一組胃癌基因的應(yīng)用
【專利摘要】一組胃癌相關(guān)基因的應(yīng)用。本發(fā)明基于胃癌中一組53個(gè)預(yù)后相關(guān)基因和其在臨床樣本中表達(dá)水平的檢測(cè)結(jié)果，計(jì)算預(yù)測(cè)分值來評(píng)估胃癌臨床預(yù)后及其相關(guān)應(yīng)用。此系統(tǒng)可用于幫助胃癌病人的治療選擇以及預(yù)測(cè)對(duì)治療干預(yù)的反應(yīng)，從而判斷病人是否從化學(xué)和靶向治療中獲益,避免過度用藥、降低醫(yī)療成本，最后達(dá)到精準(zhǔn)或個(gè)體化醫(yī)療的目的。根據(jù)此系統(tǒng)和不同的檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)，設(shè)計(jì)開發(fā)相應(yīng)的53基因表達(dá)測(cè)量試劑盒。
【專利說明】
一組胃癌基因的應(yīng)用
技術(shù)領(lǐng)域
[0001] 本發(fā)明屬于腫瘤基因檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一組胃癌相關(guān)基因的應(yīng)用。
【背景技術(shù)】
[0002] 胃癌是一種起始于胃黏膜組織上皮細(xì)胞的惡性腫瘤。胃癌一直是世界上最常見的 惡性腫瘤之一，發(fā)病率僅次于肺癌、乳腺癌、結(jié)腸直腸癌和前列腺癌，在世界癌癥發(fā)病率中 排名第五位，胃癌的發(fā)病率和死亡率一直居高不下；雖然近十年來世界胃癌總發(fā)病率和死 亡率有所下降，但患胃癌的絕對(duì)人數(shù)依舊呈上升趨勢(shì)，每年有近百萬的新增病例。我國每年 新發(fā)病例約40萬例，占世界總發(fā)病例數(shù)的42%。從國家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)官方網(wǎng)站公 布數(shù)據(jù)顯示來看：2005年城市和農(nóng)村居民胃癌死亡率分別為18.12/10萬和19.05/10萬， 2006 年為 19.66/10 萬和 22.09/10 萬，2007 年為 22.87/10 萬和率 23.35/10 萬，2008 年為 18.60/10萬和26.33/10萬，2009年為 18.17/10萬和23.10/10萬，2010年為 18.63/10萬和 22.57/10萬，2011年為19.66/10萬和22.09/10萬，均居惡性腫瘤死因第三位。對(duì)我國胃癌進(jìn) 行調(diào)查表明胃癌基本均居惡性腫瘤發(fā)病率及死亡率前三位，胃癌仍然是當(dāng)今我國腫瘤防治 的重點(diǎn)。
[0003] 隨著科技水平的不斷發(fā)展，胃癌早期診斷水平有了一定提高，使得胃癌五年生存 率有了大幅的提高。但對(duì)于進(jìn)展期的胃癌，其五年生存率僅為29.3%，主要原因是胃癌早期 不易診斷，發(fā)現(xiàn)較晚，從而錯(cuò)過了最佳的治療時(shí)間，并且胃癌容易復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移。胃癌的治療 主要分為手術(shù)治療、放射治療、化學(xué)治療、靶向治療等。化療是晚期/轉(zhuǎn)移胃癌病人的主要治 療方案，但往往伴嚴(yán)重副作用。近年來以曲妥珠單抗為代表的靶向藥物開啟了胃癌靶向治 療的新時(shí)代。目前曲妥珠單抗聯(lián)合化療已成為人表皮生長因子受體2(HER2/ERBB2)基因擴(kuò) 增或過度表達(dá)陽性患者的首選治療。
[0004] 胃癌是一種多基因控制的疾病，是多種促癌和抗癌基因與體內(nèi)微環(huán)境的共同作 用，使胃黏膜發(fā)生早期病變到異常增生，最終發(fā)展到胃癌。在這整個(gè)過程中都存在相關(guān)基因 特征性差異表達(dá)。臨床胃癌分期和分化程度一直缺少相應(yīng)的分子標(biāo)記物對(duì)其進(jìn)行區(qū)分。近 年來越來越多的證據(jù)顯示胃癌組織的分子生物學(xué)特征也對(duì)預(yù)后起著重要作用。比如，大約 10-30%的胃癌患者具有HER2/ERBB2基因的擴(kuò)增或過度表達(dá)，后者和胃癌的預(yù)后和淋巴結(jié) 轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。也有證據(jù)提示P53蛋白的積累與胃癌的預(yù)后呈負(fù)相關(guān)。另外，轉(zhuǎn)錄因子缺氧 誘導(dǎo)因子la(HIF-la)在胃癌細(xì)胞中高表達(dá)，并且在T匪分類早期胃癌患者中表達(dá)更高，可能 與胃癌的早期發(fā)展相關(guān)。
