá)水平相關(guān)的miR基因產(chǎn)物的水平，其中相對(duì)于合適的對(duì)照細(xì)胞，所述細(xì)胞中所述miR基因產(chǎn)物的水平增加表明受試試劑是抗乳腺癌試劑。
34.權(quán)利要求33的方法，其中所述miR基因產(chǎn)物選自miR-145、miR-10b、 miR-123 (miR-126)、miR-140-as、miR_125a、miR-125b_l、miR-125b_2、miR-194、miR-204、 let-7a-2、let_7a_3、let_7d(let-7d_vl)、let_7f_2、miR-101-1、miR-143 和其組合。
35.鑒定抗乳腺癌試劑的方法，其包括對(duì)細(xì)胞提供受試試劑和測(cè)量至少一種與乳腺癌細(xì)胞中增加的表達(dá)水平相關(guān)的miR基因產(chǎn)物的水平，其中相對(duì)于合適的對(duì)照細(xì)胞，所述細(xì)胞中所述miR基因產(chǎn)物的水平降低表明受試試劑是抗乳腺癌試劑。
36.權(quán)利要求35的方法，其中所述miR基因產(chǎn)物選自miR-21、miR-155、 miR-009-1 (miR131_l) 、 miR-34(miR-170) , miR-102(miR-29b) 、 miR-213, let-7i (let-7d-v2)、miR_122a、miR_128b、miR-136、miR-149、miR-191、miR-196-1、 miR-196-2、miR-202、miR-203、miR-206、miR-210、miR-213 和其組合。
全文摘要
本發(fā)明提供了用于乳腺癌的診斷、預(yù)后和治療的新的方法和組合物。本發(fā)明還提供了鑒定抗乳腺癌試劑的方法。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102533966SQ20111031953
公開(kāi)日2012年7月4日 申請(qǐng)日期2006年7月31日 優(yōu)先權(quán)日2005年8月1日
發(fā)明者C·M·克勞斯, G·A·卡琳 申請(qǐng)人:俄亥俄州立大學(xué)研究基金會(huì)