[0005]在目前的癌癥研究中，芯片技術(shù)和二代測(cè)序技術(shù)已經(jīng)成為研究胃癌體細(xì)胞遺傳異 質(zhì)性和復(fù)雜性的重要工具，為開發(fā)診斷、治療和預(yù)后相關(guān)生物標(biāo)志物提供了巨大的信息。基 因表達(dá)分析可將同一腫瘤分成不同亞型并對(duì)其預(yù)后進(jìn)行研究。在基因表達(dá)分析技術(shù)的幫助 下，可構(gòu)建基因的相關(guān)網(wǎng)絡(luò)，后者被證明對(duì)研討癌癥的發(fā)生發(fā)展具有重要的意義。比如以 ⑶KNIA為節(jié)點(diǎn)構(gòu)建了一胃癌調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，并篩選出7個(gè)和胃癌發(fā)生相關(guān)的基因：麗P7，SPARC， S0D2，INHBA，IGFBP7，NEK6和LUM。結(jié)果顯示這7個(gè)基因隨著病情進(jìn)展被激活，表明它們可能 與癌癥的發(fā)展有關(guān)。
[0006] 在其它腫瘤方面，美國Genomic Health公司研發(fā)的Oncotype DX和挪威Agendia公 司研發(fā)的Ma_aPrint基因檢測(cè)技術(shù)可對(duì)乳腺癌的復(fù)發(fā)與轉(zhuǎn)移的預(yù)后進(jìn)行評(píng)估，并為病人是 否需要化療提供指導(dǎo)信息。Oncotype DX是對(duì)ER陽性、淋巴結(jié)陰性乳腺癌石蠟包埋組織標(biāo)本 RNA使用實(shí)時(shí)定量PCR(RT-PCR)進(jìn)行21個(gè)基因表達(dá)的定量檢測(cè)，包括16個(gè)與復(fù)發(fā)相關(guān)的目標(biāo) 基因（與增殖、侵襲、HER2、激素等）和5個(gè)參考基因。將乳腺癌患者10年的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)分為低 (1^〈18)、中（1^18~31)和高(1?彡31)三組，判斷患者是否需要化療。通常對(duì)低1?的患者不 推薦化療，而推薦其用于高RS的病人。中RS主要基于患者的年齡和健康狀況推薦是否進(jìn)行 化療。MammaPrint是基于70個(gè)基因的表達(dá)來預(yù)測(cè)ER陽性和ER陰性并淋巴結(jié)陰性乳腺癌患者 的復(fù)發(fā)，在預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)移和生存期方面優(yōu)于臨床病理學(xué)指標(biāo)。兩項(xiàng)檢測(cè)均獲美國Π )Α批準(zhǔn)上市。 另外，Oncotype DX被列為NCCN指南推薦和美國醫(yī)療保險(xiǎn)的乳腺癌檢測(cè)項(xiàng)目。雖然遺傳學(xué)和 基因組學(xué)是相關(guān)的，但提供不同的信息。基因測(cè)試通常篩查可能發(fā)展一種疾病或癌癥的遺 傳危險(xiǎn)因素，而基因組測(cè)試，比如Oncotype DX，評(píng)估一組重要癌癥相關(guān)基因的活性以揭示 一特定個(gè)體腫瘤的生物學(xué)特性，可更準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)該腫瘤的行為。
[0007] Genomic Health公司也開發(fā)了針對(duì)前列腺癌和結(jié)腸癌的Oncotype DX基因檢測(cè)項(xiàng) 目，但迄今為至世界上尚未有針對(duì)胃癌預(yù)后的類似檢測(cè)。因此，很有必要在現(xiàn)有知識(shí)和技術(shù) 的基礎(chǔ)上，設(shè)計(jì)研發(fā)一項(xiàng)胃癌的多基因表達(dá)譜和預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0008] 解決的技術(shù)問題:本發(fā)明應(yīng)用國際通用腫瘤數(shù)據(jù)庫，通過建立多步分析法來全面 確定相關(guān)的2 49個(gè)胃癌生物標(biāo)志物；然后用逐步的多變量聚類技術(shù)（multi variate clustering technique)來確定和胃癌預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因。基于這些分析，我們創(chuàng)建了53 個(gè)基因表達(dá)譜和預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)，并成功的將其應(yīng)用于胃癌臨床數(shù)據(jù)的生存期預(yù)測(cè)。此方法 可用于協(xié)助胃癌病人的治療選擇以及預(yù)測(cè)對(duì)治療干預(yù)的反應(yīng)，從而判斷患者從化療/靶向 治療獲益程度、達(dá)到避免過度用藥、降低醫(yī)療成本的目的。
[0009] 技術(shù)方案:為了實(shí)現(xiàn)以上目的，本發(fā)明采用的技術(shù)方案為：
[0010] 一項(xiàng)用于評(píng)價(jià)胃癌預(yù)后的多基因表達(dá)譜和評(píng)分系統(tǒng)。本發(fā)明包括了 53個(gè)胃癌預(yù)后 相關(guān)基因和對(duì)其在臨床樣本中表達(dá)水平的檢測(cè)，然后通過計(jì)算預(yù)后評(píng)分來預(yù)測(cè)臨床預(yù)后。
[0011] 作為優(yōu)選方案，我們首先通過正常和胃癌組織之間的比較確定了在胃癌中有顯著 差異表達(dá)的基因。我們開發(fā)了一個(gè)多步驟的策略，以尋找能分辨胃癌患者預(yù)后好壞的關(guān)鍵 基因標(biāo)簽(gene signature)。我們使用了兩個(gè)公開可用的國際腫瘤數(shù)據(jù)庫：（1)由RNA測(cè)序 建立的癌癥基因數(shù)據(jù)庫（The Cancer Genome八1:138，1'06厶）；（2)由厶€€711161：141芯片 (Affymetrix Genechip arrays，HG_U133Plus 2.0)建立的人胃腫瘤和正常組織庫 GSE30727。我們發(fā)現(xiàn)TCGA里的688基因和GSE30727的3239基因均達(dá)到我們的選擇標(biāo)準(zhǔn)，即2 倍的表達(dá)變化和調(diào)整P值〈0.05。其中有276個(gè)基因在TCGA和GSE30727數(shù)據(jù)庫之間相重疊，包 括57個(gè)胃癌表達(dá)下調(diào)基因和219個(gè)胃癌表達(dá)上調(diào)基因。
[0012] 作為優(yōu)選方案，我們進(jìn)一步評(píng)估了上述276個(gè)基因的差異表達(dá)在胃癌臨床進(jìn)展中 的重要性。我們利用生存預(yù)后在線工具Kaplan-Meier曲線(http ://kmplot. com/analysis/ index .php?p = service&cancer = gastric)分析了它們?cè)诖笮凸才R床芯片胃癌數(shù)據(jù)庫中 對(duì)胃癌患者預(yù)后的應(yīng)用價(jià)值?；谄浔磉_(dá)的水平，這些基因被分成兩組（高和低表達(dá)）。隨 后，使用Kaplan-Meier曲線（圖1)顯示這些基因的高或低表達(dá)水平對(duì)胃癌病人五年存活率 的影響，現(xiàn)其中249個(gè)基因與總體存活率顯著相關(guān)聯(lián)。這一結(jié)果表明，這些分子標(biāo)志物可以 有效的預(yù)測(cè)胃癌患者的治療預(yù)后。最后，我們根據(jù)單因素分析得出的P值來將基因?qū)εR床預(yù) 后的重要性進(jìn)行排名(表一），作為后續(xù)選擇基因的依據(jù)。
[0013] 作為優(yōu)選方案，我們建立了 249個(gè)基因在胃癌中的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（gene coexpression network) ， 以更好地揭示這些基因的生物學(xué)功能和 胃癌發(fā)展的分子機(jī)制 。通過 應(yīng)用生物信息數(shù)據(jù)庫The Database for Annotation Visualization and Integrated 018〇〇代巧(0六￥10)，觀察到這些基因顯著集中在調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖，粘附和迀移，1?^/1^1?^過 程，乙酰化，細(xì)胞外基質(zhì)等生物學(xué)功能（圖2)，所有這些都是癌癥的特征。接下來我們用相關(guān) 網(wǎng)絡(luò)分析軟件(http: //baderlab · org/Sof tware/ExpressionCorrelation)和 TCGA 數(shù)據(jù)，來 識(shí)別和構(gòu)建胃癌患者的功能相關(guān)的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（圖2)。
[0014] 作為優(yōu)選方案，基于上述結(jié)果，我們開發(fā)了一項(xiàng)胃癌預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)。我們應(yīng)用逐步 的典型判別分析(canonical discriminant analysis)來標(biāo)識(shí)能夠以100%的準(zhǔn)確性鑒別 病人預(yù)后好或差的基因標(biāo)簽，最后確定了53個(gè)特定的胃癌預(yù)后生物標(biāo)志物基因，評(píng)分系統(tǒng) 獲得了 100%的預(yù)后預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率，具體包括：（1)細(xì)胞周期相關(guān)基因：CEP55，MCM2，PRC1， SCNN1B，TUBB; (2)乙?；嚓P(guān)基因：ADNP，ABCE1，CBFB，CH0RDC1，CCT6A，GART，SMS; (3) RNA/ ncRNA通路相關(guān)基因：N0L8，NCL，PN01; (4)細(xì)胞外基質(zhì)相關(guān)基因：AP0E，AP0C1，CXCL10， ⑶L6A3，CPXM1，GABBR1，INHBA，LAMC2，MMP14，TNFAIP2 ; (5)其它基因：ADH1C，ALDH6A1， ATP13A3，BAZ1A，BCAR3，CAPRIN1，CXCL1，CCT2，ECHD2，ETFDH，ENC1，EPHB4，F(xiàn)H0D1，F(xiàn)GFR4， KAT2A，KLF4，LRRC41，UMK1，0SMA，PTGS1，PGRMC2，P4HA1，PDP1，PRR7，SCC12A9，SLC20A1， TGS1和 TCERG1 (圖 3)。
[0015] 所述胃癌預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)用預(yù)測(cè)分值來計(jì)算患者的生存概率。預(yù)測(cè)分值被定義為通 過典型判別函數(shù)為基礎(chǔ)的基因表達(dá)水平的線性組合。計(jì)算公式見下：
[0016] 預(yù)測(cè)分值=
[0017] 注:見表二。
[0018]如果預(yù)后評(píng)分彡-2,我們定義患者具有好預(yù)后的基因標(biāo)簽(good signature);反 之預(yù)后評(píng)分>_2,我們定義患者具有差預(yù)后的基因標(biāo)簽(bad signature)(見圖4)。我們用 TCGA數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)評(píng)估了此預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)的精準(zhǔn)性。圖5顯示前者比后者生存時(shí)間顯著延 長。超過50%的前者在100個(gè)月后仍然存活，而所有攜帶有差預(yù)后基因標(biāo)簽的患者在80個(gè)月 內(nèi)均死亡?？傊?，我們的試驗(yàn)結(jié)果顯示在好和差預(yù)后中，預(yù)后評(píng)分的分布是差別明顯的（圖 5)，這表明所述預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)具有區(qū)分好和差預(yù)后的良好能力。我們運(yùn)用GSE15459數(shù)據(jù)庫 的數(shù)據(jù)同樣得到了類似的精準(zhǔn)性結(jié)果(見實(shí)施例2,圖6)。
[0019]作為優(yōu)選方案，我們根據(jù)不同的檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)，包括但不限于實(shí)時(shí)熒光定量PCR、 基因芯片、二代高通量測(cè)序、Panomics、Nanostring技術(shù)，通過采集胃癌病人腫瘤組織的 RNA，包括但不限于新鮮活檢組織，術(shù)后組織，固定后的組織和石蠟包埋的組織，設(shè)計(jì)開發(fā)了 相應(yīng)的測(cè)量試劑盒以及相應(yīng)的評(píng)分系統(tǒng)。本發(fā)明開發(fā)的試劑盒針對(duì)不同的技術(shù)平臺(tái)，設(shè)計(jì) 了相應(yīng)的基因引物（實(shí)時(shí)熒光定量PCR)和靶針（基因芯片、二代測(cè)序、Panomics和 Nanostring技術(shù)）。
[0020] 我們此發(fā)明中定義的預(yù)測(cè)分值($-2和>_2)是根據(jù)以二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)的TCGA數(shù)據(jù) 庫的數(shù)據(jù)而制定的。預(yù)測(cè)分值的絕對(duì)值和分?jǐn)?shù)劃界可依不同的檢測(cè)技術(shù)平臺(tái)而不同，需要 分別確定。
[0021] 有益效果：
[0022] 雖然一些分子特征研究已經(jīng)在胃癌中進(jìn)行，但很少有研究試圖找出和胃癌預(yù)后相 關(guān)聯(lián)的基因標(biāo)簽，更尚未見預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)在臨床運(yùn)用的報(bào)道。本發(fā)明通過使用多組學(xué)數(shù)據(jù) 成功尋找到預(yù)測(cè)胃癌患者總生存期的一組53個(gè)重要生物標(biāo)志物基因，并首次建立了基于53 個(gè)基因標(biāo)簽的預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)。我們也證實(shí)了所述系統(tǒng)的預(yù)測(cè)分值能夠明確的區(qū)分預(yù)后好 差。此發(fā)明可用于幫助對(duì)胃癌病人的治療選擇以及預(yù)測(cè)對(duì)治療干預(yù)的反應(yīng)，從而判斷患者 從化療和靶向治療中獲益、避免過度用藥、降低醫(yī)療成本，最后達(dá)到個(gè)體化醫(yī)療的目的。
【附圖說明】
[0023]圖1:胃癌相關(guān)基因的Kaplan-Meier生存曲線舉例。p值通過對(duì)比兩組之間差別檢 定（log-rank test)而得到。
[0024] 圖2:用于本發(fā)明的胃癌基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖。
[0025] 圖3:本發(fā)明胃癌預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)中的53基因及相關(guān)功能/通路。
[0026] 圖4:本發(fā)明預(yù)后評(píng)分在好和差胃癌預(yù)后間的分布圖。
[0027] 圖5:Kaplan-Meier生存曲線顯示預(yù)后分?jǐn)?shù)與TCGA庫中胃癌總體生存顯著相關(guān)。 [0028] 圖6:Kaplan-Meier生存曲線顯示預(yù)后分?jǐn)?shù)與GSE15459庫中胃癌總體生存顯著相 關(guān)。
[0029]圖7:基于已報(bào)道的19基因和7個(gè)基因標(biāo)簽的分析不能預(yù)測(cè)病人的整體生存(TCGA 數(shù)據(jù)）。
【具體實(shí)施方式】：
[0030] 下面結(jié)合附圖和具體實(shí)施例，進(jìn)一步闡明本發(fā)明，應(yīng)理解這些實(shí)施例僅用于說明 本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍，在閱讀了本發(fā)明之后，本領(lǐng)域技術(shù)人員對(duì)本發(fā)明的各 種等價(jià)形式的修改均落于本申請(qǐng)所附權(quán)利要求所限定的范圍。
[0031] 實(shí)施例1
[0032]運(yùn)用TCGA公共數(shù)據(jù)庫胃癌患者進(jìn)行系統(tǒng)驗(yàn)證：
[0033]將所述預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)應(yīng)用于253例擁有生存數(shù)據(jù)的TCGA胃癌患者。預(yù)后評(píng)分被用 來預(yù)測(cè)每個(gè)個(gè)體患者的生存概率。我們根據(jù)預(yù)后評(píng)分將患者分成兩組。如果預(yù)測(cè)分值$-2， 我們定義患者具有好預(yù)后的基因標(biāo)簽;如果預(yù)測(cè)分值>_2,我們定義病人具有差預(yù)后的基因 標(biāo)簽。如圖5所示，前者比后者的生存時(shí)間顯著延長。前者超過50%的患者在100個(gè)月后仍然 存活，而后者所有患者在80個(gè)月之內(nèi)均死亡。
[0034]文獻(xiàn)中已有運(yùn)用表達(dá)差異的方式顯示基因或多基因組與胃癌預(yù)后的相關(guān)性。一個(gè) 問題是我們的53個(gè)基因評(píng)分系統(tǒng)是否優(yōu)于上述單基因或基因組的系統(tǒng)。我們首先進(jìn)行了單 變量Cox回歸分析，顯示上面所述276個(gè)來自TCGA的單基因與胃癌總體存活僅呈弱關(guān)聯(lián)。然 后我們使用先前報(bào)道過的胃癌基因標(biāo)簽來計(jì)算預(yù)測(cè)分值，包括一 19個(gè)基因組（Cui J等， Gene-Expression Signatures Can Distinguish Gastric Cancer Grades and Stages.PLoS 0NE.2011;6:el7819)和7_ 基因標(biāo)簽（Takeno A 等，Integrative approach for differentially overexpressed genes in gastric cancer by combining large-scale gene expression profiling and network analysis .British J. Cancer.2008； 99:1307-15)。如圖7所示，這兩個(gè)多基因組標(biāo)簽的評(píng)分分析不能清楚的預(yù)測(cè)TCGA數(shù)據(jù)里病 人的整體生存。
[0035] 實(shí)施例2
[0036]運(yùn)用GSE15459公共數(shù)據(jù)庫胃癌患者進(jìn)行生存期驗(yàn)證：
[0037]應(yīng)用同樣的方法，我們驗(yàn)證了所述預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)在GSE15459公共數(shù)據(jù)庫的應(yīng)用價(jià) 值。雖然此數(shù)據(jù)庫的胃癌組織基因表達(dá)值是由Affymetrix芯片技術(shù)測(cè)定的，造成了表達(dá)水 平基線和刻度上的差異，由此導(dǎo)致預(yù)測(cè)分值絕對(duì)值的不同，但本發(fā)明評(píng)分系統(tǒng)仍然可以成 功的預(yù)測(cè)胃癌的預(yù)后（圖6)。
[0038] 實(shí)施例3
[0039]預(yù)測(cè)臨床胃癌病人的預(yù)后效果：
[0040]采集臨床接收的胃癌病人的腫瘤組織并提取RNA，腫瘤組織可包括新鮮活檢組織， 術(shù)后組織，固定后的組織和石蠟包埋的組織。然后用本發(fā)明開發(fā)的試劑盒與相應(yīng)的儀器定 量檢測(cè)所述預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)53基因的表達(dá)水平。將53基因的表達(dá)水平輸入本發(fā)明建立的預(yù)后 評(píng)分公式：
[0041]預(yù)測(cè)分值=
[0042] 在計(jì)算出病人的預(yù)測(cè)分值后，醫(yī)生根據(jù)分?jǐn)?shù)值來預(yù)測(cè)病人的預(yù)后情況(見實(shí)施例 1)，比如5年生存率。目前我們通過回顧性研究建立了模型，成功的在不同數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了驗(yàn) 證。并開始了前瞻性研究來進(jìn)一步加以完善評(píng)分系統(tǒng)。
[0043] 實(shí)施例4
[0044] 預(yù)測(cè)臨床胃癌病人對(duì)HER2 /ERBB 2靶向治療（比如但不限于拉帕替尼和曲妥珠單 抗)的反應(yīng)：
[0045]作為預(yù)后和預(yù)測(cè)生物標(biāo)志物，大約10-30%的胃癌具有HER2/ERBB2擴(kuò)增或過度表 達(dá)。目前僅部分胃癌HER2/ERBB2陽性病人對(duì)HER2靶向治療有效，為減少無效或過度應(yīng)用靶 向藥、降低醫(yī)療成本，本發(fā)明通過下如下實(shí)施來預(yù)測(cè)臨床胃癌病人對(duì)HER2/ERBB2靶向藥(比 如但不限于拉帕替尼和曲妥珠單抗)的反應(yīng)：
[0046]對(duì)臨床接收的HER2/ERBB2陽性胃癌病人采集腫瘤組織并提取RNA，腫瘤組織可包 括新鮮活檢組織，術(shù)后組織，固定后的組織和石蠟包埋的組織。然后用本發(fā)明開發(fā)的試劑盒 與相應(yīng)的儀器定量檢測(cè)預(yù)后評(píng)分系統(tǒng)53個(gè)基因的表達(dá)水平。然后將53基因的表達(dá)水平輸入 本發(fā)明建立的預(yù)后評(píng)分公式：
[0047]預(yù)測(cè)分值=
[0048]在計(jì)算出病人的預(yù)測(cè)分值后，醫(yī)生根據(jù)分?jǐn)?shù)值來考慮病人是否應(yīng)接受HER2/ERBB2 靶向治療。對(duì)預(yù)測(cè)分值標(biāo)示好預(yù)后的病人，可以建議醫(yī)生酌情考慮HER2/ERBB2靶向治療的 必要性，達(dá)到避免過度用藥、降低醫(yī)療成本，最后達(dá)到精準(zhǔn)或個(gè)體化醫(yī)療的目的。
[0049] 實(shí)施例5
[0050] 預(yù)測(cè)臨床胃癌病人對(duì)化療藥物5-FU的反應(yīng)：
[0051] 目前胃癌化療總有效率大約在30%左右。為減少無效或過度用藥、降低醫(yī)療成本， 本發(fā)明通過以下方案實(shí)施來預(yù)測(cè)臨床胃癌病人對(duì)化療藥物5-FU的反應(yīng)：
[0052]對(duì)臨床接收的胃癌病人采集腫瘤組織并提取RNA，腫瘤組織可包括新鮮活檢組織， 術(shù)后組織，固定后的組織和石蠟包埋的組織。然后用本發(fā)明開發(fā)的試劑盒與相應(yīng)的儀器定 量檢測(cè)53基因的表達(dá)水平。將53基因的表達(dá)水平輸入本發(fā)明建立的預(yù)后評(píng)分公式：
[0053]預(yù)測(cè)分值=
[0054]在計(jì)算出病人的預(yù)測(cè)分值后，醫(yī)生根據(jù)分?jǐn)?shù)值來考慮病人是否應(yīng)接受5-FU化療。 對(duì)預(yù)測(cè)分值標(biāo)示好預(yù)后的病人，可以建議醫(yī)生酌情考慮5-FU治療的必要性。對(duì)預(yù)測(cè)分值標(biāo) 示差預(yù)后的病人，可以建議醫(yī)生酌情考慮增大5-FU或其它化療藥物的治療強(qiáng)度。
[0055]表1.K-M繪圖分析結(jié)果總結(jié)
[0056](如果基因具有多個(gè)Affymetrix探針，結(jié)果最顯著的被列在此表中）











【主權(quán)項(xiàng)】
1. 一組53個(gè)胃癌相關(guān)基因在制備用于診斷和[字體和下面不一致]預(yù)測(cè)人胃癌轉(zhuǎn)移、分 期和復(fù)發(fā)的制劑或系統(tǒng)中的應(yīng)用，所述胃癌相關(guān)基因?yàn)椋?)細(xì)胞周期相關(guān)基因：CEP55， MCM2，PRC 1，SCNN1B，TUBB; (2)乙酰化相關(guān)基因：ADNP，ABCE1，CBFB，CH0RDC1，CCT6A，GART， SMS; (3)RNA/ncRNA相關(guān)基因：N0L8，NCL，PN01; (4)細(xì)胞外基質(zhì)相關(guān)基因：AP0E，AP0C1， CXCL10，C0L6A3，CPXM1，GABBR1，INHBA，LAMC2，MMP14，TNFAIP2 ; (5)其它基因：ADH1C， ALDH6A1，ATP13A3，BAZ1A，BCAR3，CAPRINl，CXCL1，CCT2，ECHD2，ETFDH，ENC1，EPHB4，F(xiàn)HOD1， FGFR4，KAT2A，KLF4，LRRC41，LIMK1，OSMA，PTGS1，PGRMC2，P4HA1，PDP1，PRR7，SCC12A9， SLC20A1，TGS1，TCERG1;和（6)對(duì)照基因 ：ACTB 和 GAPDH。2. -組基因探針或引物在制備用于診斷和預(yù)測(cè)人胃癌轉(zhuǎn)移、分期和復(fù)發(fā)的制劑或系統(tǒng) 中的應(yīng)用，所述基因探針或引物所針對(duì)的53個(gè)胃癌相關(guān)基因如權(quán)利要求1所述。3. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其特征在于所述系統(tǒng)為通過實(shí)時(shí)熒光定量PCR、基因芯 片、二代高通量測(cè)序、Panomics或Nanostring技術(shù)來檢測(cè)53個(gè)革E基因的mRNA表達(dá)水平。4. 一種胃癌靶基因表達(dá)水平測(cè)量試劑盒，其特征在于包括權(quán)利要求2所述的探針或引 物。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK105986034SQ201610427870
【公開日】2016年10月5日
【申請(qǐng)日】2016年6月15日
【發(fā)明人】杭渤, 王頻, 李斌, 毛建華
【申請(qǐng)人】南京卡迪睿伯生物技術(shù)有限公司